ANKARA ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJELERİ KOORDİNASYON BİRİMİ KOORDİNATÖRLÜĞÜNE

Transkript

1 EK-11 Sonuç Raporu Formatı ANKARA ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJELERİ KOORDİNASYON BİRİMİ KOORDİNATÖRLÜĞÜNE Proje Türü : Hızlandırılmış Destek Projesi (HDP) Proje No Proje Yöneticisi Proje Başlığı : : : 15H Doç. Dr. Güvem Gümüş Akay AÜBAUM Hücre Serisi Biyobankası: Hücre Serilerinin Sürdürülebilirliği Yukarıda bilgileri yazılı olan projemin sonuç raporunun e-kütüphanede yayınlanmasını; İSTİYORUM İSTEMİYORUM GEREKÇESİ :... /... / 20 Doç. Dr. Güvem Gümüş Akay

2 EK-11 Sonuç Raporu Formatı ANKARA ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ SONUÇ RAPORU AÜBAUM Hücre Serisi Biyobankası: Hücre Serilerinin Sürdürülebilirliği Doç. Dr. Güvem Gümüş Akay Uzman Öykü Mançe Çalışır 15H Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Ankara

3 EK-11 Sonuç Raporu Formatı I. Projenin Türkçe ve İngilizce Adı ve Özetleri Türkçe Adı İngilizce Adı Özetleri : AÜBAUM Hücre Serisi Biyobankası: Hücre Serilerinin Sürdürülebilirliği : Ankara University Brain Research Center Cell Line Biobank: Long-term maintenance of the cell lines : Özet Ankara Üniversitesi Beyin Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi (AÜBAUM) bünyesinde faliyet gösteren Biyobanka, başta beyin hastalıkları olmak üzere etkilenmiş bireylerden, bu bireylerin hastalıktan etkilenmiş veya etkilenmemiş aile üyelerinden ve sağlıklı gönüllülerden biyolojik örnekleri ve ilişkili klinik verileri bütünleşik olarak bankalamakta ve bilimsel araştırmalar için kullanıma sunmaktadır. Biyobankalanmış örneklerin kullanıldığı araştırma projeleri kapsamında kimyasal sarf malzemelerin temini mümkün olsa da, projeler arası geçen zaman diliminde bankalanan örneklerin kalitesinin değerlendirilmesi, bu örneklerin yürümekte olan veya ileriki araştırma projelerinde kullanılmak üzere hazırlanması veya yeni örneklerin bankalanması sırasında gerekli olan asgari koşulların sağlanması son derece önem taşımaktadır. Bu hızlı destek projesi ile Biyobankanın asgari laboratuar koşullarını sağlamak üzere bir kısım cihazın yıllık bakımları yapılmış ve sıvı azot alımı gerçekleştirilmiştir. İlave olarak, daha önceden bankalanmış olan örnekler arasından rastgele seçileren lenfoblastoid hücre serisilerinde kalite kontrol testleri gerçekleştirilmiştir. Abstract The Biobank, which operates within the Ankara University Brain Research Center (AUBRC), has been banking biological samples and related clinical data from individuals suffering from brain disorders, their affected or unaffected family members and healthy volunteers to provide them for scientific research. Even though it is possible to get chemical consumables from budgets of the ongoing research projects that use stored samples, during the interval periods between the projects it is also extremely important to sustain the minimum requirement of laboratoty conditions for preparing samples for ongoing projects, store them for future studies or to bank new samples. In this project, annual maintenance of some equipments have been made in order to sustain the minimal laboratory conditions, and annual liquid nitrogen requirement has been met. Moreover, quality control tests were performed in lymphoblastoid cell lines randomly selected from previously banked samples.

4 II. Amaç ve Kapsam Ankara Üniversitesi Beyin Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi (AÜBAUM) bünyesinde kurulan Hücre Serisi Biyobankasının temel amacı başta kompleks hastalıklar olmak üzere bu hastalıklardan etkilenmiş bireylerden, bu bireylerin hastalıktan etkilenmiş veya etkilenmemiş aile üyelerinden ve sağlıklı gönüllülerden biyolojik örnek toplamak ve bu örnekleri elde edildikleri bireylerin klinik ve genetik verileri ile bütünleşik olarak bankalamak suretiyle bilimsel araştırmalar için kullanımını sağlamaktır. Avrupa Birliği 7. Çerçeve Programı tarafından Türkiye de sağlık alanında en yüksek bütçe ile desteklenen European Network of National Schizophrenia Networks Studying Gene-Environment Interactions / Şizofrenide Gen Çevre Etkileşimi Çalışması için Avrupa Şizofreni Ağı Dahilinde, Türkiye Şizofreni Ağı Aile Temelinde Gen Çevre Etkileşimi Çalışması Çok Merkezli, Uluslararası, Müdahalesiz Laboratuvar Çalışması (EU-GEI) kapsamında klinik ve nöropsikolojik değerlendirmeleri yapılan şizofreni hastası, bu hastaların şizofreni bakımından diskordant kardeşleri ve klinik dışı saha örneklemi olmak üzere toplam kişiden periferik kan örneği toplanmıştır. AÜBAUM Hücre Serisi Biyobankası nda bu mateyallerden DNA, RNA, Protein örnekleri elde edilmiş, ayrıca kabul edilen periferik kan örneklerinden lenfositler elde edilmiş ve elde edilen lenfosit hücrelerinin bir bölümü B-lenfoblastoid hücre serilerine (LCL) dönüştürülerek bankalanmıştır. Bankalanan bu örnekler, halen sıvı azot tankının buhar fazında (-196 C) saklanmaktadır. Bankalanan hücrelerin canlılıklarını kaybetmeden uzun yıllar saklanabilmesi, biyobankanın temel kuruluş amaçlarından biri olan, gelecek çalışmalar için sınırsız materyal sağlama açısından kritik öneme sahiptir. Bu projenin amacı bankalanmış olan hücrelerin canlılıklarını sürdürürek saklanması adına asgari laboratuvar koşulların devamının sağlanması ve rastgele seçilen hücre serisi örneklerinde kalite kontrol testlerinin gerçekleştirilmesidir.

5 III. Materyal ve Yöntem Ankara Üniversitesi Beyin Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi (AÜBAUM) bünyesinde kurulan Hücre Serisi Biyobankasının temel amacı başta kompleks hastalıklar olmak üzere bu hastalıklardan etkilenmiş bireylerden, bu bireylerin hastalıktan etkilenmiş veya etkilenmemiş aile üyelerinden ve sağlıklı gönüllülerden biyolojik örnek toplamak ve bu örnekleri elde edildikleri bireylerin klinik ve genetik verileri ile bütünleşik olarak bankalamak suretiyle bilimsel araştırmalar için kullanımını sağlamaktır. Avrupa Birliği 7. Çerçeve Programı tarafından Türkiye de sağlık alanında en yüksek bütçe ile desteklenen European Network of National Schizophrenia Networks Studying Gene-Environment Interactions / Şizofrenide Gen Çevre Etkileşimi Çalışması için Avrupa Şizofreni Ağı Dahilinde, Türkiye Şizofreni Ağı Aile Temelinde Gen Çevre Etkileşimi Çalışması Çok Merkezli, Uluslararası, Müdahalesiz Laboratuvar Çalışması (EU-GEI) kapsamında klinik ve nöropsikolojik değerlendirmeleri yapılan şizofreni hastası, bu hastaların şizofreni bakımından diskordant kardeşleri ve klinik dışı saha örneklemi olmak üzere toplam kişiden periferik kan örneği toplanmıştır. AÜBAUM Hücre Serisi Biyobankası nda bu mateyallerden DNA, RNA, Protein örnekleri elde edilmiş, ayrıca kabul edilen periferik kan örneklerinden lenfositler elde edilmiş ve elde edilen lenfosit hücrelerinin bir bölümü B-lenfoblastoid hücre serilerine (LCL) dönüştürülerek bankalanmıştır. Bankalanan bu örnekler, halen sıvı azot tankının buhar fazında (-196 C) saklanmaktadır. Bankalanan hücrelerin canlılıklarını kaybetmeden uzun yıllar saklanabilmesi, biyobankanın temel kuruluş amaçlarından biri olan, gelecek çalışmalar için sınırsız materyal sağlama açısından kritik öneme sahiptir. Bu projenin amacı bankalanmış olan hücrelerin canlılıklarını sürdürürek saklanması adına asgari laboratuvar koşulların devamının sağlanması ve rastgele seçilen hücre serisi örneklerinde kalite kontrol testlerinin gerçekleştirilmesidir. 2. MATERYAL VE METOD Bu hızlı destek projesi ile, daha önceden 10A proje numarası ile desteklenmiş Ankara Üniversitesi Beyin Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi Hücre Serisi Biyobankası başlıklı altyapı projesi kapsamında alınmış olan 4 adet Class II A2 tip biyogüvenlik kabininin yıllık bakım ve onarımları hizmet alımı karşılığında gerçekleştirilmiştir. Bankalanan hücre örneklerinin saklanmaya devam edilmesi için bir yıllık sıvı azot gideri karşılanmıştır. Ayrıca bankalanmış hücre serilerinin kalite kontrolerinin test edilmesi amacıyla, rastgele seçilen 25 örnek tekrar çözülerek kısa süre kültüre edilmiş ve canlılık oranları tayin edilip sterilite testleri gerçekleştirildikten sonra tekrar dondurularak saklanmıştır. Tüm bu işlemler için aşağıda tanımlanan yöntemler takip edilmiştir Lenfoblastoid Hücre Serilerinin Çözülmesi ve Kültürü 1. Sıvı azot tankının buhar fazında saklanmakta olan hücre serisilerini içeren vialler hızlı bir şekilde 37 C ye ayarlanmış sıcak su banyosuna daldırılmıştır. 2. Hücre süspansiyonları 2 dk hafif sallayarak eritilmiştir. 3. Hücre süspansiyonunlarının tamamı steril pastör pipeti yardımıyla üzerleri etiketlenmiş 15 ml lik falkon tüplerine aktarılmıştır. 4. Örneklerin üzerine daha önceden 37 C de ısıtılmış %20 FCS içeren PRPM1640 besiyeri 15 ml ye kadar yavaş yavaş ilave edilmiş ve nazikçe karıştırılmıştır. 5. Tüpler 1500 rpm de 5 dk santrifüj edilmiştir. 6. Süpernatanlar uzaklaştırıldıktan sonra peletler 5 ml RPMI1640 besiyeri ile hafifçe pipetaj yaparak süspanse edilmiş ve 25 cm2 lik kültür flasklarına aktarılarak üzerlerine 10 ml besiyeri ilave edilerek %5 CO2 içeren etüvde 37 C de bir hafta boyunca kültüre edilmiştir. 7. Bir haftanın sonunda her bir flask için pasajlama işlemi gerçekleştirilmiştir. Bunun için hücre kültürlerinin 7,5 ml si yeni flasklara aktarılmış ve üzerlerine 7,5 ml taze besiyeri ilave edilerek etüve kaldırılmıştır Hücre Sayımı ve Canlılık Testi Hücre sayımı ve canlılık testleri Countess Cell Counter (Invitrogen) cihazında aşağıda tanımlanan

6 yöntemle gerçekleştirilmiştir. 1. 0,5 ml lik mikrosantrifüj tüpü içerisine hücre sayısı ve canlılık oranı belirlenecek olan hücre süspansiyonundan 10 µl alınmıştır. 2. Üzerine 10 µl % 0,4 lük tripan mavisi (trypan blue) eklenmiştir. 3. Birkaç defa pipetaj yaparak karıştırılmıştır. 4. Hazırlanan karışımın 10 µl sini sayım lamı üzerindeki kanala dikkatlice transfer edilmiştir. 5. Sayım lamı, cihaz üzerinde bulunan yuvasına aşağıda gösterildiği gibi yerleştirilmiş ve hafif tık sesini duyana kadar itilmiştir. 6. Zoom tuşuna basılarak istenilen görüntü alanı seçilmiş ve cihazın yan tarafında bulunan odak düğmesi kullanarak net bir görüntü elde edilmiştir. 7. Count Cells tuşuna basarak hücre sayımı ve canlı hücre yüzdesi hesaplama işlemi gerçekleştirilmiştir Mycoplasma Kontaminasyon Testi Hücre serilerinde mycoplasma kontaminasyonu çok sıklıkla karşılaşılan bir problem olup elde edilen deney sonuçlarını olumsuz yönde etkilemektedir. Bu nedenle bankalanan hücre serisi örneklerinde mycoplasma kontaminasyonun olmadığının gösterilmesi önemli bir kalite kontrol kriteri olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmada ratgele seçilen 25 hücre serisinde Mycoplasma kontaminasyonu, Plasmo Test TM Mycoplasma Detection Kit (InvivoGen, rep-pt2) ile üretici firmanın önerdiği protokol uygulanarak test edilmiştir. Plasmo Test TM, Toll-like reseptör 2 (TLR2) nin, Mycoplasma ları tanıyıp hücre içerisinde NF-kappaB ve diğer transkripsiyon faktörlerinin aktivasyonuna neden olan sinyal yolağının uyarması esasına dayan hücre temelli kolorometrik bir testtir. Mycoplasma varlığında, HEK-Blue TM-2 hücre yüzeyinde ifade bulan TLR2, transkripsiyon faktörlerini aktive ederek HEK-Blue TM Detection besiyerinin mavi/mor renk almasına neden olan sap (salınan alkalin fosfataz) salınımına neden olmaktadır. Mycoplasma testinin gerçekleştirilmesi için öncelikle gerekli olan HEK Blue hücrelerinin çözülmesi, kültür ve pasajlanması işlemlerinde aşağıda belirtilen basamaklar izlenmiştir HEK-Blue TM-2 hücrelerinin çözülmesi, kültürü ve pasajlanması 1. HEK-Blue TM-2 hücrelerini içeren vial sıvı azot tankından çıkartılmış, 37 C su banyosuna daldırılarak hızlıca çözülmesi sağlanmıştır. 2. Çözülen hücre süspansiyonu 15 ml lik steril falkona aktarılmıştır. 3. Falkonun üzerine DMEM içeren 13 ml Growth Medium eklenmış ve 1500 rpm de 5 dk. santrifüj edilmiştir. 4. Süpernatan uzaklaştırılmış ve pelet 1 ml Growth Medium ile süspanse edilmiştir. 5. Hücre süspansiyonu daha önceden etüvde bekletilmiş olan 25 cm2 lik doku kültürü flaskına transfer edilmiştir. 6. Flask bir hafta 37?C de CO? li etüvde inkübe edilmiştir. 7. İnverted mikroskop yardımıyla hücrelerin büyümesini gözlemlenmiş ve %80-90 yoğunluğa ulaşınca hücreler pasajlanmıştır. %80-90 yoğunluğa ulaşmış HEK-Blue TM-2 hücreleri (10x40 Büyütme) 1. %80-90 yoğunluğa ulaşan flaskın içeriği 15 ml lik steril falkona aktarılmıştır ml steril PBS pastör pipeti ile flaska aktarılmış ve cell scraper yardımıyla flask zemini kazınarak hücreler kaldırılmıştır. 3. Flask içeriği falkona ilave edilmiştir. 4. Tekrar 1 ml PBS koyarak flask yıkanmış ve içerik falkona aktarılmıştır. 5. Tüp 1500 rpm de 5 dk. santrifüj edilmiş ve süpernatan uzaklaştırılmıştır. 6. Peleti 2,5 ml Selection Medium ile sulandırılmş ve 75 cm2 lik kültür flaskına aktarılmıştır. Üzerine 12,5 ml Selection medium eklenerek CO2 li etüvde inkübe edilmiştir HEK-Blue TM-2 hücre süspansiyonunun hazırlanması

7 1. 75 cm2 lik doku flaskında bulunan HEK-Blue TM-2 hücrelerinin kültüre edildiği besiyeri 50 ml lik steril falkona pastör pipeti yardımıyla aktarılmıştır. 2. Flaskın tabanı 1 ml PBS ile yıkanarak cell scraper yardımıyla zemine yapışan hücreler kazınmış ve hücre süspansiyonunu falkon tüpüne ilave edilmiştir. 3. Bir kez daha 1 ml PBS ile flask yıkanmış ve içeriği aynı falkona aktarılmıştır. 4. Tüp 1500 rpm de 5 dk santrifüj edilmiştir ml kalana kadar süpernatan uzaklaştırılmış ve süspansiyon hava kabarcığı oluşturmadan nazik bir biçimde homojenize edilmiştir. 6. Homojenize hale gelen hücre süspansiyonunda 10 µl alarak yukarıda tanımlanan yönteme göre hücre sayısı belirlenmiştir. Test edilmek istenen her örnek için 200 µl HEK-Blue TM-2 hücre solüsyonu gerekmekte ve ideal olarak 1 ml içerisinde 2,5x10? hücre olmalıdır. Hesaplama: Test etmek istenen örnek sayısı x 200 µl = X ml X x 2,5*10? = X*2,5*10? hücre gereklidir 7. Total hücre süspansiyonu içerisinden gereken kadarı pastör pipeti yardımıyla alınarak steril bir falkona aktarılmıştır. 8. Falkon tüpü 1500 rpm de 5 dk santrifüj edilmiş ve süpernatan tamamen uzaklaştırılmıştır. 9. Pelet üzerine hesaplaanan miktarda HEK-Blue TM Detection Medium eklenerek hücre süspansiyonu homojenize edilmiştir Mycoplasma testi 1. Test edilecek olan hücre süspansiyonundan veya solüsyondan otomatik pipet yardımıyla 500?L alınmış ve 1.5 ml'lik mikrosantrifüj tüpü içine aktarılmıştır. 2. Ependorf tüpleri thermomixer e yerleştirilmiş ve 100?C de 15 dk inkübe edilmiştir. 3. Döngü bitince örnekler soğuması için oda sıcaklığında bekletilmiştir. 4. Her bir örnek kuvvetlice vortekslenmiştir lık well-plate in kuyucuklarına herbir kuyucuğa bir örnek gelecek şekilde 50?L test örneklerinden transfer edilmiştir. 6. Hazırlamış olunan pozitif ve negatif kontrollerden 96 lık well-plate in iki farklı kuyucuğuna 50?L 1X pozitif, 50?L 1X de negatif kontrol eklenmiştir. 7. Hazırlanan HEK-Blue TM-2 hücre kültürü süspansiyonundan dolu olan her kuyucuğa 200? L, otomatik pipet yardımıyla eklenmiş ve pipetaj yaparak karıştırılmıştır. Bu sırada hava kabarcığı oluşmamasına dikkat edilmiştir lık well-plate 37 C de CO? li inkübatörde saat inkübe edilmiştir. 9. Mavi/Mor renk oluşan kuyular Mycoplasma (+), pembe kuyular Mycoplasma (-) olarak kabul edilmiştir Bakteri ve Mantar Kontaminasyonu Testi Fluid Thioglycollate medium (FTM) ve Tryptone Soya Broth (TSB) üretici firmanın önerdiği şekilde ayrı ayrı hazırlanarak 10 ar ml olacak şekilde test tüplerine taksim edildikten sonra otoklavda sterilize edilmiştir ve sterilite kontrolu yapılacak hücre kültüründen 200 µl miktarında her vasattan ikişer tüpe ekim yapılmıştır. Ekim sonrası bir seri 26 C, diğer seri 37 C de 21 gün inkubasyona bırakılmış ve günlük kontrollerle kontaminasyonların varlığı araştırılmıştır. Pozitif kontrol olarak A.Ü.T.F. Cebeci Hastanesi Merkez Laboratuvarından patojenik olmayan örnekler alınarak ekim yapılmıştır. Her test sırasında birer tüp mutlaka negatif kontrol olarak teste dahil edilmiştir Hücrelerin Dondurulması Sterilite testlerini geçen hücre serisi örnekleri aşağıda tanımlanan yöntem doğrultusunda dondurularak saklanmıştır. 1. Flask içerisinde bulunan hücre süspansiyonu pastör pipeti yardımıyla 15 ml lik temiz bir falkon tüpüne transfer edilmiş ve 250 g de 10 dakika santrifüj edilmiştir. 2. Pastör pipeti yardımıyla süpernatan olabildiğince uzaklaştırılmış ve pelet üzerine daha önceden buz üzerinde soğutulan dondurma besiyerinden 106 hücre/ml olacak şekilde hesaplamış

8 olunan miktar kadar damla damla ilave edilmiştir. 3. Hafif pipetaj yaparak pelet homojenize edilmiş ve örrnekler maksimum 2 ml olacak şekilde, üzerine daha önceden barkod yapıştırılmış ve buz üzerinde bekletilmekte olan 2-4 adet cryo tüpe paylaştırılmıştır. 4. Tüpler -20 C ye transfer edilerek 2 saat bekletilmiştir saatin sonunda tüpler -80 C ye transfer edilmiş ve bir gece (yaklaşık 16 saat) bekletilmiştir. 6. Ertesi sabah tüpler sıvı azot tankına transfer edilmiştir. NOT: Projemizde görsel malzeme içeren veriler buraya eklenemediğinden tüm proje metni ek 4'te sunulmuştur.

9 IV. Analiz ve Bulgular 3.1. Cihaz Bakımları Gerçekleştirilen cihaz bakımları ile ilgili bakım raporları EK 1 dosyasında verilmiştir Hücre Serilerinin Çözülmeleri, Kültürleri ve Sterilite Testleri Kalite kontrol amaçlı olarak rastgele seçilerek çözülen 25 hücre serisi kültür işlemleri sırasında inverted mikroskop altında morfolojik olarak değerlendirilmiştir. Bu hücre serileri ile ilgili olarak olarak, materyal ve metod bölümünde detaylı olarak tanımlanan yöntemlerle elde edilen canlılık oranları ve sterilite testlerinin sonuçları aşağıda verilmiştir Hücre Sayısı ve Canlılık Yüzdeleri Göz ile yapılan hata payını ortadan kaldırmak ve daha doğru sonuçlar elde edebilmek amacıyla hücre sayısı ve canlılık oranı Countess TM automated cell counter (Invitrogen, C10227) cihazı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Çözülen 25 hücre serisinin hücre konsantrasyonları minimum 1,6x106 hücre/ml ve maksimum 3,4x106 hücre/ml olarak bulunmuştur. Canlılık yüzdeleri ise %75- %94 olarak saptanmıştır. Şekil 3.1 de iki farklı hücre serisine ait hücre sayısı ve canlılık yüzdesi analiz sonuçları verilmiştir. Şekil 3.1. İki farklı hücre sayısına ait Countess TM automated cell counter (Invitrogen) cihazında elde edilmiş hücre sayısı ve canlılık yüzdesi sonuçları Mikoplasma Kontaminasyon Testi Sonuçları Plasmo Test TM Mycoplasma Detection Kit (InvivoGen, rep-pt2) ile gerçekleştirilen mycoplasma kontaminasyon test sonuçlarına göre göre test edilen 25 örneğin tümü mikoplazma kontaminasyonu açısından negatif olarak değerlendirilmiştir. Şekil 3.2 de 96 lık well-plate üzerinde mycoplasma kontaminasyonu için 16 hücre kültürü örneğine ait inkübasyon sonrası görüntü verilmiştir. A1, B1, C1, D1, E1, F1, G1, H1, A2, B2, C2, D2, E2, F2, G2, H2 test örnekleri, mycoplasma negatif; A5, B5: Pozitif kontrol, mycoplasma pozitif; A4, B4: Negatif kontrol, mycoplasma negatif. Şekil lık well-plate üzerinde mycoplasma kontaminasyonu için 16 hücre kültürü örneğine ait inkübasyon sonrası görüntüsü. A1, B1, C1, D1, E1, F1, G1, H1, A2, B2, C2, D2, E2, F2, G2, H2 test örnekleri, mycoplasma negatif; A5, B5: Pozitif kontrol, mycoplasma pozitif; A4, B4: Negatif kontrol, mycoplasma negatif Bakteri ve Mantar Kontaminasyonu Testi Test edilen LCL hücre kültürünün tümü bakteri ve mantar kontaminasyonu açısından negatif olarak değerlendirilmiştir. Şekil 3.3 de FTM ve TSB besiyerlerine ekilen, 37 C de ve 26 C de 21 gün süre ile inkübe edilen temsili örneklerin inkübasyon sonrası görüntüsü verilmiştir. Şekil 3.3. FTM ve TSB besiyerlerine ekilen, 37 C de ve 26 C de 21 gün süre ile inkübe edilen temsili örneklerin inkübasyon sonrası görüntüsü. Her görüntüde Soldan sağa: Pozitif kontrol, Negatif kontrol, Hücre kültürü örneği 1 (negatif), Hücre kültürü örneği 2 (negatif). NOT: Projemizde görsel malzeme içeren veriler buraya eklenemediğinden tüm proje metni ek 4'te sunulmuştur.

10 V. Sonuç ve Öneriler SONUÇ Optimum ve standart koşullarda elde edilmiş çok sayıdaki biyolojik materyali ve bu materyaller ile ilgili tıbbi bilgileri bünyesinde barındıran biyobankalar, başta genetik hastalıklar olmak üzere pek çok hastalığın nedenlerinin ve oluş mekanizmalarının aydınlatılmasında ve dolayısıyla hastalıkların tanısı, takibi ve tedavisinde etkin yaklaşımların geliştirilmesinde araştırma amacı ile kullanılan çok değerli kaynaklardır. Bu açıdan bakıldığında, başta gelişmiş ülkeler olmak üzere pek çok ülkede, biyobankaların araştırma stratejilerinin önemli bir unsurunu teşkil ettiğini vurgulamak gerekir. Ankara Üniversitesi Beyin Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi çatısı altında böyle bir Biyobanka nın mevcudiyeti ve sürdürülebilirliğinin üniversitemizin ulusal ve uluslararası tanınırlığına büyük katkı sağlamaktadır. Ancak altyapıların sürdürülebilirliği açısından kalifiye iş gücü de son derece önem arz etmektedir. Bu açıdan bakıldığında yakın zamanda biyobankada çalışacak personel ihtiyacının da giderilmesi ümit edilmektedir. Sürdürülebilirliği Üniversitemiz desteği ile devam ettirilmeye çalışılan mevcut altyapısı sayesinde biyobankanın, hastalık yükü ve ekonomik kayıp bakımından önemli çok sayıda kompleks hastalığın genetik nedenlerinin aydınlatılması, bu hastalıkların tanı, takip ve tedavi süreçlerinin iyileştirilmesine katkı sağlayacak yaklaşımların geliştirilmesi ile de ülke ekonomisine katkı sağlaması açısından önemli bir kaynak olması öngörülmektedir. VI. Geleceğe İlişkin Öngörülen Katkılar Optimum ve standart koşullarda elde edilmiş çok sayıdaki biyolojik materyali ve bu materyaller ile ilgili tıbbi bilgileri bünyesinde barındıran biyobankalar, başta genetik hastalıklar olmak üzere pek çok hastalığın nedenlerinin ve oluş mekanizmalarının aydınlatılmasında ve dolayısıyla hastalıkların tanısı, takibi ve tedavisinde etkin yaklaşımların geliştirilmesinde araştırma amacı ile kullanılan çok değerli kaynaklardır. Bu açıdan bakıldığında, başta gelişmiş ülkeler olmak üzere pek çok ülkede, biyobankaların araştırma stratejilerinin önemli bir unsurunu teşkil ettiğini vurgulamak gerekir. Ankara Üniversitesi Beyin Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi çatısı altında böyle bir Biyobanka nın mevcudiyeti ve sürdürülebilirliği üniversitemizin ulusal ve uluslararası tanınırlığına büyük katkı sağlamaktadır. Biyobankada mevcut ve ilave edilecek örneklerin kullanılması ile ulusal ve uluslararası kaynaklarca desteklenecek projelere başvurulması ve etki değeri yüksek bilimsel yayın yapılması hedeflenmektedir.

11 VII. Sağlanan Altyapı Olanakları ile Varsa Gerçekleştirilen Projeler 1. Ankara Üniversitesi Beyin Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi Hücre Serisi Biyobankası Altyapı Projesi Yürütücü: Prof. Dr. Cem Atbaşoğlu Yardımcı Araştırmacılar: Prof. Dr. Ajlan Tükün, Prof. Dr. Meram Can Saka, Doç. Dr. Güvem Gümüş Akay, Yrd. Doç. Dr. Halil Gürhan Karabulut Destekleyen Kuruluş: AÜ BAPRO, 10A Bütçe: 1,5 milyon TL 2.Diabetes Mellitusa Yatkınlık ile Psikoza Yatkınlık Arasındaki İlişkinin İncelenmesi Yürütücü: Prof. Dr. Cem Atbaşoğlu Yardımcı Araştırmacılar: Doç. Dr. Güvem Gümüş Akay, Doç. Dr. Meram Can Saka, Prof. Dr. Sevim Güllü, Prof. Dr. Köksal Alptekin, Prof. Dr. Vehbi Alp Üçok Destekleyen Kuruluş: TÜBİTAK 1001, 112S475 Bütçe: TL 3. Şizofrenide sinaptik protein düzenlenmesinde endozomal işlev bozukluğunun rolü: SLC9A6 (NHE6) ve SLC9A9 (NHE9) aday genlerinin ekspresyon analizi Yürütücü: Prof. Dr. Cem Atbaşoğlu Yardımcı Araştırmacılar: Doç. Dr. Güvem Gümüş Akay, Uzm. Dr. Sinan Gülöksüz, Prof. Dr. Ajlan Tükün, Prof. Dr. Hatice Ilgın Ruhi, Prof. Dr. Meram Can Saka, Prof. Dr. Köksal Alptekin, Prof. Dr. Alp Üçok Destekleyen Kuruluş: Bireysel Bütçe: TL 4. Psikoza Yatkınlık ile Telomer Disfonksiyonu Arasındaki İlişkinin İncelenmesi: Bir Kardeş Çifti (Sib Pair) Çalışması Yürütücü: Doç. Dr. Güvem Gümüş Akay Yardımcı Araştırmacılar: Prof. Dr. Meram Can Saka, Prof. Dr. Ajlan Tükün, Uzm. Psk. Öykü Mançe Çalışır Destekleyen Kuruluş: TÜBİTAK 1002, 215S151 Bütçe: ,30 TL VIII. Sağlanan Altyapı Olanaklarının Varsa Bilim/Hizmet ve Eğitim Alanlarındaki Katkıları "Psikoza Yatkınlık ile Telomer Disfonksiyonu Arasındaki İlişkinin İncelenmesi: Bir Kardeş Çifti (Sib Pair) Çalışması" başlıklı Biyoteknoloji Enstitüsü yüksek lisans tezi tamamlanmış ve alanında uzman bir öğrenci yetiştirilmiştir. IX. Kaynaklar ISBER, 2008 International Society for Biological and Environmental Repositories (ISBER), Best practices for repositories: collection, storage, retrieval and distribution of biological materials for research adresinden ulaşılabilinir. NCI, NCI Best Practices for Specimen Resources. NCI, Bethesda. adresinden ulaşılabilinir. OECD (Ed.), OECD Best Practice Guidelines for Biological Resource Centers General Best Practice Guidelines for all BRCs. OECD, Paris dataoecd/7/13/ pdf adresinden ulaşılabilinir.

12 X. Ekler a) Mali Bilanço ve Açıklamaları: EK 2'de verilmiştir. b) Makine ve Teçhizatın Konumu ve İlerideki Kullanımına Dair Açıklamalar: EK 3'te verilmiştir. c) Teknik ve Bilimsel Ayrıntılar (varsa Kesim III'de yer almayan analiz ayrıntıları): d) Sunumlar (bildiriler ve teknik raporlar) (Altyapı Projeler için uygulanmaz): Çevik, B. Mançe Çalışır,Ö.,Sırmatel B., Tükün, A, Atbaşoğlu, E. C, Alptekin, K.,Üçok, A., Gümüş Akay G. Şizofreni hastalarında ve kardeşlerinde telomer boyunun incelenmesi: Şizofreni bir erken yaşlanma sendromu mudur?, Ulusal Sinirbilimleri Kongresi, Mayıs 2016.Anatomy, 2016; 10 (S1):35. e) Yayınlar (hakemli bilimsel dergiler) ve tezler (Altyapı Projeler için uygulanmaz): Çevik, B. (2016). Psikoza yatkınlık ile telomer disfonksiyonu arasındaki ilişkinin incelenmesi: Bir kardeş çifti (Sib-pair) çalışması. Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü Temel Biyoteknoloji Yüksek Lisans Tezi.