Türk Endokrin Cerrahi Çalışma Grubu Doku Bankası ve Örnek Saklama Protokolleri Çalışması

Ebat: px

Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Türk Endokrin Cerrahi Çalışma Grubu Doku Bankası ve Örnek Saklama Protokolleri Çalışması"

Oz Çiftçi
8 yıl önce
İzleme sayısı:

1 Türk Endokrin Cerrahi Çalışma Grubu Doku Bankası ve Örnek Saklama Protokolleri Çalışması Doku ve genetik materyal bankaları işlenmiş veya dondurulmuş dokuların uzun süreli depolandığı ve kayıt sistemlerinin oluşturulduğu birimlerdir. Dünyada yaygın olarak bu bankalar, üniversite ve benzeri araştırma merkezlerine, Adli Tıp Kurumları'na veya Silahlı Kuvvetler' e bağlı olarak etkinliklerini sürdürebildikleri gibi aynı zamanda ticari amaçlı servis birimleri de olabilmektedir. Projelendirilmesi planlanan Türk Endokrin Cerrahi Çalışma Grubu Doku Bankası ve Gen Araştırmaları Laboratuarı biyomedikal araştırmalara altyapı ve biyolojik örnek kaynağı oluşturmak amacıyla endokrin ve meme hastalıklarından etkilenmiş kişilerin ve bu kişilerin ailelerine ait biyolojik örneklerin uzun süreli depolandığı bir birim olarak tasarlanmıştır. Ülkemizde, endokrin ve meme hastalıklarından etkilenmiş kişilerin sıklığı bu kişilerin ve ailelerinin araştırma yapılması için ön plana çıkarmaktadır. Banka arşivinin biyomedikal araştırmalarda kullanılması, tıbbi açıdan bu hastalıklarda tanı ve tedaviye, bilimsel açıdan ise genetik epidemiyoloji çalışmalarına, yeni tanı araçlarının geliştirilmesine, geniş aile ağaçları ile yeni hastalık genlerinin bulunabilmesine ve hastalıkların moleküler mekanizmalarının açıklanmasına katkıda bulunmaktadır. Bu amaçlar doğrultusunda biyolojik örneklerin doku bankalarında saklanması gereksinimi doğmaktadır. Araştırmalar için yeterli sayıda ve uygun kalitede örnek toplanabilmesi, aynı örnek üzerinde çeşitli testlerin uygulanabilmesi ve bu testlerin yıllar içinde tekrar edilebilmesi olanağını sağladığı için Doku ve Genetik Materyel bankaları çok önemli bir altyapı unsurudur. Türk Endokrin Cerrahi Çalışma Grubu Doku Bankası ve Gen Araştırmaları Laboratuarı yaklaşık 50 m 2 lik bir alanda 2 ayrı birimden oluşması planlanmaktadır. 1

Dünyada yaygın olarak bu bankalar, üniversite ve benzeri araştırma merkezlerine, Adli Tıp Kurumları'na veya Silahlı Kuvvetler' e bağlı olarak etkinliklerini sürdürebildikleri gibi aynı zamanda ticari

2 Türk Endokrin Cerrahi Çalışma Grubu Doku Bankası ve Gen Araştırmaları Laboratuarı Kriyoprezervasyon Ünitesi Bu ünitede biyolojik örneklerin (DNA, RNA, hücre, kan ve komponentleri, doku örnekleri) uygun şartlarda ve uzun süreli depolanması amacıyla -80ºC derin dondurucu (35,000 örnek kapasiteli) ve sıvı azot örnek saklama sistemi (3,600 örnek kapasiteli) mevcut olmalıdır. DNA örnekleri uzun vadeli çalışmalar için -80 ºC de, yürütülmekte olan çalışmalar için -20 ºC ve +4 ºC de yedeklenerek saklanır. Örneklerin uzun süreli saklanmasındaki güvenirlik açısından laboratuar hastane bünyesinde kurulu olan sıvı azot üretim sistemine bağlanır ve laboratuarın elektrik sistemi kesintisiz güç kaynağı kapsamına alınır Veri tabanı ünitesi Veri tabanında kişisel, tıbbi ve genetik bilgiler yer almaktadır. Bu amaçla özel bir bilgisayar programı kullanılmaktadır. Şifreli bir sistem sayesinde yetkili olmayan kişilerce bu bilgilere erişim olanaksızdır. 2

DNA örnekleri uzun vadeli çalışmalar için -80 ºC de, yürütülmekte olan çalışmalar için -20 ºC ve +4 ºC de yedeklenerek saklanır.

3 Doku Bankası ve Gen Araştırmaları Laboratuarına materyal alınmadan önce hastalardan onam alınmalıdır. Bilgilendirilmiş Onam Formu örnekleme yapılmadan önce hekimler tarafından kişilere, uygulanacak işlemler hakkında yazılı/sözlü bilgi verilmekte, her türlü fayda, risk ve haklar anlaşılır şekilde anlatılmakta ve kişilerin yazılı onayları alınmaktadır. Örnek bir Bilgilendirilmiş Onam Formu kolaylıkla anlaşılabilen açık ve sade cümlelerle hazırlanmış olmalıdır (Şekil 1). Şekil 1: Bilgilendirilmiş Onam Formu 3

bilgi verilmekte, her türlü fayda, risk ve haklar anlaşılır şekilde anlatılmakta ve kişilerin yazılı onayları alınmaktadır.

4 A dan Z ye Doku ve Genetik Materyal Saklama Şeması Protokol 1: Ameliyathaneden Patoloji Laboratuarına Doku Transferi Protokol 2: Doku diseksiyonu Protokol 3: Doku Dondurma Form 1: Transport Formu Form 2: Örnek etiketleme 4

Transferi Protokol 2: Doku diseksiyonu Protokol 3: Doku

5 Protokol 1: Ameliyathaneden Patoloji Laboratuarına Doku Transferi 1. Cerrahi işlemi standart şekilde yap. 2. Tümör dokusu veya sağlıklı dokudan klinik gereklilik ve tanı için gerekli dokuları al. 3. Bu dokulardan artan materyali bankada saklamak için kullan. 4. Ameliyat ekibi olarak patoloğa rezeksiyon saatini veya rezeke edilen dokunun vasküler beslenmesinin ne zaman klemplendiğini bildir ve kaydet. 5. Sellüler ve moleküler içeriği korumak için ilgili personel ile piyesi hemen patoloji bölümüne buz üstüne koyarak ama direkt temas olmadan ilet. 6. Tüm bu transport işlemlerini 30 dakika içinde olmasına dikkat et. Eğer süre aşarsa zamanı not et ve transport formunu doldur (Şekil 2). Şekil 2: Transport formu 5

Ameliyat ekibi olarak patoloğa rezeksiyon saatini veya rezeke edilen dokunun vasküler beslenmesinin ne zaman klemplendiğini bildir ve kaydet. 5.

6 Protokol 2: Doku diseksiyonu 1- Tüm dokuları enfekte kabul edin ve doku saklama etiketi doldurun 2- Yetkili bir uzman tarafından doku diseke edilmesini sağlayın 3- Dokunun kurumamasına ve çevredeki doku veya materyal ile kontamine olmamasına dikkat edin 4- Doku sınırlarını mürekkeple işaretleyin 5- Temiz bir bistüri ile dokuyu dilimleyin ve tümör dokusu ile sağlıklı doku arasında bistüri değiştirin 6- Patolojik inceleme için gerekli materyali ayırın 7- Banka için sağlıklı doku almayı ihmal etmeyin 8- Eğer yeterli doku varsa a. DNA, RNA, protein ekstraksiyonu için sıvı nitrojende saklamak amacı ile örnek alın b. Hemen DNA, RNA, protein ekstraksiyonu için örnek alın c. OCT ile dondurulmuş doku kesitleri hazırlamak için örnek alın d. Parafin kesitler için örnek alın e. Kriyopreservasyon için mümkün olduğunca doku alın f. Disseke edilen dokuları protein, DNA, RNA gibi etiketleyin g. Her tüp için en az 250 mg doku hazırlayın h. Tümör veya doku küçükse 2-3 mm3 büyükse 3-4 mm3 doku hazırlayın i. Tüpleri dondurma için hazırlayın j. Tüm bu işlemleri 30 dakika içinde yapın 6

değiştirin 6- Patolojik inceleme için gerekli materyali ayırın 7- Banka için sağlıklı doku almayı ihmal etmeyin 8- Eğer yeterli doku varsa a.

7 Form 2: doku saklama etiketi Etiket: TU-GC-0001-THBP-BL-DNA Kurum Kurum Hasta Hastalık Örnek İnceleme Tarih kodu birimi kodu kodu Materyal türü TU GC THMP TS DNA KU KG THMH BL RNA MU KB THBP LQ Protein GA THBH S AT BRMP P DI BRMH BC BRBP R BRBH PR AD PC 7

Materyal türü TU GC 00001 THMP TS DNA 25042011 KU KG THMH BL RNA MU

8 Protokol 3: Doku Dondurma 1- Tüm dokuları enfekte kabul edin 2- Yetkili bir uzman tarafından doku dondurulma işlemi yapılmasını sağlayın 3- Tüm tüplerin ve ekipmanın hazır olduğunu kontrol edin 4- Rezeksiyondan sonraki 30 dakikanın en uygun dondurma süreci olduğunu unutmayın ve tüm protokolü bu süre içinde bitirmeye dikkat edin 5- Dokuyu direkt buzla temas ettirerek dondurmayın 6- Dondurulacak dokunun diğer materyaller veya tümör dokuları ile kontamine olmadığına emin olun 7- DNA, RNA, protein ekstraksiyonu için dondurma yapıldığından işlemin hiçbir aşamasında dokuyu formol ile temas ettirmeyin 8- Dokulara serum veya benzeri sıvı eklemeyin 9- Konteyner içindeki isopentanı sıvı nitrojen içinde asarak soğutun 10- Doku örneklerini dondurmak için kapaklı tüplerin içine yerleştirin ve kapaklarını kapatın 11- Isopentan konteynerına tüpleri yerleştirin 12- Doku örnekleri 30 sn içinde donacaktır. 13- Tüpler içine yerleştirilen doku örnekleri direkt olarak sıvı nitrojen içine daldırılabilir. Doku sn de donacaktır. Fakat doku büyükse bu teknikten kaçının 14- Doku donduktan sonra tüpleri kuru buz üstünde transport ederek sıvı nitrojen saklama tankına veya -80 C derin dondurucuya kaldırın 15- Saklama zamanını kaydedin 8

dokunun diğer materyaller veya tümör dokuları ile kontamine olmadığına emin olun 7- DNA, RNA, protein ekstraksiyonu için dondurma yapıldığından işlemin hiçbir aşamasında dokuyu formol ile temas

9 Kanın Alınma, İşlenme ve Saklanama Zamanlaması 1- Kanın alınması ameliyattan önce yapılması tercih edilir. 2- Doku dondurulması prosedürü kadar kesin olmamakla beraber RNA ve buffy coat için dondurulma işlemi hastadan materyalin alındıktan 24 saat sonra yapılması öngörmektedir 3- Tam kan, DNA veya RNA analizi için işlenebilecekken; buffy coat fraksiyonu ve plazma şeklinde ayrılarak kriyopreservazyon için de ayrılabilir 4- EDTA veya heparinli tüplere alınan x g 15 dakika oda sıcaklığında santrifüj edilerek üç kısma ayrılır (Şekil 3). a. Açık sarı saydam kısım b. Buffy coat veya lökosit fraksiyonu gri kısım c. Koyu kırmızı eritrosit fraksiyonu Şekil 3: Santrifüj edilmiş tam kan komponentleri 9

kan, DNA veya RNA analizi için işlenebilecekken; buffy coat fraksiyonu ve plazma şeklinde ayrılarak kriyopreservazyon için de ayrılabilir 4- EDTA veya heparinli tüplere alınan

10 Plazma saklama 1- Tek kullanımlık pipetler ile plazma kısmını, lökosit fraksiyon kısmına 1 mm kalana kadar aspire edin (Şekil 4). 2- Lökosit tabakasını dağıtmamaya dikkat edin. 3- Aspiratı kriyopreservasyon için tüplere koyun. 4- Sıvı nitrojende dondurun ve -80 C deep freeze e kaldırın. Şekil 4: santrifüj sonrası tam kan görünümü Buffy coat saklama 1- Plazmayı ayırdıktan sonra bir pipet ile buffy coat u alın. 2- Bu materyal genellikle 0.5 ml veya daha azdır. 3- Sıvıyı bir tüpe koyun ve ezin. 4- Aspiratı kriyoprzervasyon için tüplere koyun. 5- Sıvı nitrojende dondurun ve -80 C deep freeze e kaldırın. 10

4- Sıvı nitrojende dondurun ve -80 C deep freeze e kaldırın.

11 Bankada saklanan örnekler ancak örneği refere eden hekimin yazılı onayı ile kullanılabilmektedir. Örnekler araştırmalara açıldığında ana stok banka kalacak şeklide dilüsyonlar temin edilebilir. Örneklerin banka dışına çıkması banka, örneği refere eden hekim ve örneği talep eden birim tarafından onaylanan bir "Biyolojik Transfer Anlaşması" ile gerçekleştirilmektedir (Şekil 5). Şekil 5: Biyolojik Örnek Transfer Anlaşması Kaynaklar 11

Örneklerin banka dışına çıkması banka, örneği refere eden hekim ve örneği talep eden birim tarafından onaylanan bir "Biyolojik

Benzer belgeler

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No REVİZYON DURUMU Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No Hazırlayan: Onaylayan: Onaylayan: Doç. Dr. Füsun Baba, Dr. Hanife Özkayalar, Hasta Değerlendirme Kurulu Adem Aköl Kalite Konseyi Başkanı Sinan Özyavaş