GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi
DNA RNA Genomik Transkriptomik Gen Dizileri, SNPs RNA Protein Hücre Doku Organ Proteomik Diferansiyel Proteomik Fonksiyonel Proteomik Metabolomik Farmakogenomik/ Farmakoproteomik Tüm Protein içeriği Normal ve değişen koşulda protein farklanmaları Protein Modifikasyonları; Protein/DNA, Protein/RNA, Protein/Ligand, Protein/Protein Etkileşimleri Protein Fonksiyonu; Hücre, Doku, Organ, Etkileşimler Nereden örnek alabiliriz?
70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok
Erken yaşta MI Buerger hastalığı Buerger hastalığı Erken yaşta MI
70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var Faktör V 1691 GA Faktör V 1691 AA 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok Faktör V 1691 GG
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı n 1691A % Sıklık OR Türkler 324 29 9.0 0.0045 1 (AKAR, Thromb Haemost, 1997) 1
FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı n 1691A % Sıklık OR Türkler 324 29 9.0 0.0045 1 DVT 97 20/2 20.6 0.0113 2.3 (AKAR, 1997) 1
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir gendeki mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV 1691G-A ve PT 20210 G-A BİRLİKTELİĞİ N FV1691G-A (%) OR PT20210G-A(%) OR İkisi (%) OR Kontrol 190 20 (10,5) 1 4 (2.1) 1 1 (0.5) 1 DVT 269 58 (21,5) 2 25 (9.2) 4.4 10 (3.7) 7 (AKAR,Thromb Research, 2000)
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm / gen içi 2. RNA da bir değişim olabilir mi? * başka bir protein 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV A4070G polimorfizminin DVT de etkisi N R1R2 OR Cl R2R2 OR Cl Kontrol 112 15 1 1 1 DVT 179 17 0.71 0.34-1.4 3 1.87 0.19-18 (AKAR,TJH, 2002)
DVT DE FV 1691 A & FV4070 G SIKLIĞI n 1691 A 4070G İkisi OR Kontrol(%) 144 10.4 9.7 1 DVT (%) 129 20.1 11.6 6 OR 1.9 1.2 6.7 (Akar, Am J Hematol, 1999, 2000 )
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm / başka bir gen 2. RNA da bir değişim olabilir mi? * başka bir protein 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
MTHFR 677 C-T n 677T TT % Sıklık OR Kontrol 106 37 6 5.6 0.023 1 DVT 88 37 8 9.0 0.030 1.6 (AKAR,Tromb Research, 1998)
Ankara Üniversitesi Pediatrik Moleküler Genetik
SNP array 10 K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
SNP array 250K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
PC Va Pro Xa SO4 T TM T PC FVII EPCR EPCR A P C S A P C Va Va Vi ENDOTEL MMP sepcr?
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
RNA Ekspresyonu
Transkriptom 250 K Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
MİKRO RNA
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * başka bir mutasyon * başka bir polimorfizm * başka bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4.Tedavi takibinde farmakogenetik
Genom aynı, proteom farklı
Tıp da Karşılaştırmalı Proteomiks Normal Birey - Hasta Tedavi Verilmeyen Hasta - Tedavi Verilen Hasta Tedavi-I Verilen Hasta - Tedavi-II Verilen Hasta
70 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Faktör V 1691 GA 45 yaş / erkek DVT tanısıyla servise kabul edildi Faktör V 1691 AA 40 yaş / kadın DVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok Faktör V 1691 GG Reviparin-sodium : 100 IU/kg
Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI) ile PROTEOMIKS Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Proteomik Analiz(2D) (Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED) Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Proteomik Analiz (2D) (Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED) Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Protein Mikroarray
70 yaş / erkek Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok 45 yaş / erkek Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü var 40 yaş / kadın Astım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Astım oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * bir mutasyon * bir polimorfizm * bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ 1. Kanser oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi? * bir mutasyon * bir polimorfizm * bir protein 2. RNA da bir değişim olabilir mi? 3. Proteomda bir değişim olabilir mi? 4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi? * prognozu etkiler mi? * semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?