Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi Nifty Test Teknolojileri Transferi ve Türkiye Uygulamaları Dr.Ayşe Şaylı 2016
Genoks Kimdir? 1
Genoks Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi 3 uzman hekim,10 uzman biyolog,moleküler biyolog ve diğer personellerle beraber 30 kişilik bir ekipten oluşmaktadır. 2
2008 ARGE Laboratuvarı kuruldu 2008-2010 PCR ve RT-PCR tabanlı tanı kitleri ve DNA izolasyon kitleri üretildi 2008-2010 Kitler Ulusal Bilgi Bankası na kaydedildi 2014 BGI dan teknoloji transferi yaptı 2016 Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi oldu 3
Türkiye de ilk kez NIFTY Test ile 19 parametreyle NIPT Tarama çalışmalarına başladı Yeni Doğan Genetik Tarama Testi ile 50 kalıtımsal bozukluk ve 20 pediatrik ilaç yanıtının olduğu NOVA Yeni Doğan Tarama Testi çalışmalarına başladı Genetik Taşıyıcılık Tarama Testi ile 629 tek gen taşıyıcılığı taranan VİSTA Taşıyıcılık Tarama Testi çalılmalarına başladı Fetal kandan Rh Faktör Tayini çalışmalarına başladı Tükürük,kan ve solid tümör dokusundan 508 gene kadar Genetik Kanser Panelleri çalışmalarına başladı 4
NIFTY TEST 5
Dennis Lo Li Ka Shing Enstitüsü Sağlık Bilimleri Bölümü direktörü Chinese University of Hong Kong Kimyasal Patoloji Departmanı profesörü BGI,Kopenhag May 2015 Kanda dolaşan serbest fetal DNA ları keşfederek BGI ın sağladığı altyapı ile geniş bir genom datası üreterek fetal DNA analizi yapmayı başarmıştır. 6
Biyokimyasal Serum Belirteçleri (10-11. Hafta) Non-İnvaziv Uygulamalar USG Değerlendirme Her 3 Trimesterda (11-12. Hafta) 2.Trimester (14-26.Hafta) 1.Trimester (1-3. Hafta) İnvaziv Testler 3.Trimester (27-40. Hafta) Koryon Villus Örneklemesi (11. Hafta) Amniyosentez (16. Hafta) 7
1,500.000 8
9
Trizomiler Trizomi 21 (Down Sendromu) Trizomi 18 (Edwards Sendromu) Trizomi 13 (Patau Sendromu) Trizomi 9 Trizomi 16 Trizomi 22 Gonozomal Anomaliler Turner Sendromu (X0) Klinefelter Sendromu (XXY) Üç X (XXX) XYY Karyotip Delesyon Sendromları Cri-Du-Chat Sendromu (5p-) 1p36 2q33.1 DiGeorge 2 (10p14) 16p12.2 Jacobsen (11q23) Van der Woude (1q32.2) Prader-Willi Angelman (15q11.2) 10
Klinik Uygulamalar 11
TEST ( 7050 ) KAN GONDERIMI ( 212 ) PLAZMA GONDERIMI ( 4171 ) TÜRKİYE DE ÇALIŞILAN ( 2188 ) PARALEL / DNA & PLAZMA ( 1852 ) DÜŞÜK RİSK SONUCU YÜKSEK RİSK SONUCU TEKRAR EDİLİP SONUÇ VERİLEN SONUÇ VERİLEMEYEN İPTAL EDİLEN KLİNİK VALİDASYON 182 3988 2082 2 101 55 18 ( %9 ) 125 ( %2.9 ) 73 ( %3.3 ) 6 ( %3 ) 12 ( %0,3 ) 7 ( %0,5 ) 4 6 4 - - - 1852 EŞ SONUÇ ( %100 ) Veriler Ocak 2013 Eylül 2016 dönemlerini kapsamakta olup, lokal NIPT çalışmalarına Ağustos 2015 de başlanmıştır. 12
YÜKSEK RİSK SONUCU DOĞRU YÜKSEK RİSK YANLIŞ YÜKSEK RİSK DOĞRULAMASI YAPILAMAYAN 111 / T21 99 (%98) 2 10 16 / T18 7 (%44) 5 4 6 / T13 2 (%33) 3 1 1 / T16 - - 1 3 / T22 1 (%100) - 2 6 / XXY 2 (%100) - 4 5 / XXX 2 (%100) - 3 3 / X0 - - 3 1 / XYY 1 (%100) - - Veriler Ocak 2013 Eylül 2016 dönemlerini kapsamaktadır 13
YÜKSEK RİSK SONUCU DOĞRU YÜKSEK RİSK YANLIŞ YÜKSEK RİSK DOĞRULAMASI YAPILAMAYAN dup(8q21.3-q23.3,23m) 1 (%100) - - dup(9p24.3-p11.2,45m) 1 (%100) - 1 dup(13q14.11,2.1m) - - 1 del(xp22.2-p22.13,6.95m) %0 1 - Veriler Ocak 2013 Eylül 2016 dönemlerini kapsamaktadır 13
Klinik Uygulama Verileri 16
Kan numunesinin uzun sürede transport edilmesi Re-Sampling ve No-Call oranlarını arttırmaktadır. Gebelerden alınan periferik kandan plazma ekstraksiyonuna gidilmesi sonucunda yeterli miktarda DNA elde edilmektedir. Tüm genom MPSS çalışması biyoenformatik analizde tespit edilen herhangi bir anomaliyi yakalamaya olanak tanır. Test protokolü eksiksiz uygulandığında DNA dizileme işlemlerinin Türkiye veya yurtdışında gerçekleşmesi önemli bir fark yaratmamaktadır. Türkiye de yapılan çalışmalarla test sonucunun daha kısa sürede tamamlandığı görülmüştür. 17
Numune Tipi Kabul Edilebilir Kriter (T21,T18 ve T13 Testi İçin) İmmünoterapi Yumurta Donörü IVF Bloklama antikor terapisi (gebe kadın eşinin lemfositinin hipodermik enjeksiyonunu aldı) Kan veya diğer kan ürünleri (kırmızı hücre, platelet, kemik iliği vb.) transfüzyonu İkizler, normalde biri, diğeri gelişimi durdurdu (ikiz yok olma sendromu) İki fetüsten daha fazla Organ transplantasyonu Kök hücre terapisi Virus veya bakteriyel enfeksiyon ile numune Kabul edilebilir Kabul edilebilir (taşıyıcı anne veya gebe anneden karyotip analiz raporunun gerekli olduğu not edilir) Kabul edilebilir Son enjeksiyon ve NIFTY numune alma arasında en az 4 hafta boşluk Son transfüzyon ve NIFTY numune alma arasında en az 1 yıl boşluk Gelişimsel tutulma ve NIFTY numune alma arasında en az 8 hafta. Gelişimsel tutulma gebeliğin en az 8 hafta öncesinde meydana gelmiş olmalıdır. Ret Ret Ret Ret Translokasyon veya diğer kromozomal anormallik ile baba veya anne Ret 14
15
Trisomy 21 ( Down Syndrome ) Trisomy 18 ( Edward Syndrome ) Trisomy 13 ( Patau Syndrome ) XO ( Turner Syndrome ) XXY (Klinefelter Syndrome ) XXX ( Trisomy X ) XYY Abnormality Trisomy 21 ( Down Syndrome ) Trisomy 18 ( Edward Syndrome ) Trisomy 13 ( Patau Syndrome ) XO ( Turner Syndrome ) XXY (Klinefelter Syndrome ) XXX ( Trisomy X ) XYY Abnormality Trisomy 21 ( Down Syndrome ) Trisomy 18 ( Edward Syndrome ) Trisomy 13 ( Patau Syndrome ) Trisomy 9 Trisomy 16 Trisomy 22 XO ( Turner Syndrome ) XXY (Klinefelter Syndrome ) XXX ( Trisomy X ) XYY Abnormality 5p (Cri-du-chat Syndrome) 1p36 deletion syndrome 2q33.1 DiGeorge Syndrome 2 16p12.2 Jacobsen Syndrome Van der Woude Syndrome Prader-Willi Syndrome Angelman Syndrome Trisomy 21 ( Down Syndrome ) Trisomy 18 ( Edward Syndrome ) Trisomy 13 ( Patau Syndrome ) XO ( Turner Syndrome ) XXY (Klinefelter Syndrome ) XXX ( Trisomy X ) Trisomy 21 ( Down Syndrome ) Trisomy 18 ( Edward Syndrome ) Trisomy 13 ( Patau Syndrome ) XY Abnormality
Clarigo Harmony Panaroma Prena Tranquility Verifi Ülkemizde mi çalışılıyor? Evet Evet Hayır Hayır Hayır Hayır Hayır Trizomi taraması 19 Parametre 13, 18, 21, X/Y* 13, 18, 21, X/Y* 13, 18, 21, X/Y* 13, 18, 21, X/Y* 10 Parametre 13, 18, 21, X/Y* Mikrodelesyon taraması Evet Hayır Hayır Hayır Hayır Evet Opsiyonel Tanı için Avrupa Normlarına Uygunluk Belgesi var mı? Evet Evet Hayır Hayır Evet 13,18 ve 21 için Hayır Test sonucu 7-10 gün 8-10 iş günü 10 iş günü 7-10 gün 7-10 gün 7-10 gün 10-15 gün Çalışma metodu Tüm genom Yeni Nesil Dizileme Hedefe Yönelik Yeni Nesil Dizileme invazif yöntemlerin bebeğinize verebi- leceği riskleri taşımaz. Hedefe Yönelik Yeni Nesil Dizileme Hedefe yönelik SNP Yeni Nesil Dizileme edilen sonucun bebek DNA sına ait olması sağlanmaktadır. Tüm genom Yeni Nesil Dizileme Tüm genom Yeni Nesil Dizileme Tüm genom Yeni Nesil Dizileme Fetal fraksiyon tayini Evet Evet Evet Evet Evet Evet Hayır Hamilelik ayı >6. Hafta >10-12. hafta >10. hafta >9. hafta > 10. hafta >10.hafta >8.hafta Üretilen Data Miktarı 14M 1.15M 1.15M 6.8M 12.3M 7M 20M Sertifikasyon CLIA CAP CE CE CLIA CLIA CE CE CLIA CAP * Ülkemizde doğum öncesi cinsiyet belirlemesi Genetik Hastalıklar Tanı Merkezleri Yönetmeliği uyarınca yasaktır.
BGI-TJ, 2012 BGI-Americas, 2010 BGI-WH, 2010 BGI-Beijing, 1999 BGI-HZ, 2001 NIMgenetics, 2014 BGI-SZ, 2007 BGI-Europe, 2010 BGI-GZ, 2013 BGI-HK, 2009
NSGC nin NIPT ile İlgili Görüşleri 18
NIPT her ne kadar yüksek düzeyde pozitif sonuç verse de, tam anlamıyla kesin tanı olarak kabul edilmemelidir. Karşılaşılacak yüksek risk sonrasında hasta, koryon villus biyopsisi ve amniyosentez gibi invaziv prenatal tanı prosedürlerine yönlendirilmelidir. NSGC gelişen teknolojiyle beraber NIPT testinin aşağıdaki durumlarda önerilmesini desteklemektedirler; İleri anne yaşı, Tarama testi serum biyokimyasal düzeylerinde bozukluk, Ultrasonografide anormal bulgular, Aile bireylerinde prenatal tanısı koyulabilecek hastalıkların bulunması, Ebeveynlerden birinde yapısal veya sayısal kromozom anormalliğinin bulunması, Teratojenik ve fetotoksik enfeksiyon veya ajanlara maruziyet, Diğer risk faktörleri, görüldüğü taktirde hastaya uygulanmasını önermektedir. 19
NIPT uygulamasında kullanılan Massively Parallel Sequencing ( MPS ) teknolojisi şuan için klinik validasyonu en yüksek sekanslama metodudur. Sağlık kurumlarının önce, ultrasonografi, AFP tayini gibi sonuçları değerlendirmesi sonucunda, gerekli gördüğü taktirde NIPT e yönlendirmesi gerektiğini savunmaktadırlar. Herhangi bir kromozom anormalitesi gözlenen bir hastanın, NIPT yerine konvesyonel tanı testlerine yönlendirilmeleri gerektiğini önermektedirler. Çünkü, standart risk değerlendirmesinin ve prenatal tanının henüz yerini alamayacağını düşünmektedirler. 20
NIPT in hızla ilerleyişinin farkındalığından bahseden NSGC, ilerleyen zamanlarda testin güvenilirliğinin, uygulanan vaka sayısına orantılı olarak artabileceğini öngörmektedirler. Rutin olarak uygulanmasını önermeseler de, belli risk taşıyan hastalara kesinlikle önerilebilecek bir test olduğunu söylemektedirler. NIPT/NIPD sonrasında normalden sapma gösteren sonuçlarla karşılaşılan hastaların, genetik danışmanlık almaları özellikle tavsiye edilmektedir. 21