CaOx böbrek taşı oluşumunda VDR polimorfizmlerinin rolü The role of VDR polymorphisms in CaOx kidney stone formation

Journal of Cell and Molecular Biology 8(2): 1-12, 2010 Haliç University, Printed in Turkey. http://jcmb.halic.edu.tr Review Article CaOx böbrek taşı oluşumunda VDR polimorfizmlerinin rolü The role of VDR polymorphisms in CaOx kidney stone formation Ömer Onur ÇAKIR ¹ and Nagehan ERSOY TUNALI ²* ¹ TR Ministry of Health Training and Research Hospital, Urology Clinic, İstanbul, Turkey ² Haliç University, Department of Molecular Biology and Genetics, İstanbul, Turkey (* author for correspondence; nagehanersoy@halic.edu.tr) Received: 22 February 2010; Accepted: 15 June 2010 Abstract Kidney stone formation has a multifactorial pathology involving the interaction of genetic and environmental factors. There is increased risk of stone formation in the relatives of idiopathic stone patients, which can be explained up to 60% by genetic factors. 30-60% of the patients with calcium oxalate (CaOx) stones are proved to have hypercalciuria. The most important factor in the active calcium absorption is 1,25-dihidroxy vitamin D, which is also known as calcitriol. Calcitriol has indirect effects on bone and kidney in addition to its role in intestinal calcium absorption. Therefore vitamin D has a central role in the control of endocrine system, bone and calcium homeostasis. Calcitriol mediates its genomic activities via vitamin D receptor (VDR). There are lots of polymorphisms identified in the VDR locus, the most widely studied ones are ApaI, EcoRV, BsmI, TaqI, FokI and Tru9I. There are ethnic variations in the distribution of VDR polymorphisms. The outcomes of the ethnic variations are not easy to understand due to differences in dietary habits and environmental factors among ethnic groups. In addition to that, there are different genetic backgrounds on which VDR polymorphisms interact with each other and with variants of other genes. Therefore it is important to identify the haplotype stuructures of VDR polymorphisms in different ethnic groups. Keywords: Kidney stone, vitamin D receptor, BsmI, ApaI, TaqI, FokI Özet Böbrek taşı oluşumu genetik ve çevresel faktörlerin etkileşimiyle ortaya çıkan multifaktöriyel bir patolojiye sahiptir. İdyopatik taş hastalarının akrabalarında artmış taş oluşumu riskinin % 60 a varan oranlarda genetik faktörlerle açıklanabileceği söylenebilir. Kalsiyum oksalat (CaOx) taşı olan tüm hastaların % 30 ile % 60 ında hiperkalsiüri görülür. Aktif kalsiyum emilimi için en önemli faktör 1,25-dihidroksi vitamin D3 ya da diğer adıyla kalsitrioldür. Kalsitriol, barsaktan kalsiyum emiliminin yanı sıra, kemik ve böbrek üzerinde indirekt etkilere sahiptir. Dolayısıyla, Vitamin D endokrin sistemi, kemik ve kalsiyum homeostazı kontrolünün merkezinde yer alır. Hücre proliferasyonunu, kalsiyum absorpsiyonunu ve hücre farklılaşmasını düzenler. Kalsitriol tüm genomik aktivitelerini vitamin D reseptörü (VDR) vasıtasıyla yürütür. VDR geni üzerinde birçok polimorfizm saptanmıştır, bunlardan en çok çalışılanları ApaI, EcoRV, BsmI, TaqI, FokI ve Tru9I dır. VDR polimorfizmleri etnik gruplar arasında farklılıklar göstermektedir. Etnik alel varyasyonlarının sonuçlarını, etnik gruplar arasında diyet ve egzersiz gibi farklı çevresel faktörler yüzünden tam olarak anlamak zordur. Buna ek olarak, etnik gruplar arasında VDR polimorfizmlerinin birbirleri ile ve diğer genlerin varyantlarıyla ilişkide bulundukları çok farklı genetik altyapı bulunmaktadır. Bu nedenle farklı etnik gruplardaki VDR polimorfizmlerinin haplotip yapısını açıklamak büyük önem taşımaktadır. Anahtar Sözcükler: Böbrek taşı, vitamin D reseptörü, BsmI, ApaI, TaqI, FokI

2 Ömer Onur ÇAKIR and Nagehan ERSOY TUNALI Giriş Böbrek taşı hastalığı (nefrolitiyaz) genetik ve çevresel faktörlerin etkileşimiyle ortaya çıkan multifaktöriyel bir patolojiye sahiptir. Amerika da kadınların %5 i, erkeklerin ise %12 si hayatlarının bir döneminde böbrek taşı problemi yaşamaktadırlar ve bu rakamlar her iki cinsiyet için de giderek artmaktadır. Böbrek taşlarının % 80 inin yapısında kalsiyum oksalat (CaOx) ve kalsiyum fosfat (CaP) bulunmaktadır; % 10 u strüvitten, % 9 u ise ürik asitten oluşmaktadır. Taşların %1 i ise sistin veya amonyum asit ürattan oluşur, ya da ilaç kullanımına bağlı olarak oluşan taşlardır. Böbrek taşı oluşumu fizyolojik olarak, bahsedilen maddelerin istenmeyen bir şekilde sıvı fazdan katı duruma geçmeleri sonucu oluşur (Coe vd., 2005). Günümüzde taş hastalığının genetik temeli henüz tam olarak anlaşılamamıştır. Taş oluşumu tetikleyici ve önleyici faktörler arasındaki dengesizlikler sonucu ortaya çıktığından dolayı, genetik ve çevresel faktörler arasındaki kompleks ilişkilerin zaman içinde ortaya koyulmasıyla böbrek taşı hastalığının sebeplerinin aydınlatılması mümkün olabilecektir. Kalsiyum Oksalat Taşı Patofizyolojisi Hiperkalsiüri Kalsiyum oksalat taşı olan tüm hastaların % 30 ile % 60 ında serum kalsiyum (Ca) düzeyi artmadan, idrar kalsiyum ekskresyonunda artış vardır. Bu durum hiperkalsiüri olarak adlandırılır. İdrar Ca atılımı, büyük bir oranda diyetle alınan kalsiyuma bağlıdır ve bu da batı ülkelerinde günlük 400 ile 2000 mg arasında değişmektedir. Hiperkalsiüri en somut olarak en az bir hafta boyunca, günde 100 meq Na ve 400 mg Ca diyetine uyulması sonucunda, günde 200 mg dan fazla kalsiyumun atılımı olarak tanımlanmaktadır (Pak vd., 1974). Hiperkalsiürinin absorbtif, renal ve resorptif hiperkalsiüri olmak üzere üç tipi bulunmaktadır. Absorbtif hiperkalsiüride primer problem artmış intestinal kalsiyum emilimidir. Absorbtif hiperkalsiürinin iyi tanımlanmış üç alt grubu vardır. Tip 1, Tip 2 ve Tip 3. Absorbtif Hiperkalsiüri Tip 1 de hastanın kalsiyum-kısıtlı diyette olsun ya da olmasın intestinal hiperabsorbsiyonu vardır. Absorbtif hiperkalsiürisi olan hastalarda barsaktan magnezyum absorbsiyonu normalken, oksalat absorbsiyonu artmıştır (Menon vd., 1992). Tip 2 de normal diyette 300 mg/gün ün üzerinde olan idrar kalsiyum atılımı kısıtlı kalsiyum diyeti sonucunda 200 mg/gün ün altına iner. Tip 3 te ise, serum fosfat düzeyi düşüktür ve bunun sonucu olarak, artmış vitamin D üretimi ve artmış kalsiyum absorbsiyonu vardır. Renal hiperkalsiüride, böbrekten primer kalsiyum kaçağı söz konusudur. Bunun yarattığı hafif hipokalsemi, parathormon salınımını stimüle eder. Artan kalsitriol ile barsaktan kalsiyum emilimi artar. Burada iki mekanizma vurgulanmalıdır. Birincisi, hem absortif hem renal hiperkalsiüride barsaktan kalsiyum emilimi artar. İkincisi ise, absortif hiperkalsiüride parathormon (PTH) baskılanırken, renal hiperkalsiüride PTH artar. Absorbtif hiperkalsiüride açlık idrar kalsiyum düzeyleri normaldir ve bu durum aşırı emilen kalsiyumu böbrekten atacak kadar aç kaldıkları anlamını taşır. Renal hiperkalsiüride ise kalsiyum yüksekliği devam etmektedir. Açlıkta yükselmiş idrar kalsiyum düzeyi ve uyarılmış PTH fonksiyonları renal hiperkalsiürinin, absorbtif hiperkalsiüriden ayrımını sağlar. Rezorptif hiperkalsiüride idrardaki artmış kalsiyumun kaynağı kemiktir. Bu sendrom hiperparatiroidizm ile eş anlamlıdır. Parathormonun direkt etkisiyle ya da PTH bağımlı kalsitriol sentezi sonucunda, fazla PTH salınımına bağlı kemik resorpsiyonunda, artmış intestinal kalsiyum emilimi kadar hiperkalsiüri görülür. PTH, tübüler kalsiyum resorbsiyonunu arttırmasına rağmen, kalsiyumun süzülmüş miktarı bu resorbsiyonu aşar ve hiperkalsiüri ortaya çıkar. İdyopatik hiperkalsiüri, sağlıklı insanların % 5-10 unda ve kalsiyum nefrolitiazisi olan hastaların da yaklaşık % 50 sinde görülür (Coe ve Bushinsky, 1984). Bu çalışmalar kalsiyum atılımının poligenik kontrol altında olmasına rağmen, idyopatik hiperkalsiüride kalıtsal olarak otozomal dominant geçiş görülebileceğine işaret etmiştir (Holmes ve Goodman, 1995). Hiperoksalüri Hiperoksalürinin üç farklı nedeni vardır: artmış oksalat üretimi, enterik hiperoksalüri, ve hafif metabolik hiperoksalüri. Artmış oksalat üretimi, primer hiperoksalüri ya da artmış hepatik dönüşüm sebebiyle olur. Primer hiperoksalürinin iki tipi vardır. Primer Hiperoksalüri Tip 1; nefrokalsinozis, dokularda oksalat birikimi ile karakterize ve tedavi edilmediği taktirde 20 yaşından önce böbrek

CaOx taş oluşumunda VDR polimorfizmleri 3 yetmezliği nedeniyle ölüme sebep olan, otozomal resesif bir metabolizma bozukluğudur (Williams ve Smith, 1983). Primer Oksalüri Tip 1 in karaciğerdeki alanin glioksalat aminotransferaz (AGT) enzimindeki bir bozukluk sebebiyle oluştuğu gösterilmiştir (Danpure ve Jennings, 1988). AGT, normal insan karaciğerinde glioksalatın glisine transaminasyonunu ya da detoksifikasyonunu katalizler. Primer hiperoksalüride bu enzim eksik olduğu için glioksalat oksalata okside olur. Primer Hiperoksalüri Tip 2 ya da L-gliserik asidüri bu hastalığın nadir görülen bir tipidir (Williams ve Smith, 1983). Karaciğer enzimlerinden D-gliserat dehidrogenaz ya da glioksalat redüktaz eksikliğinde, idrardaki oksalat ve gliserat atılımı artar. Primer hiperoksalürinin her iki tipi de yüksek seviyede oksalat üretimine ve idrarla günlük 1,5-3 mmol oksalat atılımına neden olur (Itami vd, 1990). Primer hiperoksalüri bazı hastalarda oksalat üretimini azaltan piridoksin (200-400 mg/gün) ile tedavi edilmektedir. Primer hiperoksalürisi olan bazı hastalarda piridoksin, glioksalatın glisine dönüşümünde kofaktör olarak rol oynar ve idrardan oksalat atılımını azaltır. Enterik hiperoksalüride oksalat mideden ve kolondan emilir (Menon ve Mahle, 1982). İnce barsak rezeksiyonu (Smith, 1992), intrensek hastalıklar ya da ileojejunal baypas (Vainder and Kelly, 1976) gibi malabsorpsiyona yol açabilecek herhangi bir sebep, kolonik epitelin artmış safra tuzuna maruz kalması nedeniyle, oksalatın kolonik permeabilitesini artırır. Birçok çalışma, idyopatik kalsiyum oksalat taşlarının patogenezinde, hafif metabolik hiperoksalürinin en az hiperkalsiüri kadar önemli bir faktör olduğunu ortaya koymuştur. Kalsiyum taşı olan hastaların % 30-50 sinde üriner oksalat atılımı artmıştır (Menon ve Mahle, 1982). Hiperoksalüri, normalden % 90 daha fazla oksalat atılımı olarak tarif edilmiş ve üriner sistem taş hastalığı olanların % 37 sinde bu durum izlenmiştir (Wallace vd., 1981). Kalsiyum, Vitamin D ve Kalsiyum Oksalat Taşı İlişkisi Batı diyetindeki kalsiyum miktarı ortalama 600-1200 mg olmakla birlikte, kg başına 15 mg civarındadır (Pak vd., 1974) ve bunun % 30-% 45 i absorbe edilir. Kalsiyumun barsaktan emilimi diyetle alımıyla ters orantılıdır. Yani kalsiyum emilimi, düşük kalsiyum ağırlıklı diyetlerde daha fazladır. Emilen kalsiyumun 100-200 mg ı barsağa salınır. Barsaktan kalsiyum emilimi, hücresel ve hücre çevresindeki yollar vasıtasıyla sağlanır. Yüksek luminal konsantrasyonlarda, emilim temel olarak hücre çevresindeki yollar arasında difüzyonla sağlanır. Düşük konsantrasyonlarda ise hücresel yollar önem kazanır. Kalsiyum iyon formunda emilir. Bu sebeple fosfat, sitrat, sülfat, oksalat, yağ asitleri gibi kalsiyuma bağlanan maddeler kalsiyumun emilimini azaltırlar (Menon ve Mahle, 1982). ph 6,1 in altına indiğinde kalsiyum ile oksalatın birleşimi azaldığı için kalsiyum, jejenum ve ileumun proksimal bölümünde maksimum emilir. Zaten buralardaki ph değeri genellikle 6 nın altındadır. Bir miktar kalsiyum ise tüm gastrointestinal sistem boyunca emilir. Aktif ya da transselüler kalsiyum emilimi için en önemli faktör 1,25-dihidroksivitamin D3 (1,25(OH)2D3) ya da diğer adıyla kalsitrioldür. Kalsitriol, barsak mukozasındaki fırçamsı kenardan kalsiyum emilimini artırır. Bu da membran lipid konsantrasyonunu değiştirerek, zarın kalsiyuma geçirgenliğinde hızlı bir artış meydana getirir. Diyetteki kalsiyumun miktarı azalınca, kalsitriol üretimi artar, serum düzeyi yükselir ve kalsiyum duodenum, jejunum, ileum ve kolondan emilir. Vitamin D nin 40 metaboliti tanımlanmış olmakla birlikte, kalsitriolün vitamin D nin barsaktan emilimi artıran en güçlü uyarıcı olduğu kabul edilir (De Luca vd., 1980; Henry vd., 1992). Güneş ışığı, 7-dihidrokolesterolün cildin malpigi tabakasında previtamin D3 e dönüşmesine sebep olur. Previtamin D3 daha sonra karaciğere taşınır ve 25-hidroksi vitamin D3 e hidroksile edilir, bu ürün ise proksimal renal tübülde 1,25-dihidroksivitamin D3 e hidroksile edilir. Bu dönüşüm paratiroid hormon ve hipofosfatemi ile uyarılır. PTH proksimal renal tübül mitokondrisindeki 1-alfa hidroksilaz enzimini uyarır, kalsitriol kana salınır, barsağa ulaşır ve epitel hücrelerdeki fırçamsı kenarlardaki zarın reseptörüne bağlanır. Böbrek, kalsitriolün en önemli üreticisi olmasına rağmen, aktive olmuş makrofajlar ve diğer hücreler de kalsitriolün üretimine katkıda bulunur. Barsaktan kalsiyum emiliminin yanı sıra 1,25 dihidroksivitamin D3, kemik ve böbrek üzerinde indirekt etkilere sahiptir. Kemikte kalsitriol osteoklastik aktiviteyi artırarak, PTH nun

4 Ömer Onur ÇAKIR and Nagehan ERSOY TUNALI yardımıyla kemik resorpsiyonuna sebep olur (Raisz vd., 1972), böylece böbreğe ulaşan kalsiyum ve fosfat miktarı artar. Fakat PTH renal kalsiyum re-absorbsiyonunu ve fosfat ekspresyonunu artırır. Sonuç olarak serum kalsiyum seviyesi artar, PTH salınımı baskılanır ve kalsitriol üretimi de azalmış olur. Böbrek Taşı Hastalığının Genetik Temeli Genetik faktörler, böbrek taşı oluşumunun önemli belirleyicileri olarak düşünülmektedir. Örnek olarak bir çalışmada taş hastalarının % 16-37 sinin pozitif aile öyküsü olduğu saptanmış ve pozitif aile öykülü erkek taş hastalarında hastalığa 2.57 kat daha fazla rastlandığı tespit edilmiştir (Curhan vd., 1997). Bu artmış göreceli risk, sonuçların hastalığı etkileyen çevresel faktörlere göre düzeltilmesi sonucu da aynı kalmıştır. Dolayısıyla, idyopatik taş hastalarının akrabalarında artmış taş oluşumu riskinin % 60 a varan oranlarda genetik faktörlerle açıklanabileceği söylenebilir. Sonuç olarak, diyete bağlı bilinen faktörler kontrol altına alındığında pozitif aile öyküsü tek başına en önemli risk faktörü olmaktadır (Curhan vd., 1997). Hiperkalsiüri, Kalsiyum Oksalat Taşı ve Vitamin D Reseptörü İlişkisi Renal taş oluşumunun metabolik nedenleri arasında en sık görüleni idyopatik hiperkalsiüridir. İdrara aşırı miktarda kalsiyum ekskresyonu sonucu oluşan idyopatik hiperkalsiüri, taş hastalarının yaklaşık % 50 sinde mevcutken genel populasyonun % 10 undan azında saptanmıştır. İdyopatik hiperkalsiüri böbrek taşı oluşumunda sıklıkla hiperürikozüri, hiperoksalüri ve hipositratüri gibi diğer metabolik risk faktörleriyle de ilişkilidir. Tekrar taş oluşturan hastaların en az üçte birinde hiperkalsiüri ve hipositratürinin her ikisi de mevcuttur (Hamm vd., 2002; Rudman vd., 1982). Daha önce yapılan çalışmalar, taş oluşturan hastalardaki idyopatik hipositratürinin normal olarak filtre edilmiş sitratın aşırı tübüler reabsorbsiyonundan kaynaklandığını göstermektedir. Rudman vd. (1982) idyopatik hipositratürili taş hastalarında sitrat, kalsiyum ve fosfatın renal işlenmesini direk veya dolaylı olarak etkileyen ortak bir bozukluğun olduğunu öne sürmektedirler. Kalsitriolün genomik ve genomik olmayan etkilerinin kontrolünde rol alan vitamin D reseptörü (VDR), aynı zamanda kalsiyum ve fosfatın tübüler işlemiyle ilgili moleküllerin hücresel ekspresyonunu, bu molekülleri kodlayan genlerin promotor bölgelerinde yer alan vitamin D cevaplayıcı elemanlar yoluyla düzenler (Erben vd., 2002; Hoenderop vd., 2001). Kalsiyum oksalat böbrek taşlarının oluşumu, kalsiyum ve oksalatın idrardaki konsantrasyonlarıyla doğru orantılı, magnezyum ve sitrat konsantrasyonları ile ise ters orantılıdır (Lindberg ve Sprague, 2001; Pak, 1998; Scott vd., 1999; Nunziata vd., 1991). Sitrat direkt olarak kalsiyum oksalatın spontan nükleasyonunu inhibe eder. Aynı zamanda kalsiyum oksalat ve kalsiyum fosfat kristallerinin büyümesini, aglomerasyonunu ve agregasyonunu engelleyen potansiyel bir inhibitördür. Bu durum da, hipositratürinin kalsiyum taşları oluşumuna yol açan bir sebep olabileceğini gösterir (Pak, 1998). Üriner sitrat ekskresyonunun en önemli belirleyicisi asit-baz dengesidir. Sitratüri alkalozis ile atar, asidozis ile azalır. Ancak, sitratın böbrekte işlenmesi tam olarak anlaşılabilmiş değildir, bunu etkileyen birçok faktör olduğu düşünülmektedir. Bununla birlikte, Vitamin D nin metabolik aktivitelerinin sitrat ekskresyonunu etkilediği kanıtlanmıştır. 1,25(OH)2D3, böbrekteki mitokondriyal sitrat metabolizmasını düzenleyerek üriner sitrat ekskresyonunu arttırmaktadır (Simpson, 1983). 1,25(OH)2D3 ün etkisini gösterebilmesi için intraselüler reseptörüne -vitamin D reseptörübağlanması ve bu kompleksin çekirdek ve mitokondriyel genomdaki vitamin D cevap elementleriyle etkileşimde bulunması gerekmektedir (Haussler vd., 1998). Buna ek olarak, nükleer VDR, 1,25(OH)2D3 ün hızlı ve genomik olmayan etkilerinde de rol oynamaktadır (Bouillon vd., 2001; Erben vd., 2002). Bunlar gibi daha birçok veri, VDR lokusundaki alelik varyasyonların hiperkalsiüri ile ve dolayısıyla kalsiyum taşlarının oluşumuyla ilişkili olabileceği yönündedir. Bunlardan biri, hiperkalsiüri hastalarının artmış lenfositlerinde VDR sayısını arttığının gösterilmesidir (Zerwekh vd., 1993). Bununla birlikte, hiperkalsiürik kalsiyum taşı hastaları azalmış vertebral mineral dansitesine sahiptir (Alhava vd., 1976; Sutton ve Walker, 1986; Bataille vd., 1991) ve VDR lokusundaki genetik varyasyon hepsinde olmasa bile (Hustmyer vd., 1994; Peacock, 1995; Garnero vd., 1995; Garnero vd., 1996; Zmuda vd., 1997) bazılarında kemik mineral dansitesi ile ilişkilendirilmiştir (Morrison

CaOx taş oluşumunda VDR polimorfizmleri 5 vd., 1994; Spector vd., 1995; Salamone vd., 1996; Harris vd., 1997). Ayrıca, kadınlarda barsak kalsiyum emilimi VDR genotipleri ile ilişkili bulunmuştur (Dawson vd., 1995; Wishart vd., 1997). Vitamin D ve Vitamin D Reseptörü Fonksiyonları Vitamin D endokrin sistemi, kemik ve kalsiyum homeostazı kontrolünün merkezinde yer alır. Hücre proliferasyonunu, kalsiyum absorpsiyonunu ve hücre farklılaşmasını düzenler. Vitamin D nin aktif formu, dolaşımdaki seviyesi çok sıkı bir şekilde düzenlenen 1,25-dihidroksivitamin D3 tür (kalsitriol) ve kalsiyum homeostazı ile ilgili tüm genomik aktivitelerini VDR vasıtasıyla yürütür. Bunun dışında vitamin D, immün-cevap ya da kanser gibi diğer metabolik yolaklarda da görev alır (Haussler vd., 1998). Diyetle birlikte alınmış ya da 7-dehidrokolesterolün biyo-aktivasyonuyla oluşmuş vitamin D inerttir; biyolojik etkisini gösterebilmesi için aktive edilmeye ihtiyaç duyar. Vitamin D3, deride 7-dehidrokolesterolün ultraviyole ışığı ile previtamin-d3 e fotokonversiyonu (Holick vd., 1977; Okano vd., 1977) ve bunu takiben vitamin D3 e termal izomerizasyonu (Hanewald vd., 1961; Fraser ve Kodicek, 1970) ile üretilir. Vitamin D nin metabolik aktivasyonunda ilk aşama 25. karbonun hidroksilasyonudur; bu reaksiyon 25-hidroksilasyon olarak adlandırılır. Bu reaksiyonun her ne kadar deri, barsak, böbrek gibi dokularda da gerçekleştiği rapor edildiyse de önemli ölçüde karaciğerde meydana geldiği bilinmektedir. Vitamin D biyo-aktivasyonunun ikinci ve daha önemli basamağı, fizyolojik şartlar altında temel olarak böbrekte gerçekleşen 25(OH)D3 ten 1,25(OH)2D3 oluşumudur (Fraser ve Kodicek, 1970). Bu reaksiyonun gerçekleşmesini sağlayan enzim, 25(OH)D-1a-hidroksilaz, iç mitokodriyal membranda bulunur ve moleküler oksijen ile indirgenmiş ferrodoksine ihtiyaç duyan bir sitokrom P-450 monooksigenazdır (Ghazarian vd., 1974). Son yıllarda birçok çalışma 25(OH)D3 ün 1,25(OH)2D3 e çevrilmesinin sadece böbrekte olmadığını göstermiştir. Birçok hücre ve doku 1a-hidroksilaz eksprese eder, ancak insanlarda 1,25(OH)2D3 ün bu ekstra-renal kaynakları sadece hamilelikte, kronik renal yetmezlikte ve romatoid artrid, tüberküloz, sarkaidoz gibi patolojik durumlarda önemli ölçüde sirküle eden 1,25(OH)2D3 seviyelerine katkıda bulunur. 1,25(OH)2D3 ün çoğu biyolojik aktiviteleri, ligandla aktive olan bir transkrispsiyon faktörü olarak görev yapan, yüksek afiniteli VDR reseptörü vasıtasıyla yürütülür. VDR, steroid reseptör ailesine dahildir ve birçok farklı genin transkripsiyonuna etki etmek suretiyle aktif metabolit 1,25-dihidroksivitamin D3 ün etkilerini düzenler (Whitfield vd., 1995). VDR tarafından kontrol edilen gen ekspresyonu prosesi sırasıyla reseptöre ligandın bağlanması, retinoid X reseptörü ile (RXR) dimerizasyonu, bu heterodimerin vitamin D reseptörü cevaplayıcı elementine (VDRE) bağlanması ve diğer nükleer proteinlerin transkripsiyon preinisiasyon kompleksine dahil olmaları ile gerçekleşir. Dolayısıyla, VDR genindeki genetik değişimler gen aktivasyonunda önemli defektlere yol açabilir; bu da kalsiyum metabolizmasını, hücre proliferasyonunu, immün fonksiyonu etkileyebilir. (Ghazarian vd., 1974). VDR genindeki herhangi bir değişim kalsiyum metabolizmasını değiştirerek kalsiyum taşları oluşumu riskini arttırabilir. Bu nedenle VDR gen bölgesi, idyopatik kalsiyum taşı hastalığı için aday gen lokusu olarak düşünülmüştür. Alelik varyasyonlar reseptörün aktivitesini ve dolayısıyla kalsiyum absorpsiyonu ve ekskresyonu gibi Vitamin D nin rol aldığı yolakları etkileyeceklerdir. VDR genindeki polimorfizmler yakın zamanlarda kalsiyum böbrek taşı hastalığında farklı populasyonlar için incelenmeye başlanmıştır (Vezzoli 2002; Mossetti 2004). Vitamin D Reseptörü Geninin Yapısı VDR cdna sının 1988 yılında klonlanmasından sonra (Baker vd., 1988) insan VDR geninin genomik yapısının keşfedilmesi yaklaşık on yıl sürmüş ve genin önemli bölümleri 1997 yılında ortaya koyulmuştur (Miyamoto vd., 1997). VDR geninin kromozom 12 deki yeri önce kabaca bağlantı analizi ile bulunmuş (Labuda vd., 1992), daha sonra floresan in situ hibridizasyon (FISH) ve radyasyon hibrid haritalama gibi ileri tekniklerle iyileştirilmiştir (Taymans vd., 1999). Sonraki aşamalarda kromozom 12q13 bölgesinin yüksek rezolüsyonlu fiziksel haritası çıkarılarak gen lokusu kesinleştirilmiştir. Kromozom 12q13.1 e haritalanan VDR geninin 100 kb dan uzun oldukça büyük bir gen olduğu ve kolojen tip II alfa 1 (COL2A1) geninin hemen yanında lokalize olduğu bulunmuştur (Huang vd., 1991; Takahashi et al.,

6 Ömer Onur ÇAKIR and Nagehan ERSOY TUNALI 1990). Ancak, COL2A1 ile VDR genleri arasında halen tanımlanamamış bir bölge bulunmaktadır. VDR geni fosfofruktokinaz (PFKM), sentrin/sumo-spesifik proteaz (SENP1) ve histon deasetilaz (HDAC7) gen bölgeleri arasında yer almakta, aynı bölgede henüz bilinmeyen genler de bulunmaktadır. VDR geni, birçok dokuya özgün transkriptler oluşturabilme kapasitesinde olan geniş bir promotor bölgesine sahiptir ve dokuz ekzon içermektedir. Birbiriyle bağlantı eşitsizliği (LD) gösteren intron 8 ve ekzon 9 da ve ayrıca ekzon 2 de çeşitli polimorfizmler saptanmıştır (Tokita vd., 1996; Ferrari vd.,1996; Torres vd., 1996; Gross vd., 1996). Vitamin D Reseptörü Polimorfizmleri VDR polimorfizmlerinin keşfi, 1990 ların başında, gen lokusunun değişik restriksiyon enzimleriyle kesilmesi ve polimorfik bant paternlerinin Southern Blot hibridizasyonu ile gösterilmesi yoluyla başlamıştır. Bu yöntemle, VDR geninin 3 ucunda ApaI, EcoRV, BsmI, TaqI (Morrison vd., 1994) ve Tru9I (Ye vd., 2000) restriksiyon fragman uzunluk polimorfizmleri (RFLP) keşfedilmiştir. FokI RFLP si ise daha farklı bir yöntemle bulunmuştur. VDR cdna sının Baker dizisi adı verilen orijinal dizisine (Baker vd., 1998) bakıldığında iki potansiyel translasyon başlangıç noktası (ATG) saptanmış ve dizi karşılaştırmaları sonucunda ilk potansiyel başlama bölgesinde T/C polimorfizminin (ATG/ACG) oluştuğu gösterilmiştir (Gross vd. 1996; Saijo vd., 1991; Sturzenbecker vd., 1994). Başlangıç kodonu polimorfizmi olarak da tanınan bu polimorfizm daha sonraları bir RFLP testinde FokI restriksiyon enzimi kullanılarak tanımlanmıştır (Arai vd., 1997). Olası iki başlangıç bölgesi kullanılarak iki protein varyantı sentezlenebilir: VDR proteininin uzun versiyonu ( f aleli) ve üç amino asit kısa olan protein versiyonu ( F aleli). FokI polimorfizmi, VDR geninde saptanan tek protein polimorfizmidir. Diğer bir VDR polimorfizmi olan Cdx2 polimorfizmi, VDR geninin aynı bölgelerinin farklı bireylerde dizilenmesiyle ortaya çıkarılmıştır. Japon kadınları üzerinde yapılan bir çalışmada VDR 1a promotor bölgesinde G/A sekans varyasyonu rapor edilmiştir (Arai vd., 2001). G/A polimorfizmi Cdx2 adı verilen barsak-spesifik transkripsiyon faktörünün bağlanma bölgesinin içindedir (Yamamoto vd., 1999). Yapılan diğer bir çalışmada Cdx2 polimorfizminin VDR 1e promotoru içinde olduğu da gösterilmiştir. Yakın zamanlarda bu polimorfizm farklı etnik gruplar arasında da tanmlanmıştır (Fang vd., 2003). Yapılan daha kapsamlı bir çalışmada VDR geninin dizi analizi yapılmış olan 22 kb lık bölümünde, ekzon 1f-1c ve ekzon 2-9 un içinde ve yakınlarındaki promotor bölgelerinde ve ayrıca 3 UTR da 63 polimorfizm saptanmıştır (Uitterlinden vd., 2004b). Polimorfizmlerin büyük kısmının kodlayıcı bölgelerden çok, düzenleyici bölgelerde olduğu gözlemlenmiştir. Protein dizilerindeki varyasyon ligandın afinitesinde veya DNA ya bağlanmasında değişiklikler gibi büyük fonksiyonel etkilere sebep olabileceği için, polimorfik varyasyonların ve dolayısıyla populasyon varyasyonlarının 5 promotor veya 3 UTR bölgesi gibi ekspresyon seviyesini düzenleyen bölgelerde bulunması daha olasıdır. VDR Reseptörü Polimorfizmlerinin Fonksiyonelliği Kullanılan polimorfizmlerin çoğunun anonim olması nedeniyle, VDR polimorfizmleri kullanılarak yapılan asosiyasyon çalışmalarının yorumlanması güçleşmektedir. Birçok araştırmacı son yıllarda içinde BsmI RFLP si, Bsm-Apa-Taq haplotipleri ve 3 UTR daki polya VNTR ını da barındıran anonim polimorfizmleri kullanarak çoklu biyo-cevap parametrelerini analiz etmiştir. Bu çalışmalar in vitro hücre biyolojisi ve moleküler biyoloji çalışmaları ve aynı zamanda biyokimyasal markörler ve vitamin D, kalsiyum ve hormon replasman terapisi veya bifosfanat muamelelerine oluşturulan cevaplarının in vivo ölçümlerini içermektedir. Polimorfizmlerin fonksiyonelliği farklı seviyelerde (örn. mrna, protein, hücre ve organizma seviyelerinde) test edilmelidir. Optimal koşullarda bir polimorfizmin tüm bu seviyelerde benzer alelik etkiler göstermesi beklenir, bu da moleküler düzeydeki mekanizmalar ile populasyon seviyesindeki epidemiyolojik veriler arasında bağlantı kurulabilmesini sağlayacaktır. Bu durum Cdx2 ve FokI polimorfizmleri için büyük oranda tanımlanmıştır; fakat BsmI-ApaI-TaqI RFLP leri ve polya VNTR polimorfizmleri için kesinlik kazanmamıştır ve sonuçlar oldukça tartışmalıdır. Anonim polimorfizmlerle fonksiyonel bir çalışma yapmak gereksiz gibi gözükse de, bu tür çalışmalarda alınacak sonuçlar, markör

CaOx taş oluşumunda VDR polimorfizmleri 7 polimorfizmlerle gerçekten fonksiyonel polimorfizmler arasındaki kuvvetli LD sebebiyle, yine de informatif olabilir. FokI polimorfizmi: Genetik bakış açısıyla FokI RFLP sinin VDR geni için bağımsız bir markör olduğu düşünülebilir; çünkü diğer VDR polimorfizmleri ile arasında hiçbir LD yoktur ve bu polimorfizmi çevreleyen LD alanı çok küçüktür (Uitterlinden vd., 2004b). FokI polimorfizminin fonksiyonelliği üzerine yapılan bir çalışmada VDRE barındıran sıçan 24-hidroksilaz geni promotor bölgesinin kısa bir parçasının (-291 - + 9) kontrolü altında bir raportör kullanılarak, transfekte edilmiş HeLa hücrelerinde transkripsiyonel aktivasyon deneyleri yapılmıştır (Arai vd.,1997). Sonuçlar 424 aminoasitlik kısa VDR protein varyantının, 427 aminoasitlik uzun varyantından 1.7 kat daha aktif olduğunu göstermiştir. Ancak bu çalışma daha sonra tekrarlanamamıştır (Gross vd., 1998). Bu çalışmada FokI alelik farklarının VDR proteininin transkripsiyon aktivasyonuna etkisini incelenmiş, fakat deney COS7 hücrelerinde ve sıçan 24-hidroksilaz promotorunun biraz daha büyük bir bölümü (-1399 - +76) kullanılarak yapılmıştır. Ek olarak insan osteokalsin geni ve sıçan osteopontin genindeki VDRE ler analiz edilmiş fakat bu sistemler arasında FokI alelik farklılıklarının etkisini gösterilememiştir. Ancak, bu test sistemlerinde polimorfizmin nispeten küçük etkilerinin gözlemlenmesinin zor olabileceği de dikkate alınmalıdır. Buna ek olarak, hücre tipinde, promotor bölgesi ve VDRE nin gen özgüllüğündeki küçük farklar, allelik farklılığın analiz edilmesinde önemli kriterler olabilir. Yapılan diğer bir çalışmada COS7, HeLa, ve ROS2/3 hücrelerinde 1100 bp lik sıçan osteokalsin promotoru içeren raportör yapılar kullanarak 424 aminoasitlik VDR varyantının transkripsiyon faktörü TFIIB ile daha verimli bir şekilde etkileştiği gösterilmiş ve 424 aminoasitlik kısa VDR varyantının transkripsiyonel olarak daha güçlü bir VDR proteinini temsil ettiği saptanmıştır (Jurutka vd., 2000). Bu görüş, aynı grup tarafından sıçan osteokalsin geninin dört kopyasını içeren bir raportör yapı kullanılarak değişik endojen FokI VDR genotipine sahip 20 fibroblast hücre hattının analizi ile de doğrulanmıştır (Jurutka vd., 2000). Fonksiyonelliğe farklı bir yaklaşımla da 424 aa kısa VDR varyantının yüksek aktivitesi onaylanmıştır. Bu çalışmada post-menopoz dönemindeki 72 kadından elde edilen ve FokI RFLP si için değişik genotipler taşıyan periferal kan mononükleer hücrelerinde (PBMC) vitamin D nin büyüme inhibisyon kapasitesi test edilmiş ve F alelini taşıyan (kısa protein varyantı) PBMC lerin hücre büyümesini inhibe etmede daha aktif VDR varyantına sahip oldukları gözlemlenmiştir (Colin vd., 2000). Sonuç olarak FokI polimorfizminin fonksiyonel olduğu söylenebilir ve 424 aa VDR varyantı 427 aa varyantından transaktivasyon kapasitesi açısından daha aktiftir. Bu durum gene özel bir etkiden kaynaklanabilir, yani vitamin D hedef genlerinin bazı promotor bölgeleri, VDR genotipe bağımlı aktivite farkına daha hassas olabilir. Ko-transkripsiyonel faktörlerle hücre tipine özel etkileşim ile birlikte, bu durum genotipe bağımlı farklılıkların hücre tipine özgü ve organa özgü ekspresyonu ile sonuçlanabilir. Bsm-Apa-Taq ve 3 UTR polimorfizmleri: VDR geninin 3 UTR si pek çok polimorfizm içermektedir ve kuvvetli LD vasıtasıyla, Bsm-Apa ve/veya Taq RFLP leri ile gözlenen asosiyasyonlar açıklanabilir. Genlerin 3 UTR ları ekspresyonun düzenlenmesinde, özellikle de mrna stabilitesinin düzenlenmesi yoluyla, rol alırlar. En sık görülen iki haplotipe (bat ve BAt) bağlı iki 3 UTR varyantı için değişen lusiferaz aktivitesi olduğuna dair kanıt elde edilmiştir (Morrison vd., 2004). Destabilize eden elemanlar olarak adlandırılan bazı UTR parçalarının VDR mrna sının stabilitesini belirleme ile alakalı olduğunu gösterilmiştir (Durrin vd.,1999). Özellikle, 3 UTR lerin mrna stabilitesi için hücreye özgü etkilerinin olduğu düşünülürse, bu durum UTR bölgesindeki sekans varyasyonlarının fonksiyonelliğini göstermede önem taşıyabilir. 3 polimorfizmlerine göre ekspresyon düzeylerindeki farklılıkları analiz eden başka çalışmalar da yapılmıştır. BAt haplotipinin bat haplotipinden genelde daha yüksek düzeyde mrna ekspresyon eğilimi olmasına rağmen sonuçlar tutarlı değildir. Whitfield vd. (2001) translasyon başlangıç kodon polimorfizmi olan FokI ve 3 UTR poli(a) dizisinin fonksiyonel önemini göstermiştir. Farklı VDR genotiplerine sahip 20 fibroblast hücre hattında, FokI RFLP si (F ve f alelleri) ile uzun (L) ve kısa (S) poli(a) uzantıları için farklı genotipteki endojen VDR proteininin rölatif transkripsiyon verimi ölçülmüştür. Endojen VDR proteini, hücreye

8 Ömer Onur ÇAKIR and Nagehan ERSOY TUNALI transfekte edilen 1,25-dihidroksivitamin D3 cevaplayıcı raportör geni (sıçan osteokalsin geni içeren VDRE) için transkripsiyon faktörü gibi davranmıştır. Bu çalışma yüksek ( FL genotipi) ve düşük ( fs genotipi) VDR aktivitesi kanıtlarını desteklemektedir. Aynı zamanda bu çalışma VDR genindeki çoklu polimorfizmlerin birbirleri ile olan ilişkilerinin analiz edilmesine dikkat çekmektedir. Başka bir aşamada, VDR genotipinin oluşturduğu cevaplar serum markörlerinin farklılıkları açısından analiz edilmiştir. VDR nün, belli protein ya da protein fragmanlarının dolaşıma salınmasına sebep olan vitamin D cevaplayıcı genleri üzerinde rol oynadığı düşünülmüştür. Bu konuda yapılan 17 çalışma osteokalsin ve PTH gibi vitamin D ye özgü olduğu düşünülen birçok değişik serum markörü içermektedir. Özellikle osteokalsin analiz edilmiştir, çünkü yüksek oranda vitamin D cevap veren bir gendir ve kemik metabolizmasını (kemik oluşumu aktivitesini) gözlemlemek için klinik olarak sıkça ölçülür. On yedi çalışmadan yedisinde osteokalsinin serum seviyesinde (veya diğer kemik markörlerinde) genotipe bağımlı farklılıklar saptanmamasına rağmen sekiz çalışma BAt haplotipli kişilerde bat haplotiplilere göre daha yüksek osteokalsin seviyeleri rapor edilmiştir. Fakat üç çalışmada da tam tersi sonuçlar rapor edilmiştir (Uitterlinden vd., 2004b). VDR genotipinin belli uygulamalara verdiği in vivo cevabı belirleyen çalışmalar analiz edildiğinde benzer sonuçlar görülebilir. Bu çalışmalarda kalsitriol, kalsiyum, kortikosteroidler, HRT ve etidronat ile yapılan muamelelere verilen cevabın analizi yapılmış ve cevaplar çoğunlukla kemik mineral dansitesindeki değişimlerin ölçülmesi şeklinde olmuştur. Dokuz çalışmadan dördü BAt ın bat tan daha iyi cevap verdiğini rapor etmiştir. Fakat dokuzundan üçü tam ters etki gösterirken üçü de hiçbir etki göstermemiştir (Uitterlinden vd., 2004b). Sonuç olarak durum hala netleşmemesine rağmen Bat haplotipi (3 UTR deki kısa polia VNTR alelleri ile alakalı) bir şekilde bat haplotipinden (uzun polia VNTR alelleri ile alakalı) daha iyi cevap veriyor gibi görünmektedir. In vitro çalışmalar ile birlikte, haplotip 2 nin (BAt) genel olarak haplotip 1 den (bat) daha iyi cevap oluşturduğu söylenmektedir. Bunun belki de mrna stabilitesinin ve yarı-ömrünün daha iyi olması nedeni ile olabileceği de düşünülebilir. Bu da teorik olarak hedef hücrede daha fazla sayıda VDR olması ve sonuçta vitamin D ye daha iyi cevap verilmesi anlamına gelir. Vitamin D Reseptörü Polimorfizmlerinde Görülen Etnik Varyasyonlar VDR polimorfizmleri diğer etnik gruplara göre en fazla beyaz ırkta analiz edilmiş ve saptanmıştır. En çok çalışılan VDR polimorfizmlerine bakıldığında ırklar ve/veya etnik gruplar arasında bazı farklılıklar (Tablo 1) görülmektedir (Zmuda vd., 2000). Tablo 1. VDR alel frekanslarının etnik gruplar arasında karşılaştırılması (Uitterlinden vd., 2004) VDR polimorfizmi Polimorfizmler Cdx2 Fok I Bsm I Apa I Taq I poly A Minör allel Etnik grup (%) Beyaz Irk Asyalı Cdx2 f~t B A T kısa n=13-27 Bsm-Apa-Taq haplotipleri bat: haplotip 1 BAt: haplotip 2 bat: haplotip3 19 34 42 44 43 41 43 51 7 74 8 12 Afrikalı 74 24 36 31 31 29 FokI RFLP sinin uzun protein varyantına (427 aa) karşılık gelen f aleli beyaz ırk ve Asyalılarla karşılaştırıldığında Afrika toplumunda daha seyrek görülmektedir. BsmI RFLP sinin B aleli beyaz ırk ve Afrikalılarla karşılaştırıldığında ise Asyalılarda daha seyrek görülmektedir. Bunun gibi, 3 UTR-polyA VNTR ı da etnik gruplar arasında farklılıklar göstermektedir (Ingles vd.,1997). Ayrıca, Cdx2 A alelinin frekansı da etnik gruplar arasında oldukça büyük farklar ortaya koymaktadır; A aleli beyaz ırkta en düşük (% 19) ve Afrikalılarda en yüksek (% 74) bulunmuştur (Fang vd., 2003) Etnik alel varyasyonlarının sonuçlarını, etnik gruplar arasında diyet ve egzersiz gibi farklı çevresel faktörler yüzünden tam olarak anlamak zordur. Buna ek olarak, etnik gruplar arasında, VDR polimorfizmlerinin birbirleri ile ve diğer genlerin diğer genetik varyantlarıyla ilişkide bulundukları çok farklı genetik altyapı bulunmaktadır. Bu nedenle farklı etnik gruplardaki VDR polimorfizmlerinin haplotip yapısını açıklamak büyük önem taşımaktadır. Bu, hangi VDR alellerinin belli haplotiplerde birlikte bulunacağını ve farklı etnik gruplar için frekanslarının ne olacağını gösterecektir. Bu bilgiler ışığında ve etnik gruplar arasındaki çevresel faktörlerdeki farklılıklar da göz

CaOx taş oluşumunda VDR polimorfizmleri 9 önünde bulundurularak ilgili gen-çevre etkileşimi açıklığa kavuşturulabilir. Kaynaklar Alhava E, Juuti M and Karjalainen P. Bone mineral density in patients with urolithiasis. Scand J Urol Nephrol. 10: 154 156, 1976. Arai H, Miyamoto K, Taketani Y, Yamamoto H, Iemori Y, Morita K, Tonai T, Nishisho T, Mori S and Takeda E. A vitamin D receptor gene polymorphism in the translation initiation codon: effect on protein activity and relation to bone mineral density in Japanese women. J Bone Miner Res. 12: 915 921, 1997. Arai H, Miyamoto KI, Yoshida M, Yamamoto H, Taketani Y, Morita K, Kubota M, Yoshida S, Ikeda M, Watabe F, Kanemasa Y and Takeda E. The polymorphism in the caudal-related homeodomain protein Cdx-2 binding element in the human vitamin D receptor gene. J Bone Miner Res. 16: 1256 1264, 2001. Baker AR, McDonnell DP, Hughes M, Crisp TM, Mangelsdorf DJ, Haussler MR, Pike JW, Shine J and O Malley BW. Cloning and expression of full-length cdna encoding human vitamin D receptor. Proc Natl Acad Sci. USA. 85: 3294 3298, 1988. Bataille P, Achard J, Fournier A, Boudailliez B, Westeel P, El Esper N, Bergot C, Jans I, Lalau J, Petit J, Henon G, Laval Jeantet M, Bouillon R and Sebert J. Diet, vitamin D and vertebral mineral density in hypercalciuric calcium stone formers. Kidney Int. 39: 1193 1205, 1991. Bouillon R. Vitamin D: from photosynthesis, metabolism and action to clinical application. Endocrinology. In DeGroot LJ, Jameson JL, (Eds). WB Saunders Company. Philadelphia, PA. 1009 28, 2001. Coe FL and Bushinsky DA. Pathophysiology of hypercalciuria. Am J Physiol. 247:1-13, 1984. Colin EM, Weel AE, Uitterlinden AG, Buurman CJ, Birkenhager JC, Pols HA and van Leeuwen JP. Consequences of vitamin D receptor gene polymorphisms for growth inhibition of cultured human peripheral blood mononuclear cells by 1, 25-dihydroxyvitamin D3. Clin Endocrinol, Oxf. 52: 211 216, 2000. Curhan GC, Willett WC, Rimm EB and Stampfer MJ. Family history and risk of kidney stones. J Am Soc Nephrol. 8: 1568 1573, 1997. Danpure CJ and Jennings PR. Further studies on the activity and subcellular distribution of alanine: Glyoxylate aminotransferase in the livers of patients with hyperoxaluria type 1. Clin Sci. 75:315-322, 1988. Dawson- Hughes B, Harris SS and Finneran S. Calcium absorption on high and low calcium intakes in relation to vitamin D receptor genotype. J Clin Endocrinol Metab. 80: 3657 3661, 1995. De Luca LM, Sasak W, Adamo S, Bhat PV, Akalovsky I, Silverman-Jones CS and Maestri N. Retinoid metabolism and mode of action. Environ Health Perspect. 35:147-52, 1980. Durrin LK, Haile RW, Ingles SA, Coetzee GA. Vitamin D receptor 3'-untranslated region polymorphisms: lack of effect on mrna stability. Biochim Biophys Acta. 1453(3):311-20, 1999. Erben RG, Soegiarto DW, Weber K vd. Deletion of deoxyribonucleic acid binding domain of the vitamin D receptor abrogates genomic and nongenomic functions of vitamin D. Mol Endocrinol. 16:1524 1537, 2002. Fang Y, van Meurs JB, Bergink AP, Hofman A, van Duijn CM, van Leeuwen JP, Pols HA and Uitterlinden AG. Cdx-2 polymorphism in the promoter region of the human vitamin D receptor gene determines susceptibility to fracture in the elderly. J Bone Miner Res. 18: 1632 1641, 2003. Ferrari S, Rizzoli R and Chevaley T. Vitamin D receptor gene polymorphism and the rate of change of lumbar spine bone mineral density in elderly men and women. Lancet. 345:423 4, 1995. Fraser DR and Kodicek E. Unique biosynthesis by kidney of a biologically active vitamin-d metabolite. Nature 228.5273:764, 1970. Garnero P, Borel O, Sornay-Rendu E, Arlot ME and Delmas PD. Vitamin D receptor gene polymorphisms are not related to bone turnover, rate of bone loss, and bone mass in postmenopausal women. The Ofely Study. J Bone Miner Res. 11: 827 834, 1996. Garnero P, Borel O, Sornay-Rendu E and Delmas PD. Vitamin D receptor gene polymorphisms do not predict bone turnover and bone mass in healthy

10 Ömer Onur ÇAKIR and Nagehan ERSOY TUNALI premenopausal women. J Bone Miner Res. 10: 1283 1288, 1995. Ghazarian JG, Jefcoate CR, Knutson JC, Orme-Johnson WH and DeLuca HF. Mitochondrial cytochrome P450 component of chick kidney 25-hydroxycholecalciferol-1Alpha-hydroxylase. J Biol Chem 249. 10: 3026 3033, 1974. Gross C, Eccleshall TR, Malloy PJ, Villa ML, Marcus R and Feldman D. The presence of a polymorphism at the translation initiation site of the vitamin D receptor gene is associated with low bone mineral density in postmenopausal Mexican-American women. J Bone Miner Res. 11:1850 5, 1996. Gross C, Krishnan AV, Malloy PJ, Eccleshall TR, Zhao XY, Feldman D. Thevitamin D receptor gene start codon polymorphism: a functional analysis of FokIvariants. J Bone Miner Res.13(11):1691-9, 1998. Hamm LL and Hering-Smith KS. Pathophysiology of hypocitraturic nephrolithiasis. Endocrinol. Metab. Clin. North Am. 31: 885 893, 2002 Hanewald KH, Rappoldt MP and Roborgh JR. Analysis of fat-soluble vitamins 5. The antirachitic activity of previtamin-d3. Recueil des Travaux Chimiques des Pays-Bas-Journal of the Royal Netherlands Chemical Society. Vol. 80: 9 10, 1003 1014, 1961. Harris SS, Eccleshall TR, Gross C, Dawson-Hughes B, Feldman D: The vitamin D receptor start codon polymorphism (FokI) and bone mineral density in premenopausal American black and white women, J Bone Miner Res. 12: 1043 1048, 1997. Haussler MR, Whitfield GK, Haussler CA et all. The nuclear vitamin D receptor: biological and molecular regulatory properties revealed, J Bone Miner Res. 13: 325 349, 1998. Henry HL, Dutta C, Cunningham N, Blanchard R, Penny R, Tang C, Marchetto G, Chou SY. The cellular and molecular regulation of 1,25(OH)2D3 production. J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 41: 3-8, 401-7, 1992 Hoenderop JG, Muller D, Van Der Kemp AW. Calcitriol controls the epithelial calcium channel in kidney. J. Am. Soc. Nephrol. 12: 1342 1349, 2001. Holick MF, JE Frommer, SC Mcneill, N.M. Richtand, JW Henley and JT Potts, Photometabolism of 7-dehydrocholesterol to pre-vitamin-d3 in skin, Biochem Biophys Res Commun 76. 1: 107 114, 1977. Holmes RP, Goodman HD, Assimos DG. The distribution of urinary calcium excretion in individuals on controlled diets. J. Urol. 153:350, 1995. Huang MC, Seyer, JM, Thompson JP, Spinella DG, Cheah KS, Kang AH. Genomic organization of the human procollagenalpha 1(II) collagen gene. Eur. J. Biochem. 195: 593 600, 1991. Hustmyer FG, Peacock M, Hui S, Johnston CC, Christian J. Bone mineral density in relation to polymorphism at the vitamin D receptor gene locus. J Clin Invest. 94: 2130 2134, 1994. Ingles SA, Haile RW, Henderson BE, Kolonel LN, Nakaichi G, Shi CY, Yu MC, Ross RK and Coetzee GA. Strength of linkage disequilibrium between two vitamin D receptor markers in five ethnic groups: implications for association studies. Cancer Epidemiol. Biomark. Prev. 6: 93 98, 1997. Itami N, Yasoshima K, Akutsu Y, and Nonomura K. Spot urine screening for primary hyperoxaluria. Nephron. 56:337-338, 1990. Jurutka PW, Remus LS, Whitfield GK, Thompson PD, Hsieh JC, Zitzer H, Tavakkoli P, Galligan MA, Dang HT, Haussler CA and Haussler MR. The polymorphic N terminus in human vitamin D receptor isoforms influences transcriptional activity by modulating interaction with transcription factor IIB. Mol. Endocrinol.14:401 420, 2000. Lindberg JS, Sprague SM. Nephrolithiasis In: DeGroot LJ and Jameson JL. Endocrinology. Saunders Company, Philadelphia. PA, W.B: 1169 80, 2001. Menon M and Mahle CJ. Oxalate metabolism and renal calculi. J. Urol. 127:148-151, 1982. Menon M and Koul H. Clinical review 32: Calcium oxalate nephrolithiasis. J. Clin. Endocrinol. Metab. 74:703-707, 1992. Miyamoto KI, Kesterson RA, Yamamoto H, Taketan Y, Nishiwaki E, Tatsumi S, Inoue Y, Morita K, Takeda E and Pike JW. Structural organization of the human Vitamin D receptor chromosomal gene and its promotor, Mol. Endocrinol. 11, 1997. Morrison, NA, Qi JC, Tokita, A, Kelly, PJ, Crofts,

CaOx taş oluşumunda VDR polimorfizmleri 11 L, Nguyen, TV, Sambrook, PN and Eisman JA. Prediction of bone density from vitamin D receptor alleles. Nature. 367: 284 287, 1994. Mossetti G, Rendina D, Viceconti R, Manno G, Guadagno V, Strazzullo P and Nunziata V. The relationship of 3 vitamin D receptor haplotypes to urinary supersaturation of calcium oxalate salts and to age at onset and familial prevalence of nephrolithiasis. Nephrol Dial Transplant. 19: 2259 2265, 2004. Nunziata V, Di Giovanni G, Giannattasio R, Lettera AM, Mancini M. Recurrent kidney stones: causes and diagnostic criteria in patients from Campania (Southern Italy). Br J Urol. 68: 125 31, 1991. Okano T, M. Yasumura, K. Mizuno and T. Kobayashi. Photochemical conversion of 7-dehydrocholesterol into vitamin-d3 in rat skins, J Nutr Sci Vitaminol. 23(2): 165 168, 1977. Pak CY, Oata M, Lawrence EC and Snyder W. The hypercalciurias. Causes, parathyroid functions, and diagnostic criteria. Int J Clin. 54:387-400, 1974. Pak CYC. Kidney stones, pathogenesis, diagnosis and therapy. Metabolic Bone Disease and Clinically Related Disorders. Avioli LV and Krane SM (Ed). Academic Press, San Diego, CA. 739 58, 1998. Peacock M. Vitamin D receptor gene alleles and osteoporosis: A contrasting view. J Bone Miner Res. 10: 1294 1297, 1995. Raisz LG, Trummel CL and Simmons H. Induction of bone resorption in tissue culture: Prolonged response after brief exposure to parathyroid hormone or 25-hydroxycholecalciferol. Endocrinology. 90(3): 744-51, Mar, 1972. Rudman D, Kutner MH, Red SC II, Waters WC IV, Gerron GG and Bleier J. Hypocitraturia in calcium nephrolithiasis. J Clin Endocrinol Metab. 55: 1052 1057, 1982. Saijo T, Naito E, Ito M, Takeda E, Hashimoto T and Kuroda Y. Therapeutic effect of sodium dichloroacetate on visual and auditory hallucinations in a patient with melas. Neuropediatrics. 22: 166 167, 1991. Salamone LM, Ferrell R, Black DM, Palermo L, Epstein RS, Petro N, Steadman NKLH and Cauley JA. The association between vitamin D receptor gene polymorphisms and bone mineral density at the spine, hip and whole-body in premenopausal women. Osteoporos Int. 6: 63 68, 1996. Scott P, Ouimet D and Valiquette L. Suggestive evidence for a susceptibility gene near the vitamin D receptor locus in idiopathic calcium stone formation. J Am Soc Nephrol. 10: 1007 13, 1999. Simpson DP. Citrate excretion. A window on renal metabolism. Am J Physiol. 244: F223 F234, 1983. Smith LH. Hyperoxaluric states. Disorders of Bone and Mineral Metabolism. Coe FL and Favus MI (Ed). Raven Press, New York. 707-728, 1992. Spector TD, Keen RW, Arden NK, Morrison NA, Major PJ, Nguyen TV, Kelly PJ, Baker JR, Sambrook PN and Lanchbury JS. Influence of vitamin D receptor genotype on bone mineral density in postmenopausal women: A twin study in Britain. Br Med J. 310: 1357 1360, 1995. Sutton R and Walker V. Bone resorption and hypercalciuria in calcium stone formers. Metabolism. 35: 485 488, 1986. Takahashi E, Hori T and Sutherland GR. Mapping of the human type II collagen gene (COL2A1) proximal to fra(12) (q13.1) by nonisotopic in situ hybridization. Cytogenet Cell Genet. 54: 84 85, 1990. Taymans SE, Pack S, Pak E, Orban Z, Barsony J, Zhuang Z and Stratakis CA. The human vitamin D receptor gene (VDR) is localized to region 12cen q12 by fluorescent in situ hybridization and radiation hybrid mapping: Genetic and physical VDR map. J Bone Miner Res. 14: 1163 1166, 1999. Tokita A, Matsumoto H, Morrison NA, Tawa T, Miura Y and Fukamauchi K. Vitamin D receptor alleles, bone mineral density and turnover in premenopausal Japanese women. J Bone Miner Res. 11: 1003 9, 1996. Torres A, Machado M, Conception MT, Martin LV, Hernandez D and Rodriguez AP. Influence of vitamin D receptor genotype on bone mass changes after renal transplantation. Kidney Int. 50: 1726 33, 1996. Uitterlinden AG, Yue F, Joyce BJ, Van M, Hans VL, and Huibert AP. Vitamin D receptor gene polymorphisms in relation to Vitamin D related disease states. Journal of Steroid Biochemistry & Molecular Biology. 89 90, 187 193, 2004a. Uitterlinden AG, Yue F, Joyce BJ, Van M, Hans VL,

12 Ömer Onur ÇAKIR and Nagehan ERSOY TUNALI Huibert AP, Pols JPTM and Van L. Genetics and biology of vitamin D receptor polymorphisms. Gene. 338: 143 156, 2004b. Vainder M and Kelly J. Renal tubular dysfunction secondry to jejurioileal bypass. Jama. 235: 1257-1258, 1976. Vezzoli G, Soldati L, Provberbio MC, Adamo D, Rubinacci A, Bianchi G and Mora S. Polymorphism of vitamin D receptor gene start codon in patients with calcium kidney stones. J Nephrol. 15: 158 164, 2002. Wallace MR, Mason K and Gray J. Urine oxalate and calcium in idiopathic renal stone formers. NZ Med J. 94: 87-89, 1981. Whitfield GK, Hsieh JC, Jurutka PW, Selznick SH, Haussler CA, MacDonald PN and Haussler MR. Genomic actions of 1,25-dihydroxyvitamin D3. J Nutr. 125: 1690S 1694S, 1995. Whitfield GK, Remus LS, Jurutka PW, Zitzer H, Oza AK, Dang HT, Haussler CA, Galligan MA, Thatcher M, Encinas DC and Haussler MR. Functionally relevant polymorphisms in the human Nuclear vitamin D receptor gene. Mol Cell Endocrinol. 177: 145 159, 2001. Williams HE and Smith LH. Primary hyperoxaluria: The Metabolic Basis of Inherited Disease. Stanbury JB, Wyngaarden JB and Fredrickson DS (Ed). McGraw-Hill, New York. 204-228, 1983. Wishart JM, Horowitz M, Need AG, Scopacasa F, Morris HA, Clifton PM and Nordin BE. Relations between calcium intake, calcitriol, polymorphisms of the vitamin D receptor gene, and calcium absorption in premenopausal women. Am J Clin Nutr. 65: 798 802, 1997. Yamamoto H, Miyamoto K, Li B, Taketani Y, Kitano M, Inoue Y, Morita K, Pike JW and Takeda E. The caudal-related homeodomain protein Cdx-2 regulates vitamin D receptor gene expression in the small intestine. J Bone Miner Res. 14: 240 247, 1999. Ye WZ, Reis AF and Velho G. Identification of a novel Tru9I polymorphism in the human vitamin D receptor gene. J Hum Genet. 45: 56 57, 2000. Zerwekh JE, Yu XP, Breslau NA, Manolagas S and Pak CY. Vitamin D receptor quantitation in human blood mononuclear cells in health and disease. Mol Cell Endocrinol. 96: 1 6, 1993. Zmuda JM, Cauley JA, Danielson ME, Wolf RL and Ferrell RE. Vitamin D receptor gene polymorphisms, bone turnover, and rates of bone loss in older African-American women. J Bone Miner Res. 12: 1446 1452, 1997. Zmuda JM, Cauley JA and Ferrell RE. Molecular epidemiology of vitamin D receptor gene variants. Epidemiol Rev. 22: 203 217, 2000.