İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik AD ve Perinatoloji BD Sunan: Prof. Dr. Atıl YÜKSEL
Metafaz Prometafaz(HRBT) 450 500 600 700 bant/haploid set ~ 500 bant çözünürlükte ~ 1 bant 6 milyon nükleotid (~6 Mb ve 10 larca gen)
~500 bant düzeyinde Karyotipleme Tek test tüm genom/kromozomlar Tüm sayısal anomaliler > 6 Mb lık yapısal anomaliler (dengeli ve dengesiz) Klinik yönlendirme varsa bilinen mikrodelesyon sendromları (~ 3-5Mb) Mozaisizm tanınabilir Dezavantajları; Hücre kültürü gerektirir Otomatizasyonu zordur Tanı subjektiftir ve bu nedenle deneyim önemlidir Prenatal tanıda klinik yönlendirme olmadığından ilave test olanağı sınırlıdır. ı Yenidoğanda KROMOZOM ANOMALİ oranı 1:156 Dengeli yapısal anomali oranı %0.4
Williams s. del(7)(q11.23)
İnsan Genetik Varyasyonlarının Sınıflandırılması Nükleotid Substitüsyonları (SNPs) Tekrar dizileri İnsersiyon/delesyon varyantları Blok substitüsyonlar İnversiyon varyantları Kopya sayısı varyantları (CNVs) Tüm varyasyonların % 90 ı Tüm varyasyonların % 10 u (yapısal varyantlar) Single nucleotide polimorfizm (SNPs) ; Genomda 300 bp de bir nükleotid polimorfiktir. Halen 12 milyon SNP tanımlanmıştır. Genelde iki formda olur (A ya da G; C yada T gibi). Kopya sayısı varyantları (CNVs); Referans genomla kıyaslandığında, farklı sayıda bulunan, boyutu 1 kb veya daha fazla olan DNA segmentlerine Kopya Sayısı Varyasyonu (CNV) denir.
Patojenik olarak tanımlanmış değişimler Zararsız (benign) olarak tanımlanmış değişimler Klinik anlamı henüz kesin olarak bilinmeyen (Variants of uncertain significance -VOUS) değişimler
Olgu Kontrol Cy5 Cy3
Olgu Chromosome 1 Chromosome 15 Anne Chromosome 1 Chromosome 15 Baba Chromosome 1 Chromosome 15
a-cgh
Targeted: Subtelomerik ve perisentromerik bölgelerle, bilinen delesyon ve duplikasyonlar hedeflendi. Subtelomerik ve perisentromerik bölgeler güçlendirildi, targeted bölgelerin dışına ek proplar ilave edildi. Tüm genomu kapsar.
Array çözünülürlüğü 15.000-4.200.000 prop arasında değişmektedir. Tanısal gücü maksimize eden ve VOUS olasılığını minimize eden optimum filtre kullanılmalıdır (400 kb)
Konvensiyonel sitogenetik yöntemler: ~%25 Subtelomerik FISH: %4-8 Lokus spesifik FISH: Klinik yönlendirme önemli MLPA: %1.3 - %6.5 Etiyolojisi açıklanamayan: ~%50
Normal karyotipli MKA/MR olgularında a-cgh katkısı: ~%10-17 Postnatal etkilenmiş bireylerde; de novo dengeli yeniden düzenlenmelerdeki katkısı: ~%40 Kırık noktalarından bağımsız bölgelerde genomik dengesizlik: ~%20
Ultrasonografi ile saptanan fetal anomalilerde geleneksel karyotipleme ile anormal sonuç elde etme sıklığı %8- %35 arasında değişir (Faas et al., 2010; Kleeman et al., 2009; Valduga et al., 2010).
PRENATAL ARRAY UYGULAMALARI 2013 VOUS: Unclear
135 yayından sekizi metaanalize alındı. a-cgh ile ek kromozom anomalisi (patojenik ve yüksek olasılıkla patojenikler ) Tüm endikasyon gruplarında: %3.6 Konjenital anomalilerde: %5.2 Henüz yapısal anomalilerin alt gruplarında sonuç vermek mümkün değil (Altı çalışmada kardiyak anomaliler (n=88), artmış NT-NIHF olguları (n=82) ve MSS anomalileri (n=60) ön planda) Soft marker ları özellikle değerlendiren çalışma yok. Sadece Tyreman ve ark. ları multiple soft markers lı olguların kapsandığını belirtiyorlar.
Karyotipi Normal prenatal olgularda array sonuçları; Schaffer LG, et al, 2012;Prenat Diagn, 32, 979-985 Endikasyon Toplam olgu Array-normal Array-patolojik Array-şüpheli USG de anomali USG de marker Pozitif I-II trim. TT Aile öyküsü İleri Anne Yaşı Psikolojik Diğer/? Toplam (canlı fetuslar) 2781 2462 (%88.5) 184 (%6.6) 135 (%4.9) 77 72 (93.5) 2 (%2.6) 3 (%3.9) 77 68 (%88.3) 4 (%5.2) 5 (%6.5) 487 461 (%94.7) 15 (%3.1) 11 (%2.3) 346 337 (%97.4) 1 (%0.3) 8 (%2.3) 95 94 (%98.9) 0 1 (%1.1) 13 12 (%92.3) 1 (%7.7) 0 3876 3506 (%90.5) 207 (%5.3) 163 (%4.2)
Schaffer LG, et al, 2012;Prenat Diagn, 32, 1-10 USG bulgusu toplam Array-normal Array-patolojik Array-şüpheli Çoklu sistem anomalileri 579 492 (%85) 58 (%10) 29 (%5) Çoklu sistem + yapısal olmayan anomaliler Tek sistem anomalileri Tek sistem + yapısal olmayan anomaliler İzole poli/oligohidramnios 229 196 (85.6) 19 (%8.3) 14 (%6.1) 1519 1370 (%90.2) 81 (%5.3) 68 (%4.5) 254 220 (%86.6) 18(%7.1) 16 (%6.3) 9 6 (%66.7) 1 (%11.1) 2 (%22.2) İzole IUGG 76 74 (%97.4) 2(%2.6) 0 Tek marker 59 55 (%93.2) 2(%3.4) 2(%3.4) Çoklu marker 18 17 (%94.4) 0 1(%5.6) Toplam 2858 2534 (%88.7) 186 (%6.5) 138 (%4.8) İzole ya da MKA bulgusu olarak en çok array-patolojik anomaliler: HPE (%10.6), posterior fossa an. (%14.6), iskelet (%10.7), VSD (%10.6), HLHS (%16.2), yarık dudak/damak (%10.3)
Wapner R, ISCA (International Standarts for Cytogenomic Arrays) 2012 Mikroarray Çalışma Sonuçları; 4391 olgudan 51 olguda array sonuçsuz, başarı %98,8 4282 nonmozaik karyotip ve 58 mozaik karyotip Anomaliler Kromozom n Array tanıyabilir Anöploidiler (tri 21,18,13,X,Y ve 45,X) Array tanıyamaz 374 374 0 Diğer anomaliler Dengeli yapısal Dengesiz yapısal 82 24 58 (%1.4) 40 0 40 22 22 0 Marker kromozom Triploidi 3 2 17 0 1 heterokromatin 17 (7 si SNP array ile tanınabilirdi
Wapner R, ISCA (International Standarts for Cytogenomic Arrays) 2012 Mikroarray Çalışma Sonuçları; Normal karyotip saptanan prenatal olgu n:3822 1) Klinik anlamı kesin bilinmeyen CNVs n: 94 (%2.5) Rapor edilmeyen CNVs n: 33 (%0.9) Rapor edilen CNVs n: 61 (%1.6) 2) Patolojik CNVs n: 35 (%0.9) Klinik ile ilişkili CNVs %2.5 Endikasyon gruplarına göre klinik ile ilişkili CNVs İleri anne yaşı n: 1966 CNV n:34 %1.7 Pozitif Tarama Testi n:729 n:12 %1.6 Patolojik USG n:755 n:45 %6
Olgu 1: F.C. Ultrason: CCA, serebellar hipoplazi 46,XX.arr 16p13.11p12.3 (16,590,942-18,357,897)x3mat Açıklama: 16p13p12.3 de 2 MB duplikasyon mat GENLER: NOMO1,MPV17L, NDE1, MYH11,ABCC6, XYLT1 (bilinen bir sendrom, OD ekspresivite farklılığı)
Olgu 2: N.A.G. Ultrason: Holoprozensefali, mikrosefali 46,XX.arr7q35q36.3(147,250,584-158,816,094)x1,9p243p21,(31199,254-20,231,750)x3 Açıklama: 7q 36 (ter) 11 MB delesyon, 9p24.3p21.3 de 19 MB duplikasyon GENLER: SHH, VLDLR, GLIS3 Olgu 3: Z.S.G Ultrason: subaraknoid mesafede genişleme, polihidramniyos 46,XX.arr 9q34.3 (138,228,681-141,019,999)x1 Açıklama: 9q34.3 de 2 MB delesyon GENLER: EHMT1 Kleefstra Sendromu
Olgu 4: D.K. Ultrason: serebellar hipoplazi, rocker bottom ayak, TR, TUA, NT:6,8 46,XX.arr5p15.33p15.2(0-12.583.487)x1,12p13.33p12.3(200.506-17.293.665)x3 Açıklama: 5p15.33p15.2 de 12 Mb delesyon 12p13.3p12.3 de 17 Mb duplikasyon de novo Genler: TOPLAM 293 GEN. (CTNND2, PTPRO, LTBR, ETV6, PEX5) Olgu 5: N.K. Ultrason: Bilateral ventrikülomegali, Polihidroamniyos, NT:5,6 46,XY.arr 9q33.2q33.3(125,198,488-126,892,528)X1 Açıklama: 9q33.2q33.3 de 1,6 MB delesyon Genler: LHX2,RAPGAP1, GPR21, PDCL, ZBTB6
Olgu 6: M.P. Ultrason: İUGR, Hİ, hiperekojen böbrek, duplikasyon kisti (?) 46,XX.arr 17q12 (34.755.539-36.282.823)x1 Açıklama: 17q12 de 1.5 Mb delesyon Genler: HNF1beta, LHX1,ACACA Olgu 7: İ.S. Ultrason: Septalı kistik higroma 46,XY.arr 9q31.3q33.1(112.538.662-119.864.517)x1 Açıklama: 9q31.3q33.1 de 7 Mb delesyon Genler: 68 GEN (MUSK)
Olgu 8: A.K. Ultrason: mikropenis?, ventrikülomegali, pelvikaliektazi + (KAH lı çocuk öyküsü) 46,XY.arr1p36.33p36.22 (1,674,946-10,226,741)x1, 16p13.3 (1,256,613-3,252,082)x3 Açıklama: 1p36.33p36.22 de 9 Mb delesyon ve 16p11.3 de 1,5 Mb duplikasyon Genler: 1p36 mikrodelesyon sendromu (DVL1) Olgu 9: G.T. Ultrason: skafosefali + fasiyal dismorfizm 46,XY.arr16p13.11p12.3 (15,283,028-18,378,269)x1mat (bilinen bir sendrom, OD ekspresivite farklılığı) Açıklama: 16p13p12.3 de 1,5 Mb delesyon mat Genler: MPV17L, NDE1, MYH11, ABCC6, XYLT1
Dengeli yeniden düzenlenmeleri (translokasyon, inversiyon, insersiyon) gösteremez. Düşük oranlı mozaisizmleri gösteremez. (Tüm mozaiklerin sıklığı CVSte %1.2, AS de %0.2 ) %84 ü plasenta ile sınırlı olsa da kalan %16 gösterilemez. Marker kromozomlar her zaman açıklanamaz. (Sentromerik bölgelerde prob yoktur.) Prenatal olguların %0,1 inde marker kromozom saptanır. Son olarak, delesyon ya da duplikasyonun parental bir taşıyıcılık ürünü olup olmadığı ancak parental karyotipleme ile mümkündür. Triploidilerin tanısı koyulamaz.
Tıbbi özgeçmiş ve aile ağacı alınmalıdır. Testin amacı, avantajları ve sınırlılıkları anlatılmalıdır. Testin olası sonuçları ve bu sonuçların bir bölümünün (VOUS grubu) net olmayabileceği açıklanmalıdır. de novo ya da kalıtılan VOUS grubu sonuçların yanısıra, İleri yıllarda bulgu verebilecek bazı sağlık sorunları ile ilgili talep edilmeyen sonuçların karşımızı çıkabileceği açıklanmalıdır. Parental kan örnekleri prenatal örnekle birlikte alınması önerilmektedir.
ACOG (2009; Obstet and Gynecol, 114:5,1161-1163) SIGU çalışma grubu (2012;Ultrasound Obstet Gynecol, 39:384-388) 1) Konvensiyonel karyotipin yerini almaması gerektiği, 2) Tüm gebeliklerde genel tarama için değil seçilmiş gebeliklerde özel tanı amacıyla kullanılması gerektiğini, 3) Prenatal tanıda özel endikasyonlarda; i) izole veya multiple USG anomalisi saptanan gebelikler ii) karyotip analizinde dengeli bile görünse de novo yapısal kromozom anomalilerinde iii) marker kromozomların karakterizasyonunda tamamlayıcı ikinci bir test olarak kullanılmasını önermektedir 4) Hedefe yönelik array testi öncesinde ve sonrasında verilecek danışmalarla, anne babalar a-cgh in tüm patolojileri yakalayamayabileceği ve a-cgh sonuçlarının yorumunun zor olabileceği konusunda bilgilendirilmeli 5) Array faydalı bir test olmakla birlikte, ilave çalışmalar (parental testler, konfirmasyonlar) gerekebilir ve maliyet artar
2.1 kb da bir prob 5.3 kb da bir prob 13 kb da bir prob 41 kb da bir prob) 1100 USD 910 USD 500 USD 350 USD
Tek ya da multipl konjenital anomalili fetuslarda geleneksel kromozom analizinin normal sonuçlanması durumunda a-cgh analizi önerilmelidir. Artmış NT grubunda (>3.5mm) geleneksel kromozom analizinin normal sonuçlanması durumunda a-cgh analizi önerilmelidir. Fetusta geleneksel kromozom analizi ile dengeli yapısal yeniden düzenlemeler elde edildiğinde, a-cgh analizi önerilmelidir. Ailelere a-cgh analizi ilgili ön danışma verilmelidir.
Bilge Ebru Seher Birsen Array selfie