Prenatal Tanıda Yeni Bir Dönem: Kromozomal Anöploidlerin Tanısı İçin Maternal Dolaşımda Hücresiz Fetal DNA Kullanımı



Benzer belgeler
Non-İnvaziv Prenatal Tarama (NİPT) Uluslararası kalite güvenceniz

Hayati Sorulara Net YANITLAR

Nifty Test Teknolojileri Transferi ve Türkiye Uygulamaları

Girişimsel olmayan prenatal tanı testi. Prof.Dr.Mehmet Ali Ergün Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Öğretim Üyesi

Amniyosentezden önce bir şansınız daha var!

GENETİK HASTALIKLARDA TOPLUM TARAMALARI

Universitäts-Frauenklinik Essen

Gebelikte Anöploidi Taraması: İkinci Üçayda Biyokimyasal Tarama. Dr. Atıl Yüksel İ.Ü. İstanbul Tıp Fakültesi TMFTP Derneği

GENETİK TANI YÖNTEMLERİ. Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu

Prof. Dr.İmirzalıoğlu. Tarih Aralığı: Haber Sayısı: 46

Prenatal Tanının Etik ve Hukuk Yönleri

Maternal kanda serbest fetal DNA. Prof. Dr. Recep Has İstanbul Tıp Fakültesi Kadın Doğum/Perinatoloji

Biyokimyasal Aneuploidi Taraması

GENETİK HASTALIKLAR. Dr.Taner DURAK. Tıbbi Genetik Uzmanı. Bursa Orman Bölge Müdürlüğü Fikir Bahçesi Konferansı

Bu amaçları yerine getirebilmek için genetik danışmanın belli basamaklardan geçmesi gerekir. Bu aşamalar şunlardır:

Universitäts-Frauenklinik Essen. 1. Trimester Tarama Testi

PRENATAL TARAMA TESTLERİ. Dr.Murat Öktem Düzen Laboratuvarlar Grubu

DOWN SENDROMU TARAMA TESTİ (1. TRİMESTER)

PREİMPLANTASYON GENETİK TANIDA KULLANILAN YÖNTEMLER ve ÖNEMİ

Özgün Problem Çözme Becerileri

Non-invaziv Prenatal Test: Fetal Trizomilerin Saptanmasında Yeni Bir Dönem

BİRLEŞİK PRENATAL TARAMA TESTLERİ. Dr. Alev Öktem Düzen Laboratuvarlar Grubu

KANITA DAYALI LABORATUVAR TIBBI İLE İLİŞKİLİ HESAPLAMALAR. Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2005

IV. KLİMUD Kongresi, Kasım 2017, Antalya

ERKEN ÇOCUKLUKTA GELİŞİM

Mendel Dışı kalıtım. Giriş

P z o itif Nega g ti a f

NİPT DE TEKNİK PROBLEMLERE YAKLAŞIM (TEPECİK GHTM UYGULAMA DENEYİMİ)

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

Maternal kanda cf DNA: Klinik pratik. Prof. Dr. Recep Has İstanbul Tıp Fakültesi Kadın Doğum/Perinatoloji

KROMOZOMLAR ve KALITIM

Gebelerde Toxoplasma gondii Seropozitifliğinin Değerlendirilmesinde İstenen Testlerin Önerilen Tanı Algoritmasına Uygunluğunun Değerlendirilmesi

En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test

NIPT güncel T 21 tarama protokollerine nasıl entegre edilmeli. Dr. H. Fehmi Yazıcıoğlu Perinatolog

Mozaisizm- Kimerizm. Dr. Serdar Ceylaner Tıbbi Genetik Uzmanı

Yeni Nesil Genomik Sistemler. ve Uygulamaları

Prenatal Tanı. Yrd.Doç.Dr.Özgür ALDEMİR Tıbbi GENETİK A.D.

Maternal kanda fetal DNA tabanlı testler cfdna ile tarama: Kime? Nasıl? Doç. Dr. Ahmet Gül. MFTP-D, Perinatal Tıp Toplantısı İzmir, Nisan 2017

ACOG diyor ki FETAL ANÖPLOİDİ İÇİN SERBEST FETAL DNA TARAMASI. Özeti Yapan: Dr. Aytül Esmer Çorbacıoğlu ÖZET

FETAL SAĞLIĞIN DEĞERLENDİRİLMESİ

MEDİKAL CİHAZLAR İÇİN KLİNİK VERİ DEĞERLENDİRME

Tıbbın Geleceğine dair.. Genetik Testler ve Kişiselleşmiş Tıp Anlayışı. B. Aysin Sermen

Herediter Meme Over Kanseri Sendromunda. Prof.Dr.Mehmet Ali Ergün Gazi Üniversitesi Tı p Fakültesi T ı bbi Genetik Anabilim Dalı

Ektopik Gebelik. Doç. Dr. Şule Akköse Aydın U.Ü.T.F Acil Tıp AD ATOK

MOLEKÜLER TANISI DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİ. SERPİL ERASLAN, PhD

TOKSOPLAZMA İNFEKSİYONUNUN LABORATUVAR TANISI UZM.DR.CENGİZ UZUN ALMAN HASTANESİ

Akraba evliliğinin SNP bazlı hücre dışı DNA test sonuçlarına etkisi

Bebekte doğum öncesinde kromozomsal ve genetik anormalliklerin tespiti amacıyla yapılır.

Tdap Aşıları (Difteri, Toksoid ve Cansız Boğmaca)

BİYOKİMYASAL TARAMA TESTLERİ HALA GEÇERLİLİĞİNİ KORUYOR MU? STRATEJİ NE OLMALI?

Moleküler Dizileme Teknolojileri

TÜBERKÜLOZUN MOLEKÜLER TANISINDA GÜNCEL DURUM

Klinik Mikrobiyoloji Testlerinde Doğrulama (verifikasyon) ve Geçerli Kılma (validasyon)

Hemoglobinopatilerde Tanı Yönetimi Genetik Testler

Perinatoloji Pratiğindeki İnvaziv Girişimlerde Etik Sorunlar. Prof.Dr. Sermet Sağol EÜTF

KROMOZOM DÜZENSİZLİKLERİ

İstanbul Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ABD Prof.Dr. Filiz AYDIN

İÜ AÇIK VE UZAKTAN EĞİTİM FAKÜLTESİ. Süreç İyileştirme Standardı

Çoğul Gebelikler. Aneuploidi Taraması. Prof Dr. İskender Başer GATA Kadın Dogum AD (E)

MEME KANSERİ TARAMASI

TÜRK BİYOKİMYA DERNEĞİ PREANALİTİK EVRE ÇALIŞMA GRUBU ÇALIŞMALARI

MĐKRODĐZĐN DENEYLERĐNĐN TASARIMI: Dikkat Edilmesi Gereken Noktalar

İÇ DENETİM BİRİMİ BAŞKANLIĞI KALİTE GÜVENCE VE GELİŞTİRME PROGRAMI

Dr. H. Fehmi Yazıcıoğlu

Bilgi Güvenliği Risk Değerlendirme Yaklaşımları

VERİFİKASYON (SEROLOJİ, MOLEKÜLER TESTLER)

SAĞ VE SOL KOLON YERLEŞİMLİ TÜMÖRLER: AYNI ORGANDA FARKLI PATOLOJİK BULGULAR VE MİKROSATELLİT İNSTABİLİTE DURUMU

ISO 27001:2013 BGYS BAŞTETKİKÇİ EĞİTİMİ

TIBBİ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI MEZUNİYET SONRASI (UZMANLIK) EĞİTİMİ DERS MÜFREDATI

Hemşireliğin Kayıtlara Yansıyan Yüzü

190 kadın planlanmamış ya da istenmeyen gebelikle karşılaşmakta, 110 kadında gebeliğe bağlı komplikasyon gelişmekte,

Dr. Aslıhan Yazıcıoğlu, Prof. Dr. Aydan Biri Yüksek İhtisas Üniversitesi Koru Ankara Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum AD

Üstün Zekalı Çocukların. Tanılanması

EDİNSEL KANAMA BOZUKLUKLARI VE KALITSAL TROMBOFİLİ TANI VE TEDAVİ KILAVUZU I. BÖLÜM TROMBOTİK TROMBOSİTOPENİK PURPURA TANI VE TEDAVİ KILAVUZU...

KROMOZOM YAPISINDAKİ BOZUKLUKLAR

Olasılığa Giriş Koşullu Olasılık Bayes Kuralı

Gebelik ve Enfeksiyonlar. Prof.Dr. Levent GÖRENEK

İş yerinde anne ve babalık: Dünya da hukuk ve uygulamadaki yansımaları 1

Doç. Dr. Ahmet Gül MFTP Kongresi Ekim 2012, İstanbul

Aynı sayıda çalışan ile verimliliğimizi belirgin şekilde arttırdık. SMART Otomasyon, en yüksek üretkenlik

MEME KANSERİNDE GÖRÜNTÜLEME YÖNTEMLERİ

ACOG Diyor ki! HER GEBE TAKİP SÜRECİNDE EN AZ BİR KEZ PERİNATAL DEPRESYON AÇISINDAN TARANMALIDIR. Özeti Yapan: Dr. Semir Köse

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

Tüberkülozun Mikrobiyolojik Tanısı. Süheyla SÜRÜCÜOĞLU

BORSA İSTANBUL A.Ş. ÇEVRE YÖNETİM SİSTEMİ YÖNERGESİ

Non-invaziv prenatal genetik test sonucu

Kan Uyuşmazlığı Halinde Anne Karnındaki Bebeğin Rh Kan Grubunun Tespiti. results you can trust

Prenatal Tanının Etik Yönleri

ÇANAKKALE ONSEKİZ MART ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ

TEKNOLOJĠ PLANLAMASI. Başkent Üniversitesi

İkinci Trimester Tarama ve Yorum

AMNİYON SIVISININ İÇERİĞİ

Çocuk Haklarına Dair Sözleşmesinin Uygulanması

İÜ ONKOLOJİ ENSTİTÜSÜ KALİTE KONTROL ve TEST KALİBRASYON PROSEDÜRÜ

Diafragmatik Herni. Prof. Dr. E. Ferda Perçin Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik AD Ankara-2018

Doç. Dr. Ahmet Gül TJOD İstanbul, Ocak Not: Bu sunum daha önce MFTP Kongresi Ekim 2012, İstanbul da yapılmıştır

REVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No

EĞİTSEL DEĞERLENDİRME SÜRECİ

Proje İzleme: Neden gerekli?

Branşa Özel Ekranlar. Aşı takvimi ve Sağlık Bakanlığı Aşı Takip Sistemi Uyumluluğu

Transkript:

Prenatal Tanıda Yeni Bir Dönem: Kromozomal Anöploidlerin Tanısı İçin Maternal Dolaşımda Hücresiz Fetal DNA Kullanımı Kromozomal anöploidler için doğum öncesi tarama çoğu ülkede rutin obstetrik bakımın temel bir parçasıdır. Genellikle, maternal yaş, kilo, etnik köken, serum biyobelirteçleri (gebelikle ilişkili plazma protein A, insan Korionik gonadotropin, α-fetoprotein, inhibin A ve estriol dahil) ve ultrasonografik özellikler (örneğin, ense kalınlığı) ceninin etkilenme olasılığını belirlemek için bir risk algoritmasına dahil edilir. Prenatal taramaya göre yüksek riskli olarak tanımlanan hamile kadınlar sonrasında tanıyı onaylamak için amniyosentez ve korionik villus örnekleme gibi invaziv prosedürlere maruz kalabilirler. Güncel prenatal-tarama yöntemleri Trizomi 21 (Down sendromu) tarafından etkilenen gebeliklerin yaklaşık % 90'ını yaklaşık %5 lik yalancı pozitiflik oranı ile tanımlayabiliyor. Kromozomal anöploidlerin tekrarlanma sıklığının genellikle oldukça düşük olduğu göz önüne alındığında, %5 lik bir yalancı pozitiflik oranı, çok sayıda kadının etkilenmemiş gebeliklerle invaziv prosedürlere maruz kaldığı, düşük yönünden fetüsün gereksiz riske atıldığı anlamına gelmektedir. 14 yıl önce hamile kadınların plazmasındaki fetal hücresiz DNA nın keşfi, kromozomal anomalilerin noninvaziv olarak tek bir kan örneği ile belirlenmesi olasılığını açtı. Fetal kökenli maternal dolaşımdaki hücresiz DNA nın yaklaşık %10 u ve bu özellik başlangıçta doğmamış ceninin rhesus D ve cinsiyet belirlemesinde istismar edildi. Yeni nesil DNA sekanslamanın gelişiyle birlikte, maternal kan üzerinden Trizomi 21 dahil kromozomal anöploidlerin doğum öncesi algılanmasına izin verildi. Kısacası, maternal plazmadaki kromozom 21 DNA moleküllerinin oranı doğrudan ölçülür; önceden belirlenmiş bir eşiğin üzerindeki artış Trizomi 21 göstergesidir. Tam karyotipleme ile invaziv yöntem kıyaslandığında, son klinik çalışmaların gösterdiği %100 lük bir tanılama duyarlılığı ve % 98-%99 luk bir tanılama özgüllüğü ile bu invazif olmayan prenatal testin klinik performansı umut verici olmuştur. Bu teknoloji aynı zamanda ikinci derece görüntüleme prosedürü olarak kullanıldığında, önemli maliyet tasarrufu üreten invaziv tanı prosedürleri uygulanan kadınların sayısını önemli derecede düşürme potansiyeline sahiptir. Bu makalede, invaziv olmayan prenatal tanı alanında 4 Lider heyecan verici gelişme üzerine görüşlerini açıkladılar. Hücresiz fetal DNA il kromozomal anöploidlerin saptanmasına yeni nesil sekanslamanın (YNS) nasıl uygulandığını kısaca açıklayabilir misiniz? Bu amaç için araştırılan farklı laboratuvar teknikleri mevcut mu?

Barry Hoffman:YNS kromozomal fetüsün anöploidisini maternal kanda dolaşan hücresiz parçalanmış DNA daki etkilenmiş kromozomdan göreceli DNA oranını belirleyerek noninvaziv olarak saptar. Uygun kapsama derinliğine sahip milyonlarca sekanslama okumasının fetal anöploidi sebebiyle maternal dolaşımın kromozomal dozajında küçük bir artış ya da azalma olup olmadığını güvenilir olarak nicelemesi gerekmektedir ve bu yalnızca YNS teknolojisinin gelişmesiyle mümkündür. Ya tüm dolaşan DNA parçaları hedefsiz bir yaklaşımla tek parça paralel ateşleme sekanslaması (MPSS) kullanılarak seçilmeden sekanslanır ya da istenen hedeflenen DNA parçaları sekanslanır, ki bu durumda öncelikle takip eden sekanslamadan önce anöploidi kromozomlar bir diğeri ile birlikte seçilir. İkinci durum görece daha az sekanslama gerektirir, dolayısıyla hammadde geliştirilir ve ayraç masrafı düşer fakat bu, hedeflenen bölgelerden DNA seçme stratejisi gerektirdiğinden doğal olarak daha komplekstir. Yöntemlerden bazıları fetüsten başlayan maternal döngüde hücresiz DNA fraksiyonu için doğrudur, çünkü bu daha büyük maternal disomik katkının temeline karşı gözlenen anöploidili kromozomal doz büyüklüğünü etkiler. Tipik olarak, fetal fraksiyonu %10 düzeyindedir, fakat yeterince güvenilir sonuçlar fraksiyon %3-%4 kadar azaldığında elde edilebilir. Başka bir yaklaşım ise, fetal sinyali arttırmak için sekanslamadan önce, örneğin fetal ve maternal DNA arasında metilasyon farklılıklarından faydalanarak fetal fraksiyonu zenginleştirmektir. Dennis Lo: Kromozomal anöploidileri saptamak için YNS kullanımı hakkındaki çoğu yayınlanmış çalışma, rastgele veya ateşleme sekanslaması temellidir. İnsan genomu referans alındığında sekanslama verileri maternal plazmadaki her kromozomun orantılı bir temsilini gösterir. Fetal trizomiyi saptamak için kullanıldığında anöploidi kromozom, trizomiden muzdarip fetüs varlığında maternal plazmada artış gösterir. Rastgele sekanslamanın dışında, birçok araştırmacı, istenen kromozomların seçilerek yakalandığı veya büyütüldüğü ve sonrasında sekanslandığı hedefli sekanslamaya dayanan yaklaşımlar üzerine yayınlar çıkardılar. YNS nin dışında birçok rapor,fetal kromozomal anöploidlerin noninvaziv parental saptamalarındaplazma DNA ve RNA metilasyon belirteçlerinin allelik oranlarının kullanımlarını çalışmıştır. Bence bu yöntemler özellikle sağlamlık ve popülasyonu kapsama konularında YNS temelli stratejiler kadar olgunlaşmış değildir. Jacob Canick:Profesör Lo nun 1977 deki en temel bulgusu, hamile kadınların dolaşımında bulunan fetal DNA parçacıklarının maternal kökenli olduğu kadar fetal anöploidi tespiti adına bir YNS stratejisi geliştirebilecek biyolojik temeli sağladı. Milyonlarca DNA parçacığının eş zamanlı dizilimi, her bir parçacık için kromozomların bilgisayarla tanımlamasına izin veriyor. Bu nedenle bir öploid annenin serbest dolaşan DNA ların arka planındaki fetal trizomiyi ayırt edebilmek gerçekten analitik

hatalı ölçümde bir deneyimdir. Belirli bir trizomiden etkilenen fetüs, toplam dizilen parçacıklara kromozomların katkısında %50lik bir artışa sahip olacaktır fakat bu artış maternal plazma numunesi içindeki mevcut fetal DNA oranına göre seyrelir. Trizomik fetüs sebebiyle oluşan gerçek artış, ortalama olarak her halükarda numunedeki fetal DNA katkısı yüzdesinin yarısı kadardır. Önceden başarı ile gerçekleştirilmiş diğer moleküler yöntemler, fetal ve maternal DNA(örneğin metilasyon) ve RNA(örneğin fetale özgü vs maternale özgü gen transkripsiyonu) arasında epigenetik farklılıklar içerir. Ancak, epigenetik değişim derecesi, farklı topluluklarda farklılık gösterir, bu nedenle bu tür yöntemlerle genel kapsamı elde etmek zordur. Dirk van den Boom: Dennis Lo nun 1997 yılındaki yayınının ardından kilit sorular; (A) tecimsel aralıkta uygun örnek toplama prosedürleri geliştirmek için en uygun analiti (DNA, RNA) seçmek, (B) nükleik asit çıkarma işlemlerinde seçilen analitin veriminin maksimize edilmesi, (C) Maternal kan / plazmasında bilgilerin çoğunluğu maternal olarak elde edildiği göz önüne alındığında seçilen analit içindeki fetal anöploidi güvenli bir şekilde tespit etmek için en uygun teknolojinin tanımlanması şeklindeydi. Başlangıçta çeşitli yöntemler araştırıldı, bunların arasında RNA temelli yöntemler, maternal ve fetal genom arasındaki epigenetik farklara dayalı yöntemler ve dijital PCR, kütle spektrometrisi ve sekanslama dahil çeşitli saptama teknolojileri bulunuyor. YNS şu anki avantajlı ve baskın saptama teknolojisi çünkü fetal trizominin doğru saptanması için gerekli veri noktası miktarını sağlamakta. Sequenom Center of Molecular Medicine da YNS kullanarak fetal anöploidi saptamasına tüm genom yaklaşımı uygulamayı seçtik. DNA maternal plazmadan çıkarılır. Çıkarılan DNA nın çoğu doğasında apoptotiktir ve görece kısa devamlı bölümlere (yaklaşık 150 bp) bölünür. Sonra bu bölümlerden maternal ve fetal genom DNA kütüphanesi örnekleri hazırlanır. Büyütmeden sonra kütüphanenin birkaç milyon DNA parçaları çok büyük ölçekte paralel bir şekilde sekanslanır. Kütüphanenin her bileşeni için proses, dizinin/parçanın kromozomal kaynağını eşsiz biçimde tanımlamaya yetecek 36 baz sürekli sekans bilgisi (sekans okuması) üretir. Sekanslama işlemi tamamlandıktan sonra hasta örneği başına üretilen tüm sekans okumaları insan genomundaki kromozomal yerlerine tekrar eşlenir ve her kromozom ile hizalanan parçaların sıklığı sayılır. Bu verilere sahipken her kromozom vs referans kromozom setinin görece örnekleri hesaplanabilir. Bu değer kromozom büyüklüğüyle son derece uyumludur ve kesin ve stabil bir ölçümdür çünkü bağımsız belirteçlerin çok sayıda ölçümüne dayanmaktadır (yaklaşık her sekans okumasının bağımsız bir belirteç olmasıyla beraber örnek başına milyonlarca veri noktası). Bu noktada trizomi 21 de olduğu gibi fetal trizominin saptanması da oldukça kolaylaşır. Trizomi 21 sahibi bir fetüs taşıyan hamile bir kadının plazmasından alınan hücresiz DNA, fetal genomdaki ve bu sayede maternal plazmadaki hücresiz fetal DNA daki o kromozomun ekstra kopyası sayesinde, kromozom 21 den daha çok parça içerir. Sekanslama işleminde bu, kromozom 21 sekanslarının referans kromozom setine göre daha fazla örneklenmesine yol açar. Bu sayede bir trizomi 21, öploidi bir fetüs taşıyan hamile kadınların plazmalarına göre kromozom 21 örneklemesinde önemli bir artış olarak belirlenir. Trizomi 21 için olan bu özel durum herhangi bir kromozomun kromozom örneklemesindeki önemli değişiklikleri (artış ya da azalma) tanımlamaya genelleştirilebilir. Sequenom Center of Molecular Medicine tarafından şu anda pazarlananmaternit21 Plus laboratuvar testi, şu anda kromozom 21, 18 ve 13 e odaklanırken bizim

tüm genom yaklaşımımız genel olarak uygulanabilir, öyle ki ek fetal anöploidiler ek klinik onayları aldıkları ve kabul edilebilir bir performans seviyesi gösterdikleri sürece test yöntemlerinde değişiklikler yapılmadan saptanabilir ve rapor edilebilir. YNS nin ücreti düştükçe bu teknoloji zamanla bugünün invaziv sitogenetik testine benzer performans ve içerikli bir noninvaziv moleküler karyotipe yol açabilir. Noninvaziv prenatal tanı için farklı YNS platformları değerlendirildi mi? Dikkate değer farklılıklar var mı? Barry Hoffman: Illumina, Ion Torrent ve Applied Biosystems dahil bir çok YNS platformu noninvaziv parental test etme (NIPT) için değerlendirildi. 3 platform da, sonrasında düzeltilmesi gereken adenintimin (AT) guanin-sitozin (GS) çaprazlaması dezavantajına sahip sekanslamadan önce ya emülsiyon esaslı PZR ya da katı fazlı köprüleme PCR ile DNA parçalarını klonlayarak büyütmekte. İlk 2 platform DNA polimeraz tarafından sentez yoluyla sekanslama kullanırken son platform DNA ligaz tarafından sentez yoluyla ligasyon kullanmakta. Polimeraz veya ligaz tarafından tek sarmal DNA şablonuna sekanslama ile eklenen nükleotidler, sarmalı üretmek için analiz edici tarafından tanımlanır. Ion Torrent analizör için 4 nükleotid tek seferde dairesel olarak eklenir ve biri bağlandığında ortaya çıkan hidrojen iyonu saptanır. Diğer iki platformda sarmalı belirlemek için floresan olarak modifiye edilmiş nükleotidler DNA zincirine bağlanır. Bu farklılıklara rağmen yayınlanan araştırmalar her 3 platformun da trizomi 21 i noninvaziv olarak doğru tanılayabildiğini göstermiştir. Ufuktaki yeni teknolojiler, sarmalın belirlenmesi için şablonun büyütülmesi ve nükleotid eklenmesi ihtiyaçlarını ortadan kaldırabilir. Bu gelişmeler esasen belirteç masraflarını ve testin yanıt verme süresini azaltarak bu yolla YNS nin klinik tıbba uygulanmasına olanak sağlayacaktır. Dennis Lo: Şimdiye kadar çoğu yayın sentez yoluyla sekanslama platformunun kullanımını bildirmişlerdir. Ayrıca, ligasyon yoluyla sekanslama platformunun kullanımını da bildiren birkaç yayın bulunmaktadır. Bu tip platformların kullanımları sonucu ortaya çıkan sonuçlar genelde oldukça karşılaştırılabilirlerdir. Ancak, sekanslama protokollerinin detayları ve biyoenformatik analizler gerekçe ile sekanslama sonuçlarının yorumlanması için ek parametrelere (ör. Gebelik süresi ve annelik yaşı) ihtiyaç olup olmadığını etkilemektedir. İki platform da büyütme kullanımını gerektirdiği için GS çaprazlaması gözlemlenmektedir. Özellikle bu çaprazlamaya meyilli olan kromozomları (ör. Kromozom 13 ve 18) içeren kromozomal anöploidlerin saptanması için bu tip etkileri düzelten biyoenformatik algoritmalara ihtiyaç duyulmaktadır ve bu algoritmaların etkili olduğu gösterilmiştir. İki güncel makale annelik plazma DNA sının incelenmesi için büyütme basamağına gerek duymayan tek molekül sekanslamanın kullanımını bildirmişlerdir. Sonuç olarak GC çaprazlaması artık bir problem olarak görülmemektedir. Bu uygulama için yeni gelişen tek molekül sekanslama platformlarından (ör. Nanopore sekanslama) birkaçının test edilmesi enteresan olacaktır. Jacob Canick:bildiğim kadarıyla 2 YNS platformu bu uygulama için test edilmiş ve uygun bulunmuştur. En geniş kapsamlı çalışma Illumina Hi-Seq 2000 platformu üzerinde uygulanan sentez yoluyla sekanslama yöntemiyle yapılmıştır. 2010 da Applied Biosystems den SOLiD 3 System kullanılarak yapılmış ligasyon yöntemiyle sekanslamayı içeren bir çalışma bu yöntemin de etkili olduğuna dair kanıtlar sunmuştur. Dirk van den Boom: SOLiD sistemi veya Heliscope sistemi gibi diğer YNS platformlarının ön değerlendirmelerini anlatan az sayıda yayın bulunmasının yanında biz, Illumina HiSeq 2000 platformu üzerinde laboratuvarda geliştirilmiş MaterniT21 Plus testini uygulamayı seçtik. Bu tercihin ana

etkenleri; yüksek veri kalitesi ve teknolojinin klinik geçerlilik çalışmamız sırasında olgunlaşmış olmasıydı. Klinik laboratuvar iş akışına uygunluğu, örnek kapasitesi ve masraf değerlendirmeleri de ayrıca ticarileştirmenin başlangıcı için enstrümantasyon seçimimizin anahtar faktörleriydi. Bu yöntemin geri dönüş süresi ne kadardır? Gebeliğin hangi döneminde bu test yapılmalıdır? Bunlar güncel maternal serum taramalarıyla nasıl karşılaştırılabilir? Barry Hoffman:Trizomiyi saptayan ticari YNS temelli testlerin geri dönüş süreleri, bir şekilde hamileliğin ilk ya da ikinci üç ayındaki rutin geleneksel maternal serum taramalarının raporlama süresi olan 2-5 günden uzun olup tipik olarak 1.5-2 hafta civarındadır. YNS girdi-çıktısı, testi yapan laboratuvarın klinik sonuç üretilmesi için gereken diskret basamakları uçtan uca ile ne derece etkili şekilde bağdaştırdığı, basitleştirdiği ve otomatikleştirdiği ile ilgilidir (hedef seçimi, kütüphane oluşturulması, şablon hazırlanması, sekanslama, veri işleme ve yorumlama). Girdi-çıktı ile ilgili diğer ilişkili faktörler, kullanılan çekirdek sekanslama teknolojisinin doğal hızı, tek seferde birleştirilebilecek çoklu örnek sayısı ve genom ile hizalama ile kapsama derinliği gerekliliklerini etkileyen sekanslama okumalarının kalite ve uzunluklarını kapsamaktadır. Annenin devreden hücresiz DNA sı içindeki mutlak ve göreceli fetal DNA gebeliğin erken döneminde az olmasına rağmen, yayınlanan çalışmalar noninvaziv ebeveyn testinin fetal trizomileri 10uncu hafta gibi erken bir sürede güvenilir olarak saptayabildiğini göstermişlerdir. İlk üç ayın sonlarındaki bu tip bir örnek alma güncel obstetrik pratiğin elementlerine ve yeni gelişen, fetüsün anatomik anomaliler için incelenmesini, trizomiler için taranmasını ve erken başlayan preeklampsi meyli için incelenmesini içeren, ilk üç ayın sonlarına doğru hastaneye gitme rutinine uygundur. Dennis Lo:Geri dönüş süresi yaklaşık 7-10 gündür. Test gebeliğin 10. ayından itibaren uygulanabilir. Bu zaman aralığı güncel maternal serum pratikleri için oldukça uyumludur. Örneğin, hamile kadınlar fetüslerinin ense kalınlığı ölçümü ve ilk üç ay maternal serum testi için ilk ultrason taramasına girebilirler. Bu tip testler taraşından yüksek risk altında olarak kategorize edilen kadınlar sonrasında maternal plazma DNA sı kullanılarak YNS testine tabi tutulmaya yönlendirilebilirler. Benzer şekilde zaman aralığı ikinci üç ay maternal serum taraması ve ilişkili test ile de uyumludur. Jacob Canick: Sequenom Center for Molecular Medicine ın 2000 e yakın hasta numunesini 9 haftada test ettiği bir çalışmada tüm örneklerin gerçek zamanlı test edilmesini ayarladık ve 90 örneklik son 20 test setinin 18 inde geri dönüş süresi 10 günün altındaydı. Bu, amniyotik sıvı ve koryonik villusun tüm karyotip analizinin tipik geri dönüş süresi ile benzerdir. Bu zamanın çoğu, ileriki birkaç yılda düşürülmesi gereken güncel YNS ve biyoenformatik teknolojiler tarafından harcanan zamandır. Bir çok durumda örnek bir kere test eden laboratuvara girdiğinde çoklu işaretleme testlerinin yapılması ve tarama testlerinin raporlanması tipik olarak 1 gün almasına rağmen, maternal serum taramasının (fetal ultrason ile birlikte veya değil) 2-3 günden fazla geri dönüş süresi olmaması beklenmektedir. Dirk van den Boom: Merkezimizde örneğin teslim alınmasından itibaren ortalama 7 günden az geri dönüş süresi mevcuttur. Bu geri dönüş süresi laboratuvarın 40 000 in üzerinde klinik örnek ile olan tecrübesine dayanmaktadır. Bağımsız olarak tasarlanmış ve yapılan bir klinik çalışma boyunca gebeliğin 10-22 haftasını kapsayan dönemde testin kullanımı ve hatasızlığı onaylanmıştır. Fetal anöploidlerin maternal plazmadan alınan hücresiz fetal DNA nın analizi yoluyla noninvaziv olarak saptanması direk bir testtir ve etnisite, sigara kullanımı, gebelik yaşı veya insüline bağlı diyabet gibi diğer klinik değişkenler tarafından karıştırılabilecek taşıyıcı işaretleri kullanmamaktadır. Sonuç olarak

bu test teknolojisi, yaygın olarak kullanılan serum biyokimyasal tarama testlerinden önemli ölçüde gelişmiş tanıda hassaslık ve spesifikliği sağlamaktadır. Bu test ticari olarak kullanılabiliyor mu? Kullanılabiliyorsa ne kadar pahalı? Barry Hoffman:Trizomi 21,18 ve 13 ü saptamak için kullanılan maternal plazmadaki fetal hücresiz DNA nın noninvaziv parental testi, ABD de Sequenom Center for Molecular Medicine (MaterniT21 Plus ), Ariosa Diagnostics Inc. (Harmony Prenatal Test ), ve Verinata Health (Verifi ) dahil birçok satıcı tarafından ticari amaçla sağlanmaktadır. Bu testler trizomi 21 için yüksek risk taşıyan hamileliklere yöneliktir ve Birleşik Devletler deki bir doktorun isteği üzerine yapılabilir. Cinsiyet kromozom anöploidi (XO ve son zamanlarda XXY, XXX, ve XYY) için ilgili test cinsiyet belirleme gibi bazı durumlar için sağlanabilmektedir. Trizomi testi ücreti $795 ile $2760 arasındadır. Asya ve Avrupa da farklı ticarileştirme anlaşmaları benzer testlerin sağlanması için geliştirilmiştir. Kanada da Harmony Testi Ocak 2013 de sağlanmaya başlanmıştır. Dennis Lo: Test şimdi ticari olarak sağlanmaktadır. Test başına ücretler yaklaşık $1000 ve $3000 arasındadır. Jacob Canick: Evet. Yukarıda belirtildiği gibi ABD de şu anda 3 ticari laboratuvar DNA bazlı maternal plazma anöploidi testi sağlamaktadır. Konstanz, Almanya da LifeCodexx AG Avrupa daki Almanca konuşan ülkelere test sağlamakta ve Çin de Beijing Genomics Institute ve Berry Genomics numune kabul etmektedirler. San Carlos, California daki Natera, Inc., 2012 bitmeden test sağlayacağını duyurmuştur. Testlerin ABD deki liste fiyatları mevcut sağlık sigortası programları dahilinde $795 ile $2700 arasındadır. Sizce bu test zamanla çoğu klinik laboratuvarda bulunacak mı, yoksa siz bu testin yalnızca özel kliniklerce sağlanacağını mı düşünüyorsunuz? Barry Hoffman: Mevcut durumda Kuzey Amerika da trizomi 21 için noninvaziv parental test yalnızca ticari satıcılar tarafından işletilen özel, ulusal ya da yerel laboratuvarlarda bulunmaktadır ve görünüşe göre bu durum yakın gelecekte değişmeyecektir. Ancak, moleküler test etme geliştikçe ve yaygınlaştıkça, parental genetik testlerin anahtar teslim paketlerinin, seçilen anomalilerin otomatikleştirilmiş uçtan uca ve hedefe yönelik (giderek genişleyen) setlerinin, parental hizmet sağlayan klinik laboratuvarlarda uygun şekilde kullanıcı dostu uygulanmalarının gelişimi öngörülebilir. Testlerin, satıcılardan klinik laboratuvarlara aktarımları lisanslama ücretleri ve tescilli kitler (ayraçlar) tarafından yönetilen alternatif bir iş planı gerektirir. testin yerel veya bölgesel kliniklere yaygınlaştırılmasının testin zamana duyarlı yapısına ve kaliteli bir parental tarama hizmeti verilebilmesi için gerekli olan, mevcut, kompleks, testin kendisinin daha üzerinde olan uzmanlaşmış alt yapıya daha iyi uyduğu da ayrıca tartışılabilir. Bu altyapı ön ve son test danışmanlığını, takip invaziv testlerini, geniş kapsamlı bakıcı ve hasta iletişimini ve beklenen ölçütlere karşı testin klinik performansını belirlemek için oluşturulan veri tabanının istatistiksel analizini kapsar. Bu tip bir altyapı gereksinimi noninvaziv moleküler parental test etmenin çoğu klinik hizmet laboratuvar tarafından gerçekleştirilme ihtimalini engeller. Dennis Lo:YNS nin görece daha pahalı ekipmanlara ve geniş çaplı biyoenformatik desteğe ihtiyaç duyması sebebiyle, her biri belirli bir coğrafi bölgeye hizmet veren özelleşmiş merkezler tarafından sağlanmaya daha elverişli olduğuna inanıyorum.

Jacob Canick: Yeni yöntemin özü, klinik sonuç raporlarında herhangi bir sapmayı önleyecek bilgi fazlalığı ile birlikte yüksek uzmanlıkta teknik ve bilimsel girdilerin yanı sıra pahalı gelişmiş sekanslama platformlarına, bilgi toplama ve depolama sistemlerine ve biyoenformatiğe olan gereksinimdir. Buna ek olarak entelektüel mülkiyet problemleri ticari işletmeler arasında davalar ve karşı davalarla sonuçlanmıştır. Bu davaların sonuçlarına bağlı olmakla beraber yakın gelecekte birçok klinik laboratuvarın bu testi onaylaması ve klinik bir servis olarak sunması mümkün görünmüyor. Zamanla biyomühendislikteki ilerlemelerin testleri basitleştireceğine, hızlandıracağına ve masraflarını düşüreceğine şüphe yoktur, böylece bunlar ve hatta daha kompleks genomik yöntemler çoğu laboratuvar için mümkün olabilecektir. Dirk van den Boom: bu noktada YNS temelli testler, iş akışı ile bilgisayımsal ve biyoenformatik altyapı gereklilikleri açısından oldukça karmaşıktır ve önemli sermaye yatırımları gerektirmektedir. Parental tanılamada kullanılacak YNS temelli testlerin yeterli analitik ve klinik onayları azımsanacak derecede değildir ve büyük örnek toplama işi gerektirmektedir. Bu sebeple dağıtılabilir, kullanılması kolay, doğruluğu riske atmayacak test sistemleri mevcut hale gelene kadar bu teknolojiyi özelleşmiş merkezlerin sunması gerektiğine inanıyorum. Uluslararası Parental Tanılama Topluluğu (ISPD) tarafından 2011 de yayınlanan bir durum bildirimi, trizomi 21 in gelişmiş taraması için YNS kullanılmasının yalnızca yüksek riskli popülasyonlarda yapılması gerektiğini bildirmiştir. Geçtiğimiz yılda düşük riskli popülasyonlar için de yaygın bir taramayı destekleyen gelişmeler ilerlemeler gerçekleşti mi? Barry Hoffman: ISPD önerisini yayınladığında, testi yalnızca Down sendromu için yüksek risk taşıyan hamilelikler için onaylayan klinik çalışmalar kadar sağduyuluydu. O zamandan beri yüksek riskli hamileliklerdeki çok sayıda çalışma, maternal plazmadaki hücresiz DNA nın noninvaziv parental testi fetal trizomi 21 li hamileliklerin >%99 unu, <%1 yalancı doğruluk oranı ile saptayabilmektedir, fakat trizomi 18 ve 13 için taramaların performansı daha az sağlamdır. Ayrıca ISPD, testin yüksek riski popülasyonlarda mükemmele yakın performans göstermesinin tarama yapılan rutin riskli popülasyonda da aynı performans göstereceği anlamına gelmediğini kabul etmiştir. Kasım, 2012 nin sonlarında 2049 kadından oluşan rutin bir popülasyonda kromozom seçici sekanslama kullanılarak trizomi 21 ve trizomi 18 için taramanın performansını açıklayan ilk çalışma yayınlanmıştır. Çalışma, rutin riskli bir popülasyonun maternal plazmasındaki fetal hücresiz DNA nın noninvaziv parental testinin, yüksek riskli gruplarda önceden rapor edildiği kadar etkili olduğu sonucuna varmıştır.anöploidi için tarama yapılan rutin kadın popülasyonlarındaki test performansını değerlendiren birçok çalışmanın sonuçlarının önümüzdeki 6-12 ay içerisinde çıkması beklenmektedir. Rutin olarak taranan popülasyonlar için testin onaylanması, kadınlar ve bakıcıların anöploidi parental taramanın tercih edilen go-to yaklaşım olarak maternal sirkülasyonda dolaşan hücresiz fetal DNA nın noninvaziv parental testini seçmelerini kolaylaştıracaktır. Dennis Lo: Maternal plazma DNA sekanslama kullanılarak fetal anöploidi testinin temel biyolojik determinantı fetal DNA nın maternal plazmadaki ondalık konsantrasyonudur. Bildiğim kadarıyla ticari tarama testleri tarafından yüksek riskli olarak kategorize edilen kadınların düşük riskli kadınlardan farklı bir fetal DNA konsantrasyon oranı olduğuna dair bir kanıt bulunmamaktadır. Bu yüzden YNS testinin düşük riskli popülasyonlarda da aynı analitik performansa sahip olması gerektiğine eminim. Düşük risk grubundaki kadın sarısı yüksek risk grubundakinden daha fazla olduğu için bu daha çok ekonomik bir sorundur. Umuyorum ki sekanslama ve ilişkili işlemlerin ücretleri ilerde düşürüldüğünde bu durum ekonomik bir sorun olmaktan çıkacaktır. Orta ila uzun dönemde anöploidi taraması için maternal plazma testinin bir başlangıç testi olacağı konusunda iyimserim. Jacob Canick:DNA temelli taramanın tüm hamile kadınlar için sağlanması konusuna 2 soruyla yaklaşılmalıdır: genel popülasyonda, yüksek riskli popülasyondan farklı bir performans beklemenin

biyolojik/bilimsel bir temeli var mıdır, ve tüm popülasyona tarama yapılması için beklemenin bilimsel olmayan, ekonomik, daha çok faydacı sebepleri mi mevcuttur? Bu tip testlerin, birkaçı düşük ve yüksek riskli hamileliklerin farklılıkları konusunda olmak üzere, farklı değişkenleri (sonuçları etkileyen dolaylı değişkenler) olup olmadığını araştırdık ve cevap her defasında hayır oldu. Örneğin, yüksek riskli grupta olmanın sebebi trizomi 21 veya öploid hastalarla ilişkilendirilen fetal fraksiyon veya test sonucu (z skoru) ile ilgili değildir. Buna ek olarak güncel olarak kullanılan spesifik fenotip belirteçler (ör. Çeşitli serum belirteçler, fetal ultrason belirteç ve nukal tarama) fetal fraksiyon ve z skoru ile ya ilişkili değil ya da zayıf ilişkilidir. Mevcut durumda YNS nin genel popülasyona uygulanmamasının sebepleri daha çok pratik sebeplerdir: yüksek ücret ve geri dönüş süresi, sigorta geri ödemesi konusundaki muğlaklık ve yetersiz test tesisleri. Dirk van den Boom:YNS nin kullanımı geniş ölçüde, fetal anöploidi için yüksek risk taşıyan hamile kadınlarda onaylanmıştır. Bu, ilerlemiş annelik yaşı, ailede fetal anöploidi geçmişi, pozitif serum taramaları veya ultrason bulguları sahibi kadınları kapsar. ISPD ye ek olarak Amerikan Kadın Hastalıkları ve Doğum Uzmanları Koleji (ACOG) ile Maternal Fetal Tıp Topluluğu da, hücresiz fetal DNA testinin yüksek anöplodi riski taşıyan hastalara uygulanmasını öneren birlikte bir komite görüşü yayınladılar. Kaliforniya Teknoloji Değerlendirme Forumu da yakın zamanda bağımsız bir araştırmayı tamamlayarak hücresiz fetal DNA nın, sağlık sonuçlarındaki gelişmeler, etkililik ve güvenlik için tüm 5 kriteri sağlayan yüksek riskli kadınlarda trizomi 21 ve 18 için fetal anöploidide parental ileri tarama testi olarak kullanımını önerdi. Fetal trizominin saptanması için YNS ile birleştirilmiş bir hedef yaklaşımı içeren bir araştırma yakın zamanda yayınlandı. Bu çalışma düşük risk grubundan görece az sayıda örnek setini kapsamaktaydı ve bu testin genel tarama senaryosuna uygulanması için daha çok klinik onaya gereksinim duyulacaktır. Bu noktada halihazırda mevcut olan serum tarama tabanlı yaklaşımlar genel, düşük riskli gruplar için performansları düşük olmasına rağmen- daha ekonomiktir ve halihazırda hücresiz fetal DNA tarafından saptanamayan hamilelik komplikasyonlarını tanımlayabilmektedir. Bu teknoloji trizomi 21 haricinde diğer kromozomal anöploidilere de uygulanmış mıdır? Tek nokta mutasyonlardan kaynaklanan hastalıklar hakkında ne düşünüyorsunuz? Barry Hoffman:Yayınlanan araştırmalar YNS nin kromozomal anöploidler, silinmeler, eklenmeler, tek nükleotid polimorfizmleri ve kopyalama sayısı değişkenleri de dahil olmak üzere fetal dolaşan hücresiz DNA daki geniş kapsamlı birçok moleküler anomalinin saptanmasındaki potansiyelini göstermiştir. Teknoloji, sekanslanmış transkript uzunluğu ile sonucun kalitesi ve güvenilirliğine özelleştirilmiş güçlü bir şekilde bağlı olan biyoenformatikalgoritmaların gelişimi konularına ilişkin anomalinin her türü için optimize edilmelidir. YNS nin fetal anomalilerin saptanmasında çip tabanlı sıralamaların önüne geçeceği tahmin edilebilir ve tek seferde tüm DNA moleküler anomalilerini ve çeşitlerini güvenilir olarak test edebilen çokmodlu sekanslama platformlarının gelişimini engelleyecek hiçbir şey yoktur. Günümüzde teknoloji, Turner (monozomi X) ve Klinefelter (XXY) ile Rh uyumsuzluğu testi gibi cinsiyet kromozomu anöploidilerinin saptanmasında ticari olarak uygulanmaktadır. Dennis Lo: Trizomi 21 e ek olarak, teknoloji trizomi 13 ve 18 e ayrıca Turner sendromuna da uygulanmıştır. Sekanslama testinin kromozomal mikrodelasyonlar gibi Robertsonian translokasyonu sebebiyle de oluşan Down sendromunda kullanılabileceğini gösteren veriler de vardır. İkincisi için sekanslama derinliğinin arttırılması gerekir. Sekanslama yaklaşımının nokta mutasyonlarının neden olduğu durumları da içeren invaziv olmayan monojenik hastalıkların (Ör.Talasemi) prenetal tanısı için kullanılabilir olduğunu gösterdik. Bu tür uygulamalar için hedeflenen bir sekanslama yaklaşımı daha uygun maliyetli görülmektedir.

Jacob Canick: Ayrıca, doğumdaki en yaygın anöploidi olan trizomi 21 in maternal plazma DNA nın YNS tarafından tespit edilmesi için klinik olarak önemli anöploidlerden en kolayı olarak görülmesini fark etmek de önemlidir. Trizomi 18, trizomi 13 ve monozomi X in, trizomi 21 ile aynı performans seviyesiyle tespit edilmeleri daha zor bulunmuştur ama bu anöploidiler için performans YNS nin klinik kullanımlarına izin vermek için yeterince yüksektir. Ancak, trizomi 21 dahil bu anöploidilerden herhangi birinin pozitif test sonucu kesin bir tanı için yeterli değildir. İnvaziv tanı testi yanlış pozitif öploid fetüslerinin tespitinin yapıldığına emin olmak amacıyla tüm pozitif YNS sonuçları için hâlâ önerilmektedir. Dirk van den Boom: MaterniT21 Plus testi için klinik doğrulama çalışması trizomi 21 e ek olarak fetal trizomi 18 ve 13 lü durumları kapsamıştır. Her ikisi de çok yüksek tanısal doğruluk ile tespit edilmiştir. Ayrıca fetal anöploidi tespiti için teknolojimiz prensipte tüm genomu değerlendirebilecek bir yaklaşım kullanır. 21, 18 veya 13 dışında fetal trizomi örnekleri klinik doğrulama için kullanılabilir olduğu için, YNS kullanan mevcut testin performansı değerlendirilebilir ve diğer trizomilerin rapor edilip edilmeyeceği kararı verilebilir. Örneğin YNS ile fetal cinsiyet anöploidilerin belirlenmesi için erken sonuçlar da son zamanlarda yayınlanmıştır. Çeşitli araştırma grupları, özellikle aile öyküsü ve/veya ebeveynlerin taşıyıcı durumlarına göre belirtilen durumlar için hücresiz fetal DNA da tek nokta mutasyonlarının hedeflenen tespiti için kavram kanıtlama çalışmaları yayınladı. Dennis Lo ve ekibi, hücresiz fetal DNA dan tüm fetal genomu sekanslayarak daha genel bir biçimde tek nokta mutasyonlarının tespitini değerlendirme amaçlı çalışmaya yakın zamanda öncülük ettiler. Bu çalışma son derece heyecan verici olsa da, potansiyel ticari uygulama, ilgili sekanslama maliyetlerini azalmakta ileri gelişmeleri ve tabii ki, bugüne kadar ötesinde tamamlananların analitik ve klinik doğrulamasını gerektirecektir. Bu teknoloji ikizlerde uygulanabilir mi? Vitro fertilizasyon donör gebeliği konusunda neler söylersiniz? Barry Hoffman: Çoklu gebelik şu anda maternal plazmada hücresiz fetal DNA nın NIPT si için bir kontrendikasyon ve özellikle testi sipariş etmeden önce ultrason muayenesi tarafından yönetiliyor. Her ne kadar çoklu gebeliklerde geleneksel ekranın performansı tekil gebeliklerden çok daha zayıf olduğu anlaşılmış olsa da, ikizler tespit edildiğinde bir alternatif, biyokimyasal ve görüntüleme biobelirteçleri kullanılarak geleneksel görüntüleme yöntemidir. Öncül bir sebep yok, fakat dolaşan hücresiz fetal DNA nın moleküler analizinin maternal plazmada fetal trizomi 21 in oranında bir artış tespit edebilme sebebi çoklu gebeliğe uygulanamadı. Şüphesiz ki bu tür gebeliklerde testin doğrulanması monozigot ve dizigotluk ile ilgili karmaşıklıklar ve yapay fetüslerin seyrekliği tarafından engellenecektir ama maternal arka plana ilişkin daha çok fetal DNA olmalıdır, böylece özellikle özdeş DNAlı monozigot ikiz ve sızan plensentaları durumunda fetal fraksiyonu ve analizlerin güvenilirliğini arttırır. Ayrıca ikizlerin zigotluğu böyle testlerde kanıt olacaktır. Prensipte, maternal dolaşımdaki hücresiz DNA analizi doğal gebelikte yumurta bağışlı hamileliklerde olduğu gibi iyi yapılmalıdır. Yakın zamanda rapor edilen MELİSSA denemesinden elde edilen kısıtlı veriler bunun doğru olacağını gösteriyor. Gebeliklerin bir gerçek dünya karışımı Verifi testinin doğruluğu muhtemel denemelerinde bulunan 36 yardımla üreme gebeliklerinin hepsi doğru değerlendirildi. Dennis Lo: Teknoloji ikizlere uygulanabilir. Teknolojimizin ikiz hamileliklerinin zigotluğunun belirlenmesini isteyen birine de imkan verebileceğini gösterdik. Üstelik, dizigotik ikizler için, maternal plazma DNA sekanslama her bir ikiz tarafından ortaya çıkarılan DNA miktarını da ölçmeye izin verir,

bu da oldukça ilgi çekici bir araştırma ve klinik uygulamaya sahip olabilir. Teknoloji in vitro fertilizasyon donör gebeliklerine uygulanabilir. Jacob Canick: Bizim grubumuzdan bir çalışma ve Diana Bianchi nin grubundan bir çalışma, anöploidiler için YNS testinin tek ya da her iki fetüsün de etkilendiği ikiz gebelikleri tespit edeceğini gösterdi. Bu sonuçlar literatürdeki tekil gebelikler üzerindekinden daha az duruma dayalıyken, ikiz gebeliklerin ortalama olarak daha iyi bir test performansa katılarak tekil gebeliklerden yüksek bir fetal fraksiyona sahip olduğunu gösterir. Bianchi ve çalışma arkadaşları in vitro fertilizasyon ile ulaşılan gebeliklerin sorusunu değinmiş ve bir veri sağlanmamasına rağmen performans açısından bir fark bulamamıştır. Dirk van den Boom: Evet, MaterniT21 Plus testinin altında yatan teknoloji konsepti ikiz gebeliklerde uygulama için uygundur. Maternal plazmada bir fetal trizomi tespit etme yeteneği esas olarak fetal DNA nın maternal DNA miktarıyla göreceli olarak yönlendirilir. Siz bu testin zamanla parental tarama için tek test olabileceğine ve maternal serum taramasının tamamen yerini alacağına inanıyor musunuz?yoksa bu güncel tarama prosedürlerine bir ek mi olacaktır? Barry Hoffman:Hiç kuşku yok ki hücresiz ceninin DNA sında ki maternal plazma için biyokimyasal ve görüntüleme Biyomarkörler kullanan geleneksel Trizomi ekranına göre NIPT çok daha üstün bir testtir. Ancak, eski ve önemli ölçüde daha pahalıdır.moleküler test için ödemeyi karşılayabilen bireyler için beklenen, özel veya sigorta aracılığı ile onların ilk testi olarak arayacaklardır. Ancak bu durumun olası değildir, hükümet tarafından finanse edilen doğum öncesi tarama programları ve bunların evrensel uygulamaları için bütün doğum öncesi moleküler test geçiren kadınlara ödenek için para vardır.acost-neutral çözümü bu ikilemenin şart olduğutest, geleneksel tarama sayesinde sadece ekran için sunulan ilk ve moleküler test denenerekpozitif yapılır.bu tür tarama yaklaşımlarının performansı,yalnız moleküler test ve final gecikmeninsonuçları eğer ilk pozitif taramaörneklerden ikinci hıztest aşamasına doğru hızlanmaya gerekli dikkat gösterilirse kabul edilebilir olur.ontario da, ön mali analizşartı taramanın tarafsız malını gösterdiğinde geleneksel ilk pozitif ekran oranı %5 e ayarlanır. Sınır değerinin pozitiflik oranını arttırmanın maliyeti moleküler testi azaltmaktır. Dennis Lo : Maternal serumu elemek için DownSendromu, bence sekanslama testi kesinlikle üstündür ve büyük olasılıkla sonunda geleneksel yaklaşımı değiştirmektir.ancak, yukarıda tartışıldığı gibi, sekanslama testinin giderleri kısa zamandaki ile birleşmiştikonvansiyonel aramayı yapmak belki daha efektif yapacaktı ve sonra bu tür tarama tarafından sekanslama testine yüksek-riskli kadınları önerecektir. Jacob Canick:Ben YNS nin bütün hamile kadınlar için önerilen birinci-sınıf test olmasını bekliyorum.bu çok açık ki yaygın trizomilerinşu anki doğum öncesi ayırma yöntemlerini geçenperformansı test edilmiştir.algılama hızı %100 e ulaşır, ve yanlış-pozitif oranı ise nispeten düşük hata oranı ile esasen %1 den daha azdır.ilk-satır testi ile, Down sendromunun pozitif öngörü değeri % 50 ye yakın olurdu. Diğer bir deyişle, her 2 invazivden biri Down sendromlu bir fetüs tanımlamasına neden olur. Nüfusta onların yaygınlıkları düşük ise tahmini diğer Trizomi değerleri için de daha düşük olacaktır. Bilmeyen geceler testler var, örneğin, örnek çok düşük bir fetal kesirden kaynaklanan veya metodolojik hatalar tarafından sorulu kalır, ancak bu hastalarda Standart taramanın alternatifi olarak sunulabilir. İlk satırdaki testin açıklaması benim beklediğim makul performans ve maliyetin önümüzdeki yıllarda elde edilmesi sürekli iyileştirmelere bağlıdır.

Dirk van den Boom: Boş hücre fetal DNA nın kullanımı tanı,duyarlılık ve özgüllüğün fetal anöploidi için geçerli serumu taramanın üstün olmasını karşılar. Ancak, endikasyonlar için biyokimyasal maternal-serum taraması diğer fetal anöploidi olamazdı, prensipte, maternal- serum taraması yerini alır. Buna ek olan ve aynı derecede önemli olan, hala şu anda YNS tarafından ele alınmayan veya fetal Nöral tüp defektleri için bir değerlendirme olmak zorunda. Fan ve arkadaşlarının doğasında 2012 kağıdı ve Kitzman et al. Dan Sağlık Bilimi Çevirisi 2012 de kağıttaydı, bunlar bütün fetal genom dan gelen maternal kanın noninvaziv olarak açıklanmasının belirlenmesidir. Bu keşiften çıkabilecek ne tür uygulamalar öngörüyorsunuz? Bu klinik uygulamaları nasıl inşa edeceksiniz? Anne tarafından dolaşım için belirli bir anomali fetal hücresiz DNA nın moleküler analizi veya anomaliler, hatta sınırlı bir kümesini hedeflemek mevcut klinik uygulama ve etik normlar açısından oldukça basittir. Moleküler test artışları dahil anomalilerin sayısı içinde, tutarlı sıralama hekimi, genetik danışmanı, ebeveyn (ler), fetus (sonunda) ve ilgili akraba bulguları da zorlukla sunulur. Fakat tüm fetal genomu nonivaziv olarak sekanslamak nihai ucu açık test ve kuşkusuz heyecanlı bir güç değişimidir fakat şu anda hiçbiri yerinde olmayan bilginin klinik olarak uygulanmasının gerektireceği yeni etik, eğitimsel, teknik, ve hekim teslimli çerçeve kadar tümüyle yıkıcıdır. YNS tüm genom düzeyindeki potansiyelini tam olarak klinikte gerçekleştirmek önce zaman, kaynakları, yeni anlayışlar ve fazla iş gücü alacaktır. Dennis Lo:Paternal genotiplenme, maternal haplotipleme ve maternal plazma DNA sekanslama kullanarak Kitzman ve arkadaşları, bizim yaklaşımımızı onayladılar ve yöntemin derin seviye sekanslamaya uygulandığında bile ölçeklenebilir ve sağlam olduğunu gösterdiler. Fan ve arkadaşlarının makalesi de genel konsepti onayladı fakat babanın DNA sının genotiplenmesinin ayrılıp ayrılamayacağı ve annenin genomunda bulunmayan paternal olarak alınan fetal allallerin maternal plazma DNA sekanslama verisinden direk olarak çıkarılıp çıkarılamayacağı ek sorularını sordular. Birlikte değerlendirildiklerinde bu makaleler noninvaziv fetal genom sekanslamanın uygulanabilirliğini göstermektedir. Bu gelişmenin teknolojik ve bilimsel olarak çok heyecanlı olmasının yanında klinik uygulamalar için yakın zamanda başarıldığı gibi belirli bir popülasyonda yaygın olan monojenik hastalıklarda yer alan seçilmiş genomik loci için hedefe yönelik sekanslama yapmak daha ekonomik olabilir. Bu ayrıca danışmanlığı kolaylaştırır ve bu tip testlerin klinik olarak sunulmasındaki etik kompleksiteyi azaltır. Jacob Canick:Fetal ve maternal genomların maternal plazma örneklerinden tam olarak sekanslanabileceğini gösteren iki yayın da Dennis Lo ve arkadaşları tarafından 2010 da yapılan, anne ve fetüsün tam genomlarının maternal dolaşımda bulunan DNA parçalarında bulunduğunu ve bu parçaların sürekli bağıl oranlarda olduğunu gösteren kavram kanıtlama çalışması üzerine kuruludur. Bu keşiflerin etkileri açıktır. Buradaki potansiyel, fetüsteki invaziv ve riskli fetal örnekleme teknikleri kullanılmadan, hem kalıtsal hem de yeni oluşmuş, tek gen bozukluklarını tanımlamak içindir. Bu keşiflerin klinik uygulamalarının zaman dilimi şimdilik bilinmemektedir fakat 10 yıl muhtemelen mantıklı tahmindir. Dirk van den Boom: Tıptaki diğer rahatsız edici teknolojiler için de yaygın olarak kullanım ve uygulamaya, yeterli etik endişeler ve uygun analitik ve klinik onay tarafından eşlik edilmelidir. Güncel testler trizomi 21, 18 ve 13 ün saptanmasına odaklanırken amniyotik sıvı üzerinde yapılan karşılaştırmalı genomik hibritleşme sıralamalarına bilgi derinliğinde benzer bir noninvaziv karyotip, sekanslama teknolojileri ilerledikçe ulaşılabilirdir. Noninvaziv parental test çok güçlüdür ve şu anda yalnızca invaziv prosedürlerle elde edilen örneklerle değerlendirilebilen birçok hastalığın tanısına izin verecektir. Bu yeni teknolojinin sağlık sonuçlarının gelişmesinde kullanılması önemlidir. Semptomlar

gelişmeden önce doğumda diyetsel ayarlamalara izin verebilecek, metabolik hastalıkların prenatal tanımlamaları kadar uteroda tedaviye de izin verebilecek hastalıklar özel ilgi alanında olmalıdır.