I. Projenin Türkçe ve İngilizce Adı ve Özetleri Astımlı Çocuklarda Transforming Growth Faktör-Beta1 (TGF-β1) Kodon 25 G/C ve Tümör Nekrozis Faktör-Alf

Transkript

1 EK-8 T.C. ANKARA ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ KESİN RAPORU Astımlı Çocuklarda Transforming Growth Faktör-Beta1 (TGF-β1) Kodon 25 G/C ve Tümör Nekrozis Faktör-Alfa (TNF-α) 308 G/A Polimorfizmi Proje Yürütücüsünün İsmi Prof. Dr. Aydan İkincioğulları Proje Numarası Başlama Tarihi Bitiş Tarihi Rapor Tarihi Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Ankara

2 I. Projenin Türkçe ve İngilizce Adı ve Özetleri Astımlı Çocuklarda Transforming Growth Faktör-Beta1 (TGF-β1) Kodon 25 G/C ve Tümör Nekrozis Faktör-Alfa (TNF-α) 308 G/A Polimorfizmi Astım solunum yollarının, çeşitli uyaranlara karşı aşırı yanıtı sonucu oluşan, tekrarlayan ataklar halinde ortaya çıkan, atakların kendiliğinden veya tedavi ile düzeldiği, kronik inflamatuvar bir hastalığıdır. Kronik hava yolu inflamasyonu, remodelling olarak adlandırılan, hava yollarında yapısal ve fonksiyonel değişikliklere neden olan, bronş epitelinin sürekli hasar ve tamiri ile birliktedir. Astımın ortaya çıkışında çevresel ve genetik faktörler birlikte rol oynamaktadır. İnflamatuar yanıtın mediatörlerini belirleyen genler ile sitokin, kemokinler ve bunların reseptörlerine ait genler astım gelişiminde rol oynayabilecek aday genlerdir. Astım genetiği ile yapılan çalışmalarda astım ile ilgili en az 20 farklı kromozomal bölge ve 70 in üzerinde gen saptanmıştır. Bu durum astımdan sorumlu tek bir genin olmadığını ve astımın oldukça heterojen bir hastalık olduğunu göstermektedir. Genetik olarak kompleks bir hastalık olan astımda, hastalık gelişiminden sorumlu olabilecek aday genler ve bu genlerde varyasyonlara neden olan tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) ile ilgili çalışmalar devam etmektedir. TGF-β ve TNF-α astımın fizyopatolojisinde önemli rol oynayan iki sitokindir. TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308G/A polimorfizmlerinin araştırıldığı bazı çalışmalarda, bu polimorfizmlerin astımda daha sık görüldüğü ve hastalık ile ilişkili olduğu saptanmıştır. Bu bilgiler doğrultusunda çalışmamızda, astımlı çocuklar ve sağlıklı popülasyonda TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308 G/A polimorfizmlerinin görülme sıklığını değerlendirmek ve astımlı çocuklarda bu iki polimorfizmin hastalık riski ile ilişkisini belirlemeyi amaçladık. Bu amaca yönelik olarak 25 i atopik, 21 i nonatopik olmak üzere toplam 46 astımlı olgu ve 67 olgudan oluşan sağlıklı kontrol grubu çalışmaya alındı. Araştırma sonucunda, TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308G/A polimorfizmlerinin görülme sıklığında atopik astım, nonatopik astım ve kontrol grubu arasında farklılık bulunmadı. Bu polimorfizmlerin hastalık gelişimi için risk oluşturmadığı saptandı. 2

3 Anahtar kelimeler: Astım, transforming growth faktör-beta 1 (TGF-β1), tümör nekrozis faktör-alfa (TNF-α), polimorfizm The Frequency of Transforming Growth Factor-Beta 1 (TGF-β1) Codon 25G/C and Tumour Necrosis Factor-Alpha (TNF-α) 308G/A Polymorphisms in Asthmatic Children Asthma is a chronic inflammatory disease of the respiratory tracts developing due to hyperresponsiveness to various stimulants, appearing with recurrent attacks, recovering either spontaneously or with treatment. Chronic respiratory tract inflammation accompanies continous damage and repairment of bronchial epithelium, called remodelling, which leads to structural and functional changes in the respiratory tracts. Environmental and genetic factors play a major role in development of asthma. The genes effective in determining inflammatory response, and those belonging to the cytokines, chemokines and their receptors, are the candidate genes which would play a role in asthma development. At least 20 different chromozomal regions and more than 70 genes have been identifed by asthma genetic studies. These findings indicate that asthma is a heteregeneous disease and there isn t only one single gene responsible for its development. Studies concerning the candidate genes which might be responsible for the development of asthma known as genetically complex disease and single nucleotide polymorphisms (SNPs) leading to variations in those genes are in progress at present. TGF-β and TNF-α are two cytokines which have significant role in asthma physiopathology. Some studies investigating the TGF-β1 codon 25G/C (915G/C) and TNF-α 308G/A polymorphisms revealed that these polymorphisms are more prevalent in asthma and associated with the disase directly. In the view of those findings, our aim in this study was to assess the frequency of TGF-β1 codon 25G/C (915G/C) and TNF-α 308 G/A polymorphisms in asthmatic and healthy population and unveil the relationship between of two polymorphisms with the asthma development risk in asthmatic children. In order to achieve those objectives, a total of 46 asthmatic cases, 25 being atopic and 21 nonatopic, and 67 healthy control groups have been selected. The results indicated that, TGF- 3

4 β1 codon 25G/C (915G/C) and TNF-α 308G/A polymorphism prevalances were not significantly different in atopic asthmatics, nonatopic athmatics and in the control group. It was concluded TGF-β1 codon 25G/C (915G/C) and TNF-α 308G/A polymorphisms don t trigger risk for developing asthma. Key words : Asthma, transforming growth factor-beta 1 (TGF-β1), tumour necrosis factoralpha (TNF-α), polymorphism 4

5 II. Amaç ve Kapsam Astım solunum yollarının, çeşitli uyaranlara karşı aşırı yanıtı sonucu oluşan, tekrarlayan ataklar halinde ortaya çıkan, atakların kendiliğinden veya tedavi ile düzeldiği, kronik inflamatuvar bir hastalığıdır. Kronik hava yolu inflamasyonu, remodelling olarak adlandırılan, hava yollarında yapısal ve fonksiyonel değişikliklere neden olan, bronş epitelinin sürekli hasar ve tamiri ile birliktedir. Astım çocukluk çağında en sık görülen kronik hastalıklardan biri olup, ortaya çıkışında genetik yatkınlık ile çevresel faktörler birlikte rol oynar. İnflamatuar yanıtın mediatörlerini belirleyen genler ile sitokin, kemokinler ve bunların reseptörlerine ait genler astım gelişiminde rol oynayabilecek aday genlerdir. Astım genetiği ile yapılan çalışmalarda astım ile ilgili en az 20 farklı kromozomal bölge ve 70 in üzerinde gen saptanmıştır. Bu durum astımdan sorumlu tek bir genin olmadığını ve astımın oldukça heterojen bir hastalık olduğunu göstermektedir. Genetik olarak kompleks bir hastalık olan astımda, hastalık gelişiminden sorumlu olabilecek aday genler ve bu genlerde varyasyonlara neden olan tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) ile ilgili çok sayıda araştırma yapılmıştır. Transforming growth faktör-beta1 (TGF-β1) pro ve antiinflamatuvar özellikleri olan çok fonksiyonlu bir sitokindir. Son çalışmalar potent bir profibrotik sitokin olan TGF-β1 in allerjik hastalıkların patogenezinde rol oynadığını göstermektedir. TGF-β1 geni 19q13.1 bölgesinde bulunup, bu gende çeşitli polimorfizmler tanımlanmıştır. TGF-β1 kodon 25G/C (915 G/C) polimorfizminin TGF-β1 üretimini arttırdığı ve akciğer fibrozisinde etkili olduğu gösterilmiştir. TGF-β1-509C/T polimorfizminin astımlı çocuklarda artmış total IgE düzeyi ile ilişkili olduğunu ve astım şiddetini etkilediği saptamışlardır. TGF-β1 kodon 25G/C (915 G/C) polimorfizminin astımdaki inflamasyon ve remodellingde etkili olmadığına dair araştırmalar da vardır. TNF-α ise inflamatuvar yanıtın güçlü düzenleyicilerinden proinflamatuvar bir sitokindir. Akut astım atağı veya allerjen ile uyarıdan sonra bronkoalveolar lavaj sıvısında düzeyinin arttığı belirlenmiştir. TNF-α geni 6. kromozom (6p21) üzerinde MHC III bölgesinde bulunur ve bu gendeki değişik polimorfizmlerin TNF-α salınımını etkilediği gösterilmiştir. Yapılan bazı çalışmalarda, TNF-α-308G/A polimorfizminin bronş hiperreaktivitesi ve astım gelişimi için risk oluşturduğu saptanırken, bu polimorfizmin astım gelişiminde etkili olmadığını gösteren çalışmalar da vardır. Tüm bu verilere rağmen TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve 5

6 TNF-α 308G/A polimorfizminin astım gelişim riski üzerine olan etkisi hala tartışmalıdır. Ayrıca, TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308G/A polimorfizmleri ile ilgili çalışmaların hemen hepsinin sonucunda, benzer araştırmaların farklı toplumlarda da yapılması gereği üzerinde durulmuştur. Bu çalışmada, ülkemizde astımlı çocuklarda ve sağlıklı bireylerde TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308 G/A polimorfizmlerinin görülme sıklığını değerlendirmeyi ve astımlı çocuklarda TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308 G/A polimorfizmlerinin, sağlıklı popülasyona göre hastalık riski ile ilişkisini belirlemeyi amaçladık. 6

7 III. Materyal ve Yöntem 1. Çalışma grubunun seçimi Bu çalışmaya Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Pediatrik İmmünoloji-Allerji Bilim Dalı ında astım tanısı alan ve tedavi edilen, yaşları 4-17 yıl (median:10.5 yıl) arasında değişen, 25 i erkek, 21 i kız olan toplam 46 olgu alındı. Olguların, TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308 G/A polimorfizm çalışmaları Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Pediatrik Moleküler Genetik Bilim Dalı laboratuvarında yapıldı. Astımlı olguların 25 i atopik, 21 i nonatopik idi. Atopik astımlı olguların yaşları 6-17 yıl (median:12 yıl) arasında ve 15 i erkek, 10 u kız idi. Nonatopik olguların yaşları 4-15 yıl (median:8 yıl) ve 10 u erkek, 11 i kız idi. Kontrol grubunu ise öyküsünde astım ve başka allerjik hastalık olmayan, aile öyküsünde allerjik hastalık olmayan 19 u benzer yaş aralığında, toplam 67 sağlıklı birey oluşturdu. Astım tanısı, öyküde tekrarlayan hışıltılı solunum, nefes darlığı ve öksürük ataklarının olmasına dayanılarak koyuldu. Atopi, sık karşılaşılan aero allerjenlere karşı spesifik IgE ve/veya cilt prick testi pozitifliği ile değerlendirildi. Çalışma gurubuna alınan olgulara ait bulguların kaydedildiği bir çalışma formu hazırlandı. Bu çalışma formunda olguların yaşı, cinsiyeti, tanısı, ek allerjik hastalıkları (allerjik rinokonjonktivit, atopik dermatit), aile bireylerinde allerjik hastalık (astım, allerjik rinokonjonktivit, atopik dermatit) öyküsü, total IgE düzeyi, spesifik IgE değerleri, cilt prick testi sonuçları yer aldı. 2. Örneklerin toplanması : Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Etik Kurulu onayı alındıktan sonra çalışmaya başlandı. Gen polimorfizmlerini incelemeye yönelik olarak hasta ve kontrol grubundan %0.1 oranında EDTA içeren steril tüplere kan örneği, bilgilendirilmiş ebeveyn onayı alındıktan sonra alındı. 7

8 3. Yöntem : Olgulardaki TGF-β1 kodon 25G/C (915 G/C) ve TNF-α 308 G/A gen polimorfizmlerinin incelenmesi Ankara üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Pediatrik Moleküler Genetik Bilim Dalı laboratuvarında gerçekleştirildi. Kan örnekleri alındıktan sonra aşağıdaki işlemler uygulandı. DNA ekstraksiyonu : Hasta ve kontrol gruplarına ait DNA lar, 10 ml EDTA içeren kandan fenol-kloform ekstraksiyon yöntemi kullanılarak elde edildi. TGF-β1 kodon 25 G/C değişiminin tespiti : TGF-β1 geni kodon 25 lokusunu içeren 224 baz çiftlik bölge, (5 -ACCACACCAGCCCTGTTCGC-3 ) (5 -AGCTTGGACAGGATCTTGCC-3 ) primerleri kullanılarak, PCR yöntemi ile elde edildi. TNF-α 308 G/A değişiminin tespiti : TNF-α 308 lokusunu içeren 116 baz çiftlik bölge, TNF-α (5 -AGGCAATAGGTTTGAGGGCCAT-3 ) TNF-α (5 -ACACTCCCCATCCTCCCTGCT-3 ) primerleri kullanılarak, PCR yöntemi ile elde edildi. Elde edilen ürün, -308 pozisyonundaki G/A değişikliğinin tespiti için, BspH1 (Fermentas, Litvanya) endonükleaz enzimi ile inkübe edilerek ve etidyum bromid ile boyanarak %2.5 luk agaroz jel elektroforezinde görünür hale getirildi. Light Cycler (Roche Diagnostics, Almanya) cihazı ile TGF-β1 kodon 25 G/C ve TNF-α 308 G/A değişimleri nin tespiti : Light Cycler cihazı kullanılarak hazır kit ile değişimler tespit edildi. 4. İstatistiksel değerlendirme : Çalışmanın istatistiksel analizi, Ankara üniversitesi Tıp Fakültesi Biyoistatistik Anabilim Dalı nda SPSS istatistik paket programı kullanılarak yapıldı. Grupların karşılaştırılmasında yaş için Mann-Whitney U testi, cinsiyet, ek allerjik hastalık, ailede allerjik hastalık, cilt testi için ki-kare testi, IgE için Mann-Whitney U Testi kullanıldı. p<0.05 değeri istatistiksel olarak 8

9 anlamlı kabul edildi. TGF-β1 kodon 25 G/C ve TNF-α 308 G/A polimorfizmlerini karşılaştırmak ve risk hesapları için Odds Ratio (OD) ve güven aralığı (confidence interval:ci) %95 güvenirlik düzeyinde hesaplandı. 9

10 IV. Analiz ve Bulgular Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Pediatrik İmmünoloji-Allerji Bilim Dalı ında tanı alan ve izlenen, 25 i atopik, 21 i nonatopik olan toplam 46 astımlı olgu ve 67 sağlıklı birey çalışma grubuna alındı. Atopik astımlı olguların genel özellikleri ile TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308 G/A polimorfizm sonuçları tablo 1 de, nonatopik astımlı olguların genel özellikleri ile TGFβ1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308 G/A polimorfizm sonuçları tablo 2 de, sağlıklı kontrol grubunun TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308 G/A polimorfizm sonuçları tablo 3 de verilmiştir. Çalışmaya alınan 46 astımlı olgunun yaş aralığı 4-17 yıl (median:10.5 yıl) ve 25 i erkek (%54), 21 i (%46) kız idi. Atopik astımlı 25 olgunu yaş aralığı 6-17 yıl (median:12 yıl) ve 15 i (%60) erkek, 10 u (%40) kız idi. Nonatopik astımlı 21 olgunun yaş aralığı 4-15 yıl (median:8 yıl) ve 10 u (%48) erkek 11 i (%52) kız idi. Atopik ve nonatopik olgular karşılaştırıldığında yaş yönünden anlamlı fark saptanmıştır (p<0.05). Cinsiyet yönünde ise her iki grup arasında anlamlı fark bulunmamıştır (p>0.05). Olguların yaş ve cinsiyet dağılımı tablo 4 de verilmiştir. 10

11 Tablo 1. Atopik astımlı olguların genel özellikleri ve TGF-β1 kodon 25G/C (915 G/C) ve 308G/A polimorfizm sonuçları No Olgu Yaş (yıl) Cinsiyet Ek allerjik hastalık Ailede allerjik hastalık Cilt prick testi Total IgE (kiu/l) TGFβ1 kodon 25G/C TNF-α-308G/C 1 TS 12,5 E ARK - polen - GG GA 2 MK 14 E ARK - mite+polen - GG GG 3 FK 15 E ARK + polen 52 GG GG 4 ÖCG 12 E ARK + polen - GC GA 5 CŞ 11 E - - mite 400 GG GA 6 YÜ 15 K - + mite - GG GA 7 RY 14 E - - mite+ kedi - GG GG 8 UÇ 9,5 E ARK + mite - GG GG 9 EY 12 E - - mite - GC GG 10 ES 7 E - + mite 386 GG GG 11 ES 7 E - + mite 383 GG GA 12 CA 6,5 E ARK - mite 519 GG GG 13 MA 8 E ARK + mite 216 GG GA 14 HE 12 K ARK - mite 142 GG GG 15 ET 11 K ARK - mite 423 GG GG 16 EA 10,5 E ARK - polen 92 GG GG 17 AY 15 E ARK + mite+polen - GG GG 18 SS 14 K ARK - polen - GC GG 19 BG 16 K - - mite+polen+küf 1091 GG GG 20 MC 17 K ARK - mite 146 GG GG 21 BC 10,5 K ARK + polen 119 GG GG 22 BB 10,5 E ARK + mite 347 GG GG 23 GG 12 K ARK + polen 208 GG GG 24 SA 6 K ARK + mite 431 GG GG 25 ÖÖ 13 K ARK + polen 409 GC GG 11

12 Tablo 2. Nonatopik astımlı olguların genel özellikleri ve TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308G/A polimorfizm sonuçları No Olgu Yaş (yıl) Cinsiyet Ek allerjik Ailede allerjik Cilt prick Total IgE TGFβ1 kodon hastalık hastalık testi (kiu/l) 25G/C TNF-α-308G/C 1 MA 9 E GG GA 2 ŞD 6 K GG GG 3 RG 11 E GG GA 4 BK 13 K GG GA 5 MB 11 E GG GG 6 ÖÖ 5 K ARK GG GG 7 AS 5 E GG GG 8 BG 4 E GG GG 9 GD 8 E GG GG 10 RA 8 K GC GG 11 İBÖ 7 E GG GG 12 GY 8 E ARK GG GG 13 MT 12 E GG GG 14 ÜA 8 K GG GG 15 YU 7 K GG GA 16 GT 7 K GG GG 17 ZEİ 5 K ARK GG GA 18 PO 15 k ARK GG GG 19 KK 8,5 K GC GG 20 EA 14 K GG GG 21 GD 8 E GC GG 12

13 Tablo 3. Sağlıklı kontrol grubunun TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308G/A polimorfizm sonuçları OLGU TGF-β1 kodon 25G/C TNF-α 308 G/A 1 G/C G/A 2 G/C G/A 3 G/C G/A 4 G/C G/A 5 G/C G/A 6 G/C G/A 7 G/G G/A 8 G/G G/A 9 G/G G/A 10 G/G G/A 11 G/G G/A 12 G/G G/A 13 G/G G/A 14 G/G G/A 15 G/G G/A 16 G/G G/A 17 G/G G/G 18 G/G G/G 19 G/G G/G 20 G/G G/G 21 G/G G/G 22 G/G G/G 23 G/G G/G 24 G/G G/G 25 G/G G/G 26 G/G G/G 27 G/G G/G 28 G/G G/G 29 G/G G/G 30 G/G G/G 31 G/G G/G 32 G/G G/G 33 G/G G/G 34 G/G G/G 35 G/G G/G 36 G/G G/G 37 G/G G/G 38 G/G G/G 39 G/G G/G 40 G/G G/G 41 G/G G/G 42 G/G G/G 43 G/G G/G 44 G/G G/G 45 G/G G/G 46 G/G G/G 47 G/G G/G 48 G/G G/G 49 G/G G/G 50 G/G G/G 51 G/G G/G 52 G/G G/G 53 G/G G/G 54 G/G G/G 55 G/G G/G 56 G/G G/G 57 G/G G/G 58 G/G G/G 59 G/G G/G 60 G/G G/G 61 G/G G/G 62 G/G G/G 63 G/G G/G 64 G/G G/G 65 G/G G/G 66 G/G G/G 67 G/G G/G 13

14 Tablo 4. Olguların yaş ve cinsiyet dağılımı Yaş (yıl) Cinsiyet (erkek/kız) Atopik astım (n :25) 6-17 (median:12) Nonatopik astım (n:21) 4-15 (median:8) p < /10 10/11 >0.05 Atopik astımlı 25 olgunu 18 inde (%72) ve nonatopik astımlı 21 olgunun 4 ünde (%19) ek allerjik hastalık (allerjik rinokonjonktivit) vardı. İki grup karşılaştırıldığında atopik astımlı olgularda ek allerjik hastalık daha sıktı ve bu istatistiksel olarak anlamlı idi (p<0.05). Atopik astımlı olguların 13 ünde (%52) ailede allerjik hastalık saptanırken, nonatopik olguların hiçbirisinin ailesinde allerjik hastalık saptanmadı ve iki grup arasındaki fark anlamlı idi (p<0.05). Olguların ek allerjik hastalık ve ailede allerjik hastalık varlığı tablo 5 de verilmiştir. Tablo 5. Olguların ek allerjik hastalık ve ailede allerjik hastalık varlığı Ek allerjik hastalık Aile bireylerinde allerjik hastalık Atopik astım (n :25) Nonatopik astım (n:21) 18 (%72) 4 (%19) < (%52) - <0.05 p Atopik astımlı 25 olgunun tümünde bir veya daha fazla allerjene (mite, polen, kedi, küf) cilt prick testi ile duyarlılık saptanırken, nonatopik astımlı olguların hiçbirisinde duyarlılık saptanmadı. Atopik astımlı olguların total IgE düzeyi median 365 kiu/l iken, bu değer nonatopik astımlı olgularda 29 kiu/l idi ve iki grup arasında anlamlı fark saptandı (p<0.05). Olguların cilt prick testi ve total IgE sonuçları tablo 6 da verilmiştir. 14

15 Tablo 6. Olguların cilt prick testi ve total IgE sonuçları Cilt prick testi pozitifliği Total IgE (kiu/l) median (dağılım aralığı) Atopik astım (n :25) Nonatopik astım (n:21) 25 (%100) - < ( ) 29 (0-320) p <0.05 Olgular TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) polimorfizm sıklığı açısından değerlendirildiğinde, 25 atopik astımlı olgunun 4 ünün (%16), 21 nonatopik astımlı olgunun 3 ünün (%14) ve 67 kontrol olgusunun 6 sının (%9) bu polimorfizmi taşıdığı saptanmıştır. TGF-β1 kodon 25 G/C polimorfizm sıklığı açısından astımlı olgular ve kontrol grubu arasında fark bulunmamıştır (p>0.05). Astımlı olgular ve kontrol grubu C allel sıklığı açısından karşılaştırıldığında, atopik ve nonatopik astım grupları kontrol grubuna göre yaklaşık iki kat fazla risk taşıyor gibi görünse de, bu durum istatistiksel olarak anlamlı değildir (p>0.05). TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) polimorfizminin astım gelişim riskine etkisi sağlıklı kontrol grubu ile karşılaştırılıp incelendiğinde, atopik astımlı olgularda (OR: 0.516, %95 CI: ) ve nonatopik astımlı olgularda (OR: 0.590, %95 CI: ) bu polimorfizmin etkili olmadığı saptanmıştır. TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) polimorfizm dağılımı tablo 7 de verilmiştir. Tablo 7. TGF-β1 kodon 25G/C polimorfizm dağılımı Atopik astım (n :25) Nonatopik astım (n:21) Kontrol (n:67) G/G 21(%84) 18 (%86) 61 (%91) G/C 4 (%16) 3 (%14) 6 (%9) C allel sayısı C allel sıklığı %8 %7.1 %4.5 OR CI P > 0.05 Olgular TNF-α 308 G/A polimorfizmi sıklığı açısından değerlendirildiğinde, 25 atopik astımlı olgunun 6 sının (%24), 21 nonatopik astımlı olgunun 5 inin (%24) ve 67 kontrol olgusunun 16 sının (%24) bu polimorfizmi taşıdığı saptanmıştır. TNF-α 308 G/A 15

16 polimorfizmi sıklığı açısından astımlı olgular ve kontrol grubu arasında fark saptanmamıştır (p>0.05). Astımlı olgular ve kontrol grubu A allel sıklığı açısından karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmamıştır (p>0.05). TNF-α 308 G/A polimorfizminin astım gelişim riskine etkisi sağlıklı kontrol grubu ile karşılaştırılıp incelendiğinde, atopik astımlı olgularda (OR: 0.993, %95 CI: ) ve nonatopik astımlı olgularda (OR:1.004, %95 CI: ) bu polimorfizmin etkili olmadığı saptanmıştır. TNF-α 308 G/A polimorfizm dağılımı tablo 8 de verilmiştir. Tablo 8. TNF-α 308 G/A polimorfizm dağılımı Atopik astım (n:25) Nonatopik astım (n:21) Kontrol (n:67) G/G 19 (%76) 16 (%76) 51 (%76) G/A 6 (%24) 5 (%24) 16 (%24) A allel sayısı A allel sıklığı %12 %11.9 %11.9 OR CI P >

17 V. Sonuç ve Öneriler 1. TGF-β1 kodon 25 G/C polimorfizm sıklığı açısından astımlı olgular ve kontrol grubu arasında fark saptanmadı. 2. Astımlı olgular ve kontrol grubu C allel sıklığı açısından karşılaştırıldığında, atopik ve nonatopik astım grupları kontrol grubuna göre yaklaşık iki kat fazla risk taşıyor gibi görünse de, bu durum istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı. 3. TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) polimorfizminin astım gelişim riskine etkisi incelendiğinde, atopik astımlı olgularda ve nonatopik astımlı olgularda bu polimorfizmin etkili olmadığı saptandı. 4. TNF-α 308 G/A polimorfizmi sıklığı açısından astımlı olgular ve kontrol grubu arasında fark saptanmadı. 5. Astımlı olgular ve kontrol grubu A allel sıklığı açısından karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı. 6. TNF-α 308 G/A polimorfizminin astım gelişim riskine etkisi incelendiğinde, atopik astımlı ve nonatopik astımlı olgularda bu polimorfizmin etkili olmadığı saptandı. Biz çalışmamızın sonucunda, TGF-β1 kodon 25G/C (915G/C) ve TNF-α 308G/A polimorfizmlerinin astım gelişimi için bir risk oluşturmadığını saptadık. Ancak bu konuda daha kesin sonuçlara ulaşabilmek için ülkemizin farklı bölgelerinden daha geniş hasta grupları ile çalışma yapılmasına ihtiyaç vardır. 17

18 VI. Kaynaklar 1. Global Initative for Asthma. Global Strategy for Asthma Management and prevention. NHLBI / WHO report. National Heart, Lung and Blood Institue. NIH Publication No , Updated Worldwide variations in the prevalence of asthma symptoms: the International Study of Asthma and Allergies in Childhood (ISAAC). Eur Respir J 1998;12: Nanavaty U, Goldstein AD, Levine SJ. Polymorphisms in candidate asthma genes. Am J Med Sci 2001;321: Ramensky V, Bork P, Sunyaev S. Human non-synonymous SNPs: server and survey. Nucleic Acids Res 2002;30: Aubert JD, Dalal BI, Bai TR, et al. Transforming growth faktör beta1 gene experission in human airways. Thoraks 1994; 49: Hobbs K, Negri J, Klinnert M, et al. Interleukin-10 and transforming growth factorbeta promoter polymorphism in allergies and asthma. Am J Respir Crit Care Med 1998;158: Awad MR, El-Gamel A, Hasleton P, et al. Genotypic variation in the transforming growth factor-beta1 gene: association with transforming growth factor-beta1 production, fibrotic lung disease, and graft fibrosis after lung transplantation. Transplantation 1998;66: Pulleyn LJ, Newton R, Adcock JM, Barnes PJ. TGF-beta 1 allele association with asthma. Human Genet 2001;109: Buckova D, Izakovicova Holla L, Benes P, et al. TGF-β gene polymorphisms. Allergy 2001; 56: Xaubet A, Marin-Arguedas A, Lario S, et al. Transforming growth factor-beta1 gene polymorphisms are associated with disease progression in idiopathic pulmonary fibrosis. Am J Respir Crit Care Med 2003;168: Silverman SE, Palmer LJ, Subramaniam V, et al. Transforming growth factor-beta1 promoter polymorphism C-509T is associated with asthma. Am J Respir Crit Care Med 2004;169: Nagpal K, Sharma S, B-Rao C, et al. TGF beta1 haplotypes and asthma in Indian populations. J Allergy Clin Immunol 2005;115:

19 13. Heinzmann A, Bauer E, Ganter K, et al. Polymorphisms of the TGF-beta1 gene are not associated with bronchial asthma in Caucasian children. Pediatr Allergy Immunol 2005;16: Moffatt MF, Cookson WOCM. Tumour Necrosis Factor haplotypes and asthma. Hum Mol Genet 1997;6: Albuquerque RV, Hayden CM, Palmer LJ, et al. Association of polymorphism within the tumour necrosis factor genes and childhood asthma. Clin Exp Allergy 1998;28: Louis E, Franchimont D, Piron A, et al. Tumour necrosis factor (TNF) gene polymorphism influences TNF-alpha production in lipopolysaccharide (LPS)- stimulated whole blood cell culture in healthy humans. Clin Exp Immunol 1998;113: Li Kam Wa TC, Mansur AH, Britton J, et al. Association between 308 TNF promoter polymorphism and bronchial hyperreactivity in asthma. Clin Exp Allergy 1999;29: Louis R, Leyder E, Malaise M, et al. Lack of association between adult asthma and the tumour necrosis factor alpha-308 polymorphism gene. Eur Respir J 2000;16: Thomas PS. Tumour necrosis factor-alpha: the role of this multifunctional cytokine in asthma. Immunol Cell Biol 2001;79: Lin YC, Lu CC, Su HJ, et al. The association between tumor necrosis factor, HLA-DR alleles, and IgE-mediated asthma in Taiwanese adolescents. Allergy 2002;57: Di Somma C, Charron D, Deichmann K, et al. Atopic asthma and TNF-308 alleles: linkage disequilibrium and association analyses. Hum Immunol 2003; 64: Hyoung DS, Byung LP, Lyoung HK, et al. Associaton of tumor necrosis factor polymorphisms with asthma and serum total IgE. Human Molecular Genetics 2004;13: Shin HD, Park BL, Kim LH, et al. Association of tumor necrosis factor polymorphisms with asthma and serum total IgE. Hum Mol Genet 2004;13: Randolph AG, Lange C, Silverman EK, et al. Extended Haplotype in the Tumor Necrosis Factor Gene Cluster Is Associated with Asthma and Asthma-related Phenotypes. Am J Respir Crit Care Med 2005;172: Bilolikar H, Nam Ar, Rosenthal M, et al. Tumour necrosis factor gene polymorphisms and childhood wheezing. Eur Respir J 2005;

20 VII. Ekler a) Mali Bilanço ve Açıklamaları Tüketim mal ve malzemeleri 40 ml falcon tüp...80 adet 1.5 ml ependorf tüp adet 0.5 ml ependorf tüp adet mavi pipet ucu 1000 adet sarı pipet ucu adet DNA kutusu... 4 adet Plastik spor...2 adet Agaroz 500 gr Ethidium Bromide 250 mg Proteinaz K 300 mg Marker Φx174 RF DNA Hae III Digest 100u Taq polymerase 3000 U DNTP set 100mM TNF-α-308 polimorfizmi için F ve R primer ( 25 bazlık 2 çift) BspH I 2000U TGF-βA329G polimorfizmi için F ve R primer Enzim 2000U Mineral yağ 500 ml Sony digital graphic printer UP_D890 uyumlu film kağıdı 1 adet Gelir : TL Gider : TL b) Makine ve Teçhizatın Konumu ve İlerideki Kullanıma Dair Açıklamalar : Yok c) Teknik ve Bilimsel Ayrıntılar : Yok d) Sunumlar : TGF-β1 Kodon 25G/C ve TNF-α-308 G/A Polimorfizmleri Astım ile İlişkili mi? başlığı ile İzmir de 27 Eylül -01 Ekim 2005 tarihlerinde gerçekleştirilen XIII. Ulusal Allerji ve Klinik İmmünoloji Kongresi'nde poster bildirisi olarak sunulmuştur. e) Yayınlar : Yok 20