INFINITI UGT1A1 Testi Kullanım Talimatı

Transkript

1 INFINITI UGT1A1 Testi Kullanım Talimatı IN Vitro Dianostik Kullanım İçin SADECE İHRACAT İÇİN Üretim Yeri: AutoGenomics, Inc., 2980 Scott Street, Vista, CA USA Yetkili AB Temsilcisi: BÜHLMANN Laboratories AG Baselstrasse 55 CH-4124, Schönenbuch, Switzerland 1 of 11

2 KULLANIM AMACI INFINITI UGT1A1 Denemesi EDTA lı tam kandan elde edilen genomik DNA da UDP-glukunorosil transferaz 1A1 (UGT1A1) geninin TATA kutusunun *1, *28, *36, ve *37 bölgelerinintespit edilmesi ve genotiplenmesinde kullanılan in vitro diagnostik bir yöntemdir. INFINITI UGT1A1 Denemesi, UDP INFINITI UGT1A1 denemesi yetkili hekimin reçetesi üzerine klinik laboratuvarlarda çalışılan kalitatif bir denemedir. INFINITI UGT1A1 Denemesinden, azalmış UDP-glukuronosil transferaz aktivitesi için büyük risk taşıyan hastaların belirlenmesinde faydalanılabilir. TEMEL BİLGİLER Alınan ilaca hassasiyet ve verilen cevap hastadan hastaya değişmektedir. Bu çeşitlilik özellikle dar terapötik indekse sahip ilaçlarda hastanın absorblama, dağılım, metabolizasyon ve boşaltım yeteneğine bağlıdır. Bu ilaçlardan biri metastatik kororektal kansere karşı dünya çapında onaylanmış irinotekan(camptosar ) dır. Irinotekan temelli tedavi gören hastalar için klinik olarak en önemli yan etkiler diyare, nötropeni, bulantı, kusma ve alopeksidir 1. Irinotekan ishalin hem erken hem geç formlarını tetikleyebilir ve ishalin şiddetine göre doz ayarlaması gerektirir. Çeşitli ishal ve nötropeni (Gilbert Sendromu) hastaların %20-30'unda tedavi edilmiştir ve tek ajan irinotekan tedavisi sırasında ölümcül vakalar (en fazla% 5.5 yaygınlık) rapor edilmiştir. İlaç kullanan kolorektal kanser hastalarında erken ölüm oranlarından kaynaklanan endişeler dile getirilmiştir. 4 İrinotekan topoizomeraz I inhibitörü olan metaboliti SN-38 e hidroliz olmaktadır ve bu metabolit irinotekanın farmalojik ve toksik etkisinden sorumludur 4. Irinotekan üzerine yapılan farmakokinetik çalışmalar SN-38 maruziyetinde büyük inter-bireysel değişkenlik göstermiştir 1. SN-38,baskın olarak UGT1A1 izoenzim, Üridin difosfat-glukuronil tranferaz enzimleri (UGT) tarafından glukuronize edilir 1.UGT1A1 promotör bölgenin TATA kutu içinde TA tekrarları (5, 6, 7 ya da 8) gen transkripsiyonu verimliliği ve enzim aktivitesi ile ters orantılı biçimde ilişkilidir 1. Altı (TA6), normal tekrara kıyasla yedi tekrar eden (TA7) varlığı varyant alleli UGT1A1 * 28 ile sonuçlanır. Bu durum en sık Kafkasyalılar ve Afrikalılar da görülür 4. Bu allelinsan karaciğer mikrozomlarında azaltılmış gen ekspresyonu ve azaltılmış glukuronidasyon ile ilişkilendirilir ve düşük ilaç metabolizasyonu ve yüksekmiş toksiteye sebep olur 1. TA7 alleli için homozigotluk yetişkin ABD nüfusunun% 3-6'sında yaygın olduğu tahmin Gilbert Sendromu- ortak bir hafif hiperbilirubinemi- ile ilişkilendirilmektedir 4,8. Irinotekan alan Gilbert Sendromu hastalarında şiddetli nötropeni ile TA7 allel homozigositesi ve irinotekan toksisitesi arasında bağlantı olduğu düşünülmektedir 10. Innocenti üzerine yapılan çalışmalar TA7 allelinin, irinotekan içeren rejimler uygulayan hastalarda ciddi toksisite için önemli bir öngörü olduğunu ve UGT1A1 * 28 alleli için homozigot olan hastaların irinotekan için -nötropeni şiddetli ishal dahil- daha büyük risk altında olduğunu göstermiştir 4,5,6,7,9. Camptosar (irinotekan) prospektüste UGT1A1* 28 alleli için homozigot olan ve Camptosar tedavisi sonucu artmış nötropeni riski olan hastalarda azaltılmış bir başlangıç dozu önermektedir. TEST PRENSİBİ /TESTE BAKIŞ INFINITI UGT1A1 denemesi, insanda EDTA lı tam kan örneğinden elde edilen DNA da UGT1A1 geninin TATA kutusundaki *1, *28, *36, *37 bölgelerinin tespit edilmesi ve genotiplenmesinde kullanılan in vitro diagnostik bir yöntemdir. 2 of 11

3 INFINITI UGT1A1 Denemesi yetkili hekimin reçetesi üzerine klinik laboratuvarlarda kullanılmak üzere tasarlanmış kalitetif bir testtir. Test protokolü 5 temel proses üzerine kuruludur; (a) DNA izolasyonu (b) Saflaştırılmış DNA ın PCR amplifikasyonu (c) PCR ürünlerinin etiketlenmesi (primer uzatılmasının tesbiti) (d) Etiketlenmiş PCR ürünlerinin mikroarraylerde izotermal koşullar altında isiganturezip kod / anti-zip kodu prob hibridizasyon ile hibridizasyonu (e) Mikroarray ın taranması (f) Sinyal tespit ve analizi (UGT1A1 geninin belirlenmesi) (c) den (f) e kadar basamaklar INFINITI Analizörü ile otomatik yapılmaktadır. Testin şematik özeti aşağıdadır; METOT TANIMI The INFINITI UGT1A1 Assay is comprised of the BioFilmChip Microarray and the Intellipac Reagent Module. INFINITI UGT1A1 Denemesi insanda tam perifer kan örneğinden elde edilen DNA da UGT1A1 geninin TATA kutusundaki *1, *28, *36, *37 bölgelerinin tespit edilmesi ve genotiplenmesinde kullanılan AutoGenomics tescilli, film- temelli microarray teknolojisini proses otomasyonu, reaktif yönetimi ve yazılım teknolojisi ile kombinleyen in vitro diagnostik bir metotdur BioFilmChip Microarray DNA analizleri için tasarlanmış tescilli çoklu tabaka komponent ile kaplı polyester filmlerden meydana gelmiştir. Tabakalar, test performansını arttırmak için çok amaçlı bir yüzey sağlamak üzere tasarlanmıştır. INFINITI Faktör II-V Leiden Yakalama Probları içeren microarray çip (L-Chip) lerden oluşmuştur. Kullanılmamış yakalama probları çeşitli spesifik testler için kullanılabilir. Bu sebeple, aynı microarrayde çoklu denemeler geliştirilebilir. Intellipac Reaktif Modülü, test reaktiflerinin yerleştirildiği ve bütünleşmiş hafıza çipinin bulunduğu bir iletişim hattıdır. Lot numarası, son kullanma tarihi, miktar kullanımı gibi reaktif bilgileri hafıza çipinde arşivlenmekte ve çalışma raporunda görüntülenmektedir. INFINITI UGT1A1 denemesi, AutoGenomics INFINITI Analizörü ile çalışılmalıdır. INFINITI Analizörü klinik çoklu sistemlerinde, klinik bir örnekten gelen çoklu sinyalleri ölçmek ve ayrıştırmak amacıyla kullanılan bir cihazdır. INFINITI Analizörü işaretlenmiş hedef DNA nın BioFilmChip microarraylerde hibritleşmesiyle oluşan florasansı ölçmek üzere tasarlanmıştır. INFINITI Analizör; UGT1A1 testini otomatikleştirmiş ve örneklerin(pcr ürünü) dağıtımı, reaktif yönetimi, hibridizasyon, tesbit ve sonuç analizi gibi farklı süreçlerin entegrasyonunu sağlamıştır. Test otomatik olarak tamamlanır ve noktalar aynı odaklı dahili bir mikroskop tarafından okunmaktadır. Sonuçlar genotip çağrı şeklinde analiz edilmekte ve sunulmaktadır. INFINITI Analizör ünün nasıl kullanılacağı hakkında talimatlar INFINITI Kullanıcı El Kitabı nda bulunmaktadır. 3 of 11

4 INFINITI Analizör CE onaylıdır. AutoGenomics UYARILAR VE ÖNLEMLER Gereksinimler In vitro diagnostik kullanım için. Eğitimli laboratuar personeli tarafından kullanılmalıdır. Bu test, EDTA içinde toplanan tam kan ile sadece kullanılmalıdır. Kan örneklerini dondurma/çözündürmekten kaçının. Örnekler en kısa sürede test edilmelidir. Tüm hasta numuneleri potansiyel tehlikelidir ve insan kaynaklı materyaller çok dikkatli alınmalıdır. Hiçbir test yöntemi HCV, HIV veya diğer bulaşıcı ajanların bulunmadığına dair tam bir güvence vermez. CLSI talimatlarını takip ediniz (Molecular Diagnostics Methods for Infectious Diseases; Approved Guidelines; MM3- A). Örneğin durumunu görsel olarak takip edin. Özellikle, yapısal bütünlüğünde bozulma olup olmadığına dair anormal işaretlere (buğulanma, hacimde azalma, çökelme, renk bozukluğu, sedimentasyon, ayrışma, bulanıklık) bakılmalıdır. Eğer örneklerde bir anormallik gözler veya bundan şüphelenirseniz hiçbir test çalışmayın. Kontaminasyonu, örneklerin karışmasını ve dökülmesini engellemek için çok dikkatli olunmalıdır. Örneklerin karışmasını önlemek için örnek tüpleri açık bir şekilde etiketlenmelidir. Örnekler kendi spesifik koşullarında saklanmalıdır. Çapraz kontaminasyon riskini en aza indirmek için, numune hazırlama, PCR kurma ve PCR ürün analizi gibi işlemler CLSI de onaylanan talimatlara göre yapılmalıdır (Molecular Diagnostic Methods for Genetic Diseases: Approved Guideline). Reaktifleri karıştırmayın ve farklı lotlarda biriktirmeyin. Son kullanma tarihi geçmiş kit ve reaktifleri kullanmayın. Kit ve reaktifleri ürün etiketinde belirtilen koşullarda saklayın. Laboratuar İşlemleri Laboratuar kullanımı için normal önlemleri izleyin. Ayrı kaplarda veya farklı lotlardaki reaktifleri karıştırmayın. Güvenli laboratuar prosedürlerini izleyin: ağız ile pipetleme yapmayın; koruyucu giysiler (örneğin, tek kullanımlık eldiven, laboratuar önlüğü gibi) ve koruyucu gözlük takın; laboratuarda çalışma alanlarında yemek yemeyin, içecek ve sigara içmeyin. Numunelere ve reaktiflere dokunduktan sonra ellerinizi iyice yıkayın. Atıkların İşlenmesi Kullanılmayan reaktif, örnek ve atıkları bulunduğu ülke, federal, eyalet ve yerel yönetmeliklere göre imha edin. Malzeme Güvenlik Bilgi Formları (MSDS) AutoGenomics Müşteri Hizmetleri tarafından istek üzerine gönderilebilir. Örnek Hazırlama Kullanılan DNA ekstraksiyon kiti ile birlikte verilen prospektüste güvenlik talimatlarına bakın. PCR ürünü mikroarray üzerine yüklemeden önce saklanamaz. Hemen kullanın. INFINITI Analizörü Cihazı kullanmadan önce INFINTI Analizör Kullanıcı El Kitabı nı okuyun. "Notlar" a özellikle dikkat edin. Kullanıcı El Kitabı nde Güvenlik Uyarıları ve Dikkat Edilmesi Gerekenleri izleyin. Cihazı kurarken Kurulum Gereksinimleri Bölümü ne bakın. 4 of 11

5 Cihaz çalışırken hata ile karşılaşıldığında Hatalar Bölümü ne bakın. AutoGenomics Bir sorun ile karşılaşıldığında Yardım Bölümü ne bakın. SAKLAMA/STABILITE BioFilmChip Microarray: 12 ay Oda Sıcaklığında (15 C ila 30 C) Intellipac Reaktifi: 12 ay Buzdolabında (2 C ila 8 C) Not: Açıldıktan 30 gün sonra Intellipac kullanmayın. Amplifikasyon Mix: 18 ay Dondurucuda (-30 C ila -15 C) Not: Ürünlerin son kullanma tarihi ürün üzerindeki etiketlerde bulunmaktadır. SAĞLANAN MATERYALLER (Her paket 48 test içermektedir.) Ürün Kodu INFINITI INFINITI UGT1A1 BioFilmChip Microarray Magazin Ürün Kodu INFINITI INFINITI UGT1A1Intellipac Reaktif Modülü Her modülde 24 test bulunmaktadır, içeriği; 1.1ml ASPE Master Mix, içeriği: dntps ASPE Primerler PCR Tamponu 2.6ml Hibridizasyon Tamponu SSC Hibridizasyon Pozitif Kontrol Sodyum Azid koruyucu 0.08% Ürün Kodu INFINITI UGT1A1 Amplifikasyon Mix 4 x 250μl vial PCR reaksiyonu master mix, içeriği: PCR Tamponu dntp ler MgCl 2 UGT1A1 için PCR Primer Seti Ürün Kodu : Yıkama Tampon GEREKEN VE AUTOGENOMICS TARAFINDAN SAĞLANMAYAN REAKTİFLER DNA Ektraksiyon Kiti - INFINITI UGT1A1 Denemesi kandan başarıyla saflaştırılmış genomik DNA kullanarak UGT1A1 geninin TATA kutusundaki *1, *28, *36, *37 bölgelerini tespit edebilmektedir. Absorbans aralığı: nm ve DNA saflığı1,7 2,0 aralığında olmalıdır. Bu şartname ile uyumlu herhangi bir DNA ekstraksiyon yöntemi kullanılabilir. INFINITI Faktör II-V Leiden için Sistem Denemesi ticari olarak mevcut çeşitli kitlerle test edilmiştir ve kullanıcılar daha fazla bilgi için AutoGenomics ile bağlantı kurulabilir. Distile su (DNAaz ve RNAaz sız) Titanyum Taq DNA Polimeraz ( Önerilen Titanyum Taq DNA Polimeraz ve sağlayıcısını öğrenmek için AutoGenemics Ürün Katalog una bakınız.) Titanyum Taq DNA Polimeraz ( Önerilen Titanyum Taq DNA Polimeraz ve sağlayıcısını öğrenmek için AutoGenemics Ürün Katalog una bakınız.) 5 of 11

6 EKİPMANLAR Aşağıdaki ekipmanlar gereklidir fakat test ile beraber sağlanmamaktadır: AutoGenomics Ürün Kodu : INFINITI Analizör - Qmatic işletim yazılımı ile birlikte AutoGenomics Ürün Kodu : INFINITI Atık treyleri AutoGenomics Ürün Kodu : INFINITI 24 well plate/lids AutoGenomics Ürün Kodu : INFINITI Temp Cycle Plate AutoGenomics Ürün Kodu : INFINITI Atık trey / Stir Bars AutoGenomics Ürün Kodu : INFINITI Pipet uçları 8-kuyucuk Düz Strip Kap (Genesee Scientific, Catalog No ) Pipetler Mini santrifüj Pipet uçları Mikrofüj tüp rakları Termocycler Vortex PCR için 0.2 ml inceliğinde Wall tüpleri 1.5 ml mikro santrifüj tüpleri 24 lük Well Plate (24 WP) TEST PROSEDÜRÜ DNA Ekstraksiyonu Kullanılan DNA ekstraksiyon kiti ile birlikte verilen talimatları izleyin. Tavsiye Edilen DNA Kontrolleri Pozitif kontrollerin (*28 genotipler için heterozigot ve / veya homozigot örnekleri) çalışılan her teste dahil edilmesi önerilir. Ayrıca, negatif kontrol ( vahşi tip numune) ve bir no template kontrol (moleküler derecede su) ayrıca her test çalışmasına dahil edilmelidir. PCR Reaksiyonu Not: Titanyum Taq DNA polimeraz buz üstünde tutun. Reaktifleri oda sıcaklığında çözüp hemen buz içerisinde muhafaza edin. Amplifikasyon Mix tüpünü 2 5 sn santrifüj edin. Kontaminasyondan kaçınmak amacıyla PCR reaksiyonu aksamı için ayrılmış bir alan kullanın. Pipetleri ve çalışma alanını taze hazırlanmış % 10 luk çamaşır suyu ile dezenfekte edin. Örnekleri ve kontrolleri çalışırken değişik filtre ipuçları ve eldiven kullanılmalıdır. PCR ürünleri microarraylere yüklenmeden önce depolanamaz. Süratle kullanın. 1. PCR master mix i hazırlayın. Amplifikasyon mix 17.5 µl Taq DNA polimeraz 0.5 µl PCR Master mix in toplam hacmi 18.0 µl Not: Gereken reaktif miktarını uygulanan testin na göre hesaplayınız. 2. PCR maste mixi hafifçe vorteksleyiniz, 18 μl PCR master mixi 24 kuyucuklu plate deki kuyucuklarına ekleyiniz. 6 of 11

7 3. Kuyucuklara 2 μl örnek DNA (25 ng/μl ) ekleyin. PCR master mix 18.0 µl Örnek DNA2sı 2.0 µl Amplifikasyon rxnunun toplam hacmi 20.0 µl kuyucuklu-plate i 8-kuyucuklu flat strip kapaklarıyla kapatın termocycler a yerleştirin ve aşağıdaki programı kullanarak amplifikasyon reaksiyonunu başlatınız. Basamaklar Sıcaklık C Süre Döngü Sayısı dak N/A sn 30 sn 30 sn 3 4 Bekle 1 Not: Eppendorf Mastercycler EP (aluminyum blok) kullanıldığında ramp rate kurulumu %75 olduğunda total döngü için geçen zaman 1 saat 32 dak. dır ( +5 dak.). Diğer Termal Cycler lar kullanıldığında eş zamanı elde edecek şekilde ramp ayarı yapınız. Örnek Yükleme Lütfen INFINITI Analizör Kullanıcı El Kitabı na bakın (Kısım kodu: EM 34000) 24-well pleyti INFINITI Analizöre yükleyiniz. Test spesifik magazin, Intellipack pipet uçları ve yıkama solusüsyonlarını cihaza yükleyiniz. INFINITI Analizör ün İşleyişi Lütfen INFINITI Analizör Kullanıcı El Kitabı na bakın (Kısım kodu: EM 34000) KALİTE KONTROL Termal cycler ın düzenli aralıklarla AutoGenomics 'özelliklerine göre bakımı yapılmalı ve kalibre edilmelidir. KISITLAMALAR Bu metottan elde edilen sonuçlar sadece genel klinik tanı bağlamında yorumlanmalıdır. AutoGenomics alınan herhangi bir klinik karardan sorumlu değildir. SONUÇLARIN YORUMLANMASI INFINITI UGT1A1 denemesi UGT1A1 geninin TATA kutusunun *1, *28, *36 ve *37 kısımlarını tespit etmek ve genotiplemek için tasarlanmıştır. Deneme sonuçları, örnekte tespit edilen genotipi - *1/*1, *1/*28, *28/*28, diğerleri - belirtmek üzere genotip çağrısı olarak sunulur. (diğerleri: 1/*36. *1/*37, *36/*36, *37/*37, *28/*36, *28/*37, *36/*37) 40x 7 of 11

8 Test tamamlanmaz ve hiçbir genotip belirlemesi yapılamaz ise (tip yok), çalışma tekrarı gerekecektir. Hatalar test sırasında meydana gelirse rapor mesajında neden genotipleme yapılamadığını "Test Error" iletisi (örneğin, "düşük DNA")ile gösterilir. Bir Error Log dosyası sorunu tanımlamak için oluşturulur. Hatalar hakkında daha fazla bilgi için; INFINITI Analizatör Kullanıcı El Kitabı nın Arıza Teşhisi kısmına başvurunuz. PERFORMANS ÖZELLİKLERİ Analitik Spesifite Özgüllük ile ilgili çalışmalar analiz gelişimi sırasında yapılmıştır. PCR primer özgünlüğü bir jel üzerinde amplikon boyutuna göre belirlenmiş ve amplikon sıralaması yapılmışır. ASP primer özgünlüğü bilinen genomik örnekleri kullanılarak test tarafından gönderilen doğru genotipler ile tespit edilmiştir. Prob un yakalama spesifitesi farklı oligoların hibridizasyonu ile tespit edilmiştir ve bilinen noktaya doğru oligo hibridleşmesini göstermektedir. Tespit aralığı ( Analitik duyarlılık) INFINITI UGT1A1 denemesinin analitik duyarlılığı 100, 50, 25 ve 10 ng DNA konsantrasyonunda üç genomik kan örneğinin analizi ile değerlendirilmiştir. Örneklerdeki genotipler: *1/*1, *1/*28 ve *28/*28 çift yönlü dizilim ile belirlenmiştir. Konsantrasyon spektrofotometre ile belirlenmiştir. DNA, Gentra Systems Puregene Extraction Kit kullanılarak ekstrakte edilmiştir. toplam 480 test için her örnek 40 kez çalışılmıştır. Bütün INFINITI UGT1A1 denemesi sonuçları çift yönlü dizilim ile bulunan sonuçlarla eşleşmiştir. Tespit aralığı belirleme çalışmaları göstermiştir ki; INFINITI UGT1A1 denemesi hedef DNA yı en düşük10 ng DNA/μl en yüksek 100 ng DNA/μl konsantrasyonlarında tesbit edebilmektedir. Tavsiye edilen DNA miktarı; 25ng DNA/μl dır. Deneme 2μl DNA ya gereksinmektedir. UGT1A1 Moleküler Testi ile Yüzde Uyum INFINITI UGT1A1 Denemesi karşılaştırma metodu olarak çift yönlü dizileme ile kıyaslanmıştır. Kıyas çalışmaları için üç konum kullanılmıştır. Her konum INFINITI UGT1A1 denemesi kullanarak kendi hastalarını test etmiştir. Hasta kimlikleri gizlenmiştir. INFINITI UGT1A1 denemesinin çift yönü dizileme ile kıyaslandığı çalışmanın sonuçları; Çift yönlü dizileme ile kıyaslandığında *1 (TA6/6) için ilk çalışmada % 94.0 uyum. Tekrar edildikten sonra %100 uyum. Çift yönlü dizileme ile kıyaslandığında *28 Heterozygous (TA6/7) için ilk çalışmada % 95.2 uyum. Tekrar edildikten sonra %100 uyum. Çift yönlü dizileme ile kıyaslandığında *28 Homozygous (TA7/7) için ilk çalışmada % 92.0 uyum. Tekrar edildikten sonra %98.0 uyum Çift yönlü dizileme ile kıyaslandığında diğerleri için ilk çalışmada % 86.7 uyum. Tekrar edildikten sonra %100.0 uyum Kıyas çalışmalarının sonuçları Tablo 1 de özetlenmiştir; 8 of 11

9 Tablo 1: INFINITI UGT1A1 Denemesi ile çift yönlü dizileme arasındaki uyum AutoGenomics Genotip Test edilen örnek Örnek başına tekrar Doğru genotip çağrı İlk çalışma Yanlış genotip çağrı Çağrı vermeyen örnek Uyum Doğru genotip çağrı Final sonuçlar Yanlış genotip çağrı Çağrı vermeyen örnek Uyum *1 (TA6/6) c % % *28 Heterozigot(TA6/7) c % % *28 Homozigot (TA7/7) d % 49 1 d % Diğerleri b % % Toplam e 93.7% d % a Bir tekrarın ardından final sonuçlar b "Diğerleri *1/*1, *1/*28 ve *28/*28 dışında kalan genotipleri ifade etmektedir. c Yanlış Çağrı: AG41 ve AG42 Örnek switch. Tekrarlanmış INFINITI sonuçları dizileme ile eşleşmiştir. d Yanlış Çağrı: Çift yönlü dizileme boyunca AG62 ın AG 63 ile switch edilmesi mümkündür. AG62 için INFINITI sonuçları INVADER (predicate) sonuçları ile uyuşmaktadır. AG63 için dizileme tekrarı örnek switch ini sağlamaktadır fakat AG62 için yeterli örnek kalmamıştır. e Sonuçsuz Çağrı: Cihaz lazeri sebebiyle 13 test kalibrasyonsuzdur. Lazer kalibrasyonundan sonra INFINITI testlerinin tekrarı doğru çağrıları vermiştir. 2 test için pipetleme hatasından şüphelenilmektedir. Tekrarlanmış INFINITI testi dizileme sonuçları ile uyuşmaktadır 9 of 11

10 Denemenin Laboratuvarlar Arası Tekrarlanabilirliği INFINITI UGT1A1 Denemesinin tekrarlanabilirliği üç konumlu bir çalışma ile belirlenmiştir. Çalışmada INFINITI UGT1A1 denemesinin üç lotu kullanılmıştır. Konumlarda beş genomik DNA ve üç tam kan örneği olmak üzere birbirinin aynısı örnekler kullanılmıştır. Konumlara örneklerin kimlikleri bildirilmemiştir. Her konumda her örnek her gün üç kez olmak üzere altı gün boyunca çalışılmıştır. Her konumda üç kullanıcı bulunmaktadır. Laboratuvarlar arası tekrarlanabilirlik çalışması tablo 2 de özetlenmiştir; Tablo 2 INFINITI UGT1A1 testi laboratuvarlar arası tekrarlanabilirliği Genotip Test edilmiş örnekler Konum başına test Konum Genotip çaprısı Doğru çağrılar İlk çalışma Yanlış çağrılar Çağrı vermeyen örnek % Doğru çağrı Doğru çağrılar Final sonuçlar b Yanlış çağrılar Çağrı vermeyen örnek *1/* % % % Total % *1/* % % % Total % *28/* % % % Total % Diğerleri % % % Total % Hepsi % % % Test için Total c 14 d 93.8% a "Diğerleri" *1/*1, *1/*28 ve *28/*28 dışındaki genotipleri belirtmektedir. b Bir tekrarın ardından final sonuçları. c 13 Incorrect calls genotype call on 1 assay was vs. expected other ; correct call on repeat genotype call on 10 assays was. expected other ; correct call on repeat genotype call on 2 assays was other vs. expected *28/*28; correct call on repeat d 14 Çağrısız sonuç 8 i cihaz PMT problemi sebebiyle 4 ü cihazın pipet uçlarının tespit edememesi sebebiyle 2 si düşük DNA sebebiyle İnterferans Çalışmaların sonuçları göstermiştir ki; INFINITI UGT1A1 Denemesi 8mg/dL bilirubin, 70mg/dL kolestrol ve 1333v/dL heparin düzeylerinde interferans vermemektedir. 10 of 11

11 Örnek Taşınması ( Carry-over) AutoGenomics 300 ng konsantrasyonundaki vahşi tip örneklerin ardından 10 ng konsantrasyonundaki pozitif örneklerin, 300 ng konsantrasyonundaki heterozigot örneklerin ve No Template Kontrol leri nin uygulandığı çalışmalarda örnek taşınması gözlenmemiştir. Bütün genotip çağrıları%100 doğrudur. KAYNAKÇA 1. Proceedings from FDA Clinical Pharmacology Subcommittee, November 3-4, 2004 ( 03 Topic1-TabA) 2. Ando Y et al Polymorphisms of UDP-glucuronosyltransferasegene snd irinotecan toxicity Cancer Research 2000; 60: Beutler E et al Racial variability in the UDP-glucuronosyltransferase 1 (UGT1A1) promoter: A balanced polymorphism for regulation of bilirubin metabolism? National Academy Science 1998; 95: Innocenti F et al Genetic Variants in the UDP-glucuronosyltransferase 1A1 Gene predict the risk of Severe Neutropenia of Irinotecan Journal of Clinical Oncology 2004; 22(8): Lyer L et al Genetic predisposition to the metabolism of irinotecan (CPT-11). Role of uridine diphosphateglucuronosyltransferace isoform 1A1 in the glucuronidation of its active metabolite (SN-38) in human liver microsomes Journal Clinical Investigation 1998; 101: Lyer L et al UGT1A1*28 polymorphism as a determinant of irinotecan disposition and toxicity Pharmacogenetics Journal 2002; 2: Marcuelo E et al UGT1A1 gene variations and irinotecan treatment in patients with metastatic colorectal cancer British Journal Cancer 2004; 91(4): Owens D et al Population Studies on Gilbert s Syndrome Journal of Medical Genetics 1975; 12: Rouits E et al Relevance of Different UGT1A1 Polymorphisms in Irinotecan-Induced Toxicity: A Molecular and Clinical Study of 75 Patients Clinical Cancer Research 2004; 10: Wasserman E et al Severe CPT-11 toxicity in patients with Gilbert s syndrome: two case reports Ann Oncology 1997; 8: of 11