YND ve ülkemizde yeni anti-retrovirallerin kullanımı ışığı altında HIV direnç ve epidemiyolojisi Dr. Rüçhan Sertöz Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD
Antiretroviral Tedavi HAART 2 NRTI + NNRTI 2 NRTI + PI 2 NRTI+ INSTI
FDA onaylı Antiretroviral İlaçlar
Virolojik başarısızlık Tedavi sonrası 6. ayda HIV-1 RNA > 50kop/mL Roche Abbott Qiagen 40 kopya/ml 40-E7 kopya/ml 40 kopya/ml 40-E7 kopya/ml 34.4 kopya/ml E2-E8 kopya/ml Baskılanma ardından tekrar yükselme (ted uyumsuzluğu, ilaç direnci)
HIV ilaç direnci Tanımlar Kazanılmış direnç (ADR) İletilen direnç (TDR) Tedavi öncesi direnç (pretreatment) (başlangıç-tekrar başlangıç)
Neden ilaç direnci? Hızlı replikasyon oranı Hergün ortalama 1-10 milyar virüs partikülü Yüksek rekombinasyon yeteneği RT da hata düzeltme (proof reading) yok
Antiretroviral ilaç direnci analizi: ne zaman? Primer HIV enfeksiyonunda tedavi öncesi Virolojik başarısızlık HIV (+) gebe kadınlarda Yenidoğanın HIV enfeksiyonunda Kaza sonrası proflakside
Genotip/subtip ve direnç saptama yöntemleri Fenotipik yöntemler Genotipik yöntemler DNA dizi analizi Line probe assay (LIPA) PCR-RFLP Real-Time PCR Mikroalan (microchip) Yeni nesil dizileme (YND) Kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS)
Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Moleküler Viroloji Laboratuvarları 2008 ViroSeq (Abbott/CeleraDiagnostics, ABD) PROTEAZ RT
Ege Bölgesinde HIV enfekte hastalarda genotip ve direnç dağılımı R Sertöz, D Tekin, S Erensoy, S Biçeroğlu, F Kaptan, Ş Köse, B Çetin, H Pullukçu, D Gökengin Hastanelere göre dağılım Ege Üniversitesi 471 Katip İstenen Çelebi test Üniversitesi sayısı: 602 33 Tepecik Eğitim Araştırma - Hastanesi 20 Bozyaka RNA Eğitim yetersiz Araştırma ve tekrarlar: Hastanesi 117 10 Celal Bayar Üniversitesi 4 = 482
Tedavi durumları 290 naiv + 27 ART + 3 tedaviyi önceden bırakmış + 162 tedavi durumu bilinmiyor = 482
Naiv hastalarda (n:290) Dirençli hasta yüzde ve sayıları 12 11,4 10 8 6,2 6 4 2,1 3,4 2 NRTI NNRTI PI Toplam 0
https://hivdb.stanford.edu/page/surveillance-map/
Naiv hastalarda TDR kodonlar
Subtip dağılımı-yüzde (n:482) 40 35 30 25 20 15 10 5 0
Subtiplere göre direnç dağılımı
Naiv hastalarda NRTİ direnci-yüzde
Naiv hastalarda NNRTİ direnci-yüzde
Naiv hastalarda Pİ direnci-yüzde
SANGER Zincir Sonlandırma Reaksiyonu Altın standart Viral popülasyondaki >%20 mutasyon sıklığı Düşük veri kalitesi İlk 15 ila 40 baz lık bölümde 700-900bazlık fragmanlarda Ticari kitler - Proteaz ve Revers transkriptaz Performance assessment of the Illumina massively parallel sequencing platform for deep sequencing analysis of viral minority variants.thys Ket al.j Virol Methods. 2015 Sep
Yeni ve beklenmeyen virüslerin tanımlanması Viral genom çeşitliliğinin araştırılması ve türümsülerin karakterizasyonu İnsan virom karakterizasyonu Tam viral genom sekanslama Viral infeksiyon epidemiyolojisi ve evriminin araştırılması Tümör virüslerinin saptanması Canlı aşılarda kalite kontrol Antiviral direnç izlemi
YND - Örnek havuzlama CMV polimeraz M.tbc hsp65 HIV RT HCV Ns5b HCV 5 UTR HCV 5 UTR HIV RT
İllumuna
İllumuna
İllumuna Flowcell
DeepM 2017
% 54 ünde çeşitli mutasyonlar % 59 u %2-20 sıklıkta Sanger ile kaçırılabilir!
DSÖ 31 lab. (Afrika 9, Asya 10, Avrupa 12) En çok lab tasarımlı US$ 40-US$ 317 (ortalama US$ 130) ViroSeqTM US$ 125-US$ 460 (ortalama US$ 276)
Sonuç RT, proteaz, integraz gen bölgesi Hasta yönetiminde direnç epidemiyolojisi önemli Hangi yöntem, hangi cut off Yeni nesil dizileme %1, %5, %10.. Klinik anlamlılık? Maliyet Multidisipliner çalışma Multipleks çalışma