ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Bitki Patojeni Bakteriler Bitki Koruma Ders Notları, Mart 4, 2012 Bakteriler Bakteriler tek hücreli büyüklükleri 1 3 mikronu geçmeyen çok küçük, genetik materyali (DNA) sitoplazma içinde serbest olarak bulunan yani çekirdek, mitokondri gibi membranla çevrelenmiş organelleri bulunmayan ilkel çekirdek yapısında prokaryotik mikroorganizmalardır (Şekil 1). Dünyada 1600 kadar bakteri türünün varlığı bilinmektedir. Bunların büyük bir çoğunluğu saprojitik karakterde olup insan, hayvan ve fabrikalar tarafından üretilen veya ölü hayvan ve bitkilerden oluşan organik artıkların parçalanmasında rol oynamaktadır. Bazı türleri insan ve hayvanlarda önemli hastalıklara neden olmaktadır. Yaklaşık 100 kadar tür de bitkilerde hastalık oluşturmaktadır. Pekçok bakteri türü hücre duvarının dışına polisakkarit yapısında yüksek molekül ağırlıklı karbonhidratlardan oluşan yapışkan sümüksü yapıda bir madde salgılamaktadır. Ekzopolisakkarit (EPS) ya da kapsül olarak adlandırılan bu madde özellikle hastalık oluşumunda, bakterinin dış etkenlerden korunmasında ve yüzeye tutunmasında rol oynamaktadır. Bakterilerin çoğu dış yüzeyinde yer alan ve pervane gibi dönerek sıvı ortamda bakterinin hareket etmesini sağlayan kamçıya ('lagella) sahiptir. Kamçı bakteri türlerine göre bakterinin tek yada her iki ucunda (polar) bir yada iki adet olabileceği gibi bazı türlerde bakteri yüzeyini kaplayan çevresel (pertrichous) şekilde çok sayıda olabilir. Bazı bakteri türlerinde de kamçı bulunmamaktadır. Ribozomlar (70S) Fimbria ve Pililer Plasmid Flagella (kamçı) Kapsül Nukleoid Hücre duvarı Sitoplazmik zar Şekil 1. Bir bakteri hücresinin genel yapısı Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 1
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Şekil 2. Soldan sağa, 1) çubuk (bacil) şekilli bakteriler, 2) elektron mikroskopta Jlöem hücreleri içinde Jitoplasmalar, 3) spiral şekilli spiroplazma hücreleri ve 4) iplik şekilli (Streptomyces sp) bakterilerin ışık mikroskopundaki görünümü Bakteriler eukaryotik hücrelerden farklı olarak daha küçük yapıda (70s) ribozomlara sahiptir ve bakteri DNA sı dairesel formdadır. Nukleoid olarak adlandırılan bu yapı bir ucundan sitoplazmik zara bağlı olup her gen tek kopya yani haploid yapıdadır. Bakteri hücresi içinde bakteri kromozomu (nukleoid) dışında bakterilerin kimyasallara dayanıklılıkta, ya da hastalık oluşmunda rol oynayan plasmid olarak adlandırılan küçük dairesel DNA parçalarına da sahiptirler (Şekil 1). Bakteriler basit ikiye bölünme olarak bilinen basit eşeysiz üreme ile çoğalırlar. Eşeyli üreme yoktur ancak iki aynı tür bakteri arasındaki genetik madde alışverişi bakteriyofaj olarak adlandırılan bakteri virüsleri yardımı ile (transdüksiyon), yada sex pilisi olarak adlandırılan ipliksi yapıdaki organellerin birbirlerine tutunarak (konjugasyon) bir hücreden diğerine DNA transferi şeklinde veya doğrudan ortamda bulunan uyumlu bir bakteriyel DNA nın hücre içine alınması ile (transformasyon) genetik madde alışverişinde bulunabilirler. Bitki patojeni bakterilerin büyük bir çoğunluğu hücre duvarlarına sahip gerçek bakteriler olarak adlandırılan Eubacteria grubu içinde yer alır ve çubuk (basil) şekillidir. Mollicutes olarak gruplandırılan bakteri türlerinde ise hücre duvarı bulunmamaktadır ve belirgin bir şekilleri yoktur. Özellikle Jitoplasma olarak adlandırılan bu grup bakteriler şekilsiz (pleomorjik) yada değişken şekilli olarak bilinmektedir. Mollicutesler içinde yer alan spiroplazma lar ise spiral şekillidir. Bakteriler içinde, toprakta yaşayan ve diğer mikroorganizmalara karşı antibiyotik oluşturarak engelleyici etkiye sahip ince uzun ipliksi yapıdaki aktinomisetlerin içinde yer alan Streptomyces cinsine bağlı türler de bitkilerde hastalık oluşturmaktadır. (Şekil 2). Bitki patojeni bakterilerin büyük bir kısmı fakültatif parazit özellikte yani besi ortamında kültüre alınabilmektedir. Bu türler besi ortamında çoğalarak gözle görülebilen farklı şekil, renk ve yapıda kendilerine özgü koloniler oluştururlar. Ancak bazı türler kültüre alınamazlar. Bunlar hücre duvarına sahip olan ve bitkilerin odun borularında (ksilem) yaşayan türler ile hücre duvarı bulunmayan ve soymuk borularında (Jlöem) yaşayan Jitoplasmalardır. Bakteriler genel olarak hücre duvarının yapısına göre Gram boyama sonucu başlıca iki ana gruba ayrılmaktadır. Gram boyama sonrası mor renkli olan kalın hücre duvarına sahip bakteriler gram pozitif olarak bilinmektedir. Diğer grup ise daha ince bir hücre duvarına sahiptir ve Gram boya ile boyanmazlar. Bunlar Gram negatijlerdir ancak görülebilmesi için safranin veya bazik fuksin ile boyanarak mikroskop altında pembe renkli görünürler. Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 2
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Bitki patojeni bakterilerin büyük çoğunluğu gram negatif özelliktedir. Hücre duvarına sahip olmayan Jitoplazmalar ise bitkilerde 300 den fazla hastalığa neden olmaktadır. Aynı grupta yer alan spiroplazmalardan sadece birkaç tür bitkilerde hastalık oluşturmaktadır. Bakterilerin bilimsel isimlendirilmesi diğer canlılarda olduğu gibi cins ve tür adları ile adlandırılmaktadır. Ancak bazı bitki patojeni bakteriler içinde aynı türün konukçuya özelleşmesi sonucu pathovar (pv) adı altında üçüncü bir isim ile de adlandırılmaktadır. Örneğin Pseudomonas syringae pv tomato Domateslerde Bakteriyel Benek hastalığına neden olurken, Pseudomonas syringae pv lachrymans Hıyarlarda Köşeli Yaprak Lekesi hastalığına neden olmaktadır. Bazı bakteri türleri de taksonomik isimlendirmede üçüncü isim olarak yer alan alt tür (subspecies) ile isimlendirilir. Örneğin Domateslerde Bakteriyel Kanser etmeni Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, Patateslerde Halka Çürüklüğü Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus ta olduğu gibi Fitopatojen Bakterilerin Oluşturduğu Belir4ler Diğer hastalıklarda olduğu gibi bakteriyel bir bitki hastalığında da o patojeni karakterize eden belirti tiplerinin ortaya konulması gerekir. Fitopatojen bakterilerin tanılanması ve bakteriyel hastalığın teşhisi öncelikle hastalık belirtilerinin bilinmesi ve de belirtilerin görüldüğü alanda çok sayıda bakteri hücresinin bulunmasına bağlıdır. Bir bitki bakteriyel hastalığının tanısında hastalığın gelişme devresinin başlangıcında en önemli üç farklı belirti tipi dikkati çekmektedir. 1 Pek çok durumda Jitopatojen bakteriler tarafından saldırıya uğrayan doku enfeksiyon başlangıcında suda haşlanmış gibi sulu bir görünüm alır. 2 Bitki bakteriyel hastalıklarında tipik belirti şekillerinden biri bakteriyel polisakkaritler nedeniyle belirti yerinde akıntı oluşumudur ki bu akıntıya ooze adı verilir. Genellikle ilk oluştuğunda süt renginde ve yapışkandır. Zamanla kurur ve renk sarımsı kahverengine döner. 3 Bir diğer belirti tipi genellikle yapraklarda ortaya çıkan lekelerin köşeli olmasıdır. Pek çok yaprak leke hastalığında köşeli lekeler tipiktir. Şekil 3. Soldan sağa 1) Bezelyelerde Pseudomonas syringae pv pisi nin neden olduğu yaprak sapında suda haşlanmış gibi görünen belirti 2) Elma meyvesinde Erwinia amylovora nın neden olduğu bakteriyel akıntı (ooze) 3) Hıyar yapraklarında Pseudomonas syringae pv lachrymans ın neden olduğu suda haşlanmış gibi görünen köşeli lekeler Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 3
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Yukarıda anlatılan belirti tipleri Jitoplasma ve spiroplazmalar dışında hemen hemen her bakteriyel patojenin oluşturduğu hastalığın başlangıç evresinde görülebilmektedir. Bitki patojeni bakteriler bitkilerin üzerinde çok çeşitli belirtiler oluşturabilirler. Bazen bu belirtiler birkaç tipte ortaya çıkar ki bir hastalık sendromunu tarif eder. İşte genel olarak bitki patojeni bakteriyel hastalıklarının oluşturduğu belirtiler 6 ana grupta toplanabilir. Aşağıda önemli bitki patojeni bakterilerin bilimsel isimleri ve oluşturduğu hastalık isimleri belirti şekillerine göre gruplandırılarak verilmiştir. 1 Yaprak sürgün ve meyvelerde leke ve nekroz hastalıkları Fitopatojen bakterilerden Pseudomonas ve Xanthomonas cinsine bağlı bakterilerin çoğu yaprak, sürgün, meyve ve yaprak sapında yani bitkinin yeşil aksamında hastalık oluşturmaktadır. Bu bakteriler çoğunlukla hücreler arası alanda (intercelluler) yayılıp parankimatik dokuların nekroze olmasına sebep olmaktadırlar. Bakteri enfeksiyonunun erken devresinde suda haşlanmış gibi bir belirti ortaya çıkar. Buna da neden hücreler arası boşlukların su ile dolmasıdır. Bu suda haşlanmış gibi görünüm yaprak ışığa ya da güneşe tutulduğunda yarı saydam ya da yağlımsı bir görünümdedir. Çift çenekli bitkilerde (dicotyledon) suda haşlanmış gibi görünen bu alanlar ekseriyetle damarlarla sınırlıdır ve köşeli gibi görünür. Örneğin Hıyar Köşeli Yaprak Lekesi hastalığında olduğu gibi (Şekil 3). Bununla birlikte tek çeneklilerde (monocotyledon) yaprak ve sap üzerindeki belirtiler çizgi yada şerit şeklindedir (Şekil 4). Meyvelerdeki belirtilerde ise meyve üzerinde iletim demetlerinden oluşan bir ağ olmadığı için lekeler yuvarlak yada gelişigüzel olabilir (Şekil 4). Nemli havalarda bakteriyel akıntılar tipiktir. Hastalık gelişmesinin ikinci evresinde bakteri hücre sayısı belirli kritik bir düzeye ulaştığında suda haşlanmış gibi görünen alanda lokal doku nekrozları ortaya çıkar. Bu kahverengi lekeler yada nekrotik alanlar bazı durumlarda sarımtırak bir hale ile çevrilebilirler (Şekil 4). Şiddetli enfeksiyonlarda lekeler çok fazla sayıda olabilir, birleşerek sürgünü yada yaprağı tamamen kaplayabilir. Bu kısımlar siyahlaşmış, yanmış gibi bir görünüm alır ki yaprak ya da sürgün yanıklığı adını verdiğimiz hastalık belirtileri oluşur. Bazı durumlarda örneğin sert çekirdekli meyve ağaçlarında Pseudomonas syringae pv syringae bakterisinin neden olduğu yaprak lekelerinde başlangıçta çok küçük suda haşlanmış gibi görünen leke oluşur ancak lekenin çevresindeki hücreler süratle ölürler ve nekroze olan doku delinerek delik lekeler oluşur. Şekil 4. Soldan sağa 1) Buğday yaprağında Xanthomonas translucens in neden olduğu çizgi şeklinde belirtiler 2) Domates meyvesinde Xanthomonas vesicatoria nın neden olduğu nekrotik lekeler. 3) Domates yaprağında Pseudomonas syringae pv tomato nun neden olduğu lekeler. Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 4
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Bu belirti şekli sert çekirdekli meyve ağaçlarında bazı fungal patojenlerin yol açtığı Yaprak Delen (Coryneum beijerinckii) hastalığının belirtilerine benzer. 2 Bakteriyel kanser ve geriye doğru ölüm Meyve ağaçlarında başlıca iki grup kanser ve geriye doğru ölüm hastalığı en çok bilinen bakteriyel hastalıklardandır. Bir tanesi sert çekirdekliler ve turunçgillerde Bakteriyel Kanser ve Geriye Doğru Ölüm (Pseudomonas syringae pv syringae ) diğeri Rosaceae familyasına ait bitkilerde (yumuşak çekirdekli meyve ağaçları) görünen Ateş Yanıklığı (Erwinia amylovora) hastalıklarıdır. Her iki hastalık sendromunda hastalık sonrası bitkide ortaya çıkan belirtiler aynıdır. Ancak enfeksiyon şekli ve hastalığın gelişme seyri farklıdır. Pseudomonas syringae pv syringae nin en karakteristik belirtisi kanser oluşumu ile birlikte zamk akıntısıdır. Kanserler çoğunlukla dalların budanmış kısımlarında, gövdede makinalar, kemirgenler gibi nedenlerle oluşan yaralar üzerinde gelişir. Enfekteli kabuk yumuşak, ileleyen devrede hajifçe çökük bir şekilde kalır. Bu enfekteli doku parlak turuncu renkten kırmızımsı kahverengine kadar değişir. Kanser üzerinde tipik zamk akıntısı görülür. Kabuk altında odun dokusu (ksilem) kahverengileşmiştir ve kahverengi çizgiler sağlıklı ksilem dokusu içine uzanır (Şekil 5). Eğer kanserler dal yada gövdeyi çepeçevre sararsa bu dal üzerindeki yapraklar solar, dal kurur ve geriye doğru ölüm görülür. Bu tipik bir geriye doğru ölüm belirtisidir. Bazen sert çekirdekli meyve ağaçlarında apopleksi olarak da adlandırılır. Hastalık belirtileri ilkbaharda veya yazın ortaya çıkmakla birlikte etmenin yayılışı ve enfeksiyonlar kışın olur. Erwinia amylovora nın neden olduğu kanser lerde de benzer şekilde kabuk dokusu renk değiştirir, doku hajifçe içeri çöker (Şekil 5). Kabuk bıçak ile kaldırıldığında odun dokusunda kahverengi renklenme görülür. Ancak zamk akıntısı yoktur, sadece nemli havalarda bakteriyel akıntı söz konusudur. Kanserler dal veya gövdeyi çepeçevre kuşatırsa o dalın hatta ağacın ölümüne neden olabilir. Ateş Yanıklığı hastalığında ilk belirtiler ilkbaharda çiçekler üzerinde ve yeni gelişen taze sürgünlerde görülür. Çiçekler kahverengileşir, sürgünler kahverengi ve simsiyah bir hal alır. Ağaçta adeta ateşten yanmış gibi bir görünüm oluşur (Şekil 5). Patojenin yayılışı ve enfeksiyonlar Pseudomonas syringae pv syringae den farklı olarak ilkbaharda ve yazın olur. Şekil 5. Soldan sağa 1) Kiraz sürğününda Pseudomonas syringae pv syringae enfeksiyonu sonrası oluşan zamk akıntısı, 2) Kiraz gövdesinde Pseudomonas syringae pv syringae enfeksiyonu sonrası oluşan kanserli doku bıçakla kaldırıldığında kırmızımsı kahverengi renklenme 3) Armut ağacında Erwinia amylovora enfeksiyonu sonrası Ateş Yanıklığı belirtileri 4) Erwina amylovora nın armut gövdesinde oluşturduğu kanser ve hemen altında bakteriyel akıntı Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 5
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları 3 İle4m deme4 solgunlukları Bitki patojenlerinin bitkilerin iletim demetleri sistemine saldırdıklarında solgunluk ve cüceleşme belirtileri ortaya çıkar. İletim demetleri enfekte olduğunda ksilemde su ve mineral maddelerin nakli durdurulduğunda hastalıklı bitki solmakta ve cüce kalmaktadır. Vasküler solgunluk olarak adlandırılan bu hastalığı nemli havalarda farketmek oldukça zordur. Ancak hava koşulları kuru ve sıcak olduğunda enfekteli bitkiler aniden solarlar. Şayet hastalıklı bitkinin iletim demetlerinin sadece bir kaçı patojen tarafından saldırıya uğramışsa bitkinin sadece bir tarafı solgunluk gösterir diğer taraf gelişmeye devam eder. Ancak vasküler solgunluk belirtileri geriye doğru ölüme nazaran daha yavaş seyretmektedir. Vasküler solgunluklarda en karakteristik belirti xylem dokusunun açık kahverengi renk almasıdır. Clavibacter, Ralstonia, Xanthomonas cinsine bağlı pek çok bakteri bitkilerin iletim demetlerini kuşatarak solgunluk hastalıklarına neden olurlar (Şekil 6). Çoğunlukla Jitopatojen bakterilerin neden olduğu vasküler solgunluklar fungusların meydana getirdiği (Fusarium sp., Verticillium sp. solgunluklarına benzer. Bununla birlikte fungal kaynaklı solgunluk hastalıklarında fungus iletim demetleri dokusunda bulunmasına karşın, bakteriyel solgunluklarda bakteriler iletim demetlerini çevreleyen parankimatik dokularda hücreler arasında yayılmakta ve orada küçük kanserler veya boşluklar meydana getirmektedirler. 4 Yumuşak çürüklükler Fitopatojen bakteriler içinde yumuşak çürüklük belirtisi oluşturanlar Pectobacterium (Erwinia) carotovora grubu ve bir grup Pseudomonas bakterileridir. Bunlar kültür bitkileri ve ürünlerinde tarla ve depoda canlı bitki dokularına ve parankimatik depo organlarına saldırırlar. Özellikle dokularda hücreler arası boşluklarda çoğalarak bol miktarda pektolitik enzim salgılarlar. Bilindiği gibi pektin bitki hücrelerinin birbirine bağlanmasını sağlayan orta lamelin içinde yer alan bir maddedir. Bu enzim sonrası hücreler birbirinden ayrılır ve etlimsi dokular yumuşayarak cıvık bir hal alır. Bu belirti bütün konukçularda tipiktir. Örneğin patates, soğan, havuç, hıyar, lahana, marul, ıspanak, domates gibi. Yumuşak çürüklük belirtileri özellikle nemli koşllarda ortaya çıkar. Şekil 6. Soldan sağa 1) Domateslerde Ralstonia solanacearum un oluşturduğu bakteriyel solgunluk belirtileri 2) Sardunyada Ralstonia solanacearum un oluşturduğu bakteriyel solgunluk belirtileri 3) Domateslerde Clavibacter michiganensis subsp michiganensis in oluşturduğu tek tarajlı bakteriyel solgunluk belirtileri. Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 6
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Şayet koşullar daha sonra kuruya dönerse enfekteli dokular suyunu kaybeder kurur ve renk siyahımsı kahverengi olur (Şekil 7). Şayet bu şekilde enfekteli yaprak, meyve ve sürgünler plastik torba içinde taşınır veya saklanırsa yumuşama süratle ilerler ve birkaç gün içinde hepsi cıvık yumuşak bir hal alır. Cruciferae ve soğanlar kükürtsü bir koku yayarlar. Diğer meyve ve depo organlarında yumuşak çürüklük yapan bakteriler koku oluşturmaz. Ancak bu tür meyve ve yumrularda görülen koku saprojitlerin saldırısından kaynaklanır. 5 Ur (tümör) oluşumu Bazı bakteriyel patojenler veya onların oluşturdukları ürünler bitkilerde meristematik dokuların çoğalmasını teşvik ederek anormal oluşumlara (gal veya tümör gibi) neden olmaktadırlar. Bunlardan Agrobacterium tumefaciens bakterisi 600 e yakın bitki familyasına ait bitkilerde ur oluşumuna neden olan çok önemli bir bitki patojenidir. Agrobacterium rhizogenes otsu süs bitkilerin köklerinde saçak kök oluşumuna, Agrobacterium vitis bağlarda (Şekil 7) toprak üstü aksamda urlara neden olmaktadır. Bu bakterinin oluşturduğu urlar başlangıçta grimsi beyaz renkte karnabahara benzeyen yumuşak urlar şeklindedir. Taze urlar yumuşaktır ve epidermis hücreleri ile korunmamıştır. Bu nedenle kolaylıkla yaralanabilir ve diğer mikroorganizma ve böceklerin saldırısına uğrayabilir. İleri devrelerde bu urlar sertleşir renkleri kahverengileşir. Benzer urları zeytin ağacı dallarında ve zakkum bitkilerin dallarında da görmek mümkündür (Şekil 7). Ancak bu bitkilerde ur oluşturan etmen Pseudomonas savastanoi pv savastanoi adı verilen bakteridir. Şekil 7. Soldan sağa 1) Pectobacterium carotovorum ile enfekte olmuş patates yumrusunda yumuşak çürüklük 2) Bağda Agrobacterium vitis in oluşturduğu urlar 3) Zeytin dalında Pseudomonas savastanoi pv savastanoi tarafından oluşturulmuş urlar. Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 7
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Şekil 8. Soldan sağa 1) Spiroplasma citri tarafından hastalandırılan portakal ağaçlarında meyvelerde simetri kayboluşu ve kabuk kalınlaşması belirtileri 2) Domateslerde iri tomurcuk (Stolbur) belirtileri 3) Şeftali yapraklarında Avrupa Sert Çekirdekli Meyve Sarılık hastalığı (Candidatus phytoplasma prunorum) belirtileri 4) Susamda Jitoplasmanın neden olduğu Phyllody hastalığı belirtileri. 6 Spiroplazma ve Fitoplazma hastalıkları Bu bakteriyel patojenler bitkilerin iletim demetleri hücreleri içinde (Jlöem) bulunarak hastalık oluştururlar. Bitkilere taşınmaları vektör böcekler veya parazit yabancı otlar yardımıyla olur. Bitkilerde oluşturdukları en tipik belirtiler yapraklarda sararma ve bitkide cücelik şeklinde ortaya çıkmaktadır. Bu belirtilerin yanısıra cadı süpürgesi görünümü, boğum aralarında kısalma, kırmızımsı renklenme, yapraklarda ve meyvelerde küçülme, meyvelerde simetri kaybolması, yediverenleşme, çiçek ve meyvelerde anormal oluşum, döllenme yeteneğinin kaybı, tohum oluşmama gibi anormal belirtilere de neden olmaktadırlar. Turunçgillerde (Stubborn) Yediverenleşme, Palamutlaşma (Spiroplasma citri), domateslerde İri Tomurcuk (Stolbur), sert çekirdekli meyve ağaçlarında görülen Avrupa Sert Çekirdekli Meyve Sarılığı (Candidatus Phytoplasma prunorum), Armut Yıkım (Candidatus Phytoplasma pyri), Elma Cadı Süpürgelilik (Candidatus Phytoplasma mali), Susam Phyllody ülkemizde görülen önemli Jitoplazma hastalıklarıdır (Şekil 8). Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 8
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Türkiye de Görülen Önemli Bitki Bakteriyel Hastalıkları 1 Yaprak, sürgün ve meyvelerde leke ve nekroz hastalıkları Acidovorax citrulli Karpuz Yaprak Lekesi Pseudomonas savastanoi pv phaseolicola Fasulye HaleLekesi Pseudomonas syringae pv lachrymans Hıyar Köşeli Yaprak Lekesi Pseudomonas syringae pv mori Dut Bakteriyel yanıklığı Pseudomonas syringae pv pisi Bezelye Bakteriyel yanıklığı Pseudomonas syringae pv tomato Domates Bakteriyel Benek Hastalığı Pseudomonas syringae pv tabaci Tütünde Vahşi Ateş Pseudomonas syringae pv syringae Meyve ağaç. Çiçek ve Sürgün Yanıklığı Pseudomonas tolaasii Mantar Kahverengi Leke Hastalığı Streptomyces scabies Patates Adi Uyuzu Xanthomonas arboricola pv juglandis Ceviz Bakteriyel yanıklğı Xanthomonas arboricola pv coryllina Fındık Bakteriyel Yanıklığı Xanthomonas campestris Siyah Damar Çürüklüğü (Crucifereae) Xanthomonas campestris pv vitians Marul Bakteriyel Yaprak Lekesi Xanthomonas citri pv malvacearum Pamuk Köşeli Yaprak Lekesi Xanthomonas phaseoli Fasulye Yaprak Yanıklığı Xanthomonas translucens Bakteriyel Çizgi hastalığı (Gramineae) Xanthomonas vesicatoria Domates Biber Bakteriyel Leke Hastalığı 2 Bakteriyel kanser ve geriye doğru ölüm Erwinia amylovora Pseudomonas syringae pv syringae Pseudomonas syringae pv morsprunorum Pseudomonas amygdali Ateş Yanıklığı Turunçgil ve Sert Çekirdek. Bakt. Kanser Kiraz Dal kanseri Badem Dal Kanseri 3 İletim demetleri solgunlukları (Vaskuler solgunluk) Clavibacter michiganensis subsp michiganensis Domates Bakteriyel Kanseri Clavibacter michiganensis subsp sepedonicus Patates Halka Çürüklüğü Curtobacterium _laccumfaciens Fasulye Solgunluğu Ralstonia solanacearum Bakteriyel Solgunluk Pseudomonas corrugata Gövde Öz Nekrozu 4 Yumuşak çürüklükler Pectobacterium atrosepticum Patateslerde Karabacak ve Yumuşak Çür. P. carotovorum subsp carotovorum Patateslerde Karabacak ve Yumuşak Çür. P. chrysanthemi pv chrysanthemi Patateslerde Solgunluk ve Yumuşak Çür. Pseudomonas marginalis Marul Yumuşak Çürüklük hastalığı 5 Hiperplastik belirtiler (tümör, ur oluşumu) Agrobacterium tumefaciens Kök Uru Agrobacterium rhizogenes Saçak Köklülük Agrobacterium vitis Bağ Kanseri Pseudomonas savastanoi Zeytin Ağacı uru 6 Spiroplazma ve Fitoplazma Spiroplasma citri Stolbur Phyllody Candidatus Phytoplasma mali Candidatus Phytoplasma pyri Candidatus Phytoplasma prunorum Palamutlaşma (turunçgillerde) İri Tomurcuk Hastalığı (domates ve patates) Susam Phyllody hastalığı Elma Cadı Süpürgelilik hastalığı Armut Yıkım hastalığı Avrupa sert çekirdekli meyve sarılık hastalığı Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 9
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Tohum Fide Fidan Toprak Su Kanserler EpiJitik Vektörler Yabancıotlar Şekil 9. Bitki patojeni bakterilerin inokulum kaynakları Bitki patojeni bakterilerin inokulum kaynakları ve yayılma yolları Bitki patojeni bakteriler funguslarda olduğu gibi yaşam için uygun olmayan koşullarda hayatta kalmalarını sağlayacak özel yapılar oluşturmazlar. Bu nedenle konukçu olmaksızın kötü koşullarda yaşamlarını devam ettirmeleri çok zordur. Özellikle bir konukçu içinde yada vektör böcek içinde bulunmadıkça ultra violet ışınları ve su kaybı yaşamlarını en çok etkileyen faktörlerdir. Bu nedenle pek çok bitki patojeni bakteri türü üretim materyallerinde (tohum, Jide, Jidan), hastalıklı bitkilerde oluşan lekeler, kanser ve yaralarda ve hastalıklı bitki artıklarında yaşamlarını sürdürmektedir. Bazı bitki patojeni bakteriler de epi'itik olarak adlandırılan bir yaşam tarzına sahiptirler. Bu türler kültür bitkileri ve yabancı otların yaprak, kök, çiçekler ve meyveler gibi bitkisel yapıların yüzeyinde bitki hücrelerinden sızan besin maddeleri ile beslenerek yaşamlarını sürdürürler. Özellikle hücre duvarı dışında bulunan ekzopolisakkaritler yardımıyla hem bitki yüzeyine tutunmakta hemde su kaybı, ultraviolet ışık gibi kötü koşullardan korunabilmektedir. Bazı türler de kültür bitkileri ve özellikle yabancı otların köklerinin yakın çevresinde (rizosfer) yaşamaktadır. Bitkilerde ur oluşumuna neden olan Agrobacterium tumefaciens, yumuşak çürüklüklere neden olan Pectobacterium caratovorum, solgunluk etmeni Ralstonia solanacearum gibi bazı bakteriler çok uzun yıllar toprakta saprojit olarak yaşamını sürdürebilmektedir. Bu etmenler için toprak, doğrudan inokulum kaynağı görevini yapar. Bakteriler canlı kaldıkları yaşam alanlarından koşullar uygun olduğunda çoğalarak ilk enfeksiyonları yaparlar. Daha sonra rüzgar veya sıçrayan yağmur damlaları ile sağlıklı bitki dokularına ulaşırlar. Ayrıca toprak işleme aletleri özellikle budama aletleri, sulama, böcekler, kuşlar, yoluyla bitkiden bitkiye yada bir alandan diğerine bulaşabilirler. Bazı bakteri türleri özellikle mollicutesler ve Xylella fastidiosa gibi ksilemde yaşayan bakteriler vektör böceklerde yaşamlarını sürdürmektedir. Bu türler bitkilerde soymuk ve odun boruları içinde bulunmakta Jlöem veya ksilem de beslenen emici böcekler içinde çoğalarak diğer bitkilere taşınabilmektedirler. Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 10
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları Fitopatojen Bakterilerin Bitkiye Giriş Yolları Bitki patojeni bakteriler funguslarda olduğu gibi bitki dokularına doğrudan giriş yapamazlar. Bu nedenle bitki dokularına giriş ve infeksiyonların başlatılması bakterilerin ya doğal açıklıklardan yada değişik şekillerde açılan yaralar yoluyla olabilmektedir. Bitkilerde bulunan doğal açıklıklar başta stomalar, lentiseller, yaprak döküm yaraları, hidatot ve yaprak tüyleri ve çiçeklerdeki nektar delikleridir. A B C D Şekil 10. Soldan sağa A) stomalardan giriş, B) hidadotlardan giriş, C) nektar bezlerinin bulunduğu kısımdan giriş D) yaralardan giriş Bitki patojeni bakteriler stomalardan doğrudan giriş yaparak stoma altı boşluklarda çoğalmakta oradan infeksiyonu başlatmaktadırlar (Şekil 10A). Yaprak leke hastalıklarına neden olan tüm bakteriyel patojenler stomalar yoluyla giriş yapmaktadırlar. Lentiseller, özellikle gövde ve dallarda patates yumuruları üzerinde elma meyveleri üzerinde bulunan mantarlaşmış bir tabaka ile kapatılmış doğal açıklıklardır. Lentiselin ağzını kapatan bir iki sıra mantarlaşmış hücreden ibaret olan koruyucu tabaka nisbi nemin çok yükseldiği durumlarda yırtılması sonucu açılan lentisellerden bakteriler giriş yapabilmektedir. Özellikle patateste patojen olan; Pectobacterium carotovorum ve Streptomyces scabies, Yumuşak çekirdiklilerde Erwinia amylovora bu şekilde infeksiyon yapabilmektedir. Bazı bitki patojeni bakteriler yaprak döküm zamanı bitkilerde ayırıcı tabakaların oluşması (abscission) sonucu kopan yaprak sapı izlerinden giriş yapmaktadırlar. Yaprak dökümü sırasında sapın bağlandığı iletim demetleri mekanik olarak kırılmakta ve ancak 2 3 gün sonra yara dokusu ile kapatılmaktadır. İnfeksiyonlarda en hassas olan devre bu 2 3 günlük zaman periyodudur. Yaprak döküm yaralarından infeksiyon yapan bakteriyel patojenler Pseudomonas syringae, P. syringae pv morsprunorum, Pseudomonas savastanoi, Pseudomonas amygdali ve Xanthomonas arboricola pv juglandis ' tir. Bitkilerde bulunan hidatot ve yaprak tüyleri (trichom) de bakteriler için giriş kapılarıdır. Bitki yaprak yüzeyleri dikkatle incelendiğinde kütikülanın pek çok tüylerle kaplı olduğu görülür. Bunların bir kısmı salgı bezleri trichomlarıdır ki kütinleşmemiştir ve çevreleri besin maddesince zengindir ve bakteriler buradan giriş yapmaktadırlar. Örneğin domates Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 11
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları bitkisindeki tüyler Domates Bakteriyel Solgunluğu etmeni Clavibacter michiganensis ssp michiganensis için infeksiyon kapısıdır. Yine bu trichomlar Domates bakteriyel benek hastalığı etmeni Pseudomonas syringae pv tomato için yaşamını sürdürebileceği bir barınak ödevi yapmaktadır. Hıyar Köşeli Yaprak lekesi etmeni P. syringae pv lachrymans için yaşam alanı ve aynı zamanda giriş kapısıdır. Hidatotlar yaprak damarlarının son bulduğu yaprak kenarlarında bulunmaktadır. Eğer bitkiler fazla su içeren bir ortama alınırsa yaprak uçlarında su damlacıkları oluşmaya başlar (Şekil 10B). İşte hidadotlar da Xanthomonas campestris (Siyah Damar Çürüklüğü) ve Erwinia amylora gibi bazı bakteriyel patojenler için giriş yerleridir. Yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarının çiçeklerinde bulunan nektar Ateş yanıklığı etmeni Erwinia amylovora' nın çoğalmasında çok önemli bir besin kaynağıdır (Şekil 10C). Burada çoğalan bakteriler nektar salgılanan deliklerden giriş yaparak çiçek infeksiyonları meydana getirmektedir. Ateş yanıklığında tüm infeksiyonların % 50 sini çiçek infeksiyonları oluşturmaktadır. Bu nedenle çiçek devresinde alınacak önlemler infeksiyonları %50 önleyebilmektedir. Bitkilerde çok çeşitli şekillerde oluşabilen yaralar, tüm bakteriler için giriş yerleridir. Bunlar; mekanik olarak (dal ve yaprakların birbirine sürtünmesi), rüzgar, kum fırtınası, dolu, don çatlakları, budama, hasat, toprak işleme sırasında açılan yaralar olabileceği gibi böcekler, nematotlar, kuşlar ve kemirgenler tarafından da oluşturulabilmektedir. Yapılan çalışmalar bitki patojeni bakterilerin yaralar yoluyla giriş yaptığı durumlarda meydana gelen infeksiyonların çok daha şiddetli olduğunu ve hastalığın süratle geliştiğini göstermiştir. Yaralanma sonucu hücre içerikleri de dışarıya çıkmakta bu da bakteriyel patojenlerin yaraya yönelmesine (kemotaksi) ve hücre içeriklerinin besin kaynağı olarak kullanılıp infeksiyonların süratle oluşmasına neden olmaktadır (Şekil 10D). Örneğin dikotiledon bitkilerde urlara neden olan Agrobacterium tumefaciens' in infeksiyonunda yaralar çok önemli rol oynamaktadır. Kanser ve geriye doğru ölüm hastalıkları, solgunluk hastalıkları, yumuşak çürüklükler ve ur oluşumlarna neden olan bakteriyel patojenler özellikle yaralar yoluyla infeksiyon oluşturmaktadır. Bitki Patojeni Bakteriler ile Mücadele Genel olarak etkin bir kimyasal veya biyolojik mücadele yöntemi olmadığı için bitki bakteriyel hastalıkları ile mücadele etmek çok zordur. Bu nedenle bakteriyel patojenlerin çoğu ülkelerin karantina listelerinde olup bu amaçla ülkelere giren her türlü bitkisel materyal bu patojenlerin varlığı yönünden kontrol edilerek girmesine izin verilir. Örneğin bazı patojenler ülkemize karantina önlemleri olmasına rağmen ülkimize girmiş ve çok önemli zararlar vermiştir. Bunlardan Ateş Yanıklığı etmeni Erwinia amylovora ülkemizde 1985 yılında Afyon ili Sultandağ ilçesinde armutlarda saptanmış ancak alınan tüm karantina önlemleri ve paralı olarak hastalıklı ağaçların devlet tarafından kesilmesine (eradikasyon) rağmen hastalığın yayılması önlenememiştir. Benzer şekilde Ralstonia solanacearum ülkemizde 1995 yılında Nevşehir de 5 patates tarlasında saptanmış ve Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 12
ADÜ Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Bitki Bakteri Hastalıkları eradike edilmiştir. Daha sonra 2006 yılında Ege Bölgesinde Altınova beldesinde yemeklik patateslerde, 2008 yılında da Çanakkale ile Batakovası nda sofralık domateslerde varlığı belirlenmiştir. Halen iç ve dış karantinaya tabi bir patojen olup hastalığın yayılması önlenmeye çalışılmaktadır. Bitki bakteri hastalıkları ile iyi bir mücadele için bakteriyel patojenin inokulum kaynakları, bulaşma ve yayılma yolları iyi bilinmelidir. Ancak bu şekilde entegre mücadele kavramı altında etkin bir mücadele yapılabilir. En önemli konulardan biri tohum, Jide Jidan gibi üretim materyallerinin temiz olması gerekir. Bu nedenle tohum Jide ve Jidan sertijikasyonu çok önemlidir. Fitopatojenik bakterilerin büyük bir çoğunluğu hastalıklı bitki artıklarında bulunduğu için hasat sonrası derin sürümle bitki artıklarının gömülmesi 1 veya 2 yıllık rotasyon (münavebe) alınması gereken önlemlerin başında gelir. Ancak Agrobacterium tumefaciens gibi toprakta çok uzun yıllar yaşayabilen patojenler için bu olanaksızdır. Biti patojeni bakteriler ile mücadelede önemli konulardan biri de sağlık (sanitasyon) koşullarına dikkat edilmesidir. Mümkünse hastalıklı bitkiler sökülmeli, bitkilere yara açmaktan kaçınılmalı, sulama sularının temiz olması sağlanmalı, yağmurlama sulamadan kaçınılmalı, aşırı azotlu gübreleme yapılmamalı, yabancı otlar ve vektör böcekler ile mücadele edilmeli, toprak işleme aletleri, budama makasları ve bitkiye temas edecek her türlü alet ve uygulamada dezenfektan kullanılarak bakterilerden arındırılmalıdır. Bu konudu en çok kullanılan kimyasallar çamaşır suyu (NaClO) ve %70 lik etil alkoldür. Bitki patojeni bakterilere karşı bakır ve bakırlı bileşikler ve bunların dithiocarbamatlı (maneb, mancozeb) bileşikler ile karışımları koruyucu amaçlı olarak önerilmektedir. Ancak pek çok bitki patojeni bakteri bakıra karşı dayanıklılık kazanabilmektedir. Benzer şekilde insan ve hayvan hastalıklarına karşı kullanılan streptomycin gibi bazı antibiyotikler de bazı ülkelerde hastalığa karşı kullanılmış ancak çok kısa zamanda dayanıklılık sorunu ile karşılaşılmıştır. Ülkemizde bakteriyel hastalıklara karşı antibiyotik kullanımı yasaktır. Son yıllarda bakteriyel hastalıklara karşı bitki dayanıklılığını teşvik eden acybenzolar Smethyl gibi bazı kimyasallar önerilmektedir. Benzer şekilde bitki gelişimini teşvik eden bakteriler (PGPR) de bitki bakteri hastalıklarına karşı bitki dayanıklılığını teşvik amcıyla zirai mücadelede kullanılmaktadır. Bitki bakteri hastalıkları ile biyolojik mücadeleye en iyi örnek sert ve yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarında Agrobacterium tumefaciens in neden olduğu urlara karşı yine antagonistik bir bakteri Agrobacterium radiobacter in (K84) kullanımıdır. Avustralyalı bir bakteriyolog Alan Kerr tarafından bulunan bu bakterinin günümüzde genetik olarak değiştirilen K1024 ırkını içeren biyopreparat (Nogall ) ticari olarak satılmakta ve hastalığa karşı etkin bir mücadele yapılabilmektedir. Eposta: kbenlioglu@adu.edu.tr 13
Fitobakteriyoloji - Dr. Ümit Özyılmaz http://web.adu.edu.tr/akademik/kbenlioglu Phytopathogenic Prokaryotes Fitopatojen bakteriler 1878: 1 st demonstration that bacteria can cause plant disease - by T.J. Burrill (Univ. of Illinois) - Erwinia amylovora - fire blight of pears and apples Robert Koch (Almanya) 1876 Şarbon (Bacillus Anthracis) Cuppels Biology 418a www.apsnet.org T. J. Burrill (ABD) 1878 Ateş Yanıklığı (Erwinia amylovora) 2 Sınıflandırma MONERA Archea Eubacteria CANLILAR ALEMİ PROTİSTA FUNGİ Algler Cıvık Mantarlar Sucul Küfler Protozoa Küf Mantarları (Zygomycota) Asklı Mantarlar (Ascomycota) Bazidyumlu Mantarlar (Basidiomycota) İmperfekt fungi (Deuteromycota) PLANTAE ANİMALİA 3
Mikrovillus Mikrotobul Ribozom Mezozom Plasmid Kapsül Hücre duvarı Hücre zarı DNA Pili Nukleoid Sitoplazma Kamçı Çekirdek zarı Por Çekirdekçik Granülsüz ER Peroksizom Lizozom Hücre zarı Granüllü ER Golgi Prokaryotik hücre Poliribozom Sentrioller Mitokondri Eukaryotik hücre 4 Bakteriler Büyüklük 0.2-2 µ Eukaryotik hücreden 10 kat küçük Küçük=hızlı büyüme Hacmine göre daha geniş yüzey Yüzeyden daha süratli besin maddesi alınımı Küçük hacım daha az besin gereksinimi 5 Sitoplazmik zar Unit membran 8 nm Seçici geçirgen (Selektif permeabilite) Membran endositoz (fagositoz ve pinositoz) ve ekzositoz özellikte değildir. Eukaryotiklerde % 5-25 oranında Sterol-prokaryotlarda Haponoid Prokaryotiklerde: Biyosentez ile ilgili enzimler (Hücre duvarı vs) Solunumda elektron taşınma zinciri Bakterilerde glycerol-yağ asiti bağları ester bağı Arkealarda glycerol-yağ asiti bağları eter bağ 6
Genetik yapılar ve hücre içeriği Hücresel Özellikler Prokaryotik Eubecteria Archea Çekirdek ve Çekirdek zarı yok yok Çekirdekçik yok yok Nukleoid var var DNA şekli Dairesel Dairesel Kromozom sayısı 1 1 Kromozomlarda Histon yok yok Hücre Bölünmesi ikiye bölünme ikiye bölünme Mezozom var var Ribozom büyüklüğü 70 S 70 S Sitoplazmik zarda lipit bağı Ester Eter Endospor var (Gram+) yok Hücre duvarı (Çeperi) var(mikoplasma yok) var Peptidoglikan var yok Kitin yok yok Polisakkarit var var 7 Bakterilerde hücre duvarı Gram Boyama (Cristian Gram-1880) Fiksasyon Kristal violet İyot Etil alkol, aseton Safranin Gram pozitif Gram negatif 8 Bakterilerde hücre duvarı Lipopolisakkarit Fosfolipit Protein Peptidoglikan (Murein) 2-3 nm Fosfolipit zar} Fosfolipit Lipopolisakkarit Peptidoglikan +Teikoik asit { (Murein)10-80nm Sitoplazmik zar 7-8 nm Gram negatif Gram pozitif Arkea (Peptidoglikan yok - L-aminoasitlerle çapraz bağ oluşturan pseudopeptidoglikan var) Arkealarda hücre duvarında L-aminositler, bakterilerde D-aminositler mevcut 9
Sitoplazmik zar (membran) Kolesterol Taşıyıcı protein Protein Karbonhidrat Reseptör protein Hücre içi Algılayıcı protein Adezyon Fosfolipit protein çift tabaka } { { { Fosfat Gliserol Yağ asiti zincirleri Hidrofobik bölge Hidrofilik bölge 10 Bakteri hücresi Ribozomlar (70S) Fimbria ve Pililer Flagella (kamçı) Plasmid Nukleoid Kapsül Hücre duvarı Sitoplazmik zar 11 Kamçı-flagella Hareket organeli Pervane gibi döner Saat yönünde veya aksine Dakikada 6000-17.000 devir Bakteri saniyede kendi boyunun 20 katı yol alır. 1.80 cm boyunda bir kişinin saatte 130 km koşmasına eşdeğer Hücre duvarı Sitoplazmik zar Flagella Filament Kanca Bazal yapı Peptidoglikan Dış membran 12
Kamçı şekilleri 13 Kamçısız Polar flagella Kamçılarına göre fitopatojen bakteriler Xylella Clavibacter Streptomyces Spiroplasma, Phytoplasma Pseudomonas Xanthomonas Burkholderia Ralstonia Çevresel Erwinia, Pectobacterium Agrobacterium 14 Bakterilerde hücre şekilleri Yuvarlak (Cocci) Diplokok Streptokok Tetrakok Sarcina Stafilokok Çubuk (Bacilli) Tekli çubuk Cocco bacilli Mekik şeklinde İkili çubuk (Diplobacilli) Zincir (Streptobacilli) Spiral Virgül şekilli (Vibrio) Spirilla (Sert) Spiroket (Yumuşak) Pleomorfik (Şekilsiz) 15
Cocci Neiseria menengitis Streptococcus pneumonia Micrococcus sp. Sarcina ventriculi Staphylococcus aureus 16 Bacilli Tekli çubuk Coccobacilli Streptobacilli 17 Spiral Vibrio cholerea Aquaspirillum sp. Treponema pallidum 18
Pleomorfik-Mycoplasma Zatürre hastalığı Mycoplasma pneumonia 19 Pleomorfik-Phytoplasma Yıldız çiçeğinde Phytoplasma Sarılık Hastalığı Phytoplasma taşıyan Cüce ağustos böceği Marulda Phytoplasma Sarılığı Bitki iletim demetlerinde Phytoplasma 20 21
Fitopatojenik bakteriler Eubacteria Hücre duvarı mevcuttur Mollicutes Hücre duvarı yoktur 22 Bitki Patojeni Bakteriler Eubacteria Hücre membranının dışında hücre duvarı mevcut Mollicutes Hücre duvarı yok sadece sitoplazmik membran mevcut 23 Eubacteria Gram negatif Acidovorax Agrobacterium Burkholderia Erwinia (Pectobacterium) Pseudomonas Ralstonia Xanthomonas Xylemde yaşayan bakteriler Böcek vektöre gereksinim duyar Xylella Floemde yaşayan bakteriler Gram pozitif Coryneform Clavibacter Curtobacterium Streptomyces Mollicutes Floemde yaşarlar Böcek vektöre gereksinim duyar Spiroplasma Phytoplasma 24
Gram negatif Eubacteria Erwinia spp. Pectobacterium spp. Pseudomonas spp. (1990 da iki gruba ayrıldı) Rastonia spp. Burkholderia spp. Xanthomonas spp. Xylemde beslenen böceklerle taşınan bakteriler (Xylella spp.) Gram Pozitif Clavibacter spp. Curtobacterieum spp. Streptomyces 25 Mollicutes Hücre duvarı yoktur Flöemde yaşar. Spiroplasma spp. Böcek salgıları ile taşınır. Phytoplasma 26 İnokulum Kaynakları Üretim materyali (tohum, fide, fidan) Toprak Bitki kökleri ve artıkları dışında doğrudan toprakta yaşamını sürdüren ve çoğalabilenler Toprakta bitki artıklarında çoğalabilen ancak belirli bir süre toprakta kalanlar Kanserler ve dormant tomurcuklar Bitki yüzeyinde doğal olarak yaşayanlar (epifitik) Vektörler (böcekler, nematodlar) Yabancı otlar ve bir yıl önceki üründen çoğalan bitkiler 27
İnokulum kaynakları Tohum Fide Fidan Toprak Su Kanser ve tomurcuklar Epfitik Vektör Yabancı otlar 28 Bulaşma ve Yayılma Rüzgar Sıçrayan yağmur damlaları, yıkanma Böcekler Sulama suyu Bulaşık tohum veya fide Hayvan Bot, çizme Traktör veya pulluk Budama makası, bıçak 29 Giriş Yolları Yaralar Mekaniksel yaralar (alet ekipman, budama makası) Dolu yaraları, don çatlakları Böcekler, nematodlar, kemirgenler tarafından açılan yaralar Doğal açıklıklar Stoma ve lentisel Hidadot Nektar bezleri 30
Stomalar 31 Lentisel 32 Lentisel 33
Hidadot Çilek yaprağında damlama (Guttation) 34 Yaprak döküm yaraları 35 Patojenisite / Virülens Faktörleri Enzimler (Pektinaz, Selulaz, Proteinaz, Amilaz, Lipaz Polisakkaritler Toksinler Coronathine, Tabtoxin, Phaseolotoxin, Syringotoxin, Tolaasin, Thaxtomin Bitki Büyüme Düzenleyicileri (Hormonlar) Etilen, Sitokinin, Oksin 36
Bakteriler kendi aralarında haberleşebilir mi? 37 Sinyal Molekülleri Oto indükleyici (Oto uyarıcı) Sinyal Molekülleri Quorum Sensing-Yeter Çoğunluğu Algılama 38 Quorum sensing-yeterli çoğunluğu algılama Bakteriler kendi aralarında haberleşebilirler. Konuşma dilleri bibulundukları ortama gönderdikleri sinyal molekülleridir. Bakteriler sinyal molekülleri göndermeleri yanısıra bir populasyon içinde sinyal molekülleri miktarını da ölçebilirler Doğada yaşayan pek çok bakteri kendi haberleşmelerine olanak sağlayan sinyal moleküllerini kullanırlar. Günümüzde birkaç sinyal molekülü üzerinde çalışmalar mevcuttur 39
Niçin bakteriler kendi aralarında konuşur? Quorum sensing bakterilerin davranışlarını kontrol etmelirini sağlar Çevre koşulları sık sık değiştiği için bakteri yaşamını sürdürmek zorundadır. Bu bakterilerin besin maddelerine adaptasyonlarını, diğer mikroorganizmalar karşı kendilerini savunmalarını, yada aynı besin maddesi için rekabet edebilmelerine, Toksik maddelere karşı kendilerini korumalarına, Özellikle bağışıklık sisteminden kaçınarak konukçuyu hastalandırmalarına imkan sağlar. 40 Biyoışıma-Bioluminesans İlk AHL sinyal molekülüne dayalı haberleşme 1960 da bulundu (Greenberg, 1996) Vibrio fisheri Vibrio fisheri kolonileri Vibrio fisheri kolonileri 41 Erwinia carotovora da antibiyotik oluşumu E. carotovora nın mutantları carbapenem antibiyotiği üretemezler. İkinci grup farklı bir mutantla karşılaştıkları zaman antibiyotik üretmeye başladılar. Araştırmalar ikinci grubun sinyal moleküllerini salgıladıklarını gösterdi (Bayeroft, 1991) 42
Tipik Belirtiler Water soaking Köşeli lekeler Akıntı (Ooze) 43 Water soaking - Suda haşlanmış Soya Fasulyesinde Bakteriyel Yanıklık Pseudomonas syringae pv. glycinea Biberde Bakteriyel Leke Xanthomonas axanopodis pv vesicatoria 44 Köşeli Lekeler Pamuk Köşeli Yaprak Lekesi Xanthomonas campestris pv malvacearum Hıyar Köşeli Yaprak Lekesi Psedomonas syringae pv lachrymans 45
Ooze - Akıntı Ateş Yanıklığı Erwinia amylovora Köpüğümsü akıntı Karpuz Bakteriyel Yanıklık Acidovorax avenae subsp. citrulli Bakteriyel Solgunluk Ralstonia solanacearum 46 Belirtilerine göre bakteriyel hastalıklar 1.Yaprak, sürgün ve meyvelerde leke ve nekroz hastalıkları 2.Bakteriyel kanser ve geriye doğru ölüm 3.İletim demetleri solgunlukları (vaskuler solgunluk) 4.Yumuşak çürüklükler 5.Hiperplastik belirtiler (tümör, ur oluşumu) 6.Spiroplasma, Phytoplasma ve iletim demetlerinde yaşayan bakteriyel patojenlerin oluşturduğu belirtiler 47 Yaprak sürgün ve meyvelerde nekroz Pseudomonas syringae pv tomato 48
Bakteriyel kanser ve geriye doğru ölüm Erwinia amylovora 49 İletim demeti solgunlukları Ralstonia solanacearum 50 Yumuşak çürüklükler Erwinia carotovora subsp. carotovora 51
Hiperplastik belirtiler Agrobacterium tumefaciens 52 Spiroplasma, Phytoplasma hastalıkları Portakalda Stubborn (Spiroplasma citri) belirtileri Yıldız çiçeğinde Phytoplasma sarılığı 53 Yaprak yüzeyinde biriken su dokular içinde doygunluk noktasına ulaşır ve stomalar yoluyla bakteriler giriş yapar Yağmur damlaları rüzgarla bakteriyi bulaştırır Budama vb her türlü mekaniksel yara ile yeni enfeksiyonlar oluşur Yaprak, meyve ve sürgünler enfekte olur Çoğalma lezyon oluşumu ve lezyon etrafında kloritik hale Yağış ve rüzgarla inokulum yayılır Nem (yağış, çiğ, sulama) ve uygun sıcaklıkta bakteri çoğalır ve ooze oluşur Bitki patojeni bakterilerde yaşam çemberi 54
Mücadele Mücadelesi çok zordur. Genellikle entegre mücadele uygulanmalıdır Dayanıklı çeşit yetiştirmek (Bazı bakteriyel hastalıklara karşı etkili, Örn: Domates Bakteriyel Leke, Bakteriyel Benek hastalıkları gibi Kültürel Önlemler Temiz tohum veya üretim materyali Budama Münavebe Dikkatli sulama Toprak dezenfeksiyonu (Buhar veya sıcak su) 55 Kimyasal Mücadele Yabancı ot mücadelesi Vektör böceklerle mücadele Bakterisit Uygulamaları Tohum ilaçlaması, sıcak su uygulamaları Yeşil aksam ilaçlaması Bakırlı ve dithiocarbamatlı bileşikleri Bitki aktivatörleri (Bion vs.) Antibiyotikler????? Biyolojik Mücadele Agrobacterium tumefaciens-agrobacterium radiobacter 56 Mikrobiyal ilişkiler Mutualizm Protokooperasyon Nötralizm Komensalizm Antagonizm Kompetisyon Parazitizm Predatörlük
Biyolojik Kontrol mekanizmaları Hiperparazitizm, Predatörlük Antibiyotik oluşumu Litik enzimler (Kitinaz, Gluconaz, Pektinaz, DNAze) Sekonder metabolitler (HCN, amonyak) Fiziksel/Kimyasal engelleme Kompetisyon [besin, yer, Fe rekabeti (siderofor)] Bitki Bakteri İlişkileri Rizobakteriler (köklerde kolonize olurlar) Bitki gelişimini teşvik ederler (PGPR) Antibiyotik oluştururlar Bitki dayanıklılığını teşvik ederler Fosfor çözebilirler Koloni Tek bir hücreden oluşan ve katı bir yüzey üzerinde gelişerek gözle görülebilir hücreler topluluğuna koloni, bu yapıyı oluşturma işlevine kolonizasyon adı verilir 60
Yüzeyler ve Biofilm Mikroorganizmaların çoğu biofilm içinde paketlenmiş yada çevresi kuşatılmış halde yüzeylerde büyümekte veya çoğalmaktadır. Bu basit olarak hücreler tarafından salgılanan polisakkaritlerin yapışma özelliği nedeniyle yüzeye tutunan bakteriyel hücrelerin mikrokoloniler oluşturmasıdır ve buna 61 Baklagil-Rhizobium (Mutualizm) Korteks Kılcal kökler Kılcal kök Rhizobium Nodül Nodül 62 DAYANIKLILIK SAR ve ISR SAR-Sistemik Kazanılmış Dayanıklılık ISR-Uyarılmış Sistemik Dayanıklılık
SAR ve ISR Pieterse et al (2002) Plant Biology 4:535-544 Agrobacterium tumefaciens-agrobacterium radiobacter (Amensalizm) 65 Agrocin oluşumu Besiyerinde A. radiobacter tarafından oluşturulan agrocin nin A. tumefaciens in gelişimini engellemesi 66
Agrobacterium tumefaciens 67 American Phytopathological Society www.apsnet.org/education/lessonsplantpath/top.html Bacterial Nomenclature Nomenclature Up-to-date www.dsmz.de/bactnom/bactname.htm List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature www.bacterio.cict.fr/ Bergey s Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition http://dx.doi.org/10.1007/bergeysoutline200210 Microbiology- Cells Alive http://cellsalive.com/ Microbe World www.microbeworld.org/ Bacteria Museum www.bacteriamuseum.org The Microbiology Information Portal www.microbes.info/ Plant Pathology-Plant Path Internet Guide Book www.pk.uni-bonn.de/ppibg/ppigb.htm Plant Disease Control Picture Index http://plant-disease.ippc.orst.edu/image_index.cfm Plant Disease Publications-UNL IANR www.ianr.unl.edu/pubs/plantdisease/ Atlas www.atlasplantpathogenicbacteria.it/ 68