İÇİNDEKİLER 1. YENİ NESİL DİZİLEME HAKKINDA (SSS)...3 2. PANELLER HAKKINDA GENEL BİLGİ...4 3. GENETİK HASTALIKLAR...5 3.1 ADENOMATÖZ POLİPOZİS, AİLEVİ (FAP)...6 3.2 AKDENİZ ATEŞİ, AİLEVİ (FMF)...7 3.3 ALPORT SENDROMU...8 3.4 DUCHENNE MUSCULAR DİSTROFİ (DMD)...9 3.5 HİPERKOLESTEROLEMI, AİLEVİ (ADH)...10 3.6 HİPERTROFİK KARDİYOMİYOPATİ (HCM)...11 3.7 KİSTİK FIBROZ (CF)...12 3.8 LYNCH SENDROMU (HNPCC)...13 3.9 MARFAN SENDROMU...14 3.10MATURITY ONSET DIABETES OF THE YOUNG (MODY)...15 3.11MEME/OVER KANSERİ, AİLEVİ (BRCA1/2)...16 4. KAPSAMLI PANELLER...17 4.1 ARİTMİ PANELİ : ANİ ÖLÜM SENDROMU...18 4.2 KALITSAL HASTALIKLAR PANELİ...19 4.3 KAPSAMLI KANSER PANELİ...20 2
1. YENİ NESİL DİZİLEME HAKKINDA TEKRAR SAYISI NEDİR? Yeni nesil dizilemede, her dizi birden çok kere dizilenir. Tekrar sayısı, sistem kapasitesi, dizilenecek bölge ve örnek adedi ile orantılıdır. Genetik hastalıklarda genel düşünceye göre alel başına 40-100x tekrar uygun görülmektedir. Bu tekrar sayısı, varyant tanımlamasında ve homozigot/heterozigot ayrımında yeterli görülmektedir. Somatik mutasyonlar söz konusu olduğunda örnek çeşidi doku olacağından, tekrar sayısının 1000-2000x olması önerilmektedir. Bu rakam, lösemide minmal rezidüel hastalık, virüs çalışmaları, biyopsi örneğinden çalışmalarda da geçerlidir. Eğer de novo dizileme yapılacak ise, yani daha önce hiç tanımlanmamış olan bir genomun dizilenmesi durumunda, tekrar sayısı çok daha az olabilir. Burada amaç mutasyon tanımlamak değil, bir genomun dizisini çıkarmaktır. Bu sebeple 5-10x tekrar sayıları ilk çalışmalar için yeterlidir. BİR KOŞUMDA ÇALIŞILABİLECEK ÖRNEK SAYISI NASIL HESAPLANIR? Örneğin Nano nin kapasitesi 1.000.000 okumadır. Kandan çalışılacak genetik bir hastalık için 100 amplikonluk bir bölgeyi 100x tekrar ile çalışmak istediğimiz zaman, 1.000.000 / 100 / 100 = 100 örnek, bir koşumda çalışılabilmektedir. Örnek sayısı = / amplikon sayısı / tekrar sayısı FARKLI ÖRNEKLERİ NASIL BİR ARADA ÇALIŞABİLİRİM? Farklı örneklerin bir arada çalışılması için barkodlanmaları gerekmektedir. Exome dizileme yapıldığı zaman, rastgele parçalanan bir genoma, PCR reaksiyonu ile MID barkodları takılır. Aynı şekilde amplikon dizileme yapılacağı zaman da bir örneğin tüm amplikonlarına MID takılması gerekmektedir. MID yani multiplex identifier, birbirlerinden farklı 96 adet 10 bazlık dizilerdir. MID dizileri sayesinde, analiz sırasında örnekler önce birbirinden ayrılır ardından analizleri gerçekleşebilir. FARKLI HASTALIKLARI BİR ARADA ÇALIŞABİLİR MİYİM? Çalışılan yöntem aynı olduğu sürece, yani bütün örnekler shotgun ya da amplikon dizileme yöntemi kullanılarak yapıldıysa, farklı örnek ve hastalıklar bir arada çalışılabilir. KİTAPÇIKDA BELİRTİLEN GENETİK HASTALIKLARDA TÜM GEN Mİ DİZİLENMEKTEDİR? Aynı zamanda ekzon- Bahsedilen genetik hastalıklarda genlerin tüm kodlayan bölgesi dizilenebilmektedir. intron sınırlarında en az 15 baz kadar intron bölgesine de girilmektedir. REFERANSLAR Genetik testler için verilen bilgilerin referansları, aksi birşey belirtilmediyse EuroGen Test, Clinical Utility Gene Cards lardan alınmıştır.
2. PANELLER HAKKINDA GENEL BİLGİ PANEL İSMİ GEN ADI* AMPLİKON SAYISI KLİNİK BÖLÜM Adenomatöz Polipozis, Ailevi (FAP) APC, MUTHY 52 Onkoloji, Gastroloji Akdeniz Ateşi, Ailevi (FMF) MEFV 23 Romatoloji Alport Sendromu COL4A3, COL4A4, COL4A5 149 Nöroloji Aritmi Paneli (Primer Elektrik Hastalıkları) (51 gen) 952 Kardiyoloji Duchenne Musculer Distrofi DMD 122 Nöroloji Gastrointestinal Stromal Tümör (GIST) Hiperkolesterolemi, Ailevi (ADH) ckit ekzon9,11,13,14-17 PDGFR ekzon 8,10,12,14,18 LDLR, PCSK9, APOE, APOB ekzon 26 (c10200 c11100) 17 Onkoloji, Gastroenteroloji 65 Kardiyoloji Hipertrofik Kardiyomiyopati (HCM) MYH7, MYBP3, TNNT2, TNNI3, MYL2 131 Kardiyoloji Lynch Sendromu (HNPCC) Kalıtsal Hastalıklar Kanser Paneli MLH1, MSH2, MSH6 (-ekzon1), PMS2, EPCAM 3 UTR 552 gen 94 gen, 284 SNP 82 Onkoloji, Gastroenteroloji Kistik Fibroz (CF) CFTR 48 Çocuk Göğüs Hastalıkları Kolon Kanseri KRAS, NRAS, BRAF 16 Onkolooji, Gastroenteroloji Marfan Sendromu FBN1 86 Nöroloji, Kardiyoloji Meme /Over Kanseri, Ailevi BRCA1, BRCA2 93 Onkoloji Maturity Onset Diabetis of the Young (MODY) GCK, INS, HNF1A, HNF1B, HNF4A, ABCC8, KCNJ11 118 Endokrinoloji Stargardt Sendromu ABCA4,ELVOL4,CNGB3 91 Göz Hastalıkları *Aksi belirtilmediği sürece genler tüm kodlayan bölge ve intron ekzon sınırları olarak dizilenmektedir.
3. GENETİK HASTALIKLAR
3.1 ADENOMATÖZ POLİPOZİS, AİLEVİ (FAP) Pozitif prediktivite Negatif prediktivite Alternatif testlerin hastaya olan yükü nedir? Ekonomik açıdan tanı metodu Genetik testin klinik yararları nelerdir? APC otozomal dominant; MUTHY otozomal resesif Kolorektal kanser hastalarında < %1, genel popülasyonda 1:8.000-10.000 APC, MUTHY %100. Aile geçmişi olan bireyler için risk artmaktadır. Alelik heterojenite ve lokus heterojenitesi yorumlanması gerekebilir. Indeks hasta test edildiğinde oran ~%100 dür. Evet. Endoskopi. Sporadik attenue vakalarda FAP veya MAP (MUTHY ilişkilendirilmiş polipozis), sadece genetik test ile ayırt edilebilir. Kolonoskopi hasta için sıkıntılı bir prosedürdür. Kolonoskopi, maliyet etkinliği daha yüksektir ancak prediktif tanı açısından yoksundur. Genel olarak tedavi mutasyona göre değil klinik duruma göre ilerler. Ancak bazı durumlarda bulunan mutasyon, cerrahi uygulamanın zamanını belirler. Eğer mutasyonun lokasyonu attenue hastalığı gösteriyorsa endoskopik inceleme sürecinin başlangıç yaşını ve inceleme aralıklarını belirler. Indeks hastada belirlenen mutasyon aile bireylerinin de taranmasına ve mutasyonun erken yaşta tespit edilip gerekli önlemlerin alınmasına yol açar. FAP Nano 32 427 889
3.2 AKDENİZ ATEŞİ, AİLEVİ (FMF) Otozomal resesif. MEFV geni, patojenik varyantlarının hastalık yaptığı bilinen tek gendir. Hastaların, bialelik patojenik varyant ya da heterozigot patojenik varyantları olabilir. TR 1-3:1000 MEFV Evet. Klinik tanı semptomlar doğrultusunda konulabilmektedir. Ancak çeşitli ateş hastalık semptomlarını ayırtetmek ve moleküler tanı koyabilmekt için genetik test uygulanmaktadır. FMF Nano 116 1718
3.3 ALPORT SENDROMU Pozitif prediktivite Negatif prediktivite Alternatif testlerin hastaya olan yükü nedir? Ekonomik açıdan tanı metodu Genetik testin klinik yararları nelerdir? X-linked (%85), otozomal resesif (%15) ve otozomal dominant (nadir). 1:5.000 COL4A3, COL4A4, COL4A5 X-linked geçiş gösteren hastalıkda, erkeklerde %100; kadınlarda %30-40, otozomal resesif homozigot ya da compound heterozigot COL4A3/COL4A4 mutasyonlarında %100. X-linked geçiş gösteren hastalıkda, %100; otozomal resesif homozigot ya da compound heterozigot COL4A3/COL4A4 mutasyonlarında %100. Heterozigotlarda tamamen normal bir fenotip ya da geniş spektrumlu semptomlar görülebilir. Evet. Aile geçmişi ve mikroskopik idrar analizi, renal fonksiyon analizi ve odiometri içeren muayene, böbrek biyopsisi, deri biyopsisi Böbrek biyopsisi, hasta için risk teşkil eder (enfeksiyon, kanama ve ağrı). Genetik test, tanı koymak, genetik danışmanlık ve prenatal tanı ya da prenatal implantasyon açısından yararlıdır. COL4A3, COL4A4, COL4A5 genleri, 48-53 ekzonlu büyük genlerdir ve >5000 baz kodlayan bölge içerir. Yeni nesil dizileme gibi yeni teknolojiler iş akışını hızlandırıp, maliyeti düşürebilir. Test sonucu tedaviyi yönlendirir. Nonsense mutasyonları, frame shift ya da daha büyük yapısal değişiklikler, missense mutrasyonlara nazaran daha erken yaş, sonevre böbrek hastalığı (ESRD) ile ilişkilendirilmiştir. Ilk grup mutasyonlarda, erkek hastalarda %90 oranında 30 yaş öncesinde ESRD görülmektedir. Missense mutasyonlu hastalar için risk %50 dir. COL4A5 ve COL4A6 genlerinin 5 bölgesindeki delesyonlar, diffüz leomyomatozlu Alport Sendromu na yol açar. AMME kompleksi, COL4A5 ve bitişiğindeki genlerde görülen büyük delesyonlardan oluşur. Anjiyotensin dönüştürücü enzim inhibitörleri ve anjiyotensin reseptör blokerleri proteinüriyi azaltabilir ve hastalık ilerlemesini yavaşlatır. Ancak bu etkinin klinik çalışmalarla konfirme edilmesi gerekmektedir. ALPORT SENDROMU Nano 9 139 254
3.4 DUCHENNE MUSCULAR DISTROFI (DMD) Analiz metodu Pozitif prediktivite Negatif prediktivite Alternatif testlerin hastaya olan yükü nedir? Ekonomik açıdan tanı metodu Genetik testin klinik yararları nelerdir? X-linked; Hastaların % 72 sinde delesyon/dublikasyon, %21 inde nokta mutasyonu görülür, %7 sinde ise mutasyon görülmemektedir. 1:3.000 (yeni doğan erkek) DMD 1. Ekzon delesyon/dublikasyon için multipleks PCR/MLPA 2. Delesyon/dublikasyon yok ise kodlayan bölgenin nokta ya da splice mutasyonu için dizilenmesi ~ %97 %100. Ancak aileye özgü mutasyon olmasa bile erkek vakaların 1/3 ünde yeni mutasyonlar da görülebilir. Evet. Kas biyopsisi ardından imünohistoloji ya da imün-blot. Çocuklarda kas biyopsisi genel anestezi ve yara iyileşmesinin taşıdığı riskleri barındırır. Biyopsi, 1. adım genetik teste oranla daha pahalı 2. adıma göre daha ucuzdur. Genetik tanı hastalığın klinik gidişatına yönelik bilgi sağlar (DMD vs Becker) ve tedavi yaklaşımını belirler, örn: fizik tedavi ya da kortikosteroid tedavisi. Aynı zamanda yeni tedavi olanaklarının uygulanabilirliği tespit edilmiş olur örn: exon skipping, stop mutasyonların okumanması gibi. Ekzon delesyonları görüldüğünde DMD ya da Becker hastalıkları arasında prognostik ayrım mümkün olmaktadır bu da yaşam süresi, tedavi çeşidi, yaşam kalitesi, eğitim seçimleri ve aile planlamasına yönelik cevaplar sağlar. Yapılan genetik test diğer invazif ve uzun süren diagnostik testlerden kaçınılmasını ve hastanın, tanısız olmanın getirdiği piskolojik baskıdan kurtulmasını sağlar. Hasta için doğru ortopedik tedavinin seçilmesine yol açar. Aynı zamanda aile bireylerinin doğru genetik danışmanlığı alabilmesini ve taşıyıcıların için de prenatal tanı olanağını doğurur. DMD SENDROMU Nano 14 213 390
3.5 HİPERKOLESTEROLEMİ, AİLEVİ (ADH) Analiz metodu Pozitif prediktivite Negatif prediktivite Otozomal dominant 1:500 LDLR, PCSK9, APOE, APOB Belirtilen genlerin basamaklı olarak tetkik edilmesi önerilse de, yeni nesil dizileme sistemleri ile bütün genleri aynı anda dizilemek daha anlamlıdır ve göz önünde bulundurulması önerilir. %100. Aile geçmişi olan bireyler için risk artmaktadır. Alelik heterojenite ve lokus heterojenitesi yorumlanması gerekebilir. Indeks hasta test edildiğinde oran %100 dür. Evet. Klinik, Biyokimya. Genetik testin klinik yararları nelerdir? EAS konsensusuna göre, DNA testi pozitif ise ya da kuvvetli klinik kanıt olması durumunda, 8-10 yaş arası çocuklarda statin tedavisine başlanılır. Homozigot ADH olan çocuklarda ise lipoprotein aferezi önerilir. Yukarıda belirtilen lipid azaltıcı tedavi, klinik sonuçları negatif olsa bile, genetik testi pozitif olan bireylere önerilmelidir. Bu tür hastalar genellikle, mutasyon analizi yapılmış olan indeks hasta akrabalarıdır. LDL-C seviyesini düşürücü yeni stratejilerin geliştrildiği düşünüldüğünde, bazı tedavi seçenekleri için mutasyon profilinin bilinmesi önem taşıyacaktır. Örneğin PCSK9 inhibitörü, hastada iki null mutasyon olması durumunda, tedavide başarısızdır. Indeks hastada mutasyon tespit edildikten sonra aile yakınlarının da test edilmesi ve mutasyon pozitif olan bireylerde, prematüre aterosklerozun önlenmesi için tedavinin başlatılması gerekmektedir. ADH Nano 25 386 708
3.6 HİPERTROFİK KARDİYOMİYOPATİ, AİLEVİ (HCM) Pozitif prediktivite Negatif prediktivite Ekonomik açıdan tanı metodu Genetik testin klinik yararları nelerdir? Otozomal dominant 1:500 MYH7, MYBP3, TNNT2, TNNI3, MYL2 İleri yaşta ~ %100, penetransı yaş ile artmakta ve oluşan mutasyona göre değişmektedir. Aile geçmişi olan bireyler için risk artmaktadır. Alelik heterojenite ve lokus heterojenitesi yorumlanması gerekebilir. Indeks hastada mutasyon bulunduysa ve aile bireyinde bu mutasyon yoksa, bu aile bireyinde HCM olma ihtimali < %5. Test yapılmamış bir bireye klinik tanı konulduysa > %90 ihtimalle bu genlerde mutasyon vardır ve aile bireylerinin bu hastalığa yakanlanma riski ~%50 dir. Evet. Görüntüleme. Genetik test ile mutasyon test edilmediği durumda, rutin kontrole gelen hastaların %13 ünde takipsizlik kararı alınabilir. Uzun vadede ekonomik açıdan avantaj sağlamaktadır. Genetik testi pozitif ise kardiyolojik değerlendirme önerilmektedir. Mutasyon testi negatif ise aile bireylerinde takipsizlik kararı alınabilir böylece aile bireylerinin sürekli kontrole gelmelerine gerek kalmamaktadır. Taşıyıcı aile bireyleri için genetik danışmanlık önerilmektedir. HCM Nano 11 164 319
3.7 KİSTİK FİBROZ CFTR genindeki mutasyonlar hakkında Otozomal resesif 1:25 taşıyıcı sıklığı ve 1:2000-3500 canlı doğum insidansı CFTR Evet, ter testi ve IRT testi. CFTR geni üzerinde bulunan mutasyonların veri tabanına, www.genet.sickkids.on.ca/cftr/ adresinden ulaşılabilir. 1000 den fazla mutasyon tanımlanmıştır ancak çoğunun frekansı < %0.1. Dünyada en sık görülen ΔF508 mutasyonu Türkiye de sadece %25-29 oranında rastlanılır. Dizileme dışında uygulanan diğer testler ve kullanılan ticari kitlerin içeriğindeki mutasyonlar Türk popülasyonunun mutasyon havuzuna uygun değildir. Bu sebeple mutasyon testi yapıldığı halde, moleküler tanısı konulamayan çok fazla kistik fibroz vakasının olduğu düşünülmektedir. Genetik testin klinik yararları nedir? Genotip, fenotip korelasyonu akciğerin hastalığa dahil olması ya da yaşam beklentisi ile ilişkilendirilmemelidir. Mutasyonlar, pankreas yetersizliği/yeterliliği, klasik olmayan ya da atipik CF olgusu, sınırda çıkan ter testi, erkek infertilitesi ve hafif pulmoner hastalık ilişkisi olarak sınıflandırılmıştır. Örnekler, R117H, 3849+10kbC>T, A455E, 2789+5G>A, G85E, and R334W mutasyonlarıdır. CFTR Nano 52 755 1441 Referans Technical Standards and Guidelines for CFTR Mutation Testing, American College of Medical Genetics, 2006 Edition
3.8 LYNCH SENDROMU (HNPCC) Analiz metodu Pozitif prediktivite Negatif prediktivite Otozomal dominant Kolorektal kanser hastalarında %1-3, genel popülasyonda 1:660-2.000. MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 ve EPCAM 3 UTR 1. Amsterdam II ve Bethesda kriterlerine göre hasta seçimi. 2. IHK ile MMR proteinlerinin incelenmesi, gerekli durumda BRAF V600 testi. İHK da net bir sonuç bulunamaz ise mikrosatelit DNA analizi. 3. Germline analizi: nokta mutasyonu, delesyon/dublikasyon Mutasyon bulunan gene ve yaşa bağlı olarak ~%80 Aile geçmişi olan bireyler için risk artmaktadır. Alelik ve lokus heterojenitesi yorumlanması gerekebilir. Genelde indeks hasta, genetik testi olmadan önce kolon kanseri olmuştur. Evet. Klinik, kolonoskopi. Genetik testin klinik yararları nelerdir? Mikrosatelit instabilitesi (MSI) olan kolorektal kanserlerin, mismatch repair MMR proteinleri normal olan bireylere nazaran prognozu daha iyidir. Lynch Sendromu nda preventif tedavi amaçlı, aile planlamasını tamamlamış bireylere, histerektomi ya da bilateral salpingo-oforektomi önerilebilir. Genetik test, etkilenmemiş aile bireylerinde risk hesaplanmasına, klinik değerlendirme ve hastalık yönetimine, ağır geçirebilinecek olan hastalığın bir sonraki nesile etkisini değerlendirmede önem taşır. HNPCC Nano 20 308 564
3.9 MARFAN SENDROMU Pozitif prediktivite Negatif prediktivite Hangi durumlarda mutasyon taraması anlamlıdır? Genetik testin klinik yararları nelerdir? Otozomal dominant 3:10.000 FBN1 ~ %100. Aile geçmişi olan bireyler için risk artmaktadır. Alelik heterojenite ve lokus heterojenitesi yorumlanması gerekebilir. Indeks hasta test edildiğinde oran ~%100 dür. Uluslararası Ghent kriterlerine uyan hastalarda gerek yoktur. Ancak; 1. Ghent kriterlerine uymayan özellikle, izole ectopia lentis görülen ya da kardiyovasküler ve kas bulguları olan hastalarda, 2. Hasta bir bireyin çocuklarında ya da akrabalarında prediktif test olarak önerilmektedir. Evet. Klinik olarak ya da görüntüleme ile. Moleküler deteksiyon olmadan da uygulanacak olan tedavi aynı olmakla birlikte mutasyonun bilinmesi prognoz hakkında bilgi vermektedir. Genetik test sonucu genetik danışmanlığı etkileyecek olup, ailedeki çocuklarda prediktif tanı ve hastalık riski hesaplamaları için gereklidir. FBN1 mutasyon tespiti, Ghent kriterlerine uymayan ya da aortik dilatasyonu olmayan hastaların takipsizliğini önleme açısından önemlidir. Klinik olarak Marfan Sendromu tanısı konulmuş ya da FBN1 mutasyonu taşıyan bireylerde, aortik bir gösterge olmasa bile, preventif tedavi önerilir. MARFAN Nano 19 274 535
3.10 MATURITY ONSET DIABETES of the YOUNG (MODY) Pozitif prediktivite Negatif prediktivite Genetik testin klinik yararları nelerdir? Otozomal dominant 2-4:100.000 GCK, INS, HNF1A, HNF1B, HNF4A, ABCC8, KCNJ11 GCK MODY için %100, Diğerleri yaşa bağlı penetrans gösterir. Aile geçmişi olan bireyler için risk artmaktadır. Alelik heterojenite ve lokus heterojenitesi yorumlanması gerekebilir. Indeks hasta test edildiğinde oran ~%100 dür. Hayır. HNF1A/HNF4A-MODY hastaları için az dozda sulfonilüre tedavisi önerilir, ve hastalar güvenilir bir şekilde insülinden sulfonilüreye geçirilebilir ve uzun yıllar insülin almadan tedavi görebilir. Bu da genetik testin erken yapılmasının faydasını göstermektedir. GCK-MODY olan hastaların çoğuna tip 1 veya tip 2 diyabet olarak yanlış tanı koyulmuştur ve insülin ve oral hipoglisemik ajanlarla tedavi görmektedirler. HNF1A-MODY mutasyonu taşıyanların kardiyovasküler hastalığa yakalanma olasılıkları yüksektir, bu yüzden, lipid statülerinden bağımsız, 40 yaş itibariyle statin tedavisi önerilmektedir. Bazı durumlarda ise karaciğer problemleri de ortaya çıkmaktadır. GCK-MODY olan kadınların bebekleri, GCK mutasyonunu almadıysa, gebelik yaşına göre büyüktür. Gebelik sırasında bu kadınların sürekli takipte olması gerekmektedir. Anne babadan birinde HNFA4 mutasyonu varsa, doğum sırasında komplikasyon ile karşılaşabilirler bu yüzden ultrasonografi ile sıkı takip önerilir. MODY Nano 12 193 354
3.11 MEME / OVER KANSERİ, AİLEVİ Pozitif prediktivite Negatif prediktivite Genetik testin klinik yararları nelerdir? BRCA mutasyonları %50 oranda otozomal dominant olarak geçiş gösterir ve aile bireyleri arasında en az 4 ü etkilenmiş birinci derecede yakın, ya da meme ve over kanseri olan 2 si etkilenmiş birinci derecede yakın bulunur. Diğer durumlar için %10 ile %40 arasındadır. 250 kadından biri BRCA1 ya da BRCA2 geninde mutasyon taşımaktadır. BRCA1, BRCA2 Mutasyon olmama durumunda aile geçmişi, alelik heterojenite ve lokus heterojenitesi, meme kanseri yaşam-boyu riski değerlendirmeye dahil edilmelidir. Kadında BRCA1 mutasyonu: meme kanseri için %60-80, over kanseri için %40-55; kadında BRCA2 mutasyonu: meme kanseri için %45-80, over kanseri için %10-20; erkeklerde meme kanseri için % 6-7. Mutasyon taşıyıcıların, intestinal prostat, pankreas ve deri kanseri ve lösemiler için riskleri artmaktadır. Hayır. Test sonucu tedaviyi yönlendirir. Mutasyon buluması durumunda ikincil tümörler için derinlemesine diagnostik analizler yapılması gerekmektedir (meme, over ya da diğer organlar). Aile planlanması sonuçlandıktan sonra profilaktik ooforektomi ya da mastektomi önerilebilir. Ailevi mutasyon bilinmiyorsa, en yüksek risk taşıyan bireyden başlanarak tarama yapılması, mutasyon bulunması durumunda diğer aile bireylerinde öncelikle bu mutasyona bakılması önerilmektedir. BRCA 1,2 örnek/koşum (Alel başına 100x tekrar) Nano 27 407 746
4. KAPSAMLI PANELLER
4.1 ARİTMİ PANELİ: ANİ ÖLÜM SENDROMU Şekilsel kalp hastalığı olmayan kişilerde, ritim bozuklukları ventriküler aritmilere sebep olur ve ani kardiyak ölüme karşı yüksek risk taşır. Ani kardiyak ölüm (SCDsudden cardiac death) daha çok genç ve görünürde sağlıklı kişileri etkilemektedir ve farklı sendromları içerir. Short QT Syndrome (SQTS), Long QT Syndrome (LQTS), Brugada Syndrome (BrS), Early Repolarization Syndrome (ERS) ve Catecholaminergic Polymorphic Ventricular Tachycardia (CPVT) gibi sendromlarda oluşan ventriküler aritmiler, ventriküler fibrilasyona sebep olur, ki bu olgu çoğu zaman ani kardiyak ölümle sonuçlanır. Otozomal dominant 1:1000 Panel toplamda 52 gen ve 953 amplikon içermektedir Gene ABCC9 AKAP9 ANK2 CACNA1C CACNA2D1 CACNB2 CALM1 CASQ2 CAV3 CTNNA3 DES DPP6 DSC2 DSG2 DSP GJA1 (=CX43) GJA5 (=CX40) GPD1L HCN4 JUP KCNA5 KCND3 KCNE1 KCNE2 KCNE3 KCNE5 = KCNE1L KCNH2 Pathology SQT, AF LQT LQT BrS, LQT, SQT, IVF associated BrS, SQT, IVF associated BrS, SQT, IVF associated, ERS CPVT CPVT LQT ARVD ARVD IVF ARVD ARVD ARVD AF, SIDS AF BrS BrS, SSS ARVD AF BrS LQT LQT, AF BrS BrS LQT, SQT Gene Pathology KCNJ2 LQT = Andersen-Tawil syndrome, SQT, AF KCNJ5 (=GIRK4) LQT KCNJ8 BrS, SQT, IVF associated, ERS KCNQ1 (ekzon 9 hariç) LQT, SQT, AF LMNA arrhytmogenic CM MOG1 (= RANGNRF) BrS ASD & AV conduction defects, Ebstein ASD +/- AV NKX2-5 (=NKX2E) block NOS1AP LQT NPPA AF PKP2 ARVD PLN arrhytmogenic CM PRKAG2 WPW RYR2 ARVD, CPVT SCN1B BrS SCN2B (ekzon 4 hariç) BrS,AF SCN3B BrS, IVF associated SCN4B LQT SCN5A BrS, LQT, IVF, AF SLMAP BrS SNTA1 LQT TGFB3 ARVD TMEM43 ARVD TRDN CPVT TRPM4 HB Type 1B AF: Atrial Fibrillation; ARVD: Arrhythmogenic right ventricular dysplasia; ASD & AV: Atrial Septal defect and Atrioventricular block; BrS: Brugada Syndrome; CM: Cardiomyopathy; CPVT: Catecholaminergic Polymorphic Right Ventricular Dysplasia; ERS: Early Repolariztion Syndrome; HB: Heart Block; IVF: Idiopathic Ventricular Fibrillation; LQT: Long QT Syndrome; SIDS: Sudden Infant Death Syndrome; SQT: Short QT syndrome; SSS: Sick Sinus Syndrome PED Nano - 11 19
4.2 KALITSAL HASTALIKLAR PANELİ Panel özelliği Çalışma metodu Mendelian hastalıklar, birlikte düşünüldüğünde çocuk ölümlerinin %20 sine tekabül etmektedir. Çoğu ciddi, resesif, çocuk yaşta görülen hastalıklar kodlayan ekzon ve ekzon-intron sınırlarındaki patojenik mutasyonlardan kaynaklanır. Kalıtsal Hastalık paneli 552 adet genin sadece 50 ng DNA ile kapsamlı olarak çalışılmasını sağlar. Prob tabanlı zenginleştirme ve PCR ile çoğaltma 552 gen, kodlayan ekzonlar, intron-exon sınırları ve patojenik mutasyon içerdiği bilinen bölgeler. AAAS ANTXR2 CD3G CTSK ERBB3 G6PD HLCS LARGE NAGLU OSTM1 PPT1 SFTPC SURF1 USH2A ABCA12 AP1S2 CD40LG CUL4B ERCC2 GAA HMGCL LBR NAGS OTC PQBP1 SGSH SYP VDR ABCA3 AP3B1 CDH23 CYP11A1 ERCC3 GALC HPD LEPRE1 NBN PAH PRF1 SH2D1A TAT VIPAR ABCB11 APTX CDKL5 CYP11B1 ERCC4 GALK1 HPRT1 LHCGR NDP PAK3 PROP1 SHROOM4 TAZ VLDLR ABCB4 AR CEP290 CYP17A1 ERCC5 GALT HSD11B2 LHX3 NDUFA1 PANK2 PRPS1 SIL1 TBCE VPS13B ABCC8 ARHGEF6 CFP CYP21A2 ERCC6 GAMT HSD17B10 LIFR NDUFA7 PC PRSS12 SLC12A1 TCF4 VPS33B ABCD1 ARHGEF9 CFTR CYP27A1 ERCC8 GBA HSD17B3 LIG4 NDUFAF2 PCCA PRX SLC12A6 TCIRG1 WAS ACAD9 ARSA CHRNA1 CYP27B1 ESCO2 GBE1 HSD17B4 LRP2 NDUFAF4 PCCB PSAP SLC16A2 TGM1 WNT10A ACADL ARSB CHRND DBT ETFA GCDH HSD3B2 LRPPRC NDUFS3 PCDH19 PTEN SLC17A5 TH WNT3 ACADM ARSE CHRNG DCLRE1C ETFB GCSH HSPG2 LYST NDUFS4 PDHA1 PTH1R SLC22A5 TIMM8A WNT7A ACADVL ARX CLCN5 DCX ETFDH GDAP1 HUWE1 MAN2B1 NDUFS5 PDHX PYGM SLC25A15 TK2 XIAP ACAT1 ASL CLCN7 DDB2 ETHE1 GDI1 ICOS MBTPS2 NDUFS6 PDP1 RAB23 SLC25A20 TLR3 XPA ACOX1 ASPA CLDN1 DDC EVC GFM1 IDS MCOLN1 NDUFS7 PDSS1 RAB27A SLC25A22 TMEM67 XPC ACSL4 ASS1 CLDN19 DGUOK EVC2 GJB2 IDUA MECP2 NDUFS8 PDSS2 RAB39B SLC26A2 TNFRSF11B ZDHHC9 ADA ATM CLN3 DHCR24 F8 GJC2 IFNGR1 MED12 NDUFV1 PEX1 RAB3GAP1 SLC35A1 TPP1 ZEB2 ADAMTS13 ATP6V0A2 CLN5 DHCR7 F9 GLA IFNGR2 MEFV NEB PEX10 RAB3GAP2 SLC35C1 TRAPPC9 ZIC3 ADAMTSL2 ATP7A CLN6 DKC1 FAH GLB1 IFT80 MFSD8 NEU1 PEX12 RAG1 SLC35D1 TREX1 ZMPSTE24 ADCK3 ATP7B CLN8 DLD FAM126A GLDC IGHMBP2 MGAT2 NEUROG3 PEX13 RAG2 SLC37A4 TRIM37 ZNF41 AFF2 ATP8B1 CLRN1 DLG3 FAM20C GLE1 IKBKAP MID1 NHEJ1 PEX26 RAPSN SLC4A11 TSEN54 ZNF469 AGL ATR COG1 DLL3 FANCC GNPTAB IKBKG MKS1 NHLRC1 PEX5 RELN SLC6A8 TSFM ZNF674 AGPS ATRX COG7 DMD FAS GNRHR IL12B MLC1 NHS PEX7 RFT1 SLC9A6 TSHB ZNF711 AGTR2 AUH COG8 DMP1 FASLG GPC3 IL12RB1 MMAA NLGN4X PKHD1 RMRP SMN1 TSPYL1 COL1A1 AHI1 B4GALT1 COL17A1 DNAJC19 FASTKD2 GPR98 IL1RAPL1 MMAB NPC1 PKLR RNASEH2A SMPD1 TTPA COL1A2 AIRE BCKDHA COL4A3 DNMT3B FBLN5 GRIK2 IL1RN MMACHC NPC2 PLA2G6 RNASEH2B SMS TUBA1A COL6A1 ALDH3A2 BCKDHB COL4A4 DOCK8 FERMT3 GSS IL2RG MOCS1 NPHP1 PLCE1 RNASEH2C SNAP29 TUFM COL6A2 ALDH5A1 BCOR COL4A5 DOLK FGA GTF2H5 INSR MOCS2 NPHP3 PLDN RPGRIP1L SOX3 TUSC3 COL6A3 ALDH7A1 BCS1L COL7A1 DPAGT1 FGD1 GUSB INVS MOGS NPHP4 PLEC RPL10 SP110 TYK2 DOK7 ALDOB BLM COQ2 DPM1 FGD4 HADH IQCB1 MPDU1 NPHS1 PLEKHG5 RPS6KA3 SRD5A2 TYMP G6PC ALG1 BRWD3 COQ9 DPYD FH HADHA ITGA6 MPI NPHS2 PLG RRM2B SRD5A3 UBA1 HIBCH ALG12 BTD COX10 DSP FKRP HADHB ITGB4 MPL NR5A1 PLOD1 SACS ST3GAL3 UBE2A LMNA ALG2 BTK COX15 DYNC2H1 FKTN HAMP IVD MPV17 NSD1 PLP1 SAMHD1 ST3GAL5 UBE3A OXCT1 ALG3 C10orf2 COX6B1 EDA FOLR1 HAX1 JAK3 MPZ NSUN2 PMM2 SBDS STAR UBR1 UBE3A ALG6 CA2 CPS1 EDN3 FOXG1 HBA1 KCNJ1 MRPS16 NTRK1 PMP22 SC5DL STAT1 UNC13D ALG8 CASK CPT1A EDNRB FOXN1 HBB KDM5C MRPS22 NUP62 PNPO SCNN1A STIM1 UNC93B1 ALG9 CASP10 CPT2 EFEMP2 FOXP3 HESX1 L1CAM MTM1 NXF5 POLG SCNN1B STRA6 UPF3B ALMS1 CBS CRLF1 EFNB1 FRAS1 HEXA LAMA2 MUT OCRL POMGNT1 SCNN1G STX11 UQCRB ALPL CD19 CRTAP EGR2 FREM2 HEXB LAMA3 MVK OFD1 POMT1 SCO1 STXBP2 UQCRQ ALS2 CD247 CSTB EIF2AK3 FTSJ1 HFE2 LAMB2 MYD88 OPA3 POMT2 SCO2 SUCLA2 UROS AMACR CD3D CTNS ENPP1 FUCA1 HGSNAT LAMB3 MYO5A OPHN1 POR SEPN1 SUCLG1 USH1C AMT CD3E CTSD EPM2A G6PC3 HIBCH LAMC2 MYO7A ORAI1 POU1F1 SFTPB SUOX USH1G Bir koşumunda kaç örnek çalışabilirim? KALITSAL HASTALIKLAR (100x tekrar) 7.5 Gb (2x250bp) NextSeq 500 Reagent Kit 33 60 530 400,000,000 120Gb (2x150bp)
4.3 KANSER PANELİ Panel özelliği Çalışma metodu Bu panel içeriğinde sık ( örneğin: meme, kolon) ve nadir rastlanan kanser çeşitlerini etkileyen gen ve mutasyonlar içermektedir. Ayrıca, GWAS çalışmaları ile kanser ile ilişkilendirilmiş 284 SNP de yer almaktadır. Prob tabanlı zenginleştirme ve PCR ile çoğaltma Kansere yatkınlık ile ilşkili 94 gen ve 284 SNP AIP EXT2 PALB2 WRN rs757978 rs401681 rs2395185 rs13281615 rs10821936 rs735665 rs8034191 rs372883 rs1155741 ALK EZH2 PHOX2B WT1 rs4973768 rs31489 rs2858870 rs1562430 rs7089424 rs2900333 rs1051730 rs2014300 rs161792 APC FANCA PMS1 XPA rs1052501 rs12653946 rs674313 rs10505477 rs10822013 rs718314 rs8042374 rs45430 rs11940551 ATM FANCB PMS2 XPC rs2660753 rs2255280 rs28421666 rs6983267 rs10995190 rs10875943 rs3803662 rs1547374 rs9293511 BAP1 FANCC PRF1 rs17401966 rs9284813 rs13361707 rs2647012 rs7014346 rs224278 rs11169552 rs4784227 rs738722 rs9352613 BLM FANCD2 PRKAR1A rs9430161 rs17181170 rs2121875 rs10484561 rs1447295 rs704010 rs902774 rs3112612 rs36600 rs685449 BMPR1A FANCE PTCH1 rs7538876 rs9841504 rs4415084 rs9275572 rs4242382 rs3765524 rs995030 rs9929218 rs2284063 rs7808249 BRCA1 FANCF PTEN rs11249433 rs10934853 rs889312 rs210138 rs4242384 rs2274223 rs3782181 rs391525 rs1014971 rs1106334 BRCA2 FANCG RAD51C rs7412746 rs6763931 rs10052657 rs10484761 rs7837688 rs3781264 rs4474514 rs258322 rs5759167 rs11017876 BRIP1 FANCI RAD51D rs3790844 rs6774494 rs20541 rs339331 rs9642880 rs17119461 rs11066015 rs1805007 rs5768709 rs9572094 BUB1B FANCL RB1 rs6691170 rs10936599 rs4624820 rs2180341 rs2019960 rs12413624 rs671 rs4785763 rs1327301 rs4905366 CDC73 FANCM RECQL4 rs6687758 rs10936632 rs10058728 rs9485372 rs10088218 rs11199874 rs4767364 rs4795519 rs5945572 rs4775699 CDH1 FH RET rs801114 rs4488809 rs872071 rs2046210 rs891835 rs2981579 rs2074356 rs4430796 rs5945619 rs1528601 CDK4 FLCN RHBDF2 rs1465618 rs10937405 rs12210050 rs651164 rs4295627 rs2981575 rs11066280 rs7501939 rs5919432 rs11655512 CDKN1C GATA2 RUNX1 rs7579899 rs17505102 rs4712653 rs9364554 rs2294008 rs1219648 rs4765623 rs7210100 rs1321311 rs4793172 CDKN2A GPC3 SBDS rs1432295 rs710521 rs6939340 rs7758229 rs7040024 rs2981582 rs1572072 rs1859962 rs3824999 rs242076 CEBPA HNF1A SDHAF2 rs721048 rs2131877 rs4324798 rs4487645 rs755383 rs3817198 rs9510787 rs17674580 rs5934683 rs6603251 CEP57 HRAS SDHB rs10187424 rs798766 rs29232 rs11978267 rs3814113 rs7127900 rs753955 rs7238033 rs2283873 AMG_mid100 CHEK2 KIT SDHC rs17483466 rs1494961 rs3129055 rs4132601 rs7023329 rs110419 rs9600079 rs4939827 rs807624 MITF_rs149617956 CYLD MAX SDHD rs12621278 rs12500426 rs2860580 rs6465657 rs2157719 rs1945213 rs9573163 rs8170 rs1027643 ATM_SNP DDB2 MEN1 SLX4 rs2072590 rs17021918 rs2517713 rs1495741 rs1412829 rs11228565 rs9543325 rs8102137 rs3755132 HOXB13_rs138213197 DICER1 MET SMAD4 rs13016963 rs1229984 rs6457327 rs1512268 rs1011970 rs7931342 rs7335046 rs10411210 rs790356 DIS3L2 MLH1 SMARCB1 rs13393577 rs971074 rs130067 rs2439302 rs4977756 rs10896449 rs944289 rs8102476 rs5955543 EGFR MSH2 STK11 rs3768716 rs7679673 rs2894207 rs16892766 rs965513 rs7130881 rs116909374 rs11083846 rs10974944 EPCAM MSH6 SUFU rs6435862 rs10069690 rs2596542 rs1016343 rs865686 rs7105934 rs4444235 rs2735839 rs1210110 ERCC2 MUTYH TMEM127 rs13387042 rs2242652 rs2248462 rs1456315 rs505922 rs614367 rs4779584 rs961253 rs7555566 ERCC3 NBN TP53 rs966423 rs2736100 rs3117582 rs16901979 rs10795668 rs1393350 rs4924410 rs910873 rs1364054 ERCC4 NF1 TSC1 rs13397985 rs2853676 rs204999 rs2456449 rs11012732 rs1801516 rs4775302 rs4925386 rs6734275 ERCC5 NF2 TSC2 rs7584330 rs4635969 rs9268542 rs16902094 rs3123078 rs3802842 rs8030672 rs6010620 rs7584993 EXT1 NSD1 VHL rs2292884 rs4975616 rs6903608 rs445114 rs10993994 rs498872 rs7176508 rs4809324 rs17272796 Bir koşumunda kaç örnek çalışabilirim? KANSER PANELİ (100x tekrar) Nano 29 294 500Mb (2x250bp)