T.C. GIDA TARIM ve HAYVANCILIK BAKANLIĞI Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü PROJE SONUÇ RAPORU PFGE METODU KULLANILARAK Lactococcus nin GENETİK ÇEŞİTLİLİĞİNİN ve YAYILIMININ BELİRLENMESİ TAGEM/HS/10/09/02/179 Mustafa TÜRE (Proje lideri) Prof. Dr. İlhan ALTINOK (Danışman) Araştırmacılar Dr. Hakan IŞIDAN Hacı SAVAŞ İlyas KUTLU SU ÜRÜNLERİ MERKEZ ARAŞTIRMA ENSTİTÜSÜ-TRABZON MART/2012 TRABZON
ÖNSÖZ Bu proje çalışması TAGEM desteğinde Su Ürünleri Merkez Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü ve KTÜ Balıkçılık Tek. Müh. Bölümü imkânları ile gerçekleştirilmiştir. İlk defa 2001 yılında ülkemizde izole edilen ve yakın zamanda bölgemizdeki bazı işletmelerde de teşhis edilen (Doğu Karadeniz ve civarı) Lactococcosis etmeni olan L. hızla yayılım gösteren patojenlerden biridir. Bunun için hastalığa neden olan bakterinin moleküler ve genetik profilinin çıkartılarak dağılım ve kaynağının tam olarak belirlenmesi gerekmektedir. Bu araştırmayla mevcut ve elde edilen L. izolatları klasik biyokimyasal testler, API 20 Strep, ERIC-PZR ve PFGE metodu kullanılarak suşlar arası genetik benzerlikler ortaya konmuştur. Türkiye de bulunan L. suşlarının tipleri belirlenmiş ve ilk izolat ile bağlantısı araştırılmıştır. Bu da hastalığın nasıl yayıldığını ortaya çıkarmamıza yardımcı olmuştur. Saha ve laboratuar çalışmalarım sırasında danışmanlığımı üstlenip yardım ve desteğini esirgemeyen değerli hocam Sayın Prof. Dr. İlhan ALTINOK a, örneklemeler esnasında bana yardımcı olan İlyas KUTLU ya çalışmanın başından sonuna kadar desteklerini ve yardımlarını gördüğüm çalışma arkadaşlarım Yrd. Doç. Dr. Erol ÇAPKIN ve Oguzhan EROĞLU na ve projenin gerçekleşmesi için gereken maddi desteği sağlayan SUMAE ve TAGEM e yetkililerine teşekkürlerimi sunarım. Bu çalışmanın, konuyla ilgili olarak daha ileri çalışma yapacak olan araştırmacılara ışık tutmasını dilerim. Mustafa TÜRE Veteriner Hekim I
İÇİNDEKİLER Sayfa No ÖNSÖZ... I İÇİNDEKİLER... II ÇİZELGE LİSTESİ... IV ŞEKİLLER LİSTESİ... IV ÖZET... V ABSTRACT... VI 1. GİRİŞ... 1 1.1. Etken... 2 1.2. Morfoloji ve Kültür... 3 1.3. Antijenik Karakter... 4 1.4. Patojenite ve Hastalığın Klinik Semptomları... 5 1.5. Epidemiyoloji... 5 1.6. Teşhis... 6 1.7. Tedavi... 7 1.8. Koruma ve Kontrol... 8 1.2. Bakteriyel Balık Hastalıklarında Moleküler ve Epidemiyolojik Yöntemler... 9 1.2.1. Pulsed-Field Gel Elektroforesiz Metodu (PFGE)... 9 1.2.2. Enterobacterial Repatitive Intragenic Consensus Element (ERIC-PZR)... 11 1.2.3. Polimerize Zincir Reaksiyonu (PZR)... 11 1.2.4. Multipleks (Çoklu) PZR... 11 1.2.5. Restriksiyon Parça Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP)... 12 1.3. Çalışmanın Amacı ve Pratik Önemi... 12 2. LİTERATÜR ÖZETİ... 13 3. MATERYAL ve METOT... 15 3.1. Örnekleme... 15 3.2. Örneklerin İncelenmesi... 16 3.3. Bakterilerin Morfolojik Özelliklerinin Belirlenmesi... 17 3.4. Bakterilerin Biyokimyasal Karakterlerinin Belirlenmesi.... 17 3.5. Biyokimyasal Testlerin Uygulanması... 17 3.6. 3.6. Antibiyogram Testi... 18 3.7. PCR İçin DNA İzolasyonu... 19 II
3.8. PCR Şartları ve Görüntüleme... 19 3.8. PFGE Metodu... 20 3.9. ERIC-PZR Metodu... 21 4. BULGULAR... 23 4.1. İşletmelerin Genel Durumu... 23 4.2. Biyokimyasal Test Sonuçları... 24 4.3. Antibiyotik Duyarlılıkları... 29 4.4. PZR Sonuçları... 30 4.5. ERIC-PZR Sonuçları... 32 4.6. PFGE Sonuçları... 34 5. TARTIŞMA ve SONUÇ... 38 5.1. Biyokimyasal Test Sonuçları... 38 5.2. Antibiyotik Dirençleri... 39 5.3. ERIC-PZR Sonuçlarının Değerlendirilmesi... 41 5.4. PFGE Sonuçlarının Değerlendirilmesi... 43 5.5. SONUÇ... 45 6. KAYNAKÇA... 48 7. YÜRÜTÜCÜLERİN ÖZGEÇMİŞİ... 53 8. EL BROŞÜR(LİFLET) ÖRNEĞİ... 56 EK: Proje Sonuçlarının Uygulamaya Aktarılması... 61 III
ÇİZELGE LİSTESİ Sayfa No Tablo 1. L. nin biyokimyasal, kültürel ve fizyolojik karakterizasyonu... 4 Tablo 2. Çalışma süresince belirlenen bölgelerden alınan örneklerin tür ve sayıları... 15 Tablo 3. L. suşları, ait oldukları yıllar ve bunların menşeileri... 16 Tablo 4. DNA nın yükseltgenme işlemi için belirlenen PZR karışımının bileşenleri ve miktarı... 20 Tablo 5. İzole edilen bakteriler ve dokuları.... 25 Tablo 6. Klasik biyokimyasal ve API 20 Strep sonuçları... 27 Tablo 7. L. suşlarının klasik biyokimyasal, Api 20 Strep ve kültürel özellikleri... 28 Tablo 8. L. izolatlarının disk difüzyon testine göre antibiyotik duyarlılıkları... 31 ŞEKİLLER LİSTESİ Sayfa No Şekil 1. PFGE nin pratik adımlar... 11 Şekil 2. L. nin TSA daki görüntüsü... 25 Şekil 3. Bazı L. izolatlarının farklı tuzluluk ve sıcaklıklardaki görüntüsü... 26 Şekil 4. L. izolatlarına ait biyokimyasal testlerin bazıları... 26 Şekil 5. L. izolatları ile gerçekleştirilen API 20 Strep testi... 27 Şekil 6. Bir L. suşuna uygulanan antibiyogram testi... 30 Şekil 7. PZR testi sonucu bazı L. suşlarının alınan görüntüleri... 32 Şekil 8.1. L. suşlarının ERIC-PZR modeli... 33 Şekil 8.2. L. suşlarının ERIC-PZR modeli... 33 Şekil 9. L. izolatlarının dendogramı... 35 Şekil 10. Bazı L. izolatlarının ApaI enzimi ile kesimi sonucu oluşan PFGE modeli... 36 Şekil 11. L. suşlarının ApaI enzimi ile kesimi sonrası elde edilen dendogramı..... 37 IV
ÖZET Lactococcus nın izolasyonu amacı ile 2009-2011 yaz döneminde farklı işletmelerden örnekleme yapılmış ve 5 tanesinden bu bakteri izole edilmiştir. Bunun yanı sıra yurdun değişik yörelerinden ve İtalya, İspanya, Fransa ve Japonya dan geçmiş yıllarda değişik kaynaklardan izole edilmiş suşlar çalışmaya dahil edilmiştir. PZR işlemi sonucunda L. olduğu anlaşılan tüm suşlara biyotiplendirme amacı ile klasik biyokimyasal testler ve API 20 Strep testi uygulanmıştır. Klasik olarak gerçekleştirdiğimiz testlerde suşlar arasında tam homojenite görülürken API 20 Strep de heterojenite mevcuttur. Genel olarak baktığımızda ATCC 49156 referans suşunun API 20 Strep e göre Türkiye den elde edilen izolatlar ile birkaç istisna dışında ortak özellik gösterdiği, buna karşın İtalya, İspanya ve Fransa menşeli balık ve diğer hayvanlardan izole edilen izolatlardan farklı biyokimyasal özelliklere sahip olduğu görülmüştür. L. suşlarının genotiplendirilmesi amacıyla PFGE metodu düzenlenerek kullanılmıştır. ApaI enzimi ile gerçekleştirilen PFGE işlemi sonucunda L. suşları 6 kümede toplanmıştır. Yakın coğrafik alanlardan izole edilen suşların benzer oldukları ve referans suşun İspanya suşları ile benzer olduğu görülmüştür. Yine bu çalışmada diğer bir genetik metot olana ERIC-PZR metodu kullanılmıştır. Benzerlik oranlarını düşük bulunan L. suşları 8 kümede toplanmıştır. API20 Strep, ERIC-PZR ve PFGE sonuçları karşılaştırıldığında birkaç istisna hariç sonuçların benzer olduğu görülmüştür. Disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapılan antibiyogram testine göre; suşların, oksitetrasiklin, amoksisilin, tetrasiklin ve florfenikol gibi antibiyotiklere karşı duyarlı oldukları, gentamisin ve sulfametoksazol+trimethoprim gibi antibiyotiklere karşı ise dirençli oldukları saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: L., PFGE, ERIC-PZR, API20 Strep ve antibiyogram. V
ABSTRACT In this study, fish were sampled from different fish farms to isolate Lactococcus in summer season between 2009 2011. It was isolated five of these samples. In addition to isolated L. strains from different regions of Turkey and different countries such as Italy, Spain, France, and Japan, were studied. All isolates were carryed out classic biochemical and API 20 Strep tests to biotyping which know as L. after PCR. Although a complete homogenity was observed in the strain identified by classical test, partial heterogenity was observed in the API 20 Strep tests. In general, according to the API 20 Strep test, it was found that the ATCC 49156 referance strains, showed common features with the isolates obtained from Turkey. However, they had many different biochemical characteristics from the isolates that were isolated from the different animals and sources in İtaly, Spain and France. Method of PFGE was used by arranging to genotyping of the L. isolates. The results of the genomic analysis by PFGE after digestion with ApaI which generated six clusters. It was shown that isolated from close geographical area similar each other and referance strain is similar to Spain isolates. In addition to ERIC-PZR method was used which other method of genotyping. L. strains were grouped in 8 clusters according to their low rate of similarities. When we compared the results of the API20 Strep, PFGE and ERIC-PZR tests, the results are similar except a few strains. According to disc diffusion method, all of strains were sensitive to oxytetracycline, amoxicillin, florfenikol, tetracycline and were resistant to gentamicin and sulfamethoxazole + trimethoprim. Keywords: L., PFGE, ERIC-PCR, API20 Strep and antibiogram. VI
1. GİRİŞ Dünyada ilk defa Lactococcus 1974 yılında sarıkuyruk (Seriola quinqueradiata) balığından izole edilmiş (Ksuda vd., 1991) ve neden olduğu hastalık Lactococcosis olarak adlandırılmıştır (Austin ve Austin, 1999). Türkiye de bu bakterinin sebep olduğu hastalık ilk defa 2001 yılında Ege Bölgesi ndeki gökkuşağı alabalığı işletmesinde ortaya çıkmış olup (Diler vd., 2002), 2008 yılı itibariyle birçok bölgeye yayılmıştır. Hastalığa neden olan bakterilerin alt-tiplemesi (subtyping) tür altı veya alt tür düzeyinde tanımlanmasıdır. Alt-tipleme fenotipik ve genotipik tekniklerle yapılmakta olup, türlerin populasyon yapısını, hedef organizmalarla diğer organizmalar arasındaki ilişkinin belirlenmesinde, hedef organizmanın değişime uğradığı basamakların belirlenmesinde ve moleküler epidemiyolojide kullanılmaktadır. Geniş kullanım alanı, yüksek ayırt etme gücü ve çok iyi epidemiyolojik uygulamalarından dolayı PFGE son 20 yıldır bakteriyel patojenlerin alt tiplemelerinde (subtyping) altın standart olarak kullanılmaktadır (Barrett vd., 2006). Özellikle PFGE aynı türe ait bakterilerin tiplenmesinde PZR ve klasik elektroforezde yapılan restriksiyon parça uzunluğu polimorfizmi (RFLP) ne göre yüksek ayırt edici güce sahiptir (Olive ve Bean, 1999). Ancak şu ana kadar akuatik organizmalara zarar veren çok az bakteri (Pseudomonas anguilliseptica, Aeromonas salmonicida, Streptococcus iniae, Vibrio tapetis, Vibrio vulnificus ve Vibrio ordalii) PFGE kullanılarak analiz edilmiştir. Lactococcus garviea izolatlarının genotiplendirilmesinde PFGE nin yanısıra Enterobakteriyal Repetitiv İntragenik Konsensus (ERIC-PZR) metodu da ilk defa denenmiştir. Bu metot bir örnekteki nükleik asidin özel bir primer yardımı ile amplifikasyonu yapılarak kısa zamanda ve yüksek güvenilirlikte gerçekleşebilen genotiplendirmede kullanılan PZR bazlı metottur (Yağcı, 2004). ERIC-PZR Enterobakterilerin genotiplendirilmesinde son günlerde Vibrio parahaemolyticus, Campylobacter, Escherichia coli, Salmonella enterica ve Aeromonas sp. gibi bakteri suşlarının epidemiyolojik araştırmalarında ve genetik araştırmalarının değerlendirilmesinde başarı ile kullanılmıştır (Yingwang vd., 2008). Lactococcus infeksiyonunun işletmelerde meydana getirdiği kayıpların önemine rağmen, farklı bölgelerden izole edilen farklı L. suşları arasında epizootiyolojik ilişki konusunda bilgi yetersizliği vardır. Bu çalışmanın amacı klasik biyokimyasal testler, APİ 20 Strep, PFGE ve ERIC- PZR metotlarını geliştirerek farklı bölgelerden izole edilen L. suşlarını 1
karakterize etmek, suşlar arasındaki genetik bağı belirlemektir. Ayrıca aynı yöntemle ülkemiz suşları ile yurt dışından elde edilecek suşlar arasındaki genetik bağ ortaya konmuştur. 1.1. Etken Lactococcosis hastalığına sebep olan etken ilk olarak Japonya da izole edildi (Ksuda vd., 1991). Daha sonra 1988 de İspanya da gökkuşağı alabalığı çiftliklerinde görüldü (Palacios vd., 1993). Sonraki zamanlarda Lactococcosis birçok ülkede yayıldı ve akuatik organizmalarda önemli ekonomik kayıplara yol açtı. Sonraları sırasıyla İtalya da, Güney Afrika da ve Avustralya da gökkuşağı alabalıklarındaki yüksek mortalitenin temel nedeni olarak bulundu (Carson vd., 1993). Lactococcus daha sonraları Tayvan daki dev tatlı su karidesleri (Macrobrachium rosenbergii), tekir balığı (Mullus murmuletus) ve gökkuşağı alabalıklarında ki (Onchorhyncus mykis) salgınlardan sorumlu tutuldu (Chen vd., 2001; Chen, 2002; Chang, 2002). Türkiye den ilk defa 2001 de Ege Bölgesi deki gökkuşağı alabalığı çiftliklerinden izole edildi (Diler vd., 2002). Son günlerde L. gökkuşağı alabalığı çiftliklerinde salgınlar şeklinde İngiltere de (Bark vd., 2001), Portekiz de (Pereira vd., 2004), Fransa da, Balkanlar da, İsrail de (Eyngor vd., 2004), ve Kore de (Baeck vd., 2006) deniz türlerinde bulunmuştur. Lactococcus lactis subsp. lactis, L. lactis subsp. cremoris ve L. insan ve hayvanlarda klinik öneme sahip en önemli türlerdir (Aguirre vd., 1993; Antolı n vd., 2004). Lactococcus cinsi Streptococcecea familyası içerisindedir. Etken Japonya da 1950 nin sonlarına kadar yine bir gram pozitif bakteri olan Streptecoccus olarak isimlendirildi. Gelişen tekniklerle beraber Enterococcus, Lactococcuc, Vogacoccus ve Cornobacterium gibi yeni bakteri genumu içerisinde sınıflandırılsa da 1985 ten sonra Streptococcus lardan ayrıldı (Schleifer vd., 1985 ). Önceleri Enterococcus benzeri olarak tanımlanan bu patojen; biyokimyasal karakterizasyonu, protein profili, 16S rrna sekans analizleri ve DNA hibridizasyon gibi çalışmalar sonucu L. ile Enterococcus serolicidae nin aynı türler (sinonim) olduğu doğrulandı (Domenec vd., 1993; Eldar vd., 1996; Teixeria vd., 1996). Lactococcus nin akuatik türler için konakçı bakımından limiti yoktur Gerek deniz gerekse tatlı sularda yaşayan birçok türde bildirilmiştir (Vendrell vd., 2006). Bu etken aynı zamanda subklinik meme içi enfeksiyonlu ineklerden (Devriese vd., 1999), mastitisli su buffalolarından (Carvalho vd., 1997), kümes hayvanlarının etlerinden (Barakat 2
vd., 2000), çiğ inek sütünden (Villani vd., 2001), et ürünlerinden (Rantsiou vd., 2005 ) ve kedi ve köpek tonsillerinden (Eldar vd., 1996) de teşhis edilmiştir. Bunlara ilaveten etkenin birkaç vakada özellikle uzak doğuda insandan da izole edilmesi potansiyel zoonoz olabileceği görüşünü güçlendirmektedir. Amerika da insanlardan üriner kanaldan, kandan, deriden ve solunum sisteminden izole edilmiştir (Elliot vd., 1991). Lactococcus, gram pozitif fakültatif anaerobik, hareketsiz, sporsuz, oksidaz ve katalaz negatif, oval kok, çift ya da kısa zincirler oluşturabilen kanlı agarda alfa hemolitik, uygun besi ortamında 4 ila 45 C arasında üreyebilen bir bakteridir. (Ksuda vd., 1991; Prieta vd., 1993; Eldar vd., 1996). Hastalık özellikle su sıcaklığının 16 C üzerine çıktığı yaz aylarında etkili olmakta ve birçok balık türünü etkileyerek çok önemli ekonomik kayıplara yol açmaktadır (Austin ve Austin, 1999). Lactococcus nin tür içi sınıflandırmasında bazı karbonhidratların asidifikasyonu temelinde ve bazı enzimlerin varlığında 13 biyotipi olduğu belirlenmiştir. Bunların 6 sı balıklardan izole edilmiştir. Ayrıca rastgele amplifiye edilmiş polimorfik DNA (RAPD) ve pulse-field gel elektroforesis (PFGE) metodları epidemiyolojik çalışmalar için kullanılmış ve L. nin Japonya ve Avrupa da farklı akuatik suşları karşılaştırılmıştır (Vela vd., 2000; Ravelo vd., 2000; Ravelo vd., 2003). Son zamanlarda farklı coğrafik orijinlerden ve farklı balık türlerinden izole edilen 23 L. suşu geleneksel biyokimyasal testler, minitarize sistem ve 2 farklı besi yeri kullanılarak fenotipik özellikleri bakımından incelenmiş ve sonuçlar suşlar arasında yüksek düzeyde bir homojenitenin varlığını göstermiştir. Bu sonuç epidemiyolojik yetersizlikten dolayı farklı biyotiplerden söz edilemeyeceğini göstermiştir (Ravelo vd., 2001). Geleneksel biyokimyasal testler ve bakteri büyütme testlerinin sonuçlarına göre Lactococcus nin özellikleri Tablo 1 de ki gibidir (Vendrell vd., 2006). 1.2. Morfoloji ve Kültür Lactococcus hareketsiz, sporsuz, gram pozitif, tek, çift ya da kısa zincirler oluşturabilen kanlı agarda alfa (α) hemoliz özelliğine sahip bir bakteridir. Optimum üreme ısısı 30 C de 24 saattir. Ayrıca Brain heart infizyon agar (BHIA), Triptik Soy Agar (TSA), Triptik Soy Brot (TSB), Bile agar (BA) ve Bile eskulin agar (BEA) gibi zenginleştirilmiş besi yerlerinde üreyebilir (Toranzo vd., 1994). Çalışmalar göstermiştir ki L. 3
optimum gelişmesini BHIA da ph 7-8 ve 25-30 C de gerçekleştirmektedir (Cheng ve Chen, 1996). Tablo 1. L. nin biyokimyasal, kültürel ve fizyolojik karakterizasyonu. Karakter Reaksiyon Karakter Reaksiyon Hücre morfolojisi Oval kok Gram + Arjinin + Motilite - Ornitin - Üreme Lizin - 4 C + Asit üretimi; 20 C + Giliserol - 37 C + Rafinoz - 45 C + Arabinoz - ph 9.6 + Sorbitol + 6.5% NaCl + Mannitol + Hemoliz α Sellobioz + Katalaz - Galaktoz + Oksidaz - D-glukoz + TSI A/A Maltoz + Oksidativ/fermentativ Fermentatif Trehaloz + Nitrat İndirgenmesi - D-mannoz + Sitrat - İnositol - Ure - Lactoz + İndol Üretimi - Riboz değişken Eskulin + Sukroz değişken VP (Voges Prouskar) + Adonitol - H2S üretimi - Gilikojen - Arjinin dihidrolizi + Melibiyoz - PYR (Pirolidonil arilamidaz) + Melezitoz - Alkalin posfataz - Starch - ß -Glukuronidaz değişken Tagatoz değişken Löysin arilamidaz + L-ramnoz - Sodyum hippurat hidroliz - D-ksiloz - Salisin + A/A : TSI medyum asidifikasyonu ve H 2 S üretmez) 1.3. Antijenik Karakter Lam aglütinasyon tekniği yardımı ile L. nin serolojik karakterizasyonu oluşturulmuş ve hücre duvarından KG ve KG + şeklinde iki antijenik tipi olduğu bildirilmiştir (Kitao, 1983). Bakterinin Japonya ve Avrupa kapsüllü suşları ile kapsüllü ve kapsülsüz suşları arasında yüzeysel karbonhidrat yapıları arasında farklılıklar bulunmuştur. (Barnes ve Ellis, 2004). Bu sonuçlar L. yı Avrupa kapsüllü serotipi, Japonya kapsüllü serotipi ve her iki bölgenin kapsülsüz serotipi olarak 3 farklı serotipe ayırmaktadır. Bakterinin patojenitesini belirlemeye yönelik gökkuşağı alabalıklarında yapılan birkaç çalışmada kapsüllü suşların (KG ) kapsülsüz suşlara (KG + ) oranla daha patojen oldukları belirlenmiştir (Barnes vd., 2002). 4
1.4. Patojenite ve Hastalığın Klinik Semptomları Lactococcosis hiperakut ve hemorajik septisemi olarak belirtilmiştir (Eldar vd., 1996). Hastalığın gelişimi çevresel faktörlere, su sıcaklığına, suyun mikrobiyel yüküne ve balığın bakım şartlarına bağlı olarak değişmektedir (Prieta vd., 1993). Hastalıkta birçok vakada mortalite oranının %50 nin üzerine çıkması ve balığın büyüme oranının düşmesinden dolayı etken çiftliklerde önemli ekonomik kayıplara yol açmaktadır (Vendrell vd., 2006). Etkenin inkubasyon periyodu çok kısa ve virulensi çok yüksektir. Deneysel enfeksiyonlarda mortalite oranı iki gün içerisinde %100 e kadar çıkabilmektedir (Chen vd., 2001). Lactococcosis iştahsızlık, uyuşukluk, deride kararma ve düzensiz yüzme gibi genel hastalık semptomları şeklinde başlar, dışarıdan baş ve göz çevresinde, anal bölgede ve yüzgeç kaidelerinde kanama, çift yada tek taraflı ekzoptalmus ile kendini gösterir. Ekzoptalmus hastalığı akla getirebilir. Ayrıca karın bölgesinde şişlik ve anüste prolapsus gözlenir (Eldar vd., 1999; Prieta vd., 1993; Muzquiz vd., 1999; Vendrell vd., 2004). Enfeksiyondan dolayı damar endotelinde oluşan lezyonlar iç organların yüzeyinde kanamalara sebep olur. Nekropside periton üzerinde genellikle asidik karakterde sıvı birikir, bu sıvı bazen irinli ya da kanlı da olabilir. Etkilenen balıktaki makroskopik lezyonlar herhangi bir sistemik akut hastalıktaki gibi tipiktir ve yüzme kesesi, karaciğer, beyin, böbrek, barsak, kalp ve periton gibi dokularda değişen düzeyde kanamalar mevcuttur (Prieta vd., 1993; Aizpurua vd., 1999; Austin vd., 1999; Aizpurua vd., 2000; Afonso vd., 2003; Pereira vd., 2004). Histopatolojik olarak oküler alanda iltihaplı hücre birikimi gözlenir. Ayrıca gözlerin ön ve arka bölümlerinde irinli alanlar ve göz içi kas ve yağ dokusunun kanamalı iltihabı gözlenebilir (Eldar vd., 1999; Chang vd., 2002). Etkilenen balıkta genelde meningitis mevcuttur ve beyinde beyin zarlarına ait lezyonlar ve lezyonlu alanlarda eksudat birikimi gözlenebilir (Eldar vd., 1999; Chang vd., 2002). Kalp, böbrekler ve peritonda da da lezyonlar diğer organlarda ki gibidir ve bol fibroblast makrofaj ve lenfosit infiltrasyonu görülebilir (Eldar vd., 1999; Chang vd., 2002). 1.5. Epidemiyoloji Son zamanlarda L. gökkuşağı alabalığı, sarı kuyruk, tilapya (Oreochromis sp.), Japon yılan balığı (Anguilla japonica), pisi (Paralichthys olivaceous), kefal, kedi balığı, wild wrasse (Coris aygula), siyah kayabalığı (Sebastes schlegeli), kralbalığı 5
(Seriola lalandi) ve dev tatlı su karidesi gibi türlerden hastalığa neden olan etken olarak izole edilmiştir (Chen vd., 2001; Prieta vd., 1993; Kusuda vd., 1991; Lee vd., 2001; Chen vd., 2002; Ravelo vd., 2003; Colorni vd., 2003; Kang vd., 2004; Kawanishi vd., 2005). Gökkuşağı alabalıkları diğer balıklarla karşılaştırıldıklarında en duyarlı ve mortalitenin en yüksek olduğu balık türüdür (Ghittino vd., 1998). Lactococcus ile yapılan patojenite çalışmalarında genç balıklarda (50 g) erişkin balıklara (100 g) oranla akut formun daha uzun süre devam edip mortalitenin daha yüksek olduğu rapor edilmesine rağmen (Muzquiz vd., 1999), son yıllarda gökkuşağı alabalığı çiftliklerinde ki doğal enfeksiyonlarda etken 5 g lık balıktan 1 kg. ve daha büyük balıklara kadar tümünü etkilediği görülmüştür (Diler vd., 2002; Pereira vd., 2004). Su sıcaklığı hastalığın ortaya çıkmasında çok önemlidir, çoğu akut salgınlar su sıcaklıklarının 14-15 C yi aştığı durumlarda görülmektedir (Prieta vd., 1993; Ghittino vd., 1998). Kötü akuatik çevre, bakım şartları, beslenme ve yetersiz oksijen etkenin yayılmasını ve virulansını artırmaktadır (Fukuda vd., 1997). Bakterinin bir işletmeye girişi ve hastalığı meydana getirmesi farklı yollarla ve farklı kaynaklarla gerçekleşmektedir (Vendrell vd., 2006). Enfekte balıkların çiftliğe transferi en sık görülen infeksiyon kaynağıdır. Asemptomatik taşıyıcılar bakteriyi dışkı yolu ile havuza yayarlar ve böylece sağlıklı balıklar enfekte edilmiş olur. Ayrıca hastalığı geçirmiş balıklar da belirli periyotlarda etkeni yayabilirler (Ghittino vd., 1998). Çiftliklerde ki asemptomatik balıkların varlığı PCR metodu ile belirlenmiş ve çevre durumu bakteri lehine optimum olunca hastalığın ortaya çıktığı saptanmıştır (Cheng vd., 2002). Etken çiftliklerde balık dışında havuz suyundan, çamurdan, sedimentten ve akuatik ekipmanlardan da izole edilmiştir (Kusuda vd., 1991; Kitao vd., 1979). Hastalıkta bulaşma temelde horizontal yolla olmaktadır. Özellikle aynı ortamı paylaşan balıklar arasında yaralı balıkların birbirine teması yada fekal-oral yol ile bulaşma olmaktadır (Afonso vd., 2003). Ayrıca enfekte balık yada diğer gıdaların yem olarak kullanılması ile de etken işletmelere bulaşabilir (Yasunaga vd., 1982 ). 1.6. Teşhis Hasta balıklarda görülen lezyonlar ve karakteristik semptomlar benzer diğer hastalıklarda da görülebildiği için kesin teşhis için bakteriyel etkenin laboratuar metotları ile tanımlanması gerekmektedir (Vendrell vd., 2006 ). 6
Hastalığın görüldüğü yerden ölü yada hasta görünümlü balıklar laboratuara alındıktan sonra, en uygun organlar olan böbrek ve beyinden yada dalak, karaciğer, bağırsak, gözler ve kandan da etken izole edilebilir (Ghittino vd., 1998). Lactococcus yi izole etmek için BHIA, TSA, BA yada Nutrient agar (NA) gibi besi yerleri kullanılmaktadır (Kusuda vd., 1991; Austin vd., 1999). 30-35 C lik sıcaklık ve 24 saat L. nin gelişmesi için optimum şartlar olduğu gibi balıklarda hastalık yapan diğer birçok bakterinin üremesi engelleneceği için teşhiste önemlidir (Prieta vd., 1993). Etkenin biyokimyasal karakterini ortaya çıkarmak amacıyla klasik biyokimyasal metotlar kullanılabilir. Yine bu amaçla kullanılan API20 Strep, API-rapid ID32 ve API50CH gibi minitarize sistemler aynı zamanda bakterinin fenotipik karakterini ortaya çıkarmaktadır (Ravelo vd., 2001, Cagirgan, 2004). Lactococcus, L. lactis subs. lactis ile sıklıkla karıştırılabilirse de Klindamisin testi ve PZR metodu ile bu iki tür birbirinden ayrılabilmektedir (Elliot vd., 1991; Zlotkin vd., 1998). Lactococcus nin teşhisinde serolojik olarak: lam aglütinasyon testi (Kitao vd., 1982, Eldar vd., 1995) ve florasan antikor tekniği (Kawahara vd., 1987 ) kullanılmaktadır. Son yıllarda geliştirilen PCR protokolü ile dizayn edilen primer setleri yardımıyla 16S rdna sekans analizleri yapılarak L. nin spesifik tür tayini kolayca yapılabilmektedir (Zlotkin vd., 1998; Altinok, 2011). Yine son zamanlarda balıklarda bulunan birden fazla patojeni eş zamanlı olarak tespit için multipleks PCR metodu geliştirilmiştir. Bu teknik hem saf kültürlerden hem de doğal infekte balık dokusundan L. nın dışında birden fazla etkeninde aynı anda tespitine kısa sürede olanak vermektedir (Mata vd., 2004; Altinok, 2011). 1.7. Tedavi Balıklarda Streptococcus cinsi ve benzeri etkenlerden kaynaklanan infeksiyonlarda tedavi amaçlı eskiden beri antibiyotikler kullanılmaktadır. Ancak bu kimyasalların gelişigüzel kullanımı antibiyotiklere olan direnci arttırmıştır (Robinson vd., 1966; Katao vd., 1982). Bu ilaçların bazılarının in vitro şartlarda L. ye karşı etkili olmalarına rağmen, gerek balıkta ani gelişen iştahsızlık gerekse dirençli suşların oluşmasından dolayı in vivo şartlarda etkisiz oldukları gözlenmiştir (Bercovier vd., 1997). Gökkuşağı alabalıklarında ortaya çıkan Lactococcosis salgınlarında hastalığı kontrol altına almak için çoğunlukla eritromisin, oksitetrasiklin, amoksisilin ve doksasiklin kullanılmaktadır (Munday vd., 1994). Farklı coğrafik orijinli L. suşları ile yapılan çalışmalarda suşların tümünün enrofloksasin ve nitrofurantoin e duyarlı olduğu, oksolinic asit ve 7
sulfametoksazol-trimetoprim e ise dirençli olduğu gözlemlenirken eritromisin, cloramfenikol, oksitetrasiklin ve ampisilin e karşı ise sonuçların orijine göre değişken olduğu görülmüştür (Ravelo vd., 2001). Son yıllarda Türkiye de ki salgınlarda L. izolatlarının eritromisin, ofloksasin, ampisilin ve kloramfenikole karşı duyarlı, penisilin ve klindamisine karşı ise dirençli oldukları saptanmıştır (Diler vd., 2002). Kültür ortamında L. ile mücadelede bakteriyofajlar da denenmiş fajların özellikle oral yolla alındıklarında mortaliteyi düşürmede yardımcı oldukları saptanmıştır (Nakai vd., 1999). Yine son yıllarda probiyotiklerin Lactococcosis ve Streptococcosis enfeksiyonlarını lökosit sayısının arttırılması ve fagositik aktivitenin genişlemesi sayesinde engellediği gözlenmiştir (Brunt vd., 2005). 1.8. Koruma ve Kontrol Öncelikle etkenin bir çiftliğe girişini engellemek için koruyucu önlemler almak gerekir. Balığa elle müdahalenin minimuma indirilmesi, ölü ya da hasta balıkların hemen uzaklaştırılması, erken teşhis, stok yoğunluğunun düşük tutulması, alet ve ekipmanda hijyene dikkat edilmesi ve kaliteli yem kullanımı alınması gereken en önemli tedbirlerdir. Ayrıca tankların periyodik temizliği alet ve ekipmanın formaldehit, kloramin-t, hidrojen peroksit potasyum permanganat gibi dezenfektanlar ile dezenfeksiyonu etkenin yayılmasının engellenmesi için faydalıdır (De Kinkelin vd., 1991; Romalde vd., 2004). Ayrıca etkenin girişini engellemek amacıyla tesise yumurta ve yavru balık girişlerinin kontrol altına alınması ve hastalıktan arındırılmış sağlık sertifikalı yumurtaların alınması gereklidir (De Kinkelin vd., 1991; Romalde vd., 2004). Hastalık çıkışının engellenmesinde fizikokimyasal parametrelerin kontrolü çok önemlidir. Su sıcaklığının 15 C nin üzerine çıkması, amonyum konsantrasyonunun artması ve ardından oksijen doygunluğunun azalması hastalığın ortaya çıkmasını ve şiddetini arttırmaktadır (Fukuda vd., 1997; Hurvitz vd., 1997). Lactococcosisis i kontrol altına almak için duyarlı popülasyon aşılanabilir. Lactococcosis salgınları görülen yerlerden alınan L. izolatları ile inaktive aşılar geliştirilmiştir (Eldar vd., 1995; Eldar vd., 1997). İspanya da balık çiftliklerinde bu tip aşılarla yapılan denemelerde aşılanmış balıklardaki mortalitenin aşılanmamış üstelik eritromisin ile tedavi edilen balıklarda ki mortalite oranına oranla üç kat daha düşük olduğu gözlenmiştir (Prieta vd., 1993). Son yıllarda farklı mineral yağlar ile adjuvantlı 8
aşılar geliştirilmiş olup bu aşıların aşılamadan sonraki koruma süresi diğer aşılara göre daha uzun olduğu saptanmıştır ( Vendrell vd., 2004, Ghittino vd., 1999). Yine son çalışmalar mineral yağ içermeyen adjuvant aşıların aşılamadan sonra ki koruma süresini arttırdıkları gözlemlenmiştir (Ravelo vd., 2005). Günümüzde Loctococcosis salgınlarının önlenmesinde intraperitonal yol ile yağ adjuvantlı aşılamanın en etkili yöntem olduğu düşünülmektedir (Vendrell vd. 2006). Aşılamanın Lactococcosis ile mücadelede etkin bir yol olduğu düşünülse de aşılamanın başarısı konakçının türüne, uygulama yoluna ve adjuvantın tipine göre değişmektedir. Genel olarak alabalıklarda bu hastalığa karşı yapılan aşılamanın etkinliğinin düşük olduğu ve koruma sürelerinin kısıtlı (3-6 ay) olduğu bildirilmiştir (Afonso vd., 2003). 1.2. Bakteriyel Balık Hastalıklarında Moleküler ve Epidemiyolojik Yöntemler Son yıllarda moleküler biyolojideki gelişmelerle birlikte patojen balık hastalılarının tespiti ve etkenlerin epidemiyolojisine yönelik çalışmalar yaygın olarak yapılmakta ve bu sayede balık hastalıklarının önlenmesi, antibiyotik direncinin azaltılması gibi konularda önemli adımlar atılabilmektedir (Altinok ve Kurt, 2003). 1.2.1. Pulsed-Field Gel Elektroforesiz Metodu Pulsed-field gel elektroforesiz ilk kez Schwartz ve Cantor tarafından tanımlanmıştır (Schwartz vd., 1994). Bu metot genomik DNA nın kesici restriksiyon endonükleaz enzimleri kullanarak PFGE tarafından fragmentlerin ayrılması ve band örneklerinin canlandırılıp yorumlanması esasına dayanır. Geleneksel jel elektroforesiz 50 kilobaza kadar olan DNA fragmentlerini ayrıştırabilirken PFGE fragmentleri 10 megabaz büyüklüğündeki fragmentleri ayrıştırabilir (Mary Elizabeth Kaufmann). PFGE infeksiyon etkeni izolatların karşılaştırılmalarında kullanılan bir metot olup bakteri suşlarının tanımlanmasında nadiren kullanılır. Son yıllarda izolatlar arası benzerlik ya da farklılıkların tespitinde mevcut en tartışmasız ayırıcı metottur. PFGE de temel özellik bir homojen elektrik alanının çoklu elektrot ve farklı voltajlar kullanarak üretilmesidir (Chu vd., 1986 ). Bakteri yoğunluğu ve yaşı, DNA nın kalite ve konsantrasyonu, agaroz konsantrasyonu, yıkama işlemi, kesici enzimin miktarı ve özelliği, bafırın sertliği, voltaj ve pulse zamanı, ve sıcaklık gibi bir çok faktör PFGE deki görüntü kalitesini etkiler (Cooper K., 2000). PFGE metodu ile katı ve sıvı besi yerinde üretilen bakteriler yoğunlukları ayarlandıktan sonra düşük erime ısılı agaroza karıştırılıp küçük 9