Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 4. DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması. M. Somma

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 4. DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması. M. Somma"

Transkript

1 Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 4 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması M. Somma WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE BUREAU REGIONAL DE L'EUROPE WELTGESUNDHEITSORGANISATION REGIONALBÜRO FÜR E UROPA ВСЕМИРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ ЕВРОПЕЙСКОЕ РЕГИОНАЛЬНОЕ БЮРО

2 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 2 İçindekiler Bölüm 4 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması Giriş 3 Ekstraksiyon yöntemleri 4 Saflaştırma yöntemleri 4 CTAB ekstraksiyon ve pürifikasyon yöntemi 6 Spektrofotometre ile DNA miktar tayini 9 DNA nın spektrofotometrik olarak belirlenme ilkeleri 9 Nükleik asit konsantrasyonunun belirlenmesi 11 Deneysel 13 Kaynaklar 17

3 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 3 Giriş Nükleik asitlerin ekstraksiyonu ve saflaştırılması çoğu moleküler biyolojik çalışmada ve rekombinant DNA tekniklerinin tümünde ilk adımdır. Nükleik asit ekstraksiyon yöntemlerinin buradaki amacı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanarak bir GD spesifik analiz için farklı kaynaklardan nükleik asit saflaştırılmasını sağlamaktır. Nükleik asitlerin kalitesi ve saflığı PCR analizleri için en önemli faktörlerden bazılarıdır. Yüksek saflıkta, inhibisyon bulaşanlarından arındırılmış nükleik asitleri elde etmek için, uygun ekstraksiyon yöntemleri uygulanmalıdır. PCR analiz performansını inhibe eden olası bulaşanlar Tablo 1 de listelenmiştir. Örnekteki PCR inhibitorlerinin varlığından kaynaklanan yanlış (negatif) bir sonucun ortaya çıkmasını engellemek için PCR inhibisyonu test edilerek kontrollü bir deney gerçekleştirilmesi önemlidir. Bu amaçla, bir bitki-spesifik (ökaryot veya kloroplast) veya türe spesifik PCR analizi sıklıkla kullanılır. Tablo 1. PCR işleminin bazı inhibitörleri İnhibitör İnhibisyon Konsantrasyonu SDS >%0,005 Fenol >%0,2 Etanol >%1 İzopropanol >%1 Sodyum asetat >5 mm Sodyum klorit >25 mm EDTA >0,5 mm Hemoglabin >1 mg/ml Heparin >0,15 i.u./ml Üre >20 mm Reaksiyon karışımı >%15 Nükleik asitlerin ekstraksiyonu ve pürifikasyonu için çok çeşitli yöntemler vardır, en uygun tekniğin seçimi genellikle asağıdaki kriterlere bağlıdır: Hedef nükleik asit Kaynak organizma Başlangıç materyali (doku, yaprak, tohum, işlenmiş materyal vb.) İstenen sonuçlar (verim, saflık, pürifikasyon için gerekli süre) Bir sonraki uygulama (PCR, klonlama, işaretleme, blotlama, RT-PCR, cdna sentezi),vs Nükleik asitlerin ekstraksiyonu ve saflaştırılması için günümüzde en yaygın olarak kullanılan bazı yöntemlerin ilkeleri aşağıdaki bölümlerde açıklanacaktır.

4 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 4 Ekstraksiyon yöntemleri Biyolojik materyalden nükleik asitlerin ekstraksiyonu hücre parçalanması, hücre nükleazların inaktivasyonu ve nükleik asitlerin parçalanmış hücreden ayrımını gerektirir. Genellikle ideal parçalama prosedürü birtakım tekniklerin bileşiminden oluşur. Bu süreç karmaşık baslangıç materyalini (doku gibi) parçalayacak kadar sert, ancak hedef nükleik asidi koruyacak kadar da yumuşak olmalıdır. Temel parçalama prosedürü aşağıdaki yöntemlerle gerçekleştirilebilir: Mekanik parçalama (öğütme, hipotonik parçalama gibi) Kimyasal uygulama (deterjanlarla parçalama, tıol ile redükleme, kaotropik katkı madeleri,vs gibi) Enzimatik parçalama (Proteinaz K gibi) Hücre içi nükleazların inaktivasyonu ve hücre membranının parçalanması işlemleri birleştirilebilir. Örneğin, tek bir çözelti hücre membranını parçalamak için deterjanlar, hücre içi enzimleri inaktive etmek için de güçlü kaotropik tuzlar içerebilir. Hücre lizizi ve nükleaz inaktivasyonundan sonra hücre içi diğer faktörlerin uzaklaştırılması filtrasyon veya presipitasyon(çökeltme) gibi işlemlerle kolayca yapılabilir. Saflaştırma yöntemleri Hücre ekstraktlarından nükleik asitlerin saflaştırılması yöntemleri genellikle aşağıdaki tekniklerden iki veya daha fazlasının birlikte kullanımını gerektirir: Ekstraksiyon / presipitasyon Kromatografi Santrifügasyon Afinite kolon ayrımı Bu tekniklerin kısa açıklamaları takip eden paragraflarda verilecektir (Zimmermann ve ark., 1998). Ekstraksiyon / Presipitasyon Çözücü ekstraksiyonu nükleik asitlerden kontaminantları uzaklaştırmak için sıklıkla kullanılır. Örneğin, fenol ve kloroform kombinasyonu proteinleri uzaklaştırmak için, izopropanol ve etanol ile presipitasyon genellikle nükleik asitleri konsantre etmek için kullanılır. Hedef nükleik asitlerin miktarı düşük olduğunda, presipitasyonun etkisini artırmak için karışıma bir inert taşıyıcı (glikojen gibi) ilave edilebilir. Nükleik asitlerin diğer presipitasyon yöntemleri yüksek konsantrasyonlu tuz (salting out) kullanılarak

5 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 5 yapılan seçici presipitasyon ve ph daki değişiklikler kullanılarak yapılan protein presipitasyonunu içerir. Kromatografi Kromatografi yöntemleri jel filtrasyonu, iyon değişimi, seçici adsorpsiyon veya affinite ile bağlanma gibi farklı ayrıştırma tekniklerinden oluşabilir. Jel filtrasyonu, jel partikülleri porlarının moleküler eleme özelliği ile işler. Belirli por çapına sahip bir matriks daha küçük moleküllerin difüzyon yolu ile porlara girişine izin verir, daha büyük moleküller porlar tarafından içeri alınmaz ve boş hacimle ayrıştırılılar. Böylece moleküller molekül büyüklüğü azalışına bağlı olarak sırayla elüye edilir. İyon değişimi kromatografisinde, bir hedef molekül ve kolon matrisindeki fonksiyonel gruplar arasındaki elektrostatik interaksiyondan yararlanılır. Nükleik asitler (yüksek negatif yüklü, lineer polianyonlar) iyon değişimi kolonundan basit tuz tamponları ile ayrıştırılır. Adsorpsiyon kromatografisinde, nükleik asitler diğer biyolojik moleküllerin aksine, belirli tuzlar varlığında (örn. kaotropik tuzlar vb.) seçici olarak silika veya cam yüzeyler üzerine tutunur. Daha sonra düşük konsantrasyonlu bir tuz tamponu veya su ile nükleik asitleri, bir sonraki uygulamada direkt olarak kullanabilen bir örnek oluşturacak biçimde, ayrıştırmak mümkündür. Santrifügasyon Seçici santrifüj güçlü bir saflaştırma yöntemidir. Örneğin yüksek g-gücünde kendi kendine oluşan CsCl gradientlerdeki ultrasantrifügasyon, plazmit saflaştıması için uzun süredir kullanılmaktadır. Genellikle, santrifüj bir başka yöntemle kombine edilerek kullanılır. DNA ve RNA yi daha küçük kontaminantlardan (tuzlar, nükleotidler, vb) tampon degişimi veya büyüklük tespiti amacıyla saflaştırmak için jel filtrasyonla santrifügasyonu birleştiren spin kolon kromatografisi buna bir örnektir. Bazı prosedürler, kromatografik bir matriks ( bknz. Bir üst paragraf) üzerindeki selektif adsorpsiyon ile santrifugal elüsyonu bir nükleik asit çeşidinin seçici saflaştırılmasi için kombine eder. Afinite kolon ayrımı Son yıllarda bir çok saflaştırma yöntemi nükleik asitlerin afinite immobilizasyonunu manyetik ayrıştırmayla birleştirmiştir. Örneğin, poly(a)+mrna, biyotin işaretli oligo(dt) ile streptavidin kaplı manyetik partiküllere bağlanabilir. Bu bağlanmış partiküller solusyondan ve bağlanmamış kontaminantlatdan bir mıknatıs yardımı ile ayrıştırabilir. Bu katı faz tekniği, santrifugasyon, organik ekstrasyon ve faz

6 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 6 ayrıştırmanın bazı aşamalarını basit, hızlı bir manyetik ayrıştırma ile yaptığı için nükleik asit saflaştırma olayını basitleştirir. CTAB ekstraksiyon ve pürifikasyon yöntemi İlk kez Murray ve Thompson tarafından 1980 de geliştirilen CTAB (Cetyltrimethylammonium bromide) protokolü Wagner ve arkadaşları tarafından 1987 de yayınlanmıştır (Wagner ve ark., 1987). Bu yöntem bitki ve bitki kaynaklı gıda maddelerinden DNA ekstraksiyonu ve pürifikasyonu için kullanılır. Yöntem özellikle polisakkaritlerin ve polifenolik bileşenlerin elimine edilmesine uygundur; diğer bir deyişle saf DNA eldesi ve dolayısıyla da DNA kalitesinde etkilidir. Bu prosedür bitki moleküler genetiğinde yaygın bir biçimde kullanılmakadır ve GDO ların saptanabilmesi için yapılan validasyon denemelerinde test edilmiştir (Lipp ve ark., 1999; 2001). Birkaç değişiklik tekniğin birçok ham ve işlenmiş gıda matriksinde kullanılabilmesi için geliştirilmiştir (Hupfer ve ark., 1998; Hotzel ve ark., 1999; Meyer ve ark., 1997; Poms ve ark., 2001). CTAB yönteminin ilkeleri: Liziz, ekstraksiyon ve presipitasyon Bitki hücreleri, az tuzlu bir ortamda nükleik asitlerle birlikte çözünmez bir kompleks oluşturan, iyonik bir deterjan olan CTAB ile lize olabilir. Bu koşullarda, polisakkaritler, fenolik bileşenler ve diğer kontaminantlar süpernatantta kalır ve ortamdan yıkama ile uzaklaştırılabilir. DNA kompleksi tuz konsantrasyonu arttırılarak çözünülür ve etanol ve izopraponal ile presipite edilir. Bu bölümde, bu üç temel aşamanın ilkeleri, hücre duvarı lizizi, genomik DNA ekstraksiyonu ve presipitasyonu açıklanacaktır. Hücre duvarı lizizi: Daha önce açıklandığı gibi, DNA ekstraksiyonunun ilk aşaması hücre ve çekirdek duvarlarının parçalanmasıdır. Bu amaçla, homojenize örnek ilk aşamada EDTA Tris/HCl ve CTAB içeren ekstraksiyon tamponu ile muamele edilir. Bütün biyolojik membranlar kovalent olmayan bağlarla birbirine bağlı lipit ve protein moleküllerinden oluşan temel bir yapıya sahiptir.

7 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 7 Şekil 1. Hücre membranlarının basit gösterimi (Şekil 1, 2, 3 Genetic Science Learning Center, University of Utah Şekil 1 de gösterildiği gibi, lipit molekülleri, içinde protein moleküllerinin bulunduğu, süreklilik gösteren bir çift tabaka biçiminde dizilmiştir. Lipit molekülleri baş olarak isimlendirilen hidrofilik uçlar ve kuyruk olarak isimlendirilen hidrofobik uçlardan oluşur. CTAB yönteminde membran lizizi, ekstraksiyon tamponu içinde bulunan bir deterjan (CTAB) ile yapılır. Lipitler ve deterjan benzer kompozisyonlara sahip olduğu icin, ekstraksiyon tamponunun CTAB bileşeni hücre ve çekirdek membranını oluşturan lipitleri tutma özelliğine sahiptir. Bir deterjan kullanılarak çözünen lipitlerin mekanizmasi Şekil 2 de gösterilmektedir. Şekil 2. Lipit çözünmesi Şekil 3, hücre membranının CTAB ekstrasyon tamponuna maruz kaldığında deterjanın genomik DNA yı çıkararak lipitleri ve proteinleri nasıl yakaladığını göstermektedir. Spesifik bir tuz (NaCl) konsantrasyonunda, deterjan nükleik asitlerle çözünmez bir kompleks oluşturur. EDTA magnezyum dahil farklı metallere bağlanabilen kelatlayıcı bir bileşendir. Magnezyum DNAaz enziminin kofaktörüdür. Mg ve EDTA bağlanması ile, varolan DNAaz ın aktivitesi azalır. Tris/HCl ph yı tamponlama kapasitesine sahip bir çözeltidir (düşük veya yüksek ph DNA ya zarar verir). Nükleik asitler saflaştırmanın bu aşamasında kolayca degrade olabildiği için örneğin homojenizasyonu ve CTAB tampon çözeltisinin eklenmesi arasındaki zamanın en aza indirilmesi önemli bir noktadır. Hücre ve organel membranları

8 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 8 (mitokondri ve kloroplast gibi) parçalandıktan sonra DNA pürifikasyonu gerçekleştirilir. Şekil 3. Hücre membranının parçalanması ve genomik DNA nın ekstrasyonu Ekstraksiyon: Bu aşamada polisakkaritler, fenolik bileşikler, proteinler ve sıvı çözeltide bulunan diğer hücre lizatları, CTAB nükleik asit kompleksinden ayrılır. Çok sayıda enzimatik reaksiyonu inhibe etme yetenekleri nedeniyle fenolik bileşiklerin olduğu gibi polisakkaritlerin de yok edilmesi özelikle önemlidir. Düşük tuz konsantrasyonlarında ( 0,5 M NaCl), nükleik asit kompleksi kontaminantları çökmez ve solüsyonun klorofomr ile ekstraksiyonu sırasında uzaklaştırlıbailir. Kloroform proteinleri denatüre eder ve sıvı ile organik fazların ayrılmasını kolaylaştırır. Normal olarak, sıvı faz formu üstteki fazdır. Ancak, sıvı faz tuz konsantrasyonu nedeniyle yoğun ise alt fazı oluşturacaktır. Buna ek olarak, sıvı çözeltinin ph sı 7,8-8,0 değerlerine yeteri kadar denkleştirilmemiş ise nükleik asitler organik faza dağılacaktır. Gerektiğinde sıvı fazdaki kirleticileri tamamen ortadan kaldırabilmek için kloroform ekstraksiyonu iki veya üç kez uygulanır. Nükleik asitleri en iyi şekilde geri kazanabilmek için organik faz geri özütlenerek bir önceki ekstrakta eklenebilir. Nükleik asit kompleksi bir kez saflaştırıldığında, prosedürün son aşaması olan presipitasyon gerçekleştirilebilir. Presipitasyon: Son aşamada, nükleik asitler deterjandan ayrılır. Bu amaçla, ilk olarak sıvı solusyon yüksek konsantrasyonlu NaCl ( 0,8 M NaCl) ve CTAB karışımından oluşan bir presipitasyon çözeltisi ile muamele edilir. Tuz nükleik asit presipitatı oluşumu için gereklidir. Sodyum asetat tamponlama kapasitesi nedeniyle NaCl yerine tercih edilebilir. Bu koşullar altında, alkol içerisinde suda olduğundan daha çözünür olan deterjanlar, nükleik asitler presipite olurken yıkanıp atılabilirler. Takip eden %70 alkol ile muamele, nükleik asitlerin geri kalan tuzdan arındırılarak ek bir saflaştırma yapılmasını sağlar.

9 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 9 Spektrofotometre ile DNA miktar tayini DNA, RNA, oligonükleotidler ve hatta mononükleotidler seyreltilmiş veya seyreltilmemiş sıvı solusyonlar içinde, ultraviyole ışığı altında (aynı zamanda görünür dalga boylarında) sahip oldukları absorbsiyon A (optik yoğunluk, OD) üzerinden direkt olarak ölçülebilir. Örnek saf olduğunda (örneğin proteinler, fenol veya agaroz gibi kontaminantlar çok düşük miktarlda mevcut yahut yoksa) nükleotid bazları tarafından absorbe olan ultraviyole radasyonun miktarı spektrofotometrik olarak basit ve doğru biçimde ölçülebilir. Bu yöntem için, düşük iyon konsantrasyonlu sıvı tamponlar (örneğin TE tamponu) idealdir. Nüklek asitlerin konsantrasyonu genellikle bir köre (boş örnek) karşı 260 nm de A ölçülerek belirlenir. Kontaminantların varlığı, oran hesaplaması ile ayırt edilebilir. Proteinler 280 nm de absorbladığı için A 260 /A 280 oranı nükleik asitin saflığını hesaplamak için kullanılır. Saf DNA yaklaşık 1,8, saf RNA ise yaklaşık 2,0 değerini vermelidir. 230 nm de görülen absorpsiyon, örneğin karbonhidratlar, peptitler, fenoller veya aromatik bileşenler gibi maddelerle kontaminasyonu gösterir. Saf örneklerde A 260 /A 230 oranı yaklaşık 2,2 olmalıdır. Alternatif bir yöntem olan etidiyum bromidli agaroz yöntemi, nükleik asitlerin düşük miktarlarda mevcut olduğu durumlarda kullanışlıdır. Nükleik asit miktarı, bir seri konsantrasyon standardıyla karşılaştırılarak, UV ışığına maruz bırakıldığında etidiyum bromid tarafindan ışınan floresanın yoğunluğundan hesaplanabilir. DNA nın spektrofotometrik olarak belirlenme ilkeleri Spektrofotometrik ölçümde, bir çözeltideki çözüntü konsantrasyonunu belirlemek için ışığın çözeltide iletilme oranını kullanır. Cihaz, belirli bir dalga boyunda bir ışık hüzmesinin bir örnekten geçtiği ve iletilen ışık enerjisi miktarının örneğin diğer tarafında bir fotosel ile ölçüldüğü basit bir ilkeyle çalışır. Şekil 4 te gösterildiği gibi tek ışık yolu olan bir spektrometre, ışık kaynağı, prizma, örnek kuyucuğu ve fotoselden oluşur. Bunların her birine aydınlatma yoğunluğunu ve dalga boyunu kontrol etmek ve fotoseldeki enerjiyi voltaj dalgalanmasına dönüştürmek için uygun elektrik ya da mekanik sistemler bağlanmıştır. Oluşan voltaj dalgalanması daha sonra metre ölçeğinde görüntülenir veya daha sonraki incelemeler için bir bilgisayara kaydedilir.

10 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 10 Şekil 4. Işık iletimi şeması Bütün moleküller ışık enerjisini belirli bir dalga boyunda emerler. Böylece bir çözelti içindeki çözüntünün konsantrasyonunu bulmak olasıdır. Beer-Lambert kuralına göre absorsiyon (emilim, soğurma) A (optik yoğunluk, OD olarak da adlandırılır) ile makro molekülün konsantrasyonu (c) arasında aşağıdaki denklemde verilen doğrusal bir ilişki vardır: A=OD= ε.i.c ε molar sönüm katsayısı (molar extinction coefficient), c konsantrasyon ve l küvetin ışık yolu uzunluğudur. Proteinler ve nükleik asitler, ultraviyole alanda ışığı 210 ve 300 nm arasında emerler. Daha önce açıklandığı gibi DNA ve RNA çözeltilerinin maksimum emilimi 260 nm de, protein çözeltilerinin ise 280 nm de olmaktadır. DNA ve RNA çözeltileri ışığı kısmen 280 nm de ve protein çözeltileri 260 nm de soğurduğundan 260 ve 280 nm (A 260 /A 280 ) ölçüm aralığındaki bir oran, nukleik asitlerin saflık değerini verir. DNA ve RNA yaklaşık olarak 1,8 ve 2,0 değerlerinde A 260 /A 280 e sahiptir. 10 mm lik bir ışık yolu ve 260 nm lik bir dalga boyu için A=1 absorpsiyon, yaklaşık 50 µg/ml dsdna, 37 µg/ml ssdna, 40 µg/ml RNA veya 30 µg/ml oligonükleotidlere denk gelmektedir. Eğer proteinden kaynaklanan bir kontaminasyon varsa A 260 /A 280 yukarıda verilen değerlerden daha az olacaktır ve nükleik asit miktarının doğru ölçümü mümkün olmayacaktır. Burada, DNA çözeltilerinde RNA dan kaynaklanan kirlenmelerin spektrofometre ile sağlıklı bir şekilde tespit edilemeyeceğinin altını çizmek gerekir. 325 nm de A ölçümü, çözeltideki çöküntü varlığını ya da küvetin kirli olduğunu göstermede kullanılır.

11 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 11 Nükleik asit konsantrasyonunun belirlenmesi Küvet seçimi: Absorbans (A) ölçümü için kullanılan nükleik asit miktarı küvet kapasitesine bağlıdır. Örnek konsantrasyonuna, seyreltme faktörüne ve mevcut örnek hacmine bağlı olarak uygun bir küvet, seçilmelidir. GDO saptaması için kullanılan birçok prosedürde elde edilen genomik DNA nın hacmi 50 ile 100 µl arasındadır. Düşük hacimli nükleik asitlerin spektroskopik ölçümü için 5 ile 70 µl kapasitede, mikro hacimli küvet çeşitleri kullanılır. Kurulum : Spektrofotometrenin kalibrasyonu şu nedenlerle önemlidir : Doğru ışık yolu uzunluğunu ayarlamak, dsdna, ssdna veya RNA için doğru faktörü belirlemek, Su ya da bir tampon solüsyonundan (A 260 =0) oluşan boş bir solüsyonu ölçmek (kör), Kurulum referansını belirli aralıklarla yenilemek, Kurulum referansının güvenilirliliğini kontrol etmek için saf nükleik asitten belirli bir miktar ölçmek Bilinmeyen örneklerin ölçümü : Kullanılan küvetin kapasitesine bağlı olarak belirli miktarda DNA çözeltisi konsantrasyon değerlendirmesi için kullanılır (örneğin 0,2 ml nin altında kapasitesi olan bir küvet için 5 µl DNA 195 µl su ile seyreltilir). Spektrofotometre ayarlandıktan ve nükleik asit çözeltisi eklendikten sonra küvetin kapağı kapatılır, çözelti karıştırılır ve absorbans ölçülür. Pipetten kaynaklanan hataları aza indirmek için ölçüm en az iki kere tekrarlanmalı ve her zaman en az 5 µl DNA çözeltisi kullanılmalıdır. 0,02 den az veya 1 ile 1,5 (kullanılan cihaza bağlı olarak) arasındaki A 260 ölçümleri, yüksek hata payı olasılığı nedeniyle tavsiye edilmemektedir. Bir çözeltide bulunan belirli bir nükleik asitin c konsantrasyonu A 260 ın 260 nm de ölçülen absorbans olduğu düşünülerek aşağıdaki denklemler kullanılarak hesaplanır. Tek zincirli DNA c(pmol/µl) = A 260 /0,027 Çift zincirli DNA c(pmol/µl) = A 260 /0,020 Tek zincirli RNA c(pmol/µl) = A 260 /0,025 Oligonükleotid c(pmol/µl) = A /1,5N A +0,71N C +1,20N G +0,84N T

12 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 12 Referans DNA nın, 50 µg/ml icin A 260 =1 olduğu dsdna olduğu düşünülerek, 10 mm duvar kalınlığı olan bir küvette 1x TNE tamponunda çözülmüş saf calf thymus DNA nın absorbans ölçümleri Tablo 2 de örneklenmiştir. DNA konsantrasyonu 25 µg/ml dir. Tablo 2. 1x TNE tamponundaki çok saf calf thymus DNA nın absorbans ölçümleri Dalga boyu Absorbans A 260 /A 280 c (µg/ml) 325 0, , ,56 2, ,30 - -

13 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 13 Deneysel Ekipman NOT Ekipmanların tamamı kullanımdan önce sterilize edilmeli ve herhangi bir olası DNA kalıntısı uzaklaştırılmalıdır. Kontaminasyondan kaçınmak için, aerosoldan korunmuş filtreli pipet uçları kullanılmalıdır. Steril bir jilet, veya bir havan gibi, örneğin boyutlarını küçültmede kullanılacak aletler Su banyosu veya ısıtıcı blok Mikrosantrifüj Mikropipetler Vorteks karıştırıcı 1,5 ml mikrosantrifüj tüpleri Tartım kapları veya eşdeğeri Spatüller Terazi (0.01 g tartabilen) Looplar Mikrosantrifüj tüpleri için taşıyıcı raf Opsiyonel : DNA peletlerini kurutmak için vakum desikatör Çözeltiler NOT Kimyasalların tümü moleküler biyolojide kullanılabilir saflıkta olmalıdır. Deiyonize su ve tamponlar kullanımdan önce otoklavlanmalıdır. Ayrıca, hiçbir kimyasal, DNA ve DNaz içermemelidir. Cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) CAS Kloroform İsopropanol Na 2 EDTA CAS

14 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 14 Etanol NaCl Proteinaz K RNaz A Tris(hydroxymethyl) aminomethane hydrochloride (Tris-HCl) Steril deiyonize su CTAB tampon çözeltisi 20 g/l CTAB 4 g 1,4 M NaCl 16,4 g 0,1 M Tris HCl 3,15 g 20 mm Na 2 EDTA 1,5 g 100 ml deiyonize suya eklenir. 1 M NaOH ile ph 8 e ayarlanır. Deiyonize su ile 200 ml ye tamamlanır ve otoklavlanır. 4 C de maksimum 6 ay depolanır. CTAB presipitasyon çözeltisi 5 g/l CTAB 1 g 0,04 M NaCl 0,5 g Deiyonize su ile 100 ml ye tamamlanır. Çözeltinin ph sı 1 M NaOH ile 8 e ayarlanır. Deiyonize su ile 200 ml ye tamamlanır ve otoklavlanır. Çözelti 4 C de maksimum 6 ay saklanır. 1,2 M NaCl 7 g NaCl deiyonize suda çözülerek 100 ml ye tamamlanır. Otoklavlanır ve oda sıcaklığında saklanır. %70 (v/v) Etanol çözeltisi 70 ml saf etanol 30 ml steril deiyonize su ile karıştırılır.

15 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 15 RNAaz A 10 mg/ml -20 C de saklanır. Proteinaz K 20 mg/ml -20 C de saklanır. Prosedür Bu prosedür steril koşullar gerektirir. Kontaminasyon, örnek hazırlama sırasında tek kullanımlık ekipman ve dekontaminasyon çözeltileri kullanılarak ve toz oluşturmaktan kaçınılarak engellenebilir. Homojenize örnekten 100 mg steril bir 1,5 ml lik mikrosantrifüj tüpe aktarılır. 300 µl steril deiyonize su eklenir, bir loop ile karıştırılır. 500 µl CTAB-tampon çözeltisi eklenir, bir loop ile karıştırılır. 20 µl Proteinaz K (20 mg/ml) eklenir, sallayıcı karıştırıcıda 65 C dakika inkübe edilir. 20 µl RNaz A (10 mg/ml) eklenir, sallayıcı karıştırıcıda 5-10 dakika inkübe edilir. Yaklaşık 16000x g de 10 dakika santrifüjlenir. Süpernatant 500 µl kloroform içeren bir mikro santrifüj tüpüne eklenir, 30 saniye karıştırılır. Faz ayrılana kadar 16000x g de 10 dakika santrifüjlenir. Üst tabakanın 500 µl si, 500 µl kloroform içeren yeni bir mikro santrifüj tüpüne aktarılır ve karıştırılır x g de 5 dakika santrifüjlenir. Üst tabaka yeni bir mikro santrifüj tüpüne aktarılır. 2 hacim (çektiğimiz üst tabaka çözeltinin 2 katı) CTAB presipitasyon çözeltisi eklenir, pipet ile karıştırılır. 60 dakika oda sıcaklığında inkübe edilir x g de 5 dakika santrifüjlenir. Süpernatant atılır. Pelet 350 µl NaCI (1,2 M) de çözündürülür. 350 µl kloroform eklenir ve 30 saniye çalkalanır. Faz ayrılana kadar 16000x g de 10 dakika santrifüjlenir. Üst tabaka yeni bir mikro santrifüj tüpüne aktarılır. 0,6 hacim izopropanol eklenir ve çalkalanır x g de 10 dakika santrifüjlenir. Süpernatant atılır. %70 lik Etanol çözeltisinden 500 µl eklenir ve dikkatlice karıştırılır.

16 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması x g de 10 dakika santrifüjlenir. Süpernatant atılır. Pelet kurutulur ve 100 µl steril deiyonize suda DNA tekrar çözündürülür. DNA çözeltisi buzdolabında maksimum iki hafta, veya dondurucuda -20 C de daha uzun bir süre saklanabilir.

17 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 17 Kaynaklar Hotzel, H., Müller, W. and Sachse, K. (1999). Recovery and characterization of residual DNA from beer as a prerequisite for the detection of genetically modified ingredients. European Food Research Technology 209, Hupfer, C., Hotzel, H., Sachse, K. and Engel, K.H. (1998). Detection of the genetic modification in heat-treated products of Bt maize by polymerase chain reaction. Zeitschrift für Lebensmittel-Untersuchung und -Forschung A 206, Lipp, M., Bluth, A., Eyquem, F., Kruse, L., Schimmel, H., Van den Eede, G. and Anklam, E. (2001). Validation of a method based on polymerase chain reaction for the detection of genetically modified organisms in various processed foodstuffs. European Food Research Technology 212, Lipp, M., Brodmann, P., Pietsch, K., Pauwels, J. and Anklam, E. (1999). IUPAC collaborative trial study of a method to detect genetically modified soy beans and maize in dried powder. Journal of AOAC International 82, Meyer, R. and Jaccaud, E. (1997). Detection of genetically modified soya in processed food products: development and validation of PCR assay for the specific detection of glyphosate-tolerant soybeans. In Amadò, R. Battaglia (Eds.). Proceedings of the ninth European conference on food chemistry (Vol. 1). Authenticity and adulteration of food-the analytical approach September Interlaken 1, ISBN: Murray, M.G. and Thompson, W.F. (1980). Rapid isolation of high molecular weight plant DNA. Nucleic Acids Research 8, Poms, R.E., Glössl, J. and Foissy, H. (2001). Increased sensitivity for detection of specific target DNA in milk by concentration in milk fat. European Food Research Technology 213, Wagner, D.B., Furnier, G.R., Saghay-Maroof, M.A., Williams, S.M., Dancik, B.P. and Allard, R.W. (1987). Chloroplast DNA polymorphisms in lodgepole and jack pines

18 DNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması 18 and their hybrids. Proceedings of the National Academy of Science USA 84, Zimmermann, A., Lüthy, J. and Pauli, U. (1998). Quantitative and qualitative evaluation of nine different extraction methods for nucleic acids on soya bean food samples. Zeitschrift für Lebensmittel-Untersuchung und -Forschung A 207,

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 3. Kurs Sırasında Kullanılan Örnekler. M. Querci, N. Foti

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 3. Kurs Sırasında Kullanılan Örnekler. M. Querci, N. Foti Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 3 Kurs Sırasında Kullanılan Örnekler M. Querci, N. Foti WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION MONDIALE DE

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100

Detaylı

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Çalışma Programı Örneği (Bir Haftalık Kurs) M. Querci WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE

Detaylı

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 IVD In vitro tanı amaçlı insan plazma ve serum örneklerinden viral nükleik asit izolasyon ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan dokusu ve parafine gömülü doku örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 5. Agaroz Jel Elektroforezi. M. Somma, M. Querci

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 5. Agaroz Jel Elektroforezi. M. Somma, M. Querci Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 5 Agaroz Jel Elektroforezi M. Somma, M. Querci WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE

Detaylı

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar. DNA Đzolasyonu Saflaştırılmak istenen DNA ya genomik DNA dır ya da genomik olmayan mtdna, chldna, plasmit DNAsıdır.DNA izolasyon kitleri, genomik ve genomik olmayan DNA izole etmemizi sağlayan standartlaştırılmış

Detaylı

MAIA Pesticide MultiTest

MAIA Pesticide MultiTest MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 2. El Kitabının Sunumu, Çalışma Yöntemleri ve Kurs Bilgileri. M.

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 2. El Kitabının Sunumu, Çalışma Yöntemleri ve Kurs Bilgileri. M. Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 2 El Kitabının Sunumu, Çalışma Yöntemleri ve Kurs Bilgileri M.Querci WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

Protein Ekstraksiyonu

Protein Ekstraksiyonu Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti

RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-10 IVD In vitro tanı amaçlı insan serum veya plazma (EDTA) örneklerinden viral DNA ve RNA izolasyon ve saflaştırılması amacıyla

Detaylı

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar AMAÇ: - Moleküler Biyoloji laboratuvarında kullanılan çözeltileri ve hazırlanışlarını öğrenmek. - Biyolojik tamponların kullanım amaçlarını,

Detaylı

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8) KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI

NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI Dr. Zafer KÜÇÜKODACI GATA HEH Patoloji Servisi 22. ULUSAL PATOLOJİ KONGRESİ 7 Kasım 2012 Manavgat DNA ve RNA NIN KANTİTASYONU Spektrofotometrik ölçüm Floresans teknik

Detaylı

Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz

Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi Prof. Dr. Müjgan Cengiz Canlı Hücrelerdeki Moleküllerin İzlenmesi Mikroskopla inceleme hücrede belli düzeyde

Detaylı

DNA ve RNA İzolasyonu. Dr Gülnur Güler

DNA ve RNA İzolasyonu. Dr Gülnur Güler DNA ve RNA İzolasyonu Dr Gülnur Güler DNA genetik bilgi deposu özellikle inaktif DNA nükleusda çok sıkı paketli çevresel, kimyasal ve fiziksel zararlı etkenlere dayanıklı Bu nedenlerle taze, dondurulmuş,

Detaylı

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 8. El Kitabında tanımlanan Nitel PCR ın Özellikleri. M. Querci, M.

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 8. El Kitabında tanımlanan Nitel PCR ın Özellikleri. M. Querci, M. Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 8 El Kitabında tanımlanan Nitel PCR ın Özellikleri M. Querci, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION

Detaylı

SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması)

SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması) SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması) Gerek hayvansal yağlar gerekse bitkisel (nebati) yağlar, yağ asitlerinin gliserin (gliserol) ile oluşturdukları oldukça kompleks esterlerdir. Bu

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ

ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ YÖNTEM YÖNTEMİN ESASI VE PRENSİBİ Fenolik maddeler uçucu özellik göstermeyen safsızlıklardan distilasyon işlemiyle ayrılır ve ph 7.9 ± 0.1 de potasyum ferriksiyanür

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 9. Hafta (11.04.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 9. Hafta (11.04. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 9. Hafta (11.04.2014) 1 9. Haftanın Ders İçeriği Beer-Lambert Kanunu Spektrofotometre 2 Beer-Lambert

Detaylı

DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI. Genel Bilgi

DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI. Genel Bilgi DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI Genel Bilgi 1. Çözelti İki ya da daha fazla maddenin herhangi bir oranda bir araya gelerek oluşturdukları homojen karışıma çözelti denir. Diğer bir deyişle, bir maddenin

Detaylı

TOPLAM NĐŞASTA-05 AACC Metodu (76-13)

TOPLAM NĐŞASTA-05 AACC Metodu (76-13) 1 GĐRĐŞ Nişasta α-d-glukoz birimlerinin polimerleşmesiyle oluşan polisakkaritir. Nişasta bitkilerin enerji deposu olup bitkilerin tohum, kök, yumru, gövde, meyve ve/veya yapraklarında bulunabilmektedir.

Detaylı

0,5 ml numuneden manüel DNA pürifikasyonu için laboratuar protokolü

0,5 ml numuneden manüel DNA pürifikasyonu için laboratuar protokolü 0,5 ml numuneden manüel DNA pürifikasyonu için laboratuar protokolü Oragene ve ORAcollect ailesi toplama kitleriyle toplanan genomik DNA nın pürifikasyonu için. Diğer dillerdeki sürümleri ve diğer protokoller

Detaylı

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü

Detaylı

GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ UYGULAMA DERSİ NO:5 Enzim Analizleri

GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ UYGULAMA DERSİ NO:5 Enzim Analizleri 1. Enzimler GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ UYGULAMA DERSİ NO:5 Enzim Analizleri Enzimler, hücreler ve organizmalardaki reaksiyonları katalizleyen ve kontrol eden protein yapısındaki bileşiklerdir. Reaksiyon hızını

Detaylı

-1- Biüret Yöntemi. ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR Mikro pipet (1000 µl) Makro küvet (3 ml) 1 Vorteks Analitik terazi Spektrofotometre (540 nm)

-1- Biüret Yöntemi. ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR Mikro pipet (1000 µl) Makro küvet (3 ml) 1 Vorteks Analitik terazi Spektrofotometre (540 nm) 1 GĐRĐŞ Protein tayin kiti takip edilerek hazırlanmıştır. Protein tayin kiti kullanılarak örneklerde hızlı, güvenilir ve kolay bir şekilde protein miktarı saptanabilmektedir. Protein tayin kitinde gerçekleştirilen

Detaylı

BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ. Doç. Dr. Nurettin YÖREK

BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ. Doç. Dr. Nurettin YÖREK BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ Doç. Dr. Nurettin YÖREK DNA ile çalıģırken göz önünde bulundurmanız gereken temel özellikler: DNA basit bir moleküldür. Gerçekten! Sadece A, T, C ve G nükleotidlerini

Detaylı

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.2014) 1 6. Haftanın Ders İçeriği DNA izolasyonu DNA hakkında 2 DNA İzolasyonu

Detaylı

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER: Kromotografi ve Spektrofotometri

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER: Kromotografi ve Spektrofotometri 17.12.2014/Çarşamba Laboratuvar 10 KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER: Kromotografi ve Spektrofotometri AMAÇ: Moleküler biyolojide kullanılan temel tekniklerler olan kromotografi ve spektrofotometrinin

Detaylı

KROMATOGRAFİ. Bir parça kağıt şeridin aşağı hizasından 1 cm kadar yukarısına bir damla siyah mürekkep damlatınız.

KROMATOGRAFİ. Bir parça kağıt şeridin aşağı hizasından 1 cm kadar yukarısına bir damla siyah mürekkep damlatınız. KROMATOGRAFİ Kromatografi, bir karışımda bulunan maddelerin, biri sabit diğeri hareketli faz olmak üzere birbirleriyle karışmayan iki fazlı bir sistemde ayrılması ve saflaştırılması yöntemidir. KROMATOGRAFİ

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

Ayrıştırma ve Saflaştırma

Ayrıştırma ve Saflaştırma Ayrıştırma ve Saflaştırma Ayrıştırma Saflaştırma nin Sınıflandırılması Yöntemin temeli boyut kütle ve yoğunluk kompleks durumu fiziksel durum (faz) değişimi kimyasal durum değişimi fazlar arasında dağılım

Detaylı

Gıda Analizlerinde Toksik Madde Tayini LC-GC Aplikasyonu Tanım:

Gıda Analizlerinde Toksik Madde Tayini LC-GC Aplikasyonu Tanım: Gıda Analizlerinde Toksik Madde Tayini LC-GC Aplikasyonu Tanım: İşlem görmüş gıda matrislerinde LC-MS/MS ve GC-MS ile Yüksek dozda toksik madde kalıntısı teşhis ve miktarlandırma analizleri için geliştirilmiş

Detaylı

A- LABORATUAR MALZEMELERİ

A- LABORATUAR MALZEMELERİ 1- Cam Aktarma ve Ölçüm Kapları: DENEY 1 A- LABORATUAR MALZEMELERİ 2- Porselen Malzemeler 3- Metal Malzemeler B- KARIŞIMLAR - BİLEŞİKLER Nitel Gözlemler, Faz Ayırımları, Isısal Bozunma AMAÇ: Karışım ve

Detaylı

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER Doç. Dr. Gülsen YILMAZ 2009 BAŞLIKLAR 1 Tanım ve Prensip 22 Santrifüj teknikleri 33 Santrifüj tipleri 44 Santrifüj kullanım alanları Laboratuvarı ilgilendiren Süreç

Detaylı

BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI

BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Derim Dergisi, 2008, 25(1):59-69 ISSN 1300-3496 BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI Özhan ŞİMŞEK 1 Fırat Ege KARAAT

Detaylı

ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR. Mikro pipet (1000 µl) Ependorf tüpü (1.5 ml) Cam tüp (16X100 mm)

ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR. Mikro pipet (1000 µl) Ependorf tüpü (1.5 ml) Cam tüp (16X100 mm) 1 GĐRĐŞ Toplam lipid tayininde sülfo-fosfo-vanillin reaksiyonu takip edilmekte olup hızlı güvenilir ve kolay bir yöntem olduğu için tercih edilmiştir. Serum içerisindeki toplam lipid miktarının kantitatif

Detaylı

Meyve Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamaları

Meyve Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamaları Meyve Suyu Üretiminde Ozmotik Destilasyon ve Membran Destilasyon Uygulamaları Çok aşamalı vakum evaporasyon düzenekleri flavor kaybı ( pişmiş tat) renk bozulmaları besin öğeleri kaybı DONDURARAK KONSANTRASYON

Detaylı

Spektroskopi ve Spektrofotometri. Yrd. Doç. Dr. Bekir Engin Eser Zirve University EBN Medical School Department of Biochemistry

Spektroskopi ve Spektrofotometri. Yrd. Doç. Dr. Bekir Engin Eser Zirve University EBN Medical School Department of Biochemistry Spektroskopi ve Spektrofotometri Yrd. Doç. Dr. Bekir Engin Eser Zirve University EBN Medical School Department of Biochemistry Spektroskopi Nedir? Maddeyle ışığın (elektromagneek radyasyon) etkileşimini

Detaylı

KROMATOGRAFİ METODU. Kromatografi işlemi FOTOSENTETİK PİGMENTLERİN İNCE TABAKA KROMATOGRAFİSİ İLE AYRIŞTIRILMASI

KROMATOGRAFİ METODU. Kromatografi işlemi FOTOSENTETİK PİGMENTLERİN İNCE TABAKA KROMATOGRAFİSİ İLE AYRIŞTIRILMASI KROMATOGRAFİ METODU FOTOSENTETİK PİGMENTLERİN İNCE TABAKA KROMATOGRAFİSİ İLE AYRIŞTIRILMASI Kromatografi Kromatografi; bir karışımdaki bileşikleri birbirinden ayırmak ve maddeleri saflaştırmak için kullanılan

Detaylı

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

ÇÖZÜNMÜŞ OKSİJEN TAYİNİ

ÇÖZÜNMÜŞ OKSİJEN TAYİNİ ÇEVRE KİMYASI LABORATUVARI ÇÖZÜNMÜŞ OKSİJEN TAYİNİ 1. GENEL BİLGİLER Doğal sular ve atıksulardaki çözünmüş oksijen (ÇO) seviyeleri su ortamındaki fiziksel, kimyasal ve biyokimyasal aktivitelere bağımlıdır.

Detaylı

PEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara

PEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara PE-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI E.DİLAN ve U.ÜNDÜZ azi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Mepe, Ankara 1.ÖZET Model protein olarak seçilen Bovine

Detaylı

ÇÖZELTİLERDE YÜZDELİK İFADELER. Ağırlıkça yüzde (% w/w)

ÇÖZELTİLERDE YÜZDELİK İFADELER. Ağırlıkça yüzde (% w/w) ÇÖZELTİ HAZIRLAMA İki veya daha çok maddenin çıplak gözle veya optik araçlarla yan yana fark edilememesi ve mekanik yollarla ayrılamaması sonucu oluşturdukları karışıma çözelti adı verilir. Anorganik kimyada,

Detaylı

KROM (Cr +6 ) ANALİZ YÖNTEMİ VALİDAYON RAPORU VE BELİRSİZLİK HESAPLARI

KROM (Cr +6 ) ANALİZ YÖNTEMİ VALİDAYON RAPORU VE BELİRSİZLİK HESAPLARI Doküman No: R.LAB.5.4.04 Rev.No/Tarih : 00/ Yayın Tarihi: 08.07.2011 Sayfa: 1 / 1 KROM (Cr +6 ) ANALİZ YÖNTEMİ VALİDAYON RAPORU BELİRSİZLİK HESAPLARI Doküman No: R.LAB.5.4.04 Rev.No/Tarih : 00/ Yayın Tarihi:

Detaylı

ZEDELENMĐŞ NĐŞASTA AACC Metodu (76-31)

ZEDELENMĐŞ NĐŞASTA AACC Metodu (76-31) GĐRĐŞ Buğdayın öğütülmesi prosesinde nişasta granülleri fiziksel olarak zarar görmekte olup zarar gören nişasta granülleri zedelenmiş nişasta olarak tanımlanmaktadır. Zedelenmiş nişasta miktarı unun su

Detaylı

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR?

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? Prof. Dr. METİN ATAMER Dr. EBRU ŞENEL ANKARA ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ SÜT TEKNOLOJİSİ BÖLÜMÜ Kaliteli süt üretimi için sağlanması gereken koşullar; Sağlıklı inek Özenli

Detaylı

ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ORGANİK KİMYA LABORATUVARI DENEY 5: YENİDEN KRİSTALLENDİRME DENEYİ

ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ORGANİK KİMYA LABORATUVARI DENEY 5: YENİDEN KRİSTALLENDİRME DENEYİ ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ORGANİK KİMYA LABORATUVARI DENEY 5: YENİDEN KRİSTALLENDİRME DENEYİ TEORİ : Organik deneyler sonucunda genellikle elde edilen ürün,

Detaylı

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H 2.Radyoaktif izotoplar biyologları için önemlidir? Aşağıda radyoakif maddelerin kullanıldığı alanlar sıralanmıştır.bunlarla

Detaylı

HPLC. Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi

HPLC. Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi HPLC Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi HPLC Nedir? HPLC nin Kısımları: Hareketli Faz Rezervuarı Pompa Sistemi Numune enjeksiyon Sistemi Kolon Dedektör HPLC Çeşitleri HPLC Uygulamaları HPLC Yüksek

Detaylı

SPEKTROSKOPİ. Spektroskopi ile İlgili Terimler

SPEKTROSKOPİ. Spektroskopi ile İlgili Terimler SPEKTROSKOPİ Spektroskopi ile İlgili Terimler Bir örnekteki atom, molekül veya iyonlardaki elektronların bir enerji düzeyinden diğerine geçişleri sırasında absorplanan veya yayılan elektromanyetik ışımanın,

Detaylı

ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ

ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ 2013 S A M S U N ASİT-BAZ EKSTRAKSİYONLARI TEORİ Ekstraksiyon, organik bileşikleri ayırmak için oldukça yaygın kullanılan bir metotdur. Ekstraksiyon, sıvı-sıvı

Detaylı

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar İçerik Giriş...2 Western Blot Yöntemi...2 Protein Örneklerinin Hazırlanması...2 Dikey Jel Sistemi Kullanımı...3 Kuru Transfer Sistem Kullanımı...4 Bloklama...6 Protein Tespiti...6 Kemilüminesans Tanımlama

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

KROMOTOGRAFİK YÖNTEMLER

KROMOTOGRAFİK YÖNTEMLER KROMOTOGRAFİK YÖNTEMLER A. METODUN ÖZETİ Kromatografi, bir karışımda bulunan maddelerin, biri sabit diğeri hareketli faz olmak üzere birbirleriyle karışmayan iki fazlı bir sistemde ayrılması ve saflaştırılması

Detaylı

NİTRİT VE NİTRAT TAYİNİ

NİTRİT VE NİTRAT TAYİNİ NİTRİT VE NİTRAT TAYİNİ 1. GENEL BİLGİLER Azot ve azotlu maddeler, Çevre Mühendisliğinde büyük bir öneme sahiptir. İçme ve kullanma suları ile yüzeysel suların ve kirlenmiş su kütlelerinin içerdiği çeşitli

Detaylı

Çevre Kimyası 1, Örnek Çalışma Soruları

Çevre Kimyası 1, Örnek Çalışma Soruları Çevre Kimyası 1, Örnek Çalışma Soruları 1. Çözelti Hazırlama ve ph S.1.1. Bir atıksu arıtma tesisinde ph ayarlamak için çözeltinin her bir litresine 1 ml 0.05N lik H 2 SO ilavesi yapılması gerekmektedir.

Detaylı

ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ

ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ ALETLİ ANALİZ YÖNTEMLERİ Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi (HPLC) Yrd. Doç. Dr. Gökçe MEREY SIVI KROMATOGRAFİSİ Hareketli fazın sıvı olduğu bu kromatografi türünde sabit faz bir dolgu maddesi üzerine

Detaylı

ALEV FOTOMETRESİ İLE SODYUM VE POTASYUM ANALİZİ. Alev fotometresinde kullanılan düzeneğin şematik gösterimi şekil 1 deki gibidir.

ALEV FOTOMETRESİ İLE SODYUM VE POTASYUM ANALİZİ. Alev fotometresinde kullanılan düzeneğin şematik gösterimi şekil 1 deki gibidir. ALEV FOTOMETRESİ İLE SODYUM VE POTASYUM ANALİZİ ALEV FOTOMETRESİ Alev fotometresinde kullanılan düzeneğin şematik gösterimi şekil 1 deki gibidir. Slit Slit Ayna Numune Filtre Dedektör Alev Galvanometre

Detaylı

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER... V 1. LABORATUVARDA KULLANILAN MALZEME VE ALETLER... 1 1.1. Tüpler... 1 1.2. Beher... 1 1.3. Erlenmeyer... 2 1.4. Balonlar... 2 1.5. Mezur... 3 1.6. Pipetler...

Detaylı

Örneğin; İki hidrojen (H) uyla, bir oksijen (O) u birleşerek hidrojen ve oksijenden tamamen farklı olan su (H 2

Örneğin; İki hidrojen (H) uyla, bir oksijen (O) u birleşerek hidrojen ve oksijenden tamamen farklı olan su (H 2 On5yirmi5.com Madde ve özellikleri Kütlesi, hacmi ve eylemsizliği olan herşey maddedir. Yayın Tarihi : 21 Ocak 2014 Salı (oluşturma : 2/9/2016) Kütle hacim ve eylemsizlik maddenin ortak özelliklerindendir.çevremizde

Detaylı

KLOR (Cl2) ANALİZ YÖNTEMİ

KLOR (Cl2) ANALİZ YÖNTEMİ S a y f a 1 KLOR (Cl2) ANALİZ YÖNTEMİ YÖNTEMİN ESASI VE PRENSİBİ Klor, ph 8 de veya daha düşük bir ph da potasyum iyodür çözeltisinden iyotu serbest bırakacaktır. Serbest iyot, indikatör olarak nişasta

Detaylı

Prof. Dr. Sait GEZGİN, Uzman Nesim DURSUN. Selçuk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Böl., Konya. *sgezgin@selcuk.edu.

Prof. Dr. Sait GEZGİN, Uzman Nesim DURSUN. Selçuk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Böl., Konya. *sgezgin@selcuk.edu. Toprağa Farklı Şekil ve Miktarlarda Uygulanan TKİ-Hümas ın Toprak Reaksiyonu ve luluğuna Etkisi, Bu Etkisinin Diğer Bazı Humik asit Kaynakları ile Karşılaştırılması Prof. Dr. Sait GEZGİN, Uzman Nesim DURSUN

Detaylı

Keçi Sütü Somatik Hücrelerinden Genomik DNA İzolasyonunda Fenol-Kloroform ve Chelex 100 Ekstraksiyon Yöntemlerinin Karşılaştırılması *

Keçi Sütü Somatik Hücrelerinden Genomik DNA İzolasyonunda Fenol-Kloroform ve Chelex 100 Ekstraksiyon Yöntemlerinin Karşılaştırılması * TARIM BİLİMLERİ DERGİSİ 2005, 11 (1) 16-20 Keçi Sütü Somatik Hücrelerinden Genomik DNA İzolasyonunda Fenol-Kloroform ve Chelex 100 Ekstraksiyon Yöntemlerinin Karşılaştırılması * Fulya ÖZDİL 1 Ensar BAŞPINAR

Detaylı

1. BÖLÜM : ANALİTİK KİMYANIN TEMEL KAVRAMLARI

1. BÖLÜM : ANALİTİK KİMYANIN TEMEL KAVRAMLARI ANALİTİK KİMYA DERS NOTLARI Yrd.Doç.Dr.. Hüseyin ÇELİKKAN 1. BÖLÜM : ANALİTİK KİMYANIN TEMEL KAVRAMLARI Analitik kimya, bilimin her alanında faydalanılan, maddenin özellikleri hakkında bilgi veren yöntemlerin

Detaylı

DNA İzolasyonunda Fenol-Kloroform Yerine Potasyum Asetat Kullanımının DNA Miktarı ve Kalitesi Üzerine Etkisi

DNA İzolasyonunda Fenol-Kloroform Yerine Potasyum Asetat Kullanımının DNA Miktarı ve Kalitesi Üzerine Etkisi DNA İzolasyonunda Fenol-Kloroform Yerine Potasyum Asetat Kullanımının DNA Miktarı ve Kalitesi Üzerine Etkisi Faruk BOZKAYA 1* 1 Harran Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Genetik Anabilim Dalı, Şanlıurfa,

Detaylı

KURS ELKİTABI. Editörler: Maddalena Querci, Marco Jermini ve Guy Van den Eede

KURS ELKİTABI. Editörler: Maddalena Querci, Marco Jermini ve Guy Van den Eede EĞİTİM KURSU GIDA ÖRNEKLERİNDE GENETİĞİ DEĞİŞTİRİLMİŞ ORGANİZMA ANALİZLERİ KURS ELKİTABI Editörler: Maddalena Querci, Marco Jermini ve Guy Van den Eede Bu yayına elektronik ortamda ulaşmak için: http://mbg.jrc.ec.europa.eu/capacitybuilding/documentation.htm

Detaylı

EK 1 TABLO 1 ZEHİRLİLİK SEYRELME FAKTÖRÜ (ZSF) TAYİNİ

EK 1 TABLO 1 ZEHİRLİLİK SEYRELME FAKTÖRÜ (ZSF) TAYİNİ EK 1 TABLO 1 ZEHİRLİLİK SEYRELME FAKTÖRÜ (ZSF) TAYİNİ Atıksu muhtevası, balığın yüzgeçlerine yapışarak solunum epitellerinin şişmesine ve parçalanmasına neden olur ve bu şekilde balıklara zarar verir.

Detaylı

TOPRAK TOPRAK TEKSTÜRÜ (BÜNYESİ)

TOPRAK TOPRAK TEKSTÜRÜ (BÜNYESİ) TOPRAK Toprak esas itibarı ile uzun yılların ürünü olan, kayaların ve organik maddelerin türlü çaptaki ayrışma ürünlerinden meydana gelen, içinde geniş bir canlılar âlemini barındırarak bitkilere durak

Detaylı

Total protein miktarının bilinmesi şarttır:

Total protein miktarının bilinmesi şarttır: Total protein miktarının bilinmesi şarttır: protein veriminin belirlenmesi saflık kontrolu deneylerin optimizasyonu spesifik aktivite tayini ve saflaştırma derecesinin belirlenmesi (enzimler için) KULLANILAN

Detaylı

ALKALİNİTE. 1 ) Hidroksitler 2 ) Karbonatlar 3 ) Bikarbonatlar

ALKALİNİTE. 1 ) Hidroksitler 2 ) Karbonatlar 3 ) Bikarbonatlar ALKALİNİTE Bir suyun alkalinitesi, o suyun asitleri nötralize edebilme kapasitesi olarak tanımlanır. Doğal suların alkalinitesi, zayıf asitlerin tuzlarından ileri gelir. Bunların başında yer alan bikarbonatlar,

Detaylı

AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler

AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler 1 Peptitler amino asitlerden oluşmuş zincirlerdir. İki amino asit molekülü bir amit bağı ile kovalent olarak birbirine bağlandıklarında

Detaylı

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler

Detaylı

VOLÜMETRİK ARAÇLAR VE KALİBRASYONLARI, SANTRİFÜJLER. Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2004

VOLÜMETRİK ARAÇLAR VE KALİBRASYONLARI, SANTRİFÜJLER. Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2004 VOLÜMETRİK ARAÇLAR VE KALİBRASYONLARI, SANTRİFÜJLER Doç.Dr. Mustafa ALTINIŞIK ADÜTF Biyokimya AD 2004 1 Volümetrik araçlar 1 Hacim ölçüm araçları, sıvı ölçümlerinde kullanılırlar. Ölçü birimi litredir

Detaylı

Madde 3- Bu Tebliğ 16/11/1997 tarihli ve 23172 mükerrer sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan Türk Gıda Kodeksi Yönetmeliği'ne göre hazırlanmıştır.

Madde 3- Bu Tebliğ 16/11/1997 tarihli ve 23172 mükerrer sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan Türk Gıda Kodeksi Yönetmeliği'ne göre hazırlanmıştır. TGK- TURUNÇGĐL MEYVELERĐNDE YÜZEYDE KULLANILAN KORUYUCU MADDELER VE BU KORUYUCULARIN KALĐTATĐF VE KANTĐTATĐF ANALĐZ METODLARI TEBLĐĞĐ (Tebliğ no 2002/19) Yayımlandığı R.Gazete 05.03.2002-24686 Amaç Madde

Detaylı

MİKROBİYOLOJİ LABORATUARINDA SIK KULLANILAN BAZI BESİYERLERİNİN HAZIRLANMASI VE MUHAFAZASI

MİKROBİYOLOJİ LABORATUARINDA SIK KULLANILAN BAZI BESİYERLERİNİN HAZIRLANMASI VE MUHAFAZASI MİKROBİYOLOJİ LABORATUARINDA SIK KULLANILAN BAZI BESİYERLERİNİN HAZIRLANMASI VE MUHAFAZASI Çevre Mühendisliği Laboratuarlarında yaptığımız mikrobiyolojik deneylerde en çok buyyon ve jeloz besiyerlerini

Detaylı

YÜZEY AKTİF MADDE TAYİNİ

YÜZEY AKTİF MADDE TAYİNİ YÜZEY AKTİF MADDE TAYİNİ 1. GENEL BİLGİLER Deterjan terimi, çeşitli malzemelerin temizlenmesinde kullanılan kimyasal maddelerin genel adıdır. Deterjanlar yüzey aktif özelliklere sahip organik maddeler

Detaylı

Çözelti konsantrasyonları. Bir çözeltinin konsantrasyonu, çözeltinin belirli bir hacmi içinde çözünmüş olan madde miktarıdır.

Çözelti konsantrasyonları. Bir çözeltinin konsantrasyonu, çözeltinin belirli bir hacmi içinde çözünmüş olan madde miktarıdır. Çözelti konsantrasyonları Bir çözeltinin konsantrasyonu, çözeltinin belirli bir hacmi içinde çözünmüş olan madde miktarıdır. 1 -Yüzde ( % ) -Molarite (M) -Molalite (m) -Normalite (N) çözelti konsantrasyonlarını

Detaylı

SOYA VE MISIRDA GENETİĞİ DEĞİŞTİRİLMİŞ ÜRÜNLERİN BELİRLENMESİ * Detection of Genetically Modified Soybean and Maize

SOYA VE MISIRDA GENETİĞİ DEĞİŞTİRİLMİŞ ÜRÜNLERİN BELİRLENMESİ * Detection of Genetically Modified Soybean and Maize SOYA VE MISIRDA GENETİĞİ DEĞİŞTİRİLMİŞ ÜRÜNLERİN BELİRLENMESİ * Detection of Genetically Modified Soybean and Maize Aysun TURHAN Biyoteknoloji Anabilim Dalı Salih KAFKAS Biyoteknoloji Anabilim Dalı ÖZET

Detaylı

KOROZYON. Teorik Bilgi

KOROZYON. Teorik Bilgi KOROZYON Korozyon, metalik malzemelerin içinde bulundukları ortamla reaksiyona girmeleri sonucu, dışardan enerji vermeye gerek olmadan, doğal olarak meydan gelen olaydır. Metallerin büyük bir kısmı su

Detaylı

Kozmetik Ürün Bileşimlerinin Kontrolü İçin Gerekli Analiz Yöntemleri Hakkında Tebliğ. Tebliğ No:İEG-2005/5. 01.07.2005 R.G. Sayısı:25862.

Kozmetik Ürün Bileşimlerinin Kontrolü İçin Gerekli Analiz Yöntemleri Hakkında Tebliğ. Tebliğ No:İEG-2005/5. 01.07.2005 R.G. Sayısı:25862. Kozmetik Ürün Bileşimlerinin Kontrolü İçin Gerekli Analiz Yöntemleri Hakkında Tebliğ Tebliğ No:İEG-2005/5 01.07.2005 R.G. Sayısı:25862 Amaç Madde 1- Bu Tebliğin amacı, gümüş nitrat tanı ve tayini, kepek

Detaylı

T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Temel Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü. Sayı: B100TSH0120010 Konu: Halk Sağlığı Laboratuvarı 17.10.

T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Temel Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü. Sayı: B100TSH0120010 Konu: Halk Sağlığı Laboratuvarı 17.10. T.C. SAĞLIK BAKANLIĞI Temel Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü Sayı: B100TSH0120010 Konu: Halk Sağlığı Laboratuvarı ANKARA 17.10.2002 15702... VALİLİĞİNE (İl Sağlık Müdürlüğü) GENELGE 2002 / 111 Bakanlığımızın

Detaylı

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON Sağlık Teknikeri Hande ÇOLAKOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Patoloji AD SIVI ve DOKULARIN FISH UYGULAMASI ÖNCESİ HAZIRLIK İŞLEMLERİ FISH Çalışmalarında Ön Uygulama

Detaylı

CYACUP SİYANÜRLÜ BAKIR KAPLAMA BANYOSU ARIZA TABLOSU

CYACUP SİYANÜRLÜ BAKIR KAPLAMA BANYOSU ARIZA TABLOSU Kadıköy Sicil Ticaret : 20707 CYACUP SİYANÜRLÜ BAKIR KAPLAMA BANYOSU ARIZA TABLOSU 1. Kaplama Pürüzlü ve Koyu Kırmızı - Kahve Renkli Kaplama a) Çözeltide Karbonat konsantrasyonunun aşırı miktarda oluşu.

Detaylı

İ Ç İ NDEKİ LER. Çevre Mühendisliği ve Bilimi İçin Kimyanın Temel Kavramları 1. Fiziksel Kimya ile İlgili Temel Kavramlar 52.

İ Ç İ NDEKİ LER. Çevre Mühendisliği ve Bilimi İçin Kimyanın Temel Kavramları 1. Fiziksel Kimya ile İlgili Temel Kavramlar 52. İ Ç İ NDEKİ LER Ön Söz xiii K I S I M 1 Çevre Mühendisliği ve Bilimi İçin Kimyanın Temel Kavramları 1 BÖLÜM 1 Giriş 3 1.1 Su 4 1.2 Atık Sular ve Su Kirliliği Kontrolü 5 1.3 Endüstriyel ve Tehlikeli Atıklar

Detaylı

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 1 İnvazif Mantar Enfeksiyonları (İME) Bağışıklık sistemi Morbidite-mortalite

Detaylı

T.C. ADANA BİLİM VE TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ MALZEME MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ NUMUNE HAZIRLAMA LABORATUVARI

T.C. ADANA BİLİM VE TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ MALZEME MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ NUMUNE HAZIRLAMA LABORATUVARI T.C. ADANA BİLİM VE TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ MALZEME MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ NUMUNE HAZIRLAMA LABORATUVARI Cihazlar Hassas Terazi.....3 Kurutma Fırını (Etüv)......4 Çeker Ocak....5 Halkalı Değirmen...6 Mekanik

Detaylı

Biyolojik Örneklerde İlaç Analizi ECZ 344 Prof.Dr. Dilek AK 28.03.2014 /4. DERS BİYOLOJİK SIVILAR

Biyolojik Örneklerde İlaç Analizi ECZ 344 Prof.Dr. Dilek AK 28.03.2014 /4. DERS BİYOLOJİK SIVILAR 1 Biyolojik Örneklerde İlaç Analizi ECZ 344 Prof.Dr. Dilek AK 28.03.2014 /4. DERS BİYOLOJİK SIVILAR PLAZMA ve SERUM 2 Kan, antikoagülan ilave edilmeden bir tüpe alınır ve pıhtılaşması için bekletilirse

Detaylı