MBKY 6 NÜKLEİK ASİTLERİN İŞARETLENMESİ VE HİBRİDİZASYON (MELEZLEME) YÖNTEMLERİ
|
|
- Ediz Şamdereli
- 6 yıl önce
- İzleme sayısı:
Transkript
1 MBKY 6 NÜKLEİK ASİTLERİN İŞARETLENMESİ VE HİBRİDİZASYON (MELEZLEME) YÖNTEMLERİ
2 NÜKLEİK ASİTLERİN İŞARETLENMESİ VE HİBRİDİZASYON (MELEZLEME) YÖNTEMLERİ İstenilen nükleik asit dizisinin n. asit molekülü içinde bulunması; Moleküler biyoloji ve Rekombinant DNA çalışmalarının vazgeçilmez işlemlerinden biridir.
3 NÜKLEİK ASİTLERİN İŞARETLENMESİ VE HİBRİDİZASYON (MELEZLEME) YÖNTEMLERİ Gen yapısı incelemeleri Gen anlatımı analizi Haritalama Gen aktarımı çalışmalarında transformantların analizi çalışmalarında kullanılır.
4 NÜKLEİK ASİTLERİN İŞARETLENMESİ VE HİBRİDİZASYON (MELEZLEME) YÖNTEMLERİ MELEZLEME nin esası, Tek iplikli nükleik asitlerin tamamlayıcı nükleik asitlerle (PROB) eşleşerek melez moleküller oluşturmalarına dayanır. Melezlemeler: DNA/DNA, RNA/RNA, RNA/DNA arasında olabilir. Melezlemeler; DNA ya da moleküller üzerinde belli bölgeleri belirlemek için gerçekleşebilir.
5 NÜKLEİK ASİTLERİN İŞARETLENMESİ VE HİBRİDİZASYON (MELEZLEME) YÖNTEMLERİ Melezleme için PROB kullanımına gereksinim vardır. PROB: Araştırılan nükleik asit dizisine tamamlayıcı, radyoaktif ya da radyoaktif olmayan bir belirleyici ile işaretli, tek iplikli nükleik asitlerdir. Bu dizilerin radyoaktif veya radyoaktif olmayan bir belirleyici ile işaretlenmesi neticesinde hibridizasyon reaksiyonu sonucu oluşan çift iplikli molekül görülebilir hale gelir.
6 PROBUN HAZIRLANMASI VE İŞARETLENMESİ Prob hazırlamak, istenilen DNA fragmentinin kalıp olarak kullanılması ve ona tamamlayıcı DNA zincirinin in vitro sentez edilmesi demektir. Probların işaretlenmesi, probun cinsine göre farklı şekillerde yapılır.
7 Radyoaktif işaretleme ve belirleme sistemi P 32 S 35 ve H 3 radyoizotopları
8 Radyoaktif olmayan işaretleme ve belirleme sistemi Digoksigenin- anti- digoksigenin sistemi Yabanturpu (Armoracia lapathifolia) peroksidaz sistemi ve Biotin- streptavidin Melezlenmiş probun belirlenmesi Kromogenik (kolorimetrik) Kemoluminogenik IŞIK substratlar kullanılarak gerçekleştirilir.
9 Digoksigenin (DIG) sistemi Digoksigenin; prob sentezi sırasında işaretleyici olarak kullanılır. Prob hazırlama sırasında in vitro DNA sentezidir. Sentez datp dttp dgtp dctp Digoksigenin- 11- dutp (DIG- 11- dutp) kullanılır SONUÇ: Kalıptaki her A ya karşılık ya dttp ya da DIG- 11- dutp prob yapısına girer İŞARETLİ PROB SENTEZLENİR.
10 Digoksigenin- anti- digoksigenin sistemi İşaretleme için kimyasal bir madde=bir bitkisel sekonder metabolit (Digitalis lanata dan elde edilen digoksigenin) kullanılır. Prensibi otoradyografi Radyoaktivite kullanılmaz. Kolay uygulanabilirlik Hızlı Özgül ve duyarlı Probların uzun zaman kullanılabilmesi (1 yıl kadar)
11 Probların hazırlanması- işaretlenmesi DNA probları; aşağıdaki yöntemlerle işaretlenir. 1. Random primed işaretleme: In vitro DNA sentezi sırasında yeni sentez edilen probun yapısına rastgele biçimde DIG- 11- dutp ler girer. 2. Nick translation : DNaz I enzimi ile çift iplikli DNA nın tek ipliğinde kesikler oluşturma esasına dayanır. E. coli DNA polimeraz I enziminin 5-3 ekzonükleaz aktivitesi ile tek iplik üzerinde kesik noktalar genişletilir ve boşluklar aynı anda enzimin 5-3 polimeraz aktivitesi ile ve DIG işaretli dntp lerle doldurulur. 3. Taq DNA polimeraz ile işaretleme: PCR ile prob DNA sı çoğaltılırken Taq DNA polimeraz enziminin diğer dntp lerin yanısıra DIG işaretli dntp leri de kullanmasıyla işaretleme gerçekleştirilir.
12 Random- primed işaretleme
13 Probların İşaretlenmesi RNA probları; T3, T7 ve SP6 RNA polimerazları ile in vitro transkripsiyon reaksiyonu ile sentezlenirken ortama katılan DIG- 11- dutp ile işaretlenir. Oligonükleotit problar; terminal transferaz enzimi ile ya 3 uca bir DIG- 11- dutp veya DIG- 11- dutp den oluşan bir kuyruk eklenmesi ile ya da digoksigeninnhs- esterin 5 uca eklenmesi ile işaretlenir.
14 NÜKLEIK ASIT HIBRIDIZASYONU REAKSIYONUNUN TEMELLERI Çift iplikli bir nükleik asitin dayanıklılığı onun erime(melting temperature=t m ) sıcaklığını hesaplayarak belirlenir. Bu değer her bir organizma için farklıdır. Hibrid molekül ne kadar dayanıklı ise, T m derecesi o kadar yüksektir, yani ipliklerin ayrılması için gereken enerji o oranda fazladır.
15 HIBRID NÜKLEİK ASİTLERİN DAYANIKLILIĞI BİR TAKIM FAKTÖRLERE BAĞLIDIR. 1.Guanin- sitozin oranı (%GC): GC çiftleri, 3 H bağı içerdiğinden, AT çiftlerine göre daha sağlamdır. Bu nedenle yüksek GC içeriğine sahip olan DNA, AT bakımından zengin olan DNA ya nazaran daha dayanıklıdır ve iki ipliği ayırmak için daha çok enerji gereklidir. 2.Hibrid molekülün boyu: Genellikle uzun bir nükleik asit molekülü, kısa olana göre daha sağlamdır. Çünkü içerdiği hidrojen bağı sayısı daha fazladır. Böylece iki ipliği ayırmak için daha çok enerji gerekir.
16 3.Nükleik asitlerin içinde bulunduğu ortam: Hibridizasyon karışımı ve hibridizasyon sonrası yıkama solüsyonlarında, tek değerlikli katyonları içeren iyonik bir tuz tamponu içinde formamid bulunur. Formamid hidrojen bağlarını bozarak çift iplikli nükleik asitlerin çözülmesini kolaylaştırır. Bunun tersine Na + gibi tek değerlikli katyonların konsantrasyonunu artırmak hibridleri sağlamlaştırır. Organik çözücülerin çift iplikli polinükleotitlerin ısıya dayanıklılığını azaltarak daha düşük sıcaklıklarda hibridizasyona olanak vermesi bu problemi çözümlemiştir. Formamid bu amaçla kullanılan organik bir çözücüdür; DNA/DNA ve DNA/RNA çift ipliklerinin ayrılma sıcaklığını azaltır. Böylece hibridizasyon, %50 formamid varlığında C da gerçekleştirilebilir.
17 4. Nükleik asit hibridinin çeşidi: RNA/RNA hibridleri DNA/DNA hibridlerine göre ısıya daha dayanıklıdır. DNA/RNA hibridleri ise orta dayanıklılıktadır. 5. Yanlış eşleşen hibridlerin varlığı: Yanlış eşleşen nükleotitler (A- T yerine T- T vb.) hibridin dayanıklılığını azaltır. Çünkü bunlar arasında hidrojen bağları oluşamaz. Yanlış eşleşmenin dayanıklılığı azaltan etkisi, kısmen prob uzunluğuna bağlıdır. Çift iplikli hibrid ne kadar uzun ise yanlış eşleşmiş bir çiftin, hibrid dayanıklılığına etkisi o kadar azdır.
18 Hibridizasyon ve Belirleme 1- Probların işaretlenmesi 2- Taranacak DNA büyük ise RE leri ile kesilir (genomik/plazmit DNA sı). 3- Kesilmiş parçalar agaroz jele yüklenir, parçalar ayrılır. 4- Nitroselüloz membrana aktarım yapılır (blotting). 5- DIG işaretli prob ile hibridizasyonabırakılır. 6- Prob tamamlayıcı bölgeilehibridlenir. 7- Anti- DIG ile (alkalen fosfataz bağlıdig antikoru) muamele edilir. 8- dutp lere bağlı DIG ile anti- DIG arasında antijen- antikor kompleksi kurulur. 9- Alkalenfosfataz substratları olannbt vex- fosfat eklenir. 10- Enzim aktivitesi sonucu mavi renkli ürün oluşumu hibridizasyon gösterir.
19 Hibridizasyon ve Belirleme
20 Belirleme
21 MELEZLEME İzole edilip, jel elektroforezi ile ayrılan ve nitrosellüloz/naylon membrana aktarılan; DNA moleküllerinin (Southern blotting- emdirim) veya RNA dizilerinin (Nouthern blotting) veya hücre ve dokulardaki DNA ya da RNA nın belirlenmesinde (insitu melezleme) kullanılır.
22 I. SOUTHERN BLOTTİNG (SOUTHERN EMDİRİMİ) E. Southern tarafından 1975 de tanımlandı. Southern blotting in temeli, istenilendna fragmentininproblar ilemelezlenmesi ve melezlemenin ardından belirleyicinin özelliğine göre radyoaktif, immünolojik, kimyasal yada fluoresan yöntemlerle görünür hale getirilmesidir.
23
24 ELECTROBLOTTİNG İLE SOUTHERN AKTARIMI DNA parçalarının, özellikle de restriksiyon enzim kesimi uygulaması ile oluşan, boyutları birbirine çok yakın ve çok sayıda olanların, agaroz jeldeki bantları kısa sürede difüzyonla kaybolabileceğinden ve/veya agaroz jel kolayca kırılıp parçalanabileceğinden hibridizasyon amacıyla jeli kullanmak uygun değildir. Bu nedenle agaroz jeldeki DNA parçaları electroblotting ile bir membrana (örneğin nitroselüloz membrana) aktarılır. Böylece DNA parçaları membran üzerinde tutuklanmış (immobilize edilmiş) olur.
25 BLOTTİNG MACHINE
26 SOUTHERN BLOTTİNG (SOUTHERN EMDİRİMİ) Probların işaretlenmesinde son yıllara kadar belirleyici olarak P 32 S 35 ve H 3 radyoizotopları yaygın bir biçimde kullanılmış ve bu nedenle de teknik, otoradyografi olarak adlandırılmıştır. Otoradyografi hızlı sonuç vermesi güvenilirliği avantaj radyoaktif maddelerle çalışma zorluğu tehlikeler en önemli dezavantaj
27 SOUTHERN BLOTTİNG - Otoradyografi-
28
29 Southern blotting ile restriksiyon fragmenti analizi Örn; üç farklı bireyden alınan DNA örneklerinin karşılaştırılmasında; a) Test edilecek DNA örnekleri uygun olan kaynaklardan elde edilir, DNA dan restriksiyon fragmentleri oluşturulur. b) Her bir örneğe ait restriksiyon fragment karışımı elektroforezle ayrılır. Her bir örnek karakteristikbir bant modeli meydana getirir. c) Alkali bir solüsyon, jelin üst tarafına doğru kapiller etkiyle çekilir ve DNA denatüre halde jelin üstünde bulunan nitroselüloz kağıt tabaka üzerine aktarılır. Tek zincirli DNA lar tamamen jeldeki konumlarında kağıt üzerine tutunurlar. d) Kağıt blot, radyoaktif olarak işaretlenmiş prob içeren bir solusyona maruz bırakılır. Prob, istenen DNA dizisine komplementer dizinin restriksiyon fragmentlerine baz eşleşmeleriylebağlanır.
30 c) Transfer Film e) Bir tabaka fotoğraf filmi kağıt üzerine yerleştirilir. Bağlanan probdaki radyoaktivite özgül DNA bantlarının karşısında görüntü oluşturmak üzere filmi ışınlar-probla baz eşleşmesini yapan DNA yı içeren bantlar. Örneğin 1 ve 2 nin band modelleri birbirinin aynısıdır, fakat 3 farklıdır.
31
32 II. NORTHERN BLOTTİNG İlgilenilen genin transkripsiyon ürünü olan RNA nın analizinin yapılmasında kullanılan başlıca yöntemlerden biri DNA- RNA hibridizasyonudur. Northern hibridizasyonu olarak adlandırılan bu yöntemde önce total RNA agaroz jelde yürütülerek RNA moleküllerinin ayrılması sağlanır. Daha sonra jelde ayrılmış RNA molekülleri membrana aktarılır ve RNA nın membran üzerine sabit şekilde bağlanması sağlandıktan sonra uygun problarla hibridizasyon işlemi gerçekleştirilir. Otoradyogram yoluyla ortaya çıkarılan bantlar ilgilenilen genin mrna varlığı ve boyutu hakkında bilgi verir.
33 NORTHERN BLOTTİNG Membranlar; genellikle naylon veya nitroselüloz yapıdadır. Nötr, negatif veya pozitif yüklü olabilirler. Northern hibridizasyon için genellikle tercih edilen naylon membrandır, fakat organik çözücüler etkisinde bırakıldığında küçülebilir veya katlanabilir. Nitroselüloz membranlar ise fiksasyon işlemindeki fırınlama sırasında yanabilir ve/veya yıkama sırasında kolayca yırtılabilir.
34 YÖNTEM; GEREKLİ MALZEMELER 1. Denatürasyon çözeltisi: NaOH 50 mm, NaCl 10 mm 2. Nötralizasyon çözeltisi: Tris ph 7,5 100 mm 3. Melezleme öncesi çözelti: SDS %7 lik, Sodyumfosfat 50 mm ph 7, foramid %50, bloklama ajanı %2 lik, 5X SSC, laurilsarkosin, prob.
35 1. RNA jelde yürütülür. YÖNTEM 2. Bu jel alınır ve denatürasyon solüsyonuyla 30 dk muamele edilir. DEPC li suyla yıkanır. 3. Nötralizasyon çözeltisiyle muamele edilir ve tekrar DEPC li suyla yıkanır. 4. Membran alınır nitroselüloz veya naylon olabilir. (Naylon membran küçülebilir nitroselüloz membran ise yırtılabilir.) DEPC li suyla yıkanır ve 10 X SSC de bekletilir. 5. Membranın görüntüsü alınır (blotlamadan sonra yorum yapılması için önemlidir).
36 YÖNTEM 6. En alta filtre kağıdı onun üzerine membran onun üzerine de jel ve jelin üzerine de tekrar filtre kağıdı koyulur. Bunların üzerine ağırlık koyulur ve bir gece bekletilir. 7. Membran alınır. UV de bakılır, önceden DEPC li suyla yıkanmış streç dosyaya koyulur ve 4 derecede saklanır. 8. Melezleme tamponundan 1000 mikrolitre alınır ve bu streçdosyayakoyulur oluşan kabarcıklar yokedilir. 9. Melezleme fırınında 1 gece 50 C de bekletilir. 10. Hazırlanan prob 100 C de 10 dk denatüre edilir ve melezleme solusyonuyla karıştırılır.
37 11. Streç dosyadan çıkarılan membran 6 ml melezleme tamponuyla muamele edilir ve tekrar streç dosyada 1 gece bekletilir. 12. Membran alınıp 2 kez 5 er dk. oda sıcaklığında 5 er dk. yıkanır kez 15 er dk da %1 lik yıkama solüsyonuyla 68 C de çalkalanır. 14. Membran streç dosyaya tekrar alınır ve 5 ml CDP- star ile muamele edilir, 1 gece karanlıkta röntgen filmi üzerine koyulmuş şekilde bekletilir. 15. Röntgen film 5 er dk 2 kez solüsyonda yıkanır. 16. Film görüntüsü alınır. YÖNTEM
38
39 III. IN SiTU HIBRIDIZASYON In situ hibridizasyon (ISH), nükleik asit dizilerinin (DNA ve RNA) morfolojik olarak korunmuş kromozomlar, hücreler veya doku kesitlerinde saptanarak gösterilmesini sağlayan ve temel olarak çift iplikli nükleik asit oluşumu kinetiğini kullanan güçlü bir tekniktir. In situ hibridizasyonun diğer hibridizasyon yöntemlerinden (Southern veya Northern Blotting) farkı nükleik asitlerin kendi hücresel ortamlarında tanınarak gösterilmesidir. Böylece hedef nükleik asit dizisinin hücredeki yeri belirlenmiş olur.
40 Kromozomların fiziksel haritalarının yapılmasında, Kromozom yapı ve hatalarının analizinde, Kromozomların ve genomun yapı, işlev ve evriminin araştırılmasında, Gen anlatımının belirlenmesinde, Eşey tayininde, IN SiTU HIBRIDIZASYON Nükleik asitlerin bulundukları yerde saptanması; Dokudaki virüs vebakterilerin tanısında, Transformasyon dizilerinin ve onkogenlerin yerlerinin belirlenmesinde önemlidir.
41 In situ hibridizasyonun anlaşılması moleküler biyoloji, genetik, immünokimya ve histokimya bilgilerini gerektirmektedir. Yöntemin başlıca aşamaları; ü Biyolojik materyalin hazırlanması & Probun işaretlenmesi, ü Prob ve materyalindenatürasyonu, ü Hibridizasyon, ü Yıkama, ü Saptama, IN SiTU HIBRIDIZASYON ü Görünür hale getirme.
42 IN SiTU HIBRIDIZASYON ISH yöntemi ilk kez 1969 da birbirinden bağımsız olarak çalışan iki grup araştırıcı tarafından (John ve ark., Pardue ve Gall) uygulandı. İlk uygulamalarda nükleik asitleri işaretlemede radyoizotoplar kullanılmaktaydı; buna göre hibritleşmiş dizileri göstermek için başvurulan tek yöntem otoradyografiydi. Ayrıca, o sıralarda moleküler klonlama mümkün olmadığından ISH sadece biyokimyasal metotlar ile saflaştırılabilen ve izole edilebilen dizilere (fare satellit DNA sı, viral DNA, ribozomal RNA vb.) uygulanabiliyordu.
43 IN SiTU HIBRIDIZASYON Nükleik asitlerin moleküler klonlaması ve radyoaktif işaretleme tekniklerindeki gelişmeler bu tabloyu önemli derecede değiştirdi. Öte yandan, radyoaktif olmayan işaretleyici ile hazırlanmış nükleik asit problarının ISH da kullanılması radyoaktif yöntemin getirdiği zorlukları ortadan kaldırdı. Radyoaktif olmayan ISH ilk kez 1970 lerin sonunda uygulandı (Rudkin ve Stollar, 1977; Bauman ve ark., 1980). O günden beri radyoaktif olmayan in situ hibridizasyonun (NISH) biyomedikal araştırmalarda ve klinik tanıdaki uygulamaları büyük bir hız kazanmıştır.
44 IN SiTU HIBRIDIZASYON Son yıllarda nükleik asitleri işaretlemek için birçok yöntem geliştirilmiştir. Günümüzde, biotin, digoksigenin, dinitrofenil veya fluorokromlarla enzimatik olarak işaretleme genellikle tercih edilmektedir. Piyasada çeşitli prob işaretleme kitlerinin bulunması, bu işlemleri oldukça kolaylaştırmıştır. Rekombinant DNA preparasyonları ile birlikte saf prob elde edilmesi sorunu çözülmüştür. Prob seçimine bağlı olarak, belirli genom ve kromozomlar, tekrarlanan DNA dizileri, tek kopyalı diziler, mrna ve viral diziler gibi farklı hedeflersaptanabilmektedir.
45 IN SiTU HIBRIDIZASYON Çeşitli sitokimyasal saptama yöntemlerinin geliştirilmesi de ISH tekniğinin başarısını arttırmıştır. Birden fazla prob işaretleme ve saptama yönteminin birlikte kullanılması aynı hücre preparatında iki veya daha çok nükleik asit dizisinin farklı renklerde gösterilmesini sağlamıştır. Ayrıca radyoaktif olmayan ISH ile immünositokimyasal yöntemin birlikte kullanılması gen topografisi ile gen aktivitesi arasındaki ilişkinin DNA, mrna ve protein düzeyinde ortaya konulmasına olanak vermiştir.
46 Yöntemin Uygulanması Problar hazırlandıktan sonra hibridizasyon için istenilen DNA parçası açısından taranacak DNA, eğer plazmid DNA sı ya da genomik DNA gibi kompleks özellikte ise önce bir restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesilerek daha küçük parçalara bölünmelidir. DNA parçaları, agaroz jel elektroforezi ile birbirinden ayrıldıktan sonra nitroselülozmembrana aktarılır. Daha sonra da hazırlanan DIG işaretli probla hibridizasyona bırakılır. Probla nitroselüloz membran üzerindeki DNA parçalarından tamamlayıcısı olan arasında H bağları oluşumu ile çift zincirli DNA parçası meydana gelir. Bundan sonraki aşamada prob ile hibritlenmiş DNA parçasının belirlenmesi gerekir.
47 Yöntemin Uygulanması Bir hapten olduğu daha önce belirtilen digoksigenine karşı özgül digoksigenin antikoru, alkalin fosfataz enzimi ile bağlı olarak bulunur. Hibridizasyon işleminin ardından ortama eklenen antidigoksigenin (digoksigenin antikoru), probların yapısında bulunan dutp lere bağlı digoksigenin ile bir antijen- antikor kompleksi oluşturur. Bu kompleksin oluşumunu takiben ortama katılan ve alkalin fosfataz enziminin substratları olan nitroblue tetrazolium tuzu (NBT) ve 5- bromo- 4- kloro- 3- indolil fosfat (X- fosfat) varlığında enzim aktivite gösterir. Sonuçta mavi renkli bir ürün oluşumu sayesinde istenilen DNA parçası belirlenmiş olur.
48
49 ISH FISH (Floresanlanmış nükleotid analoglarının direkt ve indirekt ISH (In Situ Hibridizasyon) yöntemlerinde kullanılması (1991), GISH (Genomik İn situ Hibridizasyon) CGH (Komparatif Genomik Hibridizasyon) CISH (Kromogenik in situ hibridizasyon)
50 FISH (Floresan In Situ Hibridizasyon) Moleküler sito- genetikteki hızlı ilerlemeler, bantlama ve boyama tekniklerinin hızlı gelişimiyle sağlanmıştır. Standart bantlama teknikleri yalnızca bir denemede bir hücre içintüm genomu sorgulamada yetersizkalmaktayken, Fluoresan in situ hibridizasyon (FISH), genleri ve kromozomları boyamada fluoresan moleküllerin kullanıldığı bir yöntem olarak bantlama teknikleriyle birlikte iyi bir değerlendirme aracıdır.
51 A) Tanısal amaçlı kullanılan FISH 1. Klinik sitogenetik a. Prenatal tanı b. İnterfaz sitogenetiği c. Mikrodelesyon sendromlarının tanısı d. Kanser sitogenetiği 2. Dokuda enfeksiyon ajanlarının tanısı 3. Dokuda mrna düzeyinde onkogenlerin değerlendirilmesi B) Araştırma amaçlı FISH 1. Gen haritalaması 2. Tümör biyolojisi 3. Mikrobiyoloji/viroloji 4. Gen ekspresyon analizi 5. Somatik hücre hibrit analizleri 6. Mayoz/mitoz analizleri 7. Hücre tanımlaması FISH
52 FISH FISH, Southernblot tekniğinin analogudur. FISH, fluoresan işaretlerle etiketlenen, tamamlayıcı DNA ya, bu DNA dizilerinin yerleşimini görebilmek için hibridizasyona uğrayan veya bağlanan tek zincirli DNA (prob) kısa dizilerini gerektiren bir yöntemdir. Floresan in situ hibridizasyon çoklu, sayı, yapı ve mikrodelesyon gibi kromozom anomalilerini saptamak için kullanılan bir metodtur. Üstünlükleri: Sonuca hızlı ulaşılır. Bütün doku tiplerine uygulanabilir (kan, ilik vb.) Standart sitogenetik metodlarla saptanamayan delesyonları saptar.
53 Kromozomların çalışılmasında kullanılan birçok teknik, aktif olarak bölünen hücreleri gerektirirken (metafaz kromozomları), FISH aynı zamanda bölünmeyen hücrelere de uygulanabilir (interfaz nukleusu). Metafaz delesyonları belirlemede kullanılır Interfaz genelde kromozomların yeniden düzenlenmesinin ve kromozom sayılarının belirlenmesindekullanılır.
54 Bu teknolojide ilk aşama; floresan özelliği taşıyan bir kimyasalın spesifik DNA dizilerini tanıyabilecek bir molekülle (prob) bağlanmasıdır. Kromozoma bağlı olan işaretli DNA probu kromozomlar UV ışığa maruz bırakıldıklarında ışıma yaparlar. Eğer probda floresan ışıma olursa gen mevcuttur, floresan ışıma yok ise delesyona uğramıştır.
55 Prob hazırlama FISH Lokusa özgü olan problar bir kromozomun belirli bölgeleriyle hibridizasyona girer. Bu tip problar ilgilenilen belirli bir genin hangi kromozom üzerinde yerleşmiş olduğunu belirlemede kullanılır. Alfoid veya sentromerik tekrarlı problar, kromozomların sentromerlerinde bulunan tekrarlayan dizilerden elde edilir. Kromozomlar farklı renklerde boyanabildiği için, bu prob herhangi bir bireyin doğru sayıda kromozoma sahip olup olmadığının belirlenmesinde kullanılır.
56 FISH Whole chromosome probları, herbiri tüm bir kromozom boyunca farklı dizilerle hibridizasyona girebilen küçük probların kolleksiyonudur. Bu şekildeki bir prob kitaplığı taranarak tüm bir kromozom spektral bir karyotip oluşturmak üzere boyanabilir. Bu teknik kromozomaltranslokasyonların tanımlanmasındaimkan sağlar. FISH ile sitogenetik çalışmalara yardımcı olan ve iyi tanımlanmış uygulamalar geliştirilmiş olmasına rağmen, amaca uygun prob ve filtre seçimi doğru yapılmaz ise hatalı ve zaman alıcı denemeler ortaya çıkmaktadır.
57 FISH Prosedür Metafaz kromozomları veya interfaz nukleusu kullanılarak preparatların hazırlanması Etanol içinde dehidrasyon DNA yı 70 o C de denatüre etme Etiketli probun denatürasyonu Hibridizasyon için 37 o C de, 4-16 saat inkübasyon
58 FISH metodunu temel alan bazı uygulamalar geliştirilmiştir. Multicolour- FISH 1. Spectral Karyotyping 2. Multiplex FISH FISH 3. Combined binary ratio FISH (COBRA- FISH) Cross- species colour FISH (R x FISH) Comparative Genomic Hibridizasyon Kromozom ve Lokus Spesifik FISH
59 FISH Spektral Karyotipleme Herbiri 5 florokromun farklı kombinasyonlarıyla hazırlanmış probların 24 kromozomla hibridizasyonu ve tek bir filtreye sahip flüoresans mikroskobu ile analizine dayalıdır. Kansere neden olan genomik değişikliklerin standart bantlama yöntemlerinden daha iyi anlaşılmasını sağlar.
60 FISH M- FISH (Multicolor FISH) 5 florokromun çeşitli kombinasyonlarıyla hazırlanmış probların hibridizasyonu ve farklı flouresans sinyalleri ile analizine dayalı bir yöntemdir.
61 FISH COBRA- FISH Diğer FISH yöntemlerine benzer. Ancak 4 florokrom kullanılır. 24 kromozomun 12si bir gruba diğer 12si diğer gruba ayrılır. İlk grup 3 florokromla hibridleştirilirken, 2. gruba ek olara dördüncüflorokromuygulanır. Bu metod, 5. florokrom için, kollara özgü boyama veya M- FISH ile locus- specific probageçiş için kullanılmıştır. R x FISH Gibbon kromozomlarının prob olarak kullanılır. Gibbon ve insan kromozomlarının homolojisi yaklaşık % 98 dir. RxFISH ile yalnızca kromozom arası parça değişimleri değil, aynı zamanda kormozom içi değişimler de belirlenebilmektedir. (delesyon, inversiyon). G- bantlama tekniği ile birlikte kullanıldığında 400 kat daha hassas sonuçlar vermektedir.
62 GISH (Genomik in situ Hibridizasyon) Türler arası hibritlerde, parental genomların ayrılmasına olanak tanıyan genomik boyama tekniğidir. Uygulama alanı genellikle hibritlerdeki ebeveynlerin kromozom analizidir. Başarılı çaprazların belirlenmesi açısından çok önemlidir.
63 GISH (Genomik in situ Hibridizasyon) Temeli
64 CGH (Karşılaştırmalı Genomik Hibiridizasyon) - Genom boyunca tüm kromozomları, DNA dizisindeki kopya sayısı değişimlerini, DNA kayıplarını, amplifikasyonlarını yada DNA miktarındaki değişiklikleri karşılaştırılmalı olarak inceleyen floresan moleküler sitogenetik bir tekniktir. - Bu teknik, kazanım (duplikasyon, insersiyon veya amplifikasyon) veyanetkayıp (materyalde delesyon) gibi kromozom anomalilerinin sınıflandırılmasına olanak sağlar. Yalancı- negatif ve yalancı- pozitif sonuç verme olasılığının FISH tekniğinden çok daha düşük olması nedeniyle çok daha güvenilirdir. örn; embriyolarda- gebelik kusurlarında
65 CGH Yöntemin avantajları: - Temel avantaj DNA örneklerinin kullanılarak tüm genomun tek birdeneydegörüntülenebilmesi - iki renkli görüntüleme sistemi kullanılması sonucunda kromozomanomalilerinin daha güvenilir saptanması - Az miktarlarda DNA örneğinin yeterli olması - Test örneği için metafaz kromozomları gerekli değil - Katı tümörlerin çalışılmasında da elverişlidir.
66 CGH CGH niceliksel 2 renk floresan in situ hibridizasyonuna dayanır. Eşit miktardaki farklı işaretlenmiş tumör genomik DNA ve normal referans DNA sı karıştırılır ve hibridize edilir. Işaretlenmiş problar iki farklı floresan ile belirlenir. Referans metafaz alanındaki kromozomlar boyunca floresan yoğunluklarındaki farklılıklar, tumor DNA daki kopya numara değişikliklerine karşılık gelir.
67 CGH (Karşılaştırmalı Genomik Hibiridizasyon)
68 CISH (Kromogenik in situ hibridizasyon ) CISH pratik, etkili ve FISH a alternatif bir metottur. FISH ile karşılaştırıldığında üç önemli avantajı vardır: 1) Parafin bölgelerin histolojik ayrıntıları aydınlık alanda genellikle daha iyi gözlenir. 2) Morfolojik ayrıntılar düşük güçlü mercekle kolaylıkla görülebilir. 3) Prob sinyalleri hızlı solmazlar.
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II NÜKLEİK ASİTLERİN İŞARETLENMESİ VE HİBRİDİZASYON (MELEZLEME) YÖNTEMLERİ
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II NÜKLEİK ASİTLERİN İŞARETLENMESİ VE HİBRİDİZASYON (MELEZLEME) YÖNTEMLERİ NÜKLEİK ASİTLERİN İŞARETLENMESİ VE HİBRİDİZASYON (MELEZLEME) YÖNTEMLERİ İstenilen nükleik
DetaylıFISH ve in situ melezleme
FISH ve in situ melezleme In situ melezleme belirli bir mrna nın doku içinde nerede bulunduğunu görmemize yarar. Bu metod inceleyenin ilgilendiği mrna nın normal yerini görmesine olanak sağlar. In situ
DetaylıNÜKLEIK ASIT DAYALı YÖNTEMLER HIBRIDIZASYONUNA
NÜKLEIK ASIT DAYALı YÖNTEMLER HIBRIDIZASYONUNA HIBRIDIZASYON Nükleik asit hibridizayon (melezleme) yöntemleri; tek iplikli nükleik asit moleküllerinin tamamlayıcı dizileri ile uygun koşullar altında kendiliğinden
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI
MOLEKÜLER 2014-2015 BİYOLOJİ LABORATUVARI GÜZ DÖNEMİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 7.HAFTA DERS NOTLARI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ Sayfa 1 / 6 1. RFLP (RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUK
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II. ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON
MOLEKÜLER BİYOLOJİDE KULLANILAN YÖNTEMLER II ( WESTERN BLOTTING (WESTERN EMDİRİMİ) ve İMMÜNODETEKSİYON Western blotting: Akrilamit jeldeki protein bantlarının daha kararlı ve sabit bir ortama (örneğin,
DetaylıAgaroz jel elektroforezi
MOLEKÜLER TEKNİKLER Dr. Naşit İĞCİ Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 4. Sınıf (2017-2018 Bahar) 2. NOT Agaroz jel elektroforezi PAGE daha çok proteinlerin ve küçük
DetaylıPOLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)
Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid
DetaylıGENETİK TANI YÖNTEMLERİ. Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu
GENETİK TANI YÖNTEMLERİ Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu S Genetik Tanı Yöntemleri S Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Genetik Tanı Yöntemleri Sitogenetik Tanı
DetaylıMoleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5
Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) (DNA nın in vitro çoğaltılması) 2 Hücrede doğal olarak (in vivo)gerçekleşen replikasyon, in vitro koşullarda da (hücre dışında)
DetaylıKROMOZOMLAR ve KALITIM
KROMOZOMLAR ve KALITIM SİTOGENETİK Kromozomları ve kalıtımdaki görevlerini inceler Bu görevlerin incelenmesinde kullanılan en temel teknikler: - Karyotipleme (Hücre nükleusundaki kromozomların 23 çift
DetaylıNÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN
DetaylıKAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA
İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7
DetaylıMikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D
Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya
DetaylıREKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL
Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL 1960 lardan bu yana genetik ve moleküler biyolojideki kavrayışımızın hızla artması, biyoteknolojide heyecan verici buluşlar ve uygulamalara yol açtı. DNA yapısı ve fonksiyonlarının
DetaylıWESTERN BLOT. Yrd. Doç. Dr. Eda Becer. Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı
WESTERN BLOT Yrd. Doç. Dr. Eda Becer Yakın Doğu Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı Northern Blot (RNA) James Alwine George Stark Western Blot (Protein) Eastern Blot (??) George Stark
DetaylıKROMOZOMLAR ve KALITIM
KROMOZOMLAR ve KALITIM 2 https://en.wikipedia.org/wiki/chimpanzee_genome_project GENETİK KOD RNA da üçlü gruplar halinde bulunan ve protein sentezleme sırasında üretilen aminoasit dizilerinin düzenini
Detaylıcdna Kitaplık Hazırlanışı
cdna Kitaplık Hazırlanışı Uzm.Bio.Veysel Sabri HANÇER İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı 2602043040 Genetik Bilginin İki Kaynağı Vardır; Genomik DNA mrna Ökaryotlardaki
DetaylıAmaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak
BİYOFİZİK 2015 1 Amaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak 2 Hedefler Bu pratiğin sonunda öğrenciler, polimeraz zincir
DetaylıHafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri
GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli
Detaylı15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ
15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ İyonlaştırıcı radyasyonların biyomoleküllere örneğin nükleik asitler ve proteinlere olan etkisi hakkında yeterli bilgi yoktur. Ancak, nükleik asitlerden
DetaylıSODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:
DetaylıSoru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:
Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml
DetaylıKALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ
KALITSAL MOLEKÜLÜN BİÇİMİ ve ORGANİZASYONU PROF. DR. SERKAN YILMAZ Değişik canlı gruplarında kalıtsal molekülün çeşidi, sayısı, biçimi ve organizasyonu bakımından farklılıklar bulunur. Ortak özellik: nükleik
DetaylıComparative Genomic Hybridization (CGH)
CGH, ARRAY-CGH Comparative Genomic Hybridization (CGH) CGH sitogenetik tekniğini ilk defa, Kallioniemi ve ark. 1992 de Science da yayınlattıkları çalışmaları ile ortaya koydular. Kallioniemi A, Kollioniemi
DetaylıHAFTA IV DNA nın kalıtım materyali olduğunun anlaşılması DNA nın Yapısı
Biyoteknoloji ve Genetik I HAFTA IV DNA nın kalıtım materyali olduğunun anlaşılması DNA nın Yapısı Prof. Dr. Hilâl Özdağ Genetik materyal ; 1. Kendini eşleyebilmeli 2. Bilgi depolamalı 3. Bu bilgiyi ifade
DetaylıTIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI
TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI Programın Yürütücüsü Programın Kadrolu Öğretim Üyeleri : Prof. Dr. Elif YEŞİLADA : Prof. Dr. Başak KAYHAN Doç. Dr. Yılmaz ÇİĞREMİŞ Doç. Dr.Şengül YÜKSEL Doç. Dr.
DetaylıRT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler
RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod
DetaylıFLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON
FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON Sağlık Teknikeri Hande ÇOLAKOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Patoloji AD SIVI ve DOKULARIN FISH UYGULAMASI ÖNCESİ HAZIRLIK İŞLEMLERİ FISH Çalışmalarında Ön Uygulama
DetaylıSSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi. Gürbüz POLAT
SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi Gürbüz POLAT SSO Diziye özgü oligonükleotid problarıyla PCR da çoğaltılmış DNA nın hibridizasyonu ile HLA allellerini saptamak için kullanılan moleküler tipleme yöntemidir.
DetaylıDNA HİBRİDİZASYONU. HAZIRLAYANLAR: Beyhan KORKMAZ ( ) Prof. Dr. Figen ERKOÇ GAZİ EĞİTİM FAKÜLTESİ
DNA HİBRİDİZASYONU HAZIRLAYANLAR: Beyhan KORKMAZ (040559019) Prof. Dr. Figen ERKOÇ GAZİ EĞİTİM FAKÜLTESİ DNA hibritleşmesi; birbirine komplementer iki tek zincir nükleik asit sekansının çift zincirli tek
DetaylıPolimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) Ayten AŞKIN KILINÇ Veteriner Hekim PCR nedir? DNA Polimeraz enzimi kullanılarak DNA nın spesifik bir parçasının in vitro (bir tüp içerisinde)
DetaylıKALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ
KALITSAL MADDE PROF. DR. SERKAN YILMAZ Kalıtsal madde (kalıtsal molekül, genetik materyal) (1) canlının yapı ve işlevlerinin belirlenmesinden, (2) canlının kendine benzer bir canlıyı meydana getirmesinden,
DetaylıBAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ
BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür
DetaylıRekombinant DNA teknolojisi ve genomik
C H A P T E R 3 Rekombinant DNA teknolojisi ve genomik Dr. Aslı Sade Memişoğlu PowerPoint Lecture by: Melissa Rowland-Goldsmith Chapman University Başlıklar 3.1 Rekombinant DNA teknolojisi ve klonlamaya
DetaylıDNA dan Kromozomlara
DNA dan Kromozomlara Giriş DNA nın genetik bilgiyi barındırdığının anlaşılmasından sonra; DNA nın genler halinde nasıl organize olduğu ve Genetik işlevin kromozomlar halinde nasıl organize olduğu araştırılmaya
DetaylıKromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar
Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A
DetaylıİMMUNOLOJİK TANI YÖNTEMLERİ
İMMUNOLOJİK TANI YÖNTEMLERİ Presipitasyon G)İMMUNOASSAY TESTLER İşaretli antikorların kullanılmasıyla 1942 de; FA Fluoresan Antikor (Fluorokromlar) 1954 de; IFA (İndirekt Fluoresan Antikor) 1960 da; RIA
DetaylıTÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF
TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF PROJE ÖNERİSİ ADI TUHAF MATERYALLERDEN İZOLE EDİLEN DNA
DetaylıReplikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ
Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ DNA replikasyonu DNA nın replikasyonu, DNA molekülünün, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için kendi kopyasını
DetaylıÇiftlik Hayvanlarında Cinsiyetin Denetimi
Çiftlik Hayvanlarında Cinsiyetin Denetimi Cinsiyetin belirlenmesi Demokritus (MÖ: 470-402) Sağ testisten erkek, sol testisten dişi yavruların dünyaya geldiğini ileri sürmüştür. Fötal yaşamda cinsiyetin
DetaylıHücre içinde bilginin akışı
Hücre içinde bilginin akışı 1 DNA Çift Zincir Heliks 2 Hücre Çekirdeği ve Çekirdek Zarının Yapısal Organizasyonu Hatırlıyor musunuz? DNA Kromatin Kromatid Kromozom RNA Protein Çekirdek Çekirdekcik Nükleotid
DetaylıArtan bilgi ile birlikte hasta ve ailelerin bilinçlendirilmesi
Bugün gelinen noktada genetik Artan bilgi ile birlikte hasta ve ailelerin bilinçlendirilmesi «Genetik bilgiden hastaların ve ailelerin yararlanması için tüm sağlık çalışanları insan genetiğinin temelinde
DetaylıElektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot
Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot Dr. Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Elektroforez DNA, RNA ve protein moleküllerini büyüklük, şekil
DetaylıGIDA BİYOTEKNOLOJİSİ-2
DNA nın replikasyonu GIDA BİYOTEKNOLOJİSİ-2 1 2 DNA Replikasyonu (DNA çoğalması, DNA ikileşmesi, DNA sentezi) Bir hücrenin bölünebilmesi için DNA nın da çoğalması gerekir. DNA replikasyon mekanizmasının
Detaylı07.04.2008. DNA İnceleme Teknikleri GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ. DNA Jel Elektroforezin Aşamaları. DNA Jel Elektroforezi
GEÇMİŞTEN GÜNÜMÜZE DNA İNCELEME TEKNİKLERİ VE PRENSİPLERİ Prof.Dr.Behnan ALPER Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Adli Tıp Anabilim Dalı Adana DNA İnceleme Teknikleri DNA Jel Elektroforezi RFLP Restriksiyon
Detaylı2. Histon olmayan kromozomal proteinler
12. Hafta: Nükleik Asitler: Nükleik asitlerin yapısal üniteleri, nükleozitler, nükleotidler, inorganik fosfat, nükleotidlerin fonksiyonları, nükleik asitler, polinükleotidler, DNA nın primer ve sekonder
DetaylıAdnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013)
Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 1 DNA moleküllerinin analizinde çok çeşitli yöntemler
DetaylıNükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ
Nükleik asitler Sıcaklıkla öldürülmüş S suşları Canlı R suşlarını canlı S suşuna dönüştürür a) Farelere virulan S suşu enjekte edildiğinde ölür b) R suşu enjekte edildiğinde yaşar c) Isıyla öldürülmüş
DetaylıHPV Moleküler Tanısında Güncel Durum. DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY 1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ
1.ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ HPV Moleküler Tanısında Güncel Durum DNA bazlı Testler KORAY ERGÜNAY Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD Viroloji Ünitesi HPV tanısı... Sitolojik/Patolojik
DetaylıMİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ
MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir 1920 li yıllar...
DetaylıMOLEKÜLER DNA DİZİ ANALİZ YÖNTEMLERİ
MOLEKÜLER DNA DİZİ ANALİZ YÖNTEMLERİ DNA dizi analizleri ya da sekanslama; DNA birincil (temel) yapılarının belirlenmesinde kullanılan yöntemlerdir, DNA nın nukleotid dizilerinin saptanması anlamına gelir.
DetaylıWestern Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar
İçerik Giriş...2 Western Blot Yöntemi...2 Protein Örneklerinin Hazırlanması...2 Dikey Jel Sistemi Kullanımı...3 Kuru Transfer Sistem Kullanımı...4 Bloklama...6 Protein Tespiti...6 Kemilüminesans Tanımlama
DetaylıTRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ
TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ TRANSLASYON Translasyonda nükleik asit kullanılır fakat son ürün bir nükleik asit değil proteindir. Translasyon mekanizması 4 ana bileşenden oluşmaktadır: 1. mrnalar 2. trnalar
DetaylıDİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ. İmmunohistokimya teknikleri ve Kullanım Alanları. Doç.Dr.
DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ İmmunohistokimya teknikleri ve Kullanım Alanları Doç.Dr. Engin DEVECİ İmmunohistokimya Hücre ve doku içinde bulunan bazı enzimlerin ya
DetaylıBİYOLOJİ DERS NOTLARI YGS-LGS YÖNETİCİ MOLEKÜLLER
www.benimdershanem.esy.es Bilgi paylaştıkça çoğalır. BİYOLOJİ DERS NOTLARI YGS-LGS YÖNETİCİ MOLEKÜLLER NÜKLEİK ASİTLER Nükleik asitler, bütün canlı hücrelerde ve virüslerde bulunan, nükleotid birimlerden
DetaylıMİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL
MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir
DetaylıDÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)
DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel
DetaylıHIZLI YÖNTEMLER (III)
1 Doç.. Dr. Serap COŞANSU AKDEMİR HIZLI YÖNTEMLER (III) 2 MOLEKÜLER GENETİK YÖNTEMLER Gıda kaynaklı patojenlerin tanımlanmasında ve karakterizasyonunda fenotipik yöntemler halen yaygın olarak kullanılmakla
DetaylıNiçin PCR? Dr. Abdullah Tuli
Niçin PCR? Dr. Abdullah Tuli 1980 lerin Başı Bir yöntem düşünün Tepkimeyi gerçekleştirmek kolay mıdır? Bu yöntem çok mu karmaşıktır, yoksa basit mi? Yöntemde kullanılan örnek, saf mı ya da son derece karmaşık
DetaylıREVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No
REVİZYON DURUMU Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No Hazırlayan: Onaylayan: Onaylayan: Prof. Dr. Nedime Serakıncı, Yrd. Doç. Dr. Umut Fahrioğlu Adem Aköl Kalite Konseyi Başkanı Sinan Özyavaş Kalite Koordinatörü
DetaylıLaboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.
Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı
DetaylıRNA Yapısı ve Katlanması, Hücrede Bulunan RNA Çeşitleri
RNA Yapısı ve Katlanması, Hücrede Bulunan RNA Çeşitleri RNA (Ribonükleik Asit) Nükleik asitler, Friedrich Miescher tara2ndan 1869'da keşfedildi. İl=haplı bandajlardan izole edilen bu maddeye nüklein adını
DetaylıBakteriler Arası Genetik Madde Aktarımı
Bakteriler Arası Genetik Madde Aktarımı Transformasyon: Her hangi bir aracı bulunmaksızın, verici bakteri tarafından ortama bırakılmış olan DNA nın, alıcı bakteri tarafından alınması yoluyla oluşan rekombinasyon
DetaylıRTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti
RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050
DetaylıAVRASYA ÜNİVERSİTESİ
Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(
DetaylıIMMUN PEROKSİDAZ TESTİ (PEROXİDASE LİNKED ANTİBODY ASSAY-PLA)
IMMUN PEROKSİDAZ TESTİ (PEROXİDASE LİNKED ANTİBODY ASSAY-PLA) Tanım: Enzim ile işaretli antikorlar ve substrat kullanılarak, şüpheli materyalde bulunan etken (ya da Ag) ya da bunlara karşı oluşmuş antikor
DetaylıYGS YE HAZIRLIK DENEMESi #13
YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #13 1) Canlılarda özelliklerin genlerle kontrol edildiği ve her genin en az bir özellikten sorumlu olduğu bilindiğine göre, I. Diploid canlılarda her özellik için iki gen bulunması
DetaylıGıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması
Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION
DetaylıVİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ
VİRUS HASTALIKLARINDA TANI YÖNTEMLERİ Doç. Dr. Koray Ergünay MD PhD Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Viroloji Ünitesi Viral Enfeksiyonlar... Klinik
DetaylıGenom analizi için belirteç olarak kullanılan DNA dizileri
Salgınların Araştırılmasında Hızlı Genotiplendirme Yöntemleri Avantajları-Dezavantajları Doç. Dr. Z. Ceren KARAHAN Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobioyoloji Anabilim Dalı Moleküler Genetik
DetaylıMİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI
MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI BİYOTEKNOLOJİ DERS NOTLARI Biyoteknoloji, genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipülasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde
DetaylıÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ
ÜNİTE 12:GENETİK MÜHENDİSLİĞİ VE BİYOTEKNOLOJİ Genetik mühendisliği gelişmeden önce insanlar yapay seçilim yoluyla istenen özelliklerin yavru canlılarda görülmesini sağlamışlardır. Örneğin seçici üretim
DetaylıPOYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK
POYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK EDVOTEK VİZYON Edvotek, bir çok disiplini bir araya getirerek karmaşık gibi görünen birçok bilimin temellerini anlatarak «Nasıl bilim adamı yetiştiririz?» sorusuna karşılık
DetaylıMoleküler Yöntemlerin Tanımlanması
Moleküler Yöntemlerin Tanımlanması Uğur Özbek İstanbul Üniversitesi DETAE, Genetik A.D. 2. Ulusal Lenfoma Myeloma Kongresi Lenfomalarda Moleküler Patogenez ve Hematopatoloji 16.04.2011 Sunum I. İnsan Genomu
DetaylıMEMBRANA AKTARIMLA PROTEİN SAPTANMASI: WESTERN EMDİRİMİ ( BLOTTİNG )
12. WESTERN BLOT UYGULAMASI MEMBRANA AKTARIMLA PROTEİN SAPTANMASI: WESTERN EMDİRİMİ ( BLOTTİNG ) A. BİLGİ Herhangi bir örnekten elde edilen ve çok sayıda protein içeren bir karışımın içinde istenen tek
Detaylı(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)
T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER
DetaylıDÖNEM I TIBBA GİRİŞ DERS KURULU (01 EKİM Kasım 2018)
DÖNEM I TIBBA GİRİŞ DERS KURULU (0 EKİM 208-6 Kasım 208) DERSLER TEORİK PRATİK TOPLAM Tıbbi Biyoloji 40 X2 46 Tıbbi Biyokimya X2 7 Biyofizik 2-2 Halk Sağlığı 2 4x4 28 Tıbbi Genetik 7 -- 7 Tıp Tarihi ve
Detaylıhendisliği BYM613 Genetik MühendisliM Tanımlar: Gen, genom DNA ve yapısı, Nükleik asitler Genetik şifre DNA replikasyonu
BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Salı 9.00-11.45, D9 Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik Tanımlar: Gen,
DetaylıIII-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler
III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler
DetaylıMICROARRAY TEKNOLOJİSİ
MICROARRAY TEKNOLOJİSİ Bilgisayar teknolojisinin moleküler biyolojiye paralel olarak hızla gelişmesi, iki disiplini birbirine yaklaştırmıştır. Böylece, biyoteknolojinin kavramsal olarak ulasabileceği son
DetaylıMICROARRAY TEKNOLOJİSİ
MICROARRAY TEKNOLOJİSİ Bilgisayar teknolojisinin moleküler biyolojiye paralel olarak hızla gelişmesi, iki disiplini birbirine yaklaştırmıştır. Böylece,biyoteknolojinin kavramsal olarak ulasabileceği son
Detaylıİşlevsel Genomik Nedir?
İşlevsel Genomik Nedir? İşlevsel Genomik, yapısal genomik tarafından sağlanan bileşenlerin ve bilginin kullanımı ile gen işlevinin değerlendirilmesinde, deneysel yaklaşımların (genom veya sistem boyunca)
DetaylıHücre Proliferasyonu ve Testleri
1 Hücre Proliferasyonu ve Testleri Normal Hücre Çoğalması Normal dokularda, hücre bölünmesi ve çoğalması organizmanın devamlılığı için bir gereklilik;r. Hücre çoğalmasının olması gerekenden farklı olması
DetaylıRekombinant DNA Teknolojisi-II
BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-II Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2
DetaylıREKOMBİNANT DNA TEKNİKLERİ I DR. ONUR YILMAZ 2017
REKOMBİNANT DNA TEKNİKLERİ I DR. ONUR YILMAZ 2017 Rekombinasyon: Yenibileşim - yenidenoluşum. Bir molekülün-hücrenin, atasal wild type yada ilkin (orijinal) yapısından farklılık göstermesi durumudur. I
DetaylıNilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans
DetaylıHücre Transfeksiyonu
1 Hücre Transfeksiyonu Tanımlar Transformasyon: Bakteri ve bitkilere gene/k materyal aktarılması işlemidir. Transdüksiyon: Ökaryo/k hücrelere gene/k materyallerin viral yöntemlerle aktarılması işlemidir.
Detaylı18.Eyl Rektörlük Programı Eğitim Köyü Pazartesi Rektörlük Programı Eğitim Köyü Rektörlük Programı Eğitim Köyü
18.Eyl.17 09.00-09.50 Rektörlük Programı Eğitim Köyü Pazartesi 10.00-10.50 Rektörlük Programı Eğitim Köyü 11.00-11.50 Rektörlük Programı Eğitim Köyü 13.00-13.50 Rektörlük Programı Eğitim Köyü 14.00-14.50
DetaylıDNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ
DNA ARAÇLARI ve BİYOTEKNOLOJİ Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER DNA Düzenlenmesi İnsan DNA sı ile yapılan ilk çalışmalar için yani çalışma yöntemi geliştirilmesi için yaklaşık 1 milyon dolar
DetaylıEn Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test
En Etkili Kemoterapi İlacı Seçimine Yardımcı Olan Moleküler Genetik Test Yeni Nesil DNA Dizileme (NGS), İmmünHistoKimya (IHC) ile Hastanızın Kanser Tipinin ve Kemoterapi İlacının Belirlenmesi Kanser Tanı
DetaylıFinal Sınavı Soruları
Final Sınavı Soruları Soru1: PCR döngüsünü kısaca anlatılınız. Cevap1: İlk adımda solüsyonun sıcaklığı artırılarak DNA zincirinin denatüre olması sağlanır. Bu sırada Bundan sonra primerlerin tekli DNA
DetaylıPREİMPLANTASYON GENETİK TANIDA KULLANILAN YÖNTEMLER ve ÖNEMİ
PREİMPLANTASYON GENETİK TANIDA KULLANILAN YÖNTEMLER ve ÖNEMİ Yrd. Doç. Dr. Hakan GÜRKAN Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı PGT NEDİR? Gebelik öncesi genetik tanı (PGT) adı verilen
DetaylıI. YARIYIL MOLEKÜLER HÜCRE BİYOLOJİSİ I (TBG 601, ZORUNLU, TEORİK 3, 3 KREDİ)
T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2017-2018 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL MOLEKÜLER HÜCRE BİYOLOJİSİ
DetaylıChapter 10 Lecture. Genetik Kavramlar Concepts of Genetics Tenth Edition. 1. DNA Yapısı. Çeviri: Aslı Sade Memişoğlu
Chapter 10 Lecture Genetik Kavramlar Concepts of Genetics Tenth Edition 1. DNA Yapısı Çeviri: Aslı Sade Memişoğlu Genetik malzeme nedir? Çoğunlukla genetiğin ikili sarmalın keşfiyle başladığı düşünülür
DetaylıHücre Apoptozu. Apoptoz: Programlı Hücre Ölümü
1 Hücre Apoptozu Apoptoz: Programlı Hücre Ölümü Apopto%k hücreler organizmanın bazı dokularında ve hücrelerinde sürekli olarak oluşmaktadırlar ve bu oluşum ömür boyu devam etmektedir. Böylece ölüm (apoptozis)
DetaylıPolimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
4. Ha&a Polimeraz Zincir Reaksiyonu Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunu içeriği PCR ın tanımı PCR ın kısa tarihçesi Hücre içi DNA replikasyonu PCR bileşenleri PCR temel prensipler PCR ın kullanım alanları
DetaylıNÜKLEİK ASİTLER. Nükleotitler, nükleik asitlerin yapı taşlarıdır. Nükleotitlerin, hücre
NÜKLEİK ASİTLER Nükleotitler, nükleik asitlerin yapı taşlarıdır. Nükleotitlerin, hücre metabolizmasında çeşitli görevleri vardır. Nükleotitler, metabolik dönüşümlerde enerji birimi, hücrelerin hormonlara
DetaylıVirolojik Teşhis Yöntemleri. Viral Partikül Tespiti 8/10/2018. Virüs izolasyonu/identififikasyonu
Virolojik Teşhis Yöntemleri Dr.Öğr.Üyesi Engin BERBER Viral partikül tespiti Virüs izolasyonu/identififikasyonu Viral antijen tespiti Virüs spesifik antikor tespiti Viral nükleik asit tespiti 1 2 Elektron
DetaylıMIKROARRAY TEKNOLOJİSİ. Veysel Sabri HANÇER Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı
MIKROARRAY TEKNOLOJİSİ Veysel Sabri HANÇER Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora Programı 2602040083 vshancer@yahoo.com EŞ ANLAMLILAR Biochip DNA chip DNA microarray Gene array 2 Neden bu teknolojiye ihtiyaç
DetaylıBİO 775 PROTEOMİK ve GENOMİK
1 BİO 775 PROTEOMİK ve GENOMİK SEQUENCE TAGGED SITES (STSs) EXPRESSED SEQUENCE TAG (ESTs) S. Esin SELÇUK 2006 2 SEQUENCE TAGGED SITES (STSs) STS; genomda 200-300 baz uzunluğundaki kısa bir bölgedir ve
Detaylı