Mikrobiyom Analiz Raporu

Transkript

1 Sevgili Demo Kullanıcı, Bu raporla mikrobiyom dünyanızın kapısını açacağız. Mikrobiyomunuzu keşfederek beslenmenizi yönetebilmenizi ve sağlığınıza hükmetmenizi amaçlıyoruz. Fakat unutmamalısınız ki bu bir klinik tanı/ teşhis raporu değildir. Sizin için mikrobiyom bilimini ve yapay zeka teknolojisini kullanarak analiz ediyor ve size sunduğumuz kişisel beslenme rehberi ile yaşam kalitenizi arttırmanıza destek oluyoruz. Dünyanın saygın üniversitelerinde çalışmalar yapmış uzman mikrobiyologlar, biyoinformatik ve yapay zeka mühendislerimizin sizin için oluşturduğu bu rapor ile mikrobiyomunuzu dengelerken uzman hekimlerimiz de size destek olacaktır. Mikrobiyomunu keşfet, beslenmeni yönet, sağlığına hükmet! Mikrobiyom Analiz Raporu Doğumdan itibaren mikrobiyomunuz sizinle birlikte gelişir, farklılaşır ve yaşlanır. Genomunuz, doğum şekliniz, anne sütü alıp/almamanız, ek gıdaya geçiş zamanınız, ilaç kullanımlarınız, geçirdiğiniz hastalıklar, beslenme alışkanlıklarınız, kırsal/kentsel mekanda yaşıyor olmanız gibi çevresel koşullar başta olmak üzere bir çok etken mikrobiyomunuzun çeşitliliğini, dengesini ve dolayısıyla sağlığını etkiler. Ve sağlıklı bir mikrobiyom: İdeal kilonun korunmasında önemli rol oynar Güçlü bir bağışıklık sistemi sağlar Sindirim sistemi hastalıklarına karşı koruyucudur Cilt sağlığında etkilidir Mental sağlıkta rol oynar Kaliteli uyku için önemlidir

2 MİKROBİYOM DÜNYANA HOŞGELDİN Mikrobiyom Analiz Raporu nun temeli Türkiye ve dünya üzerinden elde edilen binlerce bireyin bağırsak örneği ile analiz edilen bakteriler ve besin-bakteri ilişkisine yönelik literatür taraması ve tüm bu verilerin yapay zeka algoritmamıza aktarılarak sonuç elde edilmesine dayanır. Sonuçlarınızın mevcut durumu aşağıda belirtilmiştir. ( iyi) Mikrobiyom Yaşın Mikrobiyom Çeşitliliğin (Orta) Bağırsak Skorların Orta 26.0 Beden Kitle İndeksin Karbonhidrat Metabolizman 61.0 İyi Orta 8.0 Protein Metabolizman Yağ Metabolizman 43.0 Orta İyi 84.0 Vitamin Sentezin Laktoz Hassasiyetin 27.0 Orta Orta 24.0 Glüten Hassasiyetin Şeker Tüketimin 48.0 orta Orta 51.0 Yapay Tatlandırıcı Hasarın Probiyotik Organizmaların 37.0 orta Orta 50.0 Bağırsak Hareketliliğin Orta 30.0 Otoimmünite Endeksin Antibiyotik Hasarın 36. iyi Uyku Kaliten 22 kötü

3 Mikrobiyom Yaşı 55 Bağırsak mikrobiyomumuz, canlı mikroorganizmalardan oluşan dinamik bir yapıdır. Bu nedenle bu canlıların miktarları, çeşitleri, taşıdıkları genler de yaşınız, yaşam koşullarınız, yedikleriniz ve geçirdiğiniz hastalıklarla birlikte değişmeye ya da yaşlanmaya müsaittir. Mikrobiyom yaşınızın takvim yaşınızdan daha az olması veya takvim yaşınıza yakın olması daha genç bir metabolizmaya sahip olduğunuzu göstergerirken, takvim yaşınızdan fazla olması ise tam tersine işaret etmektedir. Mikrobiyomunuz sizden daha genç! Genç kalmaya devam etmeniz için size özel kişiselleştirilmiş beslenme rehberi en iyi dostunuz olacak. Mikrobiyom Çeşitliliği 6.4 ORTA Mikrobiyom çeşitliliği skoru, ne kadar çok çeşitte bakterinin ne kadar dengeli dağıldığını gösterir. 0-4 arası skorlar bakteri çeşitliliğinin az olduğu ve dağılımının dengeli olmadığı, 4-7 arası skorlar çeşitliliğin ve dağılımın orta seviyede olduğu, 8-10 arası skorlar ise çeşitliliğin ve dağılımın iyi/çok iyi seviyede olduğu anlamına gelir. İyileştirilmeli; daha çeşitli bir mikrobiyoma sahip olmanız için size sunduğumuz beslenme rehberi yardımcı olacak

4 Taksonomik Analizin Taksonomik analiz, mikrobiyomunuzda var olan bakterilerin cins, aile ve şube seviyesinde oranlarını gösterir. Her canlının belirli bir sistem dahilinde ortak karakterlerine göre bilim insanları tarafından, sınıflandırıp isimlendirildiği bilime taksonomi denilmektedir. Doğada her canlının bir taksonomik sınıflandırması vardır. Örneğin sokakta gördüğümüz kedi cins olarak ev kedisi ve yakın akrabaları, Aile olarak Kedigiller, takım olarak Etciller, Şube olarak Kordalılar, Alem olarak Hayvanlar, alemine dahildir. Buradaki her bir gruba takson denir ve bakteriler de aynı şekilde ortak karakterlerine göre farklı taksonlar içerisinde gruplandırılmaktadır. Şube Seviyesi Bağırsak mikrobiyomunuzda bulunan bakteriler ve oranları şube seviyesinde profillenmiştir. Kendi profilinizi Türkiye'deki ve dünyadaki insanların profilleri ile karşılaştırmalı olarak inceleyebilirsiniz. Senin Örneğin %28.9 %9.4 %61.7 Bacteroidetes Diğer Firmicutes Türkiye Ortalaması %37.9 %15.4 %46.7 Bacteroidetes Diğer Firmicutes Dünya Ortalaması %35.8 %9.3 %54.9 Bacteroidetes Diğer Firmicutes

5 Aile seviyesi Bağırsak mikrobiyomunuzda bulunan bakteriler ve oranları aile seviyesinde profillenmiştir. Kendi profilinizi Türkiye'deki ve dünyadaki insanların profilleri ile karşılaştırmalı olarak inceleyebilirsiniz. Senin Örneğin %25 %19.8 %21.5 %33.6 Bacteroidaceae Diğer Lachnospiraceae Ruminococcaceae Türkiye Ortalaması %26.4 %39.5 %15.6 %18.6 Bacteroidaceae Diğer Lachnospiraceae Ruminococcaceae Dünya Ortalaması %16.7 %40.2 %17.9 %25.2 Bacteroidaceae Diğer Lachnospiraceae Ruminococcaceae

6 Cins Seviyesi Bağırsak mikrobiyomunuzda bulunan bakterilere ait oranlar cins seviyesinde profillenmiştir. Kendi profilinizi Türkiye'deki ve dünyadaki insanların profilleri ile karşılaştırmalı olarak inceleyebilirsiniz. Senin Örneğin %25 %3.8 %3.4 %22.7 %3.2 %4.5 %8.1 %26.1 %3.4 Bacteroides Blautia Clostridiales Diğer Faecalibacterium Lachnospira Lachnospiraceae Ruminococcaceae Ruminococcus Türkiye Ortalaması %26.4 %2.6 %5 %42.8 %6.5 %1.1 %7.1 %8.6 %0 Bacteroides Blautia Clostridiales Diğer Faecalibacterium Lachnospira Lachnospiraceae Ruminococcaceae Ruminococcus Dünya Ortalaması %16.7 %3 %4.1 %40.8 %11.7 %1.9 %9.4 %9.9 %2.6 Bacteroides Blautia Clostridiales Diğer Faecalibacterium Lachnospira Lachnospiraceae Ruminococcaceae Ruminococcus

7 Yakın Profillerin Yapay zeka algoritmamız sizin mikrobiyom profilinize benzer mikrobiyoma sahip insanları inceledi ve sizin profilinize en yakın olan insanların yaşam tarzı ve sağlık durumu istatistiklerini çıkardı. Veri tabanımızda sizin profilinize benzer olan bireylerin: Migren Rahatsızlığı Huzursuz Bağırsak Gıda Alerjisi Bulunuyor Akciğer Rahatsızlığına Yaşıyor Sendromu Yaşıyor Sahip %23 %19 %16 %13 Kabızlık Problemi Otoimmün Bozukluğa Tiroid Rahatsızlığına Hayatının Bir Yaşıyor Sahip Sahip Döneminde Kanser Teşhisi Almış %12 %11 %10 %8

8 Diyare (İshal) Klinik çalışmalar diyare şikâyeti olan kişilerin mikrobiyomunda sağlıklı insanlara göre belirli bakteri takson çeşitliliklerinin ve miktarlarının azaldığını göstermektedir. Diyareli kişilerin mikrobiyom alfa- çeşitliliğinin istatistiki olarak anlamlı oranda sağlıklı gruptan daha düşük olduğu raporlanmıştır. Diyare (İshal) Pozitif İlişkili Clostridium difficile [1, 3] Campylobacter [4, 5] Shigella [6, 8] Salmonella enterica [9, 13] Vibrio cholerae [14, 15] Clostridium [16, 17] Negatif İlişkili Lactobacillus [19] Mikrobiyom Çeşitliliği [20, 21] Gaz Mikrobiyom aktif olarak besinlerin sindiriminde görev alır. Belirli besinler kolona girdikten sonra bağırsak mikroorganizmaları tarafından metabolize edilir ve bu esnada hidrojen, metan gibi gaz çıkışları olur. Bilimsel çalışmalar disbiyotik mikrobiyoma sahip kişilerde oluşan gaz miktarının mikrobiyom dengesi sağlanmış sağlıklı kişilerden daha fazla olduğunu göstermiştir. Bağırsaklarda fazla miktarda hidrojen ve metan gazının ortaya çıkması karbonhidratların sindirimine dair bir soruna işaret etmenin yanında, aşırı metan gazı üretimi bağırsak hareketlerini yavaşlatabilir. Karbonhidrat kullanarak gaz üreten bakterilerden olan Dorea spp. gibi bakterilerin gaz sorunu yaşayan kişilerde önemli ölçüde arttığı bildirilmiştir. Gaz Pozitif İlişkili Bacteroides fragilis [24] Dorea

9 Kabızlık Mikrobiyom elamanları arasındaki dengesizlik disbiyozis olarak bilinir. Disbiyosiz, içerisinde kabızlığın da olduğu birçok hastalığın ortaya çıkmasıyla ilişkilidir. Sağlıklı kişiler ile kronik kabız hastalarının kıyaslandığı çalışmalarda, kronik kabızların düşük çeşitlilikte daha dengesiz bir dağılım gösteren mikrobiyom profiline sahip olduğu ortaya konulmuştur. Kabız olan erişkinlerin bağırsak mikrobiyomunda, Bifidobacterium cinsi başta olmak üzere, yararlı bakterilerin önemli ölçüde azaldığı tespit edilmiştir. Kabızlık Pozitif İlişkili Methanobrevibacter [22] Negatif İlişkili Bifidobacterium [23] Şişkinlik Sindirim sürecinde aktif olarak rol oynayan bağırsak mikrobiyomunda protein, yağ ve karbonhidrat metabolizmaları ile ilişkilendirilmiş çok sayıda farklı bakteri bulunmaktadır. Bu bakterilerin varlığı ya da luğu, çeşitleri veya oranları dışarıdan alınan besinlerin verimli bir şekilde sindirilememesi veya istenmeyen ara ürünlerin çıkması durumlarını doğrudan etkilemektedir. Bu durum hayat boyunca ya da hayatın bir döneminde yaşanan şişkinliğin sebebi olabilir. Kronik hastalıklar, yaşlanma, antibiyotik kullanımı, stres vs gibi farklı sebeplerle kendini gösteren mikrobiyom farklılaşması önceden sindirebilen besin ögelerinin artık sindirememesine bağlı olarak gaz, şişkinlik veya hazımsızlık gibi sorunlara sebep olabilmektedir. Şişkinlik Pozitif İlişkili Anaerotruncus [25] Huzursuz Bağırsak Sendromu (İBS) Bağırsak mikrobiyom dengesizliğinin IBS nin patofizyolojisine katkıda bulunduğu birçok bilimsel çalışma ile ortaya konulmuştur. 16S ribozomal RNA dizileme ve makine öğrenimi temelli son çalışmalarda, IBS hastalarına özgü bir bağırsak mikrobiyom profilinin varlığı gösterilmiştir. IBS hastalarının sağlıklı kontrollere kıyasla mikrobiyal çeşitliliğinin daha düşük olmasının yanında, Bifidobacterium ve Lactobacillus cinsleri ile Faecalibacterium prausnitzii türünün önemli ölçüde azaldığı, başta Clostridium cinsi ve Ruminococcaceae ailesi olmak üzere Firmicutes filumuna ait bakterilerin oranlarında ise artış olduğu görülmüştür. Mikrobiyom dengesini sağlaması yönünde diyet ve biyoteropötik yöntemler ile yapılan modülasyon çalışmalarının, IBS semptomlarını istatiksel olarak anlamlı oranda azalttığı bildirilmiştir.

10 Huzursuz Bağırsak Sendromu (İBS) Pozitif İlişkili Salmonella enterica [26] Campylobacter [26] Shigella [26] Veillonella [27] Yüksek Ruminococcus [28] Negatif İlişkili Collinsella aerofaciens [31] Yüksek Bifidobacterium [30] Lactobacillus [30, 27] Alistipes [29] Faecalibacterium [28] Düşük Düşük İnflamatuvar Bağırsak Hastalığı (İBH) En sık karşılaşılan iki tipi olan Crohn Hastalığı ve Ülseratif Kolit dahil olmak üzere, bağırsak mikrobiyomun disbiyozisi tüm IBH tiplerinde gözlemlenmekte ve bu disbiyozisin hastalığın etiyopatogenezinde önemli rol oynadığı düşünülmektedir. Sağlıklı kişiler ile karşılaştırıldığında İBH hastalarının intestinal mikrobiyomunda Actinobacteria ve Proteobacteria filumlarına ait bakterilerde artış gözlenirken Firmicutes filumu, Bacteroidetes sınıfı, Dialister invisus, Faecalibacterium prausnitzii ve Bifidobacterium adolescentis türlerinde ise azalma olduğu raporlanmıştır. İnflamatuvar Bağırsak Hastalığı (İBH) Pozitif İlişkili Desulfovibrio [32] Düşük Fusobacterium [33] Negatif İlişkili Roseburia [34] Yüksek Dialister Faecalibacterium Düşük

11 Crohn Hastalığı Çeşitliliği yüksek ve dengeli bir mikrobiyom profili patojenlerin bağırsak çeperine kolonize olmasını engeller, bağırsak mukozasını korur ve sindirim sistemi hastalıklarına karşı savunmada rol oynar. Genellikle etkilediği dokulara derin bir şekilde yayılan ve sindirim sistemi astarının iltihaplanması ile karakterize olan Crohn hastalığında bağırsak mikrobiyom disbiyozisi tespit edilmiştir. Hastaların mikrobiyom profillerinde Enterobacteriaceae ailesiyle birlikte Ruminococcus gnavus türünde artış meydana gelirken Faecalibacterium spp, Roseburia spp. ve kısa zincirli yağ asitlerinin sentezi ile antiinflamatuar etki sağlayan Faecalibacterium prausnitzii türünün önemli oranda azaldığı görülmüştür. Ayrıca yine bu hastalarda mikrobiyal çeşitlilik azalırken özellikle iltihaplanmaya neden olan lipopolisakkaritleri üreten farklı taksonlara ait bakterilerin miktarlarında artış olduğu raporlanmıştır. Crohn Hastalığı Pozitif İlişkili Ruminococcus [37, 38] Actinomyces [35] Providencia [36] Negatif İlişkili Dorea Peptostreptococcus Acidaminococcus

12 Ülseratif Kolit Bağırsak mikrobiyomunun Crohn hastalığında olduğu gibi ülseratif kolitte de disbiyosize uğradığı bilinmektedir. Bilimsel çalışmalar, ülseratif kolit hastalarının mikrobiyomunda bağırsak astar bütünlüğü için destekleyici olan ve iltihaplanmayı engelleyen bütirat ve asetat gibi kısa zincirli yağ asitlerini üreten farklı bakterilerin azaldığını ortaya koymuştur. Buna ek olarak, hastaların mikrobiyomlarında liflerin sindirimine yardımcı olan bakterilerin sayılarında sağlıklıya göre belirgin bir düşüş olduğu bilinmektedir. Ülseratif Kolit Pozitif İlişkili Ruminococcus [37] Dorea [46] Peptostreptococcus [47] Acidaminococcus [45] Negatif İlişkili Akkermansia muciniphila [37] Odoribacter [34] Roseburia [50] Ruminococcus albus [47] Phascolarctobacterium [49] Lachnospira [46] Prevotella [44] Mikrobiyom Çeşitliliği [48] Yüksek Düşük Yüksek

13 Obezite Bağırsak mikrobiyomunun obezite de dahil olmak üzere bilinen birçok metabolik bozukluğun etiyolojisinde ve patogenezinde aktif rol oynadığı bilinmektedir. Mikrobiyom elamanları insan metabolizmasına dolaylı yollardan müdahale ederek kilo vermeyi zorlaştırabilir veya verilen kiloların kısa sürede geri alınmasına neden olabilir. Obez kişilerin genel olarak bağırsak mikrobiyom çeşitliliğinde azalma olduğu, mikrobiyom profillerinde kilo almaya yatkın bakteri grubunun baskın olduğu ve bu sebeple kilo alma eğiliminde oldukları tespit edilmiştir. Obezitede bağırsak mikrobiyomunun bir hafızası olduğu ve bu hafıza değişmeden jenerik diyetle ya da cerrahi müdahaleyle verilen kiloların geri alındığı birçok çalışma ile gösterilmiştir. Tek yumurta ikizleri üzerine yapılan çalışmalar ise bağırsak mikrobiyomunda filum düzeyinde farklılaşmayla obezitenin ilişkili olduğunu (Bacteroidetes filumunda azalma ve Actinobacteria filumda artış) doğrulamıştır. Obezite Pozitif İlişkili Acidaminococcus [53] Negatif İlişkili Akkermansia muciniphila [55] Christensenella [61] Alistipes [56] Anaerotruncus [57] Butyrivibrio [59, 60] Methanobrevibacter [52] Bifidobacterium [58] Papillibacter [63] Mikrobiyom Çeşitliliği [59, 60, 62] Düşük

14 Tip 2 Diyabet Çeşitli metabolik hastalıkların gelişmesinde, ilerlemesinde ve/veya tedavi yanıtında bağırsak mikrobiyomu önemli rol oynamaktadır. Tip 2 diyabetli hastaların bağırsak mikrobiyomunun sağlıklı bireylerin mikrobiyom profillerine göre çeşitlilik ve dağılım açısından farklılaştığı klinik çalışmalar ile ortaya konulmuştur. Bu çalışmalar, belirli bakterilerin Tip 2 diyabet öncesinde meydana gelen inflamatuar durumda etkin rol oynadığına ve bütirat üreten-inflamasyon önleyici bakteri miktarının sağlıklı insanlara göre Tip 2 diyabetli hastalarda daha az oranda bulunduğuna işaret etmektedir. Kişiselleştirilmiş beslenme ile mikrobiyom modülasyonunun yüksek postprandiyal kan şekerini ve bunun metabolik sonuçlarını başarıyla değiştirebileceği klinik çalışmalar ile gösterilmiştir. Tip 2 Diyabet Pozitif İlişkili Akkermansia muciniphila [64] Rothia [65] Negatif İlişkili Lactobacillus [67, 68] Roseburia [64, 69] Victivallis [70] Yüksek Koroner Kalp Hastalığı Bağırsak bakterileri, kolesterol metabolizması, enerji kullanımı ve insülin duyarlılığı üzerinde güçlü etkileri olan çeşitli sinyal molekülleri üzerinden lipit metabolizmasını etkilemektedirler. Mikrobiyomda bulunan belirli bakteri gruplarının kardiyovasküler hastalıkları tetikleyen trigliserit ve yüksek yoğunluklu lipoproteinlerin kandaki seviyelerinin artışına sebep olduğunu gösteren bilimsel çalışmalar mevcuttur. Koroner arter hastalığı olan kişilerin mikrobiyomunda belirli bakteri taksonlarının sağlıklı insanlara göre azalmasının yanı sıra trimetilamin üretimiyle ilişkili bakteriler gibi belirli bakteri gruplarının da arttığı görülmüştür.

15 Koroner Kalp Hastalığı Pozitif İlişkili Collinsella [72] Yüksek Veillonella [72] Actinomyces [71] Yüksek Negatif İlişkili Papillibacter cinnamivorans [73] Anaerostipes [72] Turicibacter [74] Düşük Düşük Böbrek Taşı Böbrek taşlarının yaklaşık % 75'i kalsiyum oksalattan meydana gelmektedir. Bilimsel çalışmalar belirli mikrobiyom elamanlarının böbrek taşı oluşumuna negatif yönde etki ettiğini ve hastalığın önlenmesinde mikrobiyomun rol oynayabileceğini ortaya koymuştur. Doğal mikrobiyom elamanı olan Oxalobacter formigenes türünün bağırsakta oksalatı indirgeyerek idrarla oksalat atılımını azalttığı ve bu sayede böbrek taşı oluşum riskini indirgediği raporlanmıştır. Böbrek Taşı Negatif İlişkili Oxalobacter formigenes [75] Bağırsak Patojenleri Mikrobiyomda belirli patojenlerin varlığı, sayıları ne olursa olsun enfeksiyonla ilişkilendirilmektedir. Genellikle iyi yıkanmamış / iyi pişmemiş gıdalarla, kirli su kaynaklarıyla veya fekal-oral bulaş yoluyla alınan bakteriler mide asidini geçerek bağırsaklara ulaşır ve farklı enfeksiyon tablolarına sebep olurlar. Sağlıklı bir mikrobiyom profilinin dışarıdan alınan bağırsak patojenlerinin tutunmasına veya belirli durumlarda bu patojenlerin aşırı üremelerine engel olduğu bilinmektedir.

16 Bağırsak Patojenleri Clostridium difficile Salmonella enterica Vibrio cholerae Campylobacter Shigella Enflamasyon İlişkisi Mikrobiyom elamanları arasında kısa zincirli yağ asitleri ürettiği bilinen belirli mikroorganizmalar antienflamatuvar etkinlik ile ilişkilendirilmektedir. Bütirat, poliamin ve propiyonat gibi mikrobiyom tarafından üretilen kısa zincirli yağ asitleri, bağırsaktaki epitel hücrelerinin bütünlüğünü korumaya destek olmanın yanında anti-enflamatuar faydalar da sağlamaktadırlar. Bütirik Asit Biyosentezi Önemli bir kısa zincirli yağ asidi olan bütirik asit, belirli bağırsak bakterileri tarafından üretilen bir moleküldür. Bütirik asidin başta iltihabı kontrol etmeye yardımcı olmak üzere birçok metabolik görevi bulunmaktadır. Poliamin Biyosentezi Poliaminler hücre büyümesine ve yenilenmesine yardımcı olan moleküllerdir. Bu moleküller ayrıca iltihabı kontrol etmeye de yardımcı olurlar. Poliamin seviyelerinin düzensizliği kanser başta olmak üzere çeşitli hastalıklarda önemli rol oynadığı çalışmalar ile gösterilmiştir. Yaşlanma sırasında hücre içindeki ve dolaşımdaki poliamin seviyelerinde düşüşler olduğu ve eksojen poliaminlerin farelerde uzun ömürlülüğü indüklediği çalışmalar ile gösterilmiştir. Propiyonat Biyosentezi Propiyonat bir tür kısa zincirli yağ asididir. Bu molekül belirli bağırsak bakterileri tarafından üretilmekte olup iltihabı kontrol etmeye yardımcı olmak üzere birçok önemli yolakta görev almaktadır.

17 Enflamasyon İlişkisi Bütirik Asit Biyosentezi Faecalibacterium [81] Düşük Roseburia [83] Eubacterium [80] Butyricicoccus [77] Anaerostipes [76] Odoribacter [82] Butyrivibrio [78] Coprococcus [79] Yüksek Düşük Poliamin Biyosentezi Bifidobacterium [84] Propiyonat Biyosentezi Veillonella Yüksek Akkermansia muciniphila [85] Bacteroides uniformis [86] Coprococcus catus [87] Dialister [88] Phascolarctobacterium [89] Prevotella copri [90] Roseburia [91] Yüksek Düşük Yüksek

18 Trimetilamin (TMA) Konversiyonu Diyetle alınan L-karnitin (kırmızı et) ve kolin (yumurta sarısı) belirli bağırsak bakterileri tarafından metabolize edilerek trimetilamin (TMA) adı verilen bir kimyasala dönüştürülmektedir. TMA daha sonra karaciğerde trimetilamin N-okside (TMAO) dönüştürülür. TMAO'nun koroner kalp hastalığı patogenezinde doğrudan mı sa dolaylı mı rol oynadığı henüz tam olarak aydınlatılamamış olsa da, TMAO seviyesi kanda yüksek olan kişilerin kardiyovasküler sağlıklarının daha zayıf olduğu çalışmalar ile gösterilmiştir. Trimetilamin (TMA) Konversiyonu Pozitif İlişkili Acinetobacter Aeromonas Alcaligenes Alteromonas Anaerococcus Bacillus Burkholderia Clostridium Desulfitobacter Desulfovibrio Enterococcus Eubacterium Flavobacterium Lactobacillus Micrococcus Mobiluncus Photobacterium Düşük

19 Bakteriyel Nörotransmitterler Serotonin Biyosentezi Sağlıklı uyku düzenine yardımcı kimyasal bir sinyal molekülü olan serotoninin çoğunlukla vücut hücreleri tarafından üretilmektedir. Serotonin üretimin büyük kısmının bağırsakta gerçekleştiği ve mikrobiyomda bulunan belirli bakterilerin de serotonin ürettiği ve/veya üretimine katkı sağladığı birçok çalışma ile gösterilmiştir. Gamma aminobütirik asit (GABA) Biyosentezi GABA daha derin ve daha onarıcı bir uyku için beyin aktivitesini azaltmaya yardımcı olan bir sinyalleşme molekülüdür. Vücuttaki GABA'nın çoğu beyinde üretilirken, bağırsak mikrobiyom elamalarının da bu üretime katkıda bulunduğu yapılan çalışmalarda raporlanmıştır. Bakteriyel Nörotransmitterler Serotonin Biyosentezi Streptococcus Enterococcus Gamma aminobütirik asit Lactobacillus (GABA) Biyosentezi Bifidobacterium Probiyotik Bakteriler Sağlıklı insan mikrobiyomunun doğal elamanları olan probiyotikler immünomodülasyon, fizyolojik baskılara karşı koruma sağlama, patojenler üzerinde çevre baskısı oluşturma, mikrobiyom kompozisyonunu manipüle etme, bağırsak epitelinde bariyer işlevini güçlendirme ve selüloz gibi sindirilemeyen bileşenlerini parçalama gibi önemli yeteneklere sahiptir. Probiyotik bakterilerin, mikrobiyomun doğal elamanı olarak sürekli ve kolonize bir şekilde bağırsakta bulunması sağlıklı bir yaşam için gereklidir.

20 Probiyotik Bakteriler Bifidobacterium animalis Bifidobacterium bifidum Bifidobacterium breve Bifidobacterium longum Lactobacillus acidophilus Lactobacillus brevis Lactobacillus casei Lactobacillus delbrueckii Lactobacillus paracasei Besin Önerileri Besin skorların mikrobiyomunun homojen olarak çeşitlenmesi ve dengelenmesi için sana özel olarak oluşturulmuştur! 0-3 arasında skorlanan besinleri daha az tüketmeni 4-7 arasında skorlanan besinleri dengeli ve çeşitli olacak şekilde tüketmeni 8-10 arasında skorlanan besinleri ise beslenme rehberinde zenginleştirmeni isteyeceğiz.

21 FERMENTE BESİNLER Fermente Süt ( L. Casei) 5 Kefir 5 Probiyotik Fermente Süt 5 Probiyotik Yoğurt 8 Tam Tahıllı Mayalı Ekmek 5 Lahana Turşusu (Lactobacillus Plantarum + Lactobacillus Brevis) 5 FİTOKİMYASALLAR Antosiyaninler 5 Epikateşin 5 Gallik Asit 2 Kuersetin 4 Nar Ekstraktı- Punikalajin 5 Polifenoller 6 Resveratrol (Res) 3 Zerdeçal 8 Çam Kabuğu Ekstraktı 5 Kurkumin 8 Arabinoz 5 Buğday Dekstrini 6

22 KARBONHİDRATLAR Dirençli Maltodekstrin 10 Fruktooligosakkarit 5 Inülin Tipi Fruktan 5 Kısa Zincirli Gos/Uzun Zincirli Fos 5 Maltitol 10 Psyllium Kabuğu 6 Çözünmez Posa 7 Pektin 10 Beta-Glukan 8 LİPİDLER Epa 5 Dha 3 N-6 Yağ Asitleri 5 N-3 Yağ Asitleri 1 Oleik Asit 7 Tekli Doymamış Yağ Asitleri (Mufa) 5 PROTEİNLER Kazein 5 Lactoferrin 5 Whey Proteinleri 0 Hayvansal Protein 5 Inek Sütü Proteinleri 0

23 Referanslar [1] Surawicz, ChristinaM, and LynneV McFarland. [14] Faruque, Shah M., M. John Albert, and John J. "Pseudomembranous colitis: causes and cures." Mekalanos. "Epidemiology, Genetics, and Ecology Digestion 60.2 (1999): of ToxigenicVibrio cholerae." Microbiology and [2] Surawicz, Christina M., et al. "Guidelines for molecular biology reviews 62.4 (1998): Diagnosis, Treatment, and Prevention [15] Harris, J. "F, Ryan, ET, and Calderwood, SB." ofclostridium difficileinfections." American Journal Cholera. Lancet 379 (2012): of Gastroenterology (2013): [16] Brynestad, Sigrid, and Per Einar Granum. [3] Ofosu, Andrew. "Clostridium difficile infection: a "Clostridium perfringens and foodborne review of current and emerging therapies." Annals infections." International journal of food of gastroenterology: quarterly publication of the microbiology 74.3 (2002): Hellenic Society of Gastroenterology 29.2 (2016): [17] Lund, Barbara M., and Michael W. Peck "Clostridium botulinum." Guide to foodborne [4] Silva, Joana, et al. "Campylobacter spp. as a pathogens, 2nd ed. Oxford: John Wiley & Sons foodborne pathogen: a review." Frontiers in (2013): microbiology 2 (2011): 200. [18] Durmaz, Bengul, Mehmet Dalgalar, and Riza [5] Dasti, Javid I., et al. "Campylobacter jejuni: a brief Durmaz. "Prevalence of enterotoxigenic overview on pathogenicity-associated factors Bacteroides fragilis in patients with diarrhea: a and disease-mediating mechanisms." controlled study." Anaerobe 11.6 (2005): International Journal of Medical Microbiology [19] Kale Pradhan, Pramodini B., Harjot K. Jassaly, and (2010): Sheila M. Wilhelm. "Role of Lactobacillus in the [6] Okada, Kazuhisa, et al. "Etiologic features of prevention of antibiotic associated diarrhea: a diarrheagenic microbes in stool specimens from meta analysis." Pharmacotherapy: The Journal of patients with acute diarrhea in Thailand." Human Pharmacology and Drug Therapy 30.2 Scientific reports 10.1 (2020): (2010): [7] Niyogi, Swapan Kumar. "Shigellosis." Journal of [20] Chang, Ju Young, et al. "Decreased diversity of microbiology (Seoul, Korea) 43.2 (2005): 133. the fecal microbiome in recurrent Clostridium [8] Holmes, L. C. "Shigella." Pediatrics in review 35.6 difficile associated diarrhea." The Journal of (2014): 261. infectious diseases (2008): [9] Gal-Mor, Ohad, Erin C. Boyle, and Guntram A. [21] Antharam, Vijay C., et al. "Intestinal dysbiosis and Grassl. "Same species, different diseases: how and depletion of butyrogenic bacteria in Clostridium why typhoidal and non-typhoidal Salmonella difficile infection and nosocomial diarrhea." enterica serovars differ." Frontiers in microbiology Journal of clinical microbiology 51.9 (2013): (2014): [10] Guard Petter, Jean. "The chicken, the egg and [22] Pimentel, Mark, et al. "Methane production during Salmonella enteritidis." Environmental lactulose breath test is associated with microbiology 3.7 (2001): gastrointestinal disease presentation." Digestive [11] Wain J, Hendriksen RS, Mikoleit ML, Keddy KH, diseases and sciences 48.1 (2003): Ochiai RL, Typhoid fever. Lancet 385: 1136 [23] Chassard, C., Dapoigny, M., Scott, K.P., Crouzet, L., Del homme, C., Marquet, P., Martin, J.C., Pickering, [12] Santos, Renato L. "Non-typhoidal Salmonella G., Ardid, D., Eschalier, A., Dubray, C., Flint, H.J., and interactions with host cells." Molecular medical Bernalier-Donadille, A. (2012). Functional microbiology. Academic Press, dysbiosis within the gut microbiota of patients [13] Todd, Ewen CD, et al. "Outbreaks where food with constipated-irritable bowel syndrome. workers have been implicated in the spread of Aliment Pharmacol Ther 35, foodborne disease. Part 5. Sources of [24] Manichanh, Chaysavanh, et al. "Anal gas contamination and pathogen excretion from evacuation and colonic microbiota in patients infected persons." Journal of food protection with flatulence: effect of diet." Gut 63.3 (2014): (2008):

24 [25] Jalanka-Tuovinen, Jonna, et al. "Intestinal [37] Png, Chin Wen, et al. "Mucolytic Bacteria With microbiota in healthy adults: temporal analysis Increased Prevalence in IBD Mucosa AugmentIn reveals individual and common core and VitroUtilization of Mucin by Other Bacteria." relation to intestinal symptoms." PloS one 6.7 American Journal of Gastroenterology (2011): e (2010): [26] Spiller, Robin C. "Role of infection in irritable bowel [38] Joossens, Marie, et al. "Dysbiosis of the faecal syndrome." Journal of gastroenterology microbiota in patients with Crohn's disease and (2007): their unaffected relatives." Gut 60.5 (2011): 631- [27] Malinen, Erja, et al. "Analysis of the fecal 637. microbiota of irritable bowel syndrome patients [39] Milani, Christian, et al. "Gut microbiota and healthy controls with real-time PCR." composition and Clostridium difficile infection in American Journal of Gastroenterology hospitalized elderly individuals: a metagenomic (2005): study." Scientific reports 6.1 (2016): [28] Enbiosis Biosciences, irritable bowel syndrom [40] Manichanh, Chaysavanh, et al. "Reduced clinical study. diversity of faecal microbiota in Crohn s disease [29] Rajilić Stojanović, Mirjana, et al. "Global and revealed by a metagenomic approach." Gut 55.2 deep molecular analysis of microbiota (2006): signatures in fecal samples from patients with [41] Sokol, Harry, et al. "Faecalibacterium prausnitzii is irritable bowel syndrome." Gastroenterology an anti-inflammatory commensal bacterium (2011): identified by gut microbiota analysis of Crohn [30] Malinen, Erja, et al. "Association of symptoms with disease patients." Proceedings of the National gastrointestinal microbiota in irritable bowel Academy of Sciences (2008): syndrome." World journal of gastroenterology: [42] Nakata, Toru, et al. "Protective effects of heat- WJG (2010): killed Lactococcus lactis subsp. lactis BF3, [31] Malinen E, Krogius-Kurikka L, Lyra A, Nikkilä J, isolated from the intestine of chum salmon, in a Jääskeläinen A, Rinttilä T, Vilpponen-Salmela T, murine model of DSS-induced inflammatory von Wright AJ, Palva A. Association of symptoms bowel disease." Bioscience of microbiota, food with gastrointestinal microbiota in irritable bowel and health (2016). syndrome. World J Gastroenterol. 2010;16:4532 [43] Alhagamhmad, Moftah H., et al. "An overview of the bacterial contribution to Crohn disease [32] Loubinoux, Julien, et al. "Sulfate-reducing pathogenesis." Journal of medical microbiology bacteria in human feces and their association (2016): with inflammatory bowel diseases." FEMS [44] Willing, B. P., et al. "Jä rnerot, G., Tysk, C., Jansson, microbiology ecology 40.2 (2002): JK, and Engstrand, L.(2010). A pyrosequencing [33] Strauss, Jaclyn, et al. "Invasive potential of gut study in twins shows that gastrointestinal mucosa-derived Fusobacterium nucleatum microbial profiles vary with inflammatory bowel positively correlates with IBD status of the host." disease phenotypes." Gastroenterology 139: Inflammatory bowel diseases 17.9 (2011): [45] Ohkusa, Toshifumi, and Shigeo Koido. "Intestinal [34] Morgan, Xochitl C., et al. "Dysfunction of the microbiota and ulcerative colitis." Journal of intestinal microbiome in inflammatory bowel Infection and Chemotherapy (2015): disease and treatment." Genome biology 13.9 [46] Nagao-Kitamoto, Hiroko, and Nobuhiko Kamada. (2012): R79. "Host-microbial cross-talk in inflammatory [35] Manley, Paul N., and Rehka Dhru. "Actinomycosis bowel disease." Immune network 17.1 (2017): complicating Crohn's disease." Gastroenterology [47] Fite, Alemu, et al. "Longitudinal analyses of gut 79.5 (1980): mucosal microbiotas in ulcerative colitis in [36] Yilmaz, Bahtiyar, et al. "Microbial network relation to patient age and disease severity and disturbances in relapsing refractory Crohn s duration." Journal of clinical microbiology 51.3 disease." Nature medicine 25.2 (2019): (2013): [48] Lepage, Patricia, et al. "Twin study indicates loss [60] Sze, Marc A., and Patrick D. Schloss. "Looking for a

25 of interaction between microbiota and mucosa [52] Million, M., et al. "Obesity-associated gut diabetes." Nature (2012): microbiota is enriched in Lactobacillus reuteri [65] Crusell, Mie Korslund Wiinblad, et al. "Gestational and depleted in Bifidobacterium animalis and diabetes is associated with change in the gut Methanobrevibacter smithii." I nternational microbiota composition in third trimester of journal of obesity 36.6 (2012): pregnancy and postpartum." Microbiome 6.1 [53] Yun, Yeojun, et al. "Comparative analysis of gut (2018): 89. microbiota associated with body mass index in a [66] Ganesan, Kumar, et al. "Causal relationship large Korean cohort." BMC microbiology 17.1 between diet-induced gut microbiota changes (2017): 151. and diabetes: a novel strategy to transplant [54] Gomez-Arango, Luisa F., et al. "Low dietary fiber Faecalibacterium prausnitzii in preventing intake increases Collinsella abundance in the diabetes." International journal of molecular gut microbiota of overweight and obese sciences (2018): pregnant women." Gut Microbes 9.3 (2018): 189- [67] Ejtahed, Hanie S., et al. "Probiotic yogurt improves 201. antioxidant status in type 2 diabetic patients." [55] Santacruz, Arlette, et al. "Gut microbiota Nutrition 28.5 (2012): composition is associated with body weight, [68] Tonucci, Livia Bordalo, et al. "Clinical application weight gain and biochemical parameters in of probiotics in type 2 diabetes mellitus: A pregnant women." British Journal of Nutrition randomized, double-blind, placebo-controlled (2010): study." Clinical nutrition 36.1 (2017): [56] Zhernakova, Alexandra, et al. "Population-based [69] Forslund, Kristoffer, et al. "Disentangling type 2 metagenomics analysis reveals markers for gut diabetes and metformin treatment signatures in microbiome composition and diversity." Science the human gut microbiota." Nature (2016): (2015): [57] Zupancic, Margaret L., et al. "Analysis of the gut [70] Zhang, Lei, et al. "Metabolic phenotypes and the microbiota in the old order Amish and its relation gut microbiota in response to dietary resistant to the metabolic syndrome." PloS one 7.8 (2012): starch type 2 in normal-weight subjects: a e randomized crossover trial." Scientific reports 9.1 [58] Million, M., et al. "Gut bacterial microbiota and (2019): obesity." Clinical Microbiology and Infection 19.4 (2013): [59] Le Chatelier, Emmanuelle, et al. "Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers." Nature (2013): signal in the noise: revisiting obesity and the of patients with ulcerative colitis." microbiome." MBio 7.4 (2016): e Gastroenterology (2011): [61] Peters, Brandilyn A., et al. "A taxonomic signature [49] Zuo, Tao, and Siew C. Ng. "The gut microbiota in of obesity in a large study of American adults." the pathogenesis and therapeutics of Scientific reports 8.1 (2018): inflammatory bowel disease." Frontiers in [62] Turnbaugh, Peter J., et al. "A core gut microbiome microbiology 9 (2018): in obese and lean twins." nature (2009): [50] Machiels, Kathleen, et al. "A decrease of the butyrate-producing species Roseburia hominis [63] Bendtsen, Line Quist, et al. "High intake of dairy and Faecalibacterium prausnitzii defines during energy restriction does not affect energy dysbiosis in patients with ulcerative colitis." Gut balance or the intestinal microflora compared 63.8 (2014): with low dairy intake in overweight individuals in [51] Armougom, Fabrice, et al. "Monitoring bacterial a randomized controlled trial." Applied community of human gut microbiota reveals an Physiology, Nutrition, and Metabolism 43.1 (2018): increase in Lactobacillus in obese patients and Methanogens in anorexic patients." PloS one 4.9 [64] Qin, Junjie, et al. "A metagenome-wide (2009): e7125. association study of gut microbiota in type 2

26 [71] Jia, Qiujin, et al. "Endocrine organs of [83] Duncan, Sylvia H., et al. "Roseburia intestinalis sp. cardiovascular diseases: gut microbiota." Journal of Cellular and Molecular Medicine 23.4 (2019): nov., a novel saccharolytic, butyrate-producing bacterium from human faeces." International journal of systematic and evolutionary [72] Liu, Zuheng, et al. "The intestinal microbiota microbiology 52.5 (2002): associated with cardiac valve calcification [84] Sugiyama, Yuta, et al. "Analysis of polyamine differs from that of coronary artery disease." biosynthetic-and transport ability of human Atherosclerosis 284 (2019): indigenous Bifidobacterium." Bioscience, [73] Claesson, Marcus J., et al. "Gut microbiota biotechnology, and biochemistry 82.9 (2018): composition correlates with diet and health in the elderly." Nature (2012): [85] Xu, Yu, et al. "Function of Akkermansia [74] Xu, Hui, et al. "The gut microbiota and its muciniphila in Obesity: Interactions With Lipid interactions with cardiovascular disease." Metabolism, Immune Response and Gut Microbial Biotechnology 13.3 (2020): Systems." Frontiers in Microbiology 11 (2020): 219. [75] Kaufman, David W., et al. "Oxalobacter [86] Louis, Petra, and Harry J. Flint. "Formation of formigenes may reduce the risk of calcium propionate and butyrate by the human colonic oxalate kidney stones." Journal of the American microbiota." Environmental microbiology 19.1 Society of Nephrology 19.6 (2008): (2017): [76] Kant, Ravi, et al. "Genome sequence of the [87] El Hage, Racha, et al. "Propionate-producing butyrate-producing anaerobic bacterium consortium restores antibiotic-induced dysbiosis Anaerostipes hadrus PEL 85." Genome in a dynamic in vitro model of the human announcements 3.2 (2015). intestinal microbial ecosystem." Frontiers in [77] Geirnaert, Annelies, et al. "Butyricicoccus microbiology 10 (2019): pullicaecorum, a butyrate producer with [88] Sakamoto, Mitsuo, et al. "Dialister hominis sp. probiotic potential, is intrinsically tolerant to nov., isolated from human faeces." International stomach and small intestine conditions." Journal of Systematic and Evolutionary Anaerobe 30 (2014): Microbiology 70.1 (2020): [78] Miller, TERRY L., and SUSAN E. Jenesel. "Enzymology [89] Wu, Feifan, et al. of butyrate formation by Butyrivibrio fibrisolvens." "Phascolarctobacteriumáfaecium abundant Journal of Bacteriology (1979): colonization in human gastrointestinal tract." [79] Louis, Petra, and Harry J. Flint. "Diversity, Experimental and therapeutic medicine 14.4 metabolism and microbial ecology of butyrate- (2017): producing bacteria from the human large [90] Brooke, Charles G., et al. "Prevotella copri, a intestine." FEMS microbiology letters (2009): potential indicator for high feed efficiency in 1-8. western steers." Animal Science Journal 90.5 [80] Baxter, Nielson T., et al. "Dynamics of human gut (2019): microbiota and short-chain fatty acids in [91] Kasahara, Kazuyuki, et al. "Interactions between response to dietary interventions with three Roseburia intestinalis and diet modulate fermentable fibers." MBio 10.1 (2019). atherogenesis in a murine model." Nature [81] Zhou, Lixing, et al. "Faecalibacterium prausnitzii microbiology 3.12 (2018): produces butyrate to maintain Th17/Treg balance [92] Ng, Stephen KC, and Ian R. Hamilton. "Lactate and to ameliorate colorectal colitis by inhibiting metabolism by Veillonella parvula." Journal of histone deacetylase 1." Inflammatory bowel bacteriology (1971): diseases 24.9 (2018): [82] Anand, Swadha, Harrisham Kaur, and Sharmila S. Mande. "Comparative in silico analysis of butyrate production pathways in gut commensals and pathogens." Frontiers in microbiology 7 (2016): 1945.

27

28