SIMMAG Kullanım Kılavuzu Adem Ayhan Karmış Ana Ekran Program çalıştırıldığında tek bir form uygulaması olarak açılmaktadır. Sol tarafta bulunan menü den menü elemanları kullanılarak gerekli olan formlar tek bir ekran üzerinde açılabilmektedir. Temel olarak iki farklı ana menü grubu bulunmaktadır. Settings ve NeuronModels menü elemanlarından iç formlar açılmaktadır. Şekil 23 te ana ekran görünmektedir. Şekil 23 : Ana Ekran Ayarlar Programda Settings menüsünden Ode alt menüsüne erişilerek, program tarafından oluşturulacak olan dosyanın konumu ve adı ayarlanabilir.(bakınız Şekil 24.). Şekil 24 : Ayarlar Menüsü
Menüden Settings->Ode seçilerek ayar ekranı açılır. Şekil 25 : Ayarlar Ekranı Ayarlar ekranı iki farklı veriyi saklamaya ve değiştirmeye yaramaktadır. Şekil 25 te ayarlar ekranı görüntülenmektedir. Dosya konumunu değiştirmek için Change butonuna basarak açılan dosya seçim sihirbazından dosya konumunu seçerek onaylanır. Dosya adını değiştirmek için ise dosya adının yanında bulunan Change butonu kullanılır. Bu butona basıldığında dosya adının yazılması ve değiştirilmesi için kullanılan alan aktif hale gelir ve değişim yapıldıktan sonra onaylanır. Burada değiştirilen ayarların kaydedilmesi için sağ alt köşede bulunan Apply butonu kullanılır. Şekil 26 : Ayar Onayı Onay ekranından onay verildikten sonra ayarlar kaydedilir. Ayarlar program için genel olarak tutulur. Değişim ise sadece buradan gerçekleştirilebilir. (Bakınız: Şekil 26.).
Yeni Sinir Hücresi Modeli Ekleme Şekil 27 : Yeni Sinir Hücresi Ekleme Menüsü Yeni bir sinir hücresi modeli eklemek için menü ekranından Neuron Models -> Add New Neuron Model seçilir. Şekil 27 de menü ekranı verilmiştir. Şekil 28 : Yeni Sinir Hücresi : Parametre Ekleme Sekmesi Sinir Hücresi ekleme ekranı 6 farklı sekmeden oluşmaktadır. Bütün sekmeler benzer şekilde çalışmaktadır. Ekranın sol tarafında ekleme işlemleri, orta kısmında eklenen elemanların listelenmesi, sağ tarafında ise seçili elemanı silmek ve bir sonraki sekmeye geçmek için butonlar bulunmaktadır. Şekil 28 de görüntülenen ilk sekmede (Add Parameter) hücre modeli için gerekli olan parametreler eklenebilmektedir.yeni bir parametre eklemek için parametre
adı Parameter Name alanına girilir. Parametre adı girilmesi için iki farklı yöntem kullanılabilir. İlk olarak parametre_adi = değeri şeklinde eklenebilir. İkinci yöntem olarak ise sadece parametre adı eklenebilir. Sistem her iki durumda da eklenen parametreyi yanda bulunan listeye eklemektedir. Internal Parameter seçilmişse parametrenin internal olarak ayarlanacağını belirtir. Yan da bulunan listede parametreler Şekil 7 de ki gibi görünmektedir. Listede parametre adı yanında bulunan P harfi parametrenin internal olarak ayarlanmadığını gösterir.(bakınız Şekil 29.). Şekil 29 : Parametre Ekleme Sekmesi : Parametre Listesi Eklenen parametre istenirse listeden seçilerek ekranın sağ tarafında bulunan Remove Selected Parameter butonu kullanılarak listeden çıkarılabilir. Aynı isimde bir parametre modele eklenmek istenildiğinde sistem uyarı vermekte ve parametre ekleme işlemini gerçekleştirmemektedir. Parametre ekleme işlemi tamamlandıktan sonra sağ alt köşede bulunan Next butonu kullanılarak Add Methods sekmesi açılır.
Şekil 30 : Yeni Sinir Hücresi : Metot Ekleme Sekmesi Add Methods sekmesinde sinir hücresi modeli için kullanılan metotlar eklenmektedir. Eklenen metotlar yandaki listede görüntülenmekte ve istenilen metot seçilerek Remove Selected Method butonu yardımı ile silinebilmektedir. Bir model içerisinde tamamiyle aynı iki metot eklenmesine sistem izin vermemektedir. Metot ekleme işlemi bittikten sonra bir sonraki sekmeye geçilir.(bakınız Şekil 30.). Şekil 31 : Yeni Sinir Hücresi : İlk Koşulu Ekleme Sekmesi
Şekil 31 de görüntülenen Add Initial Conditions sekmesinde sinir hücresi modeline eklenen denklemler için ilk koşulları eklenebilmekte ve düzenlenebilmektedir. Burada değişkenlerin isimlerinde bulunan _1 eki özel bir kullanımı ifade etmektedir. Aynı modelden birden fazla sinir hücresinin birbiri ardına bağlandığı durumlarda _1 eki değişkenin o an ki hücrenin bir değişkeni olacağını belirtir. Örnek olarak bu hücre bir grupta beşinci hücre olarak kullanılırsa bu değişken adı _1 ile biten kısmı _5 olarak belirlenmektedir. Bununla birlikte _0 eki de aynı şekilde bir önceki hücreyi temsil etmektedir. Şekil 32 : Yeni Sinir Hücresi : Denklem Ekleme Sekmesi Add Equations sekmesinde sinir hücresi modeline yeni denklemler eklenebilmetedir. Burada kullanılan denklemler sinir hücresi modelini modelleyen diferansiyel denklemlerdir. Şekil 32 de Add Equations sekmesi görüntülenmiştir.
Şekil 33 : Yeni Sinir Hücresi : Bağlantı Denklemi Ekleme Sekmesi Add Current Equations sekmesinde sinir hücresi modelinin bir çoklu yapı içerisinde bir sonra ki veya bir önceki sinir hücresi ile arasında bulunan bağlantıyı içeren denklemleri eklemek için kullanılır.(bakınız Şekil 33.). Şekil 34: Yeni Sinir Hücresi : Onay Sekmesi
Şekil 34 te görüntülenen onay sekmesinde sinir hücresi modelinin bütün bilgileri orta kısımda dökülür. Bu sekmede sinir hücresi modeline bir isim verilir ve onay butonu yardımı ile model bilgileri kaydedilir. Aynı isimde bir model bulunuyorsa model kaydedilmez ve isim değişikliğine dair sistem uyarı verir. Mevcut Sinir Hücresi Modelleri ile İlgili İşlemler Şekil 35 : Mevcut Modeller Menüsü Mevcut modellerle ilgili işlemler için menü sekmesinden Neuron Models -> Show All Neuron Models menüsü seçilir. (Bakınız Şekil 35.). Şekil 36 : Mevcut Modeller Ekranı Mevcut modeller ekranında daha önce yaratılan sinir hücresi modelleri ile ilgili işlemler yapılmaktadır. Şekil 36 da verilmiş olan ekranın sol kısmında bulunan listede sistemde tanımlı olan sinir hücresi modelleri isimleri listelenmektedir. Bu ekranda bütün işlemler bu listeden seçilecek olan bir model üzerinden yürütülmektedir. Liste de bulunan modellerde filtreleme yapılmak istenirse Model Name kısmına aranılan modelin ilk harfleri yazılarak arama yapılabilir. Seçilen sinir hücresi modeli Remove Selected Neuron Model butonu kullanılarak sistemden silinebilir.
Şekil 37 : Mevcut Model Detayı Model seçilip Show Model Details butonuna basıldığında mevcut modelin ayrıntılı dökümü ekranın sağ tarafında görüntülenebilir.(bakınız Şekil 37.). Şekil 38 : Sinir Hücresi Modeli Güncelleme Ekranı Model seçilip Update Selected Model butonuna basıldığında ise ekleme ekranı ile aynı şekilde çalışan güncelleme ekranı açılır. Bu ekran yeni bir sinir hücresi ekleme ekranı ile aynı şekilde çalışmaktadır. Hangi modelin çalıştığına dair bilgi formun üzerinde bulunur.şekil 38 de işaretli alanda bu bilgi görüntülenmiştir. Sinir hücresi güncelleme ekranı, sinir hücresi ekleme ekranından farklı olarak mevcut modelde değişiklikler yapılarak yeni modeller yaratılmasına da izin vermektedir. Model güncelleme ekranında onay sekmesinde mevcut isimden farklı bir isim verildiğinde sistem yeni bir sinir hücresi modeli ekleme işlemi yapmaktadır. Mevcut isim korunduğunda ise güncelleme işlemi gerçekleştirilmektedir.
Sistem isim değişikliği olduğunda ve güncelleme işlemi yapıldığında öncesinde bir uyarı mesajı vermekte ve onay istemektedir. Şekil 39 : Sinir Hücresi Modeli İle Ode Dosyası Hazırlama Ekranı Model seçilerek Open Create Form with Selected Model butonuna basılarak Sinir hücresi Modeli ile Ode Dosyası Hazırlama ekranı açılır. Şekil 39 da görüntülenen bu ekran seçilen modelde bulunan parametrelerin her biri için bir adet düzenleme alanı mevcut olacak şekilde oluşur. Her bir değişken değeri ayrı ayrı değiştirilebilir. Burada önemli olan nokta, değiştirilen parametre değerleri sadece oluşturulacak olan Ode dosyası için geçerlidir. Modelde genel değişiklik yapmak için Model güncelleme işlemleri yapılmalıdır. Bu ekranda birbiri ardına eklenen sinir hücrelerinin bir modeli oluşturulmaktadır. Add Neuron butonu oluşturulan yapıya yeni bir hücre eklerken, Remove Neuron butonu yapıda bulunan hücreleri birer birer azaltmaktadır. Hücre sayısı anlık olarak yanda belirtilmekle birlikte formun alt kısmında da görsel olarak hücrelerin birbirleri ile bağlantıları gösterilmektedir. Yapıda bulunan hücre sayısına karar verildiğinde Ode dosyası çalıştırıldığında sonuç ekranının parametreleri de belirlenmelidir. Bu işlemde X axis ve Y axis alanlarından ayarlanabilmektedir. Prepare Ode File butonuna basılarak Ode dosyası yaratma ekranı açılır.
Şekil 40 : Sinir Hücresi Modeli İle Ode Dosyası Yaratma Ekranı Şekil 40 ta verilmiş olan bu ekranda oluşturulacak olan Ode dosyası düzenlemeye izin verecek şekilde ekrana basılır. Apply Butonuna basılarak Ayarlar ekranından daha önceden ayarlanan dosya konumuna, daha önceden belirlenen dosya ismi ile ode dosyası kaydedilir. Run butonuna basılarak oluşturulan ode dosyasının XppAut programı çağrılarak hatalı olup olmadığı kontrol edilebilir.