GENETİK TANI YÖNTEMLERİ Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu S
Genetik Tanı Yöntemleri S Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Genetik Tanı Yöntemleri
Sitogenetik Tanı Yöntemleri SKromozom Analizi
Karyotiplendirme
Kromozom Analizi (Karyotip) S Genetik hastalıklar için tanısal yaklaşımda ilk basamak testtir. S Bu amaçla; S Kan, kemik iliği, fibroblast, amniyon sıvısı, kord kanı ve koryon villus biyopsisi kullanılabilir. S 5 megabaz ve üstü değişiklikler anlaşılabilir.
Endikasyonlar S Major konjenital anomaliler S Mental retardasyon S Özel kromozom hastalığı düşündüren fenotipik özellikler S Ambigus genitale S Kanser evrelemesi ve prognoz tayini
Kromozom Anomalileri
Kromozom Anomalileri
Kromozom Anomalileri
Trizomi 21 (Down Sendromu)
Turner Sendromu
Klinefelter Sendromu
46,XX, t(3;12)
Moleküler Sitogenetik Tanı Yöntemleri S FISH S Spektral Karyotiplendirme S CGH
FISH S Normal karyotiplendirme ile belirlenemeyecek kadar küçük değişiklikleri saptanmasında kullanılır. S Flöresan işaretlenmiş problar kullanılır.
FISH
WS Sendromu
1p36 Delesyon Sendromu
22q11.2 Delesyon Sendromu
Subtelomerik FISH
Mikrodelesyon Sendromları Smith Magenis Sendromu 17p11.2 Prader Willi Sendromu 15q11.2-13 Williams Sendromu 7q11.2 Di George Sendromu 22q11.2 1p36 Sendromu 1p36 Wolf-Hirschhorn Sendromu 4p del Cat Cry Sendromu 5p del
Spektral Karyotipleme (SKY) S 24 farklı kromozom için prob kullanılır. S Bu problar eş zamanlı hibridize edilir. S Bu yöntem ile bir metafaz plağı üzerindeki tüm kromozomlar farklı renklerde görüntülenebilir. S Bu teknik ile kromozomlar arası yeniden düzenlemeler ve ilişkili kromozomlar rahatlıkla analiz edilebilir. S SKY tekniği ile standart bantlama yönlemleri ie farkedilemeyecek kadar küçük kromozomal değişikler saptanabilmektedir.
SKY
SKY
CGH (Comparative Genomic Hybridization) S Bu teknik kopya sayısındaki farklılıkları veya iki farkı DNA örneği arasındaki belirli kromozomal segmentlerin dozajını ölçmek için kullanılmaktadır. S Eğer bir kromozomun belirli bir bölgesinden gelen DNA her iki örnekte de eşit bir miktarda sinyal veriyorsa, 1:1 olacaktır. S Eğer bir hücre hattından gelen sinyal eksik ise (delesyon) veya fazlaysa (amplifikasyon) düşünülür. S CGH tekniği micro array çalışmalarının başlangıcı olarak kabul edilmektedir.
CGH 26
CGH
Moleküler Genetik Yöntemler S PCR S RFLP S Sekans (Dizi) Analizi S Array CGH S SNP Array
RFLP S Moleküler genetikte, homolog DNA dizilerindeki farklılıklardan yararlanılan tekniktir. S DNA dizilerindeki olası farklılıklar tekniğin uygulanmasına imkan verir. S DNA dizisindeki farklılığın olduğu noktaya spesifik kesici enzimlerin kesip kesmemesi esasına dayanır.
RFLP
PCR S PCR, kalıp DNA dan hedeflenen bölgenin enzimatik olarak milyonlarca kopya elde edilecek şekilde çoğaltılmasıdır. S Başka bir deyişle PCR, DNA replikasyonunun in vitro ortamdaki ve hedefli taklididir.
PCR
Sanger Sekans Analizi S Dizisi bilinmeyen bir DNA bölgesindeki nükleotitlerin dizilimin belirlenmesi işlemidir. S Genomda meydana gelen nükleotit değişiklikleri mutasyon olarak adlandırılır ve çeşitli kalıtsal hastalıklara neden olabilirler. S Hastalığa sebep olduğu düşünülen gen bölgesi Sanger Sekans Analizi tekniği ile incelenerek mutasyon tespit edilir.
Sanger Sekans Analizi
Mikroarray S DNA microarray i cam, plastik veya silikon çip gibi katı bir yüzeye tutturularak sıralı bir şekilde (array) oluşturulmuş submikroskobik DNA spotlarıdır. S Yüzeye tutturulan bu DNA parçaları (genellikle 20-100 nükleotid uzunluğunda ) prob olarak adlandırılır. S Bu yeni teknikte membran yerine camın kullanılması, radyoaktivitenin yerini fluoresan işaretlerin alması ve bağlanmayı sağlayacak yöntemlerin hassaslaşmasıyla çalışmaların verimi ve elde edilen bilgi miktarı artmıştır.
Çip üzerinde Oligonükleotid Sentezi
SNP array S SNP microarray ler bireylerde ve populasyonlarda genetik varyasyonu belirlemek içi n kullanılan özel bir çeşit DNA microarray tipidir. S Genetik çeşitlilikten ve genetik hastalıklara yatkınlıktan sorumlu olduğu düşünülen tek nükleotid polimorfizmlerini (single nucleotide polymorphisms SNP) belirlemede kısa nükleotid array leri kullanılabilmektedir. S SNP microarray leri ayrıca kansere neden olan somatik mutasyonların, özellikle de heterozigosite kaybının (LOH) yada DNA bölgelerinin artan (duplikasyon) ya da kaybedilen (delesyon) profillerinin belirlenmesinde de kullanılmaktadır.
SNP array
a CGH CGH Avantajları Microarray Teknolojisi Array CGH (A-CGH) Tüm genomun yüksek verimlilikte analizi 39
a CGH
a CGH
Gelecek Kuşak Genetik Yöntemler SNext Generation Sequencing SNanopore
Next Generation Sequencing S Çok sayıda dizilemenin paralel olarak aynı reaksiyon sırasında gerçekleştirilmesi ile yapılan DNA dizilemesidir. S Bu yöntemde yan yana onbinlerce dizileme yapıldığı için bir reaksiyon sırasında küçük parçalar halinde bir genomun veya bir genomdaki tüm ekzonların tamamının bilgisini öğrenmek mümkün olmaktadır.
Next Generation Sequencing
Next Generation Sequencing
Nanopore S Bir membranla ikiye ayrılmış ortamda, DNA zinciri ufak bir pordan diğer bölgeye geçerken manyetik alan prensibine göre bazların okunup dizilemenin yapıldığı bir yöntemdir.
Nanopore
Nanopore