BEYŞEHİR GÖLÜ NE DÖKÜLEN AKARSULARDAKİ LOKAL ENDEMİK BALIK TÜRÜ COBİTİS BİLSELİ (Battalgil, 1942) NİN KORUMA BİYOLOJİSİ. Neziha Yağmur KUMSER
|
|
- Direnç Farhi
- 6 yıl önce
- İzleme sayısı:
Transkript
1
2
3 BEYŞEHİR GÖLÜ NE DÖKÜLEN AKARSULARDAKİ LOKAL ENDEMİK BALIK TÜRÜ COBİTİS BİLSELİ (Battalgil, 1942) NİN KORUMA BİYOLOJİSİ Neziha Yağmur KUMSER YÜKSEK LİSANS TEZİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TEMMUZ 2014
4 Neziha Yağmur KUMSER tarafından hazırlanan BEYŞEHİR GÖLÜ NE DÖKÜLEN AKARSULARDAKİ LOKAL ENDEMİK BALIK TÜRÜ COBİTİS BİLSELİ (BATTALGİL, 1942) NİN KORUMA BİYOLOJİSİ adlı tez çalışması aşağıdaki jüri tarafından OY BİRLİĞİ ile Gazi Üniversitesi Biyoloji Anabilim Dalında YÜKSEK LİSANS TEZİ olarak kabul edilmiştir. Danışman: Prof. Dr. Selami CANDAN Zooloji Anabilim Dalı, Gazi Üniversitesi Bu tezin, kapsam ve kalite olarak Yüksek Lisans Tezi olduğunu onaylıyorum.. İkinci Danışman: Prof. Dr. Füsun ERK AKAN Hidrobiyoloji Anabilim Dalı, Hacettepe Üniversitesi Bu tezin, kapsam ve kalite olarak Yüksek Lisans Tezi olduğunu onaylıyorum... Başkan : Prof. Dr. Füsun ERK AKAN Hidrobiyoloji Anabilim Dalı, Hacettepe Üniversitesi Bu tezin, kapsam ve kalite olarak Yüksek Lisans Tezi olduğunu onaylıyorum... Üye : Prof. Dr. Hakkı TAŞTAN Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı, Gazi Üniversitesi Bu tezin, kapsam ve kalite olarak Yüksek Lisans Tezi olduğunu onaylıyorum... Üye : Prof. Dr. Şule COŞKUN CEVHER Zooloji Anabilim Dalı, Gazi Üniversitesi Bu tezin, kapsam ve kalite olarak Yüksek Lisans Tezi olduğunu onaylıyorum... Üye : Prof. Dr. Nesrin ÖZSOY Zooloji Anabilim Dalı, Ankara Üniversitesi Bu tezin, kapsam ve kalite olarak Yüksek Lisans Tezi olduğunu onaylıyorum... Tez Savunma Tarihi: 17/07/2014 Jüri tarafından kabul edilen bu tezin Yüksek Lisans Tezi olması için gerekli şartları yerine getirdiğini onaylıyorum... Prof. Dr. Şeref SAĞIROĞLU Fen Bilimleri Enstitüsü Müdürü
5 ETİK BEYAN Gazi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Yazım Kurallarına uygun olarak hazırladığım bu tez çalışmasında; Tez içinde sunduğum verileri, bilgileri ve dokümanları akademik ve etik kurallar çerçevesinde elde ettiğimi, Tüm bilgi, belge, değerlendirme ve sonuçları bilimsel etik ve ahlak kurallarına uygun olarak sunduğumu, Tez çalışmasında yararlandığım eserlerin tümüne uygun atıfta bulunarak kaynak gösterdiğimi, Kullanılan verilerde herhangi bir değişiklik yapmadığımı, Bu tezde sunduğum çalışmanın özgün olduğunu, bildirir, aksi bir durumda aleyhime doğabilecek tüm hak kayıplarını kabullendiğimi beyan ederim. Neziha Yağmur KUMSER
6 iv BEYŞEHİR GÖLÜ NE DÖKÜLEN AKARSULARDAKİ LOKAL ENDEMİK BALIK TÜRÜ COBITIS BILSELI (Battalgil, 1942) NİN KORUMA BİYOLOJİSİ (Yüksek Lisans Tezi) Neziha Yağmur KUMSER GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Temmuz 2014 ÖZET İç Anadolu kapalı havzasında yer alan Beyşehir Gölü endemizim açısından önemli bir bölgedir. Göle bırakılan, önce Sander lucioperca (Linnaeus, 1758), sonra Carassius carassius (Linnaeus 1758) gibi egzotik veya Türkiye nin farklı bölgelerinden getirilip atılmış türlerin balık faunası üzerine olumsuz etkileri bilinmektedir. Gölde bulunan endemik türlerden en önemlisi olan ve sadece Beyşehir Gölü ne özgü (lokal endemik) Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) nin populasyon yoğunluğunun saptanması için belirlenen 2 istasyonda 50 m lik bir bölgenin belirli bir süre elekroşok cihazı kullanılarak balıkların bayıltılması sonucu yakalama yöntemi ile birey sayımı yapılmıştır. Toplamda 26 birey yakalanmış olup sayımı ve ölçümü yapılan balıklar tekrar geri bırakılarak yaşamlarına devam etmeleri sağlanmıştır. Toplanan doku örneklerinden DNA izole edilmiş ve mitokondrideki sitokrom b gen bölgesi Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile çoğaltılmıştır. Sonrasında gen bölgesinin dizi analizi yapılmıştır. Elde edilen verilerin değerlendirilmesinde BioEdit, Chromas lite, DnaSP ve Arlequin programları kullanılmıştır. Buna göre Tajima s D değeri ve Fu s Fs değeri olarak elde edilmiştir. Bu veriler ışığında populasyonun ortama yabancı türler sokulması nedeniyle darboğaz etkisinde kalarak birey sayısı ve genetik çeşitliliğinde azalma olduğunu saptanmıştır. Günümüze kadar populasyonun birey sayısını arttırarak büyüme gösterdiğini ancak genetik çeşitliliğinin az olduğunu kabul etsek de daha kesin sonuçlar için populasyonun birey sayısı ve genetik çeşitlilik açısından izlenmeye devam edilmesi gerekmektedir. Bilim Kodu : Anahtar Kelimeler : Tatlısu balığı, lokal endemik, koruma genetiği, cyt b geni Sayfa Adedi : 35 Danışman : Prof. Dr. Selami CANDAN İkinci Danışman : Prof. Dr. Füsun ERK AKAN
7 v CONSERVATION BIOLOGY OF LOCAL ENDEMIC FISH SPECIES OF COBITIS BILSELI (Battalgil, 1942) IN FRESHWATER FOLD TO BEYŞEHİR LAKE (M. Sc. Thesis) Neziha Yağmur KUMSER GAZİ UNIVERSITY GRADUATE SCHOOL OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES July 2014 ABSTRACT The Lake Beyşehir, located in Central Anatolian Basin, is important for endemizm. It is known that exotic fishes like Sander lucioperca (Linnaeus, 1758), Carassius carassius (Linnaeus 1758) and translocated fishes, which have been brought different places in Turkey, effect on fish fauna in a negative way. For the determination of population density of Cobitis bilseli (Battalgil, 1942), which is one of the most important endemic species unique to the Beysehir Lake (local endemic), individual counting was performed. In two destinations which were located before, fishes were collected by electrofishing for a specific period of time. Captured 26 individuals were released back to nature after measurement. Cytochrome b (cytb) sequences of mitochondrial DNA (mtdna) was isolated and amplificated via polymerase chain reaction from collected tissue samples. After that, sequence analysis was performed. BioEdit, Chromas lite, DnaSP and Arlequin software programmes were used to evaluation of obtained data. According to this, Tajima s D and Fu's Fs values were calculated as and respectively. In the light of these data, it was suggested that number of individuals and gene diversity of population have reduced by a bottleneck effect because of introduced fish species in area. It was concluded that the number of individual was increase up to the present. However, genetic diversity is still low for this population. For more accurate results, it is necessary to continue observing population in terms of genetic diversity and the number of individuals. Science Code : Key Words : Freshwater fish, local endemic, conservation genetic, cyt b gene Page Number : 35 Supervisor : Prof. Dr. Selami CANDAN Co-Supervisor : Prof. Dr. Füsun ERK AKAN
8 vi TEŞEKKÜR Çalışmalarımın başlangıcında bana yardım ve katkıları ile beni yönlendiren ilk danışmanım rahmetli hocam Prof. Dr. Metin AKTAŞ a, hocamın vefatından sonra tez danışmanlığımı yapan Prof. Dr. Selami CANDAN a, bilgi ve tecrübelerinden yararlandığım Hacettepe Üniversitesi öğretim üyesi Prof. Dr. Füsun ERK AKAN a, arazi çalışmalarımda yardımcı olan Arş. Gör. Filiz ÖZDEMİR e, teknisyen İbrahim ARSLAN a, ve laboratuvar çalışmalarında bana yardımcı olan ve ekipmanlarını kullanmama izin veren tüm hocalarıma ve ayrıca benim tüm çalışmam boyunca yanımda olup bana daima destek veren aileme teşekkür ederim.
9 vii İÇİNDEKİLER Sayfa ÖZET... ABSTRACT... TEŞEKKÜR... İÇİNDEKİLER... iv v vi vii ÇİZELGELERİN LİSTESİ... viii ŞEKİLLERİN LİSTESİ... ix 1. GİRİŞ MATERYAL VE METOD Materyal Hakkında Genel Bilgi Örneklerin Elde Edilmesi Dokudan DNA İzolasyonu Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) PZR Ürünlerinin Agaroz Jel Elektroforezi ile Kontrolü PZR Ürünlerinin Temizlenmesi DNA Dizi Analizi DNA Dizi Analizine Hazırlanan Ürünlerin Temizlenmesi Analizde Kullanılan Programlar BULGULAR SONUÇ VE ÖNERİLER KAYNAKLAR ÖZGEÇMİŞ... 35
10 viii ÇİZELGELERİN LİSTESİ Çizelge Sayfa Çizelge 2.1. PZR reaksiyonu için hazırlanan karışım Çizelge 2.2. PZR ürün temizlemesi için hazırlanan karışım Çizelge 2.3. Dizi analiz için hazırlanan karışım Çizelge 3.1. DNA örneklerinin saflığı ve miktar tayini sonucu Çizelge 3.2. Sekansların haplotipler arasındaki dağılımı Çizelge 3.3. Arlequin programı kullanılarak hesaplanmış olan Tajima s D ve Fu s Fs değerleri... 24
11 ix ŞEKİLLERİN LİSTESİ Şekil Sayfa Şekil 2.1. Cobitis bilseli (Battalgil, 1942)... 9 Şekil 2.2. Arazi çalışması yapılan bölgenin haritası Şekil 2.3. DNA nın kontrol sonuçları Şekil 3.1. Bireylere ait PZR sonuçları Şekil 3.2. E1 ve E3 için F primerleri ile yapılan okumanın kromotogramında piklerin görüntüsü ( bç) Şekil 3.3. E1 ve E3 için R primeri ile yapılan okumanın kromotogramında piklerin görüntüsü ( bç) Şekil 3.4. E1 ve E3 için F primeri ile yapılan okumanın kromotogramında piklerin görüntüsü ( bç) Şekil 3.5. E1 ve E3 için F primeri ile yapılan okumanın kromotogramında piklerin görüntüsü ( bç) Şekil 3.6. E1 için F ve R primerleri ile yapılan okumanın kromotogramında piklerin görüntüsü (0-105 bç) Şekil 3.7. E1 örneği için F ve R primerleri ile yapılan okumanın kromotogramında piklerin görüntüsü ( bç)... 23
12
13 1 1. GİRİŞ Bu çalışma, Beyşehir Gölü nde bulunan ve lokal endemik bir tür olan Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) nin popülasyon durumunu gözlemlemek amacı ile yapılmıştır. Söz konusu türün dünya üzerinde yalnızca Beyşehir Gölü nde bulunması (lokal endemik) ve IUCN kategorilerinde kritik derecede tehlike kategorisinde yer alması bu çalışmanın gerekliliğini ortaya koymaktadır. Bu çalışma sonucunda, tür hakkında populasyon yapısını ve birey sayısını etkilemeyecek şekilde daha kapsamlı ekolojik çalışmalar yapılması ve bununla beraber popülasyonun genetik açıdan da takibine devam edilmesi gerektiği görüşüne varılmıştır. Koruma biyolojisi, biyoçeşitlilikte hali hazırda devam etmekte olan hızlı azalmanın nedenlerini araştırma amacına yönelik bir bilim dalıdır. Yani koruma biyolojisi, biyoçeşitliliğe ne olduğunu, niçin olduğunu ve bu konuda ne yapabileceğimizi anlamaya çalışmaktadır. (Campbell ve Reece, 2002/2006: 1224). Primack a (2010/2012) göre Koruma biyolojisinin temelde çalışmaları ilk olarak yeryüzündeki biyoçeşitliliği belgelemek ile başlar. Devamında ise insanların bu biyoçeşitlilik üzerindeki etkilerini belirleyerek sonuçta yok oluşların önüne geçmeyi hedefler ve bunu içinde gerekli olan yaklaşımları geliştirir (Primack, 2010/2012:6). Biyoçeşitliliği korumayı amaçlayan birçok kuruluş mevcuttur. IUCN (The International Union for Conservation of Nature) de bu kuruluşlardan birisidir. IUCN, koruma çalışmaları için bilimsel ve yasal alanda, aynı zamanda aktif projeler bakımından, çalışmalarını yürütmektedir. IUCN in, bilimsel açıdan yürüttüğü en önemli projelerinden biri IUCN Red List of Threatened Species dir ( IUCN kırmızı listesi tehlike altındaki türleri belirlenmiş ölçütler dâhilinde belirli kategorilere yerleştirmektedir. Bunun için kendi yayımladığı IUCN kırmızı liste kategorileri ve ölçütleri isimli kurallardan yararlanmaktadır. Bu kuralları kullanmaktaki amaç, yok olma tehlikesi yüksek olan türlerin herkes tarafından anlaşılabilir bir sistem ile açık ve nesnel yöntemler kullanarak sınıflandırmaktır (IUCN, 2001).
14 2 Türlerin tehdit seviyesini tanımlamada kullanılan ölçütler (A-E Ölçütleri) temel olarak populasyon ve popülasyon büyüklüğü, ergin birey sayısı, jenerasyon süresi ve uzunluğu, belirtilen süreler içerisindeki azalmalar, süregelen azalmalar, ekstrem dalgalanmalar, ciddi derecede parçalanmalar, yayılış ve yaşam alanı ve nicel verilerdir. Kullanılan ölçütler tüm canlı grupları için uygulanabilir özelliktedir. (IUCN, 2001). Bu ölçütler dahilinde taksonların yerleştirildiği kategoriler; tükenmiş (EX), Doğada tükenmiş (EW), kritik derecede tehlikede (CR), Tehlikede (EN), Duyarlı (VU), Tehdide yakın (NT) kategoriler şeklinde verilmiştir. (IUCN, 2001). IUCN nin sınıflandırmasında memelilerin %22si, sürüngenlerin %31i, kuşların %13ü, amfibilerin %30u, balıkların %38i ve bitkilerin %68i tehlike altında olarak değerlendirilmiştir. Yalnızca balık türleri içinse; %8i kritik, %22si duyarlı ve %70i diğer kategorilerde yer almaktadır (Frankham, 2011:4). Dünya tatlı su ekosistemlerinin sağlıklılığının 1970 ile 1995 yılları arasında %50 oranında azaldığı görülmüştür. Tatlısu balıkları dünyadaki tehdit altındaki omurgalı grubu olan amfibilerden sonra yer almaktadır. Tatlısu canlılarının gelecekteki yok olma oranının karasal hayvanlardan neredeyse 5 kat, kıyısal deniz memelilerinden 3 kat daha fazla olduğu düşünülmektedir (Saunders, Meeuwıg ve Vincent, 2002). Akdeniz havzasında, 253 endemik tatlısu balığının %56 sı tehdit altındadır. Buna göre türlerin 45 i kritik, 46 sı tehlikede ve 51 i duyarlı kategorisinde yer almaktadır. 7 türün nesli tükenmiş, 41 tür hakkında ise veri bulunmamaktadır (Smith ve Darwall, 2006). Biyoçeşitliliğin azalması, çoğu zaman, sadece tür çeşitliliğinin kaybı ile ilişkilendirilir. Ancak bir türün ortadan kalkması çoğunlukla, genetik çeşitliliğin azalması ve ekosistemlerdeki çeşitliliğin kaybı gibi diğer düzeylerdeki çeşitliliğin kaybolmasının sonucudur. (Campbell ve Reece, 2002/2006:1226). Bu genetik çeşitliliğin popülasyonun dayanıklılığını ifade etmesinden ileri gelmektedir. Eğer genetik çeşitlilik bir popülasyonda azalmış ise buradaki bireylerin herhangi bir sıcaklık değişimi, kuraklık vb. dış etkenler ile karşılaşması durumunda birey sayısının azalacağı anlamına gelmektedir. Bu da popülasyonun küçülmesi ve yok oluşa daha yaklaşması demek olacaktır.
15 3 Bu nedenle genetik çeşitliliğin anlaşılması hedeflenmiştir. Bunun için yalnızca anneden aktarılması ve çok hızlı evrimleşme oranına sahip olması nedeni ile mitokondrial DNA (mtdna) daki sitokrom b gen bölgesi seçilmiştir (Luhariya ve diğerleri, 2012). Genetik temele dayalı olarak populasyon durumunu gözlemlemek için de neutrality testleri kullanılmaktadır. Bunlardan Tajima nın D, Fu nun Fs ve Fay ve Wu nun H testleri tek bir popülasyonun verilerini kullanarak değerlendirme yapmamıza olanak sağlamaktadır. HKA ve McDonald- Kreitman testlerinde ise iki ya da daha fazla tür veya popülasyonların değerlendirilmesinde kullanılmaktadır (Pfaffelhuber, Pennings ve Hermisson, 2008: 122). Alves, Coelho, Collares-Pereira ve Coelho (2001) tarafından, Guadiana nehir havzasında endemik ve son derece tehlikede cyprinid türü olan Anaecypris hispanica üzerine koruma stratejilerine temel oluşturması amacı ile yapılmış çalışmada mtdna nın cyt b gen bölgesinin ve kontrol bölgesinin sekans analizi ve de RFLP yöntemini kullanılmıştır. 42 birey üzerinde yapılan çalışmada nükleotid çeşitliliği düşük, haplotip çeşitliliği yüksek bulunmuştur. Bu sonuç darboğaz etkisinden sonra genişlemekte olan popülasyonların varlığını göstermiştir. Aynı tür üzerine mikrosatellit yöntemi kullanılarak yapılan diğer bir çalışmada elde edilen veriler bu çalışmadaki sonuçlar ile örtüştüğü belirlenmiştir (Salgueiro, Carvalho, Collares-Pereira ve Coelho, 2003). Lin ve diğerleri (2008) tarafından başka bir tehlike altındaki cyprinid türü olan Aphyocypris kikuchii üzerine popülasyon yapısını ve genetik çeşitliliği saptamak amaçlı çalışma yapılmıştır. Bu çalışmada mtdna daki kontrol bölgesinin tamamı ve cyt b gen bölgesinin ve 12SrRNA gen bölgesinin bir kısmının sekans analizleri kullanılmıştır. 92 bireye ait 72 haplotip belirlenmiştir ve bu değer oldukça yüksek bulunmuştur. Haplotip çeşitliliği (0.989) yüksek, nükleotid çeşitliliği (0.009) ise düşük bulunmuştur. Tajima s D değeri tüm popülasyonlarda negatif olarak gözlenmiştir. Eldeki verilere göre popülasyonların darboğaz etkisinden sonra büyümekte olduğu sonucuna varılmıştır. Sousa, Penha, Pala, Chikhi ve Coelho (2010) tarafından endemik cyprinid türü Iberochondrostoma almacai üzerine yapılan çalışmada mikrosatellit ve mtdna cyt b gen bölgesinin sekans analizi yöntemleri kullanılmıştır. Bu çalışma koruma çalışmalarına kaynak sağlaması amacıyla yapılmıştı.
16 4 72 birey üzerinde yapılan mtdna sekans analizi çalışmalarında elde edilen verilerde genel olarak nükleotid çeşitliliği az, haplotip çeşitliliği ise homojen dağılımlı olarak saptanmıştır. Tajima s D ve Fu s Fs değerlerinin pozitif değere sahip olduğu belirlenmiş ancak anlamsız bulunmuştur. Her iki analizin sonucu da genetik çeşitliliğin düşük olduğunu göstermiştir (Sousa ve diğerleri, 2010). Mesquita, Gray, Shaw, Crespo ve Coelho (2001), endangered cyprinid türü Chondrostoma lusitanicum üzerine genetik yapısını ve geçitliliğini belirlemek amacı ile çalışma yapılmıştır. Bunun için RFLP ve mtdna cyt b gene bölgesinin sekans analiz yöntemleri kullanılmıştır. Toplamda 19 birey ile çalışılmış ve 16 haplotip saptanmıştır. A+T baz çifti % 55.8 oranla daha fazladır. Ortalama haplotip çeşitliliği ve nükleotid çeşitliliği sırası ile ve olarak saptanmıştır. Tajima s D değeri hepsinde negatif değere sahiptir ancak anlamsız bulunmuştur. Nükleotid çeşitliliği az, haplotip çeşitliliği yüksek olarak belirlenmiş ve bunun darboğaz etkisinden kaynaklandığı saptanmıştır. Sousa, Penha, Collares-Pereira, Chikhi ve Coelho (2008) tarafından aynı tür üzerine yapılmış çalışmada türün critically endangered kategorisinde yer aldığı belirtilmiştir. Bu çalışmada mtdna cyt b gen bölgesinin sekans analizinin yanı sıra mikrosatellit yöntemi de kullanılmıştır. 82 birey ile yapılan çalışmada 20 haplotip belirlenmiştir. En düşük ve en yüksek değerleri ile haplotip çeşitliliği ve nükleotid çeşitliliği sırası ile ve olarak saptanmıştır. Cao ve diğerleri (2013) tarafından ekonomik öneme sahip Siniperca scherzeri in genetik çeşitliliğini ve popülasyon yapısının anlaşılması için yapılmış olan bu çalışmada Çin deki 4 nehir üzerinde belirlenmiş 6 noktadan yapılan avlamalar sonucunda 104 birey toplanmıştır. Bu verilerin eldesinde mtdna nın cty b gen bölgesinin sekans analizi ve mikrosatellit yöntemi kullanılmıştır. Ve sonuç olarak Qiantang nehrinde yakalanan 9 bireyde haplotip çeşitlilik ve nükleotid çeşitlilik değerleri en yüksek sırasıyla ve olarak saptanmıştır. Tajima s D ve Fu s Fs değerleri negatif olarak saptanmış olup bunun büyümekte olan bir popülasyonun göstergesi olarak ifade edilmiştir. Luhariya ve diğerleri (2012) tarafından ekonomik öneme sahip cyprinid türü olan Labeo rohita (Hamilton, 1822) üzerine yapılmıştır. Arazi çalışmalarında 9 bölgeden 146 örnek toplanmıştır. Cyt b gen bölgesinden 307 bç için sekans analizi yapılmıştır.
17 5 Elde edilen verilere göre 35 haplotip saptanmıştır. Ortalama nükleotid ve haplotip çeşitliliği sırası ile ve 0.75 olarak elde edilmiştir. G+C baz çiftine oranla A+T baz çifti % oranla daha fazladır. Ayrıca transisyon transveriyona oranla daha fazla gözlenmiştir. Farklı nehir havzalarındaki popülasyonlardan elde edilen haplotip verileri kullanılarak bu farklı nehir havzalarındaki popülasyonlar arasında geçmişte gen akışı olduğunu belirlenmiştir (Luhariya ve diğerleri, 2012). Carson ve diğerleri (2014) tarafından critically endangered kategorisinde yer alan yüksek sıcaklıklara dayanıklı endemik bir tür olan Cyprinodon julimes üzerine yaptıkları çalışmada popülasyonun genetik çeşitliliği ve etkili popülasyon büyüklüğü gözlemlenmiştir. Bunun için mtdna nın cty b gen bölgesinin sekans analizi ve yine Carson ve diğerleri (2013) tarafından yapılmış başka bir çalışmada geliştirilen 25 mikrosatellit markırından 13 ü kullanılmıştır. Toplamda 19 bireyde 2 haplotip belirlenmiştir. Haplotip çeşitliliği ve nükleotid çeşitliliği sırası ile ve olarak saptanmıştır. Etkili popülasyon büyüklüğü verileri de soyiçi üreme depresyonunu göstermiştir. Sonuç olarak tüm değerler oldukça düşük bulunmuş ve buna başlı olarak tür içerisinde adaptif çeşitliliğin azalmakta olduğu belirtilmiştir. Qi, Guo, Zhao, Yang ve Tang (2005) tarafından endemik cyprinid türü Schizopygopsis pylzovi üzerine genetik geçitliliğini ve popülasyon geçmişini belirlemek amacı ile yapılmış bir çalışmda mtdna cyt b gene bölgesinin sekans analizi kullanılmıştır. Toplamda 9 lokasyondan 133 birey toplanmıştır. A+T baz çifti % 55.5 oranla G+T baz çiftinden daha fazladır. Nükleotid çeşitliliği en fazla ve en düşük değerleri ile sırasıyla ve olarak saptanmış ve kabul edilebilir bir değer olarak görülmüştür. Ancak Quiadam havzasındaki popülasyonlarda nükleotid çeşitliliği ( ) ile oldukça düşük bulunmuştur. Bunun sebebi olarak da popülasyonların şiddetli bir darboğaz etkisinde kalmış olmasından kaynaklanmaktadır. Tajima s D değeri ve Fu s Fs değerleri negatif olarak gözlemlenmiştir. Bu durum popülasyonların büyümekte olduğunu ifade etmektedir. Biyoçeşitliliği tehdit eden birçok etmen vardır. Bunların en önemlileri habitatların tahrip edilmesi, aşırı kullanma ve avlanma, besin zincirinin bozulması ve ortama yabancı türlerin sokulmasıdır (Campbell ve Reece, 2002/2006: 1228).
18 6 Habitatların tahrip edilmesi insan faaliyetinin olduğu her yerde karşılaşılan en büyük tehdittir. IUCN in tehlike altında, nadir, soyu tükenmiş ve duyarlı kategorisinde yer alan türlerin %73 kadarının fiziksel habitatlarının tahrip edilmiş olduğu bilinmektedir (Campbell ve Reece,2002/2006:1228) yılına kadar yapılmış çalışmalarda habitat kaydı, hem karasal hem de sucul ekosistemler için en önemli tehdit olarak belirlenmiştir (Lawler ve diğerleri, 2006). Ortama yabancı türlerin sokulması insanlar tarafından bir türün yaşadığı yerden alınıp yeni bir coğrafik bölgeye taşınması ile olur. Bu durum, taşımacılık ile istenmeden gerçekleşebildiği gibi ekonomik bir kazanç doğrultusunda isteyerek de yapılmaktadır. Ancak bu değişikliğin 50 yıl sonra o bölgenin biyoçeşitliliği üzerine etkisinin ne olacağı ön görülememektedir (Campbell ve Reece, 2002/2006: 1229). Günümüzde bu değişikliğin etkisinin en iyi örneği, Victoria Gölü ne atılan Nil levreğinin getirdiği sonuçlardır. O bölgede yaşayan insan nüfusu için besin kaynağı olması amacı ile göle 1954 yılında Nil Levreği (Lates niloticus (Linnaeus, 1758)) atılmıştır. Bunun sonucu olarak da gölde yaşayan 200 endemik cichlid türünün nesli tükenmiştir (Van Dyke, 2003: ). Şunu söylemek mümkündür ki, 1750 den beri kaydedilen soyu tükenme olaylarının %40 nın sebebi yabancı türlerin ortama sokulmasıdır (Campbell ve Reece, 2002/2006:1229) ve gün geçtikçe daha büyük bir tehdit haline gelmektedir (Lawler ve diğerleri, 2006). Bunun örneklerini ülkemizdeki göllerde de görmek mümkündür. Türkiye deki göllerin bazıları da yabancı türlerin ortama sokulması tehdidi ile karşı karşıyadır ve etkileri hala sürmektedir li yıllarda Eğirdir ve Beyşehir göllerine ekonomik anlamda değerlendirmek amacı ile predatör bir tür olan Sander lucioperca (Linnaeus, 1758) göllere aşılanmıştır. Bunun sonucu olarak Eğirdir Gölü nde son yapılan çalışmalara göre 1950 li yıllarda yaşadığı bildirilen balık türlerinden Schizothorax prophylax (Pietschmann, 1933), Capoeta pestai (Pietschmann, 1933) (=Varicorhinus pestai), Crossocheilus klatti (Kosswig, 1950) (=Tylognathus klatti), Cobitis taenia taenia (Linnaeus, 1758) (=Cobitis taenia), Pseudophoxinus egridiri (Karamann, 1972) (=Pararhodeus niger) ve Pseudophoxinus handlirschi (Pietschmann, 1933) (=Aconthorutilus handlirschi) e göl içerisinde yapılan avlamalarda rastlanmamıştır (Balık, Çubuk, Özkök ve Uysal, 2006).
19 7 Bu türlerin bazıları göle dökülen akarsularda ve akarsu ağızlarında yayılış göstermeye devam etmektedir. Ancak Eğirdir Gölü ne endemik olan Pseudophoxinus handlirschi (Pietschmann, 1933) 1993 ten beri hiçbir çalışmada gözlenmemiştir ( Beyşehir Gölü nde ise yapılan ilk araştırmalar sonucunda gölde yaşayan 6 balık türü (Cyprinus carpio (Linnaeus, 1758), Chondrostoma regium (Herkel,1843), Alburnus akili (Battalgil, 1942), Acanthorutilus anatolicus (Hankó, 1925), Leuciscus lepidus (Herckel, 1843), Varicorhinus pestai (Pietschmann, 1933)) saptamıştır (Tümgelir ve diğerleri, 2006) yılında, göle predatör bir tür olan Sander lucioperca (Linnaeus, 1758) aşılanmıştır. Balık aşılamasına kadar geçen süre içerisinde yapılan çalışmalar sonucunda ilk araştırmanın sonucuna ek olarak Cobitis elongata bilseli (Battalgil, 1942) ve Gobio gobio microlepidotus (Battalgil 1942) türleri de tespit edilmiş olup böylece toplamda 7 tür ve 1 alttür belirlenmiştir. Bu bahsi geçen türlerin arasında karnivor bir tür bulunmamaktadır (Yeğen, Balık, Bostan, Uysal ve Bilçen, 2006; Tümgelir ve diğerleri, 2006). Sander lucioperca (Linnaeus, 1758) nın göle aşılanmasının ilk yıllarında yapılan araştırmalarda ortamda tür sayısında herhangi bir değişikliğe rastlanmamıştır. Ancak 1980li yılların sonlarında Capoeta pestai (Pietschmann, 1933) göldeki yayılışı tamamen ortadan kalkmış, Beyşehir Gölü ne lokal endemik olan Alburnus akili (Battalgil, 1942) nin nesli tükenmiştir. Yeğen ve diğerleri (2006) tarafından, Beyşehir Gölü balık faunası üzerine yapılan çalışmada gölde 6 familyaya ait 8 türün bulunduğu saptanmıştır. Bu türler Cyprinus carpio (Linnaeus, 1758), Carassius auratus gibelio (Bloch, 1783), Tinca tinca (Linnaeus, 1758), Aphanius anatoliae anatoliae (Leidenfrost, 1912), Atherina boyeri (Risso, 1810), Gambusia affinis (Baird ve Girard, 1853), Sander lucioperca (Linnaeus, 1758), Knipowitschia caucasica (Kawrajsky, 1899) dır. Gölde daha önce varlığı bildirilen Gobio gobio (Battalgil 1942), Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) ve Capoeta pestai (Pietschmann, 1933) ye gölde rastlanamadığını, bu türlerin sadece gölü besleyen akarsularda yaşamaya devam ettiği belirlenmiştir (Yeğen ve diğerleri, 2006). Neticede bu göl için Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) öncelikli korunması gereken türdür. Çünkü yayılış alanında ve birey sayısında azalma olduğu araştırmalar sonucunda da görülmüştür.
20 8 Cobitis bilseli (Battalgil, 1942), Cobitidae familyası içerisindeki Cobitis cinsinde yer almaktadır. Türkiye de 3 altcins altında 10 tür ile temsil edilmektedir ve bu türlerden 8 i bu bölge için endemiktir. Bu cinse ait tür teşhis anahtarına Erk akan ve diğerlerinin (1999) yaptığı çalışmasından ulaşmak mümkündür (Erk akan, Atalay-Ekmekçi ve Nalbant, 1999). Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) Beyshehiria alt cinsi içerisinde yer alır. Bu alt cins, diğerlerinden daha eski bir kökene sahiptir ve izole olmuştur. Bu tür, diğer türlerden faklı bir lamina circularis e sahiptir (Erk akan ve diğerleri, 1999). Ayrıca daha iri vücuda sahip olması ile de kolayca ayırt edilebilir. Gözün altındaki suborbital diken basit yapıdadır. Pektoral ve ventral yüzgeçlerin serbest kenarları yuvarlaktır. Vücut rengi sarı ve gri tonlarında, karın kısmı ise turuncu ve sarı renktedir. Vücudun yanlarında iki sıra halinde kahverengi beneklenme mevcuttur. Üst sıradaki benek sayısı 28-30, alt sırada yer alan benek sayısı arasında değişmektedir. (Geldiay ve Balık, 1999: ). Bu tür için daha önce yalnızca sistematik çalışmalar yapılmıştır. Morfolojik temelli sistematik çalışmaları Erk akan ve diğerleri (1999) tarafından, moleküler temelli sistematik çalışmaları ise Bohlen, Perdices, Doadrio ve Economidis (2006) tarafından yapılmıştır. Bu çalışma ise Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) için koruma amaçlı yapılmış ilk çalışmadır. Bu çalışmada, Beyşehir Gölü ne Sander lucioperca (Linnaeus, 1758) nın sokulması ile birlikte yayılış alanının daralmasına ve birey sayısındaki azalmalar nedeni ile IUCN verilerine göre kritik derecede tehlike kategorisinde yer alan Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) nin mitokondri DNA sının sitokrom b gen bölgesinin dizi analizi ile genetik çeşitliliğinin belirlenmesi ve Tajima D ve Fu nun Fs testleri ile popülasyon durumunu gözlemleyerek daha sonraki koruma çalışmalarına temel oluşturması amaçlanmıştır.
21 9 2. MATERYAL METOD 2.1. Materyal Hakkında Genel Bilgi Bu çalışmada Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) (Osteichthyes; Cobitidae) bireyleri kullanılmıştır. Şekil 2.1. Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) (Erk akan ve diğerleri, 1999) 2.2. Örneklerin Elde Edilmesi Tektonik bir göl olan Beyşehir Gölü, Konya ve Isparta ili sınırları içerisinde, N E koordinatlarındadır ve Türkiye nin en büyük tatlı su gölüdür. Denizden yüksekliği 1123 m, yüzölçümü 656 km 2 dir. Gölün derinliği ortalama 8 m olup, içerisinde büyüklükleri değişen 33 ada bulunmaktadır (Yeğen ve diğerleri, 2006). Arazi çalışması, Eylül 2011 tarihleri arasında, Konya kapalı havzasında yer alan Beyşehir Gölü çevresindeki akarsularda daha öncesinde Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) nin bulunduğu bilinen iki istasyondan yakalanmıştır. İlk istasyon Eyilikler Köyü yakınında yer almaktadır. İkinci istasyon Sarıköy ile İsaköy arasındaki bölge olarak belirlenmiştir (Şekil 2.1.).
22 10 Şekil 2.2. Arazi çalışması yapılan bölgenin haritası İstasyonlarda yapılan avlama çalışmasında 10 kg ağırlığında, taşınabilir, Honda 10i marka jeneratör ve ona bağlı 50 m uzunluğunda bir kablo ile uçlarında anot ve katot kutuplu bakır levhalar bulunan 220 volt ve 500 watt lık elektroşok cihazı kullanılmıştır. İstasyonlardaki çalışma, akarsu boyunca belirli bir alanı ortalama 15 dakika boyunca elektroşoker ile tarama şeklinde yapılmıştır. Bayıltılan örnekler 1x1 mm göz açıklığına sahip kepçe kullanılarak toplanmıştır. Yakalanan bireylerin tür teşhisi yerinde yapılmış olup ağırlık ve boy ölçümleri arazi defterine kaydedilmiştir. Bireyler, yüzgeçlerinden hassas bir şekilde doku örneği alındıktan sonra tekrar bulundukları ortamlarına geri bırakılmıştır. Toplanan doku örnekleri %90 lık alkol içerisine alınmıştır. Yakalanan istasyona ve birey sayısına göre alınan doku örneklerine bir kod numarası verilmiştir. Laboratuvara getirilen örnekler +4 0 C de saklanmıştır.
23 11 Çalışma alanındaki suyun sıcaklığı, içerdiği çözünmüş oksijen miktarı, elektriksel iletkenliği, tuzluluk ve ph gibi parametreleri arazi çalışmaları sırasında ölçülmüştür. Su sıcaklığı, tuzluluk ve elektrik iletkenliği YSI marka 33 model ±10 µs/cm hassasiyetli SCT metre, çözünmüş oksijen içeriği YSI marka 55 D model ±0,02 mg/l duyarlıktaki arazi tipi oksijen metre ile ölçülmüştür. Yapılan ölçümlerin sonuçları arazi defterine kaydedilmiştir Dokudan DNA İzolasyonu Toplanan doku örneklerinin DNA izolasyonu Qiagen DNeasy Blood & Tissue Kit ile yapılmıştır. Kit yönteminin önerdiği şekilde dokudan 25 mg olacak şekilde bir parça tüpe alınmıştır. Tüpe 180 µl Buffer ATL eklenmiştir. Üzerine 20 µl proteinaz K eklenerek 15 saniye kadar vortekslendikten sonra 56 C de liziz için inkübasyona bırakılmıştır. Ortalama 3 saat sonunda doku örneği tamamen parçalandığında üzerine 200µl Buffer AL ekleme ve vorteksleme işlemi 2 kez tekrar edilerek işlem tamamlanmıştır. Bu çalışmada izole edilen DNA nın kontrolü agaroz jel elektroforezi yöntemi ile yapılmış ve fotoğrafı alınmıştır (Şekil 2.2.). Marker E1 E2 E3 E4 S1 S2 Şekil 2.3. DNA nın kontrol sonuçları 2.4. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) PZR yöntemi ile bir seri in vitro reaksiyon sonucunda istenilen bir DNA dizisinin birçok kopyası elde edilebilir.
24 12 Polimeraz zincir reaksiyonu üç basamakta ilerler: 1. Klonlanacak DNA denatüre edilerek tek zincir haline getirilir. Bunun için ortalama 5 dakika süreyle C ısıya maruz bırakılır. 2. Ortam sıcaklığı 50 ila 70 C ye kadar düşürülerek primerlerin bağlanması sağlanır. Primerler klonlanması istenen dizinin uç noktalarındaki eşlenik bazlarına bağlanarak sentez için başlangıç noktalarını oluştururlar. 3. Ortamda bulunan DNA Taq polimeraz enzimi, ısıya dayanıklı bir tür olan Thermus aquaticus adlı bakteriden elde edilir. Ortam sıcaklığı C olduğunda enzim, primerlerin serbest 3'-OH ucuna uygun nükleotidleri ekleyerek zincirin uzamasını sağlar. Böylece DNA dizisinin bir kopyası elde edilmiş olur. Temelde bu basamakların ortalama 25 döngü ile tekrarı sonucunda istenilen dizinin milyonlarca kopyası elde edilebilir (Cummings, Klug ve Spencer, 2006/2011: ). DNA izolasyonu gerçekleştirilen örneklerin mitokondrilerinde bulunan sitokrom b gen bölgesini çoğaltmak için polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi kullanılmıştır. Bu çalışmada, PZR için hazırlanan karışım Çizelge 2.1. de verilmiştir. Çizelge 2.1. PZR reaksiyonu için hazırlanan karışım DNA 1 µl 10X Tampon (1,5 mm MgCl2 içerir) 2,5 µl 2,5 mm dntp karışımı 1,5 µl İleri primer (Forward) (10 pmol/µl) 0,4 µl Geri primer (Reverse) (10 pmol/µl) 0,4 µl sdh2o 19 µl Taq DNA polimeraz (5u/µl) 0,2 µl Toplam Hacim 25 µl
25 13 Sitokrom b gen bölgesinin çoğaltılmasında F: 5'-GAAGAACCACCGTTGTTATTCAA-3'; R: 5'-ACCTCCGATCTTCGGATTACA-3' primer dizileri kullanılmıştır (S lechtova, Bohlen, Freyhof ve Ra b, 2006). PZR reaksiyonuna, 94 C de 2 dk lık ilk denatürasyon ile başlanmıştır. Devamında reaksiyon, 25 döngü olacak şekilde denatürasyon basamağı 94 C için 30 sn, primer bağlanma basamağı 62 C için 30 sn ve uzama basamağı 72 C de 45 sn olarak tekrarlanmıştır. Son uzama basamağı 72 C de 2 dk olarak tamamlanmıştır. PZR dan alınan sonuçlar agaroz jel elektroforezi yöntemi ile kontrol edilmiştir PZR Ürünlerinin Agaroz Jel Elektroforezi ile Kontrolü Agaroz jel elektroforezi yöntemi, baz çifti (bç) boyutları arasındaki DNA ve RNA moleküllerini tanımlamakta kullanılan standart elektroforez yönteminde destek ortam olarak agarozun kullanıldığı yöntemdir. Temelde tüm elektroforez yöntemleri, yüklü moleküllerin iki kutup arasında oluşan elektriksel alan boyunca hareketlerinin izlenmesine dayanır. Agaroz ise bir tür algden elde edilen galaktopiranoz türevlerinin lineer bir polimeridir. Genelde nükleik asit ve protein gibi yüksek molekül ağırlığı olan moleküllerin çalışılacağı durumlarda destek ortamı olarak tercih edilir (Temizkan ve diğerleri, 2008: 30-34). Bu çalışmada, PZR ile çoğaltılan gen bölgesinin kontrolü için kullanılmıştır. 0,5 µg/ml olacak şekilde Etidyum bromür içeren %2 lik agaroz jel hazırlanmıştır. 5 µl PZR ürünü, 1 µl 6X yükleme çözeltisi (%40 sükroz, %0,25 brom fenol mavisi, %60 10X TBE tamponu) ile karıştırılarak jel üzerindeki kuyucuklara yüklenmiştir. Yüklenen PZR ürünleri, 100 V luk sabit voltaj uygulanarak yaklaşık 1 saat kadar yürütülmüştür. Jeller, 300 nm dalga boyuna ayarlı UV transluminatörde özel kalkan altında incelenmiş ve fotoğrafları alınmıştır PZR Ürünlerinin Temizlenmesi PZR ile çoğaltılan ürünlerin temizlenmesi Qiagen QIAquick PCR Purification Kit ve manuel bir yöntem olan Exonuclease I/ Shrimp Alkaline Phosphatase kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Böylece elde edilen ürünler PRZ artıklarından temizlenmiştir.
26 14 Exonuclease I/ Shrimp Alkaline Phosphatase yöntemi ile PZR ürününün temizlenmesi için Çizelge 2.2. deki karışım hazırlanmıştır. Çizelge 2.2. PZR ürün temizlemesi için hazırlanan karışım PZR ürünü Exonuclease 1 (10 Ünite/ μl) Shrimp Alkaline Phospatase (1 Ünite/ μl) Toplam Hacim 7 μl 1 μl 1 μl 9 μl Tüp içerikleri pipetlenerek karıştırılmış ve ısı döngüleyiciye yerleştirilerek aşağıda program uygulanmıştır: 37ºC de 20 dakika 80ºC de 20 dakika 95ºC de 2 dakika PZR ürünleri dizi analizine kadar -20 C de saklanmıştır DNA Dizi Analizi DNA dizi analizi temelde Sanger ve diğerleri tarafından tanımlanan enzimatik polimerizasyon yolu ile oligonükleotid sıralaması yöntemine dayanmaktadır. Bu yöntemde ilk olarak DNA ısı ile denatüre edilerek tek zincir haline getirilir. Üzerine, kalıp DNA nın bilinen spesifik bir bölümünden seçilmiş primer eklenir. Bu DNA sentezi için başlangıç noktasını oluşturacaktır. Taq DNA polimeraz, az miktarda DNA kullanarak verimli bir şeklide DNA üzerinde deoksiribonükleotid trifosfat (dntp) ile polimerizasyon gerçekleştirir. Enzim, uzamakta olan zincire terminatör de denilen dideoksinükleosit trifosfat (ddntp) yani değiştirilmiş nükleotid bağlayana kadar devam eder. ddntp ler yapılarında 3 -OH yerine 3 -H bulundurur. Bu nedenle zincire ddntp bağlandığında zincir uzaması devam edemez. Sonuçta farklı boylarda birçok zincir elde edilir. Yalnız Taq DNA polimeraz, zincir uzaması sırasında ddntp leri bağlamak için dntp lerden daha fazla tercih etmektedir. Bunun çözümü için sekans için kullanılan enzimin bir aminoasidinin yeri değiştirilerek bağlanma oranlarını neredeyse eşitlenmiştir (França, Carrilho ve Kist, 2002; Cummings ve diğerleri, 2006/2011: ).
27 15 Okuma yapılabilmesi için ddntp lerin sonlarına her nükleotid için farklı renklerde floresan boya bağlanmıştır. ddatp için yeşil, ddttp için kırmızı, ddctp için mavi ve ddgtp için siyah renkleri seçilmiştir. Bu tüm sentezin tek tüpte gerçekleşmesine izin verir. Elde edilen zincirler sadece tek bir ddntp ile sonlanabilir ve zincirler hangi ddntp ile sonlandıysa onun floresan boyasına sahip olacaktır. Bu sentezin sonucunda elde edilen ürün kalan artıklardan pürifikasyon yolu ile temizlenir. Eğer bu işlem iyi yapılmazsa okumada kalan floresan boyalı ddntp ler kirlilik oluşturacak ve okumanın kalitesini düşürecektir (Françave diğerleri, 2002; Cummings ve diğerleri, 2006/2011: ). Okuma kapiller elekrtoforez yöntemi kullanılarak okuma yapılmaktadır. Elde edilen ürünler polimer dolu kapiller cam tüpe yüklenir. Kapiller tüp üzerinde oluşturulan elektriksel alan içerisinde DNA molekülü, sahip olduğu yük doğrultusunda kutuplar arasında yürümesi sağlanır. Bu yürümenin hızı molekülün büyüklüğüne göre değişmektedir. Ayırma işlemi bu temeller ile gerçekleştirilir. Devamında lazer detektöründen geçen örnekler son nükleotidlerinin sahip oldukları floresan boyanın renginin dalga boyunda ışıma yaparak geri yansıtırlar. Kısa zincirden uzun zincire sırası ile yansımaları yakalayan detektör bu bilgileri program aracılığı ile işleyerek sıraya koyar ve grafiksel olarak bilgisayar ekranına aktarır (França ve diğerleri, 2002; Cummings ve diğerleri, 2006/2011: ). Otomatik DNA dizi analizi reaksiyonu, ABI PRISM Big Dye Teminator V3.1 Cycle Sequencing Kit reaksiyon kiti kullanılarak üretici firmanın öngördüğü koşullar doğrultusunda aşağıda verildiği şekilde yapılmıştır. Bu PZR kitinin özelliği tüm PZR kimyasalları ile beraber, floresan boyalı ddntp ler ile Taq DNA Polimeraz enzimini tek bir karışım halinde bulundurmasıdır. Big Dye Ready Reaction Mix olarak adlandırılan bu karışıma sadece primer ve temizlenmiş kalıp DNA eklenir ve reaksiyon başlatılır (Çizelge 2.3.).
28 16 Çizelge 2.3. Dizi analiz için hazırlanan karışım Kalıp DNA (PZR ürünü) 10X Sekans Buffer Big Dye reaksiyon karışımı Primer (10 pmol/μl) sdh2o Toplam Hacim 1,5 μl 0,95 μl 0,6 μl 0,5 μl 6,45 μl 10 μl Reaksiyon tüpleri pipetlenerek karıştırılmış ve ısı döngüleyiciye yerleştirilerek aşağıdaki program 25 döngü halinde uygulanmıştır. PZR için Applied Biosystems GeneAmp PCR system 2700 cihazı kullanılmıştır. 96ºC de 10 saniye 50ºC de 5 saniye 60ºC de 4 dakika Böylece örneklerin, ddntp içeren bir reaksiyona sokularak faklı floresan boyalar ile işaretlemesi yapılmış olur DNA Dizi Analizine Hazırlanan Ürünlerin Temizlenmesi Örnek hazırlaması sırasında PZR ürünleri izopropanol çöktürmesi ile reaksiyon artıklarından temizlenmiştir. Bu aşama özellikle reaksiyona girmemiş floresan boyalı ddntp lerin uzaklaştırılması açısından önemlidir. İşlem uygun şekilde yapılamazsa kontaminant boyaların da lazer tarafından okunduğu ve analizin hassasiyetini etkilediği bilinmektedir. Döngüler tamamlandıktan sonra reaksiyondan artan malzemeler, aşağıda belirtilen yöntem takip edilerek ortamdan temizlenmiştir. 1. Her bir tüpe 2 μl 3M sodyum asetat ilave edilmiştir. 2. Tüplere 50 μl soğuk % lük etil alkol ilave edilmiş ve iyice karıştırılarak 1.5 ml lik ependorf tüplere aktarılmıştır.
29 17 3. Tüpler 20 dakika -20ºC de bekletilmiştir dakika rpm de santrifüje edilmiş ve süpernatan uzaklaştırılmıştır μl soğuk %70 lik etil alkol ilave edilmiştir dakika rpm de santrifüje edilmiştir. 7. Süpernatan uzaklaştırılmış ve pelet oda ısısında kurumaya bırakılmıştır. 8. Pelet 20 μl formamid ilave edilerek çözülmüş ve vortekslenmiştir. 9. Örnekler 95ºC de 5 dakika inkübe edilerek denatüre edilmiştir. 10. Hazırlanan örnekler kapiller elektroforez sisteminde yürütülmüştür. İşaretli ürünler kapillere uygulanmış ve lazer yardımı ile ışımaları ölçülerek bilgisayara kaydedilmiştir. Ancak verilerin beklenildiği gibi olmasının nedeni kullanılan cihazdan kaynaklanmaktadır. Cihaz ile ilgili bir şey yapılamayacak olması nedenle, mevcut izole edilmiş DNA lardan tekrar yukarda belirtilen koşulları uygulanarak PZR yapılmıştır ve sonuçları agaroz jel elektroforez yöntemi ile kontrol edilmiştir. Temizleme ve dizi analizi yapılmak üzere Macrogen Inc. Firmasına gönderilmiştir. Dizi analizi okuma işlemi, DNA ipliğinin başından sonuna ve sonundan başına doğru olmak üzere çift yönlü olarak gerçekleştirilmiştir Analizde Kullanılan Programlar DNA dizi analiz sonuçları BioEdit ve Chromas lite programı kullanılarak kontrolleri yapılmıştır. Verilerin değerlendirmesi için DnaSP ve Arlequin programları kullanılmıştır.
30 18
31 19 3. BULGULAR Eylül 2011 tarihleri arasında yapılan arazi çalışmalarında birinci istasyonda Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) türünden yalnızca 4 birey yakalanmıştır. Ayrıca bu bölgede üç egzotik tür olan Carassius gibelio (Bloch, 1782), Carassius auratus (Linnaeus, 1758) ve Pseudorasbora parva (Temminck & Schlegels, 1846) ile birlikte Cobitis turcica (Hankó, 1925) ya rastlanmıştır. İkinci istasyonda yapılan çalışmalarda ise Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) türünden 22 birey yakalanmıştır. Avlama yapılan bölgede egzotik türlere rastlanmamıştır. Laboratuvar çalışmalarında yakalanan bireylerden DNA izolasyonundan elde edilen DNA nın saflığı ve miktar tayini sonuçları Çizelge 3.1. daki gibidir. Çizelge 3.1. DNA örneklerinin saflığı ve miktar tayini sonucu Örnek Kodu /280 ng/µl E1 0,115 0,086 1, ,374 E2 0,135 0,067 1, ,561 E3 0,087 0,042 2,101 87,339 E4 0,077 0,038 2,03 77,366 S1 0,089 0,042 2,102 88,963 S2 0,069 0,034 2,072 69,468 S3 0,097 0,047 2,059 96,584 S4 0,054 0,026 2,086 53,583 S5 0,527 0,257 2, ,043 S6 0,048 0,023 2,077 47,81 S7 0,069 0,034 2,049 69,468 S8 0,216 0,107 2, ,247 S9 0,066 0,032 2,058 65,515 S10 0,101 0,049 2, ,1 S11 0,093 0,044 2,112 93,148 S12 0,088 0,044 1,993 87,835 S13 0,585 0,289 2, ,318 S14 0,036 0,017 2,106 36,237 S15 0,058 0,028 2,11 58,401 S16 0,09 0,046 1,976 90,185 S17 0,084 0,04 2,1 84,273 S18 0,065 0,031 2,137 65,329 S19 0,044 0,021 2,115 43,656 S20 0,111 0,055 2, ,791 S21 0,082 0,043 1,927 82,123 S22 0,046 0,022 2,108 45,93
32 bp lik cyt b gen bölgesinin PZR işleminin kontrolü amacı ile uygulanan agaroz jel elektroforez yönteminin sonucu olumlu olarak gözlenmiştir (Şekil 3.1.). Şekil 3.1. Bireylere ait PZR sonuçları DNA dizi analiz sonuçlarında, sonuçlar beklenildiği gibi olmamıştır. E3 örneği için Forward (F) primeri ile yapılan okumanın kromatogramında piklerin frekansı E1 örneğindeki gibi olası beklenirken çok daha düşüktür (Şekil 3.2.). Şekil 3.2. E1 ve E3 için F primerleri ile yapılan okumanın kromotogramında piklerin görüntüsü ( bç) Reverse (R) primeri için okuma anlamlı değildir. 400 bç den sonra okuma yapılamamıştır (Şekil 3.3.).
33 21 Şekil 3.3. E1 ve E3 için R primeri ile yapılan okumanın kromatogramında piklerin görüntüsü ( bç) Analiz sonucunda yaklaşık 1000 bç okuma beklerken 340. bazdan sonrasında piklerde bozulma gözlenmektedir. Bu nedenle devamında okunan bazların doğruluğundan kesin emin olunamamaktadır (Şekil 3.4.). Şekil 3.4. E1 ve E3 için F primeri ile yapılan okumanın kromatogramında piklerin görüntüsü ( bç) Bununla beraber 510. bazdan sonra okuma yapılamamıştır. Eldeki DNA dizi analizleri sonuçlarının neredeyse hepsinde aynı durum söz konusudur (Şekil 3.5.).
34 22 Şekil 3.5. E1 ve E3 için F primeri ile yapılan okumanın kromatogramında piklerin görüntüsü ( bç) Dizi analizi sonucunda, gen bölgesinin uzunluğunun fazla olması nedeniyle PZR ürünlerinin orta bölgelerinin dizisi okunamamış olduğu varsayılmıştır. Bu nedenle PZR ürünlerinin orta kısmına denk gelecek şekilde internal primer dizileri belirlenmiştir. İnternal primer dizileri INTF: 5'-ATTGCCCGAGGACTATATTATG-3'; INTR: 5'- GACGTGTGAAGGATAGGCACTA-3' şeklindedir (Culling ve diğerleri, 2006). Dizi analiz çalışması yukarıda anlatılan aynı işlem sırası izlenerek tekrarlanmıştır. Elde edilen veriler bir önceki çalışma ile aynı şekilde sonuçlanmıştır. Bu veriler ışığında yapılacak olan yayınlar için her bir bireyin DNA dizi analiz sonuçlarının National Center for Biotechnology Information (NCBI) a yüklenmesi gerekmektedir. Ancak bu sonuçların NCBI a yüklenmesi mümkün değildir. Sonuçların istenildiği gibi çıkmamasının nedeni kullanılan cihazdan kaynaklanmaktadır. Cihaz ile ilgili bir şey yapılamayacak olması nedenle, mevcut izole edilmiş DNA lardan tekrar yukarda belirtilen koşullar uygulanarak PZR yapılmış ve dizi analizi yapılmak üzere Macrogen Inc. Firmasına gönderilmiştir. Buradan elde edilen verilerde E1 örneği için Forward ve Reverse primeri ile yapılan okumanın kromatogramında piklerin görüntüsü aşağıdaki Şekil 3.6. deki gibidir.
35 23 Şekil 3.6. E1 için F ve R primerleri ile yapılan okumanın kromatogramında piklerin görüntüsü (0-105 bç) Analiz sonucunda 680 bç net okuma gerçekleşmiştir. Devamındaki 320 bç lik okuma kabul edilebilir seviyededir. Ancak 1000 bç ve devamında okuma anlamlılığını kaybetmektedir. Bu nedenle DNA nın başından sonuna ve sonundan başına doğru yapılan çift yönlü okuma yapılmıştır. Böylece 680 bç sonrasında oluşan belirsizliği ortadan kaldırılmıştır. Sonuçta yaklaşık 1116 bç lik okumadan kesin bir şekilde emin olunmuştur. S17 örneği için anlamlı bir okuma yapılamamış olmasından dolayı veri değerlendirmesine katılmamıştır (Şekil 3.7.). Şekil 3.7. E1 örneği için F ve R primerleri ile yapılan okumanın chromatogramında piklerin görüntüsü ( bç)
36 24 Elde edilen DNA dizi analizlerinin değerlendirilmesi sonucunda nükleotid çeşitliliği (π) 0,001213±0,000865, haplotip değeri (h) 5 ve haplotip çeşitliliği (Hd) olarak saptanmıştır. Toplam nükleotidlerdeki yer değiştirme miktarı 9 dur. Bunların hepsi transisyon şeklindedir. 25 bireye ait nükleotid dağılımı %26,97 A, %33,66 T, %24,58 C, %14,79 G şeklinde gözlenmiştir. Bireyler arasındaki polimorfizm oranının hesaplanmasında Tajima s D ve Fu s Fs değerleri kullanılmıştır. Elde edilen veriler sırasıyla -1,40229 ve -0,04800 şekildedir. Değerlendirme sonucunda 5 haplotip belirlenmiş olup, 25 sekans içerisinde haplotip dağılımı Çizelge 3.2. de görülmektedir. Çizelge 3.2. Sekansların haplotipler arasındaki dağılımı Haplotype: All_Seqs (25) Hap_1 5 Hap_2 14 Hap_3 4 Hap_4 1 Hap_5 1 Tajima s D ve Fu s Fs test sonucu, Çizelge 3.3.de görüldüğü gibi, negatif olarak hesaplanmıştır. Fu s Fs için bu durum, populasyonun şu an için büyüme gösterdiğini kanıtlar niteliktedir. Ancak devamında verilmiş olan P-değerinin 0,05 den daha yüksek olması nedeniyle anlamsızdır. Çizelge 3.3. Arlequin programı kullanılarak hesaplanmış olan Tajima s D ve Fu s Fs değerleri Neutrality tests Statistics All_Seqs Mean Tajima's D test Sample size S Pi Tajima's D
37 25 Çizelge 3.4. (devam)arlequin programı kullanılarak hesaplanmış olan Tajima s D ve Fu s Fs değerleri Fu's FS test Real no. of alleles Orig. no. of alleles Theta_pi Exp. no. of alleles FS FS p-value
38 26
39 27 4. SONUÇ VE ÖNERİLER Yapılan bu çalışmada tek bir popülasyonun varlığı gözlemlenmiştir. Ancak diğer tüm çalışmalarda birden fazla popülasyonun varlığı söz konusudur. Böylece bir türün genetik çeşitliliği ve popülasyon yapısı hakkında daha çok bilgi sahibi olmak mümkündür. Çünkü popülasyonlar arasında da karşılaştırma yaparak genetik çeşitliliğin yüksek ya da düşük olduğunun yorumlanması, gen akışının varlığı, popülasyonlar arasındaki genetik uzaklığın gözlemlenmesi vb. birçok veriyi elde etmek mümkün olmaktadır. Bu çalışmada ise tek bir popülasyondan elde edilen veriler doğrultusunda yorum yapılmaktadır. Yapılan bu çalışmada popülasyonun nükleotid çeşitliliği 0,001213±0,000865, haplotip çeşitliliği olarak saptanmıştır. Yanlızca Carson ve diğerleri (2014) tarafından Cyprinodon julimes üzerine yapılan çalışmada tek popülasyon ile çalışılmıştır. Bu çalışmadan elde edilen veriler ile karşılaştırıldığında popülasyonun kritik bir noktada olmasa da genetik çeşitliliğinin düşük olduğu söylenebilir. Lin ve diğerleri (2008) tarafından yapılmış çalışmada ise nükleotid çeşitliliği ve haplotip çeşitliliği değerlerinin belirli sınırların (h >0.50, π >0.005) altında ya da üzerinde olmasına göre değerlendirilmektedir. Buna göre ise Cobitis bilseli (Battalgil, 1942) popülasyonunun haplotip çeşitliliği ortalama değerlerde, nükleotid çeşitliliği ise oldukça düşük değerlerdedir. Elde edilen DNA dizi analizlerinin değerlendirilmesi sonucunda A+T baz çifti %60,63 tür. Chondrostoma lusitanicum (Mesquita ve diğerleri, 2001), Schizopygopsis pylzovi (Qi ve diğerleri, 2005) ve Labeo rohita (Luhariya ve diğerleri, 2012) dan elde edilen veriler sırası ile %55.8, %55.1 ve %57.3 dür. Bu çalışmada elde edilen veriler bazı cyprinid türlerinden elde edilen veriler ile benzer bir sonuç göstermektedir. Tajima s D değeri, döneminin diğer yöntemlerinden farklı olarak (Hudson, Kreitman and Aguade, 1987) sadece DNA polimorfizm verisini kullanarak nötral mutasyon hipotezini test etmekte kullanılır (Tajima, 1989).
40 28 Nükleotid sekans polimorfizimi iki şekilde ölçülür. Bunlardan ilki ayrılma bölgelerinin miktarı (S) olarak adlandırılır ve kısaca veri setindeki polimorfik nükleotid bölgelerin sayısı şeklinde de ifade edilebilir. İkinci ölçüm değeri ise ortalama çift farklılığı (π) dır. Daha açık ifade etmek gerekirse, bu değer her bir sekans çiftinin birbiri ile karşılaştırılması sonucunda elde edilen farklı nükleotid bölge sayısının yapılan karşılaştırma sayısına bölümüdür. π değeri S değerinden farklı olarak ortalama bir değer olduğundan yapılan çalışmadaki sekans sayısına bağlı olarak değişmemektedir. Bu durum, veri değerlendirmesinde önemli bir role sahiptir. Tajima (1989) çalışmasında bu iki değerden yola çıkarak θs ve θπ varsayımlarında bulunmuştur. D değerini ise bu iki varsayımın farkı olarak tanımlamıştır. Teorik olarak populasyonun dengede ya da nötr olması durumunda θs ve θπ değerlerin benzer olması beklenir. Yani, D değerinin 0 ya da sıfıra yakın bir değer olması beklenir. Diğer yandan eğer aralarında bir fark var ise bu o populasyon içerisinde seçilim olduğunun kanıtıdır. Seçilim populasyon içerisindeki çeşitliliğin artmasının ya da azalmasının nedenidir. Tajima nın D değerinin negatif ya da pozitif olmasına göre de seçilim tipi belirlenmektedir. Ancak bu değeri yorumlamak o kadar kolay değildir (Pfaffelhuber ve diğerleri, 2008: ). Daha öncede belirtildiği gibi, yapmış olduğumuz çalışma sonucunda elde edilen Tajima nın D değeri -1,40229 dur. Bu değerin negatif olması ancak θs değerinin θπ değerinden daha büyük olması ile açıklanabilir. Buna göre, populasyonun büyüklüğünün artış göstermekte olduğu ama genetik çeşitliliğin populasyon için yeterli olmadığı söylenebilir. Bunun sebebi olarak populasyonun darboğaz etkisinden geçtiğini varsaymamız mümkündür. Çünkü tüm gölde yayılış gösteren populasyonun ortama yabancı türlerin sokulması ile bir darboğaz etkisinde kaldığını kabul edersek bunun sonucunda populasyon birey sayısında ve genetik çeşitliliğinde azalma olmuştur. Darboğaz etkisinden sonra da populasyon şimdiye kadar birey sayısını arttırma yolunda bir büyüme göstermiştir. Genetik çeşitliliğin ise şu an için az olduğunu kabul etsek de daha kesin sonuçlar için populasyonun birey sayısı ve genetik çeşitlilik açısından izlenmeye devam etmesi gerekmektedir.
41 29 Bu tür hakkında populasyon yapısını ve birey sayısını etkilemeyecek şekilde daha kapsamlı ekolojik çalışmalar yapılması ve bununla beraber popülasyonun genetik açıdan da takibine devam edilmesi gerekmektedir. Bunun nedeni o tür hakkında yıl içerisindeki uğradığı değişimlerin anlaşılması açısından önemlidir. Ayrıca populasyonun dengede olup olmadığını, zamanla küçülme mi gösterdiğini yoksa belirli etkiler sonucunda sadece dalgalanma mı gösterdiğini uzun yıllar birikmiş bilgi ışığında kesin olarak söylemek mümkündür. İleride elde edilmiş bu bilgiler sayesinde türe etki eden olumsuz şartların ortadan kaldırılması, yaşadığı ortamın koruma bölgesi olarak belirlenmesi veya türün akvaryumlarda çoğaltılarak bırakılması gibi koruma yöntemlerinden tür için uygun olanın belirlenmesinde ve uygulanmasında yol gösterici olacaktır.
42 30
43 31 KAYNAKLAR Alves, M., J., Coelho, H., Collares-Pereira, M., J., Coelho, M., M. (2001). Mitochondrial DNA variation in the highly endergared cyprinid fish Anaecypris hispanica: importance for conservation. Heredity, 87, Balık, İ., Çubuk, H., Özkök, R., Uysal, R. (2006). Eğirdir Gölü balık faunası ve balıkçılığı: sudak balığının (Sander lucioperca (Linnaeus, 1758)) aşılandığı 1950 li yıllardan günümüze değişimler. 1. Balıklandırma ve Revervuar Yönetimi Sempoyumu, Antalya, Bohlen, J., Perdices, A., Doadrio, I., Economidis, P. S. (2006). Vicariance, colonisation, and fast local speciation in Asia Minor and the Balkans as revealed from the phylogeny of spined loaches (Osteichthyes; Cobitidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 38, Campbell, N. A., Reece, J. B. (2006). Biyoloji 6. Baskıdan çeviri. (çev. E. Gündüz, A. Demirsoy ve İ. Türkan). Palme Yayıncılık. (Eserin orijinali 2002 de yayımlandı), Cao, L., Liang, X., F., Du, Y., Zheng, H., Yang, M., Huang, W. (2013). Genetic population structure in Siniperca scherzeri (Perciformes: Siniperca) in China inferred from mitochondrial DNA sequences and microsatellite loci. Biochemical Systematics and Ecology, 51, Carson, E., W., Beasley, R., R., Jones, K., L., Lance S., L., Lozano-Vilano, M., L., Vela- Valladares, L., Banda-Villanueva, I., Turner, T., F., De la Maza-Benignos, M. (2013). Development of polymorphic microsatellite markers fort he microendemic pupfishes Cyprinodon julimes and C. pachycephalus. Conservation Genetics Resources, 5, Carson, E., W., De la Maza-Benignos, M., Lozano-Vilano, M., L, Vela-Valladares, L., Banda-Villanueva, I., Turner, T., F. (2014). Conservation genetic assessment of the critically endangered Julimes pupfish, Cyprinodon julimes. Conservation Genetics, 15, Culling, M. A., Janko, K., Boron, A.,Vasıl ev, V. P., Côté, I. M., Hewitt, G. M. (2006). European colonization by the spined loach (Cobitis taenia)from Ponto-Caspian refugia based on mitochondrial DNA variation. Molecular Ecology, 15, Cummings, M. R., Klug, S. K., Spencer, A. S. (2011). Genetik kavramlar 8. Baskıdan çeviri. (Çev. C. Öner, S.Sümer, R. Öner, A. Öğüş, L. Açık). Palme Yayıncılık. (Eserin orijinali 2006 da yayımlandı), , Erk akan, F., Atalay-Ekmekçi, F. G., Nalbant, T. T. (1999). A review of the genus Cobitis in Turkey (Pisces: Ostariophtsi: Cobitidae) Hydrobiologia, 403, França, L. T. C., Carrilho, E., Kist, T. B. L. (2002). A review of DNA sequencing techniques. Quarterly Reviews of Biophysics, 35(2),
44 32 Frankham, R., Ballou, J. D., Briscoe, D. A. (2011) İntroduction to Conservation Genetics. (Second Edition). UK: Cambridge University Press, 4. Geldiay, R., Balık, S. (1999). Türkiye Tatlısu Balıkları (3.Baskı). İzmir: Ege Üniversitesi Basımevi, Hudson, R. R., Kreitman, M., Aguadé, M. (1987). A test of neutral molecular evolution based on nucleotide data. Genetics, 116(1), İnternet: IUCN. About IUCN. URL: bout%2f&date= Son Erişim Tarihi: İnternet: IUCN. Pseudophoxinus handlirschi. URL: details%2f40747%2f0&date= son Erişim Tarihi: İnternet: IUCN. Cobitis bilseli (Great Beyşehir Spined Loach). URL: details%2f61358%2f0&date= Son Erişim Tarihi: IUCN. (2001), IUCN Red List Categories and Criteria Version 3.1. (Second Editions) UK: Switzerland and Cambridge. Lawler, J. J., Aukema, J.E., Grant, J.B., Halpern, B. S., Kareiva, P., Nelson, C. R., Ohleth, K., Olden, J. D., Schlaepfer, A. M., Silliman, B. R.,Zaradic, P. (2006). Conservation Science: a 20-year report card. Frontiers in Ecology and the Environment, 4(6), Lin, H., D., Hsu, K., C., Shao, K., T., Chang, Y., C., Wang, J., P., Lin, C., J., Chiang, T., Y. (2008). Population structure and phylogeography of Aphyocypris kikuchii (Oshima) based on mitochondrial DNA variation. Journal fo Fish Biology, 72, Luhariya, R. K., Lal, K. K., Singh R. K., Mohindra, V., Punia, P., Chauhan, U. K., Gupta, A., Lakra, W.S. (2012). Genetic divergence in wild population of Labeo rohita (Hamilton, 1822) from nine Indian Rivers, analyzed through mtdna cytocrome b region Molecular Biology Reports, 39(4), Mesquita, N., Carvalho, G., Shaw, P., Crespo, E., Coelho, M., M. (2001). River basinrelated genetic structuring in endangered fish species, Chondrostoma lusitanicum, based on mtdna sequencing and RFLP analysis. Heredity, 86, Primack, R. B. (2012). Koruma biyolojisi 5. Baskıdan çeviri. (çev. A. A. Dönmez, E. O. Dönmez). Hacettepe Üniversitesi Yayınları.(Eserin orijinali 2010 da yayımlandı),6. Qi, D., Gou, S., Zhao, X., Yang, J., Tang, W.(2007). Genetic diversity and historical population structure of Schizopygopsis pylzovi (Teleostei: Cyprinidae) in the Qinghai-Tibetan Plateau. Freshwater Biology, 52,
45 33 Salgueiro, P., Carvalho, G., Collares-Pereira, M., J., Coelho, M., M. (2003). Microsatellite analysis of genetic populaion structure of the endergared cyprinid Anaecypris hispanica in Portugal: implications for conservation. Biological Conservation, 109, Saunders, D. L., Meeuwig, J. J., Vincent, C.J. (2002). Freshwater protected areas: Strategies for conservation. Conservation Biology, 16(1), S lechtova, Jr., V., Bohlen, J., Freyhof, J., Ra b, P. (2006). Molecular phylogeny of the Southeast Asian freshwater fish family Botiidae(Teleostei: Cobitoidea) and the origin of polyploidy in their evolution. Molecular Phylogenetics and Evolution, 39, Smith, K. G., Darwall, W. R. T. (2006). The Status and Distribution of Freshwater Fish Endemic to the Mediterranean Basin, IUCN, UK, 1,5. Sousa, V., Penha, F., Collares-Pereira, M., J., Chikhi, L., Coelho, M., M. (2008). Genetic structure and signature of population decrease in the critically endangered freshwater cyprinid Chondrostoma lusitanicum. Conservation Genetic, 9, Sousa, V., Penha, F., Pala, I., Chikhi, L., Coelho, M., M. (2010). Conservation genetics of a critically endergared Iberian minnow: evidence of population decline and extirpations. Animal Conservation, 13, Tajima, F. (1989). Statistical metod for testing the netural mutation hypotesis by DNA polymorphism Genetics, 123, Temizkan, G., Arda, N. (Editörler). (2008). Moleküler biyolojide kullanılan yöntemler, (3. Baskı). İstanbul: Nobel Tıp Kitapevleri, Tümgelir, L., Çubuk, H., Çınar, Ş., Özkök, R., Küçükkara, R., Ceylan, M, Erol, K. G., Çetinkaya, S. (2007). Beyşehir Gölü ndeki Tatlısu Kefali (Leuciscus lepidus (Herckel, 1843)) populasyonunun büyüme özellikleri. Turkısh Journal Of Aquatıc Lıfe, 3-5(5-8), Van Dyke, F. (2003). Conservation Biology: Foundation, Consepts, Applications. (First Edition), New York: McGraw-Hill, Yeğen, V., Balık, S.,Bostan, H., Uysal, R., Bilçen, E. (2006). Göller bölgesindeki bazı göl ve baraj göllerinin balık faunalarının son durumu. 1. Balıklandırma ve Revervuar Yönetimi Sempoyumu, Antalya,
46 34
47 35 ÖZGEÇMİŞ Kişisel Bilgiler Soyadı, adı : KUMSER, Neziha Yağmur Uyruğu : T.C. Doğum tarihi ve yeri : , Altındağ Medeni hali : Bekâr Telefon : 0 (505) yagmurkumser@gmail.com Eğitim Derece Yüksek lisans Eğitim Birimi Gazi Üniversitesi /Biyoloji Bölümü Mezuniyet tarihi Devam Ediyor Lisans Gazi Üniversitesi/ Biyoloji Bölümü 2010 Lise Çankaya 50. Yıl Lisesi 2006 İş Deneyimi Yıl Yer Görev Yabancı Dil İngilizce Yayınlar - Hobiler Kitap okumak, Kendo, Yelkencilik
48 GAZİ GELECEKTİR...
POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)
Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid
DetaylıKAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA
İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7
DetaylıAgaroz jel elektroforezi
MOLEKÜLER TEKNİKLER Dr. Naşit İĞCİ Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 4. Sınıf (2017-2018 Bahar) 2. NOT Agaroz jel elektroforezi PAGE daha çok proteinlerin ve küçük
DetaylıTÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF
TÜBİTAK BİDEB LİSE ÖĞRETMENLERİ FİZİK, KİMYA, BİYOLOJİ, MATEMATİK- PROJE DANIŞMANLIĞI EĞİTİMİ ÇALIŞTAYI LİSE3 (Çalıştay 2013) BİYOLOJİ GRUP TUHAF PROJE ÖNERİSİ ADI TUHAF MATERYALLERDEN İZOLE EDİLEN DNA
DetaylıMOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI
MOLEKÜLER 2014-2015 BİYOLOJİ LABORATUVARI GÜZ DÖNEMİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI 7.HAFTA DERS NOTLARI GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN FAKÜLTESİ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ Sayfa 1 / 6 1. RFLP (RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUK
DetaylıEĞİRDİR GÖLÜ BALIKÇILIĞINDA SON DURUM
EĞİRDİR GÖLÜ BALIKÇILIĞINDA SON DURUM Hıdır ÇUBUK 1, İsmet BALIK 2, Şakir ÇINAR 3, Remziye ÖZKÖK 3, Levent TÜMGELİR 3 Ramazan KÜÇÜKKARA 3, K.Gonca EROL 3, Rahmi UYSAL 3, Meral YAĞCI 3 1- ESKİŞEHİR TARIM
DetaylıGÖLLER BÖLGESİNDEKİ BAZI GÖL VE BARAJ GÖLLERİNİN BALIK FAUNALARININ SON DURUMU. Bornova/İZMİR
GÖLLER BÖLGESİNDEKİ BAZI GÖL VE BARAJ GÖLLERİNİN BALIK FAUNALARININ SON DURUMU *Vedat YEĞEN 1, Süleyman BALIK 2, Hasan BOSTAN 1, Rahmi UYSAL 1, Erdal BİLÇEN 1 1 Su Ürünleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü,
DetaylıUlusal Su Günleri, ANTALYA 2007 Türk Sucul Yaşam Dergisi. (Turkish Journal Of Aquatic Life) YIL: 3-5 SAYI: 5-8 819 S.
Ulusal Su Günleri, ANTALYA 27 Türk Sucul Yaşam Dergisi. (Turkish Journal Of Aquatic Life) YIL: 3-5 SAYI: 5-8 819 S. BEYŞEHİR GÖLÜ NDEKİ TATLISU KEFALİ (Leuciscus lepidus HECKEL, 1843) POPULASYONUNUN BÜYÜME
DetaylıREKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ. Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL
Araş. Gör. Dr. Öğünç MERAL 1960 lardan bu yana genetik ve moleküler biyolojideki kavrayışımızın hızla artması, biyoteknolojide heyecan verici buluşlar ve uygulamalara yol açtı. DNA yapısı ve fonksiyonlarının
DetaylıSoru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız:
Ara Sınav Soruları Soru 1: DNA miktarını saptamak için spektrofotometrik yöntemin arkasındaki prensibi açıklayınız: Cevap1: 260 nm de 1 cm yol uzunluğundaki OD = 50 μ g/ml çift sarmal DNA için, 40 μ g/ml
DetaylıNÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ
T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN
DetaylıMaya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu
Maya ve maya benzeri mantarların sekans analizi ile identifikasyonu Dr. Ayşe KALKANCI Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara 24-25 Şubat 2011, İzmir Sunum Planı Teorik
DetaylıRTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti
RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050
DetaylıKEMER BARAJ GÖLÜ'NDEKİ Cypr nus carpio L., 1758'NUN BAZI BİYOLOJİK ÖZELLİKLERİ
KEMER BARAJ GÖLÜ'NDEKİ Cypr nus carpio L., 1758'NUN BAZI BİYOLOJİK ÖZELLİKLERİ ÖZET Gülnaz ÖZCAN*, Süleyman BALIK EGE ÜNİVERSİTESİ SU ÜRÜNLERİ FAKÜLTESİ TEMEL BİLİMLER BÖLÜMÜ *gulnazozcan@yahoo.com Bu
DetaylıTürkiye Tenthredopsis (Hymenoptera: Symphyta: Tenthredinidae) Tür Sınırlarının Barkodlama Yöntemi İle Saptanması
Türkiye Tenthredopsis (Hymenoptera: Symphyta: Tenthredinidae) Tür Sınırlarının Barkodlama Yöntemi İle Saptanması Sevda HASTAOĞLU ÖRGEN 1, Mahir BUDAK 2, E. Mahir KORKMAZ 2, Hasan H. BAŞIBÜYÜK 3 1 Sivas
DetaylıBEYŞEHİR GÖLÜ NDEKİ GÜMÜŞİ HAVUZ BALIĞI (Carassius gibelio Bloch, 1782) POPULASYONUNUN BÜYÜME ÖZELLİKLERİ
BEYŞEHİR GÖLÜ NDEKİ GÜMÜŞİ HAVUZ BALIĞI (Carassius gibelio Bloch, 1782) POPULASYONUNUN BÜYÜME ÖZELLİKLERİ ÖZET: Şakir ÇINAR 1, Hıdır ÇUBUK 2, Remziye ÖZKÖK 1,Levent TÜMGELİR 1,Soner ÇETİNKAYA 1 K.Gonca
DetaylıPCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi
Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade
DetaylıPolimeraz Zincir Reaksiyonu. Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
4. Ha&a Polimeraz Zincir Reaksiyonu Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Sunu içeriği PCR ın tanımı PCR ın kısa tarihçesi Hücre içi DNA replikasyonu PCR bileşenleri PCR temel prensipler PCR ın kullanım alanları
DetaylıMoleküler Nematoloji. Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü
Moleküler Nematoloji 27.08.2014 Eğitim Süresi: 6 ay (29 Aralık 2013 29 Haziran 2014) Eğitim Yeri: Kaliforniya Üniversitesi, Davis Bitki Bilimleri Bölümü Dr. Gülden HASPOLAT gulden.haspolat@gthb.gov.tr
DetaylıFish Fauna and Fisheries in Lake Eğirdir: Changes from 1950s, When Pikeperch (Sander lucioperca (Linnaeus, 1758)) was Introduced to Today
EĞİRDİR GÖLÜ BALIK FAUNASI VE BALIKÇILIĞI: SUDAK BALIĞININ (Sander lucioperca (Linnaeus, 1758)) AŞILANDIĞI 1950 Lİ YILLARDAN GÜNÜMÜZE DEĞİŞİMLER İsmet BALIK 1* Hıdır ÇUBUK 2 Remziye ÖZKÖK 2 Rahmi UYSAL
DetaylıDNA Dizileme (Sekanslama)
T.C GIDA TARIM VE HAYVANCILIK BAKANLIĞI PENDİK VETERİNER KONTROL ENSTİTÜSÜ DNA Dizileme (Sekanslama) Dr. Eray ATIL Vet. Hekim, Mikrobiyolog Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Eğitim Bilgileri Eğitim süresi
DetaylıBRCA 1/2 DNA Analiz Paneli
FAST-BRCA Sequencing Kit BRCA 1/2 DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR... 3 5
DetaylıPOYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK
POYRAZ TIBBİ CİHAZLAR EDVOTEK EDVOTEK VİZYON Edvotek, bir çok disiplini bir araya getirerek karmaşık gibi görünen birçok bilimin temellerini anlatarak «Nasıl bilim adamı yetiştiririz?» sorusuna karşılık
DetaylıGıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması
Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION
DetaylıMitokondrial DNA Analiz Paneli
FAST-mtDNA Sequencing Kit Mitokondrial DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR...
DetaylıKeban Baraj Gölü nde Yaşayan Barbus rajanorum mystaceus (Heckel, 1843) ün Geri Hesaplama Yöntemiyle Uzunluklarının Belirlenmesi
G.Ü. Gazi Eğitim Fakültesi Dergisi Cilt 21, Sayı 2 (2001) 1-5 Keban Baraj Gölü nde Yaşayan Barbus rajanorum mystaceus (Heckel, 1843) ün Geri Hesaplama Yöntemiyle Uzunluklarının Belirlenmesi Lengths Determination
DetaylıREAKSİYON PRENSİPLERİ
REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda
DetaylıAVRASYA ÜNİVERSİTESİ
Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(
DetaylıElektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ 10/12/2015. Elektroforez
Elektoforez ENSTRÜMENTAL ANALİZ Elektroforez Elektroforez yüklü moleküllerin bir elektriksel alandaki hareketlerinin izlendiği bir tekniktir. Bir örnekteki maddelerin tümü veya bazıları iyonlaşabiliyorsa
DetaylıAdnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013)
Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 1 DNA moleküllerinin analizinde çok çeşitli yöntemler
Detaylı1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)
KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,
DetaylıAhi Evran Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü, Bağbaşı Yerleşkesi, 40100, Kırşehir Telefon : +90 386 280 45 46 Mail
ÖZGEÇMİŞ 1. Adı Soyadı :Mahmut Yılmaz İletişim Bilgileri Adres Ahi Evran Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü, Bağbaşı Yerleşkesi, 40100, Kırşehir Telefon : +90 386 280 45 46 Mail : myilmaz@ahievran.edu.tr
DetaylıProf. Dr. Sait GEZGİN, Uzman Nesim DURSUN. Selçuk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Böl., Konya. *sgezgin@selcuk.edu.
Toprağa Farklı Şekil ve Miktarlarda Uygulanan TKİ-Hümas ın Toprak Reaksiyonu ve luluğuna Etkisi, Bu Etkisinin Diğer Bazı Humik asit Kaynakları ile Karşılaştırılması Prof. Dr. Sait GEZGİN, Uzman Nesim DURSUN
DetaylıDNA Dizi Analizi için geliştirilen birbirinden farklı iki yöntem bulunmaktadır. Bu iki yöntem; a-) Manuel (Radyoaktif İşaretleme) Dizi Analizi
SEKANS TEKNİKLERİ DNA Dizi Analizi için geliştirilen birbirinden farklı iki yöntem bulunmaktadır. Bu iki yöntem; 1- Maxam ve Gilbert in kimyasal kırılma yöntemi (Maxam et al.,1977). 2- Sanger-Coulson un
DetaylıDOKTORA TEZİ PROTETİK DİŞ TEDAVİSİ ANABİLİM DALI
ZİRKONYA SERAMİK, LİTYUM DİSİLİKAT CAM SERAMİK VE ZİRKONYA İLE GÜÇLENDİRİLMİŞ LİTYUM SİLİKAT CAM SERAMİKLERE UYGULANAN FARKLI YÜZEY İŞLEMLERİNİN, KOMPOZİT REZİNLERİN TAMİR BAĞLANMA DAYANIMI ÜZERİNE ETKİSİ
DetaylıMikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D
Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya
DetaylıAksu Çayı (Isparta-Türkiye) Capoeta antalyensis (Battalgil, 1944) Populasyonunun Büyüme Özellikleri
Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 14-3( 2010),229-234 Aksu Çayı (Isparta-Türkiye) Capoeta antalyensis (Battalgil, 1944) Populasyonunun Büyüme Özellikleri Habil Uğur KOCA*,
DetaylıReplikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon. Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ
Replikasyon, Transkripsiyon ve Translasyon Yrd. Doç. Dr. Osman İBİŞ DNA replikasyonu DNA nın replikasyonu, DNA molekülünün, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için kendi kopyasını
DetaylıHLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD
HLA Tiplendirmesi PCR-SSP Türker Duman PhD Büyük Doku Uygunluk Kompleksi (Major Histocompatibility Complex - MHC) İlk olarak farklı fare suşlarında deri naklinin reddiyle tanımlanan genetik bölgedir Alloreaktiviteden
DetaylıTÜBİTAK-BİDEB Lise Öğretmenleri (Fizik, Kimya, Biyoloji ve Matematik) Proje Danışmanlığı Eğitimi Çalıştayı LİSE-2 (ÇALIŞTAY 2012) SUYUN DANSI
TÜBİTAK-BİDEB Lise Öğretmenleri (Fizik, Kimya, Biyoloji ve Matematik) Proje Danışmanlığı Eğitimi Çalıştayı LİSE-2 (ÇALIŞTAY 2012) SUYUN DANSI Ali EKRİKAYA Teknik ve Endüstri Meslek Lisesi KAYSERİ Ömer
DetaylıRekombinant DNA Teknolojisi-II
BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-II Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2
DetaylıProtokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon
Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen
Detaylıattomol apo B-100 quicktype
attomol apo B-100 quicktype İnsan apolipoprotein B-100 (apo B-3500 mutasyonu) gen inde 10708G>A geçiş tespitine yönelik kit Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 20 tespit sipariş numarası: 1015
DetaylıM. KUŞAT, H.U. KOCA, L. İZCİ. Süleyman Demirel Üniversitesi Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi Eğirdir, ISPARTA
Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 1-1 (26), 61-65 Eğirdir Gölü nde Avlanan Gümüşi Havuz Balığı Carassius auratus (Bloch, 1782) nın Balıkçılık Biyolojisi Yönünden Bazı Özelliklerinin
DetaylıANKARA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DÖNEM PROJESİ İMAR ÖZELLİKLERİNİN TAŞINMAZ DEĞERLERİNE ETKİLERİ. Yeliz GÜNAYDIN
ANKARA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DÖNEM PROJESİ İMAR ÖZELLİKLERİNİN TAŞINMAZ DEĞERLERİNE ETKİLERİ Yeliz GÜNAYDIN TAŞINMAZ GELİŞTİRME ANABİLİM DALI ANKARA 2012 Her hakkı saklıdır ÖZET Dönem Projesi
DetaylıRTA DNA qpcr Probe Master Mix
RTA DNA qpcr Probe Master Mix Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi -- 2012-01 DNA'nın gerçek zamanlı tayini ve miktar ölçümü için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09030025 25 test 09030100 100 test 09030500
DetaylıMYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KOMPLEKS KLİNİK İZOLATLARINDA İZONİAZİD DİRENCİNE NEDEN OLAN DIŞA ATIM POMPALARININ SAPTANMASI
MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KOMPLEKS KLİNİK İZOLATLARINDA İZONİAZİD DİRENCİNE NEDEN OLAN DIŞA ATIM POMPALARININ SAPTANMASI Özlem Tuncer¹, Orhan Kaya Köksalan², Zeynep Sarıbaş¹ ¹Hacettepe Üniversitesi Tıp
DetaylıNükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ
Nükleik asitler Sıcaklıkla öldürülmüş S suşları Canlı R suşlarını canlı S suşuna dönüştürür a) Farelere virulan S suşu enjekte edildiğinde ölür b) R suşu enjekte edildiğinde yaşar c) Isıyla öldürülmüş
DetaylıBT 42 TİROSİNAZ ENZİMİNİN EKSTRAKSİYONU, SAFLAŞTIRILMASI VE FENOLLERİN GİDERİMİNDE KULLANIMI
BT 42 TİROSİNAZ ENZİMİNİN EKSTRAKSİYONU, SAFLAŞTIRILMASI VE FENOLLERİN GİDERİMİNDE KULLANIMI D.Öztan 1, U.Gündüz Zafer 2 1 Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü,
DetaylıGÖYNÜK ÇAYI NDA (BİNGÖL) YAŞAYAN Capoeta umbla (Heckel,1843) NIN BAZI BÜYÜME ÖZELLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI
GÖYNÜK ÇAYI NDA (BİNGÖL) YAŞAYAN Capoeta umbla (Heckel,1843) NIN BAZI BÜYÜME ÖZELLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI Ramazan MERT 1 Mustafa KOYUN 2 1 Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Fen Ed. Fak. Biyoloji Böl.
DetaylıKEMER BARAJ GÖLÜ NDEKİ SAZANIN (Cyprinus carpio L., 1758) GONADOSOMATİK İNDEKS DEĞERİ VE ET VERİMİ
KEMER BARAJ GÖLÜ NDEKİ SAZANIN (Cyprinus carpio L., 1758) GONADOSOMATİK İNDEKS DEĞERİ VE ET VERİMİ Gülnaz ÖZCAN*, Süleyman BALIK EGE ÜNİVERSİTESİ SU ÜRÜNLERİ FAKÜLTESİ TEMEL BİLİMLER BÖLÜMÜ *gulnazozcan@yahoo.com
DetaylıDOĞA - İNSAN İLİŞKİLERİ VE ÇEVRE SORUNLARININ NEDENLERİ DERS 3
DOĞA - İNSAN İLİŞKİLERİ VE ÇEVRE SORUNLARININ NEDENLERİ DERS 3 İnsan yaşamı ve refahı tarihsel süreç içinde hep doğa ve doğal kaynaklarla kurduğu ilişki ile gelişmiştir. Özellikle sanayi devrimine kadar
DetaylıTÜBERKÜLOZ DIŞI MİKOBAKTERİLERİN TANIMLANMASINDA PCR-RFLP VE DNA SEKANS ANALİZİ SONUÇLARININ KARŞILAŞTIRILMASI
TÜBERKÜLOZ DIŞI MİKOBAKTERİLERİN TANIMLANMASINDA PCR-RFLP VE DNA SEKANS ANALİZİ SONUÇLARININ KARŞILAŞTIRILMASI Uzm. Dr. Özgür APPAK Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D GİRİŞ:
Detaylı1. ÜNİTE: YAŞAM BİLİMİ BİYOLOJİ...10
İçindekiler 1. ÜNİTE: YAŞAM BİLİMİ BİYOLOJİ...10 1. BÖLÜM: BİLİMSEL BİLGİNİN DOĞASI ve BİYOLOJİ... 12 A. BİLİMSEL ÇALIŞMA YÖNTEMİ... 12 1. Bilim İnsanı ve Bilim... 12 B. BİLİMSEL YÖNTEMİN AŞAMALARI...
DetaylıHücre içinde bilginin akışı
Hücre içinde bilginin akışı 1 DNA Çift Zincir Heliks 2 Hücre Çekirdeği ve Çekirdek Zarının Yapısal Organizasyonu Hatırlıyor musunuz? DNA Kromatin Kromatid Kromozom RNA Protein Çekirdek Çekirdekcik Nükleotid
DetaylıKistik Fibrozis DNA Analiz Paneli
FAST-CFTR Sequencing Kit Kistik Fibrozis DNA Analiz Paneli Dizi Analizi Amaçlı Kullanım İçin KULLANIM KILAVUZU İÇİNDEKİLER 1 GİRİŞ... 3 2 KİT İÇERİĞİ... 3 3 SAKLAMA... 3 4 GEREKLİ MATERYAL VE CİHAZLAR...
DetaylıListeria Monocytogenes Real time PCR Tespit Kiti
Listeria Monocytogenes Real time PCR Tespit Kiti Protokol PD LM00 0 50 Reaksiyon REŞİT GALİP CADDESİ 74-7 06700 ÇANKAYA, ANKARA, TÜRKİYE T +90 32 447 22 79 / 80 F +90 32 447 22 07 W www.bmlabosis.com İnternal
Detaylı(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)
T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER
DetaylıBAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ
BAKTERİLERİN GENETİK KARAKTERLERİ GENETİK MATERYALLER VE YAPILARI HER HÜCREDE Genetik bilgilerin kodlandığı bir DNA genomu bulunur Bu genetik bilgiler mrna ve ribozomlar aracılığı ile proteinlere dönüştürülür
DetaylıOsmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri
Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü Araştırma Laboratuarları ve Üniteleri Biyoloji Bölümünde Merkezi Araştırma Laboratuarlarının Kurulumu Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Biyoloji Bölümü
DetaylıEĞİRDİR GÖLÜ NDEKİ GÜMÜŞİ HAVUZ BALIĞI (Carassius gibelio Bloch, 1782) POPULASYONUNUN BÜYÜME ÖZELLİKLERİ
EĞİRDİR GÖLÜ NDEKİ GÜMÜŞİ HAVUZ BALIĞI (Carassius gibelio Bloch, 1782) POPULASYONUNUN BÜYÜME ÖZELLİKLERİ ÖZET Remziye ÖZKÖK 1, Hıdır ÇUBUK 2, Levent TÜMGELİR 1, Rahmi UYSAL 1, Şakir ÇINAR 1, Ramazan KÜÇÜKKARA
DetaylıAmaç. Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak
BİYOFİZİK 2015 1 Amaç Bu pratiğin amacı öğrencilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmalarını sağlamak 2 Hedefler Bu pratiğin sonunda öğrenciler, polimeraz zincir
DetaylıGıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler
ADANA BİLİM ve TEKNOLOJİ ÜNİVERSİTESİ Gıdalarda Tağşişin Belirlenmesinde Kullanılan Moleküler Yöntemler Ar. Gör. Sevgin DIBLAN Yrd. Doç. Dr. Pınar KADİROĞLU 1 İçerik Tağşiş nedir ve etkileri Gıda tağşişinin
DetaylıREVİZYON DURUMU. Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No
REVİZYON DURUMU Revizyon Tarihi Açıklama Revizyon No Hazırlayan: Onaylayan: Onaylayan: Prof. Dr. Nedime Serakıncı, Yrd. Doç. Dr. Umut Fahrioğlu Adem Aköl Kalite Konseyi Başkanı Sinan Özyavaş Kalite Koordinatörü
DetaylıTÜRKİYE DEKİ BAZI ENDEMİK İÇSU BALIKLARININ DÜNYA DOĞAYI KORUMA BİRLİĞİ (IUCN) ÖLÇÜTLERİNE GÖRE DEĞERLENDİRİLMESİ. Fahrettin KÜÇÜK
TÜRKİYE DEKİ BAZI ENDEMİK İÇSU BALIKLARININ DÜNYA DOĞAYI KORUMA BİRLİĞİ (IUCN) ÖLÇÜTLERİNE GÖRE DEĞERLENDİRİLMESİ Fahrettin KÜÇÜK Süleyman Demirel Üniv., Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi, 32500 Eğirdir/ISPARTA
DetaylıKOP BÖLGESİNDE BALIKÇILIĞIN ÖNEMİ
KOP BÖLGESİNDE BALIKÇILIĞIN ÖNEMİ Gül Ayten İnan Mevlüt Pınarkara * ÖZET Su ürünleri iyi kalitede protein, vitamin, mineral kaynağı olması yanında kalsiyum ve fosfor bakımından da zengindir. Dünya Gıda
DetaylıORMAN AĞACI ISLAHI. Yrd. Doç. Dr. DENİZ GÜNEY ( GÜZ DÖNEMİ)
ORMAN AĞACI ISLAHI Yrd. Doç. Dr. DENİZ GÜNEY (2015-2016 GÜZ DÖNEMİ) Hızlı nüfus artışı, sanayi ve teknolojideki gelişmeler, küresel ısınmanın etkileriyle birleşerek ekosistem dengesi üzerinde yoğun baskı
DetaylıNilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans
DetaylıTRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ
TRANSLASYON VE DÜZENLENMESİ TRANSLASYON Translasyonda nükleik asit kullanılır fakat son ürün bir nükleik asit değil proteindir. Translasyon mekanizması 4 ana bileşenden oluşmaktadır: 1. mrnalar 2. trnalar
Detaylı15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ
15- RADYASYONUN NÜKLEİK ASİTLER VE PROTEİNLERE ETKİLERİ İyonlaştırıcı radyasyonların biyomoleküllere örneğin nükleik asitler ve proteinlere olan etkisi hakkında yeterli bilgi yoktur. Ancak, nükleik asitlerden
DetaylıProtokolü PD S Reaksiyon
Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S00 0 50 Reaksiyon REŞİT GALİP CADDESİ 74-7 06700 ÇANKAYA, ANKARA, TÜRKİYE T +90 32 447 22 79 / 80 F +90 32 447 22 07 www.bmlabosis.com İnternal Pozitif
DetaylıSEKANS TEKNİKLERİ. Ders Sorumlusu: Doç.Dr. Hatice MERGEN. Hazırlayan: Levent ZORBEK Ankara,2006
SEKANS TEKNİKLERİ GENOMİK-PROTEOMİK Ders Sorumlusu: Doç.Dr. Hatice MERGEN Hazırlayan: Levent ZORBEK Ankara,2006 DNA Dizi Analizi için geliştirilen birbirinden farklı iki yöntem bulunmaktadır. Bu iki yöntem;
DetaylıEGE ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJE KESİN RAPORU EGE UNIVERSITY SCIENTIFIC RESEARCH PROJECT REPORT
EGE ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJE KESİN RAPORU EGE UNIVERSITY SCIENTIFIC RESEARCH PROJECT REPORT PROJE NO: 2010-Fen-057 (Doktora) TÜRKİYE VE KIBRIS ADASINDA DAĞILIŞ GÖSTEREN KÖR YILAN, Typhlops
DetaylıGENETİK TANI YÖNTEMLERİ. Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu
GENETİK TANI YÖNTEMLERİ Prof.Dr.Mehmet Alikaşifoğlu S Genetik Tanı Yöntemleri S Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Sitogenetik Tanı Yöntemleri S Moleküler Genetik Tanı Yöntemleri Sitogenetik Tanı
DetaylıIII-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler
III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler
DetaylıFarklı Su Sıcaklığı ve Işık Ortamında
Karadeniz Alabalıklarının (Salmo coruhensis) Farklı Su Sıcaklığı ve Işık Ortamında Sperm Kalite Parametreleri Gökhan TUNÇELLİ, Devrim MEMİŞ İstanbul Üniversitesi Su Bilimleri Fakültesi Yetiştiricilik Anabilim
DetaylıAnadolu nun Biyoçeşitliliğini oluşturan sebepler
Anadolu nun Biyoçeşitliliğini oluşturan sebepler BYL118 Çevre Biyolojisi-II Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü lisans dersi Çağatay Tavşanoğlu 2016-2017 Bahar Biyoçeşitlilik - Tür çeşitliliği - Genetik
DetaylıAVRASYA ÜNİVERSİTESİ
Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyolojide Kullanılan Teknikler Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim
DetaylıÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ
ÖZGEÇMİŞ VE ESERLER LİSTESİ ÖZGEÇMİŞ Adı Soyadı: Dilek Oskay Doğum Tarihi: 1980 Unvanı: Dr. Öğrenim Durumu: Derece Bölüm/Program Üniversite Yıl Lisans Biyoloji Celal Bayar Üniversitesi 2001 Y. Lisans Biyoloji/Botanik
Detaylıattomol HLA-B*27 Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 1.Giriş 2. Genel Açıklamalar
attomol HLA-B*27 HLA-B*27 in tespitine yönelik kit (Doku tiplemesi için kullanmayın!) Sadece in vitro diagnostik kullanım içindir! 40 tespit sipariş numarası: 1030 1.Giriş İnsan lökosit antijenleri(hla)
DetaylıTÜRKİYE DE BULUNAN BAZI YERLİ SIĞIR IRKLARININ GENETİK YAPILARININ KARAKTERİZASYONU
TÜRKİYE DE BULUNAN BAZI YERLİ SIĞIR IRKLARININ GENETİK YAPILARININ KARAKTERİZASYONU DOKTORA TEZİ ZOOTEKNİ ANABİLİM DALI Danışman Yard. Doç. Dr. Ercan KURAR KONYA - 2011 TÜRKİYE DE BULUNAN BAZI YERLİ SIĞIR
DetaylıIsparta İli İçsu Balıkları Faunası ve Ekolojik Durumu
Süleyman Demirel Üniversitesi Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi Dergisi, 12(2), 149-157 (2016) Isparta İli İçsu Balıkları Faunası ve Ekolojik Durumu İskender GÜLLE 1*, Fahrettin KÜÇÜK 2 1 Mehmet Akif Ersoy
DetaylıLaboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.
Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı
DetaylıJournal of FisheriesSciences.com
8(3): 194-198 (2014) DOI: 10.3153/jfscom.201424 Journal of FisheriesSciences.com E-ISSN 1307-234X 2014 www.fisheriessciences.com ORIGINAL ARTICLE/ORİJİNAL ÇALIŞMA SHORT COMMUNICATION KISA MAKALE GÖNEN
DetaylıTEKNİK ŞARTNAME. 1) LC FS DNA Master Hy. Pb.,96 react
1) LC FS DNA Master Hy. Pb.,96 react TEKNİK ŞARTNAME 1) Kit hot-start PCR reaksiyonları, kantitasyon, SNP ve mutasyon çalışmaları için uygun 2) Kit ; primer, Prob ve template DNA haricind başka malzeme
Detaylı1. Öğretmen Kılavuzu. 2. Öğrenci Kılavuzu
1. Öğretmen Kılavuzu a. Konu b. Kullanıcı Kitlesi c. Deney Süresi d. Materyaller e. Güvenlik f. Genel Bilgi g. Deney Öncesi Hazırlık h. Ön Bilgi i. Deneyin Yapılışı j. Deney Sonuçları k. Öğrenci Kılavuzundaki
DetaylıKARADENİZ İN TÜRKİYE KIYILARINDA DAĞILIM GÖSTEREN MERSİN BALIĞI TÜRLERİNİN MİTOKONDRİAL DNA SEKANS ANALİZİ YÖNTEMİYLE TANIMLANMASI
MAKALE KARADENİZ İN TÜRKİYE KIYILARINDA DAĞILIM GÖSTEREN MERSİN BALIĞI TÜRLERİNİN MİTOKONDRİAL DNA SEKANS ANALİZİ YÖNTEMİYLE TANIMLANMASI Oğuzhan EROĞLU, SUMAE Mersin balıklarının Tethis Denizi kökenli
DetaylıBir populasyonun birey sayısı, yukarıdaki büyüme eğrisinde görüldüğü gibi, I. zaman aralığında artmış, II. zaman aralığında azalmıştır.
2000 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 1. Bir populasyonun birey sayısı, yukarıdaki büyüme eğrisinde görüldüğü gibi, I. zaman aralığında artmış, II. zaman aralığında azalmıştır. Aşağıdakilerden hangisinde
DetaylıSebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı
Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı Esra CEBECİ Ziraat Yüksek Mühendisi 28.12.2012-28.06.2013 Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü YALOVA Sunu Planı Çalışmanın tanıtımı, Yapılan
DetaylıGenetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu. Dr. Mahmut Çerkez Ergören
Genetik Bilgi: DNA Yapısı, Fonksiyonu ve Replikasyonu Dr. Mahmut Çerkez Ergören Genetik materyal; Kendini çoğaltır. Bilgi depolar. Bilgiyi ifade eder. Mutasyonla varyasyonlara izin verir. Genetik Tarihçe
DetaylıRT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler
RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod
DetaylıYGS YE HAZIRLIK DENEMESi #22
YGS YE HAZIRLIK DENEMESi #22 1) Zigottan başlayıp yeni bir bireyin meydana gelmesiyle sonlanan olayların hepsine birden gelişme denir. Embriyonun gelişimi sırasında, I. Morula II. Gastrula III. Blastula
DetaylıMoleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5
Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler-5 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) (DNA nın in vitro çoğaltılması) 2 Hücrede doğal olarak (in vivo)gerçekleşen replikasyon, in vitro koşullarda da (hücre dışında)
DetaylıÖğrenim Kazanımları Bu programı başarı ile tamamlayan öğrenci;
Image not found http://bologna.konya.edu.tr/panel/images/pdflogo.png Ders Adı : OMURGALI HAYVANLAR SİS LAB. Ders No : 0310150122 Teorik : 0 Pratik : 2 Kredi : 1 ECTS : 1 Ders Bilgileri Ders Türü Öğretim
DetaylıBu metotta, toprak bir miktar su ile karıştırılarak süspansiyon hâline getirilir.
Bouyoucos Hidrometre Yöntemi Bu metotta, toprak bir miktar su ile karıştırılarak süspansiyon hâline getirilir. Süspansiyonun hazırlanmasından sonra topraktaki her bir fraksiyon için belirli bir süre beklendikten
DetaylıEKOLOJİ EKOLOJİK BİRİMLER
EKOLOJİ EKOLOJİK BİRİMLER EKOLOJİK BİRİMLER *Ekoloji: Canlıların birbirleriyle ve yaşadıkları ortamla olan ilişkisini inceleyen bilim dalıdır. Ekolojik birimlerin küçükten büyüye doğru sıralaması: Ekoloji
Detaylı2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI
2007 ÖSS BİYOLOJİ SORULARI VE CEVAPLARI 1. BÖLÜM 1. Aşağıdaki tabloda bazı canlı türlerinin kromozom sayıları verilmiştir. Bu tablodaki bilgilere göre, I. İki canlı türünün kromozom sayılarına bakılarak
DetaylıKısa İçerik. KISIM I Omurgalıların Çeşitliliği, Fonksiyonu ve Evrimi 1. KISIM II Amniyonsuz Omurgalılar: Balıklar ve Amfibiler 71
Kısa İçerik KISIM I Omurgalıların Çeşitliliği, Fonksiyonu ve Evrimi 1 1 Omurgalıların Çeşitliliği, Sınıflandırılması ve Evrimi 2 2 Omurgalı İlişkileri ve Temel Yapıları 19 3 İlkin Omurgalılar: Çenesiz
DetaylıDİZİ ANALİZİ (SEKANS) TEKNİKLERİ
DİZİ AALİZİ (SEKAS) TEKİKLERİ DA dizi analizi, gen yapısı ve genetik kontrol mekanizmaları hakkında bir çok bilgi edinmemizi sağlamıştır. erhangi bir organizmadan çok miktarda saf DA elde edilmesini sağlayan
DetaylıGıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri
Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Çalışma Programı Örneği (Bir Haftalık Kurs) M. Querci WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTE
Detaylı