GÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI DNA, RNA, Protein. Doç. Dr. Hilâl Özdağ. Moleküler Lab ında İpuçları

Ebat: px
Şu sayfadan göstermeyi başlat:

Download "GÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI 111-546. DNA, RNA, Protein. Doç. Dr. Hilâl Özdağ. Moleküler Lab ında İpuçları"

Transkript

1 GÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI DNA, RNA, Protein Doç. Dr. Hilâl Özdağ Moleküler Lab ında İpuçları Ne yaparsanız yapın niye yaptığınızı, yapılan işin gerisinde yatan teoriyi öğrenin. Hazır kit tüpten tüpe aktarırım işte düşünürseniz çuvallarsınız! Eğer bir protokol çalışıyorsa yeni bir protokol bulmak, mevcut protokolü değiştirmek için uğraşıp en değerli olan vaktinizi harcamayın. Bir kit sipariş etmeden önce aklınızı kullanın. Mevcut kitlerin bir kısmının laboratuvarda rahatlıkla hazırlayabileceğiniz/bulabileceğiniz tampon çözelti, enzim, kontrol DNA vs den oluştuğunu unutmayın. 1

2 Moleküler Lab ında İpuçları Meslektaşlarınızla, hocalarınızla sonuçlarınızı tartışmaktan çekinmeyin. Kontrolsüz deney kurmayın. Büyük paralar verip satın aldığınız kitlerin hatalı/bozuk olma ihtimalini göz ardı etmeyin. Herşeyi etiketleyin. Eski/işi bitmiş tüpleri biriktirmeden atın. DNA Oldukça dayanıklı bir molekül olmasına rağmen çok itinalı çalışmak gerekir. Genomik DNA Plazmid DNA sı(mini, Midi, Maxi prep) Kitle izolasyon mümkündür Fenol kloroform izolasyonu en çok tercih edilen yöntemlerin başında gelir. DNA nın her şartta kaliteli olması gerekir. Ancak bazı reaksiyonlar (DNA dizilemesi, restriksiyon haritalama, transfeksiyon) için DNA nın kalitesi özellikle önemlidir. 2

3 DNA Fenol-Kloroform ekstraksiyonu: Fenol:Kloroform: İzoamil alkol 25:24:1 oranında karışım olarak hazırlanır veya satın alınır. Fenol kristal halinde satın alındıysa su banyosunda eritilip tris tampon çözeltisi ile (ph 7.0) ile doyurulur. Fenol tercihen sıvı ve dengelenmiş olarak satın alınmalıdır. Fenol proteini bağlar. Kloroform fenolü bağlar. İzoamil alkol fenol fazı ile sulu fazın daha net bir biçimde ayrılmasını sağlar. Ekstraksiyon sulu fazın rengin açılıncaya dek devam edilmelidir. Sulu faz ile fenol fazının birleştiği hatta temas etmemeye özen gösterilmesi protein kontaminasyonunu engelleyecektir. Fenol ekstraksiyonu çeker ocak altında yapılır. Fenol atıkları kimyasal atık muamelesi görmelidir. DNA Alkol presipitasyonu: %95 veya%100(absolut) EtOH soğuk olarak kullanılmalıdır. Bu amaçla muhakkak -20 o C de vidalı kapaklı şişede alkol (%95, veya %100 lük ile %70 lik EtOH) bulundurulmalıdır. %95 veya %100 lük EtOH presipitasyonu sonrası tüpteki alkol yavaşça dökülebilir. DNA pelleti bu aşamada kıpırdamayacaktır. %70 lik EtOH ile çöktürmeden sonra ise hacim önemli bir kısmı yavaşça döküldükten sonra kalan EtOH vakumlu santrifüjde, laminar akışlı kabinde uçurulabilir. Presipitasyon amaçlı santrifügasyonda bütün tüpler santrifüje aynı şekilde yerleştirilmelidir. Pellet görünsün görünmesin rotorun dış yüzeyine bakacak konuma çökecektir. 3

4 DNA Spektrofotometre: Kuartz küvetler çizilmemeli kırılmamalıdır. Tek kullanımlık küvetle çalışan spektrofotometreler mevcuttur. Az miktarda örnek hazırlamak için bazı cihazların küçük hacimli küvetleri bulunmaktadır. 1 veya 2 ul örnek okuyabilen küvetsiz sistemler mevcuttur. DNA konsantrasyonunun okunmasında plaka okuyucular picogreen kitleri veya UV plakalar kullanıldığında başarılı sonuçlar vermektedir. 260nmDNAmaxabs 280nmProteinmaxabs 230nmFenolmaxabs DNA Restriksiyon Endonükleaz: Buz üzerinde çalış Aseptik koşullarda çalış Sürekli olarak kullandığın restriksiyon enzimi varsa kendi stoklarına ait enzim bulundurmanda fayda vardır(en azından buffer senin stokunda bulunmalı). 4

5 PCR Reaksiyonda kullanılanlar: PCR I. Kalıp DNA a) PCR degrade olmuş DNA ile de çalışma imkanı veren bir teknik olmakla beraber özellikle hedef amplikonun boyu arttıkça kullanılacak DNA nın bütünlüğü önem kazanır. b) Kullanılacak genomik DNA nın A260/A280 oranının temizliğinin bir göstergesi olarak arasında olması gerekir. c) A260 Nükleik asitlerin maksimum absorbans, d) A280 Proteinlerin maksimum absorbans, e) A230 ise fenolün maksimum absorbans verdiği dalga boyudur. f) +4 (kısa-orta süreli) veya -20oC de (uzun süreli) saklanmalı. Genomik DNA esas itibariyle oda ısısında da stabil olmakla beraber daha güvenilir olan ısı ayarlı soğuk ortamlarda saklanmalıdır. 5

6 Reaksiyonda kullanılanlar: PCR II. Düz primer ve ters primer: Tasarım kriterlerine uygun olarak seçilmiş primerler genellikle bç arasında olan oligonükleotidlerdir. Primerler üreticilerinden 3 farklı yöntemden biri ile saflaştırılmış olarak alınır. Tuzdan arındırma (desalting)- En ucuz yöntemdir, ancak özellikle primerler dizi analizi benzeri uygulamalarda kullanılacaksa bu yöntem tercih edilmemelidir. Kolon bazlı saflaştırma (OPC/HPSF benzeri)- Çok temiz sonuç veren tuzdan arındırma yöntemine göre pahalı ancak HPLC ye göre ekonomik olan bir seçimdir. HPLC- En başarılı saflaştırma yöntemi olmakla beraber maliyeti en yüksek olan seçimdir. Genellikle liyofilize halde gelen primerler steril ortamda 100 pmol/ul olacak şekilde sulandırıldıktan sonra bu stoktan 10 pmol/ul lik bir dilüsyon hazırlanıp reaksiyonlarda kullanılabilir. Reaksiyonda kullanılanlar: PCR III. dntp: Eşit konsantrasyondaki datp, dgtp, dctp ve dttp nin karışımıdır. Karışım halinde veya ayrı ayrı olarak satın alınabilir. Genellikle 100 mm konsantrasyonda satılan dntp karışımlarının stok halinde 10 mm konsantrasyonda olması tercih edilir. Herhangi bir kontaminasyon riskine karşı kullanıma açılan dntp miktarı ul üzerinde olmamalıdır. Bu amaçla dntp hazır olarak geldiğinde veya laboratuvarda hazırlandığında küçük hacimlere bölünerek saklanmalıdır. IV. MgCl 2 : Taq DNA polimeraz ile beraber gelen ve enzimin çalışması için gerekli kofaktör olarak görev alan Mg iyonunu sağlar. Genellikle 25 veya 50 mm stok konsantrasyonda gelir. Reaksiyondaki son konsantrasyonu mm arasında değişir. V. 10X buffer: Taq DNA polimeraz ile beraber gelen ve enzimin çalışması için gerekli stabil ph şartlarını sağlar. Reaksiyondaki son konsantrasyonu 1X olacak şekilde kullanılır. 6

7 Reaksiyonda kullanılanlar: PCR VI.TaqD APolimeraz: Thermus aquaticus adlı termofil bir bakteriden elde edilen ve PCR reaksiyonlarında kullanılanbudnapolimerazlarınhataoranı1x10-4 dir. Enzimler protein oldukları için denatüre olma riski taşırlar, ayrıca ortam şartları aktiviteleri üzerine etki eder. Bu nedenle düşük ısıda saklanmaları gerekir. Ancak düşük ısıda donacakları için denatüre olurlar. Bunu engellemek için enzim stokları gliserol içinde gelir ve - 20 o C de saklanır. -80 o C de gliserol de donacağı için Taq pol ın -80 o C de saklanması tercih edilmez. Amplifiye edilecek bölge klonlanacaksa hatasız olması istenir. Bu nedenle hata oranı daha az olan enzimler tercih edilir. a. PfupolimerazPyrococcusfuriosus tanizoleedilmiştirhataoranı1.5x10-6 b. Vent polimeraz Thermococcus litoralis ten izole edilmiştir hata oranı Taq ile Pfu arasında seyreder. PCR Örnek Reaksiyon (50 ul toplam hacim için) Stok Konsantrasyon/Miktar Son Konsantrasyon Kalıp DNA ng genomik DNA ng/µl Düz Primer 10 µm;10pmol/µl 0.2 pmol/µl Ters Primer 10 mm;10pmol/µl 0.2 pmol/µl dntp 10 mm 200 µm MgCl 2 25 mm mm 10X buffer 10X 1X TaqDNA Polymeraz 5U/µl 0.3 µl Toplam 50 µl(steril deionize su ile hacim tamamlanır) 7

8 PCR Neredeyse hiçbir zaman tek bir reaksiyon kurulmadığı için muhakkak bir reaksiyon karışımı hazırlayın. Tampon,primerler,MgCl 2,dNTP,Taqpolvesudanoluşan Pipetleme hatalarını engellemek üzere karışım olması gerekenin %10 fazlası olacak şekilde hazırlanır. Negatif kontrol Kalıp DNA olmayan bir tüp hazırlanır. Örnekler arası kontaminasyonu kontrol etmek üzere Pozitif kontrol PCR da kullanılan reaktiflerin dolayısıyla sistemin işlediğinden emin olmak için çalıştığı bilinen bir DNA ve primer seti ile pozitif kontrol reaksiyon setine dahil edilmelidir. Genel Problemler Bantyokveyazayıf. Kontaminasyon var. Primer dimer oluşumu var. Özgün olmayan bant(lar) var. 8

9 Kontaminasyon Pre ve post PCR alanları muhakkak birbirinden ayrılmalı. Mümkünse PCR laminar akışlı kabin içinde kurulmalı. Bütün reaksiyon setlerinde muhakkak negatif kontrol bulunmalı Reaktifler küçük hacimlere bölünüp saklanmalı. Problem yaşandığı takdirde atılmaları mümkün olduğunca ekonomik olmalı. Filtreli uç kullanılmalı ki pipetler kontamine olmasın. Bant yoksa veya zayıf ise Reaksiyona koymanı gereken bütün reaktifleri ilave ettiniz mi? Lab defterinizi kontrol edin. Reaksiyonu tekrarlayın. Reaktiflerin konsantrasyonları doğru mu? Kalıp Primer Taq MgCl 2 Hatalı primerler Dizileri kontrol edin. Yeni sentez veya yeni tasarım deneyin. 9

10 Bant yoksa veya zayıf ise Kötü kalıp Agaroz jelde kalıp DNA yı kontrol edin. DNA fazla degrade olabilir. Kalıp DNA PCR inhibitörü içeriyor olabilir (fazla tuz, fenol gibi). Optimal olmayan PCR şartları Bağlanma ısısını düşürün. MgCl2 konsantrasyonunu arttırın. Özgün olmayan amplifikasyon var ise Özgün olmayan amplifikasyonu saptamak için Amplikonları agaroz jelde yürütün. Ürünün hedeflenen boyda olup olmadığını kontrol edin. Bunu saptamak için bir moleküler ağırlık standardı kullanın (100 bç, 1 kb merdiven, λ/hindiii gibi) Özgün olmayan amplifikasyonu ortadan kaldırmak için Amplifikasyon şartlarını sıkılaştırın Bağlanma ısısını arttırın MgCl2 konsantrasyonunu düşürün Termal döngü koşullarını değiştirin Uzama sürelerini ayarlayın Döngü sayısını azaltın Farklı primerler deneyin 10

11 PCR son derece hassas bir işlemdir. PCR optimize ederken Herbir primer çiftinin ayrı ayrı optimizasyonu gerekir. Farklı PCR cihazlarının(marka ve/veya model) kullanımı PCR ın sonucunu etkiler. Optimize edilmesi gerekenler: Konsantrasyonlar MgCl 2 konsantrasyonu Primer ve kalıp DNA konsantrasyonu Fazla kalıp PCR ı engelleyebilir. Kalıp gerekiyorsa seyreltilip kullanılmalıdır. Termal döngü şartları Bağlanma ısısı PrimerçiftininT m derecesine göreayarlanır. Uzama süreleri Amplikonun uzunluğu dikkate alınır. PCR optimize ederken Gradient PCR cihazları optimizasyon sürecini kolaylaştırır ve kısaltır Bu tip cihazlarda 96 lık veya 48 lik bloğun herbir 8 lik kolonuna farklı bağlanma ısıları uygulamak mümkündür. 11

12 PCR optimize ederken Touch-down(İnen) PCR Özgün olmayan amplikasyondan yalnızca bağlanma ısısının arttırılması ve MgCl2 konsantrasyonunun düşürülmesi ile kurtulunamıyorsa: Touch-down PCR denenir. Yüksekbağlanmaısısıilebaşlanır. (mesela70 o C) Az sayıda da olsa hedef dizinin amplifiye olması beklenir. Bağlanma ısısı döngü sayısı ilerledikçe düşürülür. Amplifiye olmaya başlayan hedef dizinin kalıp popülasyondaki oranı arttığı için düşen ısıda artık yalnızca hedef dizi çoğalacaktır. PCR Destek Kuvvetler DMSO %2-10 Fazlası Taq aktivitesini düşürür. Kalıp DNA nın oluşturduğu ikincil yapıları çözer. Özellikle GC oranı yüksek hedef bölgelerin çoğaltılması için kullanılabilir. Betain M DMSO ile aynı amaçla kullanılabilir. Formamid%1-5 Mümkün olduğunca az kullanılmalı. İkincil yapıların önlenmesinde kullanılabilir. Non iyonik deterjanlar (Tween 20-NonIdet P40- TritonX) %0.1-1 arası kullanılabilir. %0.1 Taq ı stabilize eder ancak özgün olmayan amplifikasyonu teşvik edebilir. %0.5 kullanımı daha garantilidir. 12

13 PCR optimize ederken 7 deaza-2 deoksi guanozin. Stabil ikincil yapı oluşturan GC oranı çok yüksek hedef bölgelerde amplifikasyonu dgtp ile 1:3 oranında ilave edilmek suretiyle verimli bir şekilde sağlar. BSA (bovine serum albumin) Eski DNA materyellerinden yapılan amplifikasyonlarında kullanılabilir. PCR inhibitörlerinin etkisini azaltır. Hücre ve Mikroorganizmalara DNA Aktarımı Prokaryotik hücreler: Bu tip aktarımlar yani transformasyon klonlanmış DNA nın amplifikasyonunu sağlar. Transforme edilen gen ekspresyon vektörünün içinde ise ilgili genin ürününü elde etmekte kullanılır. İkitürlüyoluvardır: Yüksek konsantrasyondaki Ca 2+ permeabilitesini arttırır bu yöntem. içinde inkübasyon. Membran Elektroporasyon: Özel cihazlar gerekir. Daha verimli transfer sağlar ancak her tür/suş için farklı şartlar gerekir. 13

14 Kompetent hücre Hem Ca 2+ hem de elektroporasyon yönteminde öncelikli olarak hücrenin kompetent hale getirilmesi gerekmektedir. Bu amaçla belli bir yoğunlukta üretilip toplanması ve tuzla yıkanması gerekmektedir. Ökaryotik hücreler Ökaryotik hücrelere gen transferinde kullanılan birkaç çeşit yöntem bulunmaktadır. Transfeksiyon transformasyon ile enfeksiyonun bir nevi karışımıdır. Kalıcı (stable) transfeksiyonda DNA yı alan hücreler raportör geni ifade etmeleri ile seçilirler (raportör gen higromisin veya neomisin gibi bir antibiyotik direnç geni olabileceği gibi yeşil fluoresan protein geni de olabilir.). Bu tip hücrelerin klonlarından hücre hatları oluşturulabilir. Geçici (transient) transfeksiyon aktarılan DNA nın etkisini hemen görebilmek için seçilen bir yoldur. Sınırlı uygulaması vardır zira ilgilenilen geni taşıyan hücre sayısı değişkendir (kesin sayı transfeksiyonun verimine bağlıdır). Ayrıca aktarılan DNA yı taşıyan hücrelerde bu DNA nın kopya sayısı da değişkendir. 14

15 Ökaryotik hücreler Transfeksiyon yolları: Kalsiyum fosfat ko-presipitasyonu DEAE-Dekstan aracılı transfeksiyon Lipid aracılı transfeksiyon Elektroporasyon Mikroenjeksiyon Virus aracılı transfer. Bu amaçla adenovirus, retrovirus veya SV40 kullanılabilir. Ökaryotik hücreler DNA transferinin verimini hücre tipine sıkı sıkıya bağlı olduğu için bir sürü emek ve zaman harcamadan önce kendi hücreleriniz için uygun olan protokolü iyice araştırın. Literatür, Google ve bu işi bilenlere sorun/danışın. Labınızda veya yardım alabileceğiniz bir labda kullanabileceğiniz bir elektroporatör olup olmadığından emin olun. Birçok elektroporatörle bakteri, maya, memeli hücreye DNA aktarımı yapabilirsiniz. Memeli hücre aktarımı için bazı model elektroporatörlere ilave aksesuar takılması gerekebilir. Transformasyon ve transfeksiyonda kullanılan vektör hayati önem taşır. İndüklenebilen vektörlerin yanısıra hem ökaryotlarda hem bakterilerde çalışan vektörler mevcuttur. Sorun öğrenin. 15

16 RNA Son derece çıtkırıldım bir moleküldür. Azami itina ile çalışılmasını gerektirir. RNA çalışmaları için kullanacağınız cam/plastik eşyayı diğer malzemelerden ayrı bir dolap/rafa yerleştirin. Bunları DEPC li sudan geçirdikten sonra steril edin. RNA çalışmaları için kullanacağınız suyu %0.1 konsantrasyonda DEPC li olarak hazırlayın. Bunun için 1 lt suya 1 ml DEPC ilave edip geceboyu çeker ocak altında manyetik karıştırıcıda karıştırdıktan sonra ertesi gün otoklavlayın. Tris li tampon çözeltileri DEPC li su ile hazırlamayın. DEPC Tris tamponları içinde etanol ve CO2 e ayrışır. Tris tamponun tamponlama özelliğini ortadan kaldırır. RNA RNA çalışmalarında kullandığınız kimyasalları ayrı bir raf/dolaba koyup üzerlerine yalnızca RNA çalışmaları için kullanılacağı ibaresini yazın. Bu kimyasalların içine steril spatül ile girin. RNA çalışmalarında kullandığınız tampon çözeltileri de ayrı bir köşede tutun ve üzerlerine yalnızca RNA çalışmaları için kullanılacağı ibaresini yazın. RNazOFF, RNAZap, RNazAWAY benzeri ticari kimyasallar ortamdan Rnaz ları uzaklaştıran kuvvetli deterjanlardır. RNA elektroforezi için bir horizontal elektroforezi ayırmanızda fayda vardır. Bu elektroforez kabin, tepsi ve taraklarını bu deterjanlarla yıkayıp, DEPC li sudan geçirdikten sonra kullanın. 16

17 RNA İzolasyonu Klasik metodda guanidium izotiyosiyanat kullanılır. Bu kimyasal hücrelerin parçalanması ile gerçekleşecek olan RNA degradasyonunu engeller. Bu metoda dayanan izolasyon için ticari olarak Trizol, Tritidy, Tri reagent vb kimyasal ajanlar değişik firmalarca satılmaktadır. Ayrıca kolon bazlı saflaştırma kitleri de birçok firma tarafından pazarlanmaktadır. Özellikle kas gibi fibrotik dokulardan RNA izole etmek bir hayli zordur. Bu tip dokular için özel olarak üretilmiş kitler piyasada mevcuttur. mrna izolasyonu oligo dt rezinler kullanılarak gerçekleştirilir. PROTEİN Degradasyon protein çalışmalarının en önemli sorunlarından biridir. Protein çalışmalarında olmazsa olmaz kurallar: Muhakkak buz üzerinde çalışılır. Buzdolabı ve derin dondurulardan bir malzeme alınmaya veya yerleştirmeye gidilirken, tezgahta deney yaparken yanında, elinde hep bir buz kovası olmalıdır. Soğukta santrifügasyon yapılır. Çalıştığın proteini tanı!: Isı ile denatüre oluyor mu? Disülfit bağı var mı? Sürekli olarak dondur-çöz yapılmaya dayanıyor mu? Eğer bu özellikleri bilinmiyorsa dondurçöz e dayanmadığı, ısı ile denatüre olduğu kabul edilerek çalışılmalı. 17

18 Protein İzolasyonu Bakteriyel veya baculovirus ekspresyon sistemlerinde yüksek miktarda protein üretimi oldukça rahat uygulanabilirken aynı durum bu proteinlerin izolasyonu için geçerli değildir. Her proteinin kendine özgü bir profili/kişiliği vardır. Bu noktada tecrübe önemlidir. Varsa bir bilene danışmak önemli vakit kazandırır. Kromatografi Jel filtrasyonu, ion-exchange ve afinite kromatografisi Jel filtrasyonu: Bileşenleri molekül ebatlarına göre ayırır. Durağan faz porlu yapıdadır, yalnızca küçük molekülleri tutar. Sephadex, Sephacryl, Sepharose örnek materyellerdir. Ion-exchange: Bileşenleri yüklerine göre ayırır. Solid bir yüzeydeki yüklü gruplara proteinlerin (veya diğer materyellerin) bağlanmasını takiben daha yüksek iyonik güce sahip sulu bir tampon ile ilgilenilen proteinin elüsyonunu temel alır. Kolon materyeli anyonik, katyonik veya karışık olabilir. DEAE selüloz, amberlit, Dowex, CM-Sepharose örnek materyellerdir. Afinite kromatografisi: Bileşenleri doğal bağlanma bölgelerine ayrıştırır. Saflaştırılacak molekül özgün ve tersinir olarak solid bir yüzeye sabitlenmiş ligand adsorplanır. Oligo dt selüloz, biotin, heparin örnek materyellerdir. 18

19 Dializ Bir örnekteki tuz ve benzeri kalıntıları uzaklaştırmak için dialize başvurulur. Örnek porlu bir ince hortum(tüp) içine alınır. Porların çapı ancak bu porların çapından küçük olan moleküllerin dışarı çıkmasına izin verir. Dializ torbasındaki materyel bol miktardaki su veya tampon çözelti içine yerleştirilir. Böylelikle örnek içindeki kalıntıların dışarı çıkması ve örneğin temizlenmesi beklenir. Hücre Parçalanması Fiziksel lizis Homojenizatör: Bir nevi blender. Cam tanecikler eklenmediği durumda bakteri için uygun değildir. Ultrasonik prosesör (Sonikatör): Ses basıncı mikrokabarcıklar yalnızca hücre değil aynı zamanda DNA yı da parçalar. Bakteri için cam tanecikler eklenmelidir. Freeze press: Dondurulmuş hücreler dar bir kanaldan geçirilmeye zorlanır. Bead mill homogenizer: Bakteri, spor veya mayalar bir cam veya zirkonyum içeren tüp içinde sıkıca vortekslenir. 19

20 Hücre Parçalanması Deterjan Birçok ökaryotik hücre için uygundur. Anyonik deterjan SDS, cholic acid, caprylic acid, deoxycholic acid. Katyonik deterjan cetypyridiinum, bezalkonium chloride Zwitterionic deterjan CHAPS, phosphatidylcholine Non-iyonik deterjan digitonin, Tween-20, Triton X-100 Proteaz inhibitörleri Lizis sırasında proteinlerin degrade olmasını engellemek için mutlaka proteaz inhibitörü eklemek gerekir. Aprotinin, EDTA, Leupeptin, Pepstatin, PMSF, TLCK, TPCK Protein Konsantrasyonun Belirlenmesi Hangi yöntem? Bradford, BCA. Labınızda hangi metod tercih ediliyor? Bir yöntemin sonucunu bir diğeri ile doğrudan kıyaslayamazsınız. Hangi metodu tercih etmeniz gerektiği ile ilgili olarak mesela saflaştırılmış proteinizin triptofan içerip içermediğini bilmeniz gerekir. Eğer içeriyorsa 280 nm okumasına güvenilmez. Eğer saflaştırılmış proteininizde mutlaka deterjan bulunması gerekiyorsa deterjana duyarlı olmayan bir metod seçmeniz gerekir. Bütün metodlar için konsantrasyonu bilinmeyen örneği bir standart eğri ile yürütmek gerekir. Saflaştırılmış herhangi bir protein referans standart olarak seçilebilir. BSA ve IgG en sık kullanılan referanslardır. Antikor ölçmüyorsanız BSA kullanın. 20

21 Protein Konsantrasyonun Belirlenmesi BCA Alkalin BCA (bicinchonic acid) çözeltisine eklenen bakır sülfat elma yeşili renkli bir kompleks oluşturur. Bu çözelti bir protein çözeltisine ilave edildiğinde Cu++ iyonları proteinin peptid bağı ile etkileşime geçerek Cu+ iyonlarına dönüşürken kompleksi maksimum absorbansı 562 nm olan mor renkli bir komplekse dönüştürür. Hızlı, duyarlı ve doğru bir testtir. Deterjan, organik solvent gibi ajanlardan etkilenir. Zamana bağlıdır, renk 24 saat içinde oluşur. Protein Konsantrasyonun Belirlenmesi Bradford ph 1 in altında kırmızı kahverengi olan ancak proteine bağlanması ile bağlanan boyanın pka sında kaymaya neden olan Coomassie mavisi G-250 yi kullanır. Hızlı, duyarlı, doğru ve zamana bağlı olmayan bir testtir. %0.2 nin üzerinde bir deterjan konsantrasyonu testi etkiler. 21

22 Protein Konsantrasyonun Belirlenmesi 280nmAbsorbans Aromatik amino asitler özellikle triptofan 280 nm civarında aşırı absorbans gösterir. Aromatik rezidu içeren bütün proteinlerin 280 nm de tek bir extinction katsayısı vardır. Hız. Örnek parçalanmaz. Diğer metodlar kadar doğru sonuç vermez. Biruret Lowry(Folin-Ciocalteu) Protein Konsantrasyonun Belirlenmesi Biuret Peptid bağlarını ölçer. 540 nm de optik dansiteyi ölçer. Hızlıdır. Tuz bu testi Bradford a göre daha az etkilediğinden protein separasyonunu takip etmek için başarılıdır. Lowry(Folin-Ciocalteu) BCA ya benzer. 720 nm de optik dansiteyi ölçer. Çok az materyele ihtiyaç duyar. Proteinin içinde tirozinin bulunmasına bağlıdır. 22

23 Örnek içinde deterjan bulunması Deterjanlar protein izolasyon sürecinin bir parçasıdır. Protein seviyesini veya fonksiyonunu etkileyebilme riski taşır. Deterjan içeren bir protein örneğindeki protein miktarını belirleyebilmek için: Standart eğriye de aynı oranda deterjan eklemek. Eklenen deterjan lineer okumaları önemli oranda bozacaktır. Örneği seyreltip okumayı bu şekilde yapmak da bir yoldur ancak protein seviyesi düşük ise bu işe yaramaz. Deterjan ile uyumlu protein testleri kullanılabilr. Bazı firmaların bu tip testleri bulunmaktadır. Örnek içinde deterjan bulunması Eğer protein izole ediyorsanız deterjanı uzaklaştırmanız gerekir. Deterjanı uzaklaştırmak için seçeceğiniz yöntem deterjana, proteine ve tampon çözeltiye bağlıdır. Yöntemi belirlemeden önce iyi araştırıp bilenlere danışın. Yanlış bir ısı veya tuz konsantrasyonu protein örneğinizin bir anda kristal veya çamura dönüşmesine neden olabilir 23

24 Örnek içinde deterjan bulunması İyonik deterjanlar Jel filtrasyonu G25 kolon 8M üre ekleyip iyon değişim kolonuna yükle. Protein 8 M üre içinde akar. Üreyi uzaklaştırmak için dializ et. Noniyonik deterjanlar G200 kolonunda jel filtrasyonu uygula Proteini afinite veya iyon değişim kolonuna yükle. Yoğun bir şekilde yıka ve elüe et. Amfoterik(Zwitterionic) deterjanlar Mümkünse seyrelt ve dializ et Antikorlar Poliklonal: bir hayvan bir antijenin verilmesi ile oluşturulur. Heterojen bir karışımdır. Monoklonal: In vitro olarak hücre füzyonu yolu ile üretilir. Antikorların eldesi Ticari olarak satın alınabilir. Meslektaşınızdan alabilirsiniz. Kendiniz üretebilirsiniz. (Poliklonal antikor üretimi oldukça kolaydır ancak labınız veya bölümünüzde rutin olarak monoklonal antikor üretilmiyorsa bu işe bulaşmayın). Poliklonal antikorlar monoklonal antikorlar gibi sınırsız kaynak oluşturmazlar. Meslektaşınızdan poliklonal antikor istemeyi adet haline getirmeyin. Çok miktarda kullanacaksanız kendiniz için üretin. Antikorları kullanım alanları Hücre boyama: proteinlerin hücre içindeki dağılımı İmmünoassay: Bir antijenin fonksiyonu veya varlığı İmmünoblot: Western blot. Bir proteinin varlığı ve/veya miktarının membran üzerinde tespiti. 24

25 Antikorlar Saklama En iyi -20 o C de saklanır. Uygun sayıdaki kullanım miktarına göre hacimlere bölünüp saklanmalıdır. Dondur-çöz den hoşlanmaz antikorlar. Çalışmakonsantrasyonu4 o C de6aykadarsaklanabilir. Son konsantrasyonu %0.02 olacak şekilde sodyum azit ilavesi bakteriyel kontaminasyonu engelleyecektir. Antikorlar İpuçları Antikorun hangi hayvandan türevlendiğini bilmeniz gerekir. Zira bu bazı deneyler için gerekli olan ikincil antikoru doğru tayin edebilmenizi sağlayacaktır. Poliklonal antikorlar genellikle tavşan veya eşek; monoklonal antikorlar ise fare, sıçan veya hamster kaynaklıdır. Antikorunuzu kullanmadan önce hızlı bir spin edin bu birçok testte oluşabilecek yüksek geriplanı böylece ortadan kaldırmak mümkün olur. 25

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi

PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Hafta V PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları PCR Bir reaksiyonun kurulması ve optimize edilmesi Doç. Dr. Hilâl Özdağ F Đ Z Đ K Đ A L T Y A P I Reaksiyonda kullanılanlar: P C R I. Kalıp DNA a) PCR degrade

Detaylı

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP)

POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) Deney: M 1 POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR-PCR) VE RESTRİKSİYON PARÇA UZUNLUĞU POLİMORFİZMİ (RFLP) a) PCR yöntemi uygulaması b) RPLF sonuçları değerlendirilmesi I. Araç ve Gereç dntp (deoksi Nükleotid

Detaylı

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti

RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti RTA Plazmid DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 Bakteri örneklerinden plazmid DNA izolasyonu ve saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09007050 50 test 09007100

Detaylı

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Bakteriden Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 IVD Bakteri örneklerinden genomik nükleik asit izolasyonu ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı kullanım için Yalnızca

Detaylı

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti

RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti RTA JEL / PZR Saflaştırma Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-12 DNA parçalarının agaroz jelden geri kazanımı ve PZR ürünlerinin saflaştırılması için Yalnızca profesyonel kullanım için REF 09009050

Detaylı

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Kandan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan kan örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit izolasyon ve saflaştırması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

Protein Ekstraksiyonu

Protein Ekstraksiyonu Protein Ekstraksiyonu Dr.Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Proteinler tüm canlı organizmalar için en önemli makromoleküllerden biridir. Bazıları yapısal komponentleri

Detaylı

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar

Kromozom, DNA ve Gen. Allel Segregasyonu. DNA çift sarmalı. Hastalık yapan mutasyonlar protein fonksiyonunu bozar. Hastalık yapan mutasyonlar Temel Genetik Kavramlar DNA izolasyon yöntemleri Kromozom, DNA ve Gen Hücre Nukleus Kromozomlar Gen Prof.Dr.Uğur ÖZBEK Protein DNA çift sarmalı Allel Segregasyonu Şeker Fosfat omurga Bazlar Baz çifti A

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 5. Hafta (14.03.2014) 1 5. Haftanın Ders İçeriği DNA ekstraksiyonu DNA ekstraksiyonunun amacı

Detaylı

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler

RT-PCR. (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) Dr Gülnur Güler RT-PCR (reverse transckripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu) mrna ekspresyon seviyelerini belirlemek için sensitiv bir metod

Detaylı

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA

KAPİLLER ELEKTROFOREZ DNA SEKANSLAMA İçerik Giriş...2 Deney İçin Gerekli Olan Malzemeler...3 Deneyin Yapılışı... 4-9 Genomik DNA Kalıbının Hazırlanması...4 PCR Amplifikasyonu... 4-5 DNA Miktarının Belirlenmesi...6 Sekans Reaksiyonunun Hazırlanması...7

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ

NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ NÜKLEİK ASİTLERİN ELEKTROFOREZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Venhar ÇELİK Danışman: Yrd.Doç.Dr. Dilek Turgut-BALIK NÜKLEİK ASİTLERİN

Detaylı

NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI

NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI NÜKLEİK ASİTLERİN SAKLAMA KOŞULLARI Dr. Zafer KÜÇÜKODACI GATA HEH Patoloji Servisi 22. ULUSAL PATOLOJİ KONGRESİ 7 Kasım 2012 Manavgat DNA ve RNA NIN KANTİTASYONU Spektrofotometrik ölçüm Floresans teknik

Detaylı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Kandolaşımı Enfeksiyonları %10 Kandidemi Ölüm hızı : % 50 (YBÜ) Erken tanı (?), tedavinin önemi Etken: Candida allbicans

Detaylı

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ

SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ T.C. FIRAT ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOLOJİ BÖLÜMÜ SODYUM DODESİL SÜLFAT POLİAKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ İLE PROTEİNLERİN ANALİZİ Yüksek Lisans Semineri Hazırlayan: Abdullah ASLAN Danışman:

Detaylı

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti

RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti RTA Dokudan ve Parafine-Gömülü Dokudan Genomik DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-05 IVD İnsan dokusu ve parafine gömülü doku örneklerinden in vitro tanı amaçlı genomik nükleik asit

Detaylı

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon

Protokolü PD S001 01. 50 Reaksiyon Salmonella sp. Real time PCR Tespit Kiti Protokolü PD S001 01 50 Reaksiyon REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen

Detaylı

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar.

DNA Đzolasyonu. Alkaline-SDS Plasmit Minipreleri. Miniprep ler bakteri kültüründen plasmit DNA sı izole etmenizi sağlar. DNA Đzolasyonu Saflaştırılmak istenen DNA ya genomik DNA dır ya da genomik olmayan mtdna, chldna, plasmit DNAsıdır.DNA izolasyon kitleri, genomik ve genomik olmayan DNA izole etmemizi sağlayan standartlaştırılmış

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05

RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 RTA Viral DNA İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2010-05 IVD In vitro tanı amaçlı insan plazma ve serum örneklerinden viral nükleik asit izolasyon ve saflaştırılması için In vitro tanı amaçlı

Detaylı

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması

Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri. Bölüm 9. MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması Gıda Örneklerinde Genetiği Değiştirilmiş Organizma Analizleri Bölüm 9 MON810 Mısır, Bt-176 Mısır ve Roundup Ready Soya nın PCR ile Nitel Saptanması M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara WORLD HEALTH ORGANIZATION

Detaylı

Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013)

Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TB101 Çiğdem Yamaner (Yrd. Doç. Dr.) 3. Hafta (01.10.2013) ADÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü 1 DNA moleküllerinin analizinde çok çeşitli yöntemler

Detaylı

Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz

Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi. Prof. Dr. Müjgan Cengiz Hücre Üzerine Mikrocerrahi Uygulamaları Hücrenin altbirimlerine ayrılması Moleküllerin analizi Prof. Dr. Müjgan Cengiz Canlı Hücrelerdeki Moleküllerin İzlenmesi Mikroskopla inceleme hücrede belli düzeyde

Detaylı

ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ

ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ ATIKSULARDA FENOLLERİN ANALİZ YÖNTEMİ YÖNTEM YÖNTEMİN ESASI VE PRENSİBİ Fenolik maddeler uçucu özellik göstermeyen safsızlıklardan distilasyon işlemiyle ayrılır ve ph 7.9 ± 0.1 de potasyum ferriksiyanür

Detaylı

MAIA Pesticide MultiTest

MAIA Pesticide MultiTest MAIA Pesticide MultiTest GIDALARDA PESTİSiT KALINTILARI İÇİN AB MAKSİMUM KALINTI LİMİTLERİ İLE UYUMLU ÇOKLU KALINTI TARAMA TESTİ Microplate Acetylcholinesterase Inhibition Assay (MAIA) katı veya sıvı gıda

Detaylı

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI

PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI PROTEİNLERİN SAFLAŞTIRILMASI Bir hücre ve dokudan istenilen bir proteinin saf halde izole edilmesi oldukça güç bir olaydır. Bu proteinin konsantrasyonu düşük ise binlerce farklı protein arasından ayırmak

Detaylı

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri

Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri GENETĐK 111-503 Hafta VIII Rekombinant DNA Teknolojileri Doç.Dr. Hilâl Özdağ Rekombinant DNA Teknolojisi Amaç Spesifik DNA dizilerinin yerlerinin belirlenmesi. DNA nın belirli noktalardan kesilmesi Belirli

Detaylı

BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ. Doç. Dr. Nurettin YÖREK

BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ. Doç. Dr. Nurettin YÖREK BĠY 4008 GENETĠK MÜHENDĠSLĠĞĠNE GĠRĠġ Doç. Dr. Nurettin YÖREK DNA ile çalıģırken göz önünde bulundurmanız gereken temel özellikler: DNA basit bir moleküldür. Gerçekten! Sadece A, T, C ve G nükleotidlerini

Detaylı

RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti

RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti RTA Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti Kullanma Kılavuzu Yayın Tarihi - 2011-10 IVD In vitro tanı amaçlı insan serum veya plazma (EDTA) örneklerinden viral DNA ve RNA izolasyon ve saflaştırılması amacıyla

Detaylı

BIONEER MARKA ACCUPOWER EBV QUANTATIVE PCR KİTİ PROTOKOLÜ

BIONEER MARKA ACCUPOWER EBV QUANTATIVE PCR KİTİ PROTOKOLÜ BIONEER MARKA ACCUPOWER EBV QUANTATIVE PCR KİTİ PROTOKOLÜ Kullanılan Ekipmanlar : - Bioneer Marka ExiPrep16 Plus Model Tam Otomatik Nükleik Asit Ekstraksiyon Sistemi - Bioneer Marka ExiPrep Viral DNA/RNA

Detaylı

DEPOLAMA VE ATIKLARIN UZAKLAŞTIRILMASI

DEPOLAMA VE ATIKLARIN UZAKLAŞTIRILMASI GÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI 111-546 DEPOLAMA VE ATIKLARIN UZAKLAŞTIRILMASI Doç. Dr. Hilâl Özdağ Organize Olmak Sonuç alabilmek ve güvenli çalışabilmek için Bir laboratuvarda herşeyin her

Detaylı

ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ

ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ ULUSAL BİYOÇEŞİTLİLİĞİNİN VE GEN KAYNAKLARININ KORUNMASI HEDEFLERİ DOĞRULTUSUNDA BÜYÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ARAŞTIRILMASI, KORUNMASI VE YÖNETİMİ Örnekleme Çalışmaları: Önemli Noktalar DNA ÇALIŞMASI Projenin

Detaylı

GÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI 111-546 BAKTERİ KÜLTÜRÜ. Doç. Dr. Hilâl Özdağ RİSK GRUPLARI

GÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI 111-546 BAKTERİ KÜLTÜRÜ. Doç. Dr. Hilâl Özdağ RİSK GRUPLARI GÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI 111-546 BAKTERİ KÜLTÜRÜ Doç. Dr. Hilâl Özdağ RİSK GRUPLARI Sınıf 1(risksiz): Patojen olmayan(e. coli, B. subtilis) Sınıf 2(düşük risk): Shigella, Salmonella Sınıf

Detaylı

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8)

1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol, 20 mm EDTA. 100 mm Tris-HCl (ph 8) KONU-7. MOLEKÜLER BĠYOLOJĠDE TEMEL TEKNĠKLER BĠTKĠDEN GENOMĠK DNA ĠZOLASYONU Kullanılan Tamponlar: 1. Ekstraksiyon Tamponu: %2 (w/v) CTAB (Cetyltrimethyl-ammonium bromide) 1.4 M NaCl, % 0.2 (v/v) β-merkaptoetanol,

Detaylı

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D

Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri. Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri Dr.Tuncer ÖZEKİNCİ Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D 1 Enfeksiyonun Özgül Laboratuvar Tanısı Mikroorganizmanın üretilmesi Mikroorganizmaya

Detaylı

PEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara

PEG-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI. Gazi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Maltepe, Ankara PE-FOSFAT-SU SİTEMLERİNDE PROTEİN DAĞILIMI E.DİLAN ve U.ÜNDÜZ azi Üniversitesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 06570, Mepe, Ankara 1.ÖZET Model protein olarak seçilen Bovine

Detaylı

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016)

DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DÖNEM 1- A, 3. DERS KURULU (2015-2016) DERS SAATİ DERS ADI DERS KONUSU DERSİ VEREN ÖĞRETİM ÜYESİ 4. DK 1. Hafta 07 Aralık Pazartesi Mikrobiyoloji Mikrobiyolojinin tarihçesi ve mikroorganizmalara genel

Detaylı

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD

HLA Tiplendirmesi PCR-SSP. Türker Duman PhD HLA Tiplendirmesi PCR-SSP Türker Duman PhD Büyük Doku Uygunluk Kompleksi (Major Histocompatibility Complex - MHC) İlk olarak farklı fare suşlarında deri naklinin reddiyle tanımlanan genetik bölgedir Alloreaktiviteden

Detaylı

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III

İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER ÖN SÖZ... III İÇİNDEKİLER... V 1. LABORATUVARDA KULLANILAN MALZEME VE ALETLER... 1 1.1. Tüpler... 1 1.2. Beher... 1 1.3. Erlenmeyer... 2 1.4. Balonlar... 2 1.5. Mezur... 3 1.6. Pipetler...

Detaylı

DNA ve RNA İzolasyonu. Dr Gülnur Güler

DNA ve RNA İzolasyonu. Dr Gülnur Güler DNA ve RNA İzolasyonu Dr Gülnur Güler DNA genetik bilgi deposu özellikle inaktif DNA nükleusda çok sıkı paketli çevresel, kimyasal ve fiziksel zararlı etkenlere dayanıklı Bu nedenlerle taze, dondurulmuş,

Detaylı

-1- Biüret Yöntemi. ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR Mikro pipet (1000 µl) Makro küvet (3 ml) 1 Vorteks Analitik terazi Spektrofotometre (540 nm)

-1- Biüret Yöntemi. ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR Mikro pipet (1000 µl) Makro küvet (3 ml) 1 Vorteks Analitik terazi Spektrofotometre (540 nm) 1 GĐRĐŞ Protein tayin kiti takip edilerek hazırlanmıştır. Protein tayin kiti kullanılarak örneklerde hızlı, güvenilir ve kolay bir şekilde protein miktarı saptanabilmektedir. Protein tayin kitinde gerçekleştirilen

Detaylı

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ

AVRASYA ÜNİVERSİTESİ Ders Tanıtım Formu Dersin Adı Öğretim Dili Moleküler Biyoloji Lab. Türkçe Dersin Verildiği Düzey Ön Lisans () Lisans (X) Yüksek Lisans( ) Doktora( ) Eğitim Öğretim Sistemi Örgün Öğretim (X) Uzaktan Öğretim(

Detaylı

KABUKLULAR FINDIK WHEAT BUĞDAY YUMURTA YER PEANUT FISTIĞI SOYA

KABUKLULAR FINDIK WHEAT BUĞDAY YUMURTA YER PEANUT FISTIĞI SOYA ET ÜRÜNLERİNDE TAĞŞİŞ Tağşiş; gıda maddesinin mevzuata veya izin verilen özelliklerine aykırı olarak üretilmesi hali olarak tanımlanmaktadır. Gıda ürünlerinde; tağşiş bir çok şekilde yapılabilmektedir.

Detaylı

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar

KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar KONU: MOLEKÜLER BİYOLOJİDE TEMEL TEKNİKLER; Çözeltiler ve Tamponlar AMAÇ: - Moleküler Biyoloji laboratuvarında kullanılan çözeltileri ve hazırlanışlarını öğrenmek. - Biyolojik tamponların kullanım amaçlarını,

Detaylı

ANTİGLOBULİN TESTLER. Dr. Güçhan ALANOĞLU

ANTİGLOBULİN TESTLER. Dr. Güçhan ALANOĞLU ANTİGLOBULİN TESTLER Dr. Güçhan ALANOĞLU Tanımlar İnsan nsan globulinlerine karşı oluşan antikorlara Anti-Human Globulinler (AHG, AHG, antikorlara karşı gelişen en anti-antikor) antikor) Bu u antikorların

Detaylı

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar

Western Blot (veya immünblot), protein ekspresyonunu doğrulamak için standart laboratuvar İçerik Giriş...2 Western Blot Yöntemi...2 Protein Örneklerinin Hazırlanması...2 Dikey Jel Sistemi Kullanımı...3 Kuru Transfer Sistem Kullanımı...4 Bloklama...6 Protein Tespiti...6 Kemilüminesans Tanımlama

Detaylı

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER

SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER SANTRİFÜJ TEKNİKLERİ VE SANTRİFÜJLER Doç. Dr. Gülsen YILMAZ 2009 BAŞLIKLAR 1 Tanım ve Prensip 22 Santrifüj teknikleri 33 Santrifüj tipleri 44 Santrifüj kullanım alanları Laboratuvarı ilgilendiren Süreç

Detaylı

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL

MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ. Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL MİKROBİYOLOJİDE BİYOTEKNOLOJİ Doç. Dr. Funda BAĞCIGİL Biyoteknoloji; Genetik materyallerde moleküler düzeyde yapılan manipulasyonlarla yeni ve istenilen fenotipte organizmalar ve faydalı ürünler elde etmektir

Detaylı

Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1

Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1 Brusellozda laboratuvar tanı yöntemleri 14.02.2006 1 Spesifik tanı yöntemleri: 1. Direk (kült ltür r ve bakterinin gösterilmesi) g 2. Antikorların n gösterilmesig 1.Standart tüp aglütinasyonu 2.Rose Bengal

Detaylı

KLOR (Cl2) ANALİZ YÖNTEMİ

KLOR (Cl2) ANALİZ YÖNTEMİ S a y f a 1 KLOR (Cl2) ANALİZ YÖNTEMİ YÖNTEMİN ESASI VE PRENSİBİ Klor, ph 8 de veya daha düşük bir ph da potasyum iyodür çözeltisinden iyotu serbest bırakacaktır. Serbest iyot, indikatör olarak nişasta

Detaylı

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H

ayxmaz/biyoloji Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H Adı: 1.Aşağıda verilen atomların bağ yapma sayılarını (H) ekleyerek gösterin. C N O H 2.Radyoaktif izotoplar biyologları için önemlidir? Aşağıda radyoakif maddelerin kullanıldığı alanlar sıralanmıştır.bunlarla

Detaylı

REAKSİYON PRENSİPLERİ

REAKSİYON PRENSİPLERİ REAKSİYON PRENSİPLERİ Reaksiyon Bileşenleri: qpcr Master Mix (PMM) Hedef probe Mix (HPM) Zenginleştirilmiş gıda ürünleri kültüründen izole edilen DNA örneği Polimerase Chain Reaction (PCR): Son yıllarda

Detaylı

KROMATOGRAFİ. Bir parça kağıt şeridin aşağı hizasından 1 cm kadar yukarısına bir damla siyah mürekkep damlatınız.

KROMATOGRAFİ. Bir parça kağıt şeridin aşağı hizasından 1 cm kadar yukarısına bir damla siyah mürekkep damlatınız. KROMATOGRAFİ Kromatografi, bir karışımda bulunan maddelerin, biri sabit diğeri hareketli faz olmak üzere birbirleriyle karışmayan iki fazlı bir sistemde ayrılması ve saflaştırılması yöntemidir. KROMATOGRAFİ

Detaylı

HPLC. Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi

HPLC. Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi HPLC Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi HPLC Nedir? HPLC nin Kısımları: Hareketli Faz Rezervuarı Pompa Sistemi Numune enjeksiyon Sistemi Kolon Dedektör HPLC Çeşitleri HPLC Uygulamaları HPLC Yüksek

Detaylı

AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler

AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II: Peptitler ve Proteinler 1 Peptitler amino asitlerden oluşmuş zincirlerdir. İki amino asit molekülü bir amit bağı ile kovalent olarak birbirine bağlandıklarında

Detaylı

Farmakogenetikte Kullanılan Temel Yöntemler

Farmakogenetikte Kullanılan Temel Yöntemler Farmakogenetikte Kullanılan Temel Yöntemler Dr. Melih Ö. Babaoğlu Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Farmakoloji A.D. XIII. TFD Eğitim Sempozyumu Van 1 Hastalık derecesi Fizyolojik durum İlaç etkileşmeleri

Detaylı

MESS Entegre Geri Kazanım ve Enerji San. ve Tic. A.Ş.

MESS Entegre Geri Kazanım ve Enerji San. ve Tic. A.Ş. Sayfa : 1 / 12 1 ATIKLAR İÇİN NUMUNE SAKLAMA KOŞULLARI Parametre Numune Özelliği Numune Türü ICP ile Metal Tayinleri suları vb.), diğer her türlü sıvılar) Mikrodalgada (sıvı) yakılmış Minimum Numune Miktarı

Detaylı

ÇÖZÜNMÜŞ OKSİJEN TAYİNİ

ÇÖZÜNMÜŞ OKSİJEN TAYİNİ ÇEVRE KİMYASI LABORATUVARI ÇÖZÜNMÜŞ OKSİJEN TAYİNİ 1. GENEL BİLGİLER Doğal sular ve atıksulardaki çözünmüş oksijen (ÇO) seviyeleri su ortamındaki fiziksel, kimyasal ve biyokimyasal aktivitelere bağımlıdır.

Detaylı

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir.

Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. METABOLİZMA ve ENZİMLER METABOLİZMA Hücrelerde gerçekleşen yapım, yıkım ve dönüşüm olaylarının bütününe metabolizma denir. A. ÖZÜMLEME (ANABOLİZMA) Metabolizmanın yapım reaksiyonlarıdır. Bu tür olaylara

Detaylı

SDS-PAGE Jel Elektroforezi İÇERİK

SDS-PAGE Jel Elektroforezi İÇERİK İÇERİK Tanım...2 SDS-PAGE jel elektroforez metodu...3 SDS-PAGE jel elektroforezi yürütme ortamının hazırlanması...4 Protein örneklerinin yüklenmesi...8 Jelin yürütülmesi...9 Jelin boyanması ve boyanın

Detaylı

ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR. Mikro pipet (1000 µl) Ependorf tüpü (1.5 ml) Cam tüp (16X100 mm)

ANALĐZ ĐÇĐN GEREKLĐ EKĐPMANLAR. Mikro pipet (1000 µl) Ependorf tüpü (1.5 ml) Cam tüp (16X100 mm) 1 GĐRĐŞ Toplam lipid tayininde sülfo-fosfo-vanillin reaksiyonu takip edilmekte olup hızlı güvenilir ve kolay bir yöntem olduğu için tercih edilmiştir. Serum içerisindeki toplam lipid miktarının kantitatif

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 6. Hafta (20.03.2014) 1 6. Haftanın Ders İçeriği DNA izolasyonu DNA hakkında 2 DNA İzolasyonu

Detaylı

DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI. Genel Bilgi

DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI. Genel Bilgi DENEY I ÇÖZELTİ KONSANTRASYONLARI Genel Bilgi 1. Çözelti İki ya da daha fazla maddenin herhangi bir oranda bir araya gelerek oluşturdukları homojen karışıma çözelti denir. Diğer bir deyişle, bir maddenin

Detaylı

Kanın fonksiyonel olarak üstlendiği görevler

Kanın fonksiyonel olarak üstlendiği görevler EGZERSİZ VE KAN Kanın fonksiyonel olarak üstlendiği görevler Akciğerden dokulara O2 taşınımı, Dokudan akciğere CO2 taşınımı, Sindirim organlarından hücrelere besin maddeleri taşınımı, Hücreden atık maddelerin

Detaylı

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Doç. Dr. Işın N. Geren Yrd. Doç. Dr. Turgay Çakmak Yrd. Doç. Dr. Filiz Kısaayak Çollak Uzman Zeynep N. Koytak Araş. Gör. Fatma Sağır Araş. Gör. Kuaybe Yücebilgili (ÖYP)

Detaylı

5.111 Ders Özeti #22 22.1. (suda) + OH. (suda)

5.111 Ders Özeti #22 22.1. (suda) + OH. (suda) 5.111 Ders Özeti #22 22.1 Asit/Baz Dengeleri Devamı (Bölümler 10 ve 11) Konular: Zayıf baz içeren dengeler, tuz çözeltilerinin ph sı ve tamponlar Çarşamba nın ders notlarından 2. Suda Baz NH 3 H 2 OH Bazın

Detaylı

Bimes Biyomedikal Sistemler ve Sağlık Hizmetleri Tic. Ltd. Şti Çetin Emeç Bulvarı 6. Cad. 64/4 06460 A.Öveçler ANKARA Tel: (0 312) 473 17 83 Fax: (0

Bimes Biyomedikal Sistemler ve Sağlık Hizmetleri Tic. Ltd. Şti Çetin Emeç Bulvarı 6. Cad. 64/4 06460 A.Öveçler ANKARA Tel: (0 312) 473 17 83 Fax: (0 3M PETRİFİLM ENTEROBAKTER SAYIM PLAKALARI Birçok gıda ve içecek işletmecilerinin, patojen bakterileri öldürmek için uyguladıkları en az bir basamak vardır. Yalnız ambalajlama öncesinde tekrar kontaminasyon

Detaylı

DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ. İmmunohistokimya teknikleri ve Kullanım Alanları. Doç.Dr.

DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ. İmmunohistokimya teknikleri ve Kullanım Alanları. Doç.Dr. DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ DÖNEM I HÜCRE BİLİMLERİ 2 KOMİTESİ İmmunohistokimya teknikleri ve Kullanım Alanları Doç.Dr. Engin DEVECİ İmmunohistokimya Hücre ve doku içinde bulunan bazı enzimlerin ya

Detaylı

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR?

KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? KALİTELİ SÜT NASIL ELDE EDİLİR? Prof. Dr. METİN ATAMER Dr. EBRU ŞENEL ANKARA ÜNİVERSİTESİ ZİRAAT FAKÜLTESİ SÜT TEKNOLOJİSİ BÖLÜMÜ Kaliteli süt üretimi için sağlanması gereken koşullar; Sağlıklı inek Özenli

Detaylı

SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması)

SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması) SABUN SENTEZİ (Yağların Hidrolizi veya Sabunlaştırılması) Gerek hayvansal yağlar gerekse bitkisel (nebati) yağlar, yağ asitlerinin gliserin (gliserol) ile oluşturdukları oldukça kompleks esterlerdir. Bu

Detaylı

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON

FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON FLORESAN İN SİTU HİBRİDİZASYON Sağlık Teknikeri Hande ÇOLAKOĞLU Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Patoloji AD SIVI ve DOKULARIN FISH UYGULAMASI ÖNCESİ HAZIRLIK İŞLEMLERİ FISH Çalışmalarında Ön Uygulama

Detaylı

Rekombinant DNA Teknolojisi-I

Rekombinant DNA Teknolojisi-I BYM613 Genetik MühendisliM hendisliği Rekombinant DNA Teknolojisi-I Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik BölümüB 2012-2013 2013 Güz G z DönemiD Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr İçerik (2

Detaylı

2. Kanun- Enerji dönüşümü sırasında bir miktar kullanılabilir kullanılamayan enerji ısı olarak kaybolur.

2. Kanun- Enerji dönüşümü sırasında bir miktar kullanılabilir kullanılamayan enerji ısı olarak kaybolur. Enerji Dönüşümleri Enerji Enerji; bir maddeyi taşıma veya değiştirme kapasitesi anlamına gelir. Enerji : Enerji bir formdan diğerine dönüştürülebilir. Kimyasal enerji ;moleküllerinin kimyasal bağlarının

Detaylı

1. Kanalizasyondan gelen kötü kokuların çözümü (boruların iç çeperlerin temizliği)

1. Kanalizasyondan gelen kötü kokuların çözümü (boruların iç çeperlerin temizliği) miler Benz İstasy in a onl rı uran a t s r tla Re Ca nkala Ba ullar M'l AV er denc esi e R Ok KÖTÜ KOKULARA SON! ast anel er H r Evler Doğanın Çözümü! Referans edinmiş olduğumuz ilke doğanın kendini temizlemesi

Detaylı

Türk Endokrin Cerrahi Çalışma Grubu Doku Bankası ve Örnek Saklama Protokolleri Çalışması

Türk Endokrin Cerrahi Çalışma Grubu Doku Bankası ve Örnek Saklama Protokolleri Çalışması Türk Endokrin Cerrahi Çalışma Grubu Doku Bankası ve Örnek Saklama Protokolleri Çalışması Doku ve genetik materyal bankaları işlenmiş veya dondurulmuş dokuların uzun süreli depolandığı ve kayıt sistemlerinin

Detaylı

Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot

Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot Elektroforez, Western Blot, Southern Blot, Northern Blot Dr. Gaye Güler Tezel Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim Dalı Elektroforez DNA, RNA ve protein moleküllerini büyüklük, şekil

Detaylı

İnfeksiyon tanısında yeni yaklaşımlar Biyosensörler. Barış OTLU İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya.

İnfeksiyon tanısında yeni yaklaşımlar Biyosensörler. Barış OTLU İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya. İnfeksiyon tanısında yeni yaklaşımlar Biyosensörler Barış OTLU İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya. Bakterilerin tanımlanması Bakterilerin tanımlanması Bakterilerin

Detaylı

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI

MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI MANTAR ENFEKSİYONLARININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANISI Nilgün Çerikçioğlu Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı 1 İnvazif Mantar Enfeksiyonları (İME) Bağışıklık sistemi Morbidite-mortalite

Detaylı

Nükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ

Nükleik asitler. Deoksiribonükleik asit Ribonükleik asit 18.11.2008. DNA nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ Nükleik asitler Sıcaklıkla öldürülmüş S suşları Canlı R suşlarını canlı S suşuna dönüştürür a) Farelere virulan S suşu enjekte edildiğinde ölür b) R suşu enjekte edildiğinde yaşar c) Isıyla öldürülmüş

Detaylı

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor!

Uygulamalı. Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları. Yaz Dönemi Başlıyor! Uygulamalı Moleküler Biyoloji Teknikleri, Temel Mikrobiyoloji, Temel Biyokimya ve Laboratuvar Yönetimi Kursları Yaz Dönemi Başlıyor! : DNA izolasyonu, Primer tasarımı, PCR Teknikleri, Agaroz Jel Elektroforezi,

Detaylı

Bimes Biyomedikal Sistemler ve Sağlık Hizmetleri Tic. Ltd. Şti Çetin Emeç Bulvarı 6. Cad. 64/4 06460 A.Öveçler ANKARA Tel: (0 312) 473 17 83 Fax: (0

Bimes Biyomedikal Sistemler ve Sağlık Hizmetleri Tic. Ltd. Şti Çetin Emeç Bulvarı 6. Cad. 64/4 06460 A.Öveçler ANKARA Tel: (0 312) 473 17 83 Fax: (0 3M PETRİFİLM SELECT E.KOLİ SAYIM PLAKALARI 3M Petrifilm Select E.Koli Sayım Plakaları, E.koli tespiti için dizayn edilmiştir. Basit bir tek testle 24 saat içerisinde sonuçlar elinize ulaşabilmektedir.

Detaylı

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler

III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler III-Hayatın Oluşturan Kimyasal Birimler MBG 111 BİYOLOJİ I 3.1.Karbon:Biyolojik Moleküllerin İskeleti *Karbon bütün biyolojik moleküllerin omurgasıdır, çünkü dört kovalent bağ yapabilir ve uzun zincirler

Detaylı

SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi. Gürbüz POLAT

SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi. Gürbüz POLAT SSO Yöntemiyle HLA Tiplendirmesi Gürbüz POLAT SSO Diziye özgü oligonükleotid problarıyla PCR da çoğaltılmış DNA nın hibridizasyonu ile HLA allellerini saptamak için kullanılan moleküler tipleme yöntemidir.

Detaylı

Deney 1 HĐDROKSĐL GRUBU: ALKOL VE FENOLLERĐN REAKSĐYONLARI. Genel prensipler

Deney 1 HĐDROKSĐL GRUBU: ALKOL VE FENOLLERĐN REAKSĐYONLARI. Genel prensipler Deney 1 ĐDKSĐL GUBU: ALKL VE FENLLEĐN EAKSĐYNLAI Genel prensipler Alkol ve fenoller su benzeri organik yapılardır. - yapısındaki nin yerine; alkollerde alifatik grup(-),fenollerde ise aromatik grup(ar-)

Detaylı

HÜCRE ZARINDA TAŞINIM

HÜCRE ZARINDA TAŞINIM HÜCRE ZARINDA TAŞINIM Yrd. Doç. Dr. Aslı AYKAÇ YDÜ TIP FAKÜLTESİ BİYOFİZİK AD Küçük moleküllerin zardan geçişi Lipid çift tabaka Polar moleküller için geçirgen olmayan bir bariyerdir Hücre içindeki suda

Detaylı

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015

Mikrobiyal Gelişim. Jenerasyon süresi. Bakterilerde üreme eğrisi. Örneğin; (optimum koşullar altında) 10/5/2015 Mikrobiyal Gelişim Tek hücreli organizmalarda sayı artışı Bakterilerde en çok görülen üreme şekli ikiye bölünmedir (mikroorganizma sayısı) Çok hücreli organizmalarda kütle artışı Genelde funguslarda görülen

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 8. Hafta (04.04.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 8. Hafta (04.04. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 8. Hafta (04.04.2014) 1 6. Haftanın Ders İçeriği Bazı Temel Kavramlar Şekerlerin Tayini Enzimlerin

Detaylı

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ)

I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3 KREDİ) T.C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2014-2015 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL TEMEL BİYOKİMYA I (B 601 TEORİK 3, 3

Detaylı

Total protein miktarının bilinmesi şarttır:

Total protein miktarının bilinmesi şarttır: Total protein miktarının bilinmesi şarttır: protein veriminin belirlenmesi saflık kontrolu deneylerin optimizasyonu spesifik aktivite tayini ve saflaştırma derecesinin belirlenmesi (enzimler için) KULLANILAN

Detaylı

A- LABORATUAR MALZEMELERİ

A- LABORATUAR MALZEMELERİ 1- Cam Aktarma ve Ölçüm Kapları: DENEY 1 A- LABORATUAR MALZEMELERİ 2- Porselen Malzemeler 3- Metal Malzemeler B- KARIŞIMLAR - BİLEŞİKLER Nitel Gözlemler, Faz Ayırımları, Isısal Bozunma AMAÇ: Karışım ve

Detaylı

ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ORGANİK KİMYA LABORATUVARI DENEY 8 : YÜZEY GERİLİMİNİN BELİRLENMESİ

ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ORGANİK KİMYA LABORATUVARI DENEY 8 : YÜZEY GERİLİMİNİN BELİRLENMESİ ONDOKUZ MAYIS ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ORGANİK KİMYA LABORATUVARI DENEY 8 : YÜZEY GERİLİMİNİN BELİRLENMESİ DENEYİN AMACI Gazlarda söz konusu olmayan yüzey gerilimi sıvı

Detaylı

YÜZEY AKTİF MADDE TAYİNİ

YÜZEY AKTİF MADDE TAYİNİ YÜZEY AKTİF MADDE TAYİNİ 1. GENEL BİLGİLER Deterjan terimi, çeşitli malzemelerin temizlenmesinde kullanılan kimyasal maddelerin genel adıdır. Deterjanlar yüzey aktif özelliklere sahip organik maddeler

Detaylı

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ)

(ZORUNLU) MOLEKÜLER İMMÜNOLOJİ I (TBG 607 TEORİK 3, 3 KREDİ) T. C. İSTANBUL BİLİM ÜNİVERSİTESİ SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ TIBBİ BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI YÜKSEK LİSANS PROGRAMI 2015-2016 EĞİTİM-ÖĞRETİM YILI DERS İÇERİKLERİ I. YARIYIL (ZORUNLU) MOLEKÜLER

Detaylı

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 9. Hafta (11.04.

Laboratuvar Tekniği. Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 9. Hafta (11.04. Laboratuvar Tekniği Adnan Menderes Üniversitesi Tarımsal Biyoteknoloji TBY 118 Muavviz Ayvaz (Yrd. Doç. Dr.) 9. Hafta (11.04.2014) 1 9. Haftanın Ders İçeriği Beer-Lambert Kanunu Spektrofotometre 2 Beer-Lambert

Detaylı

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ

PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ PROTEİN ANALİZ YÖNTEMLERİ Protein analizleri, fen bilimleri araştırmaları ve farmosötik endüstrisinde önemli bir araç olarak karşımıza çıkar. Protein Analizinin Amaçları: Hastalıkların Kesin Tanısının

Detaylı

Dekontaminasyon. Manuel Dekontaminasyon. Temizlik. Bir nesnenin mikroorganizmalardan arındırılarak güvenli hale getirilmesi için yapılan işlemler

Dekontaminasyon. Manuel Dekontaminasyon. Temizlik. Bir nesnenin mikroorganizmalardan arındırılarak güvenli hale getirilmesi için yapılan işlemler Dekontaminasyon Manuel Dekontaminasyon Dr. Aydan Özkütük Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD Bir nesnenin mikroorganizmalardan arındırılarak güvenli hale getirilmesi

Detaylı

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü.

Rahim ağzı kanseri hücreleri doku kültürü mikroskopik görüntüsü. Doç.Dr.Engin DEVECİ HÜCRE KÜLTÜRÜ Hücre Kültürü Araştırma Laboratuvarı, çeşitli hücrelerin invitro kültürlerini yaparak araştırmacılara kanser, kök hücre, hücre mekaniği çalışmaları gibi konularda hücre

Detaylı

KONTAMİNASYONSUZ ÇALIŞMA KURALLARI

KONTAMİNASYONSUZ ÇALIŞMA KURALLARI GÜVENLİ VE ETKİN LABORATUVAR UYGULAMALARI 111-546 KONTAMİNASYONSUZ ÇALIŞMA KURALLARI Doç. Dr. Hilâl Özdağ STERİL ÇALIŞMAK Her ne kadar moleküler biyoloji laboratuvarlarındaki genel çalışmalar kesin sterilite

Detaylı

M47 MICROGEN STREP MICROGEN

M47 MICROGEN STREP MICROGEN M47 MICROGEN STREP MICROGEN Strep; kültür ortamından Streptococcus Lancefield gruplarının (A, B, C, D, F ve G) tespitini hızlı bir şekilde gerçekleştiren latex slide aglütasyon testidir. İnsanda enfeksiyona

Detaylı