TIP BİLİŞİMİNDE YENİLİKLER SEMPOZYUMU 25 MART 2017 HACETTEPE ÜNİVERSİTESİ KÜLTÜR MERKEZİ / ANKARA BİLDİRİ KİTABI

Transkript

1 TIP BİLİŞİMİNDE YENİLİKLER SEMPOZYUMU 25 MART 2017 HACETTEPE ÜNİVERSİTESİ KÜLTÜR MERKEZİ / ANKARA BİLDİRİ KİTABI

2 İçindekiler Pylşılmış Klinik Enformsyon Modellerinin BilMedicl HBYS Dinmik Form Mimrisi Üzerinde Uygulnmsı Çetin BAĞCI, Gürol AKSU, Gökhn GENÇER, Furkn BALUN, Tyfun ENÜNLÜ 4 Sğlık Veri seti Örneklerinin Homojenlik Anlizi Teknikleri ve Gözetimli Öğrenme ile Sınıflndırılmsı Niht Burk ZİHNİ, Keml TURHAN 5 Krr Ağcı ve Nive Byes ile Mlign Plevrl Mezotelyom Tnı Sistemi Niht Burk ZİHNİ, Keml TURHAN 6 Biyoenformtik Yklşımlrl Dokuy Özgü Yeni Trnskriptlerin Tnımlnmsı ve Anotsyonu Gökhn KARAKÜLAH 7 Web Destekli Eğitim Aln Biyoisttistik Lisnsüstü Öğrencilerinin E-öğrenme Süreçlerinin Değerlendirilmesi Aslı SUNER 8 SVM ile Tip 2 Diybet Krr Destek Sistemi İlknur BUÇAN KIRKBİR, Burçin KURT, Keml TURHAN 9 Koroner Bypss Ypıln Olgulrd Postopertif Dönemde Gelişen Atril Fibrilsyon Gelişme Riski İçin Krr Ağcı Yöntemi Kullnılrk Bir Thmin Modeli Önerisi Keml TURHAN, Neslihn BAKİ, Burçin KURT, Aşkın KILIÇ 10 Eksik Veri Tmmlmd Kümeleme ve Mksimum Olbilirlik Yklşımı Mummer ALBAYRAK, Keml TURHAN, Burçin KURT 11 Uygun Rdyolojik Tetkik İstemi İçin Hstne Bilgi Sistemine Entegre Otomtik Krr Destek Sistemi Tsrımı Cnsu GÜNDOĞAN, Oğuz DİCLE, Aykut SİFİL 12 Endometriozise Metstz Türevi Yklşım Ayşenur ÇELİK, Sultn Kevser YILDIRIM, Elif Tuğb ÇİFÇİ, Nurşh TUĞTEKİN, Gökçen Leyl ÖZDAMAR, Mihribn ÖZER, İrem ADANUR, Olivier UWISHEMA, Betül TUŞİRAY, Ezgi ÇINAR, Gülnihl GÜMÜŞ, Şeym DESTİCİ, Ayşenur ACAR, Uğur ÇOBANOĞLU, Gökhn ERDİL, Mustf Emre ERCİN 13 Difüzyon Tensör Görüntüleme ve TBSS: Metkognitif eğitimin beyz cevher trktlrın etkisinin değerlendirmesinde örnek kullnım Murt Alp ÖZTEK, Utku ŞENOL 14 Kişiselleştirilmiş Tıp Uygulmlrı ve Bir Örnek Serbülent Ünsl, Aybr Cn Acr, Mehmet İtİk, Ayşe Kbtş, Öznur Gedİklİ, Keml Turhn 15 Endometrium Knseri için Geliştirilen Web-tbnlı Nomogrmın Dış Geçerliliğinin Değerlendirilmesi Tyfun Toptş, Selen Bozkurt, Tyup Şimşek 16 TMS ile Kortikl Motor Hritlmd Orbiculris Oris Temsil Alnı Kdir GÖK, El Nz DÖĞER, Mehmet Berke GÖZTEPE, Hilmi UYSAL, Ömer ÖZKAN, Özlenen ÖZKAN, Utku ŞENOL, Ebru Apydın DOĞAN, Ebru BARÇIN, İnci BİLGE, H. Fez CARLAK, Övünç POLAT, Ömer Hlil ÇOLAK 17 Akut Apndisit Nedeniyle Opere Edilen Hstlrın Kümeleme Yöntemi ile Profillerinin Belirlenmesi Keml TURHAN, Tuğb KURT, Burçin KURT, İlknur BUÇAN KIRKBİR 18 Sğlık Bilgi Yönetim Sistemi Minimum Veri Modeli Filiz İŞLEYEN 19

3 Şizofreni Hstlrının Sosyl Aktivite Tkibi İçin Bir Mobil Uygulm Mhmut GÜLERCE, Keml Hkn GÜLKESEN, Buket CİNEMRE 20 HBYS VERİLERİNE İŞLERLİK KAZANDIRMALIYIZ Meryem GÖRAL YILDIZLI, Z. Nzn ALPARSLAN 21 Şizofreni Hstlrı Ne Tip Bilgisyr Oyunlrındn Hoşlnır? Keml Hkn GÜLKESEN, Filiz İŞLEYEN, Buket CİNEMRE, Mehmet Keml SAMUR, Nese ZAYİM, Semih ŞEN KAYA 22 Küçük Hücreli Dışı Akciğer Knseri için Cispltin Tbnlı İlç Direnci ile İlişkili Genlerin Yşm Anlizleri Burçin KURT, Ülkü ÜNSAL, Keml TURHAN 23 Akdeniz Çevresinde Biyomedikl Bilişimi Geliştirme Amçlı Bir AB Projesi; BIOMED Keml Hkn GÜLKESEN, Selen BOZKURT 24 Mezuniyet Sonrsı Sğlık Bilişimi Eğitimi: Mevcut Durum, Sorunlr Neşe Zyim, Hkn Gülkesen, Osmn Sk 25 POSTERLER Gen İfdesi Zmn Serileri Hizlm Algoritmlrının Krşılştırılmsı Semih ÖZGÜL, Gökhn KARAKÜLAH, Aslı SUNER 27 Bezier Eğrileri Kullnrk Deforme El Modeli İçin Bir Mkine Öğrenme Algoritmsının Geliştirilmesi Buket ŞİMŞEK, Ahmet YARDIMCI 28 Kblosuz Veri Trnsferi ile Yürüme Anlizi Sisteminin Geliştirilmesi Okn ORAL, Hüsmettin UYSAL, Sinem UYSAL, Ahmet YARDIMCI 29 Yrışn Risklerin Vrlığınd Sğklım Anlizi ve Sğlık Alnınd Bir Uygulm Nevruz İLHANLI, Selen BOZKURT, Mehmet YARDIMSEVER 30 Akdemik Yyın Veri Tbnlrındn Yrrlnm Sorunlrı Alirız Arıbş, Mustf Küçük, Oğuz Dicle 31 NeuroSky Beyin Dlgsı Sensörü Kullnılbilirlik Testi Hzl TAŞ, Uğur BİLGE 32 Sğlık Yönetiminde Sosyl Ağ Anlizi Yklşımı Ülkü ÜNSAL, Gökhn YILMAZ, Keml TURHAN 33 MEFV Gene Mutsyonunun Klinik Bulgulr ve Mkine Öğrenmesi Yoluyl Tespiti Ayşe Elvn AYDEMİR, Ayşenur KISAARSLAN, Zübeyde GÜNDÜZ 34 Fibromiylji Hstlığı Risk Fktörleri Tespiti: Retrospektif Çlışm Htice AKTAŞ, Zelih AYDIN KASAP 35 Belirleme ve Kntifiksyon Limiti Altınd Kln Dtlrın Değerlendirilmesi: Simulsyon Çlışmsı Mustf Agh Tekindl, Beyz Doğny Erdoğn, Ysemin Yvuz 36 Gen Vrysyonlrının Anlizinde Kullnıln Biyoinformtik Arçlrın Krşılştırılmsı Nesrin ÇELİK, Uğur BİLGE 37

4 Pylşılmış Klinik Enformsyon Modellerinin BilMedicl HBYS Dinmik Form Mimrisi Üzerinde Uygulnmsı Çetin BAĞCI, Gürol AKSU, Gökhn GENÇER, Furkn BALUN, Tyfun ENÜNLÜ Bilmed Bilgisyr ve Yzılım A.Ş, İstnbul Nüfusun yşlnmsıyl kronik hstlıklrdki hızlı rtışlr sğlık bkım hizmeti sunn frklı kurumlrın koordinsyonunu gerektiren yeni bkım modelleri ve bu modelleri destekleyecek yeni enformsyon teknolojilerinin geliştirilmesini gerektirmektedir. Sğlık bkımının sürekliliğinin desteklenmesi için elektronik hst kyıtlrının pylşılbilmesini sğlyck stndrtlr geliştirilmekte; sğlık enformsyon sistemlerinin birlikte çlışbilirliğini rttırck klinik enformsyon modelleri geliştirerek idme eden uluslrrsı girişimler kurulmktdır. TEYDEB 1511-SAĞLIK-2013-BE-11 çğrısı kpsmınd kbul edilen Ar-Ge projemizde geliştirilen teknolojiler ve sistemlerle openehr klinik modellerinin yüklenebilmesi, yerelleştirilebilmesi ve uygun SNOMED CT ve LOINC klinik terimlerinin bu modellerle ilişkilendirilebilmesi sğlnmıştır. Bu mçl, öncelikle EN ve HL7 CCD stndrtlrı ile uyumlu pylşılmış klinik modellerin yönetilmesini sğlyn bir Elektronik Sğlık Kyıtlrı Pltformu ile SNOMED CT ve LOINC gibi klinik terminolojilerinin yönetilmesini sğlyn bir Terminoloji Yönetim Sistemi geliştirilmiştir. Geliştirilen pltform üzerinde hzırlnn klinik modeller BilMedicl HBYS nin özgün dinmik form ypısın yüklenerek, ek kod yzmy gerek duyulmdn ypısl klinik veri giriş formlrı oluşturulmsı sğlnmıştır. Çlışmmızl, openehr topluluğu trfındn uluslrrsı lnd kullnılmsı mcıyl ADL 1.5 rketip modeliyle geliştirilmiş oln klinik modeller yerelleştirilmiş; BilMedicl HBYS üzerinde, kn bsıncı, nbız, vücut ğırlığı, problem/tnı, problemin durumu, beklenmeyen ilç reksiyonlrı ile kn glukozu düzeyi, HbA1c düzeyi ve kn lipid düzeyi testleri için klinik veri giriş formlrı oluşturulmuştur. Anhtr Kelimeler: Electronic Helth Records; Clinicl Informtion Modelling; Semntic Interoperbility; EN 13606, HL7 CCD; openehr; HL7 FIHR 4 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

5 Sğlık Veri seti Örneklerinin Homojenlik Anlizi Teknikleri ve Gözetimli Öğrenme ile Sınıflndırılmsı Niht Burk ZİHNİ, Keml TURHAN b Sğlık Hizmetleri MYO, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon b Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon Sğlık olrk genelleyebileceğimiz tıp, biyoloji, genetik vb. lnlrd ypıln rştırmlrd elde edilen verilerdeki temel sıkıntı birbirinden frklı tipteki değişkenlerin (nominl, ktegorik, syısl) içeren çok boyutlu düzende elde edilmeleri ve elde edilen her değişkenin doğrusl düzene uymmsıdır. Bu çlışmnın mcı çık kynk kodlu R yzılımı için üretilen homls pketinin içerisinde brındırdığı çeşitli homojenlik nlizi tekniklerini kullnrk, uci veritbnındn elde edilen veri setlerinde yüksek sınıflm bşrısı elde etmektir. Homls pketinin geliştiriciler oln Jn de Leeuw ve Ptrick Mir, pketin tnıtımı ve kullnımı hkkınd bir mkle yzmıştır. Bhsi geçen bu mklede gözetimli öğrenme konusund çok temel bir veriseti oln iris veri setinin homls pketi ile %100 ornınd doğru sınıflndığı görülmüştür. Aynı bşrının sğlık lnındki veri setlerinde de elde edilip edilemeyeceğini orty çıkrm mcıyl yine uci sitesinde yer ln çeşitli veri setleri ile birlikte ILPD ve Mice Protein Expression veri setleri üzerinde homls pketini kullnrk sınıflm ypılmıştır. Litertürde ypmış olduğumuz trmlr sonucund şimdiye dek sdece %62.59 (Köklü ve rk.) ve %80,37 (Gupt, A) bşrı ile sınıflnbilen blone ve glss veri setlerini bu çlışmd kullndığımız homls pketi ile sırsıyl %99.3 ve %100 ornınd bşrı ile sınıfldığı görülmüştür. Sğlık verisetleriyle de benzer bşrı (ILPD veriseti için %99,309 litertürdeki en yüksek bşrı %99,324 tür ve Mice Protein Expression veriseti içinde litertürle ynı oln %100 lük bşrı) elde edilmiştir. Anhtr Kelimeler: Homojenlik nlizi, homls() pketi, R yzılımı, mkine öğrenmesi, gözetimli öğrenme Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 5

6 Krr Ağcı ve Nive Byes ile Mlign Plevrl Mezotelyom Tnı Sistemi Zelih AYDIN KASAP, Burçin KURT, Keml TURHAN Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon Mezotelyom hstlığı, sık görülmeyen ve günümüzde stndrt bir tedvisi olmyn kciğer zrıyl(plevr) krın zrı knserine verilen isimdir. Hlk rsınd, genellikle k toprk, çork toprk, gök toprk, çelpek vey ceren toprğı gibi isimlerle bilinen sbest ile erionit denilen mddelere uzun yıllr mruz klmış oln kişilerde orty çıkmktdır. Ülkemizde özellikle İç Andolu Bölgesinde k toprk olrk bilinen ve içerisinde erionit bulunn mddenin evlerin içinin bdnsınd kullnılmsı sonucu çok syıd mezotelyom hstsı orty çıkmıştır. Ypıln çlışmd, uluslrrsı çık kynklı UCI (UC Irvine Mchine Lerning Repository) veritbnındki mlign plevrl mezotelyom tnısı ln ve lmyn(sğlıklı) 324 hsty it 33 özellik kullnılmıştır. Bu veriler üzerinde krr ğcı ve Nive Byes yöntemleri kullnılrk mlign plevrl mezotelyom teşhisi için R progrmı ile otomtik bir krr destek sistemi geliştirilmiştir. Veri setindeki 324 kyıttn 228 tnesi sğlıklı, 96 tnesi ise hst olrk belirtilmiştir. Bun göre, Nive Byes lgoritmsı ile geliştirilen modelin duyrlılığı %92, özgüllüğü %98, doğruluk değeri %97.08 ve AUC (ROC eğrisinin ltınd kln ln) değeri ise olrk elde edilmiştir. Krr ğcı yöntemi ile geliştirilen modelin duyrlılık, özgüllük ve doğruluk değerleri ise %100 olup Nive Byes lgoritmsın göre dh bşrılı bir sınıflm modeli olrk elde edilmiştir. Böylece ypıln çlışmd, krr ğcı yöntemi ile oldukç bşrılı bir mlign plevrl mezotelyom tnı sistemi geliştirilmiştir. Anhtr Kelimeler: Mlign Plevrl Mezotelyom; Krr Ağcı; Nive Byes; Tnı Sistemi 6 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

7 Biyoenformtik Yklşımlrl Dokuy Özgü Yeni Trnskriptlerin Tnımlnmsı ve Anotsyonu Gökhn KARAKÜLAH İzmir Uluslrrsı Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Biyoenformtik yklşımlrl RNA dizileme kütüphnelerinden dokuy özgü yeni trnskriptlerin tnımlnmsı ve notsyonu, hücrelerin trnskriptom içeriği ve dinmiklerine ilişkin bilgilerimizi yeniden şekillendirmektedir. Burd, doku y d tek bir hücreye özgü, dh önceden tnımlnmmış trnskriptlerin de novo trnskriptom birleştirme teknikleri ile belirlenmesi ve bunlrın eş ifde temelli yöntemlerle notsyonund kullnıln enformtik yklşımlrın, özelleşmiş bir sinir hücresi oln fotoreseptörlerin gelişim modeli üzerinden trtışılmsı mçlnmıştır. Gelişmekte oln fre retinsındn, postntl (P)2, P4, P6, P10, P14 ve P28 günlerinde elde edilen fotoreseptör RNA dizileme kütüphnelerine, referns genom rcılıklı de novo trnskriptom birleştirme tekniği uygulnmış ve dh önce notsyonu ypılmmış 1037 uzun kodlnmyn ve 243 ntisens RNA dizisi tnımlnmıştır. Bun ek olrk kuruln eş ifde ğlrı ile yeni tnımlnn trnskriptlerin, gelişim süreci içerisindeki rolleri thminlenmiştir. Genel kullnım çık veri bnklrındn elde edilen dizileme verilerinin bir ry getirilmesiyle dokuy özgü ifde örüntüsüne ship oln trnskriptler belirlenmiş ve bunlrın yklşık %25 lik kısmının görsel lgı gen ontolojisi terimi ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Fotoreseptör RNA dizileme kütüphneleri üzerine uygulnn çok bileşenli biyoenformtik yklşımdn elde edilen bulgulr, retinl gelişim sürecinde rol oynyn ve notsyonu ypılmmış kodlnmyn RNA lrın vrlığını orty koymktdır. Çlışmd sunuln yklşımın, benzer RNA dizileme kütüphnelerindeki dokuy özgü yeni trnskriptlerin tnımlnmsı ve bunlrın biyolojik rollerinin ydınltılmsı için genel bir çerçeve oluşturbileceği düşünülmektedir. Anhtr Kelimeler: Biyoenformtik; RNA dizileme; Trnskript birleştirme; Trnskript notsyonu; Retin Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 7

8 Web Destekli Eğitim Aln Biyoisttistik Lisnsüstü Öğrencilerinin E-öğrenme Süreçlerinin Değerlendirilmesi Aslı SUNER Biyoisttistik ve Tıbbi Bilişim Anbilim Dlı, Tıp Fkültesi, Ege Üniversitesi, İzmir Son yıllrd web teknolojilerindeki gelişime prlel olrk e-öğrenme sistemlerinin kullnımı giderek yygınlşmkt ve web destekli bir eğitim sistemi olrk Moodle, frklı lnlrdki derslerin işlenişinde tercih edilmektedir. Öğrencilerin e-öğrenme sistemlerine ilişkin görüşleri ve memnuniyetleri, derslerin içeriklerinin oluşturulmsı ve plnlnmsınd büyük önem tşımktdır. Bu çlışmd Ege Üniversitesi Tıp Fkültesi Biyoisttistik ve Tıbbi Bilişim Anbilim Dlı nd yürütülen biyoisttistik lisnsüstü eğitim progrmı kpsmınd, Moodle ortmınd işlenen derslere ilişkin öğrencilerin görüşlerinin değerlendirilmesi, düşüncelerinin ve memnuniyetlerinin incelenmesi mçlnmıştır. Çlışmd ve öğretim yıllrınd e-öğrenme yöntemi ile yürütülen yüksek lisns derslerini bşrı ile tmmlmış, yşlrı 26,25 ± 3,05 rlığınd değişen 9 öğrenci yer lmktdır. Öğrencilerin e-öğrenme sisteminde Moodle kullnımın ilişkin özelliklerini değerlendirmek mcıyl, beşli likert tipinde hzırlnmış, geçerliliği ve güvenilirliği dh önceden çlışılmış oln 26 soruluk e-öğrenme sürecine ilişkin hzır bulunuşluk ve beklenti ölçeği ile 29 soruluk e-öğrenme sürecine ilişkin memnuniyet ölçeği kullnılmıştır. Bunun ynı sır, sistemin değerlendirilmesi mcıyl hzırlnn 10 soruluk nket formu yrdımıyl öğrencilerin kişisel özellikleri elde edilmiştir. Öğrencilerin ynıtlrı ve ölçeklerdeki fktör punlrı için tnımlyıcı isttistikler hesplnmış; her fktörün hm punlrı, stndrt punlr dönüştürülmüş ve gruplndırılmıştır. Sonuç olrk, öğrencilerin işlenen dersleri Moodle ortmı ile öğrenim görmeye uygun bulduğu; özellikle ders içeriklerinin pylşımı, kynklr ve ödevlere koly ulşılbilirlik, görsellik, kendilerini ve rkdşlrını değerlendirebilme çısındn dersin web tbnlı işlenmesinden memnun olduğu görülmüştür. Bulgulr değerlendirildiğinde Moodle ile işlenen derslerde web destekli eğitimin bşrılı olduğu düşünülebilir. Anhtr Kelimeler: Moodle; E-öğrenme; Web Destekli Eğitim 8 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

9 SVM ile Tip 2 Diybet Krr Destek Sistemi İlknur BUÇAN KIRKBİR, Burçin KURT, Keml TURHAN Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon Tip 2 diybetin temelinde genetik olrk ytkın kişilerde yşm trzı ile tetiklenen insülin direnci ve zmnl zln insülin sekresyon zlmsı söz konusudur. Tüm dünyd tnı konuln diybet vklrının %90 dn fzlsını tip 2 diybet oluşturmktdır. Tip 2 diybetlilerin ykınmlrı tip 1 diybetlilere benzemekle birlikte dh hfif olduğundn hstlık gerçek bşlngıcındn yıllr sonr (ortlm 5 yıl sonr) frk edilir, htt bzen kompliksyonlr geliştikten sonr tnı konbilir. Gelişmiş ülkelerde toplumun %5-10 u tip 2 diybetlidir.. Bu nedenle ypıln çlışmd, hstlığ ilişkin prmetreler mkine öğrenmesi yöntemleri kullnılrk tip 2 diybet otomtik tnı sistemi geliştirilmiştir. Bu mçl çlışmd, UCI UC Irvine Mchine Lerning Repository) veri tbnındki Pim Indins Dibetes veri seti ve R progrmlm dili kullnılmıştır. Veri setine it 8 özellik kullnılrk krr ğcı, SVM, YSA ve nive Byes yöntemleri kullnılrk 4 frklı model geliştirilmiştir. Bunlrın rsınd, SVM liner kernel modeli en bşrılı sonucu vermiştir. Dh sonr 8 prmetreye it korelsyon mtrisi çıkrtılrk belli bir eşik değeri (>=0.6) üzerindeki 6 özellik kullnılrk tnı modelleri tekrr geliştirilmiş ve dh bşrılı sonuçlr elde edilmiştir. Sonuç olrk çıkrıln 6 prmetre kullnılrk SVM liner kernel modeliyle %71 duyrlılık ve %76.3 özgüllük değerlerine ship, litertür çlışmlrın göre bşrılı bir tip 2 diybet krr destek sistemi geliştirilmiştir. Anhtr Kelimeler: Tip 2 Diybet; Krr Destek Sistemi; SVM Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 9

10 Koroner Bypss Ypıln Olgulrd Postopertif Dönemde Gelişen Atril Fibrilsyon Gelişme Riski İçin Krr Ağcı Yöntemi Kullnılrk Bir Thmin Modeli Önerisi Keml TURHAN, Neslihn BAKİ, Burçin KURT, Aşkın KILIÇ b Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon b Özel Krdeniz Mediklprk Hstnesi, Trbzon Giriş: Bu çlışmd, Koroner Arter Bypss Greft (KABG) sonrsınd orty çıkn tril fibrilsyonun (AF) preopertif ve postopertif ön belirleyicileri retrospektif olrk incelenerek, bir thmin modeli oluşturulmsı hedeflenmiştir. Model ile AF olsılığı yüksek bulunn hstlr, preopertif dönemden itibren önleyici tedbirlerin lınmsı konusund ktkı sğlnbileceği orty konulmuştur. Metod ve bulgulr: Çlışmy Ock 2015 ile Hzirn 2016 trihleri rsınd KABG uygulnmış 238 hst dhil edilmiştir. Postopertif AF gelişen ve gelişmeyen hstlr bir çok risk fktörü çısındn retrospektif olrk incelenmiş ve rştırmd kullndığımız yönteme ktkısı oln EKG de p dlgsınd uzm, medistenel drenj, üre, kretin, yş, potsyum, pht değişkenleri nlmlı bulunmuştur. Bu çlışmd veri mdenciliği yöntemlerinden krr ğçlrı öğrenme lgoritmlrındn Boosted tree sınıflndırm lgoritmsı kullnılrk model geliştirilmiştir. Boosted tree yklşımı; önceki ğçlrın hepsini kullnrk hesplnn model-gerçek durum frklrın dylı bsit regresyon ğçlrının ğırlıklı ktkı ile ğçlrın genişleme durumunu hesplmktdır. İsteğe bğlı eklenebilen her bir ğç, bğımsız lt örneklem üzerinden hesplnrk öğrenme verimli bir şekilde rttırılır. Mksimum ğç syısı modelin thmin gücüne ktkı sğlyn optimum seviyede kesilmiş olur. Çlışmd mksimum ğç syısı 200 olrk belirlenmiş, 27 ğç modelde klmıştır. Sonuç: Boosted tree sınıflndırm yöntemiyle 200 krr ğcı geliştirilmiştir ve bunlrın optimum oln 27 si seçilmiştir. Geliştirilen thmin modelinde, 238 hstnın 154 ü eğitim, 84 ü ise test için kullnılmıştır. Test setini 27 ğcın oylmsı sonucu %88 duyrlılık ve %84 seçicilik ile bşrılı bir thmin modeli geliştirilmiştir. Anhtr Kelimeler: Krr Ağcı Algoritmlrı; Koroner Arter Bypss Greft(KABG); Risk Fktörleri 10 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

11 Eksik Veri Tmmlmd Kümeleme ve Mksimum Olbilirlik Yklşımı Mummer ALBAYRAK, Keml TURHAN b, Burçin KURT b Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon b Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon Eksik veri sğlık lnındki verilerde çeşitli nedenlerden dolyı sıklıkl krşılşıln, veri nlizi ve krr verme süreçlerini olumsuz etkileyen bir veri mdenciliği problemidir. Eksik veri tmmlm probleminde yöntemin bşrısı, verinin krkteristiği ve eksik verinin tipi gibi birçok fktörden etkilendiğinden hlen önemli bir rştırm konusudur. Bu çlışmd, eksik veri problemine yönelik kümeleme ve mksimum olbilirlik (MO) tbnlı bir yklşım önerilmiştir. Önerilen yöntemde, UCI uluslrrsı çık kynklı veritbnındki Dicle Üniversitesi Tıp Fkültesi trfındn hzırlnn Mezotelyom (Mesotheliom) veri seti kullnılmış ve ilk olrk tmmen rsgele olrk kyıp (Missing completely t rndom;mcar), rsgele olrk kyıp (Missing t rndom;mar) ve rsgele olmyn kyıp (Missing not t rndom; MNAR) eksik veri örüntülerine uygun yeni veri setleri oluşturulmuştur. İkinci dımd, bu yeni veri setleri MO yönteminin hesplm bşrısını rtırmk mcıyl eksik veri bulunn 3 özelliğin dâhil edilmediği bir k-mens kümeleme işlemine tbi tutulrk 10 kümeye yrılmıştır. Son dımd, eksik verili özelliklerin tekrr eklendiği bu kümeler için MLE yöntemi ile eksik veriler tmmlnmış ve kümeler birleştirilerek tm veri seti elde edilmiştir. Üç dımd (veri eksiltme, kümeleme ve veri tmmlm) tmmlnn işlemler sonucund elde edilen yeni veri setleri orijinl veri seti ile ht kreler ortlmsının krekökü (Root men squre Error;RMSE) kriterine göre krşılştırılmış ve ortlm %96,5 bşrı elde edilmiştir. Anhtr Kelimeler: Eksik veri; Kümeleme; MLE, KMO yklşımı Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 11

12 Uygun Rdyolojik Tetkik İstemi İçin Hstne Bilgi Sistemine Entegre Otomtik Krr Destek Sistemi Tsrımı Cnsu GÜNDOĞAN, Oğuz DİCLE b, Aykut SİFİL c Medikl İnformtik AD, Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir b Rdyoloji AD, Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir c Nefroloji AD, Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Giriş-Amç: Son yıllrd knıt dylı tıp perspektifinin geliştirilmiş olmsı ve rtn inceleme seçeneklerinden en uygun olnın krr vermede oluşturulmy bşlnn rehberler, uygunsuz rdyolojik inceleme seçimleri, kynklrın isrfı ve hsty verilen zrrlr gibi olumsuzluklrı gidermeyi mçlmktdır. Bu çlışmnın mcı, rdyolojik bir tetkik istemi ypılırken, klinisyenin Hstne Bilgi Yönetim Sistemi (HBYS) ile uyumlu çlışn bir Klinik Krr Destek Sistemi nden (KKDS) yrrlnmsının, olnklı olup olmdığını göstermektir. Yöntem: Bu mc yönelik olrk uygun bir ln seçilmiş, seçilen lndn 5 olsı klinik senryo belirlenerek, bir nefroloğun, en uygun görüntüleme cihzını seçmesinde, veri tbnı üzerindeki klinik ve lbortuvr verilerinden çıkrsm ypn bir kurl tbnı oluşturulrk, Americn College of Rdiology (ACR) kriterlerine yönlendiren bir krr destek yzılımı tsrlnmış ve bu yzılımın bir HBYS ile entegresi sğlndıktn sonr kullnıcı değerlerlendirmeleri dikkte lınrk hipotezimiz test edilmiştir. Yzılım, Tod for Orcle rcı ile Dokuz Eylül Üniversitesi Hstnesi veri tbnın bğlnılrk, Microsoft Visul Studio 2015 ortmınd C# progrmlm dilinde geliştirilmiştir. Bulgulr: Arştırmdn elde edilen bulgulr Oluşturuln KKDS yi Kullnn Klinisyenlerin Tnımlyıcı Özellikleri, KKDS nin Oluşm Aşmlrı, KKDS ye Ait Aryüz Görüntüleri ve Klinisyenlere Uygulnn Memnuniyet Anketi ve Sistem Kullnılbilirlik Ölçeği dı ltınd sınıflndırılıp, incelenmiştir. Bu sunumd tsrım it erken bulgulrın sunulmsı mçlnmıştır. Sonuç: Rdyolojik tetkik istemi uygunluğun yönelik olrk oluşturuln KKDS ler z syıddır. Bu çlışm, uygun tetkik istemine yönelik olup, HBYS ile entegre edilmiş bir krr destek sistemidir. Bu yzılımın gelecekte dh fzl ln uygulnbilirliği ve etkin olrk kullnılnılbilirliği sğlnılbilir. Anhtr Kelimeler: Elektronik Hst Kydı; Krr Destek Sistemi; Rdyolojik Tetkik İstemi Uygunluğu 12 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

13 Endometriozise Metstz Türevi Yklşım Ayşenur ÇELİK, Sultn Kevser YILDIRIM, Elif Tuğb ÇİFÇİ, Nurşh TUĞTEKİN, Gökçen Leyl ÖZDAMAR, Mihribn ÖZER, İrem Adnur, Olivier UWISHEMA, Betül TUŞİRAY, Ezgi ÇINAR, Gülnihl GÜMÜŞ, Şeym DESTİCİ, Ayşenur ACAR, Uğur ÇOBANOĞLU, Gökhn ERDİL b, Mustf Emre ERCİN c Tıp Fkültesi, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon b Kdın Hstlıklrı ve Doğum AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon c Tıbbi Ptoloji AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon Endometriozis, endometrium dokusunun uterus hricinde görülmesiyle krkterize oln idioptik bir hstlıktır verilerine göre her 10 kdındn 1 inde görülen endometriozis, sıklıkl yş rlığındki kdınlrı etkilemekle birlikte bu hstlığ ndir olrk det öncesi, menopoz sonrsı hstlrd ve htt erkeklerde rstlmk mümkündür. Çoğunlukl iyi huylu olrk tnımlnn bu hstlık tipik durumd endometril krsinom dönüşebilmekte ve ölümcül olbilmektedir. Östrojen hormonuyl d ilişkisi oln bu hstlığın oluşumunu tek bşın ydınltmyn birçok teori bulunmkl birlikte en çok kbul gören Retrogrd Teori bile pelvis hrici dokulrdki endometriozisi çıklmkt yetersiz klmktdır. Teorilerin bu eksikliklerinin ışığınd hstlığın oluşumuyl metstz yolklrı rsındki benzerlikler, gen ekspresyonlrı incelenerek, çıklnmy çlışıldı. Ntionl Cncer Institute (NCI) veritbnındn, bu bkış çısıyl, hngi genlerin ekspresyonlrınd değişikliklerin olduğu, norml ve endometriozisli bireylere it verisetleri R progrmı kullnılrk biyoinformtik nliz ile krşılştırılrk incelendi. Arştırmlr sonucund endometriozisli hstlrd krsinogenez sürecindeki intrvzsyon, immün sistemden kçış, ekstrvzsyon, prolifersyon, njiyogenez gibi yolklrl ilişkili olbilecek genlerin ekspresyonlrınd nlmlı frklılıklr görüldü. Endometriozis oluşumund metstz benzeri bir yol kullnılbileceği ve bu oluşumun preknseröz olbileceği sonucun vrıldı. Preknseröz endometriozisin endometriyl knser rştırmlrın yeni bir boyut kzndırrk, ntiknser ilç üretiminde yol gösterici olmsı hedeflenmektedir. Anck bunun için endometriozisi etkileyen diğer hormonl ve çevresel fktörler de göz önüne lınrk, ileride ypılck kpsmlı çlışmlr gereksinim duyulmktdır. Anhtr Kelimeler: Endometriozis; Metstz; Krsinogenez Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 13

14 Difüzyon Tensör Görüntüleme ve TBSS: Metkognitif eğitimin beyz cevher trktlrın etkisinin değerlendirmesinde örnek kullnım Murt Alp ÖZTEK, Utku ŞENOL Rdyoloji Annbilim Dlı, Akdeniz Üniversitesi, Antly Difüzyon tensör görüntüleme (DTI), beyindeki beyz cevher trktlrının vizulize edilmesini mümkün kıln, difüzyon ğırlıklı görüntüleme temelli bir ileri MRG uygulmsıdır. Bu yöntemle çok syıd yönde elde edilen difüzyon ğırlıklı görüntülerden hreketle her bir voksel için difüzyon tensörleri hesplnır ve bu tensörler kullnılrk beyz cevher trktlrı orty konur. Biz, bu çlışmmızd, metkognitif eğitimin beyz cevher orgnizsyonun etkisini trktogrfi ile değerlendirmeyi mçldığımız bir çlışmmızdn hreketle DAG lerden DTI görüntülerinin elde edilmesini, DTI için kullnıln yzılım ile yöntemleri ve özellikle bu yöntemlerden TBSS i gözden geçirmeyi mçldık. Trktlrının orty konmsı için FSL, FreeSurfer gibi çık kynk kodlu çeşitli yzılımlr ile stremline ve probbilistik trktogrfi gibi değişik yöntemler kullnılmktdır. Stremline trktogrfide difüzyön tensörünün mjör ksının liflerin oryntsyonunu ynsıttığı vrsyılrk tensörlerin bu doğrultud birleştirilmesi ile trktlr oluşturulur. Probbilistik trktogrfide ise her vokselde tensörün yönü dışınd diğer oryntsyonlrın d voksel içinde bulunm olsılığını ynsıtn bir dğılım belirlenir. TBSS, FSL pket progrmının DTI nlizi için kullnıln komponenti olup probbilistik trktogrfi prensibi ile çlışır, nck verimliliğini rttırmk için bzı modifiksyonlr mevcuttur. DTI, beyz cevherin ntomisini incelemeyi mümkün kıln, bzı beyz cevher ptolojilerini konvnsiyonel görüntülerden erken gösterebildiği orty konmuş, prognostik veriler sunbilen bir ileri görüntüleme yöntemidir. Yöntemin teknik detylrının bilinmesi, klinik kullnımının yygınlşmsı olsı bu tetkikin uygulnmsı şmsındki sıkıntılrı zltcktır. Anhtr Kelimeler: Tıp Bilişimi; Tıbbi Görüntü Anlizi; Difüzyon Tensör Görüntüleme; FSL; TBSS 14 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

15 Kişiselleştirilmiş Tıp Uygulmlrı ve Bir Örnek Serbülent Ünsl,b, Aybr Cn Acr b, Mehmet İtik, Ayşe Kbtş, Öznur Gedikli, Keml Turhn Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon b Enformtik Enstitüsü, Ortdoğu Teknik Üniversitesi, Ankr Klp krizinden sonr ölüm sebeplerinde ikinci sıryı ln knser modern çğın en önemli problemlerinden biridir. Bun rğmen knser hstlrının sdece %25 nin ldığı tedvi beklenen etkiyi göstermektedir. Bu drmtik tblo kişiselleştirilmiş tıp uygulmlrının önemini orty koymktdır. Bu çlışm kpsmınd kişiselleştirilmiş tıp konusund son çlışmlrdn fydlnılrk genel bir bkış orty konulmuş ve geliştirdiğimiz kişiselleştirilebilir in-silico tümör modeli nltılmıştır. Çlışmd öncelikle idel in-silico tümör modeli trif edilmiş ve kuruln modelin teorik ltypısı nltılmıştır. Sonrsınd modelin hngi yöntemlerle kişiselleştirilebileceği üzerinde durulmuş ve bu konudki çlışmlr nltılmıştır. Son olrk modelin nsıl doğrulndığı konusundki bulgulr irdelenmiş ve elde edilen sonuçlr grfik ve resimler ile sunulmuştur. Bu çlışm ile, kişiselleştirilmiş tıp uygulmlrınd somut bir örnek orty koyrk, konu ile ilgilenen rştırmcılr bir yol çmyı hedefledik. Anhtr Kelimeler: Knser; Kişiselleştirilmiş Tıp; Tümör Modelleme Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 15

16 Endometrium Knseri için Geliştirilen Web-tbnlı Nomogrmın Dış Geçerliliğinin Değerlendirilmesi Tyfun Toptş, Selen Bozkurt b, Tyup Şimşek c Jinekolojik Onkoloji Cerrhisi Kliniği, Antly Eğitim ve Arştırm Hstnesi, Antly b Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly c Jinekolojik Onkoloji Cerrhisi Bilim Dlı, Akdeniz Üniversitesi, Antly Giriş Nomogrmlr belirli bir sonuç değişkenine it olsılıklrın hesplnmsını sğlyn öngörü modelleridir ve her bir prmetrenin grfiksel olrk sunulmsının ynı sır hsty özel öngörü sğlmlrı çısındn kullnışlı bulunmktdırlr. Günümüzde birçok nomogrmın webtbnlı versiyonu bulunmkt ve kullnımı koly grfik r yüzlerin klinik uygulmd kullnımı kolylştırcğı düşünülmektedir. Nomogrmlrın rutin uygulmd kullnılbilmeleri için güvenilirlik ve geçerliliklerinin rştırılmış olmsı gerekmektedir. Benzer şekilde nomogrmlr it dış geçerlilik çlışmlrı d bu öngörü modellerinin klinik uygulmd kullnımın ktkı sğlmktdır. Bu çlışmd, Memoril Slon Kettering Cncer Center trfındn endometrium knserli kdınlrın sğklım ornlrını thminlemek mcıyl geliştirilen ve web tbnlı olrk sunuln bir nomogrmın, geliştirilme şmsınd kullnılnın kohortun dışınd bğımsız bir hst grubund dış geçerliliğinin değerlendirilmesi mçlnmıştır. Metot Çlışmy trihleri rsınd, yşlrı 24 ile 82 rsınd değişen 234 endometriod tipte endometrium knseri hstsı dâhil edilmiştir. Nomogrm doğruluk ornı concordnce indeksi (CI) ile değerlendirilmiştir. Bulgulr Ortlm sğklım süresi 122 y (stndrt ht=3.05) ve üç yıllık genel sğklım ornı 0.93, 5 yıllık genel sğklım ornı ise 0.88 oln kohort için nomogrm concordnce indeksi 0.77 (stndrt ht=0.03, %95 GA= ) olrk bulunmuştur. Bu değer, gerçek sğklım ve thminlenen sğklım değerleri rsınd benzerlik olduğunu ve geliştirilmiş oln nomogrmın frklı bir kohort d uygun olduğunu göstermiştir. Sonuç Bu çlışm endometrium knseri için geliştirilen nomogrmın klinik kullnılbilirliğini desteklemektedir. Anhtr Kelimeler: Endometrium Knseri, Web-tbnlı Nomogrm, Dış Geçerlilik 16 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

17 TMS ile Kortikl Motor Hritlmd Orbiculris Oris Temsil Alnı Kdir GÖK, El Nz DÖĞER, Mehmet Berke GÖZTEPE b, Hilmi UYSAL c, Ömer ÖZKAN d, Özlenen ÖZKAN d, Utku ŞENOL e, Ebru Apydın DOĞAN c, Ebru BARÇIN c, İnci BİLGE, H. Fez CARLAK, Övünç POLAT, Ömer Hlil ÇOLAK Elektrik-Elektronik Mühendisliği AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly b Tıp Fkültesi, Akdeniz Üniversitesi, Antly c Nöroloji AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly d Plstik ve Rekonstrüktif Cerrhi AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly e Rdyoloji (Rdyodignostik) AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly Trnskrniyl Mnyetik Stimülsyon (TMS), noninvzif bir yöntem olup, motor korteksin vey motor yollrın uyrımı ile elde edilen elektrofizyolojik ynıt değerlendirilmesine dynır. Motor kortekste yüz ve elin temsili özellik göstermekte ve bireysel frklılıklr izlem çlışmlrınd sorun olbilmektedir. Dolyısıyl bu çlışmd kortikl yüz orbiculris oris (O.oris) temsilinin MEP hritsının özelliklerinin bireysel frklılıklrını incelemek mçlnmıştır. Çlışmmızd sğlıklı grupt, motor homunculus göz önüne lınrk 10/10 luk sistemle belirlenen yüz ile noktlr TMS uygulnmıştır. Yüzey elektromiyogrfi elektrotu tkıln O.oris ksının elektrofizyolojik ynıt değerlerinin nlizi sonucu yüz O.Oris temsil kortikl hritlmsı oluşturulmuştur. Mnyetik uyrım prosedürüne göre O.oris ksının %15-20 ornlı sbit dudk ksm hreketi(ıslık) için beslng çubuğu kullnılmıştır. Yüz O.Oris temsil hritlmsı esnsınd eş zmnlı el temsil durumunu gözlemek için ksın elektromiyogrfi elektrotu yerleştirilmiş olup uyrım sürecinde hreketsiz olmsı sğlnmıştır. 10kHz de örneklenen hm elektromiyogrfi verileri filtrelendikten sonr zmn lnınd özelleştirilmiş öznitelik çıkrım nlizi uygulnmıştır. Motor potnsiyellerinin konumu, mplitüdü ve ltns değerleri geliştirilen lgoritm ile tespit edilmiştir. Sonuçlr dhilinde kortikl hritlm oluşturulmuştur. Sğ yüz O.Oris temsil hritsı incelendiğinde, sğlıklı grup sıck noktsı F5 bulunmuştur. Sıck noktnın motor potnsiyel değeri 2.83(±1.81)mV ve sinir iletim süresi 4.95(±0.05)ms elde edilmiştir. Elde edilen verilerin nliz sonuçlrı renklendirilerek dğılım lnı hritd detylı sunulmuştur. Yüz O.Oris temsil bölgesinin lterl bölgeye dğıldığı gözlemlenmiştir. El temsilinin ise yüz O.Oris temsili ile birkç noktd kesiştiği tespit edilmiştir. Bu çlışm TUBİTAK trfındn 215E012 nolu proje kpsmınd desteklenmektedir. Anhtr Kelimeler: Trnskrniyl Mnyetik Stimülsyon (TMS); Motor Uyrılmış Potnsiyel (MEP); Sinyl Anliz; Korteks Hritlm Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 17

18 Akut Apndisit Nedeniyle Opere Edilen Hstlrın Kümeleme Yöntemi ile Profillerinin Belirlenmesi Keml TURHAN, Tuğb KURT, Burçin KURT, İlknur BUÇAN KIRKBİR Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon Akut pndisit, cil bdominl cerrhinin en sık nedenidir. Akut pndisitin erken tnısınd hstlrın çoğund gösterge olbilecek bir belirtecin olmmsı kompliksyonlrı rttırmktdır. Günümüzde Lökosit syımı ve CRP en yygın kullnıln lbortuvr testleridir. Bu çlışmmızd, geliştirilmesi düşünülen krr destek sisteminin etkinliği için pndisit tnısı ln hstlrın profillerinin çıkrılmsı mçlnmıştır. Çlışmy, 2010 ile 2016 trihleri rsınd KTÜ Frbi Hstnesi Acil Polikliniğine krın ğrısı ile bşvurn ve kut pndisit tnısı ile opere edilen 75 hst dhil edildi. Tüm hstlrın cinsiyet, krın ğrısı, yş prmetreleri ve Lökosit, Trombosit, Lenfosit, Nötrofil ve C-rektif protein (CRP) değerleri belirlendi. Bşlngıçt küme syısı 10 olrk seçildi. Örneklem syısın göre küme syısının fzl olmsı sonucu nlmlı profiller elde edilemedi. Değişik küme syılrının denenmesi sonucu idel küme syısı 4 olrk tespit edildi. Hstlrın %16 sı 1. kümede, %45 i 2. kümede, %31 i 3. kümede ve %8 i 4. kümede gruplnmıştır. 60 yş üstü hstlrd CRP seviyesinin yüksek, Lökosit syımının düşük olduğu görülmüştür. Yş ortlmsı 26 ile 30 rsınd değişen hstlrd ise Lökosit in yüksek, CRP nin düşük seyrettiği gözlenmiştir. Ypıln bu çlışm, hekim görüşleri ile birlikte değerlendirilerek krr destek sistemi için belirlenecek oln örneklem syısının nicel ve nitel olrk nsıl genişletileceği belirlenebilecektir. Anhtr Kelimeler: Akut Apndisit; Uzmn Sistemler; K-Ortlm; Kümeleme 18 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

19 Sğlık Bilgi Yönetim Sistemi Minimum Veri Modeli Filiz İŞLEYEN T.C. Sğlık Bknlığı Sğlık Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü, Ankr Sğlık tesislerinde kullnıln Sğlık Bilgi Yönetim Sistemi (SBYS) değişikliklerinde, yeni çlışck SBYS firmsının, bir önceki SBYS firmsındn ilgili sğlık tesisinde üretilen verileri kendi sistemine ktrmsı gerekmektedir. Veri ktrımının kıs zmnd doğru olrk ypılmsı sğlık verilerinin güvenilirliği ve hstlrın sğlık tesisinde bulunn geçmiş kyıtlrın erişiminde oldukç önemlidir. Veri ktrımınd SBYS lerin frklı veritbnı mimrisine ship olmlrı sebebiyle, veri kyıplrı olbilmekte vey ktrım işlemi günlerce sürebilmektedir. Bu sorunu çözebilmek için SBYS Minimum Veri Modeli (VEM) geliştirilmiştir. VEM, bir sğlık tesisinde üretilen veriler rsınd sklnmsı gerekli oln verilerin tnımlrının yer ldığı görüntülerden oluşmktdır. Bu görüntüler tüm firmlrın veri ktrımınd stndrt olrk kullnbilmesi için tsrlnmıştır. VEM için frklı SBYS firmlrının veritbnı ypılrı incelenerek tslk model hzırlnmıştır. Sonrsınd ülkemizde SBYS sektöründe önde gelen sekiz yzılım firmsındn veri ktrım uzmnlrının ktılımıyl odk grup görüşmeleri ypılrk VEM de yer ln tüm görüntüler, veri elemnlrı, kpsm ve çıklm lnlrı üzerinde, shd nlşılbilirliği ve koly kullnılbilirliği dikkte lınrk çlışılmıştır. İlk sürümü yyımlndıktn sonr lınn geribildirimler sonucund model güncellenerek VEM (V:1.2) yyımlnmıştır. SBYS firmlrının VEM uyumluluk denetimlerinde kullnılmk mcıyl geliştirilen VEM Veritbnı ve Anliz Progrmı kullnılrk yzılımcılr oluşturduklrı VEM görüntülerindeki htlr gösterilmektedir. SBYS firmlrındn sözel olrk lınn geri bildirimlerde, VEM görüntülerinin veri ktrımınd kendilerine büyük fyd sğlmsıyl birlikte veritbnı tsrımlrını d geliştirdiği bilgisi lınmıştır. VEM ile her türlü bilgiye ve VEM Veritbnı ve Anliz Progrmın tr dresinden erişilebilmektedir. Anhtr Kelimeler: Veri Modeli; Veri Aktrımı Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 19

20 Şizofreni Hstlrının Sosyl Aktivite Tkibi İçin Bir Mobil Uygulm Mhmut GÜLERCE, Keml Hkn GÜLKESEN, Buket CİNEMRE b Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly b Ruh Sğlığı ve Hstlıklrı AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly Şizofreni hstlrının günlük yşmı ve günlük sosyl ktiviteleri hstnın iyileşme sürecinde ve tkibinde oldukç önemlidir. Bu ktivitelerin tkibi geleneksel olrk hst ve ykınlrı ile görüşülerek kâğıt tbnlı kyıtlrl ypılmktdır. Akıllı telefonlr üzerinde çlışbilen mobil uygulmlr bu mçl kullnılbilirler. Yptığımız litertür trmsı sırsınd şizofreni hstlrının günlük ktivitelerinin tkibi mcıyl ypılmış bir uygulm bulmdık. Bu çlışmd söz konusu özelliklere ship bir uygulmnın hstlr trfındn kullnılmsı sonucu klinik bir fyd elde edilip edilemeyeceğini incelemeyi hedefledik. Geliştirdiğimiz uygulm hstnın günlük ktivitelerini (diş fırçlm, lışverişe gitme) nlık vey geriye dönük kyıt etmesini sğlyn, ypmyı unuttuğu ktivitelerin htırltn, ilç kullnımını tkip eden ve htırltn, bu kyıtlrın cnlı olrk doktor pnelinden görüntülemesini sğlyn hibrit ypıd bir Andorid OS uygulmsıdır. Uygulm, hstnın girdiği ktivite kyıtlrını web tbnlı bir veritbnı üzerinde kyıt etmektedir. Doktor pneli ise ynı veri tbnınd birden fzl hstnın tüm ktivitelerini görüntülemekte ve çeşitli fonksiyonlrl işlemektedir. Uygulm 13 şizofreni hstsının kıllı telefonlrın kurulup bir y boyunc kullnmlrı istenecektir. Aynı klinik özelliklerde kıllı telefon shibi 13 hst d kontrol gurubu olrk kullnılcktır. Hstlrın çlışmdn önce ve sonr klinik değerlendirmesi ve PANNS (Positive nd Negtive Syndrome Scle) skorlmsı ypılcktır. Geliştirilen mobil uygulm kullnılbilirlik çlışmsı sonrsı hstlr trfındn kullnılmy bşlncktır. Anhtr Kelimeler: Mobil uygulm; Sosyl ktivite; Şizofreni; Hst tkibi; Sosyl izolsyon 20 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

21 HBYS VERİLERİNE İŞLERLİK KAZANDIRMALIYIZ Meryem GÖRAL YILDIZLI, Z. Nzn ALPARSLAN Biyoisttistik Anbilimdlı, Çukurov Üniversitesi, Adn Ülkemizde kmu, üniversite ve özel gibi frklı sttüdeki kurumlr trfındn verilen sğlık hizmetlerinin sunumunun doğru, zmnınd, plnlı ve kesintisiz ypılbilmesi için gelişen teknolojiye uygun olrk değiştirilmesi ve geliştirilmesi zorunludur. Sğlık hizmetleri yöneticilerinin, finnsl, tıbbi işlemler, hst ilişkileri, teknolojik gelişmeler ve risk fktörleri gibi çok syıd lt sistemleri güvenli, verimli yönetebilmeleri için Hstne Bilgi Yönetim sistemlerine ihtiyç vrdır. Günümüzün Hstne Bilgi Yönetim Sistemleri (HBYS) yoğun tıbbi veriler içeren, tıbbi rştırmlr ve kısıtlı kynklrın en uygun şekilde kullnılmsı için büyük veri kynğı olbilecek sistemlerdir. Bu veriler, güncel ve güvenilir yöntemlerle nliz ypılıp bilgilere dönüştürülerek, hstlr tnı konulmsı ve uygun tedvinin ypılmsı, hst bkımı, tıbbi bilgi yönetimi, tıbbi dokümntsyon ve klite gibi birçok lnd destek sğlybilir, Bunun için öncelikle krrlrın oluşturulmsınd kullnıln HBYS verilerinin tmlığı ve güvenirliği sorgulnmlıdır. Ülke çpınd HBYS ile toplnn verilerin dh etkin kullnılmsı için çlışmlr ypılıp yeni ve koly kullnılbilen lgoritmlrın sistem kullnıcılrının hizmetine sunulmsı, toplnn verilerden elde edilen fydyı rtırcktır. HBYS verilerini hstne yönetimine destek sğlyck bilgilere dönüştürülmesi için sistem, veri mdenciliği yöntemlerini kullnn yzılımlr içermelidir. Bu bildiride HBYS Verileri nin durumu, okunbilirliği, işlerlik kzndırılmsınd frklı pydşlr düşen görevler trtışılcktır. HBYS verilerine işlerlik kzndırm sürecinde biyoisttistik ve tıp bilişimi desteği kçınılmzdır. Anhtr Kelimeler: : HBYS; Veri Mdenciliği, Biyoisttistik, Tıp bilişimi Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 21

22 Şizofreni Hstlrı Ne Tip Bilgisyr Oyunlrındn Hoşlnır? Keml Hkn GÜLKESEN, Filiz İŞLEYEN, Buket CİNEMRE b, Mehmet Keml SAMUR c, Nese ZAYİM, Semih ŞEN KAYA b Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly b Psikiytri AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly c Dpt of Biosttistics nd Computtionl Biology, Dn-Frber Cncer Institute nd Hrvrd School of Public Helth, Boston, USA Bilgisyr oyunlrı, kullnıcılrı eğlendirerek öğretmek, kullnıcı becerilerinin geliştirmek gibi eğitimsel vntjlr shiptir ve kynklrı kullnmnın etkili bir yoludur. Bilgisyr oyunlrının olumlu etkileri çeşitli çlışmlrd belgelenmiştir. Doğl olrk, oyunlr hedef hst grubun göre tsrlnmlıdır. Yş, bilişsel işlevler, kıl yürütme yeteneği gibi fktörler göz önüne lınmlıdır. Şizofreni hstlrı sosyl bilinç bozulmsı, çlışm belleği, uzun süreli bellek, dikkt, yürütme işlevi ve işleme hızındki bozulmlrdn dolyı özel bir gruptur. Şizofreni hstlrın yüz ifdesi öğretmek için tsrlnmış sekiz oyunl, hstlrın oyun oynm modellerini nliz ettik. Eğitim oturumlrın bir y süreyle 18 hst ktıldı. Kullnıcılr, her oyunu en z bir kez bitirmek zorundydı m oynm syılrın bir üst sınır getirilmedi. Dönem sonund, kullnım şekli web sitesinin günlük dosysı kullnılrk incelendi. Altı oyun medyn iki kez oynndı, bir oyun 2,5 kere ve bir oyun d 4 kere oynndı. Ortnc iki kez oynnn ltı oyun çok bsit, temel olrk görsel çoktn seçmeli sorulr vey görsel eşleşmelerdi. Diğer oyunlrdn birinde hreketli görüntüler vrdı ve kullnıcılr sınırlı bir süre içinde onlrı yklmk zorundydı. Kln oyund ise kullnıcının görüntüleri htırlmk gibi bşk bir beceriye ihtiycı vrdı. Bu çlışmdki sonuçlr göre, şizofreni hstlrı zihinsel dezvntjlrın rğmen dh krmşık bilgisyr oyunlrını tercih etmektedirler. Anhtr Kelimeler: Bilgisyr Oyunu; Şizofreni; Yüz İfdeleri 22 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

23 Küçük Hücreli Dışı Akciğer Knseri için Cispltin Tbnlı İlç Direnci ile İlişkili Genlerin Yşm Anlizleri Burçin KURT, Ülkü ÜNSAL b, Keml TURHAN Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon b Sğlık Bilişimi ve Teknolojileri AD, Krdeniz Teknik Üniversitesi, Trbzon Knser hücreleri, mruz kldıklrı kemoterpötik jnlr krşı direnç kznmlrı nedeniyle çoğu hsty birden fzl tedvi dizisi gerektirmektedir. Bu nedenle, küçük hücreli dışı kciğer knseri (KHDAK) tedvisinde güncel kemoterpötiklere direnç, bu svunmsız hst grubu için uzun vdeli sonuçlrın iyileştirilmesinde en önemli sorundur. Bu sorunu çözmek için, ynıt verme ihtimline ve direnç gelişimine dylı uygun jnlrın dikktle seçilmesi yoluyl kişiselleştirilmiş terpi gelecek önemli hedeflerdendir. Bu mçl, ypıln çlışmd öncelikle litertür çlışmlrı trnrk Cispltin ilç direncinde etkili olduğu düşünülen 68 tne gen içeren bir liste çıkrılmıştır. Dh sonr, R progrmlm dili kullnılrk TCGA LUAD (The Cncer Genome Atls Lung Adenocrcinom) veritbnındki klinik ilç verisindeki Cispltin ilç verileri filtrelenmiştir. Benzer şekilde, çıkrıln gen listesindeki her gen için RNASeqV2 gen ekpresyon verileri elde edilmiş ve bu verilerin Z-skorlrı, Z-skorlrındn d P ve FDR değerleri hesplnmıştır. Ardındn her gen için ilç direnci gösteren (FDR<=0.01) ve göstermeyen hstlr belirlenmiştir. Yşm nlizlerinin hesplnmsı için hst brkodlrı kullnılrk klinik bilgiler (live sttus, dys_to_deth vb.), gen ekspresyon verilerine eklenmiştir. Son olrk, her gen için Cispltin tbnlı ilçlr direnç gösteren ve göstermeyen hstlrın yşm nlizleri krşılştırılmıştır. Bunun sonucund, 68 genin 6 sınd direnç gösteren hst bulunmmktdır, kln 62 genin 48 inde direnç gösteren hstlrın göstermeyenlere göre yşm süreleri nlmlı frklılık (p<0.05) göstermektedir. Anhtr Kelimeler: Küçük Hücreli Dışı Akciğer Knseri; Cispltin; İlç Direnci; Gen Ekspresyon Verileri; Yşm Anlizi Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 23

24 Akdeniz Çevresinde Biyomedikl Bilişimi Geliştirme Amçlı Bir AB Projesi; BIOMED Keml Hkn GÜLKESEN, Selen BOZKURT Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly Biyomedikl bilişim, Akdeniz çevresindeki ülkelerden bzılrınd kurumsllşmıştır, nck dh lınck çok yol vrdır, öte yndn bu disiplin bzı ülkelerde bir kdemik ln olrk gelişmemiştir. Ülkeler rsındki işbirliğini rtırmk, bilgi pylşımı ve henüz bu lnın gelişmediği Mısır ve Ürdün de biyomedikl bilişim çlışmlrını bşltmk için bir proje hzırlndı. BIOMED (Biomedicl Informtics Observtories in Mediterrnen Region) bşlıklı bu proje, Avrup Birliği 7. Çerçeve progrmı, Mrie Curie Aksiyonlrı kpsmınd kbul edildi ve Avro bütçe ldı. Projeye Yunnistn dn Atin Üniversitesi (koordintör), İspny d Mdrid Üniversitesi, Türkiye den Akdeniz Üniversitesi, Mısır dn Bilimsel Arştırm ve Teknoloji Akdemisi ve Ürdün den Almn Ürdün Üniversitesi ktıldı. Projenin mçlrı şöyledir; 1) Ulusl strtejilerin modellenmesi için Mısır ve Ürdün de IMIA (Interntionl Medicl Informtics Assocition) ilkeleri ile uyumlu ulusl Biyomedikl bilişim dernekleri kurulmsı sürecini bşltmk. 2) Mısır ve Ürdün için sğlık bilişimi strtejik plnlrı oluşturmk. 3) Yeni projeler üretmek için gereklilikleri belirlemek. 4) Biyomedikl bilişim mükemmeliyet merkezleri oluşturulmsını teşvik etmek ve desteklemek. Proje, 2012 yılınd bşldı ve Mısır dki skeri drbe nedeni ile birkç y uzdığı için 31 Mrt 2017 de bitecek. Proje, prtner ülkeler rsınd işbirliği için ilişkiler kurulmsı sonucunu doğurmuş, özellikle Mısır ve Ürdün de frkındlığı rtırm çısındn son derece etkili olmuştur. Proje kpsmınd bu ülkelere ypıln ziyretlerde, sğlık bknlıklrı, üniversiteler ve bilimsel kurumlr ziyret edilerek çok syıd kişisel görüşme ypılmış, seminer verilmiştir. Anhtr Kelimeler: Biyomedikl bilişim; Tıp Bilişimi; Avrup Birliği; Yunnistn; İspny; Türkiye; Mısır; Ürdün 24 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

25 Mezuniyet Sonrsı Sğlık Bilişimi Eğitimi: Mevcut Durum, Sorunlr Neşe Zyim, Hkn Gülkesen, Osmn Sk Türkiye de lisnsüstü sğlık bilişim eğitimi 1992 yılınd Akdeniz Üniversitesi nde Yüksek Lisns düzeyinde, 2003 yılınd ODTÜ de doktor düzeyinde bşlmıştır. Son yıllrd, sğlık bilişimi lnındki gelişmeler ve sğlık bilişim sektörü mesleklerine duyuln ihtiycın bilinçlendirilmesi, lisnsüstü sğlık bilişim eğitim progrmlrının geliştirilmesine yol çmıştır. Bugün, bir çok yüksek eğitim kurumund lisnsüstü sğlık bilişim eğitimi veren progrm mevcuttur. Gelişmeler, kdemik kurumlrın ve lisnsüstü progrmlrın syısındki rtışın devm edeceğine işret etmektedir. Geleneksel lisnsüstü progrmlrın ynı sır ülkemizde sınırlı eğitim kynklrının pylşılmsı ve ülke dışındn kuruml işbirliği ypılmsı için yeni eğitim teknolojileri kullnn eğitim progrmlrın ihtiyç duyulmktdır. Öte yndn, IMIA nın sğlık bilişimi eğitimi için önerileri bir çerçeve oluşturs d, ülkenin bu lndki ihtiyçlrını d göz önünde bulundurn ulusl sğlık bilişimi eğitimi önerilerine ihtiyç duyulmktdır. Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 25

26 POSTERLER

27 Gen İfdesi Zmn Serileri Hizlm Algoritmlrının Krşılştırılmsı Semih ÖZGÜL, Gökhn KARAKÜLAH b, Aslı SUNER Biyoisttistik ve Tıbbi Bilişim Anbilim Dlı, Ege Üniversitesi, İzmir b İzmir Uluslrrsı Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Frklı koşul y d orgnizmlrd, değişen hızlrd ilerleyen biyolojik süreçlere it gen ifdesi zmn serileri, özel hizlm lgoritmlrı kullnılrk eşleştirilebilir ve bu syede bir birleri ile krşılştırılbilirler. Bu çlışmd gen ifdesi zmn serilerinin hizlnmsınd kullnıln frklı yklşımlr genel bir bkışın sunulmsı ve yygın olrk kullnıln lgoritmlrın krşılştırılmsı mçlnmıştır. Öncelikle, frklı rştırm lnlrındki zmn serilerinin eşleştirilmesinde yygın olrk kullnıln dinmik zmn bükmesi lgoritmsının, gen ifdesi verilerindeki kullnımı trtışılmıştır. Dh sonr, gen ifdesi zmn serisi verilerinde, kyıp veri, düzensiz örnekleme ve seyreklik gibi problemlerin çözümü için geliştirilen, lineer krm etki modeli, sklı Mrkov modeli gibi çeşitli isttistiksel yöntemler üzerine kurulu vey dinmik zmn bükmesi türevli hizlm lgoritmlrı incelenmiştir. Sıklıkl kullnıln bu hizlm lgoritmlrının performnslrı, uygulm lnlrındki etkinlikleri ve ypılrındn kynklnn kısıtlılıklrı değerlendirilmiştir. Gen ifdesi zmn serilerinin hizlnmsınd kullnıln lgoritmlr, değişik hızlrd seyreden biyolojik olylrdki benzerlik ve frklılıklrın genom düzeyinde ydınltılmsınd büyük kolylıklr sğlmktdır. Anhtr Kelimeler: Gen İfdesi, Zmn Serisi, Zmn Serisi Hizlm, Dinmik Zmn Bükmesi Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 27

28 Bezier Eğrileri Kullnrk Deforme El Modeli İçin Bir Mkine Öğrenme Algoritmsının Geliştirilmesi Buket ŞİMŞEK, Ahmet YARDIMCI Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly Bu çlışmd, Bernstein polinomlrının yrdımı ile tnımlnn Bezier eğrilerinin tnım ve özellikleri verilecektir. Bezier eğrilerinin dh genel hlini temsil eden B-Spline eğrileride verilecektir. Bu eğriler yrdımıyl C++ ve Autocd progrmlrı kullnılrk norml el modelleri, deforme el modellerinin çizimleri verilmiştir. Bulunn bu modeller krşılştırılmış ve bu modellerin mtemtiksel denklemleri bulunmuştur. Ayrıc bulduğumuz modeller kullnılrk bir mkine öğrenme lgoritmsı ve kış diygrmı elde edilmiştir. Anhtr Kelimeler: Bernstein polinomlr; Bezier eğrileri; Mkine öğrenme lgoritmsı; Akış diygrmı 28 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu

29 Kblosuz Veri Trnsferi ile Yürüme Anlizi Sisteminin Geliştirilmesi Okn ORAL, Hüsmettin UYSAL b, Sinem UYSAL b, Ahmet YARDIMCI c Mektronik Mühendisliği, Bilgisyr AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly b Elektronik ve Hberleşme Mühendisliği Bölümü, Yıldız Teknik Üniversitesi, İstnbul c Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly Modern yürüme nlizi teknolojisi norml ve ptolojik yürüyüş sırsınd eklem ve kslrın fonksiyonlrını syısl veriye dönüştürerek inceleyebilmemizi sğlr. Yürüme nlizi ile insn gözünün değerlendirip çözümleyemediği yürüme ve hreket sorunlrı yrıntılı olrk sptnmkt ve sorunu yrtn ks ve ekleme yönelik müdhle ypılbilmektedir. Sğlık lnınd hst üzerine yerleştirilen sensörlerden veri lımınd, kblosuz iletim uygulmlrı hızl rtmktdır. Kblosuz sistem syesinde kişi önemli ölçüde hreket özgürlüğü elde etmektedir. Bu çlışmd Zigbee teknolojisi ile yürüme nlizi uygulnbilirliğine ktkı sğlyck bir pltform oluşturulmuştur. Yürüme nlizi sırsınd kişiye giydirilen 3 eksenli MEMs ypıd ivme sensöründen lınn titreşim verileri, Zigbee teknolojisi ile mikroişlemci kontrolünde uzktki bir bilgisyr kblosuz ortmd eş zmnlı olrk iletilmiştir. Alınn veriler Mtlb progrmınd geliştirilen özel bir yzılıml eş zmnlı kydedilirken yürüme nlizi grfikleri çizdirilebilmiştir. Mtlb progrmı eş zmnlı olrk lgılyıcıdn toplnn titreşim bilgisini kydetme, gösterme ve nliz etme gibi çeşitli özellikler sğlmktdır. Test sonuçlrı; eş zmnlı veri iletebilen, güvenilir, düşük mliyetli ve tşınbilir yürüme nlizi sisteminin tetkik süresini kıslttığını göstermiştir. Kblolu ve SD krt kyıt sistemiyle kıyslndığınd, veri doğruluğunun istenen seviyede olduğu görülmüştür. Tsrlnn yzılım r yüzü; sensörden lgılnn gerçek-zmnlı yürüme nlizi verilerinin depolnmsı, her hst için kişisel kyıt dosylrı oluşturulmsı ve üretilen grfiklerin değerlendirilmesine imkân sğlmktdır. Anhtr Kelimeler: Yürüme Anlizi; ZigBee Protokolü; MEMs ivme sensörü Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu 29

30 Yrışn Risklerin Vrlığınd Sğklım Anlizi ve Sğlık Alnınd Bir Uygulm Nevruz İLHANLI, Selen BOZKURT, Mehmet YARDIMSEVER Biyoisttistik ve Tıp Bilişimi AD, Akdeniz Üniversitesi, Antly Sğklım nlizi; ilgilenilen herhngi bir oly gerçekleşene kdr geçen zmn içindeki verileri nliz etmek için kullnılmktdır. Özellikle, hstlıklrın ölüm riskleri ve bu risklere etki eden fktörleri tespit etmek mcıyl tıbbın çeşitli dllrınd yygın kullnım ship bir nliz yöntemidir. Klsik sğklım nlizlerinde genellikle tek bir bşrısızlık (ölüm, nüks, metstz vb.) nedeni rştırılır. Fkt incelenen hstlıktn ölümün ynı sır bşk nedenler de ölüm üzerinde bir etkiye sebep olbilir. Bu durumd ölüm nedenleri rsınd bir yrış söz konusudur. Hngi ölüm nedeninin dh etkili olduğu y d öne çıktığı, ortk değişkenlerden hngisinin yşm süresini kıslttığı y d uygulnn tedvi türleri rsınd hngisinin tedvinin bşrısın etkisi olduğu yrışn riskler nlizi ile bulunbilir. Bu çlışmd yrışn risklerin vrlığınd sğklım nlizinin sğlık lnınd bir örnekte uygulnmsı mçlnmış ve nliz şmsınd R progrmınd CumIncidence.R fonksiyonu ve yrışn riskler nlizini içeren diğer pket progrmlrın (SttMP ve ExcelStt) deneme sürümleri kullnılrk sonuçlrı krşılştırılmıştır. Çlışmd veri seti olrk 35 kut lösemi hstsın it erişime çık örnek bir veri seti kullnılmıştır. Çlışmnın yrışn risklerin ve de bu riskleri etkileyen fktörlerin vrlığınd sğklım nlizinin uygulmsın yönelik kpsmlı bir yol hritsı sğlycğı düşünülmektedir. Anhtr Kelimeler: Sğklım Anlizi; Yrışn Riskler; Gry s test 30 Tıp Bilişiminde Yenilikler Sempozyumu