SARKOMLARA MOLEKÜLER TANISAL YAKLAŞIM

SARKOMLARA MOLEKÜLER TANISAL YAKLAŞIM Yrd. Doç. Dr. İsmail YILMAZ GATA Haydarpaşa Eğitim Hastanesi Patoloji Servisi 10 Kasım 2012 22. ULUSAL PATOLOJİ KONGRESİ ANTALYA 1

Tüm malignitelerin % 1 i ABD; 11000 yeni vaka / yıl, 3900 ölüm http://www.seer.cancer.gov/ Taylor.. Ladanyi, NATURE REVIEWS CANCER 2011,541 2

Sarkomlardaki Genetik değişiklikler 1) Spesifik genetik değişiklik içeren sarkomlar a) Onkojenik füzyon transkriptleri ile sonuçlanan translokasyonlar b) Onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar c) Gen amplifikasyonu 2) Spesifik olmayan multipl kompleks karyotipik anormallikler içeren sarkomlar 3

Tümör spesifik anormallikler (translokasyonlar) Resiprokal translokasyonlar Dengeli translokasyon İki kromozom arasındaki kromozom bölümlerinin değişimi Genetik materyalde net bir kazanım veya kayıp yok Spesifik gen füzyon oluşum mekanizması Tekrarlayan resiprokal translokasyonlar sonucu belirli bir tümör tipi için spesifik gen füzyonu oluşur Ewing s sarkomu Non resiprokal translokasyonlar Dengesiz tranlokasyon Genetik materyalde net bir kazanım veya kayıp oluşumu için bir mekanizma Nadiren tekrarlar ve nadiren belirli bir tümör tipi için tipik ASPS 4

Tümör spesifik anormallikler (translokasyonlar) Sarkomların ~ 1/3 ünde Translokasyonların bazıları nadiren birden fazla tümör için spesifik Translokasyon sonucu anormal füzyon genleri oluşur Sarkomlarda füzyon genleri ilk baştan itibaren bulunur ve bu tümörler benign veya premalign faz göstermezler Füzyon genleri tüm tümör hücrelerinde bulunur Füzyon geni klinik süreç boyunca eksprese olur 5

1991: 9 yumuşak doku tümörü tipinde spesifik translokasyon Sem Rad Onc 1999: 315 27 6

Tümör tipi Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi Ewing sarkoma/pnet t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 Tanısal EWSR1 t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG İyi t(7;22)(p22;q12) EWSR1-ETV1 prognoz ile ilişkili t(17;22)(q12;q12) EWSR1-ETV4 t(2;22)(q33;q12) t(16;21)(p11;q22) inv (22)(q121;12) EWSR1- FEV FUS-ERG EWSR1-ZSG Tanı Yöntemi IHK (FLI1) Karyotipleme FISH (EWSR1 break apart probu), RT-PCR Berrak hücreli sarkoma t(12;22)(q13;q12) t(2;22)(q33;q12) EWSR1-ATF1 EWSR1-CREB1 Tanısal FISH (EWSR1 break apart probu), RT-PCR Myxoid/Yuvarlak hücreli liposarkoma Alveolar rhabdomyosarkoma Desmoplastik küçük yuvarlak hücreli tümör Extraskeletal miksoid kondrosarkoma t(12;16)(q13;p11) t(12;22)(q13;q12) FUS-DDIT3(CHOP) EWSR1-DDIT3(CHOP) Tanısal, Potensiy el terapotik t(2;13)(q35;q14) PAX3-FOXO1A Tanısal t(1;13)(q36;q14) T(2;X)(p35;q13) T(2;2)(q35;q23) PAX7-FOXO1A PAX3-MLLT7 PAX3-NCOAI PAX7- FOXO1A İyi prognoz t(11;22)(p13;q12) EWSR1- WT1 Tanısal t(21;22)(q22;q12) EWSR1-ERG Terapotik (PDGF inhibitörü ) FISH (FUS break-apart probe), RTPCR FISH (FOXO1A Break-apart probu), Karyotipleme, RT-PCR IHK (WT1) FISH (EWSR1 break-apart probu) Karyotipleme t(9;22)(q22;q12) t(9;17)(q22;q11) EWSR1-NR4A3 TAF2N-NR4A3 Tanısal FISH, RT-PCR (NR3A3-EWS füzyonu) t( 9;15)(q22;q21) TCF12-NR4A3 t(9;22)(q22;q15) 9q22 rearranjmanı TFG-NR4A3 NR4A3 Synovial sarkoma t(x;18)(p11;q11) t(x;18)(p11;q11) t(x;18)(p11;q13) SS18-SSX1 SS18-SSX2 SS18-SSX4 Tanısal SS18- SSX2 İyi prognoz t(x;20)(p11;q13) SS18L1-SSX1 Endometrial stromal sarkoma FISH (SYT probu), RT-PCR, IHK(TLE1) t(7;17)(p15;q21) JAZF1-SUZ12 Tanısal RT-PCR t(6;7)(p21;p15) t(6;10)(p21;p11) JAZF1-PHF1 EPC1-PHF1 Tümör tipi Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi Alveolar soft part sarkoma Low grade fibromiksoid sarkoma Tanı Yöntemi t(x;17)(p11;q25) ASPL-TFE3 Tanısal IHK (TFE3), RT-PCR t(7;16)(q33;p11) FUS-CREB3L2 Tanısal FISH (FUS t(11;16)(p11;p11) FUS-CREB3L1 break-apart probe), RT-PCR Perisitoma t(7;12) ACTB-GLI1 Tanısal FISH, RT-PCR Konjenital fibrosarkoma İnflamatuar myofibroblastik tümör Dermatofibrosarkoma protuberans Anevrizmal kemik kisti Tenosynovial dev hücreli tümör İyi diferensiye liposarkoma / Atipik lipomatöz tümör / Dediferensiye liposarkoma Epitelioid Hemanjioendotelyom a Yumuşak doku ve kemiğin myoepitelyal tümörü Miksoinflamatuar fibroblastik sarkoma t(12;15)(p13;q25) ETV6-NTRK3 Tanısal FISH, RT-PCR t(1;2)(q25;q23) TPM3-ALK Tanısal IHK (ALK), t(2;19)(q23;q13) TPM4-ALK FISH, RT-PCR t(2;17)(q23;q23) t(2;2)(p23;q13) CLTC-ALK RANBP2-ALK t(17;22)(q22;q13) COL1A1-PDGFB Tanısal FISH, RT-PCR t(16;17) CDH11-USP6 Tanısal FISH, RT-PCR t(1;2) CSF1-COL6A3 Tanısal 12q13-15 (ring kromozomlar, giant marker kromozomlar) MDM2, CDK4, HMGA2, GLI, SAS, vs amplifikasyonu Tanısal FISH (MDM2, CDK4 amplifikasyonu) RT-PCR t(1;3)(p36;q25) WWTR1-CAMTA1 Tanısal RT-PCR t(6;22)(p21;q12) EWSR1-POU5F1 Tanısal RT-PCR t(19;22)(q13;q12) EWSR1-ZNF444 t(1;22)(q13;q12) EWSR1-PBX1 t(1;10)(p22;q24) TGFBR3~MGEA5 Tanısal RT-PCR 3p11-22(ring kromozom) VGLL3, CHMP2B amplifikasyonu Mezenkimal t(8;8)(q13;q21) HEY1-NCOA2 Tanısal RT-PCR kondrosarkoma Nodüler fasitis t(17;22)(p13;q13) MYH9-USP6 Tanısal RT-PCR Low grade osteosarkoma (parosteal ve intramedüller) Sklerozan epitelioid fibrosarkoma (bazı vakalar) Anjiomatoid fibröz histiositoma 12q13-15 (ring kromozomlar, giant marker kromozomlar) MDM2, CDK4, HMGA2, GLI, SAS, vs amplifikasyonu Tanısal FISH (MDM2,CDK4 amplifikasyonu) RT-PCR t(7;16)(p22;q24) FUS-CREB3L2 Tanısal RT-PCR t(12;16)(q13;p11) FUS-ATF1 Tanısal RT-PCR t(12;22)(q13;q12) EWSR1-ATF1 t(2;22)(q33;q12) EWSR1-CREB1 7

Tümör spesifik anormallikler (translokasyonlar) Sarkomların 1/3 ünde Translokasyon sonucu anormal füzyon genleri oluşur Sarkomlarda füzyon genleri ilk baştan itibaren bulunur ve klinik süreç boyunca eksprese olur Füzyon genleri tüm tümör hücrelerinde bulunur Bu tümörler benign veya premalign faz göstermezler Translokasyonların bazıları nadiren birden fazla tümör için spesifik 8

FÜZYON GENLERİ Anormal transkripsiyon faktörleri Anormal tirozin kinazlar Konjenital fibrosarkomlarda ETV6 NTRK3 İnflamatuar myofibroblastik tümörde ALK füzyonları Anormal büyüme faktörleri Dermatofibrosarkoma protuberansda COL1A1 PDGFB: Gleevec sensitif Tenosynovial dev hücreli tümötde CSF1 COL6A3 9

Tümör tipi Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi Tanı Yöntemi Ewing sarkoma/pnet t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 Tanısal IHK (FLI1) t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG EWSR1 Karyotipleme İyi prognoz ile FISH (EWSR1 break apart probu), t(7;22)(p22;q12) EWSR1-ETV1 ilişkili RT-PCR t(17;22)(q12;q12) EWSR1-ETV4 t(2;22)(q33;q12) EWSR1- FEV t(16;21)(p11;q22) FUS-ERG inv (22)(q121;12) EWSR1-ZSG Berrak hücreli sarkoma t(12;22)(q13;q12) EWSR1-ATF1 Tanısal FISH (EWSR1 break apart probu), t(2;22)(q33;q12) EWSR1-CREB1 RT-PCR Myxoid/Yuvarlak hücreli liposarkoma t(12;16)(q13;p11) FUS-DDIT3(CHOP) t(12;22)(q13;q12) EWSR1-DDIT3(CHOP) Tanısal, Potensiyel terapotik Alveolar rhabdomyosarkoma t(2;13)(q35;q14) PAX3-FOXO1A Tanısal t(1;13)(q36;q14) PAX7-FOXO1A PAX7-FOXO1A İyi prognoz T(2;X)(p35;q13) PAX3-MLLT7 T(2;2)(q35;q23) PAX3-NCOAI Desmoplastik küçük yuvarlak hücreli tümör t(11;22)(p13;q12) EWSR1- WT1 t(21;22)(q22;q12) EWSR1-ERG Tanısal Terapotik (PDGF inhibitörü) Synovial sarkoma t(x;18)(p11;q11) SS18-SSX1 Tanısal t(x;18)(p11;q11) SS18-SSX2 SS18-SSX2 İyi prognoz t(x;18)(p11;q13) SS18-SSX4 t(x;20)(p11;q13) SS18L1-SSX1 FISH (FUS break-apart probu), RTPCR FISH (FOXO1A Break-apart probu), Karyotipleme, RT-PCR IHK (WT1) FISH (EWSR1 break-apart probu) Karyotipleme RT-PCR FISH (SYT probu), RT-PCR, IHK(TLE1) Alveolar soft part sarkoma t(x;17)(p11;q25) ASPL-TFE3 Tanısal IHK (TFE3), RT-PCR 10

Sarkomlardaki Genetik değişiklikler 1) Spesifik genetik değişiklik içeren sarkomalar a) Onkojenik füzyon transkriptleri ile sonuçlanan translokasyonlar b) Onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar c) Gen amplifikasyonu 2) Spesifik olmayan multipl kompleks karyotipik anormallikler içeren sarkomalar 11

Tümör spesifik anormallikler (onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar) GIST de KIT (% 75 80) veya PDGFRa (%5 10) geninde somatik mutasyon Tanı, tedavi ve prognoz Malign rabdoid tümörler hsnf5/ini1 geninin kısmen yada total kaybı İğsi hücreli lipomada ve iyi diferensiye iğsi hücreli liposarkoma Rb 1 gen kaybı 12

Sarkomlardaki Genetik değişiklikler 1) Spesifik genetik değişiklik içeren sarkomalar a) Onkojenik füzyon transkriptleri ile sonuçlanan translokasyonlar b) Onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar c) Gen amplifikasyonu 2) Spesifik olmayan multipl kompleks karyotipik anormallikler içeren sarkomalar 13

Atipik lipomatöz tümör / iyi diferensiye lipomatöz tümör / iyi diferensiye liposarkoma ve dediferensiye liposarkoma MDM2 ve CDK4 amplifikasyonu İğsi hücreli sarkomlardan ayrımında FISH > İHK Osteosarkom, kondrosarkom, leiomyosarkom ve bazı rhabdomyosarkomlarda da görülebilir MDM2 terapotik hedef Tümör spesifik anormallikler (amplifikasyonlar) 14

Sarkomlardaki Genetik değişiklikler 1) Spesifik genetik değişiklik içeren sarkomalar a) Onkojenik füzyon transkriptleri ile sonuçlanan translokasyonlar b) Onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar c) Gen amplifikasyonu 2) Spesifik olmayan multipl kompleks karyotipik anormallikler içeren sarkomalar 15

Nonspesifik kompleks karyotipli sarkomlar 2/3 Pleomorfik malign fibröz histiositoma (PUS), pleomorfik liposarkoma, leiomyosarkoma, pleomorfik rhabdomyosarkoma ve malign periferal sinir kılıfı tümörü gibi yüksek dereceli sarkomlar Çeşitli ekleme ve kayıplarla birlikte komplex karyotipler içerirler Tanıya yardımcı veya prognostik olarak anlamlı karakteristik spesifik genetik değişiklikler taşımaz Pleomorfik malign fibröz histiositomada (PUS) kompleks karyotip 16

Sarkomlarda moleküler test endikasyonları Ayırıcı tanı Küçük yuvarlak hücreli sarkomlar ES/PNET vs. DSRCT vs. ARMS vs. neuroblastoma İğsi hücreli tümörler Monofazik sinovyal sarkom vs Leiyomiyosarkom vs Soliter fibröz tümör vs Malign periferal sinir kılıfı tümörü vs Berrak hücreli sarkom vs Fibrohistiyositik tümörler vs Dediferansiye liposarkom vs İgsi hücreli rabdomiyosarkom vs Sellüler schwannoma vs GIST Histopatolojik örtüşmelerin olduğu benign / malign vakaların ayırımı Yetersiz veya beklenmeyen klinik durumlarda veya IHK sonuçlarında Klinik takibi etkileyen prognostik veya prediktif bilgi Minimal rezidüel hastalık saptanmasında Hedefe yönelik tedavide 17

Hasta şikayeti Fizik muayene MRI Sarkomlara Yaklaşım Küçük (<5cm) Süperfisiyel Yumuşak Kistik Muhtemel Benign Büyük (>5cm) Derin Solid Miks Muhtemel Malign Asemptomatik Stabil Semptomatik Boyut artışı Takip BİOPSİ Benign tümör Takip Marjinal eksizyon Malign tümör Geniş rezeksiyon + / Radyoterapi Kemoterapi İlk ve ana tedavi seçeneği Lokal rekürensin önlenmesinde Progresyonu geciktirmede Ekstremite sarkomları hariç tüm survi üzerine etkisi yok 18

Tedavi seçenekleri (2012 yeni gelişmeler) 19 Taylor.. Ladanyi, NATURE REVIEWS CANCER 2011,541

Translokasyon içeren sarkomlarda moleküler yaklaşım Konvensiyonel sitogenetik Moleküler sitogenetik : Floresan in situ hibridizasyon (FISH) Reverse transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (RT PCR) 20

Konvensiyonel sitogenetik Sayısal ve yapısal Öngörülen anormalliğin yada histolojik tanının bilinmesi gerekli değil Cerrahi eksizyon sonrası 1 saat içinde, steril kültür ortamında veya tampon solüsyonunda transport 1 2 cm 3 (0.5 1 gr) taze doku örneği Donmuş veya formalinde fikse olmamalı Yaşayan ve bölünmekte olan hücreler gerekir Sitogenetik analiz ihtiyacı önceden planlamalı Nekroz ve nonneoplastik doku ayıklanmalı 21

FISH Spesifik hedef DNA sekanslarını saptar Hedefe yönelik yöntem, tarama amaçlı değil İlgili veya şüphelenilen anomalinin bilinmesi gerekir Boyanmamış pozitif şarjlı lam İşlem zamanı kısa RT PCR a göre parafine gömülü dokularda daha uygulanabilir RT PCR ve FISH birbirini tamamlayıcı yöntemler 22

FISH Morfolojik korelasyon var İnkomplet çekirdek, skorlama zor Morfolojik korelasyon yok Komplet çekirdek, sinyaller daha iyi 23

Yıkama Direk işaretlenmiş prob Denaturasyon Hibridizasyon Kromozomal hedef Floresan mikroskop Denaturasyon 24

FISH Füzyon Probu Translokasyonları tespit etmek için iki tip FISH probu kullanılabilir Füzyon probu: problardan biri kırılma noktalarından birine diğer prob diğer kırılma noktasına bağlanır ve tranlokasyonda iki prob biraraya getirilir Fused sinyal FISH yönteminde bazen sinyallerin random halde yan yana gelmesi nedeni ile yanlış pozitif sonuçlar verebilir 13q14 (FKHR) proksimaline Negatif 2q35 (PAX3) distaline Pozitif 25

FISH Break apart Probu 2 prob kırılma noktalarından sadece birine bağlanır ve translokasyonda bu iki prob ayrılır Sadece gen rearranjmanlarını belirler Spesifik füzyonları belirlemez 13q14 (FOXO1) proksimaline Negatif 13q14 (FOXO1) distaline Pozitif 26

FISH Avantajları Aynı prob bir çok uygulamada kullanılabilir EWSR1, FUS, ETV6 Füzyon genlerinin birçok partneri vardır EWSR1, ALK, USP6 Füzyon genleri, kromozom kırılma noktalarında fazla çeşitlilik gösterir PDGFB, DDIT3 27

FISH Dezavantajları Ticari FİSH problarının sayısının az ve pahalı olması Başarısızprob hibridizasyonu Düşük tümör yüzdesi Uygun olmayan fiksasyon Teknik zorluk Yorumlamadaki zorluk İyi korunmamış dokularda yanlış negatif veya pozitif sonuçlar olabilir Dekalsifiye edilmiş dokular problemlidir 28

RT PCR Spesifik translokasyonları saptamada en sık kullanılan yöntem Hızlı ve etkili RNA temelli bir yöntemdir Spesifik RNA transkriptlerini saptar FISH gibi ilgili veya şüphelenilen anomalinin bilinmesi gerekir FISH den daha sensitif ve spesifiktir Parafine gömülü dokularda uygulanabilir fakat taze veya frozen doku tercih edilir Formalin fiksasyonu ve cerrahi eksizyon ile fiksasyon arasındaki süre RNA kalitesini düşürür PCR ürünleri < 300bp 29

RT PCR Tümör Hücresi RNA İzolasyonu Revers Transkriptaz PCR Jel Elektroforezi 30

Pozitif kontrol Kontaminasyon kontrolü RNA kalitesi kontrolü RNA ( ) HL 60 Hasta RNA ( ) HL 60 Hasta RNA ( ) HL 60 Hasta 31

RT PCR Avantajları Translokasyon tipini belirleyebilme özelliği Hızlı Sensitif ve spesifiktir Doku çok küçük dahi olsa sonuç alınabilir Tedavi sonrası minimal rezidüel hastalık saptanabilir 32

RT PCR Dezavantajları Formalinde fikse parafine gömülü dokularda RNA degradasyonuna bağlı yanlış negatiflik Önceki PCR reaksiyonları ürünlerine bağlı kontaminasyon sonucu yanlış pozitiflik Yanlış negatif sonuç Yetersiz yada nekrotik örnek Uygun olmayan primer dizaynı İyi optimize edilmemiş analiz Gen füzyonunun yeni veya saptanmamış varyantları Daha az sıklıkta görülen veya beklenmeyen boyuttaki PCR ürünleri direk sekanslama gibi farklı metotlarla doğrulanmalıdır 33

Sarkomlarda en sık moleküler test endikasyonları Undiferensiye küçük yuvarlak hücreli sarkomlar: Ewings/PNET vs DSCRT vs az diferensiye synovial sarkoma vs nöroblastoma Rhabdomyosarkoma: Alveolar subtip tanısını doğrulamak için İğsi hücreli sarkomlar: Monofazik synovial sarkoma tanısını doğrulamak için Beklenmeyen yaş, lokalizasyon veya özellikleri olan tipik sarkom vakalarının tanısını doğrulamak için 34

Küçük Yuvarlak Hücreli Sarkomların Ayırıcı Tanısı 35

Küçük Yuvarlak Hücreli Sarkomların Ayırıcı Tanısı 36

Tümör tipi Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi Tanı Yöntemi Ewing sarkoma/pnet t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 Tanısal t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG EWSR1 iyi prognoz ile ilişkili t(7;22)(p22;q12) EWSR1-ETV1 t(17;22)(q12;q12) EWSR1-ETV4 t(2;22)(q33;q12) EWSR1- FEV t(16;21)(p11;q22) FUS-ERG inv (22)(q121;12) EWSR1-ZSG Alveolar rhabdomyosarkoma t(2;13)(q35;q14) PAX3-FOXO1A Tanısal t(1;13)(q36;q14) PAX7-FOXO1A PAX7-FOXO1A İyi prognoz T(2;X)(p35;q13) PAX3-MLLT7 T(2;2)(q35;q23) PAX3-NCOAI Desmoplastik küçük yuvarlak hücreli tümör t(11;22)(p13;q12) EWSR1- WT1 t(21;22)(q22;q12) EWSR1-ERG Tanısal Terapotik (PDGF inhibitörü) IHK (FLI1) Karyotipleme FISH (EWSR1 break apart probu), RT-PCR FISH (FOXO1A Break-apart probu) Karyotipleme, RT-PCR IHK (WT1) FISH (EWSR1 break-apart probu) Karyotipleme RT-PCR 37

Ewing Sarkoma /PNET Genç erişkin ve çocuklar Primer olarak uzun kemikleri veya vertebral alanı etkileyen küçük mavi hücreli tümör Histolojik olarak, Homer Wright rozetleri oluşturabilen küçük yuvarlak hücre toplulukları ile karakterize 38

Ewing Sarkoma /PNET CD99: +++ mem boyanma Fli1: ++ Vimentin: +++ NSE: +++ Kromogranin: +/ Synaptofizin : +/ Desmin/Myogenin: LCA/CD20/CD3: Keratin: PAS: + 39

Ewing Sarkoma /PNET % 85 90 % 9 14 % 1 5 Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi Tanı Yöntemi t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG t(7;22)(p22;q12) EWS-ETV1 t(17;22)(q12;q12) EWS-ETV4 t(2;22)(q33;q12) EWS- FEV t(16;21)(p11;q22) FUS-ERG inv (22)(q121;12) EWS-ZSG Tanısal EWS İyi prognoz ile ilişkili IHK (FLI1) Karyotipleme FISH (EWS break apart probu), RT-PCR EWS FLI1 füzyonu bulunan ewing sarkomlarda diğerlerine göre prognoz iyi FISH ve RT PCR ile bu translokasyonlar saptanabilir Prognostik önemi olan translokasyon tipi RT PCR ile belirlenebilir 40

41

+kontrol Pozitif Tip I Neg Neg RNA +kontrol 158bp EWS FLI1 Ewings s sarcoma/pnet FWD primer REV primer t(11;22) (q24;q12) EWS FLI1 AGCAGCCTCCCACTAGTTAC GTTGAGGCCAGAATTCATGTTA tip 1: 158, tip 2: 221, Diğer: seq. PGK Kontrol Forward primer Reverse primer CAGTTTGGAGCTCCTGGAAG TGCAAATCCAGGGTGCAGTG RNA: 247 42

Rhabdomyosarkoma En sık pediatrik sarkom (% 33), İnsidans: 4/1000000 E RMS tüm RMS % 60 70, (3 12 yaş) E RMS başlıca baş boyun bölgesinde, genito uriner yolda ve retroperitonda görülür Survi daha iyi (>%95) Tekrarlayan genetik değişiklik yok A RMS tüm RMS % 20 25 (6 21 yaş) A RMS başlıca ekstremitelerde ve gövdede görülür Survi daha kötü (<%25) t(2,13) ve t(1,13) 43

Alveolar Rhabdomyosarkoma ~%70 t(2;13)(q35;q14) PAX3/FKHR(FOXO1a) ~%10 t(1;13)(p36;q14) PAX7/FKHR(FOXO1a) ~ % 3 t(2;x)(p35;q13) PAX3 MLLT7 ~ % 2 t(2;2)(q35;q23) PAX3 NCOAI ~ % 15 saptanamayan RMS larda RT PCR ile ARMS vs. ERMS ayrımı ile t(2;13) vs. t(1;13) ayrımı yapılabilir Alveolar rhabdomyosarkoma t(2;13)(q35;q14) PAX3-FOXO1A Tanısal t(1;13)(q36;q14) PAX7-FOXO1A PAX7-FOXO1A İyi prognoz t(2;x)(p35;q13) PAX3-MLLT7 t(2;2)(q35;q23) PAX3-NCOAI FISH (FOXO1A Break-apart probu), Karyotipleme, RT-PCR 44

Alveolar Rhabdomyosarkoma PAX7 FOXO1 PAX3 FOXO1 Anderson J, et al., British Journal of Cancer 85:831 5, 2001 45

PAX3/FOXO1 füzyon probu 13q14 (FKHR) proksimaline Negatif 2q35 (PAX3) distaline FOXO1 break apart probu Negatif Pozitif 13q14 (FOXO1) proksimaline Pozitif Negatif 13q14 (FOXO1) distaline Pozitif 46

Alveolar RMS FWD primer REV Primer t(2;13)(q35;q14) PAX3-FKHR PAX3: GCACTGTACACCAAAGCACG FKHR2: ATGAACTTGCTGTGTAGGGACAG 205 PAX 3.7B: CCGACAGCAGCTCTGCCTAC FKHR2: ATGAACTTGCTGTGTAGGGACAG 172 t(1;13)(p36;q14) PAX7-FKHR PAX7: TTTGAGAGGACCCACTACCC FKHR2: ATGAACTTGCTGTGTAGGGACAG 491 PAX 3.7B: CCGACAGCAGCTCTGCCTAC FKHR2: ATGAACTTGCTGTGTAGGGACAG 160 Size Marker PAX3 7/FKHR RNA ( ) HL 60 Hasta PAX3/FKHR RNA ( ) HL 60 Hasta RNA ( ) PGK HL 60 Hasta 172bp 205bp 47

Sarkomlarda en sık moleküler test endikasyonları Undiferensiye küçük yuvarlak hücreli sarkomlar: Ewings/PNET vs DSCRT vs az diferensiye synovial sarkoma vs nöroblastoma Rhabdomyosarkoma: Alveolar subtip tanısını doğrulamak için İğsi hücreli sarkomlar: Monofazik synovial sarkoma tanısını doğrulamak için Beklenmeyen yaş, lokalizasyon veya özellikleri olan tipik sarkom vakalarının tanısını doğrulamak için 48

Synovial Sarkoma Tüm yumuşak doku sarkomlarının %10 u Lokalizasyon Adolesan ve genç erişkinlerde eklem etrafı bölgeler Baş & boyun, böbrek, prostat, deri, vulva, penis, intra torasik Yavaş büyüyen derin yerleşimli kitle İHK EMA, sitokeratin, vimentin, bcl 2, S 100 Nadiren SMA 49

Synovial Sarkoma Translokasyon Genler Klinik Önemi Tanı Yöntemi t(x;18)(p11;q11) SYT-SSX1 t(x;18)(p11;q11) SYT-SSX2 t(x;18)(p11;q13) SYT-SSX4 t(x;20)(p11;q13) SS18L1-SSX1 Tanısal SYT-SSX2 İyi prognoz FISH (SYT probu), RT-PCR, IHK (TLE1) Histoloji SYT-SSX1 SYT-SSX2 Monofazik MSS 51% 49% Bifazik BSS 100% 0% Az differensiye 50

Synovial Sarkoma Synovial Sarkoma Forward primer Reverse primer t(x;18) SYT-SSX1 SYT: CAACAGCAAGATGCATACCA SSX1: GGTGCAGTTGTTTCCCATCG 331 (p11.23;q11) SYT/SS18L1: GG g/a CAGCAGCAGGGCTACGG SSX1: GGTGCAGTTGTTTCCCATCG 244 t(x;18) (p11.21;q11) t(x;20) - nadir SSA: AGACCAACACAGCCTGGACCAC SSX1-REV2: ACACTCCCTTCGAATCATTTTCG 109 SYT-SSX2 SYT: CAACAGCAAGATGCATACCA SSX2: GGGCACAGCTCTTTCCCATCA 331 SS18L1-SSX1 SS18L1-SSX2 SYT/SS18L1: GG g/a CAGCAGCAGGGCTACGG SSX2 : GGGCACAGCTCTTTCCCATCA 244 SSA: AGACCAACACAGCCTGGACCAC SSX2-REV2: GCACTTCCTCCGAATCATTTC 109 SYT/SS18L1: GG g/a CAGCAGCAGGGCTACGG SSX1: GGTGCAGTTGTTTCCCATCG 238 SYT/SS18L1: GG g/a CAGCAGCAGGGCTACGG SSX2: GGGCACAGCTCTTTCCCATCA 238 PGK Kontrol Forward primer Reverse primer PGK-FWD: CAGTTTGGAGCTCCTGGAAG PGK-REV: TGCAAATCCAGGGTGCAGTG RNA: 247 51

ÖZET Moleküler gelişmeler sarkomların patogenezini ve sınıflandırılmasını anlamada oldukça yardımcıdır. Sarkomların moleküler analizinin tanı, prognoz ve hedefe yönelik tedavideki katkısı önemlidir. Moleküler patoloji laboratuvarında beklenmeyen uyumsuz sonuçları doğrulamak için birden fazla teknik kullanılmalıdır. Sarkomların ayırıcı tanısında moleküler tanı yöntemlerinin histopatolojiye üstün olduğu düşünülmemeli, moleküler test sonuçları; İHK ve klinik bilgi ile desteklenmiş morfolojik ayrıcı tanıyı doğrulamak için kullanılmalıdır. 52

SAYGI VE SEVGİYLE ANIYORUZ 53