Ġstanbul Genetik Grubu

Transkript

1 Ġstanbul Genetik Grubu

2 GENETĠK TANI PREĠMPLANTASYON PRENATAL POSTNATAL POLAR BODY I ve II CVS (KORYONĠK VĠLLÜS) BLASTOMER KAN AMNĠOSENTEZ BLASTOKĠST KORDOSENTEZ MATERNAL KANDA FETAL DNA DOKU

3

4

5

6 PGT endikasyonları * Otozomal Resesif ve Dominant Hastalıklar * X-link Hastalıklar * Kanser Predispozisyon Genleri * Maternal-Fetal Ġnkompatibilite * HLA genotiplemesi Tek Gen Hastalığı ve Anöploidi Birlikte Testi * Anöploidi Testi : ĠleriAnne YaĢı Tekrarlayan IVF BaĢarısızlıkları Tekrarlayan DüĢükler * Kromozomal Yeni Düzenlenimler

7

8

9 This process results in an organism composed of countless cells, each with its own unique personal genome. Thus, every human is undoubtedly mosaic. Mosaic mutations can go unnoticed, underlie genetic disease or normal human variation, and may be transmitted to the next generation as constitutional variants. Nearly all of the genetic material among cells within an organism is identical. However, single-nucleotide variants (SNVs), small insertions/deletions (indels), copy-number variants (CNVs), and other structural variants (SVs) continually accumulate as cells divide during development.

10

11 POLĠMORFĠZM

12 Hastalık Sebebi Olan MUTASYON SICKLE CELL ANEMĠ

13 Akdeniz anemisi hastası olan bir çocuğun, *** kendisinin hastalık ile olan sıkıntısı ** ailenin sosyal ve ekonomik yaģantısına olan etkisi * - doğum sonrası bir yılda ~ 15,000 Avro transfüzyon ve Ģelasyon tedavi masrafı olmakta ve 20 yaģına kadar (komplikasyon ortaya çıkmadığı bir durumda, yeterli düzeyde tedavi alan hastaların % 95 i 30 yaģına kadar yaģayabilmektedir) 300,000 Avro tutarında bir tıbbi bakım gereği bulunmaktadır. - karaciğer yetmezliği ve Hepatit gibi komplikasyonları yaģamak durumunda kalmakta. - kemik iliği nakli (KĠT) gerekli olunca doku uyumlu kemik iliği bulunmasında sıkıntı yaģanmakta KĠT aile içi TL, aile dıģı TL. Eğer kök hücre Avrupa kaynaklı ise ilave olarak Avro, ABD kaynaklı ise USD Resmi olarak kesin bir rakama ulaģılamamakla birlikte, Türkiye nin güney illerinde % 5-12 oranında değiģen bir taģıyıcılık oranın olduğu (kuzey illerinde %0.5 oranında) dikkate alındığında her yıl ortalama olarak tahmin edilen civarındaki akdeniz anemili yeni çocuk doğumunu olmakta (kayıt altına alınanlar kadar kayıtlı olmayan hastalarında varlığı yaģandığı üzere). 300,000 Avro X 200 = 60,000,000 Avro + Komplikasyon + KİT = 100,000,000 Avro

14 DUCHENNE MUSKÜLER DĠSTROFĠSĠ DMD

15

16

17 Mayoz I (crossing over) ICSI Ovulasyon Mayoz II Oosit ICSI Polar Body I Polar Body II

18 PGT Klinik Uygulama ġeması Oosit Toplanması Gün 0 Polar Body I Biopsisi Sperm Enjeksiyonu (ICSI) Gün 1 Gün 3 Gün5-6 Polar Body II Biopsisi Blastomer Biopsisi Blastokist Biopsisi PCR FISH acgh

19 PGT Tek Gen Hastalıkları Stratejileri MATERNAL Otozomal Dominant (MD, PKD1, SCA, TS) PATERNAL Otozomal Dominant (CMT1A, APC, NF1 ) Otosomal Resesif (CF, β-thal, SMA) X-link (DMD, Frajil-X, ALD) HLA Anöploidi PB + BB BB PB + BB PB + BB PB + BB BB BB PB BB BB

20 Her Mutasyon için ayrı nested PCR Sistemi + Genetik markerler (STR, SNP, VNTR) Allele Drop-Out (ADO) veya Tercihi Amplifikasyon Mutasyon + Markerler Mutasyon Marker 1 Marker 2 Marker 3 Marker 4 DıĢ kaynaklı DNA kontaminasyonunun saptanması Embryo idantifikasyonu Kromozomal Anöploidilerin belirlenmesi Mutasyon bilinmediğinde veya test edilemediğinde bağlantı analizi ile PGT yapılabilmesi

21 PGT Protokol Hazırlanması 2q37 bölgesi Genomik Organizasyonu (Crigler-Najjar Sendromu, UGT1A1 loküsü) c delacattaatgcttc mutasyonu D2S331 D2S1279 D2S2348 UGT1A1 D2S336 D2S338 cm cm mesafesi her genetik markerin 2 Nolu Kromozom üzerindeki yerini belirtmektedir

22 NESTED PCR PROTOKOLÜ Hasta Adı: Mutasyon: Gün: Örnek tipi: Örneğin geldiği yer: H2O 10x PCR buffer 50mM MgCl 2 8mM dntps DMSO TaqPolymeraz (5U/ l) Primer Mut 1 Mut 2 5 CA 3 5 CA 4 D15S822 1 D15S822 2 D15S661 1 D15S661 2 D15S156 1 D15S156 2 D15S D15S D15S D15S D15S tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x Mut Mut CA 3 5 CA 2 D15S822 1 D15S822 3 D15S661 1 D15S661 3 D15S156 1 D15S156 3 D15S D15S D15S D15S D15S D15S D15S Total Volume PCR Program 1 st Round 60ºC 58-60ºC 58ºC 55-58ºC 58-60ºC 55-58ºC 58-60ºC 58-60ºC 170 bp 126 bp bp bp 175 bp bp bp

23 Aile Bireylerinde Haplotipleme Yapılması Kan Örneği DNA eldesi Floresan PCR Paternal Haplotip DEL WT Maternal Haplotip WT DEL Genetik Markerlerin Sırası 1. D2S D2S D2S UGT1A1 5. D2S D2S WT DEL DEL DEL Maternal Affekte Kromozom Paternal Affekte Kromozom Maternal Normal Kromozom Paternal Normal Kromozom

24 PGT Vaka Performansı Blastomerde Mutasyon Analizi Normal homozigot 13 bp delesyonu homozigot 13 bp delesyonu Normal

25 PGT vaka çalıģması Marker D15S1048 Marker D15S1002 PB 1 Normal allel Maternal affekte allel PB 1 Affekte allel Normal allel PB 2 Normal allel PB 2 Normal allel Blastomer Maternal affekte allel Paternal normal allel Blastomer Normal allel + Affekte allel Baba Normal allel Affekte allel Baba Normal allel Affekte allel Anne Normal allel Affekte allel Anne Affekte allel Normal allel Hasta çocuk Affekte allel Affekte allel Hasta çocuk Affekte allel Affekte allel Trizomi 15 Blastomer Maternal Maternal Paternal

26 ArdıĢık Polar Body I - II ve Blastomer Analizi PGT Raporu N = Normal, AH = PCR Amplifikasyon Hatası, ADO = Allel Drop Out, 123 = Ebevenlerde aynı olan allel * Homozigot PB I sonucu dolayısıyla Blastomer analizi ile devam edildi (PBI de muhtemel ADOI) Embriyo # Hücre Tipi STR1 STR2 STR3 Gen STR4 STR5 STR6 Öngörülen Oosit/Embriyo Genotipi ET 1 PB1 PB2 120/ / / N/Mutasyon Mutasyon 154/ / / Oosit: NORMAL Evet PB1 PB2 Blast PB1 PB2 Blast PB1 PB2 Blast BABA ANNE ÇOCUK / / / /158 AH 140/ 120/ / / / / /ADO / /103 AH 103/ 115/ / / / / / / /207 AH 203/ 215/ / / /207 Mutasyon Normal Mutasyon/N N/Mutasyon Normal Mutasyon/ Mutasyon N/Mutasyon AH N/ N/Mutasyon Mutasyon/ Normal Normal/ Mutasyon Mutasyon / Mutasyon / /ADO / /128 AH 128/ 154/ / / / ADO/ / / /110 AH 114/ 118/ / / / / / / /131 AH 139/ 145/ / / /131 Oosit: NORMAL* Embriyo: TAŞIYICI Oosit: HASTA Embriyo: HASTA Oosit: YetersizVeri Embriyo: TRİZOMİ 15 TAŞIYICI TAŞIYICI HASTA Evet Hayır Hayır

27 Beta-globin gen mutasyonları ve polimorfik STR markerler Mutasyonlar -87 (C-G) -42 (C-G) (A-G) (A-G) (A-G) Cd 8/9 IVS I-110 Cd 41/42 Cd 8 IVS I-6 Cd 39 E6V IVS I-5 R30T IVSII-1 IVS I-1 CAP IVSII-745 IVSII bp DEL HBE1 HBG2 HBG1 HBD EXON 1 IVS I EXON 2 IVS 2 EXON 3 (TA)n (CA)n Hinf I (TG)n Sfa NI Bam HI Ava II Hinf I D11S1338 (CA)n D11S1241 (CA)n D11S1323 (CA)n D11S1997 (GATA)n (TG)n(CG)n Polimorfik Markerler Bam HI Hpa I Hinf I Rsa I Hinf I (ATTTT)n (AT)xTy Mutasyon Listesi: RNA Processing mutasyonlar: Trankripsiyonel mutasyonlar: Nonfonksiyonel mrna: IVS I 1 (G A) - 87 (C-G Codon 8 (-AA) IVS I 1 (G T) - 42 (C-G) Codon 39 (C-T) IVS I 5 (G C) - 31 (A-G) Codon 41/42 (-CTTT) IVS I - 5 (G T - 29 (A-G) IVS I 5 (G A) - 28 (A-G) IVS I 6 (T C) E 6V (Sickle cell anemia) IVS I 110 (G A) R30T IVS 2 1 (G A) Delesyon: Cap bölgesi: IVS (C T) 619 bp +1 (A C) IVS (C G) 45 Kb +2 (T C)

28 CHARCOT- MARIE -TOOTH CMT1A için PGT ( 17p12 ) Proksimal D17S1357 D17S2226 D17S2225 D17S2224 D17S839 D17S2221 D17S2220 D17S921 D17S2217 D17S2216 Distal CEN CMT1A - Rep PMP 22 CMT1A - Rep TEL 0.5Mb 1Mb 1.5Mb Marker sırası D17S1357 D17S2226 D17S2225 D17S2224 D17S839 D17S2221 D17S2220 D17S921 D17S2217 D17S / / / / / / / / / /119 N / Dup Embryo # PGD N / N N / N / / / / / / / / / / AFFEKTE DUPLİKASYON / / / / / / / / / /119 NORMAL AFFEKTE NORMAL NORMAL NORMAL NORMAL AFFEKTE AFFEKTE NORMAL ET DELESYON ET ET ET ET DELESYON DUPLİKASYON ET

29 TRĠNÜKLEOTĠD TEKRAR HASTALIKLARI

30 Frajil-X Sendromu Sadece STR ile PGT Number of Families Markers 5 Markers 6 Markers 7 Markers 8 Markers 9 Markers 10 Markers 11 Markers

31 Spinoserebellar Ataksi 7 SCA7 ATXN 7 geni D3S3698 D3S1600 (CAG)n D3S1287 D3S3635 D3S Mb 0.55 Mb 0.35 Mb 0.1 Mb 0.05 Mb GC-zengin dizilerin amplifikasyonu DMSO GC-melt ilaveler 7-deaza-dGTP (CAG)n Mutasyonu Polar Body I ve II Polar Body 1 Polar Body 2 BABA Normal Normal Ekspansiyon Ekspansiyon Normal Oosit ANNE Normal allel Ekspansiyon

32 HLA

33 HLA Genleri ve PGT

34 MHC STR Koleksiyonu, 6p21 Sent. HLA DQB Class II HLA DRB Class III HLA B HLA C Class I HLA E HLA A HLA F Tel. Ring 3C D6S2443 D6S1615 D6S1629 MIB TAP 1 TNFa,b,c DQCAR D6S1568 DN 9N-2 G511 D6S273 MICA LH 1 D6S2447 D6S62 D6S276* D6S265 D6S258 D6S510 RF D6S248 MOG a,b D6S1624 D6S306* D6S464* D6S299 Cent. MHC-HLA bölgesi Rekombinasyonları Class II Class III Class I HLA DQB HLA DRB HLA B HLA C HLA E HLA A HLA F 1.7% 1.2% 1.2% 0.2% Tel. 4.3% crossingover (3 Mb)

35 MHC bölgesi STR haplotiplemesi Class II Class III Class I

36 PGT HLA Genotiplemesi HLA UYUMLU EMBRĠYO KEMĠK ĠLĠĞĠ NAKLĠ ĠHTĠYACI OLAN HASTA ÇOCUK HLA UYUMSUZ EMBRĠYO KEMĠK ĠLĠĞĠ NAKLĠ ĠHTĠYACI OLAN HASTA ÇOCUK

37

38

39 Psödogen varlığında PGT Konjenital Adrenal Hiperplazi (CAH) Majör Histokompatibilite Kompleksi (MHC) Class I Class III Class II

40

41 PGT Uygulanan Tek Gen Hastalıkları Örnekleri

42 Adenozin Deaminaz Eksikliği ADA, 20q12-q13.1 MARKERLER (NC_000020) 1 D20S861 ( ) 2 D20S911 ( ) 3 D20S89 ( ) 4 W272X G/A ( ) 5 D20S119 ( ) 6 D20S481 ( ) 7 D20S1151 ( ) / / / A / G / / / 166 ADA 1 ADA / / / G / A / / / 171 ADA / / / A / A / / / 171

43 / 144 N / N / / (103 / 108) / / / (98 / 96) / / / / / 157 PGT-135 PGT / 160 N / MED gene del / / (103 / 108) / / / ( 98 / 96) / / / / / / 160 N / MED gene del / / / / / / / (132 / 130) / / / / 144 PGT-137 PGT / 160 N / MED gene del 2.? / / / / / / / (132 / 130) / / / / / 144! MED gene del / N / 159! / 177! / 103! / / / 122! / 98! / 132! / 125! / 157! / 146! / 155! PGT-133 ALPHA-THALASSEMIA, HBA1, MED Double Gene Del MARKER SIRASI cm 1. D16S D16S D16S D16S D16S Kg8 (D16S3252) AC2 (D16S291) D16S D16S D16S283 (SM7) D16S D16S D16S D16S PGT / 160! N / MED gene del / 156! / / 108! / 111! / 76! / 130! / (132 / 130)! / 131! / 142! / 140! / 144!

44 OTOZOMAL DOMĠNANT Hasta Ebeveyn YOK Hasta Çocuk VAR Tuberosklerozis, TSC 2, 16p13.3 Ekzon 41 c.5228g>a, p.r1743q MARKER SIRASI cm 1. D16S D16S D16S D16S TSC2 geni INTRON1 (CA)n Kg8 (D16S3252) Nik (I/D Polim) 9. AC2.5 (D16S291) D16S D16S283 (SM7) PGT / / / 127! / 107! 5. N / N! / / I / D! / 123! / 142! / 132 PGT / / / / (c.5228g>a / N) / / I / I / / / D / / / / N / N / / I / I / / / 130 PGT / / / / 113! 5. N / N! / / I / I / 123! / 149! / 130!

45 OTOZOMAL DOMĠNANT Hasta Ebeveyn VAR Çocuk YOK MARKER SIRASI Polikistik Böbrek Hastalığı, PKD1 16p13.3 cm 1. D16S D16S D16S D16S PKD1 Ex 43 p.w3842x (c G>A) mutasyon a. Ex 14 p.m1092t (c.3275 T>C) SNP 1 b. Ex 15 p.w1399r (c.4195 T>C) SNP 2 c. p.a1422t (c.4264 G>A) SNP 3 d. p.a1555a (c.4665 A>C) SNP 4 e. p.t1558t (c.4674 G>A) SNP 5 f. Ex 21 p.h2638r (c.7913 A>G) SNP 6 g. Ex 44 p.i4045v (c A>G) SNP 7 h. Ex 46 p.t4303p (c A>C) SNP8 6. INTRON Kg AC D16S D16S D16S D16S / 159! / 170! / 127! / 110! 5. A / G! a. T / C! b. T / C! c. A / G! d. A / C! e. A / G! f. A / G! g. A / G! h. A / C! / 232! / / 129! / 152! / 132! / / 129 MA 54 MA / / / / G / G a. T / C b. T / C c. A / G d. A / C e. A / G f. A / G g. A / G h. A / C / / / / / / / 162

46

47 (Familyal Adenomatöz Polipozis Koli - FAP, APC 5q21-22) MA 56 MA 57 GENETĠK MARKERLER SIRASI cm 1. D5S D5S D5S APC INTRON APC G1635A SNP APC C1690T D5S D5S D5S / 195! / 134! / 149! / 224! 5. ( G / A )! 6. C1690T / C! / 169! / 210! / 260 MA / / / / ( G / A ) 6. C1690T / C / / / / 201! / 138! / 141! / ( G / A )! 6. C / C! / 159! / 210! / 260

48 -TALASSEMĠ, HBB Cod5 delct / Cod 8 delaa GENETĠK MARKERLER 1. D11S D11S D11S BSTR 5. HBG 6. HBB MUTASYONU 7. BTG 8. HPFH 9. BHi (Hinf I) 10. Rsa I 11. Hinf I 12. BRsa (AT) 13. D11S D11S D11S D11S1338 BT 74 BT 75 BT 79 BT / / / / / Cod5 delct / N / / / / / / / / / / / / / / N / N / / / / / / / / / / / / / / N / N / / / / / / / / / / / / / / N / Cod 8 delaa / / / / / / / / / / 163? BT 76 BT 77 BT 78 BT 68 BT / / / / / N / N / / / / / / / / / / / / / / Cod5 delct/ N / / / / / / / / / / / / / / N / N / / / / / / / / / / / / / / Cod5 delct / N / / / / / / / / / / / / / / N / Cod8 delaa / / / / / / / / / 163

49

50 GENETĠK MARKER SIRASI 1. D11S D11S D11S BSTR 5. HBG 6. HBB GEN MUTASYONU 7. BTG 8. HPFH 9. BHi (Hinf I) 10. Rsa I 11. Hinf I 12. BRsa (AT) 13. D11S D11S D11S D11S D11S / 108! / 139! / 163! / 139! / 179! 6. IVS1-110 G/A / N / / (+ / +) 10. ( - / - ) / -! / / 117! / / / / 138 IVF - PGT BT 105 -TALASSEMĠ, HBB IVS-I-110 G/A / / / / / 199 BT 107 BT IVS1-110 G/A / IVS1-110 G/A / / / (- / - ) 11. (+ / +) / / / / / / 138 HLA / 108! / / 159! / / 199! 6. N / IVS1-110 G/A! / 118! / (+ / +) / -! 11. (+ / +) / / / 112! / / 164! / 138

51 / / / / / IVS1-1G/A / N / / / / / / / / / 140 PGT 19 PGT 20 -TALASSEMĠ + HLA / / / / / N / IVS1-1 G/A / / / / / / / / / / / / / / ? / N / / / / / / / / / 140 PGT 85 PGT 86 -TALASSEMĠ + HLA / / / / / N / Codon 15 G/A / / / / / / / / / / / / / / IVS1-110 / N / / / / / / / / / 116 PGT 218 PGT 219 -TALASSEMĠ + HLA / / / / / N / IVS / / / / / / / / / / / / / / 180 PGT IVS1-1 G/A / IVS1-1 G/A / / / / / / / / / 124 MARKER SIRASI 1. D11S D11S D11S BSTR 5. HBG 6. HBB MUTASYONU 7. BTG 8. HPFH 9. BHi (Hinf I) 10. Rsa I 11. Hinf I 12. BRsa (AT) 13. D11S D11S D11S1997 PGT / / / / / N / IVS1-1 G/A / / / / / / / / / / / / / / 196 PGT 87 6.? / Codon 15 G/A / / / / / / / / / 158 PGT / / / / / N / Codon 15 G/A / / / / / / / / / / / / / / 198 PGT IVS1-110 / IVS / / / / / / / / / 120 PGT / / / / / N / IVS / / / / / / / / / 120

52

53

54

55 HLA BÖLGESĠ HOMOZĠGOTLUĞU

56 PGT 274 PGT 275 PGT 276

57 MARKER SIRASI 1. D17S TP53 INT1 VN R337P (G/C) 3. D17S D17S D17S1858 Li-Fraumeni Sendromu, TP53 gene, 17p / / 183 G / G / / / 238 p53-6 p / / / 178 C / G / 178 C / G / / / / / / 234 p53-1 p / / 179 G / G / / / / / 178 C / G / / / 234 p53-4 p / / 179 G / G / / / 234

58 Pompe Hastalığı/Glikojen Depo Hastalığı Tip II GAA Geni 17q25.2-q25.3 Ekzon 13, c.1846delg (p.asp616thrfs*80) Ekzon 6, c.1064t>c (p.l355p) GENETĠK MARKERLER cm 1. D17S cm 2. D17S cm 3. D17S cm 4. D17S cm 5. rs SNP1 T/C cm 6. rs SNP2 C/T cm 7. Ex 13 c.1846delg ve Ex 6 c.1064t>c cm 8. rs SNP3 G/A cm 9. D17S cm PGT / / / / T / T 6. C / C 7. N / N 8. A / A / 188 PGT / / / / T / T 6. C / C delG / N 8. A / A / 182 PGT / / / / C / T 6. T / C 7. N / 1064T>C 8. A / A / 180 PGT / / / / C / C 6. T / T 7. N / N 8. A / A / 196 PGT / 171! / 144! / 127! / 108! 5. T / T 6. C / C delG / N! 8. A / A / 188! PGT / / / / T / T 6. C / C delG / 1064T>C 8. A / A / 180 PGT / 173! / 136! / 127! / 112! 5. C / T! 6. T / C! 7. N / 1064T>C! 8. A / A / 180!

59 Metil Malonik Asidüri MUT Geni 6p12.3 Ekzon 12 c.2020c>t (p.l674f) PGT / / / G / A A / G C / C / / / 154 PGT / / / A / A G / G T / C / / / 147 PGT / / / A / A G / G C / T / / / 147 PGT / / / A / A G / G C / T / / / PGT / 164! / / 153! 4. G / A! A / G! C / T! / 184! / 247! / 147! 3.5 yaģ 1.5 yaģ PGT / / / A / A G / G T / C! / / / 147 GENETİK MARKER SIRASI 1. D6S cm 2. D6S cm 3. D6S cm 4. MUT Geni cm Ekzon 3 c.636g>a (p.k212k) Ekzon 12 c.2011a>g (p.i671v) Ekzon 12 c.2020c>t (p.l674f) 5. D6S cm 6. D6S cm 7. D6S cm

60 Kistik Fibrozis, CFTR

61 MARKERLER 1. D7S D7S D7S D7S INTRON 1 6. INTRON 6 7. INTRON INTRON CFTR (ΔF508/G542X) 10. EXON 10 (A/G) 11. EXON 14 (T/G) 12. INTRON 18 (C/A) 13. INTRON 20 (G/A) 14. INTRON 17 (CA) 15. INTRON 17B (TA) 16. D7S D7S / / / / / / / ΔF508 / N 10. G / A 11. T / T 12. C / C 13. G / G / / / / / / / / / / / ΔF508 / N 10. G / A 11. T / T 12. C / C 13. G / G / / / / 105 PGT / / / / / / / N / N 10. A / A 11. T / T 12. C / C 13. G / G / / / / / / / / / / / N / N 10. A / A 11. (G / T) 12. A / C 13. A / G / / / / 91 PGT-214 PGT-215 PGT-216 PGT-217 PGT-213 Kistik Fibrozis,CFTR / / / / / / / N / G542X 10. A / G 11. (G / T) 12. A / C 13. A / G / / / / / / / / / / / N / G542X 10. G / G 11. (G / T) 12. C / C 13. G / G / / / / 91

62 Duchenne Muskuler Distrofisi - DMD DMD-1 DMD-2 DMD-5 DMD DMD P DMD-4 Amniosentez Materyali, 17 hft / / / / / / / / / / / / / / / / / / 161! / 158! / 133! / 84! / 148! / 144! / 125! / 166! / / 116! / 183! / 128! / / / 200! DMD-7 1. DEL 2. DEL 3. DEL / DEL! / DEL! / DEL! / 126! / 84! / / / 130! / 176! / 164! / / 171! / / 107! / 118! / 201! GENETİK STR MARKERLERİ 1. 5' STR I ( ) 2. 5' STR II ( ) 3. 5' STR III ( ) 4. INTRON 2 STR ( ) 5. INTRON 4 STR ( ) 6. INTRON 7 A STR ( ) 7. INTRON 7 B STR ( ) 8. INTRON 25 STR ( ) 9. INTRON 44 STR ( ) 10. INTRON 45 STR ( ) 11. INTRON 49 STR ( ) 12. INTRON 50 STR ( ) 13. INTRON 51 STR ( ) 14. INTRON 59 STR ( ) 15. INTRON 63 STR ( ) STR ( )

63 GENETİK STR MARKERLERİ 1. 5' STR I ( ) 2. 5' STR II ( ) 3. 5' STR III ( ) 4. INTRON 2 STR ( ) 5. INTRON 4 STR ( ) 6. INTRON 7 A STR ( ) 7. INTRON 7 B STR ( ) 8. INTRON 25 STR ( ) 9. INTRON 44 STR ( ) 10. INTRON 45 STR ( ) 11. INTRON 49 STR ( ) 12. INTRON 50 STR ( ) 13. INTRON 51 STR ( ) 14. INTRON 59 STR ( ) 15. INTRON 63 STR ( ) STR ( ) (Not:Genomik DNA dizisi yerleşimleri, Homo sapiens X-kromozomu birleştirilmiş NCBI referans contig # NT_ GI: üzerindeki yerleri olarak belirtilmiştir) Duchenne Muskuler Distrofisi DMD Ekzon delesyonu PGT PGT / / / / / / / / / / / / DEL / DEL / / / 197 PGT DEL 13. DEL PGT / 187! / 155! / 140! / / / / / / 167! / 161! / 96! / DEL! / DEL! / 111! / 112! / 197!

64 GENETİK STR MARKERLERİ 1. 5' STR I ( ) 2. 5' STR II ( ) 3. 5' STR III ( ) 4. INTRON 2 STR ( ) 5. INTRON 4 STR ( ) 6. INTRON 7 A STR ( ) 7. INTRON 7 B STR ( ) 8. INTRON 25 STR ( ) 9. INTRON 44 STR ( ) 10. INTRON 45 STR ( ) 11. INTRON 49 STR ( ) 12. INTRON 50 STR ( ) 13. INTRON 51 STR ( ) 14. INTRON 59 STR ( ) 15. INTRON 63 STR ( ) STR ( ) (Not:Genomik DNA dizisi yerleşimleri, Homo sapiens X-kromozomu birleştirilmiş NCBI referans contig # NT_ GI: üzerindeki yerleri olarak belirtilmiştir) PGT Duchenne Muskuler Distrofisi - DMD PGT / / / / / / / / / / / / / / / / 197 PGT PGT / / / / / / / / / / / / / / / / 197 PGT PGT-225 PGT-226 PGT-222 PGT PGT / 185! / 157! / 139! / / 72! / 145! / / / 171! / 169! / 102! / / 125! / 113! / / 197! PGT / / / / / / / / / / / / / / / / / 185! / 157! / 139! / / 72! / 145! / / / 171! / 169! / 102! / / 125! / 113! / / 197!

65 GENETİK STR MARKERLERİ 1. 5' STR I ( ) 2. 5' STR II ( ) 3. 5' STR III ( ) 4. INTRON 2 STR ( ) 5. INTRON 4 STR ( ) 6. INTRON 7 A STR ( ) 7. INTRON 7 B STR ( ) 8. INTRON 25 STR ( ) 9. INTRON 44 STR ( ) 10. INTRON 45 STR ( ) 11. INTRON 49 STR ( ) 12. INTRON 50 STR ( ) 13. INTRON 51 STR ( ) 14. INTRON 59 STR ( ) 15. INTRON 63 STR ( ) STR ( ) (Not:Genomik DNA dizisi yerleşimleri, Homo sapiens X-kromozomu birleştirilmiş NCBI referans contig # NT_ GI: üzerindeki yerleri olarak belirtilmiştir) Duchenne Muskuler Distrofisi - DMD PGT-263 PGT / / / / / / / / / / / / 174? / / / / 205 PGT-260 PGT-261 PGT-262 PGT-261 Taşıyıcı değil 2 kez PGT yapılmış / 159! / 158! / 190! / 137! / / 147! / 140! / 125! / / / 112! / 174! / 124! / 107! / 118! / 205! DEL EXON 51 DELESYONU

66 GENETĠK MARKER SIRASI 1. DXS DXS DXS DXS F8 Intron F8 Intron F8 Intron F8 Intron F8 Intron 13 (CA)n 10. F8 Intron F8 Intron 9B 12. F8 Intron 9A 13. F8 Intron F8 Intron F8 Intron 1B 16. F8 Intron 1A 17. HEMA HEMA HEMA TMLHE Intron TMLHE Intron 1.3 Hemofili A F8, Intron 22 inversiyonu Xq28 PGT 517 PGT 518 GENETĠK MARKER SIRASI 1. 5' STR I 2. 5' STR II 3. 5' STR III 4. INTRON 2 5. INTRON 4 6. INTRON 7 A 7. INTRON 7 B 8. INTRON INTRON INTRON INTRON INTRON INTRON INTRON INTRON ' STR Xp21.2-p ?! 5. 72?! ?! ?! ?! ?! ?! ?! ?! Duchenne Musküler Distrofi DMD, ekzon duplikasyonu Xp21.2-p21.1 PGT 517 PGT / / / / / / / / / / / / / / / / 201 PGT 514 PGT 515 PGT 516 PGT 520 PGT 514 PGT 515 PGT 516 PGT / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / / PGT Xq28 X - Kromozomu / / / / / / / / / / / / / / / / PGT 519

67 GENETİK MARKER SIRASI 1. D13S D13S D13S D13S D13S D13S RB1 Intron 12 c G>A a. Intron 2 STR b. Intron 4 STR c. Intron 17 STR d. Intron 20 STR 8. D13S D13S D13S D13S Kromozom 13q q14.2 Retinoblastoma Rb1, intron 12 c G>A / Delesyon 13q14.2 PGT 320 PGT / / / / / / N / N a. 233 / 239 b. 133 / 135 c. 140 / 140 d. 165 / / / / / 277 PGT / DEL / DEL / DEL / DEL / DEL / DEL 7. c G>A / DEL a. 233 / DEL b. 133 / DEL? c. 140 / DEL? d. 165 / DEL? / DEL? / DEL? / DEL? / DEL? / / / / / / N / N a. 229 / 241 b. 129 / 133 c. 140 / 140 d. 161 / / / / / 275 GENETİK MARKER SIRASI 1. D2S D2S D2S D2S D2S MBD5 Intron 2 STR Ekzon 10 c.2629 A>C 7. D2S D2S D2S D11S Kromozom 2q23.1 2q23.2 Mental Retardasyon Otozomal Dominant Tip 1 MBD5, ekzon 10 c.2629 A>C 2q23.1 PGT 320 PGT / / / / / / 273 N / N / / / / 332 PGT / / / / / / 267 (c.2629 A>C / N) / / / / / / / / / / 267 N / N / / / / 336

68 MARKERLERİN SIRASI cm 1. D20S D20S D20S SALL4 Intron 3 STR D20S D20S D20S Duane Radial Ray Sendromu SALL4, del exon / / / / / / / 151 MA-33 MA / / / / / / / / / / / / / / 151 MA-34 MA / / / / / / / / / / / / / / 147 MA-31 MA / / / / / / / 153

69 STR ile Kromozomal Anöploidi Testi

70

71

72

73 Tek Gen Hastalığı Preimplantasyon Genetik Tanı Prenatal Tanıya alternatif olmayıp, avantajları ve üstünlükleri vardır Multidisipliner bir takım çalıģmasıdır. KanıtlanmıĢ laboratuvar ve genetik danıģmanlık içeren personel deneyimi Özel genetik laboratuvarı koģulları Deneysel bir yaklaģım değildir, her genetik hastalık/durum için ayrıca kanıtlanmıģ ve tekrarlanabilen test protokolleri olan bir disiplindir Test sonuçlarını içeren kapsamlı ve anlamlandırılmıģ Genetik Analiz Raporu SÜREKLĠLĠK

74 UlaĢ Birihan Onur Çam Rıdvan Seçkin Özen Didem SavaĢ Zeynep Çadırcı Nazan EmruĢi Halime Boğaz Merve Hocaoğlu Fahrunnisa Yılmaz Meltem Sunar ġenay Sadıkoğlu Aslı Erbir Esra Uçar